3C81A

Mutant k85a of t4 lysozyme in wildtype background at room temperature
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLAPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c81A00
1SX2A 1L85A 1G0GA 157LA 254LA 164LA 3HDEA 4S0WA 216LA 3SB8A 230LA 197LA 4DJHA 1L13A 250LA 1QTCA 2ANXA 185LA 2OU8A 1L21A 1C6HA 1NHBA 4DKLA 140LA 1L84A 1L75A 1LYJA 1C6IA 196LA 1QSBA 3C8QA 187LA 1P37A 237LA 162LA 4I7PA 262LA 1L10A 238LA 2NTGA 1KS3A 211LA 169LA 1L33A 127LA 205LA 1KY0A 3GUPA 1L79A 1QS9A 118LA 4PK0A 1LW9A 2RAYX 4I7SA 3DMXA 3HH4A 1PQKA 1L35A 239LA 3OE9A 4LZMA 248LA 213LA 2F2QA 3DN3A 143LA 4W59A 1G07A 4GBRB 3HH6A 2HULA 4I7NA 1QT3A 1L74A 2B6YA 159LA 3DN4A 4ARLA 2LC9A 1D3JA 1L77A 1QTBA 3L64A 3DNAA 1DYCA 1T6HA 209LA 1L30A 1L36A 1L44A 226LA 225LA 1L06A 3HT9A 3DN2A 1OVKA 2O7AA 4I7KA 1JTNA 1TLAA 6LZMA 1KY1A 244LA 130LA 1OYUA 4ARJA 1L28A 1L73A 210LA 1LWKA 3GUIA 232LA 1L58A 1P64A 108LA 3C82A 1L51A 1P5CA 1CU2A 3NYAA 1QUOA 3C8RA 3GUKA 2OTZX 1DYDA 2B74A 4GRVA 1CV6A 1QTHA 2O79A 223LA 242LA 3LZMA 1C69A 2B75A 104LA 1G0PA 1CV5A 1L14A 1C6BA 3SN6R 1L83A 1P2RA 1C6CA 1C6MA 1T8GA 1L40A 1CU5A 1L43A 236LA 4ARPA 128LA 2RH1A 191LA 2B6XA 260LA 155LA 1G1VA 1ZYTA 1L87A 1SSWA 243LA 4I7TA 1C63A 245LA 3C81A 3RZEA 1L42A 1L64A 3K2RA 1LYDA 1SX7A 1LYIA 160LA 1G0JA 4PJZA 1L57A 3V2YA 1L49A 4DAJA 1L24A 3HTDA 1L0KA 131LA 1P6YA 156LA 3FA0A 3C8SA 1D3MA 255LA 1G0LA 1QT5A 1LI2A 4ZPUA 1L82A 1I6SA 1CX6A 233LA 2OE4X 4W54A 2OU0X 181LA 195LA 206LA 3CDTA 1CUPA 3CDVA 1L01A 2HUKA 1C67A 2B7XA 1LPYA 3EMLA 1JTMA 145LA 3UONA 1C64A 188LA 2RAZX 1D2YA 1SSYA 144LA 3CDQA 4K5YA 3SB7A 3F8VA 1L22A 234LA 1LWGA 1K28A 2RBNA 3QAKA 4YX7C 3SB9A 2QB0B 1L55A 2Z6BA 109LA 3V2WA 120LA 3DN0A 220LA 1OWYA 1L60A 4LDEA 1L41A 1L95A 146LA 123LA 1L92A 3RUNA 1DYFA 1LI3A 1D9WA 1T8FA 3L2XA 161LA 3G3VA 149LA 7LZMA 3GUOA 3HUKA 192LA 252LA 2CUUA 1EPYA 3OE6A 1C68A 3GUMA 1L53A 3GUNA 1L32A 142LA 4ARMB 182LA 1L0JA 3FADA 1L66A 1L99A 1KW7A 4I7OA 247LA 251LA 4IAPA 3HDFA 1L18A 212LA 1L47A 1OV7A 1QTVA 1D3FA 166LA 4ARQA 1C6EA 1G1WA 1CV0A 4EKRA 112LA 138LA 2OEAX 240LA 4I7QA 4I7RA 4YXCA 2L78A 1G0KA 2OE9X 1DYBA 1L09A 3JR6A 1C6JA 1L48A 3HTGA 1C62A 1C6FA 257LA 1L16A 1L59A 114LA 1LGUA 1L31A 1DYGA 2RB0X 1L81A 158LA 1CU3A 167LA 5LZMA 177LA 168LA 2RBQA 102LA 1L08A 2F47A 175LA 1P56A 1G06A 3DMVA 1DYAA 4W57A 1L12A 3HWLA 2B6ZA 3G3WA 1L45A 4EXMA 1L38A 2RBRA 151LA 1CU0A 1C6TA 1L61A 2B6TA 3HTBA 1C6NA 253LA 3HT6A 2A4TA 1LYGA 3OE8A 1L15A 1L19A 246LA 3HUQA 4W55A 165LA 3VW7A 4I7JA 3PBLA 1CV4A 1OV5A 4ARQB 229LA 1L37A 1QT4A 1L46A 1B6IA 1QT8A 119LA 4ARMA 1L88A 4YXAC 1L69A 3HH5A 173LA 4W53A 186LA 1L17A 1LI6A 1C60A 1CVKA 103LA 2RBPA 198LA 1CX7A 190LA 111LA 1PQJA 259LA 1L00A 2Q9EA 3OE0A 1P2LA 2B73A 1L05A 174LA 199LA 3SB5A 3CDRA 2B6WA 1C61A 1PQDA 3FI5A 4EPFA 180LA 241LA 3C7YA 1LYFA 3SBBC 1D3NA 107LA 1L25A 2B70A 1L29A 3GUJA 2OE7X 1L65A 1L26A 4AQNA 1L39A 1QT6A 1QTZA 2LZMA 3D4SA 141LA 1L89A 1LGWA 1XJUA 1L11A 3HH3A 1L80A 4EJ4A 2IGCA 3NY8A 3HT8A 2Q9DA 228LA 176LA 201LA 2OTYX 1QUHA 1L56A 126LA 1L52A 183LA 3HU9A 2RB1X 1L34A 113LA 249LA 4EKQA 115LA 150LA 1OVHA 219LA 3HT7A 4W52A 1C6DA 152LA 221LA 1L68A 1OVJA 171LA 3SB6A 1L50A 4E97A 139LA 1XEPA 147LA 189LA 2LCBA 1QTDA 184LA 122LA 1LGXA 1L98A 137LA 1C6QA 1L07A 1L71A 227LA 1LLHA 4W58A 1JQUA 1QUDA 3ODUA 1KW5A 3DN1A 1QSQA 1C6AA 3DN6A 1L27A 1CV3A 3C80A 129LA 1P3NA 1SWZA 3NY9A 1QUGA 1C6LA 200LA 224LA 1L67A 1L54A 172LA 148LE 1L70A 4W51A 1L97A 1C6PA 110LA 1C66A 1C6GA 1L03A 3DKEX 3F9LA 1L63A 3HUAA 235LA 4I7MA 1CV1A 3CDOA 1DYEA 4EPIA 1QS5A 1P36A 1L02A 3G3XA 1CTWA 1OWZA 3GULA 163LA 1L72A 2B72A 1WTHA 1L90A 1L20A 3DN8A 3HTFA 3C7WA 3PDSA 5I14A 1L86A 217LA 214LA 2NTHA 218LA 1T8AA 3HU8A 3SBAA 4LDLA 1L91A 1L04A 3DMZA 1C6KA 1CUQA 1SWYA 1CU6A 231LA 170LA 2RBOA 1L94A 1LYEA 1PQIA 261LA 4EKPA 178LA 1L23A 1QT7A 2QARC 1L62A 1G0MA 222LA 4I7LA 1G0QA 1XJTA 2HUMA 1ZURA 125LA 1PQOA 215LA 1PQMA 1LYHA 2F32A 1P46A 4EKSA 3C7ZA 1D2WA 3C83A 4OO9A 1C65A 258LA 2O4WA 1L76A 2RBSA 1KNIA 4LDOA 2RB2X 256LA 1T97A 1P7SA 1L93A 4W56A 2OU9A 1ZWNA 1L96A 2ANVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM4A 197LA 216LA 230LA 4RLMA 4DJHA 133LA 5IELA 1L13A 1LSPA 1BVXA 250LA 2ANXA 2BLXA 2N5ZA 1TEWA 1L84A 3MGWA 4BAFA 1GDWA 1CJ6A 5FELA 1IORA 1LYJA 3WW6A 3C8QA 1H87A 1LSBA 2D4KA 5KXTA 1P2CC 1WQMA 5FHWA 1DXJA 1TCYA 2YBNA 1L35A 213LA 2F2QA 3A3RX 3DN3A 4NHTA 1NKHA 3HH6A 2HULA 4PRQA 2PC2A 4I7NA 1D6PA 4NHQA 5B06A 2LC9A 4AGAA 3W6BA 1L77A 2Z19A 1LHKA 4NGIA 1DYCA 1GF4A 1T6HA 4HV2A 5K7OA 1GHLA 1D9UA 1WQRA 1OVKA 3DN2A 5DL9A 1TLAA 6LZMA 4ZEEA 4ARJA 1IOTA 5B05A 4NSGA 2BQGA 4LT2A 3WXUA 4DD1A 3QY4A 3GUKA 3T36A 2OTZX 1IEEA 4Z41A 1CV6A 5KXWA 5L3HA 1LMQA 104LA 1JEFA 1CV5A 1GE0A 5KXMA 4E3UA 3WPLA 5LYZA 1IP1A 5LYMA 1IVMA 1WQQA 1LSZA 5IDDA 1JIYA 1L87A 243LA 3W3EA 245LA 3RZEA 2BQCA 5T3FA 3K2RA 5ILFA 4DD7A 160LA 1LJEA 3HTDA 5KXZA 131LA 1P6YA 1QTEA 3J6KA 255LA 1NF5A 1G0LA 4ZFPA 1CX6A 3A92A 1EQEA 1QTKA 4W54A 181LA 195LA 3CDTA 4QGZA 4PPOA 193LA 1L01A 2HUKA 1D6QA 145LA 1YANA 4FDYA 1C64A 1F10A 5LVIA 2RAZX 1BB6A 1QDTA 2ZNXY 5IHGA 4C5FA 1O23A 1L55A 2Z6BA 3A90A 4GN4A 2FBDA 4LT3A 1CKDA 146LA 1L92A 4NGWA 4HJYA 3ZEKA 1QUTA 1OUAA 1LZ4A 7LZMA 1HEPA 4YOPA 3GUNA 2MEIA 1HFYA 3M18B 1HENA 1L32A 1L0JA 1DPWA 1KW7A 4I7OA 1LYSA 3LZ2A 247LA 3HDFA 1L18A 3A94A 212LA 2HU3A 5LAGA 4ARQA 1C46A 1OUCA 1V7TA 4I7QA 4I7RA 4M6DA 2BQIA 194LA 1FBIX 2CWIA 1C6JA 3P64A 3ATOA 1QSAA 4ML7A 2G4PA 4KXIA 1L31A 1VDQA 1IWXA 2RB0X 1LYZA 3EO5A 5LZMA 1GBWA 1FLQA 1GFHA 2Z37A 175LA 1C45A 1XGRC 4DT3A 1AT6A 1C08C 1GAZA 1DYAA 3DMVA 1L12A 4N1EI 2F2NA 2XJWA 2B6ZA 3TXIA 1L38A 1GBSA 151LA 4WO6A 4GCEA 3TXEA 1HMKA 1D0LA 3TXJA 3HUQA 3VW7A 4CJ2A 1IWWA 1LSAA 1OV5A 229LA 4M4OA 3LZTA 1QT4A 1B6IA 2Z38A 4YXAC 1L69A 3LYZA 3HH5A 1OUGA 4GN3A 1LJIA 1GAYA 1JJ0A 1DI5A 2MEEA 2EKSC 1LZNA 103LA 3G3AB 3VWOA 1FN5A 1CJ7A 3BKVA 1NBZC 1UIHA 4C3WA 190LA 111LA 2VB1A 3WPKA 3OE0A 2B73A 3A91A 5KXNA 4LT1A 1PQDA 4KL7A 1UUZC 180LA 3LYMA 3C7YA 1LJJA 4L41A 2CGIA 4D9ZA 2B70A 1L29A 1NBYC 1LZAA 3EMSA 1OUHA 5AMYA 1XJUA 5HLLA 1L11A 1LYYA 1LZBA 1GF8A 1QUHA 126LA 3HU9A 4H9HA 1IC5Y 1JHLA 113LA 1OUBA 5F16A 150LA 1OVHA 4Z46A 1C6DA 3ULRA 1JUGA 1IC4Y 1QTDA 2DKVA 4WM1A 1LGXA 1C6QA 3ODUA 4LZTA 1L27A 4HPIA 3BKHA 1AM7A 1BHZA 1UA6Y 2X0AA 1DKKA 172LA 4NWEA 1L70A 2BQJA 3TXDA 1C6PA 1JKAA 4WLTA 3TXKA 3A34A 1Z55A 4IJ4A 1DYEA 1P36A 3G3XA 1IWZA 163LA 1UCOA 2Z18A 1E8LA 1VDSA 1JTPL 3DN8A 3HTFA 5I14A 1IY4A 217LA 1XGQC 218LA 4LDLA 4CHXA 1C6KA 4G4BA 1CUQA 1XGTC 1SWYA 1XGUC 4XJFA 1IP2A 2RBOA 3RZ4A 3LYOA 1GB5A 1ZMYL 2AUBA 1QT7A 1L62A 5LA8A 1DZBX 1ZURA 4DDBA 1HSXA 1LYHA 1P46A 4H92A 2G4NA 3C83A 4PGJB 4XN6A 1UIEA 256LA 1UIFA 3N9AA 4OOTA 4LYOA 1SX2A 1L85A 2FYDA 4S0WA 4WL6A 164LA 3HDEA 1GF9A 3QE8A 5APDA 1UIGA 2RSCA 2OU8A 4G4HA 1NHBA 4AXTA 3SP3A 5KJ9A 3CSZA 1CKCA 5L3IA 4YEOA 187LA 4NSHA 5KY1A 211LA 1V7SA 5APCA 1L33A 1ZVHL 127LA 4H90A 205LA 1HNLA 5KXSA 4PK0A 4NGYA 5F14A 239LA 1B5VA 5KXLA 1G07A 3OJPA 4NHPA 4ETCA 3B72A 3DN4A 4MCKA 4G9SA 1D3JA 1QTBA 3CT5A 1YL1X 3DNAA 4WG7A 209LA 1L44A 226LA 225LA 2H9JA 4BAPA 5KXRA 1FLUA 1JTNA 4WM3A 130LA 1OYUA 1RI8B 210LA 3GUIA 232LA 1GE3A 1JPOA 108LA 3C82A 2BQDA 3C8RA 3LYTA 4PJ2C 4EOFA 1C69A 4ZIXA 1LZ8A 2B75A 2A7DA 2H5ZA 4LGKA 3WU9A 1NMMA 1L14A 3AW6A 1C6CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WM4 A;  197L A;  216L A;  230L A;  4RLM A;  4DJH A;  133L A;  5IEL A;  1L13 A;  1LSP A;  1BVX A;  250L A;  2ANX A;  2BLX A;  2N5Z A;  1TEW A;  1L84 A;  3MGW A;  4BAF A;  1GDW A;  1CJ6 A;  5FEL A;  1IOR A;  1LYJ A;  3WW6 A;  3C8Q A;  1H87 A;  1LSB A;  2D4K A;  5KXT A;  1P2C C;  1WQM A;  5FHW A;  1DXJ A;  1TCY A;  2YBN A;  1L35 A;  213L A;  2F2Q A;  3A3R X;  3DN3 A;  4NHT A;  1NKH A;  3HH6 A;  2HUL A;  4PRQ A;  2PC2 A;  4I7N A;  1D6P A;  4NHQ A;  5B06 A;  2LC9 A;  4AGA A;  3W6B A;  1L77 A;  2Z19 A;  1LHK A;  4NGI A;  1DYC A;  1GF4 A;  1T6H A;  4HV2 A;  5K7O A;  1GHL A;  1D9U A;  1WQR A;  1OVK A;  3DN2 A;  5DL9 A;  1TLA A;  6LZM A;  4ZEE A;  4ARJ A;  1IOT A;  5B05 A;  4NSG A;  2BQG A;  4LT2 A;  3WXU A;  4DD1 A;  3QY4 A;  3GUK A;  3T36 A;  2OTZ X;  1IEE A;  4Z41 A;  1CV6 A;  5KXW A;  5L3H A;  1LMQ A;  104L A;  1JEF A;  1CV5 A;  1GE0 A;  5KXM A;  4E3U A;  3WPL A;  5LYZ A;  1IP1 A;  5LYM A;  1IVM A;  1WQQ A;  1LSZ A;  5IDD A;  1JIY A;  1L87 A;  243L A;  3W3E A;  245L A;  3RZE A;  2BQC A;  5T3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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