3CDVA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRMCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdvA00
1P2RA 1L82A 3ODUA 3HT7A 1QSQA 255LA 2NTHA 1D3FA 245LA 4EPFA 199LA 241LA 205LA 4EKSA 3PBLA 1L59A 1LGWA 190LA 147LA 2CUUA 107LA 227LA 2OTYX 1L81A 2RB0X 1L48A 2OU0X 3SB8A 3NYAA 3HU9A 3HWLA 1C6KA 1DYFA 1CU2A 1DYBA 1LYEA 198LA 1L22A 262LA 4I7RA 3GUPA 1C64A 1T8FA 148LE 1C6EA 252LA 1L69A 3V2YA 1C6PA 4I7NA 1C69A 4I7KA 1L45A 152LA 4EJ4A 1C6QA 109LA 2RBSA 3FADA 1L80A 1L71A 110LA 1C65A 1L13A 1L83A 1L99A 3SB7A 1QUDA 1L98A 3C7WA 3GUKA 1LGXA 3GUIA 1L17A 213LA 5I14A 3HTGA 1OVKA 212LA 1CV5A 3HUAA 225LA 3SBBC 2LZMA 146LA 1L85A 1CUQA 260LA 3HH3A 126LA 3GUOA 1L33A 3VW7A 3SB5A 4I7SA 1K28A 118LA 1NHBA 1L58A 3RUNA 1LI2A 1QT6A 1L86A 103LA 1L24A 1L03A 1L65A 4ARJA 3LZMA 4ARMB 1L41A 3CDTA 1L54A 3NY9A 1QTCA 3PDSA 1LI3A 2OE9X 4LDEA 3SBAA 3DN1A 1P36A 4I7LA 1L19A 3C7ZA 1P46A 1LI6A 1L29A 7LZMA 1C68A 1L96A 1C62A 1P56A 4ARMA 2Q9EA 1L50A 1L91A 1LYIA 1G0QA 240LA 215LA 166LA 1C6CA 162LA 1CV4A 1L64A 130LA 1L95A 224LA 1SX2A 3SB9A 1L34A 1C67A 1L70A 1L56A 3HTDA 1L60A 1CUPA 259LA 1QSBA 1P64A 2OU9A 3CDOA 4LDLA 159LA 1WTHA 115LA 1D9WA 2RBRA 1OWYA 1DYAA 1L84A 131LA 172LA 236LA 1LW9A 3DN2A 4ARLA 216LA 186LA 1L0KA 3CDVA 222LA 4I7PA 4E97A 1L05A 4DAJA 3OE0A 3F8VA 181LA 2B6YA 1L94A 1SWZA 3CDRA 1XEPA 1P5CA 3HUKA 1L46A 155LA 1OV5A 4EKQA 3CDQA 3OE8A 1CV3A 2ANXA 1L55A 2RH1A 2Z6BA 3C83A 231LA 4W55A 4AQNA 4PK0A 137LA 1G1WA 2B73A 1C66A 1C6NA 1C6GA 3HTFA 188LA 164LA 1L89A 150LA 160LA 1QS9A 1JQUA 1QUGA 3OE9A 2OU8A 1D3MA 1QTZA 4YX7C 1L16A 251LA 1PQJA 2B6ZA 244LA 3DMXA 1DYEA 1CU6A 1D2WA 129LA 4ARQA 4GRVA 1C6IA 1EPYA 1P2LA 182LA 4W56A 4YXCA 200LA 3NY8A 161LA 1LYJA 4W58A 239LA 4OO9A 1L62A 174LA 1L31A 3C80A 1C6FA 1PQDA 218LA 113LA 3HTBA 4I7OA 258LA 175LA 1QT7A 4EKRA 4IAPA 3SB6A 1L28A 123LA 1G0KA 111LA 4EXMA 3DN3A 1XJUA 1C6DA 1L66A 1CV1A 3HDFA 1OV7A 1L15A 1L43A 3HUQA 1L10A 4I7JA 1LGUA 3C8RA 3F9LA 185LA 4EKPA 3DMZA 2OTZX 2RBNA 138LA 2B6XA 114LA 1L0JA 3DN8A 177LA 163LA 1SSYA 189LA 2RBPA 249LA 187LA 1L79A 1G07A 180LA 2RB1X 2O4WA 2OE7X 1L49A 1T8AA 2RAYX 2Q9DA 3C8SA 4EPIA 230LA 3HDEA 122LA 211LA 1L26A 3SN6R 1CU5A 149LA 253LA 1KW5A 1L57A 3UONA 1KS3A 112LA 1QT8A 169LA 242LA 102LA 168LA 232LA 2F2QA 1T6HA 243LA 4I7TA 1G0JA 2RBQA 1LWKA 4LDOA 4W51A 228LA 3DN6A 3L2XA 128LA 2LC9A 142LA 1L11A 1L40A 3GUNA 1L90A 4K5YA 1SX7A 197LA 1L00A 1DYCA 1P6YA 157LA 1QTVA 235LA 3HH4A 1QUOA 1L53A 229LA 3DN0A 2NTGA 257LA 1KY0A 143LA 1QT5A 3DNAA 108LA 3FA0A 170LA 3GUJA 2HUKA 158LA 237LA 1C61A 238LA 220LA 2B6TA 250LA 5LZMA 171LA 2B72A 1C6LA 219LA 1L47A 1L72A 1SSWA 4LZMA 1L08A 125LA 1CV6A 1L14A 2OE4X 1L67A 4ARQB 1L76A 1C6JA 1QT4A 256LA 3C8QA 3GUMA 4I7MA 1LYHA 206LA 1PQMA 3C81A 1ZURA 3DKEX 1L36A 2RAZX 3HU8A 1L09A 1P37A 1CU3A 1CVKA 1L92A 1G06A 1L51A 1QT3A 3JR6A 1ZYTA 1OYUA 209LA 1L52A 1D3NA 1D2YA 1QTDA 3C82A 1G0LA 247LA 1L97A 1ZWNA 3HH6A 1JTMA 221LA 1QS5A 1CU0A 3OE6A 1L04A 192LA 233LA 254LA 2L78A 2B75A 173LA 2F32A 210LA 1L02A 1L32A 1C6TA 1KW7A 1DYGA 2QARC 217LA 1G1VA 140LA 3D4SA 1SWYA 1L18A 3L64A 1L73A 1L42A 2HUMA 1P7SA 6LZMA 1L37A 1G0PA 2A4TA 226LA 2IGCA 1L27A 1OWZA 3GULA 3V2WA 4DJHA 214LA 1KNIA 2B74A 196LA 1LYGA 1QTBA 2RBOA 3HT8A 156LA 1L20A 1DYDA 1L44A 1LPYA 1QTHA 1L77A 191LA 2HULA 1D3JA 1LYFA 1L07A 151LA 195LA 1L88A 1L30A 223LA 3DMVA 1CX7A 1L06A 145LA 3FI5A 1L68A 144LA 1LWGA 1C6AA 165LA 3QAKA 4ZPUA 2O7AA 2OEAX 1CV0A 1JTNA 1L93A 3HT6A 1L38A 167LA 3G3WA 1C63A 3K2RA 1C60A 4W59A 2O79A 4DKLA 178LA 1LLHA 120LA 104LA 183LA 184LA 1PQKA 1L01A 1L39A 261LA 2RB2X 1CTWA 4GBRB 4W53A 127LA 1L12A 2LCBA 4W57A 1L74A 2B6WA 1L23A 4YXAC 1L21A 2B7XA 1L63A 1TLAA 1L87A 176LA 246LA 4W54A 3HT9A 1T8GA 3DN4A 201LA 141LA 1PQOA 1PQIA 2ANVA 1C6HA 234LA 119LA 1L25A 1I6SA 1XJTA 248LA 1OVJA 1QUHA 1L75A 1G0MA 2F47A 4ARPA 4S0WA 4PJZA 1L35A 1T97A 1LYDA 1B6IA 1OVHA 1P3NA 4W52A 2B70A 1C6MA 3EMLA 1CX6A 3C7YA 2QB0B 3G3VA 3RZEA 1G0GA 1C6BA 1KY1A 4I7QA 3G3XA 3HH5A 1L61A 139LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L82A 4QEQA 2NTHA 1D3FA 1J1PY 1RJCB 241LA 1NWGA 205LA 4DQ5A 1LYYA 1JKAA 2CUUA 1GEVA 2G4PA 1L48A 2RB0X 3NYAA 1DYBA 198LA 1YAMA 1HFYA 3LYMA 4R6CA 1E8LA 2DQFC 1UCOA 1L69A 5LA8A 1C69A 1LKSA 4I7KA 4RW1A 3WYHA 4NG1A 2RBSA 3FADA 1L80A 3CT1A 1L71A 110LA 4DYGA 3SB7A 1QUDA 1L98A 5KXSA 1UIGA 1L17A 4H9IA 2A7FA 1LZCA 5D5FA 3HTGA 2BQGA 1CV5A 3HUAA 225LA 4H9HA 2LZMA 2FYCA 146LA 1L85A 3HH3A 1K28A 103LA 1L24A 1L41A 1L54A 1RFPA 4NGLA 5DN4A 1GFUA 4XJGA 4NGIA 2OE9X 3DN1A 5KY1A 4I7LA 1LMTA 3C7ZA 1P46A 7LZMA 1DKKA 1ZMYL 4KT3A 1NQIA 1L96A 1IWWA 2Q9EA 1L91A 5HNLA 215LA 1L64A 1L95A 224LA 3TMVA 1IWYA 4N8ZA 3QE8A 3HTDA 4HSFA 1CUPA 259LA 1QSBA 1F6RA 2FYDA 6LYTA 2RBRA 4PJ2C 5APFA 236LA 3DN2A 4ARLA 216LA 4H9AA 1DXJA 1CKDA 3CSZA 1B7RA 3F6ZA 1HEQA 3EO5A 4E97A 1L05A 1LSBA 1LSNA 3A3QA 4HP0A 5C6IA 2C8PA 1DKJA 4AXTA 4QY9A 3OE8A 1CV3A 2EQLA 2RH1A 1L55A 2Z6BA 4W55A 4AQNA 2YBNA 5A3EA 2CWIA 4LYZA 1G1WA 1IWZA 5KXWA 1TAYA 1L89A 4UWVA 1LZEA 4N9RA 1OUIA 1V7TA 4G9SA 1LHMA 5T3FA 1QTZA 1L16A 251LA 2B6ZA 4WM6A 1UIAA 4MCKA 4RLNA 1C08C 5FELA 1P2LA 3AJNA 3NY8A 1LYJA 1G7HC 174LA 2W1LA 3C80A 1LHKA 4UWNA 1PQDA 113LA 2HECA 258LA 2LYZA 175LA 5A3ZA 4G4HA 4EKRA 3M18B 3ZVQB 2NWDX 2Y8PA 1REZA 4D9ZA 4TSBA 1OV7A 1L15A 1LGUA 3DMZA 2B6XA 1ZV5L 2DQCY 3LHMA 1TBYA 2RBPA 1G07A 180LA 4R0FA 2O4WA 1JKBA 4B4IA 1AM7A 1T8AA 1B7OA 3SN6R 1CU5A 149LA 1QT8A 169LA 3TMUA 1G0JA 2RBQA 2HU3A 1LWKA 4XADA 2ZYPA 5B07A 228LA 3A3RX 128LA 1D9UA 1WQQA 4C5FA 1WQMA 3K3TA 1HSWA 235LA 3HH4A 1FDLY 3AZ6A 1IWXA 1KY0A 3P64A 108LA 3DNAA 3GUJA 5DL9A 1VDTA 3CB7A 1B7PA 1LMCA 158LA 237LA 1C61A 171LA 4NHTA 1OUEA 1C6LA 1C46A 219LA 1L72A 4N5RA 1JTPL 4J0LA 125LA 1CV6A 3IWRA 4OOTA 1L67A 1DQJC 5L9JA 4PGJB 4LYOA 1L76A 2YBJA 5J7CA 1QT4A 256LA 2MEHA 3C8QA 1LYHA 1B5WA 1ZURA 2D4IA 1IP5A 4TSCA 1J1OY 5LYTA 1LZ6A 1L92A 1GFRA 4XJBA 2F2NA 4NSHA 1ZYTA 1OYUA 1L52A 1D2YA 4ETBA 1B5XA 1L97A 1ZWNA 221LA 4WLYA 1QS5A 2X0AA 4GCFA 4NGYA 5HLLA 1L02A 4BS7A 3LYTA 1C6TA 4PPOA 1D6QA 1DYGA 140LA 3D4SA 4HTNA 4NWEA 4WO6A 3L64A 1LJGA 1VFBC 1LZSA 2HEDA 2HUMA 1GB3A 1L37A 4XJFA 226LA 2IGCA 1OWZA 3GULA 1XGUC 1RCMA 1UA6Y 3TXHA 1JUGA 1DPWA 2RBOA 156LA 4WLTA 1F10A 5KXOA 1IEEA 1LPYA 4KPMA 1LZ4A 2MEBA 3J6KA 2XBSA 1ALCA 153LA 1LJ4A 1GFAA 3GXRA 4H9EA 1HELA 4ZPUA 1IP1A 208LA 4B49A 1JTNA 1L93A 5F14A 3G3WA 3K2RA 5L3HA 4TUNA 4DKLA 178LA 120LA 4OWEA 5HNCA 2BQHA 4CFPA 1PQKA 1L01A 261LA 1LSEA 4W53A 1L12A 1L74A 2B6WA 1DI3A 2B7XA 3WW5A 2IFFY 4ANRA 3A8ZA 4ZEEA 4EOFA 3HT9A 5I5QA 1YQVY 4NFVA 4CGEA 1L25A 1GFVA 5LAGA 1JISA 1T97A 5APDA 1LYDA 1OVHA 1P3NA 4DD1A 2GV0A 3C7YA 2VB1A 2QB0B 3WXUA 1G0GA 5FHWA 4HJZA 1UIFA 3G3XA 4II8A 1L61A 199LA 3ODUA 3N9AA 1QSQA 2DBTA 2DKVA 1WQRA 1L59A 1LGWA 5B1FA 1IP2A 107LA 2HEFA 2OTYX 1L81A 1GB0A 4W94A 4OW1A 3AZ5A 1C6KA 1GB2A 2BQAA 4N0JA 1LYEA 1L22A 262LA 3HFMY 1OUAA 5LA5A 148LE 252LA 1C6PA 4I7NA 2ZILA 1BB6A 1L83A 1JKCA 3GUKA 1LSZA 5L3IA 5EBHA 4A7DA 1H6MA 2BLXA 2MEGA 1FN5A 1YL1X 1NMMA 260LA 3AW6A 1HEPA 1L33A 5KXZA 3VW7A 3SB5A 3T6UA 1GE3A 2PC2A 4M4OA 118LA 1NHBA 1L58A 1LI2A 1QT6A 1L86A 1ZVHL 5KXTA 3OK0A 4HJYA 1LCNA 1I56A 3NY9A 4DT3A 1GF7A 5LAFA 5B05A 1L29A 1IOTA 4LYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JTM A;  221L A;  1QS5 A;  1CU0 A;  3OE6 A;  1L04 A;  192L A;  233L A;  254L A;  2L78 A;  2B75 A;  173L A;  2F32 A;  210L A;  1L02 A;  1L32 A;  1C6T A;  1KW7 A;  1DYG A;  2QAR C;  217L A;  1G1V A;  140L A;  3D4S A;  1SWY A;  1L18 A;  3L64 A;  1L73 A;  1L42 A;  2HUM A;  1P7S A;  6LZM A;  1L37 A;  1G0P A;  2A4T A;  226L A;  2IGC A;  1L27 A;  1OWZ A;  3GUL A;  3V2W A;  4DJH A;  214L A;  1KNI A;  2B74 A;  196L A;  1LYG A;  1QTB A;  2RBO A;  3HT8 A;  156L A;  1L20 A;  1DYD A;  1L44 A;  1LPY A;  1QTH A;  1L77 A;  191L A;  2HUL A;  1D3J A;  1LYF A;  1L07 A;  151L A;  195L A;  1L88 A;  1L30 A;  223L A;  3DMV A;  1CX7 A;  1L06 A;  145L A;  3FI5 A;  1L68 A;  144L A;  1LWG A;  1C6A A;  165L A;  3QAK A;  4ZPU A;  2O7A A;  2OEA X;  1CV0 A;  1JTN A;  1L93 A;  3HT6 A;  1L38 A;  167L A;  3G3W A;  1C63 A;  3K2R A;  1C60 A;  4W59 A;  2O79 A;  4DKL A;  178L A;  1LLH A;  120L A;  104L A;  183L A;  184L A;  1PQK A;  1L01 A;  1L39 A;  261L A;  2RB2 X;  1CTW A;  4GBR B;  4W53 A;  127L A;  1L12 A;  2LCB A;  4W57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L82 A;  4QEQ A;  2NTH A;  1D3F A;  1J1P Y;  1RJC B;  241L A;  1NWG A;  205L A;  4DQ5 A;  1LYY A;  1JKA A;  2CUU A;  1GEV A;  2G4P A;  1L48 A;  2RB0 X;  3NYA A;  1DYB A;  198L A;  1YAM A;  1HFY A;  3LYM A;  4R6C A;  1E8L A;  2DQF C;  1UCO A;  1L69 A;  5LA8 A;  1C69 A;  1LKS A;  4I7K A;  4RW1 A;  3WYH A;  4NG1 A;  2RBS A;  3FAD A;  1L80 A;  3CT1 A;  1L71 A;  110L A;  4DYG A;  3SB7 A;  1QUD A;  1L98 A;  5KXS A;  1UIG A;  1L17 A;  4H9I A;  2A7F A;  1LZC A;  5D5F A;  3HTG A;  2BQG A;  1CV5 A;  3HUA A;  225L A;  4H9H A;  2LZM A;  2FYC A;  146L A;  1L85 A;  3HH3 A;  1K28 A;  103L A;  1L24 A;  1L41 A;  1L54 A;  1RFP A;  4NGL A;  5DN4 A;  1GFU A;  4XJG A;  4NGI A;  2OE9 X;  3DN1 A;  5KY1 A;  4I7L A;  1LMT A;  3C7Z A;  1P46 A;  7LZM A;  1DKK A;  1ZMY L;  4KT3 A;  1NQI A;  1L96 A;  1IWW A;  2Q9E A;  1L91 A;  5HNL A;  215L A;  1L64 A;  1L95 A;  224L A;  3TMV A;  1IWY A;  4N8Z A;  3QE8 A;  3HTD A;  4HSF A;  1CUP A;  259L A;  1QSB A;  1F6R A;  2FYD A;  6LYT A;  2RBR A;  4PJ2 C;  5APF A;  236L A;  3DN2 A;  4ARL A;  216L A;  4H9A A;  1DXJ A;  1CKD A;  3CSZ A;  1B7R A;  3F6Z A;  1HEQ A;  3EO5 A;  4E97 A;  1L05 A;  1LSB A;  1LSN A;  3A3Q A;  4HP0 A;  5C6I A;  2C8P A;  1DKJ A;  4AXT A;  4QY9 A;  3OE8 A;  1CV3 A;  2EQL A;  2RH1 A;  1L55 A;  2Z6B A;  4W55 A;  4AQN A;  2YBN A;  5A3E A;  2CWI A;  4LYZ A;  1G1W A;  1IWZ A;  5KXW A;  1TAY A;  1L89 A;  4UWV A;  1LZE A;  4N9R A;  1OUI A;  1V7T A;  4G9S A;  1LHM A;  5T3F A;  1QTZ A;  1L16 A;  251L A;  2B6Z A;  4WM6 A;  1UIA A;  4MCK A;  4RLN A;  1C08 C;  5FEL A;  1P2L A;  3AJN A;  3NY8 A;  1LYJ A;  1G7H C;  174L A;  2W1L A;  3C80 A;  1LHK A;  4UWN A;  1PQD A;  113L A;  2HEC A;  258L A;  2LYZ A;  175L A;  5A3Z A;  4G4H A;  4EKR A;  3M18 B;  3ZVQ B;  2NWD X;  2Y8P A;  1REZ A;  4D9Z A;  4TSB A;  1OV7 A;  1L15 A;  1LGU A;  3DMZ A;  2B6X A;  1ZV5 L;  2DQC Y;  3LHM A;  1TBY A;  2RBP A;  1G07 A;  180L A;  4R0F A;  2O4W A;  1JKB A;  4B4I A;  1AM7 A;  1T8A A;  1B7O A;  3SN6 R;  1CU5 A;  149L A;  1QT8 A;  169L A;  3TMU A;  1G0J A;  2RBQ A;  2HU3 A;  1LWK A;  4XAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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