3CDTA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRNCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdtA00
1L75A 1OVKA 1QUGA 1P6YA 1L13A 1QS5A 2NTHA 1L50A 1PQMA 5LZMA 3HTFA 215LA 1D3MA 218LA 3RUNA 2LCBA 1LYHA 2RBOA 1L60A 2OE7X 3ODUA 2RB0X 1DYAA 1L32A 1KY0A 4W58A 1QTZA 4EKSA 1SSYA 1L00A 4ARLA 182LA 114LA 3NYAA 3DMVA 1L38A 3HUKA 1L96A 1DYCA 1D3NA 2OEAX 233LA 1QTBA 1C6IA 122LA 2QB0B 2O7AA 195LA 3HT8A 1QTCA 3NY8A 150LA 4EPFA 1L15A 230LA 1XEPA 1L44A 4I7TA 1G0QA 212LA 2RB1X 3GUOA 3SB5A 159LA 1L43A 1KW5A 1LYEA 1C6AA 1T97A 1LLHA 1C60A 1L70A 1L66A 190LA 226LA 260LA 3GUPA 1CU3A 111LA 1L10A 2B73A 1L53A 147LA 3DN3A 3LZMA 4EXMA 1G0LA 1L06A 1LYGA 3HUAA 149LA 1P56A 4W55A 1DYGA 3HDFA 1D2WA 1L35A 2F32A 2HULA 3GULA 235LA 2RAYX 4I7MA 2B75A 239LA 3L2XA 3FADA 1NHBA 3V2WA 1CV1A 3C81A 3L64A 3CDTA 1L57A 1L47A 3OE0A 2RBQA 3CDOA 4GRVA 1L83A 1C6DA 3C8SA 222LA 259LA 1L37A 1LGWA 112LA 172LA 1L40A 1L24A 245LA 2RB2X 1L68A 3C7WA 3G3VA 1L34A 1G0PA 1LYJA 3HT9A 4EKQA 140LA 200LA 221LA 1CUPA 1PQDA 141LA 4DAJA 4ARQA 1L0KA 2RBRA 3DN6A 1L48A 3HTGA 1WTHA 3HH5A 1L91A 2LZMA 1KW7A 1LGXA 3HT6A 3GUNA 2L78A 254LA 4EKRA 1L88A 1KY1A 1C6QA 1L23A 3OE6A 1T8AA 3DNAA 1OWYA 1CV4A 3C82A 1C67A 4I7SA 1L58A 1CU2A 4W53A 2ANVA 3SBBC 3UONA 1G0JA 1L90A 118LA 3F9LA 129LA 2RBSA 1K28A 2HUMA 240LA 113LA 2B6XA 1L94A 1QUOA 1L76A 1CUQA 2NTGA 3DN0A 4K5YA 1P7SA 1QUHA 143LA 3SN6R 224LA 148LE 4ARPA 3FI5A 1L36A 1L79A 1JTMA 1L67A 119LA 3CDVA 137LA 1L29A 1G0MA 4I7NA 206LA 1C63A 2RH1A 256LA 4EJ4A 181LA 1L55A 1QUDA 1G1VA 4I7QA 1G06A 1SX2A 1D3JA 1LYDA 249LA 4OO9A 1LYIA 3GUKA 4I7RA 1JQUA 1XJUA 4I7PA 1CU5A 220LA 3HWLA 4IAPA 1L54A 1EPYA 1CU6A 1LWGA 115LA 1L69A 1DYFA 1L18A 2LC9A 1L71A 1LI6A 2A4TA 2IGCA 227LA 3C83A 2Z6BA 3JR6A 1P3NA 1L59A 1L51A 1KNIA 1T6HA 2HUKA 1L99A 2RAZX 3QAKA 1QSQA 3K2RA 3GUMA 1P5CA 166LA 236LA 1L17A 1L14A 205LA 1L02A 1L89A 2QARC 1L31A 1T8FA 1C6JA 253LA 1C62A 1L26A 1L39A 3F8VA 104LA 1P36A 130LA 1P2LA 3GUIA 4W57A 2OTYX 4PJZA 1TLAA 108LA 231LA 142LA 1C6PA 158LA 192LA 4W51A 4YXCA 250LA 3DN8A 1L64A 198LA 228LA 2B70A 1L19A 3EMLA 211LA 3CDQA 248LA 3FA0A 180LA 175LA 4ARMB 131LA 186LA 1OVHA 243LA 3VW7A 1CV3A 1L09A 3DMXA 4ARJA 1L41A 244LA 1LPYA 2CUUA 1L03A 1P64A 1L77A 4E97A 4ZPUA 165LA 1KS3A 257LA 1C6KA 2B7XA 199LA 2O79A 5I14A 1LWKA 3HU9A 197LA 1CTWA 1C64A 4LDLA 1L46A 3SBAA 1L33A 144LA 3SB7A 1L97A 1ZWNA 1L45A 1L42A 1ZURA 1CVKA 1DYEA 152LA 1L28A 1QT3A 1CV0A 1QS9A 2RBPA 4S0WA 1L80A 1CV6A 1QSBA 3D4SA 1L81A 1C6TA 223LA 4W54A 1L72A 145LA 1OVJA 1CV5A 1L21A 3CDRA 1L30A 2OU9A 1L07A 3C7YA 167LA 2F2QA 189LA 1OV5A 246LA 4AQNA 1LYFA 188LA 173LA 2OU0X 3HDEA 1L12A 4LDEA 1C68A 1QT7A 1OYUA 213LA 3G3WA 4ARQB 1LGUA 252LA 1OV7A 1L95A 1QT4A 3G3XA 1PQOA 4W59A 1L61A 1D2YA 1PQKA 2B6YA 216LA 109LA 210LA 4I7LA 3V2YA 1L04A 126LA 1L63A 1G07A 125LA 3DN4A 185LA 4W52A 4LDOA 1T8GA 164LA 1C6EA 1L0JA 178LA 163LA 1PQJA 1C6CA 1CX6A 1SX7A 1SWZA 2B6WA 201LA 1L56A 242LA 177LA 1C61A 3PDSA 4I7JA 1L74A 138LA 3HU8A 6LZMA 123LA 4YX7C 3HH3A 2RBNA 1L62A 1LI2A 1CU0A 120LA 196LA 262LA 2ANXA 1L52A 1L22A 1QTDA 247LA 110LA 1LW9A 3HUQA 2B6TA 7LZMA 3C80A 1D3FA 1D9WA 1QT5A 1L05A 258LA 2Q9EA 139LA 4ARMA 1C69A 1QTHA 1C65A 1C6FA 1L11A 1P46A 217LA 241LA 3SB8A 3C8RA 4EPIA 1L27A 3C8QA 2OTZX 1SSWA 161LA 187LA 2O4WA 2Q9DA 4EKPA 103LA 251LA 102LA 4W56A 171LA 238LA 3C7ZA 1L84A 191LA 3DKEX 3HTBA 219LA 3RZEA 1G0KA 214LA 261LA 1C6HA 3DN1A 3HTDA 237LA 1L85A 1CX7A 1L16A 1L25A 2F47A 1L93A 1L82A 1I6SA 3NY9A 234LA 3SB6A 1L08A 127LA 1L92A 183LA 229LA 1QTVA 1C6LA 2OE4X 3HH6A 156LA 1XJTA 160LA 4DJHA 1C6NA 3HT7A 169LA 4DKLA 162LA 174LA 1L20A 2OE9X 4I7KA 1QT8A 170LA 232LA 1L98A 1ZYTA 168LA 107LA 1L49A 146LA 128LA 3GUJA 157LA 209LA 3OE8A 2OU8A 1LI3A 3DMZA 176LA 1G0GA 1L01A 3HH4A 151LA 4I7OA 1L86A 3PBLA 255LA 2B72A 1G1WA 1B6IA 1L65A 184LA 1C6MA 1C66A 3OE9A 2B6ZA 1C6GA 1P37A 155LA 4GBRB 1JTNA 1C6BA 1QT6A 1P2RA 3DN2A 1DYDA 2B74A 1L73A 1OWZA 1PQIA 1SWYA 4PK0A 1DYBA 4LZMA 1L87A 3SB9A 225LA 4YXAC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L75A 1QUGA 2C8OA 2NTHA 1PQMA 2C8PA 3W6EA 3TMVA 3RUNA 3FI7A 2CJLA 4LYBA 2BQGA 3TXEA 4ARLA 2BQFA 1L38A 4XJBA 1GD6A 3TMUA 4CJ2A 3HT8A 1QTCA 150LA 2X0AA 4EPFA 230LA 1UACY 2BLYA 1LTMA 212LA 4WM3A 1L43A 4J1AA 1YILA 1LYEA 3HFMY 1LLHA 1ZVYB 3WL2A 4J1BA 111LA 1L10A 1TDYA 3LZMA 4NGIA 1LYGA 5KXOA 149LA 4W55A 1HEWA 1JUGA 1L35A 1NWGA 1LZEA 1IVMA 4NHTA 2H9JA 1NHBA 3A96A 3L64A 3BKVA 2A7DA 1L47A 4RW1A 2RBQA 1LZ4A 4GRVA 1L83A 2YBNA 1B7NA 1LYZA 1UIBA 4NEBA 1LSBA 1LJIA 5LAGA 1J1PY 112LA 4ET9A 1LZYA 1B5UA 1L34A 2AUBA 1GFTA 200LA 1D6QA 141LA 1GBWA 4WG1A 3ZVQA 1LSPA 3GUNA 1YL1X 4PJ2C 3EMSA 254LA 1XGUC 4IASA 1KY1A 1L23A 1QTEA 1CKGA 1OWYA 1GF5A 1L58A 5DL9A 1GFKA 2ANVA 3UONA 1EQ5A 1L90A 2G4NA 2HUMA 4G49A 4RLNA 4DC4A 4ZFPA 4FJRA 4HJYA 2FBDA 1HMKA 3LYOA 1LHHA 3DN0A 5T3FA 143LA 4B4IA 2DQFC 1LYOA 1FLYA 3FI5A 1L36A 5B05A 1LZ1A 4TWSA 1LZ5A 1IOTA 137LA 4DDCA 1G0MA 3CT0A 4KPMA 1KXYA 1GF9A 5FELA 1HFZA 5F81A 4I7PA 4IAPA 1VDQA 1DYFA 1UIHA 5L3HA 4CFOA 1L71A 1BHZA 3CSQA 2DQJY 4H94A 3C83A 1GE2A 1GEVA 4N5RA 1B7MA 1UA6Y 1QSQA 166LA 1DI3A 4W96A 236LA 3RW8A 1EQEA 1L89A 4H91A 2QARC 1GB6A 1T8FA 1HNLA 1C6JA 1LZGA 253LA 1JKBA 1BB3A 130LA 4W57A 108LA 1C08C 192LA 4W51A 4YXCA 1TCYA 5LVKA 1JJ0A 3DN8A 3M18B 5DLAA 2B70A 186LA 1LZ9A 243LA 208LA 1GF8A 3T6UA 2N5ZA 3VW7A 1IWVA 3DMXA 1GFJA 2ZWBA 1O23A 1JISA 1LKRA 1L03A 4GN4A 1P64A 1L77A 4WM6A 1LSMA 1C6KA 1BVKC 5AMYA 2D4KA 5A3EA 1PZYA 1GBXA 3AZ5A 3HU9A 1L46A 5IELA 2DKVA 2MEFA 3TMWA 1HHLA 1HSXA 3SB7A 3WXUA 1CVKA 1DYEA 152LA 4UWNA 1CV0A 1FDLY 2W1XA 6LYTA 1QS9A 1QSBA 3D4SA 5K7OA 1LSEA 1D0KA 1E8LA 4FDYA 1L81A 1C6TA 223LA 3TXDA 1CV5A 3LYTA 2F2QA 1IY4A 2NWDX 1B5WA 188LA 3HDEA 4LT1A 3G3AB 1LGUA 4PGJB 2ZIKA 1OV7A 1QT4A 4UWUA 1OUGA 109LA 2Z19A 2D6BA 4TSBA 4I7LA 4M4OA 3A93A 1D9UA 4H9AA 1L04A 1VATA 3LYZA 4H9EA 4R6CA 4W52A 4LDOA 2BLXA 1GXXA 1SX7A 1SWZA 2B6WA 1WVUA 177LA 1C61A 1IWYA 3AZ6A 6LZMA 4DWXA 1LI2A 120LA 1HEOA 3FE0A 2YDGA 4WLTA 4X3BA 1ALCA 2B6TA 7LZMA 3W6BA 1FLUA 4DDBA 258LA 2Q9EA 1CJ7A 3SB8A 1C6FA 1L27A 4OOTA 1B7SA 103LA 238LA 1GB0A 1KIPC 1KXWA 1L84A 2MEHA 5FEKA 1AZFA 1B7QA 5KXWA 2EPEA 4C5FA 1CX7A 1L16A 1L93A 2LHMA 5KXLA 2Q0MX 1L08A 4AGAA 127LA 1L92A 3HH6A 4LGKA 1YL0X 3EXDA 156LA 160LA 1C6NA 1JSFA 2BQAA 1HSWA 162LA 1I20A 2OE9X 1UIEA 4NFVA 4YM8A 1D0MA 1EQ4A 4DT3A 1L98A 168LA 146LA 1G7IC 1MLCE 1W08A 1GF0A 209LA 176LA 2ZNWY 4LZTA 3WH1A 133LA 1HENA 1V7SA 5F16A 2BQIA 3HBHA 4H9CA 2I26L 3AGGG 1L86A 1B6IA 184LA 1C66A 3OE9A 3WPKA 3B72A 5LAFA 2XTHA 5II3A 1WQOA 4WO6A 1C6BA 5FCPA 2Z37A 3BKHA 1P2RA 2B74A 1AM7A 1LMQA 4NGOA 4ETEA 3SB9A 1CKDA 1P6YA 1IEEA 2BQDA 1KXXA 5LZMA 3LZ2A 4U3XB 1MELL 1GFAA 2RBOA 2OE7X 1CKCA 1KY0A 4XENA 1QDTA 3WUAA 1QTZA 1L00A 182LA 1BQLY 1L96A 4LFPA 195LA 2LYZA 4ETAA 3P65A 1GB9A 2YBMA 4H8YA 4WL7A 5F14A 4NGZA 1T97A 1L70A 4M6DA 1F6RA 4Z3MA 190LA 1TEWA 5E4PA 1B5YA 5KJ9A 5B06A 1CU3A 5HLLA 4XJDA 3QY4A 1G0LA 1L06A 1RFPA 1P56A 235LA 2RAYX 4NSJA 2B75A 239LA 3L2XA 1VDTA 3V2WA 3C81A 1B7LA 4WM4A 3TXIA 3AW6A 2A7FA 2ZILA 1WQQA 1LZAA 2Z39A 4C3WA 1LJFA 4LT2A 1L37A 3A6BY 172LA 1LPIA 1KIQC 2MEGA 3WW6A 1G0PA 1LYJA 1JHLA 4HTKA 140LA 1B7OA 1GDWA 3WU8A 1PQDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L75 A;  1QUG A;  2C8O A;  2NTH A;  1PQM A;  2C8P A;  3W6E A;  3TMV A;  3RUN A;  3FI7 A;  2CJL A;  4LYB A;  2BQG A;  3TXE A;  4ARL A;  2BQF A;  1L38 A;  4XJB A;  1GD6 A;  3TMU A;  4CJ2 A;  3HT8 A;  1QTC A;  150L A;  2X0A A;  4EPF A;  230L A;  1UAC Y;  2BLY A;  1LTM A;  212L A;  4WM3 A;  1L43 A;  4J1A A;  1YIL A;  1LYE A;  3HFM Y;  1LLH A;  1ZVY B;  3WL2 A;  4J1B A;  111L A;  1L10 A;  1TDY A;  3LZM A;  4NGI A;  1LYG A;  5KXO A;  149L A;  4W55 A;  1HEW A;  1JUG A;  1L35 A;  1NWG A;  1LZE A;  1IVM A;  4NHT A;  2H9J A;  1NHB A;  3A96 A;  3L64 A;  3BKV A;  2A7D A;  1L47 A;  4RW1 A;  2RBQ A;  1LZ4 A;  4GRV A;  1L83 A;  2YBN A;  1B7N A;  1LYZ A;  1UIB A;  4NEB A;  1LSB A;  1LJI A;  5LAG A;  1J1P Y;  112L A;  4ET9 A;  1LZY A;  1B5U A;  1L34 A;  2AUB A;  1GFT A;  200L A;  1D6Q A;  141L A;  1GBW A;  4WG1 A;  3ZVQ A;  1LSP A;  3GUN A;  1YL1 X;  4PJ2 C;  3EMS A;  254L A;  1XGU C;  4IAS A;  1KY1 A;  1L23 A;  1QTE A;  1CKG A;  1OWY A;  1GF5 A;  1L58 A;  5DL9 A;  1GFK A;  2ANV A;  3UON A;  1EQ5 A;  1L90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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