3CDQA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRSCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdqA00
1PQMA 2B75A 1L98A 1QT5A 4DKLA 221LA 1L72A 4EPIA 1T97A 1G0LA 3FADA 1L26A 3C7ZA 4GBRB 1C6DA 2ANVA 104LA 2RBPA 182LA 4W57A 195LA 2F2QA 2OE9X 1L97A 108LA 1L71A 3DMVA 3SB5A 1L25A 181LA 2B70A 2O79A 4I7PA 107LA 1L63A 115LA 4I7SA 4I7KA 1CX7A 1L04A 1L32A 183LA 1QUGA 4I7LA 4EXMA 1P6YA 3DN1A 1L89A 3CDQA 3HT9A 1L40A 1P3NA 1P64A 1L30A 1C6CA 1L12A 1DYGA 2O7AA 1L14A 199LA 3NY9A 4I7RA 1LGWA 178LA 1D3JA 137LA 1L43A 1LLHA 157LA 3SN6R 3K2RA 156LA 4S0WA 3GULA 4ARQB 4LDEA 1JTMA 256LA 3V2YA 1QUDA 129LA 1EPYA 4W55A 1LYJA 3OE9A 3RZEA 3C8QA 2L78A 123LA 1SX2A 3CDOA 3GUMA 229LA 4YXCA 206LA 258LA 1ZURA 3NYAA 3C7YA 147LA 176LA 2F32A 1G06A 1ZWNA 1QUHA 122LA 3HTFA 3G3XA 1L33A 232LA 1C62A 1G0QA 1SSYA 1L85A 159LA 1OWYA 259LA 4W51A 1C69A 125LA 6LZMA 4W53A 2B72A 1G0JA 213LA 3SBBC 1L34A 224LA 1QTHA 2OEAX 1L68A 217LA 4ARPA 1T8FA 3CDRA 103LA 191LA 189LA 5LZMA 2RBNA 151LA 140LA 2CUUA 260LA 3HU8A 4EKPA 3HT8A 1XJTA 4ARJA 239LA 1L64A 1L20A 1C67A 1L35A 1ZYTA 1P37A 1L95A 1KY0A 3C83A 1QTBA 1C6AA 184LA 2RAYX 4ARMA 242LA 1L23A 148LE 1P46A 4LDOA 1CU2A 1SWZA 3PDSA 1PQJA 3F9LA 3F8VA 3G3VA 4PJZA 216LA 1L82A 1L15A 2B74A 1D2WA 3C8SA 1LI2A 1L0KA 223LA 5I14A 1LYGA 1LYFA 1CUQA 3DMXA 3SB8A 1C6MA 1CX6A 4W56A 1LW9A 2RBQA 1L87A 257LA 3OE8A 1L37A 2B73A 1LYEA 3FA0A 197LA 1L88A 1SX7A 3HT7A 163LA 1CV6A 1L11A 1CU0A 3PBLA 1NHBA 172LA 1L99A 1G0PA 150LA 1L90A 128LA 1L57A 1KNIA 2Z6BA 1D2YA 166LA 2RBOA 1KS3A 233LA 1LGXA 1L96A 1KW7A 228LA 1LI3A 1KY1A 227LA 2OTZX 4EKRA 3DN4A 1OWZA 2F47A 1L54A 3DN2A 102LA 2A4TA 1QT8A 1C6TA 1L73A 1P2RA 1QTDA 1QTZA 1KW5A 1D3NA 1L75A 1L53A 3JR6A 4I7TA 1LYIA 1CVKA 1C6BA 3C80A 1L21A 160LA 114LA 2RB1X 1QTVA 1L80A 1L36A 1XJUA 3NY8A 2B6XA 171LA 253LA 1P7SA 3HT6A 1SSWA 155LA 1B6IA 3EMLA 235LA 3SB9A 3GUPA 1I6SA 1L86A 212LA 211LA 1L94A 1OVJA 1G0KA 255LA 174LA 3GUOA 1JQUA 1PQIA 4ARLA 1L70A 3SBAA 1L48A 2RBRA 1L18A 3HWLA 4GRVA 252LA 168LA 2NTHA 1LWKA 1L77A 1L03A 1DYDA 209LA 1CU5A 4I7QA 3QAKA 248LA 1L17A 1QT3A 4DJHA 1C6QA 4W58A 241LA 3C82A 1L50A 1L05A 1C6PA 1C6GA 3DN0A 1L22A 4W59A 167LA 2OU8A 7LZMA 1C6HA 3SB7A 254LA 3G3WA 1C60A 1L09A 3HTBA 1C66A 200LA 4I7MA 251LA 3OE0A 109LA 1L0JA 1DYFA 1DYCA 198LA 3DMZA 1L56A 3GUKA 1QUOA 1LGUA 1L74A 1CU6A 3C7WA 149LA 173LA 139LA 3HUKA 220LA 2OU0X 2RH1A 1L41A 113LA 1L24A 1L58A 3DNAA 118LA 196LA 3HUAA 1L31A 2IGCA 1C63A 247LA 1CTWA 2B6ZA 2B7XA 1CU3A 1DYEA 1C64A 1L27A 4ZPUA 240LA 3HDFA 2OE4X 3HDEA 1L38A 201LA 3LZMA 165LA 1L49A 1QSQA 3VW7A 138LA 2B6WA 4EPFA 3GUNA 1QS9A 1L83A 3L64A 1T8GA 234LA 4ARMB 245LA 236LA 1G1WA 141LA 188LA 1L76A 4DAJA 1P5CA 1QT6A 2QARC 1L01A 126LA 1K28A 4PK0A 214LA 144LA 3DN6A 1C61A 244LA 4IAPA 119LA 222LA 3GUJA 1C6KA 186LA 1L91A 2LZMA 1L46A 3FI5A 1P56A 261LA 1P2LA 230LA 1G0MA 2Q9DA 170LA 3HU9A 1L39A 4EKQA 187LA 1QT7A 1L84A 1D3FA 185LA 1C65A 1QTCA 4EJ4A 1P36A 1L69A 1LYDA 2RB2X 3C8RA 2O4WA 130LA 1C6FA 4YXAC 3V2WA 1PQOA 1CV5A 1L61A 4YX7C 2Q9EA 1QSBA 246LA 4LZMA 226LA 1CV3A 1L06A 3C81A 2LCBA 1JTNA 175LA 1L55A 1SWYA 2HUMA 3D4SA 4OO9A 1TLAA 1L29A 131LA 210LA 3CDVA 4ARQA 1CV1A 3SB6A 1L93A 219LA 190LA 4AQNA 4W54A 2ANXA 2OE7X 1L65A 158LA 2QB0B 112LA 127LA 4I7NA 1G0GA 1C68A 1L45A 4E97A 2OU9A 2LC9A 238LA 180LA 1L19A 1L13A 1L07A 1D9WA 3HH6A 1L16A 1L92A 4LDLA 120LA 4K5YA 4EKSA 1WTHA 169LA 1L00A 1QS5A 3HH4A 2OTYX 1L52A 162LA 164LA 2RB0X 177LA 192LA 3CDTA 161LA 1PQDA 3HTDA 215LA 1L66A 2NTGA 145LA 1L44A 1L59A 3OE6A 250LA 110LA 1L10A 1OVHA 231LA 1C6NA 1T6HA 1L02A 1L47A 3RUNA 1PQKA 237LA 3DN3A 1L42A 143LA 3UONA 1LYHA 111LA 2HUKA 205LA 3ODUA 1OV5A 1C6IA 1L28A 3DKEX 1CUPA 2RBSA 1C6JA 1DYBA 146LA 243LA 3HTGA 152LA 1L60A 1L67A 2B6TA 2RAZX 1C6LA 1L62A 1L81A 1C6EA 1D3MA 2HULA 3GUIA 1G07A 4W52A 3HUQA 225LA 1LI6A 2B6YA 1T8AA 142LA 1XEPA 1LWGA 1QT4A 262LA 1G1VA 3HH5A 4I7JA 1L51A 3L2XA 1CV4A 1OYUA 218LA 1OV7A 1LPYA 3DN8A 1L08A 1L79A 249LA 4I7OA 3HH3A 1CV0A 1OVKA 1DYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWWA 1L98A 1LZ9A 4XJDA 5LA8A 4DKLA 1B5VA 2BPUA 4EPIA 1LZEA 1G0LA 3FADA 1LSPA 2ANVA 195LA 2F2QA 1GFGA 1D0LA 108LA 1L25A 1OUIA 181LA 4I7PA 4NGLA 115LA 5LVKA 1IWTA 2MEGA 4HSFA 4H91A 5DM9A 5FDJA 1RE2A 1LJNA 1F6RA 3LYZA 2A7DA 1P6YA 1KXXA 4NHPA 1B5UA 3FE0A 2WARA 1GFJA 1L40A 2BQBA 1DYGA 4DD9A 199LA 5C6JA 4QY9A 1OUDA 4NGKA 1LLHA 4DDBA 1F10A 1GFAA 157LA 3K2RA 4S0WA 1HEOA 2MEHA 4ARQB 256LA 1GB2A 2BAAA 1GBOA 1EPYA 3T6UA 4PRQA 1SX2A 4J1BA 4B4EA 4YXCA 1CJ7A 1YAOA 4N8ZA 1G06A 4H8ZA 1L33A 1LJHA 1SSYA 2BQEA 4ML7A 4HJYA 3N9AA 4W53A 213LA 2HTXA 3B6LA 2G4QA 1T8FA 5C6IA 3MGWA 103LA 2Z38A 5FSTA 5LZMA 4NHQA 140LA 4CFOA 5KXOA 1IVMA 1WQMA 1FLUA 1L64A 1B7MA 1L95A 1C6AA 5B06A 3D9AC 1A4VA 1L23A 4NG8A 1CU2A 1SWZA 4KPMA 1XGQC 3F9LA 1IC7Y 3F8VA 5KXKA 1L82A 3C8SA 1D2WA 2XBSA 4NGWA 1IO5A 1LYFA 1CUQA 1LW9A 2RBQA 1UUZC 1RCMA 3OE8A 1L37A 1EQEA 1IC5Y 3FA0A 3TMXA 197LA 5I4YA 4NSGA 1GE0A 1SX7A 1CV6A 3PBLA 5LYMA 1QIOA 5F14A 1G0PA 1HSWA 4N9RA 1YAQA 4NHSA 5KKIA 1D2YA 4EOFA 4WG1A 1WQOA 1L96A 228LA 4R6CA 1HFYA 227LA 4RW2A 4C3WA 4EKRA 2LYMA 1JISA 2YBHA 102LA 1QT8A 1L73A 1J1XY 1QTDA 1L75A 1L53A 3LYOA 4XJFA 1HFZA 160LA 2BQHA 4CFPA 1LZTA 1QTVA 4GN4A 1D9UA 1DKJA 5L3IA 155LA 3GUPA 1LHHA 2BQMA 4W94A 255LA 1BGIA 3LN2A 1PQIA 1FLWA 1GB9A 1L18A 4GRVA 1VDSA 1REXA 5B59A 1MLCE 168LA 2NTHA 4H9HA 209LA 1W6ZA 5KY1A 4W58A 1CJ9A 1B5YA 4IASA 4WO9A 4W59A 153LA 4XJIA 2W1YA 7LZMA 5LINA 3SB7A 254LA 4CJ2A 1B5ZA 3G3WA 3P64A 3HTBA 200LA 251LA 1HMLA 2LZ2A 109LA 4OWAA 2Z12A 3G3AB 3GUKA 1L74A 3C7WA 220LA 4LYZA 118LA 3HUAA 1LMNA 2LZTA 1DYEA 3LZ2A 1G7IC 3HDFA 5F9UA 5I4XA 1L49A 1JSFA 1OUHA 1QSQA 2MEDA 4UWUA 4N5RA 1HC0A 3TXEA 4HTKA 3TXIA 4FDYA 1L83A 4ARMB 4DD7A 1L76A 1LZ8A 1WVUA 4DAJA 1P5CA 1L01A 1XFPL 4PK0A 3AZ6A 1YL1X 1IP2A 4TUNA 144LA 3DN6A 3QE8A 119LA 4ETDA 1L91A 1J1OY 2LZMA 1JHLA 3IWRA 1GFRA 4NFVA 4I0CA 5KXRA 5C6LA 1QT7A 1GAZA 1G7MC 2O4WA 2YSSC 1C6FA 2HUBA 1LMTA 4GCDA 226LA 4TSCA 3C81A 3W6AA 1LZ5A 4ANRA 2Q0MX 4QGZA 1JKDA 1UIDA 4GCEA 1GFHA 4P2EA 2DKVA 3CDVA 4YEMA 4TX7A 4OWEA 1TBYA 4W54A 2ANXA 4ZFPA 3A93A 2LHMA 4HPIA 1GB6A 180LA 1REYA 1L92A 4WL6A 4LDLA 4K5YA 1GB5A 169LA 5I5QA 1L52A 162LA 3WU7A 3W6BA 1XEJA 215LA 1L66A 1IP6A 2NTGA 5IELA 4J7VA 4GCFA 1GD6A 1L10A 1OVHA 231LA 4LYOA 3RW8A 1V7SA 1L47A 1PQKA 1IP7A 5APDA 3UONA 111LA 4B1AA 3ODUA 1GF6A 4CHXA 4DC4A 1CUPA 4TSBA 1T6VL 4H93A 1LJ3A 4QEQA 1XSFA 243LA 3HTGA 4B4JA 152LA 4N1CC 2H5ZA 1C6LA 2ZQ4A 1L62A 5KKJA 1VATA 3AW7A 5HNCA 1NQIA 2DQAA 225LA 1LI6A 2Z2FA 5LXWA 142LA 1XEPA 1LWGA 1IOQA 4C5FA 1WQPA 1INUA 1L51A 1LPYA 4DQ7A 2BQNA 1DYAA 3WW5A 2B75A 221LA 1L72A 3AGHA 1BWIA 3B0IA 1T97A 3KAMA 1PS5A 2ZNXY 1UCOA 1OUBA 2Z37A 3WVXA 1CKFA 1C6DA 104LA 3WPJA 5I53A 3CQLA 5M1YA 2OE9X 4R0FA 5IDDA 1L71A 1QTKA 1QSAA 1NDMC 2CJLA 3GXKA 3A8ZA 1L63A 4I7SA 1LJGA 4NWHA 1QUGA 1L89A 4H92A 4NGIA 2IFFY 1FBIX 3CDQA 1LHIA 1JEFA 1L12A 4NEBA 1GAYA 1XGRC 1REZA 1D3JA 2BQIA 3BKHA 4I7RA 137LA 1BB5A 4NGYA 4LYCA 4B0DA 3GXRA 3SN6R 1DZBX 3GULA 132LA 3V2YA 1QUDA 2FYCA 1GXV2 1LYJA 3RZEA 3C8QA 3EXDA 3CDOA 2BQLA 3GUMA 229LA 3C7YA 3A94A 176LA 2LYOA 3CT5A 4RLMA 1GEVA 1UACY 1OUAA 1G0QA 1GB0A 4W51A 1C69A 125LA 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1LSMA 1NHEA 1L31A 2IGCA 3ZVQB 3WUNA 4AXTA 5I4WA 2ZILA 4DWXA 2B7XA 1CU3A 1KIPC 1L27A 1LZCA 1IR8A 5DL9A 2X0AA 2F2NA 1CKDA 1NBZC 4GLAA 4HJVA 1NDGC 1C7PA 245LA 4YENA 2DQIY 1G1WA 141LA 1IOSA 5LAGA 2QARC 126LA 2ZIKA 2HEAA 4TWSA 4OWBA 3GUJA 4H9CA 1YKYX 3WUMA 5LAFA 1QTEA 1LSYA 1LJ4A 187LA 5F81A 185LA 1QDRA 3HBHA 1LYDA 1B5WA 130LA 3V2WA 1PQOA 1L61A 4YX7C 4LZMA 4NGVA 1L06A 1OUJA 4I8SA 1IX0A 2LCBA 1JTNA 1L55A 1SWYA 2BLXA 3D4SA 2CDSA 1L29A 3LZTA 131LA 2MEFA 1CV1A 3SB6A 1HEPA 2GV0A 1B2KA 1JKAA 1DXJA 4LT0A 127LA 3A6CY 1L45A 4E97A 1GB7A 3J6KA 1L13A 3HH6A 1D9WA 1L16A 5L3HA 1WTHA 3HH4A 1RI8B 5FCPA 1PQDA 1Z55A 145LA 1L44A 1L59A 2Z19A 4O34A 110LA 1AM7A 3D3DA 1C6NA 208LA 2YBLA 5B07A 1T6HA 3TXDA 4Z46A 1HEMA 5DLAA 2DQCY 237LA 3RUNA 1ALCA 1LYHA 2HUKA 205LA 4H9EA 1OV5A 4B4IA 1JWRA 1HMKA 1LKSA 2RBSA 1MELL 1C6JA 146LA 5APCA 2Z18A 4M6DA 2AUBA 1L81A 4YEOA 1C6EA 3CT0A 1HFXA 5HMJA 1TDYA 1G07A 2G4PA 4W52A 3HUQA 4II8A 2B6YA 1T8AA 4BADA 1HF4A 262LA 2RSCA 1G1VA 3HH5A 4I7JA 154LA 2HEDA 3AYQA 1OYUA 4Z3MA 1OV7A 1CV0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWW A;  1L98 A;  1LZ9 A;  4XJD A;  5LA8 A;  4DKL A;  1B5V A;  2BPU A;  4EPI A;  1LZE A;  1G0L A;  3FAD A;  1LSP A;  2ANV A;  195L A;  2F2Q A;  1GFG A;  1D0L A;  108L A;  1L25 A;  1OUI A;  181L A;  4I7P A;  4NGL A;  115L A;  5LVK A;  1IWT A;  2MEG A;  4HSF A;  4H91 A;  5DM9 A;  5FDJ A;  1RE2 A;  1LJN A;  1F6R A;  3LYZ A;  2A7D A;  1P6Y A;  1KXX A;  4NHP A;  1B5U A;  3FE0 A;  2WAR A;  1GFJ A;  1L40 A;  2BQB A;  1DYG A;  4DD9 A;  199L A;  5C6J A;  4QY9 A;  1OUD A;  4NGK A;  1LLH A;  4DDB A;  1F10 A;  1GFA A;  157L A;  3K2R A;  4S0W A;  1HEO A;  2MEH A;  4ARQ B;  256L A;  1GB2 A;  2BAA A;  1GBO A;  1EPY A;  3T6U A;  4PRQ A;  1SX2 A;  4J1B A;  4B4E A;  4YXC A;  1CJ7 A;  1YAO A;  4N8Z A;  1G06 A;  4H8Z A;  1L33 A;  1LJH A;  1SSY A;  2BQE A;  4ML7 A;  4HJY A;  3N9A A;  4W53 A;  213L A;  2HTX A;  3B6L A;  2G4Q A;  1T8F A;  5C6I A;  3MGW A;  103L A;  2Z38 A;  5FST A;  5LZM A;  4NHQ A;  140L A;  4CFO A;  5KXO A;  1IVM A;  1WQM A;  1FLU A;  1L64 A;  1B7M A;  1L95 A;  1C6A A;  5B06 A;  3D9A C;  1A4V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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