3C82A

Bacteriophage lysozyme t4 lysozyme mutant k85a/r96h
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLAPVYDSLDAVRHCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c82A00
1L37A 1DYBA 4I7NA 5LZMA 2RBRA 131LA 1CU2A 1CU3A 1L27A 1L48A 1PQDA 1L29A 178LA 2OU9A 1ZYTA 215LA 3CDVA 1LI3A 1L28A 1L0JA 238LA 1L06A 230LA 1D3FA 4LZMA 1OWYA 1D3MA 4W55A 1C61A 3HH6A 1L30A 222LA 2RB0X 1L39A 185LA 2Z6BA 3C8RA 1LYEA 2O79A 2RBPA 3DKEX 187LA 4GBRB 1L84A 1D2WA 1C6AA 1L57A 1L88A 1L76A 1C62A 2ANXA 3L2XA 3C82A 4E97A 2RAYX 1L71A 118LA 1KW5A 3C81A 1CUQA 1LI6A 1LYIA 1XEPA 176LA 186LA 1DYEA 1QT8A 2A4TA 137LA 1L92A 3RUNA 1L67A 130LA 245LA 2Q9DA 3CDRA 3L64A 255LA 1L95A 1QUDA 3HTBA 226LA 192LA 120LA 3FA0A 4I7TA 4LDOA 1CUPA 4LDLA 1C6LA 2NTHA 147LA 209LA 2HUMA 1LWKA 1LGXA 216LA 3VW7A 122LA 1L43A 1L97A 1SWYA 1C67A 1LI2A 3JR6A 1C69A 172LA 4EPIA 1KNIA 1L11A 1C6PA 252LA 4W56A 3HU8A 4EKSA 227LA 3FADA 1L16A 1D3JA 1D2YA 191LA 139LA 3DMXA 3QAKA 125LA 1LWGA 4YX7C 1QSBA 1QTBA 3DN4A 1KS3A 201LA 173LA 165LA 1L74A 3HT8A 103LA 3NY8A 1C6NA 1L46A 1D9WA 1L26A 3HU9A 128LA 1LYFA 3ODUA 2RBNA 1OWZA 174LA 1T97A 3SB8A 109LA 237LA 3CDTA 1L25A 1L04A 1L36A 234LA 3F9LA 159LA 2B6YA 3D4SA 3C7ZA 2B75A 223LA 170LA 104LA 1SSYA 3GUPA 1XJTA 240LA 1QS9A 229LA 1PQOA 1L0KA 250LA 1D3NA 3GUOA 259LA 180LA 1L83A 1L65A 1L72A 3NY9A 1L81A 1G1VA 1SX7A 1G0GA 1L68A 1P46A 3UONA 1L85A 200LA 161LA 3C83A 1QUOA 1L82A 3HDEA 4ARQA 1CU6A 1C6QA 4PJZA 1L15A 1L59A 140LA 2B70A 3HTGA 1L49A 1L61A 1CX7A 1NHBA 1DYDA 4GRVA 1L50A 1SSWA 1C6DA 1L23A 108LA 232LA 1WTHA 1C60A 1JTNA 144LA 1C66A 2RB1X 210LA 3C80A 2LC9A 3FI5A 129LA 1LLHA 149LA 1SWZA 2O4WA 2B72A 127LA 241LA 1L19A 224LA 4ARQB 1LYGA 1L86A 256LA 1OYUA 3OE0A 1L40A 3RZEA 1CVKA 146LA 261LA 2OTYX 1OVKA 253LA 1OV7A 243LA 169LA 190LA 7LZMA 1L90A 1QTVA 1L80A 167LA 3HUKA 4DAJA 1QUHA 1L13A 2QARC 4W54A 1C6TA 1L18A 1T6HA 2B6WA 1L73A 1C6HA 1P56A 2OTZX 1DYCA 3C7WA 1DYFA 1QT6A 2LCBA 2RBSA 4I7LA 1LYJA 4DJHA 220LA 1CU0A 1C6BA 1G0MA 1LYHA 249LA 102LA 257LA 2NTGA 2OE4X 3GUNA 3G3XA 3NYAA 2OU8A 1OV5A 1L21A 1I6SA 1CV3A 3DN8A 4K5YA 4I7RA 1L52A 2F2QA 225LA 1L20A 1G0JA 1L63A 233LA 1SX2A 3HDFA 2HULA 1L33A 3GUKA 1L17A 1KY0A 1TLAA 1C6MA 3SB5A 1C6EA 4LDEA 1C65A 206LA 3GUIA 138LA 2L78A 155LA 2IGCA 6LZMA 2RBQA 1L53A 1JTMA 1P37A 3HT7A 2B7XA 1B6IA 1L12A 1XJUA 156LA 246LA 151LA 1LPYA 214LA 2O7AA 212LA 2B74A 1QTDA 1L09A 4I7OA 199LA 1L58A 182LA 1L05A 1C6GA 3GUJA 1OVHA 1L08A 3HH5A 1L87A 1L47A 221LA 114LA 1QT5A 1L96A 1QTZA 3SB9A 4EKPA 2F47A 1LW9A 3PBLA 1P2RA 1KW7A 1L34A 4I7JA 3DMZA 4ARJA 3F8VA 3HT9A 4EPFA 184LA 2QB0B 3DN2A 4PK0A 4YXCA 1C63A 1C64A 1CV4A 2B73A 4OO9A 248LA 119LA 1CTWA 168LA 2B6TA 1L79A 1L66A 197LA 3LZMA 4W57A 3HH3A 143LA 1G0QA 1L51A 3C8SA 218LA 3DN0A 4ARPA 1L60A 3SB6A 1L45A 1P5CA 4EJ4A 1PQJA 2OE7X 3OE9A 1G06A 2RH1A 1L64A 4I7QA 4I7KA 1CV0A 1QTHA 251LA 4W53A 1L02A 3CDQA 2RBOA 4W51A 1P3NA 2RB2X 171LA 3C7YA 1EPYA 1L00A 4I7MA 1L89A 3PDSA 1L98A 1G0PA 2ANVA 5I14A 1L42A 1G07A 213LA 3G3WA 4ARLA 3G3VA 3SN6R 254LA 1C6KA 3EMLA 1P7SA 4ARMB 3HUQA 1PQIA 1L22A 1T8GA 242LA 1LYDA 158LA 1G1WA 177LA 1CX6A 262LA 1L54A 2F32A 4S0WA 2OU0X 1LGUA 1LGWA 107LA 4EXMA 1ZURA 1L03A 1L77A 2LZMA 1L99A 1L94A 1C6CA 211LA 1L62A 1T8AA 1QS5A 113LA 2B6ZA 236LA 1C68A 111LA 4W59A 4W58A 1L55A 150LA 3SBBC 3GUMA 1G0KA 1L44A 183LA 4EKRA 1T8FA 1CV1A 3HTFA 228LA 188LA 3HTDA 2RAZX 1L10A 162LA 1P64A 3DMVA 3SBAA 4DKLA 196LA 1DYAA 3SB7A 145LA 1KY1A 3DN1A 3CDOA 235LA 2HUKA 181LA 2CUUA 115LA 258LA 1L31A 1OVJA 1CU5A 219LA 3DNAA 1L91A 3C8QA 4IAPA 1P6YA 1L75A 205LA 1ZWNA 244LA 1L41A 110LA 166LA 1L01A 1L07A 4EKQA 1L24A 3HUAA 3V2YA 1QSQA 1CV5A 247LA 163LA 4I7SA 189LA 1L70A 3DN6A 3K2RA 260LA 3OE6A 1L69A 123LA 1P2LA 3GULA 1L56A 148LE 160LA 4AQNA 1L38A 1L93A 2OE9X 112LA 4YXAC 1DYGA 1PQMA 157LA 1CV6A 3HWLA 4I7PA 2B6XA 1G0LA 217LA 4ZPUA 3V2WA 1QUGA 2OEAX 3HT6A 2Q9EA 1P36A 231LA 1L35A 142LA 1QT4A 1PQKA 1C6FA 198LA 1K28A 1QT7A 175LA 1L32A 239LA 164LA 141LA 1L14A 3DN3A 126LA 3HH4A 4W52A 4ARMA 1QTCA 1JQUA 1C6IA 152LA 195LA 1QT3A 3OE8A 1C6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z18A 2RBRA 5C6LA 1CU2A 1D0MA 1A2YC 4HP0A 1L28A 1L0JA 238LA 1D3FA 4H9AA 1D3MA 5KXKA 1L30A 1GFUA 1LYEA 1NF5A 3WVYA 2BQEA 3ZEKA 1C6AA 1C62A 4XENA 2AUBA 3C82A 4N0JA 1JKCA 118LA 1KW5A 4H8YA 4NHSA 176LA 2A4TA 1L67A 2Q9DA 2BQGA 4OOOA 3L64A 1QUDA 3LZ2A 4DWXA 1GE0A 1QDRA 4PRQA 1GB9A 1HFYA 5KXYA 1A4VA 4CGEA 1GF8A 3HBDA 1B5WA 1LMNA 172LA 4EKSA 1D3JA 4WM1A 125LA 1LWGA 1QTBA 201LA 165LA 1L74A 3AB6A 5KXTA 1C6NA 1D9WA 4GN5C 3HU9A 1J1PY 1LZRA 4H9BA 4WLYA 1T97A 1L25A 1D6QA 3W6DA 1L04A 4R6CA 135LA 1L36A 2YBLA 4LYCA 4GLAA 1RE2A 2B75A 104LA 1OQMA 1XEJA 1F0WA 3B0KA 4KL7A 1UIAA 4NEBA 180LA 1LHMA 2ZIJA 1SX7A 1G0GA 3ULRA 1L68A 1P46A 4UWNA 200LA 1KXXA 3CT1A 3HDEA 1CU6A 4L41A 1L59A 1L61A 5FEKA 5L3HA 1CX7A 4WM3A 3WUMA 1LZ9A 1DYDA 1NKHA 1T3PA 1L50A 1C6DA 1L23A 1C60A 5KXNA 2LC9A 1W08A 3FI5A 129LA 1LLHA 1Z55A 2ZILA 4DYGA 149LA 2B72A 1VATA 2HUBA 2ZYCA 1L19A 1LYGA 3OE0A 4YEOA 3RZEA 5D5FA 3N9EA 4OW1A 1JPOA 261LA 2DQJY 2OTYX 5D5CA 4PGJB 169LA 2I26L 1QTVA 3N9AA 3HFMY 1DQJC 5B06A 4DAJA 5M1YA 1L13A 1C6TA 4NGZA 1DYCA 4RW2A 1IWYA 1LYJA 1QQYA 1AT5A 3SP3A 1C6BA 1G0MA 4KXIA 1LYHA 4N9RA 1REZA 2OE4X 2OU8A 4G4HA 1FN5A 4W94A 1I6SA 4K5YA 2LZ2A 1LCNA 3WYHA 4XJBA 1GXV2 4NHTA 4LYMA 5IELA 1LSPA 4DT3A 2BQDA 1L63A 233LA 3RT5X 1LHIA 5HQ1A 3K3TA 1IWUA 1W6ZA 4E3UA 4WM2A 3SB5A 2HEEA 1QSWA 1C6EA 1BWHA 1C65A 1B7NA 3A90A 4NGWA 4NHPA 1UIHA 155LA 2IGCA 3W6BA 4YF2A 2BQFA 1LZSA 1IC4Y 1XJUA 3LHMA 5L9JA 1IOTA 151LA 212LA 1LKRA 1QTDA 4I7OA 4D9ZA 4WG1A 182LA 4NGOA 1L87A 114LA 3IJUA 1QTZA 3J6KA 2F47A 1L34A 4WLTA 2DKVA 2QB0B 5C6JA 2B73A 4OO9A 119LA 1B7RA 4CJ2A 3C8SA 1NQIA 1GB0A 1H87A 4ARPA 2A7FA 1L45A 1P5CA 1QDTA 4EJ4A 1G7IC 3OE9A 1G06A 5I4WA 4ZFPA 1CV0A 1QTHA 3WU8A 4W53A 3CDQA 4XJGA 4HJYA 1P3NA 4G4BA 3C7YA 5I14A 1L42A 3HBHA 1G07A 3WPJA 5L3IA 1C6KA 1PQIA 242LA 4G49A 1JKBA 4LT1A 2F32A 3EBAB 3WMKA 1RFPA 4EXMA 1C6CA 211LA 4GCDA 1IP5A 236LA 1IWVA 4LYOA 1VDTA 111LA 3CT5A 1NMMA 5IDDA 5FSTA 5EBHA 4DDAA 1T8FA 1JJ3A 228LA 1IO5A 5KXSA 162LA 1P64A 3DMVA 1JISA 1B5YA 1ALCA 1HEPA 2BQJA 3DN1A 1LJJA 3QE8A 235LA 4ML7A 5APDA 1L31A 207LA 1L91A 3C8QA 4IAPA 205LA 4N8ZA 244LA 3TMWA 4H8XA 4HSFA 1XGPC 5DLAA 4DD1A 1L07A 1HNLA 1GHLA 1KIRC 1L24A 4EKQA 1NBYC 4QY9A 1B2KA 1LJEA 3RNXA 5FCPA 1SLYA 163LA 4I7SA 3W6AA 1L70A 3WUAA 134LA 1BB6A 1P2LA 5APCA 1L93A 2H5ZA 4YXAC 1PQMA 1IY3A 1PS5A 5I53A 1OUEA 1I20A 3RW8A 2OEAX 2G4PA 231LA 1HFXA 1C6FA 198LA 1GF7A 5F9UA 1JSFA 4W52A 141LA 4ARMA 1QTCA 1JQUA 1C6IA 4P2EA 195LA 3OE8A 3AW7A 3A3QA 1L37A 4I7NA 5LZMA 4WM4A 5B05A 131LA 1CU3A 4H9HA 1L27A 1IOSA 2OU9A 215LA 3CDVA 1D0KA 1LI3A 4FDYA 2Z12A 2DQHY 1UACY 1YL0X 4LZMA 4MR1A 2DQGY 5B1FA 3A91A 2Z6BA 3C8RA 4U3XB 1YAMA 2O79A 3DKEX 1I1ZA 1D2WA 2BQBA 2ANXA 1YKXX 3L2XA 2RAYX 1F10A 4DD2A 4ETBA 2HEFA 1XEPA 1DYEA 1QT8A 137LA 4LT3A 4HPIA 3B72A 1C10A 3A67Y 4ETCA 3HTBA 226LA 4PRUA 3FA0A 4PHIA 132LA 1GFGA 1CUPA 147LA 1HEQA 1HHLA 3VW7A 216LA 1UC0A 122LA 1L43A 1L97A 2ZIKA 1C67A 3JR6A 1HFZA 4H92A 1B0DA 4XJDA 1L11A 252LA 4W56A 1HEOA 1INUA 5A3ZA 2YVBA 4J1AA 1D2YA 3DMXA 1WVUA 3DN4A 1XGRC 5KKIA 1UICA 3AGHA 4Z3MA 103LA 4B49A 4WL7A 4WO6A 2N5ZA 2RBNA 1OWZA 109LA 237LA 4KPMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z18 A;  2RBR A;  5C6L A;  1CU2 A;  1D0M A;  1A2Y C;  4HP0 A;  1L28 A;  1L0J A;  238L A;  1D3F A;  4H9A A;  1D3M A;  5KXK A;  1L30 A;  1GFU A;  1LYE A;  1NF5 A;  3WVY A;  2BQE A;  3ZEK A;  1C6A A;  1C62 A;  4XEN A;  2AUB A;  3C82 A;  4N0J A;  1JKC A;  118L A;  1KW5 A;  4H8Y A;  4NHS A;  176L A;  2A4T A;  1L67 A;  2Q9D A;  2BQG A;  4OOO A;  3L64 A;  1QUD A;  3LZ2 A;  4DWX A;  1GE0 A;  1QDR A;  4PRQ A;  1GB9 A;  1HFY A;  5KXY A;  1A4V A;  4CGE A;  1GF8 A;  3HBD A;  1B5W A;  1LMN A;  172L A;  4EKS A;  1D3J A;  4WM1 A;  125L A;  1LWG A;  1QTB A;  201L A;  165L A;  1L74 A;  3AB6 A;  5KXT A;  1C6N A;  1D9W A;  4GN5 C;  3HU9 A;  1J1P Y;  1LZR A;  4H9B A;  4WLY A;  1T97 A;  1L25 A;  1D6Q A;  3W6D A;  1L04 A;  4R6C A;  135L A;  1L36 A;  2YBL A;  4LYC A;  4GLA A;  1RE2 A;  2B75 A;  104L A;  1OQM A;  1XEJ A;  1F0W A;  3B0K A;  4KL7 A;  1UIA A;  4NEB A;  180L A;  1LHM A;  2ZIJ A;  1SX7 A;  1G0G A;  3ULR A;  1L68 A;  1P46 A;  4UWN A;  200L A;  1KXX A;  3CT1 A;  3HDE A;  1CU6 A;  4L41 A;  1L59 A;  1L61 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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