3C83A

Bacteriophage t4 lysozyme mutant d89a in wildtype background at room temperature
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYASLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c83A00
3GUJA 3G3XA 130LA 1PQJA 164LA 4ARLA 1L14A 1SSWA 1L02A 3PDSA 151LA 229LA 3HH6A 1DYDA 1KW7A 1L13A 259LA 3DN1A 1P64A 1T97A 248LA 1PQOA 1DYGA 257LA 1D9WA 4W53A 1D2WA 1L20A 230LA 4AQNA 1T8AA 191LA 175LA 1L10A 172LA 1P7SA 1C6PA 1C6EA 240LA 3NYAA 1L40A 200LA 152LA 187LA 4LDLA 181LA 1G1WA 3SB8A 1P56A 4EJ4A 3FI5A 247LA 2OE4X 190LA 1L72A 2OE9X 4S0WA 1QT6A 4ZPUA 2OTZX 2A4TA 1QTHA 1L04A 2RB1X 1L75A 167LA 209LA 3DMZA 211LA 4W52A 1LPYA 1L64A 1XEPA 1L61A 1D3NA 1L95A 1QUDA 1XJUA 2F32A 1L87A 1L27A 1LYEA 3SB7A 170LA 2OU9A 1C6FA 1SWZA 5I14A 1C63A 3DN3A 3HH3A 173LA 1L67A 1QTVA 1QUHA 206LA 3G3VA 1OWYA 2RBQA 1LI3A 4I7OA 3SN6R 3NY8A 120LA 2B73A 1L50A 224LA 3CDQA 1SSYA 1B6IA 143LA 3F8VA 2ANXA 1WTHA 107LA 4LZMA 7LZMA 144LA 233LA 1QT3A 150LA 1L73A 1ZYTA 245LA 3D4SA 4I7SA 239LA 111LA 1XJTA 215LA 1T8FA 4PK0A 1L94A 3SBAA 3V2YA 1L31A 1PQKA 3SB5A 3HTFA 127LA 140LA 1C67A 114LA 1LGXA 1LYFA 169LA 2RAYX 183LA 2LCBA 3CDVA 260LA 3HT7A 3HUAA 3GUPA 254LA 1QUGA 262LA 210LA 1L26A 1L23A 1L68A 1OVHA 178LA 1L0KA 1C6GA 1L32A 219LA 1L44A 159LA 252LA 126LA 2NTGA 1L56A 141LA 1L89A 2CUUA 1L48A 217LA 2F2QA 3HUQA 2RB2X 1LYGA 3PBLA 137LA 3GUIA 3RZEA 4ARMA 2OU8A 108LA 1L96A 1KY0A 4EKPA 1CTWA 2ANVA 1C6QA 1L66A 158LA 2RBSA 1L63A 118LA 1CU5A 2B7XA 235LA 4YXCA 2B74A 2Z6BA 1JQUA 185LA 1P2LA 243LA 2B6TA 3FA0A 2B6XA 3HTDA 1CU2A 1L58A 3OE9A 1SX2A 1G0GA 1G0MA 222LA 2QB0B 232LA 4W57A 1L54A 1L37A 161LA 2OEAX 1D3FA 162LA 3C81A 3CDRA 3HTGA 2L78A 4I7PA 1L47A 3HH5A 2RBNA 1QTDA 3LZMA 1C6NA 1G0KA 1OV5A 3GUNA 1P46A 1ZURA 3HT8A 1L0JA 3C83A 2RAZX 1C6TA 226LA 1L57A 2IGCA 157LA 3SB6A 1C6LA 1LGWA 2QARC 1L03A 4DJHA 249LA 147LA 1QTBA 128LA 4I7TA 1PQMA 1L24A 4W56A 198LA 1L30A 3HU9A 1OVKA 4I7QA 1C6HA 1C6MA 168LA 125LA 1L36A 1P36A 180LA 1L25A 3OE8A 2LC9A 1C6BA 1L51A 1CV1A 1LWKA 253LA 1KS3A 1CVKA 3DN4A 1D3JA 1C68A 1QT7A 1L45A 4OO9A 2HUMA 4EKRA 148LE 2B6WA 4IAPA 3C82A 3G3WA 4DAJA 218LA 1L07A 1G0QA 2B6ZA 1CV3A 102LA 149LA 250LA 174LA 1CV0A 3GULA 1QSBA 1G0PA 1L42A 1L29A 177LA 1P5CA 213LA 1T8GA 3DMVA 1CV6A 2OU0X 1L46A 4PJZA 3JR6A 1L79A 1C60A 1C65A 1L08A 1L28A 4ARJA 258LA 4GBRB 3C8QA 1TLAA 1L82A 3HWLA 3L64A 1L43A 110LA 1EPYA 3C8RA 1LGUA 113LA 2O79A 1L15A 1LI2A 1PQDA 119LA 182LA 166LA 3HDFA 188LA 4EPIA 5LZMA 115LA 4I7NA 1CU6A 1C64A 236LA 1L11A 1P3NA 171LA 6LZMA 129LA 1DYEA 1L93A 3K2RA 4ARQB 1CX6A 3QAKA 1L34A 1LYDA 138LA 2RBRA 1DYCA 199LA 1OV7A 205LA 122LA 1LW9A 3DNAA 4W54A 109LA 3DN8A 1SX7A 1CUPA 4E97A 3HT6A 1L77A 2OTYX 1C6KA 3VW7A 4ARPA 4LDOA 1OWZA 1QT4A 1LYJA 221LA 1LYIA 242LA 220LA 1L97A 3UONA 4EKSA 4W58A 163LA 3L2XA 1T6HA 4I7JA 4W51A 3C7WA 3DMXA 1JTNA 156LA 1OVJA 3DN2A 1L22A 3RUNA 1L35A 142LA 251LA 2Q9DA 189LA 1G07A 1L80A 241LA 184LA 2Q9EA 1L05A 1CU0A 1QT8A 4I7RA 1L86A 1L18A 2O4WA 3EMLA 2F47A 1CV4A 3GUMA 4I7LA 1L33A 225LA 103LA 3DN0A 3OE0A 227LA 1P6YA 4YX7C 1C62A 1L09A 2B70A 1L06A 1L39A 3HU8A 1P37A 212LA 216LA 1SWYA 228LA 3C8SA 231LA 201LA 2RBPA 3DN6A 3OE6A 3GUOA 1L41A 1L99A 1L00A 1NHBA 1L84A 1C6CA 1LYHA 1G0LA 1I6SA 3F9LA 1DYFA 1D2YA 1C61A 1L21A 1L60A 1DYBA 2B72A 1C6JA 123LA 1L90A 146LA 145LA 237LA 176LA 2B6YA 131LA 2O7AA 1LI6A 246LA 1C6AA 1CX7A 3HDEA 2B75A 1K28A 4W59A 3HTBA 1G06A 3SBBC 1L70A 255LA 112LA 1G1VA 1L69A 223LA 244LA 4YXAC 1L98A 214LA 2RB0X 1JTMA 1PQIA 3DKEX 1L38A 3V2WA 1L55A 1P2RA 197LA 1C69A 195LA 1C6DA 1L88A 2OE7X 1C6IA 238LA 1KY1A 4I7KA 1C66A 4LDEA 1DYAA 1L76A 1QUOA 1QT5A 3HT9A 261LA 1L62A 3NY9A 104LA 160LA 2LZMA 1QTCA 1QS5A 1QS9A 186LA 4W55A 1KNIA 3SB9A 1KW5A 1L12A 2RBOA 1L17A 1L74A 4EPFA 256LA 1L19A 2HUKA 2RH1A 1CV5A 4DKLA 1QTZA 4EXMA 1L81A 4ARQA 3CDOA 3HH4A 4GRVA 1L16A 4K5YA 3C7YA 2NTHA 1L71A 1D3MA 1L01A 139LA 1L85A 196LA 1L53A 3FADA 1LWGA 234LA 1L83A 3CDTA 3C80A 1G0JA 1L59A 4ARMB 1L65A 1L91A 1LLHA 1QSQA 1ZWNA 1L92A 4EKQA 1L52A 155LA 1L49A 2HULA 165LA 192LA 1CU3A 3GUKA 1CUQA 4I7MA 3ODUA 1OYUA 3HUKA 3C7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AM7A 1UC0A 3QY4A 4X3BA 1L14A 1L02A 5HNCA 1GD6A 229LA 4KXIA 1L13A 1HFZA 1T97A 248LA 1PQOA 1I1ZA 3OK0A 3W6DA 2XQOA 230LA 3WL2A 3WUMA 175LA 1L10A 172LA 3D3DA 4B4EA 1IOSA 2ZIKA 4LDLA 3FI5A 4OWEA 2ZYPA 2OE9X 4S0WA 2A4TA 1ZV5L 3A34A 1DZBX 4TSCA 5FSTA 3CT0A 209LA 3DMZA 211LA 1LPYA 1L64A 5LVHA 1XEPA 1LHIA 1L95A 1LCNA 1QUDA 5KXKA 1LJ4A 2I26L 2Q0MX 1AT5A 3DN3A 3HH3A 3EO5A 1L67A 1QUHA 2RBQA 1LHHA 5DLAA 4I7OA 3TMWA 4LZTA 3CDQA 1IP5A 2DQHY 1JPOA 1WTHA 2DQEY 4LZMA 4I7SA 1L73A 5D5FA 3GXRA 1AT6A 1GFVA 1PQKA 3SB5A 5LYTA 1JTOL 1LSCA 1LHKA 4GN3A 1C67A 4L41A 3CDVA 4XJHA 3HUAA 1LTMA 254LA 1WQMA 4J1BA 262LA 4PJ2C 1IC5Y 219LA 159LA 252LA 208LA 126LA 4H91A 1GEVA 2RB2X 1LYGA 1FKVA 4ARMA 108LA 1CKHA 1L96A 1UICA 4H9EA 2ANVA 118LA 1CU5A 2W1XA 153LA 2B74A 1JTTL 2ZIJA 2B6TA 1LZ5A 3OE9A 5B59A 1OUEA 1I20A 2HECA 4I0CA 4KT3A 1L37A 1VEDA 162LA 1IWYA 3C81A 1LJ3A 1UIAA 1L47A 1FBIX 2RBNA 1H6MA 1C6NA 3GUNA 1ZURA 4XADA 2G4NA 4GN4A 4WLYA 3C83A 1D0MA 4KL7A 3AZ7A 1C46A 1SLYA 4BAPA 2XJWA 147LA 5JENB 1QTBA 4LFXA 1L24A 1ZMYL 4XYYA 1GBOA 2B5ZA 168LA 125LA 1LYYA 4PRUA 4QY9A 3P68A 3IJVA 1CV1A 1LWKA 1JJ3A 4B4JA 3DN4A 1LMCA 1C68A 1L45A 4OO9A 1WTMA 3TXIA 2HU1A 4H1PA 3TMXA 2G4PA 1L07A 3WUAA 1CJ7A 1CV3A 102LA 149LA 250LA 174LA 4H9HA 1L29A 1BB3A 4HTKA 1F10A 4ML7A 1LZ9A 3WXUA 1L79A 3AZ4A 1L08A 1GFKA 1IEEA 3C8QA 1J1XY 1L82A 193LA 3L64A 4NEBA 3P66A 3ZVQA 3GXKA 1LGUA 2MEAA 113LA 2O79A 5B1FA 1L15A 1PQDA 5C6IA 3HDFA 3CSQA 1IO5A 3RT5X 1D6QA 3D9AC 4WLXA 1A4VA 1F6RA 129LA 2YSSC 138LA 1JSEA 2RBRA 4NGLA 122LA 3DNAA 4FJRA 4W54A 2X0AA 3LHMA 3DN8A 1NDGC 4E97A 1BQLY 4HJZA 1IIZA 6LYZA 1B7SA 1C6KA 4LDOA 1YKXX 3IJUA 1LYJA 1VDSA 1LYIA 220LA 3AGGG 4RW1A 1T6HA 3QE8A 1JTNA 156LA 1B7LA 3DN2A 5LA5A 2Z38A 142LA 251LA 2Q9DA 1G07A 1L80A 184LA 1IY4A 4I7RA 1L86A 3WVYA 2ZILA 1LZ8A 1NWGA 3EMLA 1NMMA 1YIKA 3GUMA 225LA 3DN0A 2BQLA 1XGQC 4XJGA 2I25L 4ET8A 1L09A 2B70A 1LKSA 1L06A 3A90A 1P37A 4W94A 4N9RA 4MSTA 228LA 3A94A 201LA 3N9CA 3OE6A 3GUOA 1L41A 1O23A 1C6CA 1LYHA 1UIBA 4H8ZA 1DYFA 1D2YA 1L21A 1B5XA 2HEDA 1DYBA 1B7RA 1UIGA 1C6JA 1VDTA 1N4FA 3J6KA 237LA 2B6YA 131LA 5C6LA 1ZVYB 4G4CA 4IJ4A 1LZCA 2O7AA 246LA 1CX7A 1WQOA 1B2KA 1XFPL 1GF8A 3TMVA 3SBBC 4GCDA 1YQVY 1SQ2L 4IASA 1IC4Y 1AZFA 1LHMA 244LA 1L98A 4O34A 3A67Y 2D4KA 1JTMA 1WVVA 1L38A 2D4JA 1FLYA 1WQNA 1YKZX 1C69A 195LA 1L88A 1NHEA 1C66A 4LDEA 1D6PA 1FLUA 1YL1X 3TXDA 4UWNA 1C08C 5KY1A 2LZMA 4W55A 1L12A 2FYCA 2RBOA 1L17A 2A7FA 2CJLA 1XGRC 4DQ7A 1XEKA 4EPFA 3BKVA 4H9AA 1CV5A 5M1YA 1LHLA 1GDXA 1QTEA 2MEIA 3C7YA 1D3MA 1L01A 139LA 5KXXA 4DD2A 1L53A 2DQFC 1GAYA 4EMNA 2DQIY 1L83A 1IOCA 4J0LA 4ARMB 1HF4A 1OUDA 3B0KA 4WM5A 5KXPA 1CU3A 1LKRA 1OYUA 3HUKA 2ZQ4A 1GBWA 1PQJA 4W96A 4ARLA 4C3WA 3HH6A 1FLWA 1DYDA 4DQ5A 3DN1A 2FYDA 4WM6A 1D2WA 2F2NA 1L20A 4J1AA 1HEQA 3W6AA 191LA 3AW7A 1HFYA 4XJIA 1LHJA 1L40A 187LA 1B7MA 4NSHA 181LA 1G1WA 3SB8A 3RZ4A 2I6ZA 247LA 2OE4X 2MEEA 1REYA 5KXTA 1LSZA 1D0LA 4NIJA 3WULA 1JIYA 4DD1A 1UIDA 2MEFA 3M18B 6LYTA 4N1EI 1L61A 4LT0A 5F81A 4PHIA 1XJUA 1JSFA 3SB7A 1ZVHL 2OU9A 1SWZA 3EMSA 1KXYA 4LT2A 3M3UA 3W6FA 1J1PY 3T6UA 3WW6A 1IP1A 3G3VA 3T36A 2LHMA 3NY8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1AM7 A;  1UC0 A;  3QY4 A;  4X3B A;  1L14 A;  1L02 A;  5HNC A;  1GD6 A;  229L A;  4KXI A;  1L13 A;  1HFZ A;  1T97 A;  248L A;  1PQO A;  1I1Z A;  3OK0 A;  3W6D A;  2XQO A;  230L A;  3WL2 A;  3WUM A;  175L A;  1L10 A;  172L A;  3D3D A;  4B4E A;  1IOS A;  2ZIK A;  4LDL A;  3FI5 A;  4OWE A;  2ZYP A;  2OE9 X;  4S0W A;  2A4T A;  1ZV5 L;  3A34 A;  1DZB X;  4TSC A;  5FST A;  3CT0 A;  209L A;  3DMZ A;  211L A;  1LPY A;  1L64 A;  5LVH A;  1XEP A;  1LHI A;  1L95 A;  1LCN A;  1QUD A;  5KXK A;  1LJ4 A;  2I26 L;  2Q0M X;  1AT5 A;  3DN3 A;  3HH3 A;  3EO5 A;  1L67 A;  1QUH A;  2RBQ A;  1LHH A;  5DLA A;  4I7O A;  3TMW A;  4LZT A;  3CDQ A;  1IP5 A;  2DQH Y;  1JPO A;  1WTH A;  2DQE Y;  4LZM A;  4I7S A;  1L73 A;  5D5F A;  3GXR A;  1AT6 A;  1GFV A;  1PQK A;  3SB5 A;  5LYT A;  1JTO L;  1LSC A;  1LHK A;  4GN3 A;  1C67 A;  4L41 A;  3CDV A;  4XJH A;  3HUA A;  1LTM A;  254L A;  1WQM A;  4J1B A;  262L A;  4PJ2 C;  1IC5 Y;  219L A;  159L A;  252L A;  208L A;  126L A;  4H91 A;  1GEV A;  2RB2 X;  1LYG A;  1FKV A;  4ARM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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