3C9HA

Crystal structure of the substrate binding protein of the abc transporter from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
339
structure length
334
Chain Sequence
b'PALAQVAVFPALSGQTLVVYSSLDEPLATPMIEGFQKANPDIAVHYEDMLTGEIYDRIVKETDAGKKTADFAFSSAMDLQVKLSNDGYAQRSDLAMSARWPAWANWRNTAYALTFEPAVFVYHKPSFTTEKPPATRAEFVDYLERHAKEVHGRIATYDIERGVGFLFMSRDQEQFGDIWSVIKAMGAAGVKVYSTSSAILERVSDGRFVLGYNILGSYAADWASRHPDVGIVLPKDYTVVMSRIGLVPEAAANPELGRRYLEFFMSKEGQTIMARQLQIPAVSPEVAGENTANTMQAIHGAQLRPVPVSPGLMVYLDQVKRSRLIERWNEALRS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
molecule tags Transport protein
total genus 117
structure length 334
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA01
4KHZE 3H6UA 3VLWA 4HS7A 1PB7A 3FXQA 5LOMA 5DYHA 1WODA 4UA8A 3FJGA 1MXVA 3VFJA 4IO6A 1A8FA 4QFPA 2Y7RA 3G3HA 2NOOA 4ZDMA 3UK4A 3PPRA 3GBBA 1F9BA 4IY5A 4GL0A 1XOCA 4GL8A 2D5WA 3TQWA 4MF3A 1CE2A 3KGCA 4NF4A 3BFTA 3W9VA 2ONSA 5B7DA 3ILTB 1OLAA 4MH5A 4OTEA 4XKPA 4ESWA 2XXHA 3E9XA 3CIJA 3FGSA 2DE4A 5KZTA 4ZE9A 2XX8A 4FORA 3JYRA 4IO7A 1JNFA 2HZKA 3KOTA 3L6HA 1FQDA 1MS7A 5CMKA 1MY0A 2GH9A 4I9DA 2RC8A 3C35A 3IX1A 3UN6A 5ICTA 3OELA 3G3IA 5TU0A 2ZMBA 3ILUB 3SETA 4F2QA 3TYHA 1BP5A 4H5FA 1Q35A 3RUMA 3KG2A 3K02A 4NF5B 3EHSA 1JQFA 1R9QA 5F7VA 1UQWA 1II5A 2DVCA 3MVXA 1Y3NA 4JXIA 1PBPA 4QFNA 1EZOA 4H8IA 4LA9A 4KCCA 3ZKLA 1OLCA 3H4ZA 2UVIA 4F29A 2ONKE 1LCFA 3HCQA 2F6GA 1FW0A 4ND9A 1IXHA 2I48A 3LC8A 2RF1A 3R6UA 3SEYA 4PFUA 3KFMA 1ZJLA 2DVZA 4WXJA 2X7PA 1I69A 3DLNA 1KWHA 3IO4A 3KBRA 4F18A 4H0WA 3SKPA 3SERA 4QFKA 4OMBA 4U23A 4O3CA 1TT1A 3HSTA 5I84A 1USYE 4KI0E 1SI1A 2RC7A 2DXRA 1RYOA 4G8HA 3H03A 3P7IA 3PPQA 3OOAA 1M5CA 1MXYA 3OSRA 4BLAA 3GZGA 3PUWE 3G3KA 1B7ZA 3FXUA 1SI0A 1B1XA 1OQGA 2XXQA 4H67A 4G8NA 1AMFA 4C1TA 3FVGA 1UTHA 4YAHX 4U4XA 3CFLA 1Z7NE 2DYXA 2XXVA 1D4NA 2Y7WA 3CR9A 5JK4A 1PBQA 3IOUA 3UIFA 1FQAA 2F5XA 1AOVA 3VVEA 2O7IA 4X48A 1O7TA 3KEIA 4NMYA 2KLFA 1BIYA 1DOTA 3OSQA 4XXUA 3RTWB 4POWA 4R6KA 1LBBA 3CI8A 1B2HA 4RPOA 3IB1A 3PMXA 4IO4A 2XXTA 4GFRA 2PT1A 3B6QA 1DTGA 3FD3A 2HZLA 1J1NA 5AA3A 1SVXB 4F31B 4BDMA 3A3UA 5ICQA 2O7UA 3O2AA 2B3FA 3FZVA 2GHAA 1EZPA 1HSEA 2I4CA 2PX1A 3QUJA 2XXIA 2XD2A 3VV5A 4N07A 1WVJA 3FIRA 3T22A 4GD5A 4YB5A 3O9PA 2OBGA 4Q5TA 3ECRA 1BKAA 2HQ0A 1SW5A 4QSCA 4AB6A 5H8NA 4IO3A 2G29A 4ELQA 4RY1A 4FECA 1ZLQA 3DP4A 5H8HB 4N6PA 3T9VA 1P99A 4F39A 1N84A 2WKYA 4IGRA 4HW8A 1FCKA 3PMWA 3SEXA 5CBSA 4IB2A 1M5FA 2PBWA 3I3VA 3LBSA 3IAZA 2Q2CA 3FATA 4DXBA 1LAGE 4BDLA 3TEPA 2B3BA 3EHTA 4KR5A 1H45A 1PB8A 4E0WA 2GRVA 4NF6A 5H8SA 1PEBA 3V8XB 2I49A 4ELRA 1NFTA 1N7WA 4ISUA 1VFDA 1NMUA 3W9WA 4GIZA 3T9UA 4ESXA 4R6HA 1DMBA 3MP1A 2Y84A 2I0CA 4OESA 1YCJA 3QXMA 4R2BA 2ZXTA 3FVNA 3I6VA 3A09A 3RT8A 4OXVA 1IITA 4QFLA 4ZEDA 3LSFB 1JVYA 3ZS6A 1A8EA 4PETA 1QVSA 2DWJA 1R9LA 5AE4A 4NF4B 2VD3A 3BFUA 4GOTA 3RTFB 3LSWA 2F7CA 1MPBA 4BDRA 3TKDA 2XX9A 3IOVA 1JETA 1B7HA 4NF8B 4LZ8A 4EQ7A 4K3FA 4POXA 2Z23A 1N3WA 4DE8A 1Y1ZA 5ISUA 4OEUA 3PUZE 1LAHE 4EF2A 4QSEA 5AA1A 2H4IA 1AIVA 3HN0A 2RKMA 1QUKA 1BTJA 1B3HA 3KSXA 5HM4B 3OEKA 3UP9A 3H06B 4EQ9A 4H8JA 4U1ZA 3C31A 4ZZEA 3KN7A 2F36A 4FJPA 1B9JA 1XVYA 3D4CA 5I58A 3LR1A 1MG1A 3PPOA 1MH3A 4XTCQ 5DTBA 2DE2A 3MUQA 3IB0A 4JWXA 2NWJA 3A3CA 1B3EA 4LONB 2Q89A 4OENA 5CBRA 1VSOA 2NUVA 1MQGA 4PFYA 2ALUA 3TPAA 5TP9A 3N94A 3Q27A 5F1QA 1JW5A 2RCBA 3K1PA 3PGFA 5I56A 1LB9A 4C0RA 1MQDA 2OJTA 3T96B 3JV9A 4XIGQ 4TOZA 1ZIUA 3TTMA 3FASA 3UA8A 4DLDA 4FEDA 2DWAA 4F2OA 4BDNA 1YAEA 4F1YA 3N6TA 3CG3A 4OQOA 1B32A 3AXFA 4R6YA 3S9NC 4THIA 2W7YA 4ECFA 1XVXA 2HCAA 5JTYA 2V84A 1NNPA 3EPEA 3ZKKA 2QS1A 3K4UA 2Z8FA 3GBAA 2HAVA 4OYVA 3IJOB 4DCYA 2AYSA 2OK2A 1DPPA 2F35A 3VVFA 1UTHB 3H3GA 1NNFA 4WEDA 5L9MA 3FV2A 4H5GA 4YB6A 4OHNA 4F3BA 3T66A 1MXZA 2XX7A 1IXIA 3CFZA 4KFQA 3MJNA 2E1SA 1URSA 1D9YA 4YKIA 4U22A 1YPNA 3HHFA 2D3IA 4YKJA 4YMAA 2V3QA 3OEMA 3FVOA 3S9MC 2DE3A 1LLSA 1NH7A 2H5YA 1XHYA 2XHDA 3IOTA 1MY1A 4YMBA 3K6WA 1GGGA 5H8FA 1Y1MA 1B5JA 4RYAA 4MFIA 2Y7PA 3PUVE 3H6WA 1L5TA 3C36A 4F19A 5FHMA 5AA2A 3ODBA 5EHMA 1SW1A 3WAFA 1LB8A 3TCGA 3TTKA 4U1OA 1OMPA 3C9HA 4H1XA 1TFDA 4G77A 1OIBA 2UVGA 3USDA 5H8NB 4I62A 1ANFA 5FHOA 2FA7A 4OEVA 4O3AA 2VGQA 5KCJA 1MXWA 2LAOA 1A99A 1QULA 4FIMA 5H8QA 2QS2A 3IO6A 5I59A 2H99A 1VR5A 3JZJA 3OXNA 2ZNSA 5FHNA 5DVFA 3O6IA 1I6BA 2O68A 3HO7A 3TFLA 4JWOA 4Z0IA 2XXUA 1B0LA 1MRPA 4Q8RA 3M3KA 3BBRA 5B70A 2Z8DA 4NF6B 1QW0A 2F34A 4R2FA 5HBCA 1B6HA 2OZZA 3RY3A 3KSJA 1FQCA 3B7DA 4QHQA 1H3DA 4LATA 4RXLA 1OVTA 2X7QA 1FQEA 1Y3QA 1Y4CA 3IL1B 4YZZA 3H7MA 2YLNA 1XT8A 5I2KA 4ZEIA 1N3XA 4R74A 1I6QA 1S7YA 4LQ5A 4XKQA 4RA1A 3RNNA 2DXYA 4L17A 5JEIA 3RQTA 1FTLA 2I6EA 2OLBA 5A5XA 2CMOA 1MQHA 1ZU0A 4G8MA 4U21A 1POY1 1ZMGA 4DCXA 5L9SA 5HPQA 4H65A 1Y4TA 3U1OA 2E0SA 3IOWA 4LP2B 1FTMA 1PB9A 2O1MA 4QSDA 4RNSA 5KDTA 4GXAA 4NF5A 1BLFA 4ZZAA 4JWYA 5DEXB 3LSXA 3G7WA 5FTHA 3FV1A 3LUYA 4F3PA 5CMMA 2YJPA 1UIUA 2DSFA 3MBPA 3C4MA 4M1VA 4ZEKA 2YPNA 3SEVA 4FE8A 4PQJA 1TFAA 3KJTA 4KPTA 2A5TA 1SD3A 4X1BA 4UACA 3UGWA 4P11A 4OWDA 2ZNTA 2X26A 2F7AA 3KN3A 1LBCA 2QMWA 2VHAA 3VLVA 4R73A 1H76A 3V5AA 5L9OA 4IY6A 1MY3A 3N26A 4XKNA 1Y9UA 3MPLA 3V89B 2Q2AA 3KOSA 3QSLA 5TP9B 1FTOA 4GWOA 2I3VA 2DQVA 5I56B 1QJMA 1QKBA 3K6VA 1VFEA 1P1QA 4U4SA 1PDAA 3VVDA 4YKPA 5CRYA 4F3GA 3MQ9A 3OD7A 4GF8A 2DWIA 3OO9A 2GFEA 1D3KA 1VE4A 2OCUA 3TZAA 3EQ1A 2I58A 2HAUA 4EQBA 5L8DA 1MM7A 4JB7A 1NKXA 3PPNA 4JSDA 3TTNA 1P1NA 3T9XB 5JTYB 1B51A 3FJ7A 1MPDA 1O64A 1IUDA 3G3GA 1DPEA 3KN8A 3U92A 1OQHA 3K01A 5CM6A 4Q30B 1EZ9A 2G93A 3KZGA 3EN3A 5I2NA 3N5LA 4Z7EA 3IR1A 1S9TA 4QRZA 3SEWA 1I6AA 1XS5A 4GXSB 1H44A 1ATGA 2UYEA 3VE1B 1DSNA 2XXRA 1R6ZA 4NWCA 5BWJA 4ZS9A 2GHBA 2DP8A 3L6GA 3H6VA 4Q0CA 4OFJA 4FATA 2O6AA 3MZ9A 1AH5A 4NTLA 1UTBA 2PYYA 2XXWA 4YKKA 1USYH 1DTZA 4R9FA 3IK6B 2V3TA 3FUZA 1NH8A 3MZBA 5BUUA 1JW4A 4GLIA 3M3FA 3OO6A 5H8FB 2HEUA 2F7BA 3G3FA 4LZ7A 4EXKA 2Q9TA 1GR2A 1IXGA 1TWYA 3LSLA 3CG1A 5AA2B 4RPNA 4ELOA 1SYHA 1LFIA 4PP0A 5IAIA 2V3UA 3C32A 4DZ1A 2F8DA 5DVIA 3HHGA 3QK6A 4OETA 2DWHA 1N04A 4ONYA 2UXAA 4HTGA 4O3BA 1RKMA 4X1DA 5KCJB 3K6UA 3CRBA 1B5IA 3MC2A 5H8QB 1ZBMA 5I59B 2H25A 5DT6A 3H6TA 3SDFA 2I0BA 4NWDA 3U94A 3C34A 2R9JA 4WKMA 2ABHA 1IXCA 5ITPA 4F22A 4G68A 3K6XA 3MVWA 2I3WA 2QPQA 3ONMA 2AIXA 3RLFE 3RN8A 5AA4A 4JSOA 4GRKA 3FJMA 4HCWA 3S9LC 5CMBA 1NNTA 1B52A 4LUBA 2IEEA 3G3JA 3MVYA 2UVJA 2AL5A 3EF7A 4P0IA 1IQ7A 2XD3A 4AQ4A 4I1DA 2HFBA 4ZEBA 4NF8A 1GTKA 1O63A 4OVJA 5I2KB 3MAMA 1UIVA 1RYXA 3DELB 1Y3PA 3I5OA 3B6WA 4IO2A 3GLBA 4KYEA 3IORA 2NVUB 4AB5A 5A5XB 2R71A 3PMVA 3CSBA 1AL3A 4FAJA 3FXRA 3SEUA 2FNCA 3E4RA 2PMSA 5I57A 2Z8EA 1P1UA 4WEPA 3MPKA 2D21A 4BDOA 1ZKBA 1B0HA 2ONRA 4DXUA 5KDTB 2H9BA 3Q28A 1MXXA 3KJ7A 2ZNUA 1A40A 1N7XA 1LGBC 3RT6B 1S50A 1URDA 3VXBA 1MM6A 1P1OA 2PT2A 1Y20A 4KYDA 2Y7IA 1N0TA 4GVOA 2O69A 3QIMA 3DP8A 3HPIA 4G68C 2A5TB 2P2AA 4DXCA 4BDQA 4OFLA 2DOJA 1M5BA 3Q26A 3HV1A 1POTA 5TPAA 3THIA 1SDXA 2V25A 1FTKA 1QUJA 2Q8JA 4NE4A 4RJZA 5AA2D 3PV0E 4N13A 3ZSFA 3OO8A 4GQOA 3OO7A 4NEDA 2VD2A 3MVZA 4XKRA 4ZE8A 3T93B 3TDJA 4ZEFA 4R9GA 4F1UA 1IIWA 4G4PA 2XXPA 2OWTA 2UYFA 1B3FA 3O28A 4LQ2A 2XXYA 2ZYNA 2ZYMA 1MDQA 4DDDA 1SYIA 3E3KA 2REGA 1GV8A 2QJEA 2V93A 1XC1A 1A54A 3CVGA 3O97A 4PFTA 3K2DA 3U8QA 3TUSA 1MPCA 1N76A 1A7LA 3TODA 3TCHA 3PUXE 1QUIA 4G2ZA 3PPPA 2QSXA 3TQLA 4KD5A 3Q25A 3TAJA 4LVQA 5K2XA 1ZTYA 1B5HA 4HCYA 1MH4A 2ANJA 1FTJA 2QS3A 3EHUA 1MQIA 3K1MA 1SQYA 3UORA 5I2NB 4TLLB 3DM0A 1B1HA 1B58A 2P0SA 3TMGA 2QMXA 2RCAA 2ZYOA 3U93A 1EU8A 4E0XA 3B6TA 3TTLA 1NNKA 5J1DA 4MLQA 4KCDA 5ITOA 5FTIA 2O1LA 5I58B 1SBPA 3PU5A 1UTBB 3R7XA 1JVXA 3F11A 1LSTA 4LZ5A 1B4ZA 3DP6A 3MWBA 3N6UA 1Q1KA 3S2VA 5CI5A 3W15C 3E13X 4H6DA 1EH3A 3TELA 2FYIA 3K0VA 4QF9A 2RINA 5M2VA 1B3GA 1US4A 1MDP1 2THIA 4OERA 1OVBA 4JBZA 3VLUA 5EYFA 4R75A 2PVUA 3IB2A 2VOZA 4ELPA 3T9HB 1B46A 4F1VA 1JW1A 3GXAA 1SW2A 3WAEA 4PFWA 2P1SA 4U2RA 1MY4A 4RK2A 3OMBA 4OZ9A 1LAXA 4DIGA 1URGA 3V83A 2H98A 3BKIB 2F97A 4R72A 1SW4A 3O29A 2BJJX 1MXUA 3K1NA 2A5SA 4YICA 4YB7A 3VXCA 1MQJA 4P0GA 2CZLA 3M3LA 3O6HA 1JEVA 3S9EA 2O51A 1CB6A 3OENA 2UVHA 4G68B 2QL3A 4PE5B 1H43A 2F78A 3Q29A 1T0KA 1JEUA 2IA4A 1IEJA 1US5A 2REJA 3PUYE 2DS9A 1P1WA 2O84X 5DVJA 5AA4B 3D4GA 4I8CA 5K2YA 1HSLA 4MBPA 3CSGA 3MP6A 1GVCA 4M4GA 5ELVA 3QAXA 2RC9A 1B05A 3TTRA 1FQBA 3U72A 4F3SA 1B7UA 3RGYA 3O6GA 4TLMB 2F6PA 2ESNA 2R6GE 3R26A 5DEXA 2VP1A 3FVKA 4IGTA 3S4UA 5IKBA 1Z7ME 2M8CA 4TQUQ 1ELJA 1TXFA 3O66A 4EF1A 2QRYA 5I57B 4X9TA 1FQFA 1LAFE 4IO5A 2Z22A 3C33A 5H8HA 1QKAA 1IZ1A 4KQPA 1WDNA 4EDPA 3SESA 1LCTA 1NL5A 4QFOA 1LFGA 2B65A 2QS4A 3M8UA 2HXWA 2I4BA 3MW0A 3PD9A 4ZECA 1M5EA 1M5DA 1B3LA 3IJXB 3RPWA 1LFHA 1PC3A 1MY2A 1R1NA 5CMCA 3MP8A 1HSJA 4RK9A 4EUOA 4FEBA 3MZ1A 2NXOA 3VDFA 3QUFA 2ZYKA 2Y7KA 4YU0A 3TCFA 3CFXA 4C1UA 2Q88A 4KYSA 2AL4A 1A55A 3QYTA 1D9VA 3K00A 1YTVA 4EXLA 2OWSA 1B4HA 5EHSA 5TPAB 4MLVA 5CC2A 4JDFA 1B40A 3PD8A 4OFOA 2XXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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