3C83A

Bacteriophage t4 lysozyme mutant d89a in wildtype background at room temperature
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYASLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c83A00
1CU0A 241LA 236LA 1L06A 1EPYA 4I7NA 243LA 1D3JA 166LA 2B74A 2HUMA 158LA 1L66A 1C67A 107LA 3PDSA 1KW7A 1T8AA 1P46A 1L40A 246LA 234LA 142LA 3QAKA 1C6NA 3OE6A 253LA 1C66A 1PQKA 159LA 3HWLA 119LA 1D9WA 4EPIA 1L35A 3V2YA 164LA 1OVJA 215LA 2OE9X 1L17A 143LA 1T97A 1CX6A 3ODUA 3LZMA 2OE7X 4W52A 3NY9A 250LA 3C8RA 4W58A 2RAZX 108LA 171LA 249LA 1K28A 1L91A 245LA 260LA 4LDLA 4AQNA 4GBRB 2HUKA 2OE4X 178LA 191LA 1CV1A 4DKLA 1QT3A 211LA 4I7QA 2B6TA 1L20A 1L42A 217LA 1L71A 231LA 212LA 2O4WA 3CDOA 4I7OA 1C6JA 2RBSA 1CX7A 3HU8A 138LA 4DAJA 1G0GA 1L32A 1L38A 1P7SA 1C6AA 1L30A 110LA 1L16A 4S0WA 1P64A 2RBNA 2B75A 1SWZA 1L10A 1KS3A 257LA 2OTYX 1QTVA 1P56A 4W54A 1L36A 3DN6A 1L57A 185LA 4GRVA 1LWKA 223LA 182LA 1L80A 214LA 4ARQA 174LA 1L75A 1C6CA 160LA 156LA 2Z6BA 235LA 103LA 1KY0A 2RBRA 4W57A 3DN1A 3K2RA 205LA 139LA 1P36A 1SSYA 151LA 1PQMA 2B6ZA 1XEPA 3HT9A 3FA0A 1LI2A 1L21A 114LA 2ANXA 3GUMA 130LA 1D2WA 1QSBA 4ARLA 3EMLA 168LA 1L82A 1L27A 1LI6A 1OVHA 1C63A 1L77A 238LA 3HDFA 230LA 2OTZX 252LA 1L86A 4ARPA 4E97A 173LA 1PQIA 2RB1X 4LDOA 1CUQA 1QS5A 3DMVA 1L50A 1T8FA 3GUJA 1L01A 112LA 3RZEA 1L39A 195LA 4W59A 1L79A 3FADA 1DYGA 2F32A 2A4TA 1L58A 170LA 1L92A 1KW5A 163LA 126LA 1P37A 2CUUA 1L02A 201LA 1L0JA 1L93A 7LZMA 1LYIA 4I7JA 1L51A 3RUNA 206LA 144LA 3GUIA 1L99A 1LGWA 181LA 1L81A 1G0QA 145LA 3CDTA 1C6MA 188LA 2OU8A 1L55A 242LA 2HULA 2OU9A 228LA 4ARJA 1C6LA 3GUNA 1C6TA 183LA 1L49A 1L33A 3F8VA 3GUOA 1SX2A 237LA 1L74A 1G1WA 4ZPUA 165LA 1C6IA 1LLHA 129LA 1ZWNA 150LA 1CV4A 147LA 233LA 255LA 1P2LA 1L07A 1C60A 2NTGA 3G3XA 1SSWA 232LA 2IGCA 3HH5A 1SWYA 1C6HA 254LA 3HDEA 4K5YA 1L24A 1QT7A 3CDQA 104LA 1L69A 1P2RA 4EPFA 3HH4A 1CV3A 3C8QA 3HT6A 1CU5A 1QT4A 1WTHA 1QUOA 3NYAA 4YXAC 1LYHA 1QS9A 3OE8A 1P3NA 3SBBC 2B73A 162LA 1L05A 210LA 4W51A 1G0MA 3DN4A 1G07A 4ARMB 1C6BA 4EKRA 1L47A 1CU6A 226LA 161LA 3VW7A 113LA 122LA 1L64A 213LA 2B6YA 4W56A 3HH3A 4LZMA 209LA 2ANVA 3HTDA 4I7RA 3DMXA 1L29A 1I6SA 1QT5A 1OWZA 3F9LA 1QT6A 1L00A 2RB2X 3C82A 1L83A 219LA 148LE 199LA 1L56A 2RB0X 1T6HA 1DYEA 1LYDA 3C81A 222LA 3C7YA 4I7LA 1L12A 2B70A 1ZURA 1DYAA 2F47A 1L95A 1C6GA 1QT8A 1L87A 2LZMA 1OVKA 1OWYA 239LA 3GUPA 1L63A 1CUPA 197LA 1C6EA 1C62A 4I7PA 251LA 3C7ZA 5I14A 1DYCA 2O7AA 1L84A 3SN6R 1L52A 1L88A 1PQJA 1CV0A 1NHBA 200LA 2OEAX 1L61A 2B6WA 1C69A 1LI3A 1CTWA 247LA 225LA 3NY8A 3GULA 3JR6A 4EKPA 189LA 1C68A 1L94A 1C6KA 1L62A 1DYDA 2OU0X 3HTFA 2LC9A 218LA 4I7TA 1ZYTA 3SB7A 3HT7A 1L23A 1D2YA 1QUGA 227LA 3HT8A 1DYFA 4PJZA 4IAPA 259LA 1LYFA 1L25A 184LA 131LA 1LYEA 1L73A 1QUDA 141LA 2O79A 1LWGA 1G0PA 177LA 137LA 1QTZA 216LA 1L09A 155LA 1L72A 1L04A 1L41A 2QB0B 1QSQA 3OE9A 1OYUA 3L64A 2F2QA 1KY1A 3DNAA 2LCBA 102LA 115LA 1L28A 2L78A 3HTGA 2NTHA 3G3VA 4OO9A 1L90A 4I7KA 4ARQB 1L96A 1L18A 128LA 1TLAA 221LA 1C6FA 1L48A 3PBLA 3C83A 1LYGA 3C8SA 3DMZA 224LA 1L46A 3DN8A 3HUAA 1LPYA 4EXMA 1L08A 1L76A 3DKEX 1L44A 192LA 125LA 180LA 1QUHA 3C7WA 6LZMA 1L19A 3G3WA 1L97A 4EKSA 1CV6A 4EKQA 196LA 2Q9DA 120LA 1C64A 3HUKA 1L89A 1L98A 118LA 1G0JA 1LW9A 1LGUA 152LA 1L03A 3HUQA 1CU3A 1L34A 3CDVA 2B6XA 2B7XA 5LZMA 3D4SA 1L15A 140LA 3C80A 4W53A 186LA 4W55A 1G1VA 123LA 1C6DA 127LA 1CV5A 1L70A 146LA 1OV7A 3CDRA 1DYBA 1L68A 1L13A 261LA 1D3NA 1G0LA 4YX7C 190LA 167LA 2RBOA 1PQDA 1CU2A 175LA 3HU9A 1QTBA 1L0KA 3DN3A 1L59A 1CVKA 4LDEA 1L14A 1L26A 3HTBA 4I7SA 1L37A 1C6QA 2RH1A 111LA 1KNIA 2QARC 1P6YA 1C61A 1G06A 3GUKA 1XJUA 198LA 4YXCA 1L22A 1QTDA 3L2XA 3SB8A 3DN2A 1G0KA 1PQOA 262LA 258LA 1QTHA 109LA 187LA 3FI5A 1L65A 1L11A 3V2WA 1SX7A 1JTNA 2Q9EA 240LA 3SB9A 229LA 1C65A 1D3FA 1XJTA 256LA 3OE0A 4PK0A 220LA 1QTCA 4EJ4A 169LA 149LA 1JQUA 1OV5A 3DN0A 3HH6A 4I7MA 1P5CA 1L67A 3SB6A 2RBQA 4DJHA 1C6PA 3SBAA 1L60A 1LGXA 1JTMA 4ARMA 1T8GA 157LA 1B6IA 176LA 172LA 2RBPA 1L43A 248LA 244LA 3SB5A 1L53A 1L85A 1L54A 1LYJA 2RAYX 2B72A 3UONA 1D3MA 1L31A 1L45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQGA 6LYZA 236LA 4GCCA 3LN2A 4I7NA 1D3JA 166LA 7LYZA 4WLDA 1GBYA 1LZCA 1C67A 4MCKA 1OUJA 3PDSA 5IELA 1HFXA 1KW7A 1P46A 5D5FA 234LA 142LA 1C6NA 253LA 1C66A 1D9WA 194LA 1L35A 1QTEA 2OE9X 1LZNA 4NG8A 2OE7X 3C8RA 3TXHA 4W58A 1V7TA 2RAZX 171LA 2BLYA 9LYZA 4XJBA 5LYMA 1NBYC 4H91A 4ZEEA 1LZ4A 1N4FA 1UBZA 2EPEA 4GBRB 4WM1A 1UACY 4I7QA 5APCA 1OP9B 1EQ5A 217LA 4NSJA 2BQAA 3W6DA 5T3FA 3CDOA 4HTNA 3WUNA 1OUCA 1B5WA 1I56A 1L30A 1L16A 4YENA 1KXYA 1P64A 4DYGA 4B0DA 2BQJA 4NHSA 2OTYX 1LSFA 1B0DA 3IJUA 1L36A 3DN6A 1IWXA 185LA 1LWKA 1BGIA 223LA 4W94A 1BB4A 214LA 1IR9A 4ARQA 4ZFPA 1AT5A 1C6CA 156LA 5F16A 5LXWA 1UIHA 3CT5A 1WVVA 1P36A 1LJIA 1SSYA 1PQMA 1YAPA 5KY1A 4IJ4A 1C08C 1LZYA 1GB5A 1OUFA 230LA 2BQCA 1T6VL 1GWDA 4LDOA 2RB1X 4G9SA 5F9XA 3RZEA 4IASA 195LA 3W3EA 3FADA 1DYGA 2F32A 3A3QA 170LA 163LA 1P37A 201LA 1F6SA 1L93A 3BKVA 5II3A 1LSBA 1LYIA 1IC4Y 206LA 1L99A 1LSEA 1E8LA 3GXKA 2YBJA 5HNCA 1C6MA 188LA 2W1YA 1GAYA 1C6TA 1SX2A 1L74A 4NSHA 1LLHA 147LA 233LA 4LFXA 2Z19A 1L07A 1UIDA 2IGCA 1GBXA 1GE0A 2CWIA 1C6HA 254LA 3ULRA 1YAMA 104LA 3HH4A 1CV3A 1TBYA 3HT6A 3B6LA 1AT6A 1LZEA 1LYYA 1HEWA 2MEHA 1XFPL 5KXLA 210LA 4DD7A 4GCBA 226LA 3VW7A 2ZQ4A 122LA 2B6YA 213LA 4W56A 3B0OA 2D6BA 3HH3A 1LSDA 5HLLA 5HMJA 5EBHA 1UIFA 5E4PA 1OWZA 1QT6A 1L83A 1LSZA 1YQVY 4DC4A 5LYTA 4Z46A 4TWSA 2LZTA 3C81A 3ZVQA 222LA 1L12A 3WUMA 2BQDA 1L87A 2LZMA 4NHIA 1JKDA 1GBWA 2HEAA 1L63A 2XBSA 197LA 5KXXA 1IP7A 5I14A 4LFPA 5L9JA 1HENA 1CV0A 4NEBA 5LVKA 1LZSA 200LA 1WTMA 2Z2EA 3CSQA 1C69A 2PC2A 3NY8A 225LA 247LA 189LA 1C68A 5KXPA 3OK0A 2OU0X 1IP6A 4I7TA 2FBBA 2XBRA 2Z37A 3CB7A 3HT7A 4H90A 1D2YA 227LA 4OWCA 1DYFA 4IAPA 1L25A 4Z41A 1YL1X 2D4IA 1L09A 1REMA 4DD3A 1UIEA 1RJCB 4H9AA 2F2QA 1KY1A 4G4BA 3DNAA 2LCBA 1KIRC 1HMKA 2EKSC 3HTGA 1XSFA 5DL9A 1GFEA 4BAFA 1GB6A 4OO9A 1L96A 4ETCA 1WVUA 1L18A 128LA 4ET8A 4W96A 4ETBA 2YBHA 2D4JA 3PBLA 3DMZA 1SQ2L 1OUDA 4EXMA 4NGLA 1BVKC 1L08A 3DKEX 1C10A 1HC0A 180LA 2RSCA 4H94A 5I53A 1B7MA 1L19A 2G4NA 5LVIA 4OWEA 4EKQA 196LA 5APFA 2XQOA 3W6EA 1C64A 3HUKA 5ILFA 4C5FA 1HERA 1NMMA 1CU3A 2HUBA 2B6XA 2B7XA 2I6ZA 3D4SA 2HU3A 2LYZA 140LA 4NHTA 1LSAA 1FLQA 1C6DA 135LA 4HJYA 2DQDY 2C8PA 1CV5A 1EQEA 1DYBA 1L13A 261LA 4ML7A 1QUSA 2BQKA 3BKHA 1GFGA 2F2NA 3FE0A 1PQDA 1CU2A 1QTBA 1VDQA 1LSPA 3AW6A 4LDEA 2RH1A 1C6QA 4LZTA 5F14A 1YKXX 2YBNA 1CJ9A 1P6YA 1YL0X 2G4PA 1C61A 2BLXA 5I5QA 3CSZA 1XJUA 3N9CA 1L22A 1G0KA 4LT1A 2ZYCA 4LYTA 262LA 4OOTA 1L65A 1B5ZA 1G7MC 2YBIA 1JTNA 229LA 4J7VA 1B7NA 256LA 3LYMA 1OV5A 1EQ4A 4RW1A 3AW7A 3DN0A 4DQJA 1C6PA 3SBAA 1L60A 1WQOA 1DPWA 4HJZA 1LPIA 1B6IA 1FN5A 2RBPA 1IP5A 4ZIXA 4Z98A 5F81A 4CFOA 1VEDA 3UONA 2YBLA 2FBDA 1GEZA 4DD1A 1CU0A 4P2EA 1L06A 3WH1A 2HUMA 4YF2A 1YROA 2FYCA 3HFMY 3OE6A 4DT3A 4GN5C 4NGOA 3TXFA 4QY9A 1GF5A 5C6JA 3WW6A 1FBIX 1LJJA 215LA 1GF9A 3EMSA 3N9EA 4DQ5A 1T97A 2DKVA 4W52A 1IC5Y 2X0AA 1LZ5A 1OUGA 249LA 1GF3A 245LA 1LYZA 2ZQ3A 260LA 3P65A 191LA 4DKLA 1LSYA 1QT3A 2YBMA 5KKJA 2DQJY 1ZVHL 1GFHA 1L71A 2O4WA 1CKDA 4TSCA 1CX7A 4H8YA 4WMGA 1LMTA 1C6AA 2W1MA 110LA 1P2CC 4PRQA 5DM9A 257LA 3W6AA 1QTVA 1P56A 3QY4A 3B72A 4PHIA 1L57A 4GRVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQG A;  6LYZ A;  236L A;  4GCC A;  3LN2 A;  4I7N A;  1D3J A;  166L A;  7LYZ A;  4WLD A;  1GBY A;  1LZC A;  1C67 A;  4MCK A;  1OUJ A;  3PDS A;  5IEL A;  1HFX A;  1KW7 A;  1P46 A;  5D5F A;  234L A;  142L A;  1C6N A;  253L A;  1C66 A;  1D9W A;  194L A;  1L35 A;  1QTE A;  2OE9 X;  1LZN A;  4NG8 A;  2OE7 X;  3C8R A;  3TXH A;  4W58 A;  1V7T A;  2RAZ X;  171L A;  2BLY A;  9LYZ A;  4XJB A;  5LYM A;  1NBY C;  4H91 A;  4ZEE A;  1LZ4 A;  1N4F A;  1UBZ A;  2EPE A;  4GBR B;  4WM1 A;  1UAC Y;  4I7Q A;  5APC A;  1OP9 B;  1EQ5 A;  217L A;  4NSJ A;  2BQA A;  3W6D A;  5T3F A;  3CDO A;  4HTN A;  3WUN A;  1OUC A;  1B5W A;  1I56 A;  1L30 A;  1L16 A;  4YEN A;  1KXY A;  1P64 A;  4DYG A;  4B0D A;  2BQJ A;  4NHS A;  2OTY X;  1LSF A;  1B0D A;  3IJU A;  1L36 A;  3DN6 A;  1IWX A;  185L A;  1LWK A;  1BGI A;  223L A;  4W94 A;  1BB4 A;  214L A;  1IR9 A;  4ARQ A;  4ZFP A;  1AT5 A;  1C6C A;  156L A;  5F16 A;  5LXW A;  1UIH A;  3CT5 A;  1WVV A;  1P36 A;  1LJI A;  1SSY A;  1PQM A;  1YAP A;  5KY1 A;  4IJ4 A;  1C08 C;  1LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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