3C9HA

Crystal structure of the substrate binding protein of the abc transporter from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
339
structure length
334
Chain Sequence
PALAQVAVFPALSGQTLVVYSSLDEPLATPMIEGFQKANPDIAVHYEDMLTGEIYDRIVKETDAGKKTADFAFSSAMDLQVKLSNDGYAQRSDLAMSARWPAWANWRNTAYALTFEPAVFVYHKPSFTTEKPPATRAEFVDYLERHAKEVHGRIATYDIERGVGFLFMSRDQEQFGDIWSVIKAMGAAGVKVYSTSSAILERVSDGRFVLGYNILGSYAADWASRHPDVGIVLPKDYTVVMSRIGLVPEAAANPELGRRYLEFFMSKEGQTIMARQLQIPAVSPEVAGENTANTMQAIHGAQLRPVPVSPGLMVYLDQVKRSRLIERWNEALRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein
total genus 117
structure length 334
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA01
1OLCA 5CRYA 1ZKBA 3C34A 4TLLB 4F1VA 5TU0A 3VVEA 2ZYOA 1YTVA 4FAJA 2F35A 2H5YA 3QK6A 1LFIA 4BDQA 1B3GA 2GFEA 1FTJA 3ZKKA 2H25A 3K2DA 3QAXA 5JK4A 2F6GA 2XXUA 4L17A 3HCQA 1MQJA 1N3XA 5B70A 4PQJA 1US4A 1NL5A 2E1SA 2QJEA 3RT6B 1QUIA 1ZBMA 4IO4A 4YB7A 4ZZAA 2R71A 2XXIA 1N76A 1SI0A 1MM7A 1RYOA 4R74A 3GLBA 5AA2A 1LAXA 4IGRA 4U4XA 1NH8A 4R6KA 5ITPA 4LVQA 2F97A 4F3BA 3D4GA 4OTEA 3OEMA 2W7YA 1JEVA 3TPAA 3OO8A 4ZDMA 1IUDA 2YLNA 4OERA 1VE4A 3PMXA 4OFOA 4FEBA 1D4NA 2HEUA 1SDXA 1I6BA 4GFRA 5L9SA 3IB2A 4QSEA 1UTBB 3USDA 5I58A 3K6WA 1FQFA 4QSDA 2ZXTA 4XXUA 3KN7A 1B5IA 3DP8A 3MPLA 1B2HA 2NWJA 3B6TA 2FYIA 1QUJA 4DE8A 1UQWA 3MP1A 3PUVE 3B7DA 3E9XA 3PUWE 4NTLA 2ZNSA 4KD5A 3E4RA 4PFUA 3SEVA 2P1SA 1ZLQA 3K6UA 2HAUA 4EF2A 4JWOA 2Q8JA 4R2BA 4NF6A 3H6UA 4KQPA 2PX1A 3H06B 5IKBA 1MY0A 4KCCA 1FTKA 5A5XB 3FJGA 3N94A 3FVGA 1H45A 2OBGA 1B9JA 3T22A 1H76A 1MRPA 1QVSA 1ANFA 3IB1A 1NH7A 2RC9A 3U93A 1ZJLA 4HCYA 1N04A 5M2VA 4N07A 1MDQA 2ZYKA 2Y7RA 1URSA 3GBAA 2LAOA 2H9BA 3SERA 1B4ZA 2O1MA 2NOOA 3FIRA 3THIA 1D9VA 1FTMA 2QSXA 3S9LC 1HSEA 2Z8DA 4OESA 4YMAA 1MXUA 2Q88A 4KR5A 4P0IA 4IO3A 4U2RA 3CFZA 3KOSA 1XS5A 4NMYA 4YKPA 4OEUA 3MP6A 5H8SA 3UGWA 4GOTA 2F36A 1P1WA 2I0BA 3V5AA 3HHFA 3GZGA 1JEUA 3KJTA 4G2ZA 3O6GA 4PE5B 2O51A 3MVWA 5HM4B 5H8NA 2HZKA 2OLBA 5JTYB 3ZSFA 4G8HA 3PPRA 3PV0E 3FVOA 4XKRA 4MBPA 3CSGA 5CBSA 4ZECA 2DVZA 4GF8A 3SDFA 5FTHA 1IXIA 3ECRA 3G3FA 1IXGA 1EZOA 3TELA 1IZ1A 3PU5A 4DLDA 2O7UA 1B5JA 1KWHA 1I69A 2P2AA 4F19A 1VSOA 4MH5A 4GVOA 1P99A 3SESA 3K00A 3CVGA 3FASA 3KOTA 5I59B 4OZ9A 1VR5A 5DVJA 4OXVA 1I6AA 2YJPA 4R72A 5HPQA 4F2QA 3T93B 4H8IA 4LZ8A 4E0XA 4NF8A 5H8QB 1IXCA 2HAVA 1AMFA 4C0RA 4RK2A 2I3VA 3WAEA 1B3LA 1MQDA 1XC1A 2O7IA 5TP9B 1L5TA 3C32A 1O63A 2QS1A 2Y7IA 3OMBA 4GLIA 2DWHA 4QSCA 4PFWA 1JVYA 2AL4A 1ZTYA 2DE3A 2V25A 3OEKA 3CIJA 1LAFE 3FVKA 4OVJA 3S9EA 3MWBA 3A09A 3MP8A 1IQ7A 4H67A 1B05A 1MXZA 2AIXA 3SEWA 4RK9A 2F7CA 3ODBA 2R9JA 4EXLA 4ISUA 2F7AA 2REGA 4DXCA 5H8HA 3H03A 2XXWA 1H44A 1JETA 1XVYA 2V93A 4THIA 3RY3A 2XXXA 2Y84A 5B7DA 4AQ4A 3F11A 3LR1A 3I5OA 1LLSA 4KYSA 3U92A 3TUSA 1SW5A 2HCAA 4KFQA 3K4UA 4YB6A 1B4HA 3FGSA 3G3KA 2XX8A 3OXNA 4R9GA 1N3WA 4LZ7A 1TFAA 2XHDA 4GXSB 2A5TA 2PT1A 3TAJA 1Y3PA 3TCHA 3MBPA 5H8FA 1LBCA 1MXXA 2OK2A 1AIVA 1HSLA 5KDTA 4NF4A 1LCTA 4QFKA 4G8NA 4X1BA 1B3FA 1PEBA 4I62A 2XXHA 3M8UA 4F31B 1A55A 4WEPA 5DYHA 3DP6A 4MLVA 1T0KA 2FNCA 3KG2A 4N13A 4ZEDA 5FHMA 4DXBA 2ABHA 3RTWB 3W15C 4F3PA 5AA4B 5DEXB 3E3KA 4GWOA 5FTIA 3DLNA 3W9WA 1SBPA 3W9VA 4XIGQ 3C4MA 3C35A 2OWTA 1MPBA 3G3GA 1NNFA 1LGBC 2AL5A 2HQ0A 5DVIA 4IGTA 4XKQA 3FV1A 1A40A 2D5WA 4X9TA 4QFOA 1B40A 1DTGA 1P1NA 1PBQA 4I9DA 3IOUA 1PBPA 1Y20A 4ZE8A 2DXYA 2Z8FA 3SKPA 3KN3A 1A8EA 2QPQA 3IX1A 3IOTA 3O6HA 4U23A 1B46A 2O68A 3DP4A 2G29A 1LAGE 2IA4A 4TOZA 1P1UA 4GL0A 2DVCA 3PPQA 3MZ1A 3H3GA 4FATA 2OCUA 5I2KA 1BIYA 4G68A 4U22A 3QIMA 3S9NC 4EQ7A 3RQTA 3TEPA 1CB6A 3UN6A 4HCWA 4O3CA 2F8DA 4YZZA 3BKIB 3KSXA 3KSJA 2RC7A 5AA2B 1NFTA 3EN3A 1J1NA 5I2NB 1VFEA 3OOAA 3CRBA 4Q30B 5EHSA 2GRVA 2YPNA 5L9OA 3U1OA 3TZAA 2Z23A 2QRYA 1ZMGA 5I84A 2DE2A 4O3AA 4KCDA 3PMVA 4Q8RA 3FZVA 3HV1A 2DOJA 1S9TA 4YKIA 1MM6A 1EZPA 3FJ7A 2Y7KA 5I58B 2X7QA 5F7VA 5F1QA 3SETA 1BP5A 4NF5A 2ONSA 1SI1A 4DXUA 3V8XB 2DXRA 2XXRA 2XD3A 2CMOA 1FQBA 4POWA 3CFLA 3TQWA 1NNPA 3Q26A 4EDPA 4ZEIA 1IEJA 4YMBA 1GGGA 5K2XA 3PD9A 3O97A 3EHUA 4NF6B 1Y3NA 3O9PA 4ONYA 1XVXA 1H3DA 3OENA 1QKAA 1FTOA 2VHAA 2Z8EA 2PBWA 3LBSA 4FEDA 1QKBA 1ATGA 1BKAA 3TTRA 4LZ5A 1BTJA 2KLFA 2UVIA 4YKKA 3JZJA 4F18A 3SEYA 3TCGA 1M5EA 4JSDA 4KHZE 3BFUA 4RYAA 3VVDA 2ONKE 3O66A 1UTHA 5CI5A 3PUYE 1P1QA 3VV5A 4ZZEA 4RPOA 5I56B 2V84A 1LB8A 2UVGA 3I6VA 1B7UA 3OD7A 2DS9A 4IO5A 3TFLA 3IJXB 4Z0IA 3FXQA 1OLAA 1M5BA 4ELOA 2PYYA 3KBRA 3VXBA 3K01A 3M3FA 1SVXB 3MPKA 3KGCA 1UIVA 3VVFA 1AH5A 3DM0A 1QUKA 2BJJX 4F1UA 5H8NB 5L8DA 5AA1A 3QYTA 2Q9TA 3CG3A 2HXWA 4R73A 4XKPA 3LSLA 4I1DA 1B3HA 3TTNA 3PD8A 1TWYA 1URGA 4C1TA 4H5FA 1BLFA 3I3VA 3H6VA 4OHNA 4G4PA 1EH3A 3VXCA 1B0LA 1GV8A 3HO7A 3H6WA 3R7XA 1B51A 3FD3A 3Q29A 2WKYA 3P7IA 1JVXA 1MPDA 4F3GA 4F39A 2DYXA 1AOVA 3KFMA 1QULA 1NNKA 4QRZA 3TKDA 2G93A 1B1HA 4FECA 1FQAA 2P0SA 4NF8B 4ESWA 3ZKLA 1WODA 1JNFA 3HSTA 4P11A 3T9XB 2Q2AA 2ZNUA 3G3JA 3T9HB 1D3KA 1AL3A 1B58A 3HHGA 5IAIA 1OVTA 4EF1A 1R9QA 4GRKA 1PC3A 2XXVA 2ZNTA 4TLMB 3KJ7A 3G7WA 1FQEA 2Y7PA 4QFLA 4IO7A 1R6ZA 2UXAA 3K1NA 1MY2A 3VLWA 1OQGA 3C33A 1SW2A 4AB6A 1DPPA 4YB5A 3L6HA 3PGFA 3RPWA 1ELJA 4Q5TA 3IJOB 1Z7NE 4OETA 4ND9A 3K1PA 2OJTA 3VE1B 5EHMA 3S9MC 3IB0A 2I6EA 1YPNA 2VD3A 3O6IA 3LSWA 2QS2A 4YAHX 5H8HB 4JB7A 2I0CA 5H8QA 3RUMA 3RN8A 4F1YA 5I57A 2V3UA 2I4BA 2XXPA 1MQGA 4LATA 1N7WA 2D3IA 3DELB 3OELA 2VOZA 3T96B 4JBZA 4DDDA 3VFJA 4EQ9A 1JW4A 4R6YA 1TFDA 1LFGA 4KI0E 4F3SA 1MH3A 4QFNA 2A5TB 4DCXA 4LONB 1FTLA 3N26A 1B7HA 3K1MA 5H8FB 3MVZA 2O69A 5DT6A 3TTKA 5KDTB 3LC8A 3GXAA 1FQCA 2VP1A 4NF4B 3V89B 3Q25A 1FCKA 3PPOA 3O28A 3T9UA 1II5A 2F78A 4YKJA 4FE8A 1D9YA 3JYRA 4LQ5A 2ALUA 1Y4TA 3UORA 4QHQA 4H1XA 2E0SA 3TTLA 4R75A 4BDOA 1PDAA 1R1NA 3L6GA 5CMCA 2O6AA 4BDRA 1TXFA 4POXA 4P0GA 3MZBA 3Q27A 1HSJA 2Z22A 3MC2A 5KCJA 1JW5A 1P1OA 4N6PA 4OFLA 1Y1MA 1MQHA 2Y7WA 2V3TA 4JDFA 1LBBA 4M4GA 4IY5A 3O2AA 2RCBA 2THIA 1S7YA 5CMMA 2AYSA 3RNNA 3TODA 1M5FA 5CMKA 4ESXA 2ONRA 4QF9A 1QW0A 3UK4A 2VGQA 1Y9UA 3EHSA 1B5HA 1UIUA 2H4IA 2I58A 3U8QA 1OQHA 3N6UA 4RPNA 4MF3A 4E0WA 1M5CA 5BWJA 5KZTA 3H4ZA 2X26A 3B6QA 4MFIA 1B52A 1DMBA 4RJZA 3S2VA 3N5LA 2H98A 3M3LA 2ANJA 2D21A 4H0WA 4G68C 1YCJA 1Y4CA 1A54A 2IEEA 1IIWA 5I2KB 4G68B 3OO7A 4JSOA 4HW8A 4TQUQ 3N6TA 1JQFA 3IAZA 4M1VA 2M8CA 1LFHA 4QFPA 2UVJA 3MAMA 1B32A 2OWSA 4LA9A 1PB7A 2RKMA 4ZEKA 1DTZA 3QUJA 2REJA 2I48A 2F5XA 4H8JA 4BDNA 1B7ZA 3FATA 3TMGA 2XX9A 3PMWA 4RXLA 5EYFA 3EPEA 5TPAA 3AXFA 4YU0A 1PB8A 1R9LA 1POTA 4NF5B 4BDLA 3G3HA 1OMPA 1YAEA 3MW0A 1USYE 2H99A 1OIBA 1VFDA 1MY4A 3FV2A 2QMWA 3RGYA 1XT8A 3MZ9A 3A3CA 3VLUA 2GHAA 4OQOA 4GXAA 3D4CA 3BFTA 3ONMA 1DPEA 3TCFA 1FQDA 3TDJA 5I2NA 4OYVA 2PMSA 3JV9A 3OSQA 5ELVA 4KPTA 3ILTB 4KYEA 1NKXA 3C9HA 3PPNA 1EZ9A 1S50A 3OO9A 4I8CA 1SW4A 3T66A 4H6DA 4OWDA 3M3KA 2UYFA 1N7XA 1I6QA 4GQOA 2B3BA 3LUYA 4KYDA 3PUZE 4ELQA 1UTHB 2B3FA 3OO6A 1DOTA 3HN0A 1NNTA 4PP0A 1DSNA 1MY3A 1A8FA 1N84A 1IXHA 2X7PA 2XD2A 2DE4A 3CSBA 1N0TA 1WVJA 1UTBA 4JWYA 3FXUA 2XX7A 2QS4A 3BBRA 4F2OA 2XXTA 2VD2A 4ECFA 5FHOA 1NMUA 4HTGA 1QJMA 1SQYA 3MUQA 3IK6B 1MDP1 3SEUA 3V83A 3K02A 4X48A 1USYH 4UACA 3QXMA 1H43A 4JWXA 3QSLA 5A5XA 4GIZA 3EF7A 3CR9A 3Q28A 1MXYA 1RYXA 2OZZA 2DWIA 2F6PA 1LSTA 5ITOA 2UVHA 3FVNA 5I56A 2R6GE 1CE2A 2DSFA 4OEVA 4IO6A 3G3IA 4FORA 2O84X 4LQ2A 4WEDA 2DWAA 4C1UA 4RNSA 2QL3A 4DIGA 1GTKA 1LB9A 3R26A 4Q0CA 4U1ZA 5L9MA 5ICQA 3E13X 2ZYMA 1SYIA 4PETA 3RT8A 5AA3A 4AB5A 4EXKA 1XHYA 1B1XA 2XXQA 1OVBA 4DZ1A 3SEXA 4DCYA 4OENA 2I4CA 2ESNA 4PFTA 3VDFA 3RLFE 3C36A 5DVFA 1MH4A 4LP2B 3S4UA 1URDA 5BUUA 4FJPA 3EHTA 3O29A 2HZLA 3CI8A 1US5A 3MVXA 1A99A 3K6XA 3U72A 3RTFB 5JTYA 3UIFA 3GBBA 1MXWA 3K6VA 1MY1A 1ZIUA 4PFYA 4HS7A 1GR2A 2RC8A 4F22A 2ZMBA 3IOVA 3PUXE 4WKMA 4ELRA 3OSRA 5I57B 1MS7A 5JEIA 2CZLA 1EU8A 1Y3QA 4U1OA 2DWJA 5I59A 2PT2A 4NE4A 2NUVA 1GVCA 3TYHA 4OFJA 3H6TA 1MG1A 2QMXA 2V3QA 4RA1A 3EQ1A 3A3UA 4O3BA 4H5GA 4OMBA 1MQIA 4JXIA 5TP9A 4ZE9A 3R6UA 3TTMA 4EQBA 1ZU0A 2F7BA 4XTCQ 2QS3A 4WXJA 5ICTA 5CM6A 2PVUA 4IY6A 4IB2A 1Y1ZA 1A7LA 5CBRA 4IO2A 3CFXA 3FUZA 2FA7A 3FXRA 5J1DA 1O7TA 1Z7ME 3U94A 4NEDA 3MQ9A 1SYHA 2NXOA 2O1LA 3IO6A 2DP8A 4R6HA 1JW1A 1O64A 2ZYNA 4U21A 4R2FA 3KN8A 1POY1 5KCJB 1IITA 4ELPA 2I3WA 3ILUB 4ZEBA 4EUOA 3WAFA 3B6WA 4X1DA 2UYEA 3T9VA 4H65A 1PB9A 2RF1A 1MPCA 4BDMA 2GH9A 1LAHE 4MLQA 3K0VA 3TQLA 3CG1A 5DTBA 1SD3A 5AA2D 4UA8A 3MVYA 5HBCA 1F9BA 4LUBA 4YICA 1TT1A 2I49A 3HPIA 2DQVA 2Q89A 1B0HA 2RINA 4G77A 1LCFA 2B65A 3LSXA 3UA8A 4BLAA 5AE4A 4K3FA 4RY1A 2RCAA 5ISUA 2NVUB 3IL1B 5K2YA 2XXYA 2GHBA 3IOWA 3KEIA 4XKNA 1RKMA 3PPPA 5CMBA 1MXVA 3QUFA 2Q2CA 2A5SA 2HFBA 5LOMA 1M5DA 3ZS6A 1FW0A 4GD5A 4U4SA 1Q35A 3C31A 5AA4A 3IORA 5DEXA 3MJNA 4F29A 4GL8A 1B6HA 3IR1A 3KZGA 3LSFB 3FJMA 4G8MA 1Q1KA 2F34A 1WDNA 4NWDA 4ZEFA 1SW1A 3H7MA 4NWCA 3UP9A 5FHNA 4R9FA 3VLVA 5TPAB 5CC2A 3IO4A 1XOCA 4FIMA 4ZS9A 4Z7EA 1B3EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OLCA 5CRYA 1ZKBA 3C34A 4TLLB 4F1VA 5TU0A 3VVEA 2ZYOA 1YTVA 5I5PA 4P1LA 4FAJA 2F35A 2H5YA 3QK6A 4HE2A 1LFIA 4BDQA 1B3GA 2GFEA 1DCUA 1FTJA 3ZKKA 2DDKA 2H25A 3K2DA 3QAXA 5JK4A 2F6GA 2XXUA 4L17A 3HCQA 1MQJA 1N3XA 5B70A 4PQJA 1US4A 1NL5A 2E1SA 2QJEA 3RT6B 1QUIA 1ZBMA 5IGAA 4IO4A 4YB7A 4ZZAA 2R71A 1FBDA 2XXIA 1N76A 1SI0A 4HE0A 1MM7A 1RYOA 4HE1A 4R74A 3GLBA 5AA2A 1LAXA 4IGRA 4U4XA 5I7IA 1NH8A 4R6KA 3B8BA 4LVQA 5ITPA 2F97A 2PFYA 1FPLA 4F3BA 3D4GA 4OTEA 3OEMA 2W7YA 1JEVA 3TPAA 3OO8A 4ZDMA 1IUDA 2YLNA 4OERA 1VE4A 3PMXA 4OFOA 4FEBA 1D4NA 2HEUA 1SDXA 1I6BA 4GFRA 5L9SA 3IB2A 4QSEA 1UTBB 3USDA 5I58A 3K6WA 1FQFA 4QSDA 2ZXTA 4XXUA 3KN7A 1B5IA 4MHFA 2P3NA 3DP8A 3MPLA 1B2HA 2NWJA 4N91A 3B6TA 2FYIA 1QUJA 5ET7A 1UQWA 4DE8A 3MP1A 3PUVE 3B7DA 3E9XA 3PUWE 4NTLA 2ZNSA 1FBHA 4KD5A 3E4RA 4PFUA 3SEVA 2P1SA 1ZLQA 3K6UA 2HAUA 4EF2A 4JWOA 2Q8JA 4R2BA 1LBXA 4NF6A 3H6UA 4KQPA 2PX1A 3H06B 5IKBA 2WEFA 1MY0A 4KCCA 1FTKA 5A5XB 3FJGA 3N94A 3FVGA 2KR0A 1H45A 4OVSA 2OBGA 1B9JA 3T22A 1H76A 1MRPA 1QVSA 1ANFA 3IB1A 1RDXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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