3CCQN

Structure of anisomycin resistant 50s ribosomal subunit: 23s rrna mutation a2488u
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ccqN00
1QVGM 2ZJPL 1VQ8N 1VQKN 1VQ5N 3CF5L 2QEXN 1ILYA 4WCEL 3OW2M 3G71N 3CMAN 3CMEN 1KC8O 3J7ZO 3CD6N 3G6EN 4U67L 3CC7N 1S72N 3CCUN 3PIOL 1N8RO 3CCVN 1YIJN 4UY8O 5DM7L 1YI2N 1K73O 1W2BM 1KD1O 3CCMN 1YJWN 5JVHL 2OTLN 5GADP 2ZJRL 5GAEP 5HL7L 1Q7YO 1YHQN 3CCSN 1NJIO 4WFAL 2OTJN 4IO9L 1VQ6N 3PIPL 3CXCM 1K9MO 1VQ4N 4IOAL 5MLCQ 5GAGP 1M90O 3I55N 1Q86O 1YITN 1M1KO 1JJ2M 1VQON 3DLLL 3CC2N 1VQNN 4WFBL 5JVGL 4WF9L 3CC4N 1VQ7N 1YJ9N 1OVYA 1VQMN 3CCLN 1Q82O 1YJNN 1K8AO 2QA4N 3CCEN 1KQSM 1VQLN 5GAHP 3CCRN 3CPWM 3CCQN 2ZJQL 3G4SN 4WFNL 3I56N 4IOCL 1VQ9N 5DM6L 1Q81O 3CCJN 1QVFM 1VQPN 5H1SQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XNQK 1NGFA 3VEYA 4FWOA 4ZHRA 3SUPA 2VGMA 1KCFA 5FPNA 2UUAK 3CFPA 3A0IX 3NH0A 4DR6K 2VWKA 3VGMA 4CJ5A 1C0UA 1D4XA 5KRSA 1N5YA 2ASMA 3LP0A 4HUEA 1NGEA 2XHBA 2FSNA 2DY4A 2ZD1A 2FBYA 4FK4A 4QS8A 4GV9A 3QBXA 2WBNA 1C0FA 3VA3A 3ZT3A 3F9KA 3LP2A 4IOXA 2IAJA 4KH5A 4B8AB 4CEOA 3M8SA 1BQMA 5CYQA 3UKRA 4FJGA 1E4FT 4JI2K 1G15A 4JAXA 3QBWA 1X9JA 4PUOA 1UAXA 2Z1JA 4IO9L 2YHXA 3P83D 2VGNA 4JV5K 3E9PA 5AQNA 1E4GT 2QWQA 4Z4CA 2OA8A 1RFQA 4NB4A 4ID5A 3QNNA 1GLJO 4KHYA 3OYJA 4NCGA 4CIFA 2W6KA 3K5MA 3OYCA 2Q36A 1G99A 4HUFA 3CQYA 3DLLL 1JJ2M 1ZBIA 1NJXA 4FOIA 4AHRA 4JI3K 4DQRA 1S22A 4L3QA 3JS6A 1P90A 3D45A 4C8LA 2PAVA 3AVNA 5FDLA 3THVA 4KKOA 4FOEA 2QI2A 4RG8A 3CCLN 3TTCA 3QB0A 3HSTB 3VEVA 4N56A 4CF9A 4DTPA 1MDUB 1VSIA 1EQYA 3VF6A 2ZJQL 3BGRA 1NGBA 3OY9A 2F7TA 4CBWA 3QEPA 2YI1A 5K14A 1RDDA 4B1ZA 3DLRA 1JLGA 3UIQA 3WQUA 4IJNA 1NGDA 4HWIA 2FSJA 3E66A 3VERA 2OPSA 4H0VB 1JLFA 4CFBA 2JGUA 4DG1A 4BRPA 3K0SA 4EFHA 4B9QA 1U2VA 1QSSA 2QEXN 3KZBA 4CEAA 1NGGA 4BWJA 4Z94A 3LDNA 3CMAN 2X78A 4EAHD 3MXMA 2RKIA 4DKWA 2FXUA 5T7BA 3OYKA 5BPNA 3CJAA 3NF8A 4B08A 5J2MA 1OKJA 3NVMA 4DR3K 4BRKA 4UY8O 2QKKA 3TANA 4M3ZA 5M1KA 4DV4K 3VF4A 2OTLN 4HUGA 4FLVA 1RCHA 5ELZA 1OVQA 3OS0A 4JKCA 3ZSOA 4KREA 1L3VA 3CERA 5CY4A 2NRHA 3CIPA 1XMOK 5CHIA 1NJZA 2D0CA 3K57A 3H08A 1VQ6N 3IMXA 4H5WA 5CR4A 5AQOA 3PIPL 3VQAA 1XC9A 1RDWX 3RRGA 5KGXA 4KB0A 3ZT4A 5AQQA 4CJ7A 1L3SA 1JLEA 4FWNA 2KFZA 2XO7A 2A40A 4JKAA 3AAPA 1RDUA 2G8FA 1NKCA 3VQ9A 4DR4K 5JS2A 3C6HA 2W40A 4CZJA 2A5XA 3BP8A 1VQMN 5CYMA 2ITGA 2EWSA 3QICA 3LDQA 4CJSA 4JKFA 1KVBA 2G8KA 2HHXA 4I7FA 3IRXA 1TVRA 1WB9A 1QQCA 3M1FA 5C0YA 3OYHA 2IIRA 3FGUA 1RTIA 4JI5K 2FBXA 1HQUA 3UE5A 1A5XA 4FJXA 2QM1A 3LM2A 2KFNA 4DTRA 3DLBA 1K8KA 4QOZB 1KLMA 5AZJB 1LAWA 1ASVA 1S9EA 3ZX3A 1SV5A 5LMUK 3WT0A 2GUPA 3WXJA 3EKSA 1ATNA 2O4GA 4CEDA 2IGIA 4X66K 3AVJA 4QS7A 4CJKA 1HJRA 1TKZA 1REVA 4CFAA 4WCEL 4KI4A 4PL7A 3MDQA 3AA2A 4G1QA 4NCAA 4PHTX 3J7ZO 3CYMA 3LP1A 4DWIA 4GNIA 3RR8A 1U48A 4CJPA 3ISNC 3KJVA 2BDPA 4CW7B 2E2PA 3L2VA 1FW6A 3SV4A 1NOYA 2O8EB 1W0HA 2B6AA 2AA4A 1JLQA 3EKUA 2EHGA 1LWCA 3NH1A 1XUPO 4IWVA 5FRNA 4LF7K 1KSPA 3TAPA 3EO3A 4MO4A 3PSIA 3ASMA 4DV3K 1CZAN 1HNVA 1B9DA 5B8HA 2BGGA 2YNHA 4IDKA 3M8PA 4HHTA 3OBWA 1WAFA 4KHQA 4CJRA 3DM2A 1YITN 2XRIA 1J6ZA 3AO3A 3HM8A 3SMPA 1TUUA 4IBNA 4FLZA 4B1YB 3DWLA 1HRHA 3ATVA 4RW4A 1XNRK 4LFBK 4B3MK 4F4KA 2VQEK 1NG9A 3NF9A 3CFRA 1T7PA 2NRZA 5FRMA 2D0AA 4DTXA 3QIOA 3HM9A 1L5UA 1VK0A 3VGLA 3I8BA 3OYLA 1IKWA 1D5AA 2ASOA 3KWGA 4A61A 1WAJA 1SL0A 3N4QA 4BRLA 3ZCMA 1C0GA 3DOLA 4FSVA 4FM0A 1S1UA 3L3VA 3QMLA 3OYNA 4I9QA 4FJNA 4NXNK 1E3MA 1QQOA 4O0JA 1VQ8N 1Q8IA 4CHNA 2G8IA 2E1YA 4CF0A 2WONA 2IOCA 5GINA 3RMCA 4ZTJA 2KHOA 1KVAA 3RMAA 3CI5A 2ETJA 1QSYA 1RNHA 4C8OA 3HP9A 3WXMB 3ID6A 1U45A 2HB5A 3MEGA 1XQSC 3SLCA 2IDOA 4IFEA 3E9LA 1LW2A 4CBUA 5LMNK 2XY8A 2YJFA 3VENA 3CCUN 1S1WA 4E19A 5DK5A 3CCVN 3WUHA 3K9KA 4DQIA 2PY5A 3EZ5A 1QZ6A 1QHAA 1RBUA 5ADXH 3T1HK 1OH6A 1JKHA 1U04A 1F21A 1YJWN 3HSCA 1GOBA 2ZJRL 4NYFA 1VAZA 1A5WA 3EE9A 3KLEA 3V6DA 4KTZA 4N47A 3HT3A 4H0TB 4FJMA 1UOCA 2DFFA 1RTJA 5AR0A 2XY5A 3L0QA 1VSJA 1NMNA 3VEZA 4CFDA 5D3GA 3SYZA 1BG3A 2Z1IA 4MDAA 3AGKA 3C7NA 1BISA 3O08A 4CJFA 3AO1A 3GOIA 4CVNE 2A3ZA 3TI0A 3HVRA 1ZC6A 4OGCA 1BCMA 2E2OA 4DQQA 1VQ7N 4DUZK 1LWFA 2J4RA 3AO5A 1YT3A 1TUYA 3AARA 3MX5A 4GY2B 3ZSXA 5KPZA 2P9UA 3VQ5A 3CQXA 4CJQA 4A2AA 4FL9A 3DRSA 4CCHA 3QEXA 1WOQA 3B6OA 1WBBA 3E01A 5AQPA 5ADXA 1VQ9N 4AHUA 1ZBHA 3MMVA 3QFPA 4FWMA 3O5BA 3CCJN 3VN5A 2QW9A 1T03A 3WXLA 1C6VA 4PQUA 3AVBA 4JKGB 4A2BA 3V9ZA 3AV9A 2D5RA 3MN6A 4FK2A 2YNIA 4KTQA 3C94A 5GIOA 4CZHA 4X62K 3ZT0A 1BU6O 1HYSA 1CLQA 1RT5A 3AVIA 1KAXA 4FLWA 5EX5A 1X9SA 3O9SA 3S3NA 4CD3A 2P1JA 2IVOA 2QXFA 4X64K 3HZ6A 1QTMA 3HP6A 3E9OA 4JI6K 4YORA 1C0TA 1JXBA 4DLGA 2UXBK 3FZMA 3VF2A 4OKKA 1RDCA 4BG9A 4JRPA 4LF8K 4WQ5C 4JI0K 1Z05A 5GADP 1VSLA 3D6RA 3TARA 3EZWA 4LD0A 4BRDA 4LSLA 3OBYA 1VQ4N 3T1YK 1D9DA 3OJSA 4ICLA 1J53A 5GAGP 4KO0A 4FM2A 4CHPA 3AVLA 2IVPA 3F5TA 2D4WA 2QWRA 1NK9A 2HMIA 5I3UA 3SUQA 4M3YA 3ZSRA 1YVUA 5EU7A 2IS3A 1YXQA 4Z4HA 4M3UA 2HHUA 2CGKA 2VCPA 3DRRA 4OPHA 1K8AO 3L4QA 2FSKA 1B9FA 4AM7A 4FPAA 4CZLA 5AQKA 3CCRN 3BF1A 4B1VA 4DSFA 4DS4A 4IG0A 4H0OA 3B6PA 4OLBA 3A5MC 4J8FA 2E20A 4E7KA 4FXDA 3CJBA 3SQ2A 1WSGA 1CXUA 5SZTA 5HLFA 4AQYK 1VQPN 1U4BA 2PBDA 4FLTA 1XHXA 2Z1GA 3BY5A 1YTAA 2O8EA 2IVNA 3HXMA 3MECA 1DEJA 3HO1A 4E1JA 4PKGA 1GLBG 1VQ5N 1UA1A 4V19S 1ZBLA 2F9WA 3VTIA 3CMEN 3WXIA 2HHWA 1ASUA 1QQMA 4JLHA 3THWA 3G6EN 2DTUA 4CJ3A 4Q5VA 4JS4A 4IEIA 2D1KA 3HYFA 4FYDA 3MWTA 4JI1K 4YOWA 4Z4GA 4CEZA 3M6GA 3WXKA 4K0KK 1TL3A 3AVGA 3SV3A 4HCCA 5E84A 3V1QA 2X6NA 4CIGA 4RW9A 4AHTA 4B3RK 4NLBA 1IBMK 2O8DA 1JCEA 3C65A 3CFOA 1FKOA 2P5OA 3CCSN 4WFAL 4DF4A 5HP1A 4XH5A 4CF2A 4I2QA 1FKPA 3VQPA 1VSEA 4GVMA 5HOOA 5BRFA 1C1BA 1MWMA 1Q18A 1S3XA 3EEQA 3QIPA 1QHTA 4JD2B 4IO8A 3O1WA 3VTHA 4Y1DA 3OJUA 3VQBA 3OYFA 3O4NA 3OA9A 1M1KO 3OYMA 3RMBA 3L2UA 4C8KA 4RCHA 4PY5A 5JVGL 2QWNA 4JI8K 3TAEA 1HNXK 1BO5O 3L8BA 2AJQA 1Y64A 4CZMA 4CERA 4F2SA 2HHQA 3HL8A 3HTVA 3KKRA 3HJFA 1WSEA 3JXUA 3RTVA 1HKCA 3CCEN 4XEIA 1EX4A 4J2DA 5KQDA 1HYZA 3RR7A 4CIEA 3FZFA 3G4SN 5AQUA 4DUYK 4WFNL 4X65K 2E2QA 4R5PA 2PYJA 1HKBA 4IOCL 1KFSA 4IFYA 3OYEA 4DF8A 3ENOA 2V51B 1S1XA 3GE1A 5AQXA 3OHRA 4PL8A 1BIUA 3O9TA 1QVGM 4H5NA 3L2WA 4BRGA 4DQ8A 5AQZA 4HVJA 3C7NB 3M8QA 4CK2A 4H4OA 4B9VA 4OPAA 2OPPA 4FVUA 3VPZA 1D8YA 1VHXA 5C24A 2ZE2A 3KLFA 1D9FA 4FJ9A 4WQ5A 1IKXA 2RF2A 3BZKA 3TPQA 3KLIA 2GV9A 2HBJA 2HBLA 2P9UB 1SS6A 2WFBA 5KI6A 1U47A 3P39A 1SL1A 3NH2A 2X6SA 1QS4A 3FFKB 3QERA 3QEIA 3IKMA 1C0MA 2EX3A 4DSKA 1HUXA 4IDHA 4YY3K 2JWKA 5C12A 4BVPA 4OPKA 2OTJN 4A5BA 5C2DA 4DV1K 2Y1JA 1IBLK 1XMQK 3A2FA 4GMJB 3NF6A 3NDKA 4DTUA 3CETA 1LAVA 4JRQA 2GELA 3U8XA 4QCLA 1S6PA 4CJUA 3SBTA 1ATRA 4CE9A 3ZSZA 1WSHA 3UKUB 3PO5A 2O4IA 4JKGA 4AILC 4K42A 3KK1A 4FWQA 3ZSVA 1LCUA 1Q82O 2HW3A 2FBVA 1ITGA 2D0BA 5BN8A 3LAKA 3THXB 2VG6A 1BCOA 4BROA 1NK5A 1JLAA 2AP1A 3V9XA 1J9AA 4DTOA 4FWSA 1R59O 2YHBA 3LANA 4BRIA 4FO0A 2OZMA 2D0OA 4FJ7A 3AVCA 5AQJA 4EHUA 1Q9YA 5IT9O 4JK9A 1UA0A 3O6WA 2PYLA 4BRHA 4DSLA 1Z26A 1BDGA 3SQ1A 1RTDA 3MN7A 4NYNA 1DGKN 4JHDA 4B8CA 4K8XA 3T69A 4F2RA 5AZIB 3G71N 4BRCA 1RDBA 1RT7A 3NMUA 5EOYA 4CK1A 4HCBA 1RTHA 1S72N 1EETA 2PFUA 2NRVA 3SJHA 1OH8A 2O8CA 2YHAA 3VA0A 1KAZA 1NJWA 5JVHL 1SAZA 4BREA 3V9UA 1HYVA 3ZT1A 1NGIA 2UU9K 4Q0BA 3ITHA 4B1WB 1VSMA 1YUWA 5HL7L 1Q7YO 5AQRA 3D7EO 3QLHA 1JLBA 2HBKA 2QTDA 1HR0K 1RT3A 4BQZA 2F96A 3U3GA 4FVMA 4XH4A 1JCGA 4CJTA 4JI7K 3GG4A 4IOAL 2LSNA 1KRPA 1BQNA 3P4IA 1VSFA 4DQSA 4WQ4C 5F2RA 2W42A 4I6MB 1A5VA 4YOXA 1TL1A 3MXJA 3JYTA 1IO2A 1TGOA 3R8EA 5BR8K 2A6AA 4HTUA 1RGIA 3PX0A 4OO1J 3HK2A 5KGWA 3CC4N 3DLKA 1EWQA 2UYTA 1FK9A 4H03B 4LH4A 4CD1A 3JAMO 3NCIA 3SPYA 3BZCA 3AVKA 3THWB 1NK4A 1S9GA 5JICA 3OYDA 4DTNA 4O4GA 4CI6A 5HBMA 1JCFA 1VQLN 4DV7K 3C6UA 3ULEA 3R6MA 4CESA 4CGJA 3LZIA 4XH1A 3KLGA 3I56N 3O1BA 3AVHA 4KBOA 4RW8A 2YKMA 4CJVA 1RDAA 4BACA 2A42A 1SL2A 1TYQB 4DSIA 4RW6A 3VQ6A 2O8DB 1I3AA 1TAQA 3LDSA 3P31A 4FW1A 2YKNA 2KZMA 2KLAA 3D2EA 3QESA 2FBTA 3F73A 3IAYA 4B1UB 3C6TA 3AVMA 4FZXC 3V1OA 4ISEA 4B3SK 4GV6A 4DR5K 1BWFO 3CF5L 1HPZA 4M63C 4DQPA 3I8DA 1SKRA 2VYPA 5FPDA 2VWJA 4BQLA 1BA0A 2NLXA 3QETA 3QINA 3H1QA 4KHSA 3GL1A 3TAQA 4EHTA 4JD2A 2IC3A 4RTFD 1YIJN 2NNWA 3THYB 1OH5A 2QKBA 4F3OA 1RT6A 2KTQA 5DM7L 1YI2N 3DXMB 4BE0A 1LWEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QVG M;  2ZJP L;  1VQ8 N;  1VQK N;  1VQ5 N;  3CF5 L;  2QEX N;  1ILY A;  4WCE L;  3OW2 M;  3G71 N;  3CMA N;  3CME N;  1KC8 O;  3J7Z O;  3CD6 N;  3G6E N;  4U67 L;  3CC7 N;  1S72 N;  3CCU N;  3PIO L;  1N8R O;  3CCV N;  1YIJ N;  4UY8 O;  5DM7 L;  1YI2 N;  1K73 O;  1W2B M;  1KD1 O;  3CCM N;  1YJW N;  5JVH L;  2OTL N;  5GAD P;  2ZJR L;  5GAE P;  5HL7 L;  1Q7Y O;  1YHQ N;  3CCS N;  1NJI O;  4WFA L;  2OTJ N;  4IO9 L;  1VQ6 N;  3PIP L;  3CXC M;  1K9M O;  1VQ4 N;  4IOA L;  5MLC Q;  5GAG P;  1M90 O;  3I55 N;  1Q86 O;  1YIT N;  1M1K O;  1JJ2 M;  1VQO N;  3DLL L;  3CC2 N;  1VQN N;  4WFB L;  5JVG L;  4WF9 L;  3CC4 N;  1VQ7 N;  1YJ9 N;  1OVY A;  1VQM N;  3CCL N;  1Q82 O;  1YJN N;  1K8A O;  2QA4 N;  3CCE N;  1KQS M;  1VQL N;  5GAH P;  3CCR N;  3CPW M;  3CCQ N;  2ZJQ L;  3G4S N;  4WFN L;  3I56 N;  4IOC L;  1VQ9 N;  5DM6 L;  1Q81 O;  3CCJ N;  1QVF M;  1VQP N;  5H1S Q; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XNQ K;  1NGF A;  3VEY A;  4FWO A;  4ZHR A;  3SUP A;  2VGM A;  1KCF A;  5FPN A;  2UUA K;  3CFP A;  3A0I X;  3NH0 A;  4DR6 K;  2VWK A;  3VGM A;  4CJ5 A;  1C0U A;  1D4X A;  5KRS A;  1N5Y A;  2ASM A;  3LP0 A;  4HUE A;  1NGE A;  2XHB A;  2FSN A;  2DY4 A;  2ZD1 A;  2FBY A;  4FK4 A;  4QS8 A;  4GV9 A;  3QBX A;  2WBN A;  1C0F A;  3VA3 A;  3ZT3 A;  3F9K A;  3LP2 A;  4IOX A;  2IAJ A;  4KH5 A;  4B8A B;  4CEO A;  3M8S A;  1BQM A;  5CYQ A;  3UKR A;  4FJG A;  1E4F T;  4JI2 K;  1G15 A;  4JAX A;  3QBW A;  1X9J A;  4PUO A;  1UAX A;  2Z1J A;  4IO9 L;  2YHX A;  3P83 D;  2VGN A;  4JV5 K;  3E9P A;  5AQN A;  1E4G T;  2QWQ A;  4Z4C A;  2OA8 A;  1RFQ A;  4NB4 A;  4ID5 A;  3QNN A;  1GLJ O;  4KHY A;  3OYJ A;  4NCG A;  4CIF A;  2W6K A;  3K5M A;  3OYC A;  2Q36 A;  1G99 A;  4HUF A;  3CQY A;  3DLL L;  1JJ2 M;  1ZBI A;  1NJX A;  4FOI A;  4AHR A;  4JI3 K;  4DQR A;  1S22 A;  4L3Q A;  3JS6 A;  1P90 A;  3D45 A;  4C8L A;  2PAV A;  3AVN A;  5FDL A;  3THV A;  4KKO A;  4FOE A;  2QI2 A;  4RG8 A;  3CCL N;  3TTC A;  3QB0 A;  3HST B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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