The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
244
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sequence length |
600
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structure length |
595
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Chain Sequence |
QVRPRSEISPQDCWDITPLYLNRKAWKADLDSFGLKSPTWPALQATQYQLDNSESLLSLLTTLFSIERKLNKLYVYAHLTHDQDITNQEGIADLKSITHLHTLFAEETSWVQPALTSLSESLIAQHLSAPCLAPYRFYLEKIFRLSIHTGTPGEEKILASAFTPLEVASKAFSSLSDSEIPFGQATDSEGNSHPLSHALASLYMQSTDRELRKTSYLAQCERYHSYRHTFANLLNGKIQAHVFYAKNKRYNSCLQAALYHNNIPTTVYTNLIDIVKKNSSLITKYFSIKQRCLNLKDFHFYDVYAPLSQEKKYTFQEAVDLIYTSLSPLGTEYIDTLKQGLTTQGWVDKYENLNKRSGAYSSGCYDSHPYVLLNYTGTLYDVSVIAHEGGHSMHSYFSRKHQPFHDAQYPIFLAEIASTLNEMLLMDSMLKESDSKEEKITILTRCLDTIFSTLFRQVLFASFEYDIHHAAEHGVPLTEEYLSSTYKNLQNEFYGEIITFDVLSNIEWARIPHFYYNFYVYQYATGIIAALCFLEKILNNEDNALNSYLNFLKSGGSDFPLEILKKSGLDMGTVEPIQKAFCFIEKKIQELSSLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of putative peptidase from Chlamydophila abortus.
rcsb |
| molecule keywords |
Putative peptidase
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Chlamydophila abortus
|
| total genus |
244
|
| structure length |
595
|
| sequence length |
600
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01432 | Peptidase_M3 | Peptidase family M3 |
| A | PF08439 | Peptidase_M3_N | Oligopeptidase F |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CE2 A; 2QR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EC1 C; 4R8C A; 1NT2 B; 3OTF A; 3T1C A; 3Q4H A; 3SYC A; 1DLB A; 3P3N A; 1XFY A; 1KYO F; 3SPC A; 1NH2 B; 2CGO A; 4UCT A; 4HNA B; 5B1A C; 2LFS A; 3OR6 C; 3B40 A; 2Y4T A; 2QWQ B; 4DV2 B; 3HB3 B; 4L3Z A; 1AR4 A; 4X1Y B; 1HWY A; 4E2L A; 4UXN A; 1NZ6 A; 3LSU A; 1VQ8 V; 4HAM A; 3SKS A; 1YI2 V; 2YGW A; 4X89 A; 4OXS A; 1WB8 A; 3WG7 C; 2YIB D; 3HKE A; 3L73 H; 5H2F Z; 1GKZ A; 2F6L A; 1ZL8 A; 3LNN A; 4MVS A; 2X6C A; 1HP8 A; 1K7D A; 4OX9 B; 4KHP B; 5J71 A; 1EGD A; 1Y67 A; 4CZZ A; 4DUZ O; 3K5L A; 4FLZ A; 1NH2 D; 4H0L B; 2OTJ V; 5B1B C; 3SYQ A; 2ZR2 A; 2DW4 A; 4O4L A; 3CXH F; 4H37 A; 3SWO A; 3OR7 C; 3RYC A; 4TT3 G; 4L8J A; 3VKG A; 3ZHT A; 2VWJ A; 2AZ2 A; 2JJ2 G; 4P30 A; 3E8G A; 5K3I A; 1FFT B; 4PA7 A; 1HW7 A; 4XDJ A; 3HQ2 A; 2JS3 A; 1RX0 A; 1FFX A; 4LFB B; 1KEC A; 2Q67 A; 3ZHS A; 4DV6 O; 1HR0 B; 3JCZ A; 2HR3 A; 4QPJ A; 4QIW F; 4DR2 O; 3OAA G; 2ZNI A; 3T2M A; 2HLD G; 5KHI A; 2C0U A; 4AKG A; 1VQ9 V; 4X62 O; 4QPK A; 1F23 A; 1PD3 A; 1T9G A; 1Q43 A; 3ZJZ A; 1O9H A; 4DR5 O; 1XEQ A; 2X6B A; 4UCV A; 4RUF A; 5LMU B; 5KAF Z; 5DM6 V; 2XQR B; 4U7O A; 2YEV A; 2H94 A; 1JPX A; 1SA0 B; 5M4M A; 4DUY O; 1GN4 A; 1F4M A; 4O4I B; 1XUQ A; 4FVM A; 1OCR B; 2VIG A; 5FNV A; 5J2U B; 2BU6 A; 2VQF B; 4UB6 Z; 5IYB O; 1GJV A; 2RJZ A; 2WAM A; 5JCO C; 3CJH A; 3EON A; 1GH6 A; 3T1Y B; 2EBH X; 2XHB A; 1JMK C; 5KLV H; 3G4S V; 3OUF A; 4ASU G; 1XMO O; 3K5O A; 3DXR B; 1WPB A; 3H1K H; 4K35 A; 3MPI A; 4PI0 A; 3OWA A; 3MKH A; 3M8A A; 2H1N A; 3A2F A; 1IX9 A; 3ETQ A; 4J42 A; 5E79 Z; 1ZAU A; 1CEZ A; 1UJW B; 2YYI A; 2BCC H; 4JI6 B; 2HHH B; 4X65 B; 5IYZ B; 5CBH A; 2DOS A; 3JD4 A; 5IJ0 B; 2OYQ A; 5L3F A; 3IAY A; 2QM7 A; 4TQD A; 1PNL A; 3ZHV A; 4DV2 O; 4FPP A; 5B1B B; 1TUE B; 4X28 C; 3EXA A; 4FFB A; 2DYR C; 2HJD A; 4XVX A; 3K5M A; 1M93 A; 4RO2 A; 3IC7 A; 3THO A; 4J11 A; 1G8M A; 1JQI A; 1SQV H; 4LF4 B; 5E3X A; 3K59 A; 1DTO A; 1YTF B; 4O4I A; 3RT3 C; 1XL6 A; 2O3E A; 4L1F A; 1XL4 A; 3E22 B; 4OX9 O; 4KHP O; 5K3G A; 4PV1 B; 2LW1 A; 2UXB B; 2HJN A; 2N05 A; 2WPD G; 3CCS V; 1GKX A; 2G38 A; 1QLN A; 5GON A; 3HKB A; 4NTX A; 4LF5 O; 5KHJ A; 1XFU A; 2UUA O; 5C8Y A; 4DR3 B; 2A3Q A; 3TZ2 A; 2XAQ A; 4PA4 A; 4FM2 A; 3CS5 A; 1Y6X A; 1YTF D; 4LFB O; 2BU5 A; 1MZF A; 4O4J B; 3TK1 A; 3B4S A; 1AI7 A; 4P2Z A; 1HR0 O; 4JTC B; 2Q8I A; 1N0J A; 1M5I A; 2IH1 C; 3F7Y C; 3OFN G; 5J2T B; 1Q7Y W; 4LWS A; 3X29 A; 3RYH A; 4X64 B; 4JF3 A; 3ABL C; 3SPJ A; 5LGU A; 3STL C; 5CMU A; 4JI1 B; 3OW2 U; 3S3W A; 1FXH A; 4LNU B; 1IS2 A; 1Y0V A; 4NVP A; 5BMV B; 4MTO A; 2LGW A; 2P90 A; 1QR8 A; 3SGI A; 3F5W C; 4Q6G A; 3AHO A; 5A9G A; 2KG7 B; 1XHX A; 2Z1Q A; 4YJ3 A; 5LMU O; 4LH7 A; 2EJ7 A; 3KG2 A; 4XDL A; 1G4Y B; 3SDL A; 2JGD B; 3IJ4 A; 5EIB D; 1PV0 A; 2YID A; 2YYK A; 3KZI Z; 1FJG B; 2AW9 A; 1NKD A; 2D3O W; 5IY5 C; 2DWD C; 1NVP B; 4LF9 B; 2NN4 A; 2Z5U A; 1RP3 B; 2JBS A; 4X88 A; 2VQF O; 4KCF A; 4J7J A; 4B7K A; 1SIQ A; 5H6Q A; 1BGY H; 3BNH A; 1ENV A; 2WA4 A; 3CRL A; 3K0D A; 4F4L A; 3DGE A; 3T1Y O; 4F6R A; 5BZB A; 1WAZ A; 4DR1 B; 4F6E A; 1QHT A; 3K79 A; 2RMK B; 4RM7 A; 2OCC B; 3LUT B; 3NF4 A; 1EZV H; 2H3O A; 2YI8 A; 1YIT V; 2IW5 A; 1NVP D; 2RQ6 A; 3MMO A; 3ZRS A; 2CH7 A; 3GNC A; 1BHB A; 2GTS A; 3VKH A; 3SYO A; 3L9D A; 1DF4 A; 3L1T A; 1Q6U A; 4OGQ B; 3N2G B; 1WJZ A; 4JYC A; 4JI6 O; 1MAB G; 2HHH O; 1QVF U; 1FS7 A; 4X65 O; 1B3Q A; 1EM1 A; 4LNU A; 4YHH B; 2J7A A; 5BMV A; 4JAA A; 1XQ8 A; 2HKO A; 2Q69 A; 4PJ0 Z; 1AR1 B; 4DK0 A; 1U8V A; 3QG5 A; 3LDE A; 3CX5 F; 2YYG A; 3D9G A; 2JGD A; 2QKA A; 4JIZ A; 4W9U A; 1NJI W; 2GUZ B; 1YF2 A; 5E1A C; 4LF4 O; 4JZG A; 3OE7 G; 3MDE A; 4K0K B; 4PDV A; 2ZIO A; 2KKW A; 3C3L A; 4DV5 B; 2R9A A; 5B1O A; 1FXK A; 4WBN B; 1H2L A; 4Z2W A; 2YS8 A; 3ZHU A; 2FP1 A; 5LGN A; 2JBR A; 3APO A; 4LC1 A; 4CS2 A; 2YYJ A; 4IV6 A; 3VQW A; 3HKC B; 4TOI A; 1BQ0 A; 4RWU A; 2RF7 A; 1SER A; 4E01 A; 1ZSP A; 4M9A A; 2YYM A; 1S72 V; 2EIK B; 1R3B A; 2ZDI A; 1VP7 A; 5FPO A; 1MSD A; 3CRR A; 3H1I H; 1JR9 A; 4Q0T A; 5CB4 A; 4KA7 A; 4HKS A; 2CTP A; 1JOY A; 3CCJ V; 3ZMV A; 1JJO A; 1ORQ C; 4DW0 A; 2OEV A; 3TGU H; 3CXC U; 3QF7 A; 3R7K A; 2ZE8 A; 1E1Q G; 4AQY B; 4JI5 B; 2LFR A; 4JYY A; 1OCC C; 1Q86 W; 3UU9 A; 1OHH G; 4X64 O; 3ZHR A; 2CDY A; 3D1I A; 2QWR B; 2BTQ B; 4JIO A; 4JI1 O; 5IY5 B; 4CS4 A; 2R70 A; 3SPG A; 2GTA A; 1KA2 A; 5KUM A; 1XMQ B; 3FB7 C; 4IHJ A; 1T5E A; 1WA8 B; 4N5F A; 4CH4 A; 4UUJ C; 3OWM A; 2CUG A; 1TUB B; 1VF6 A; 2Q73 A; 1S76 D; 1N0N A; 4Q17 A; 4BW9 A; 4DV7 B; 2YSU B; 1KMI Z; 2ZE6 A; 2W6I G; 4WBN A; 3AFE A; 1FJG O; 3X2Q B; 2MW2 B; 3MDD A; 4LF9 O; 4LQQ B; 3X0X A; 1MZE A; 4AIL C; 4D7T A; 2HG5 C; 2GV9 A; 1VQM V; 5KAI Z; 3EOM A; 3ZN0 A; 2VRZ A; 3H1L H; 3QNE A; 5LMN B; 5IJ9 B; 1K73 W; 4PUT A; 1S3J A; 4LF8 B; 2QTO A; 4QGP A; 4DR1 O; 1N34 B; 2BU7 A; 1QLE C; 2QA4 V; 3SXQ A; 2CX9 A; 2BOB C; 1N32 O; 4JAS A; 3AG3 B; 3SJA C; 4G97 A; 4UFZ A; 4O2A A; 4IL6 Z; 1AP5 A; 3C3S A; 2CAZ C; 2IBZ H; 1ZLZ A; 1BQZ A; 1GKF A; 5LGT A; 3OEH G; 2JIF A; 4MVO A; 4B3M O; 2BE3 A; 3RYI A; 1J5E B; 3JAL B; 1Y79 1; 3J80 N; 4ZXV A; 3SCE A; 2BTQ A; 4PA6 A; 4MTF A; 1RPR A; 2FP2 A; 3TOR A; 3AEI A; 4KSF A; 1NBM G; 1JM6 A; 3Q4H B; 3QVN A; 4JPR A; 1RJ4 A; 4YHH O; 1US6 A; 4I9W A; 1NU1 H; 3D8C A; 4G27 B; 5L3C A; 2Q8G A; 1R3J C; 2WLI B; 3RYF A; 2AHY A; 5CA1 A; 4LF6 B; 2JBT A; 5EC2 C; 1U96 A; 4BW5 A; 1K9X A; 2Y69 C; 3AHM A; 3ZBH A; 5CN0 A; 2DDH A; 1IVH A; 4FXY P; 1SES A; 5K1P A; 3W7T A; 5EYP B; 5EZY A; 4K0K O; 4MP7 A; 4DV5 O; 4K3A A; 5L44 A; 2Q0O C; 3D9D A; 3IFX A; 2F23 A; 4JAV A; 1SC5 A; 3HKE B; 4JI0 B; 3P3P A; 4CH3 A; 1H38 A; 1ZL8 B; 2QTS A; 1Q6I A; 3UBR A; 4B7E A; 4P9O A; 5CBG A; 4V26 A; 4AI6 A; 1PKX A; 2R9R B; 1V54 C; 4KUM A; 4O4L B; 1MSW D; 2LQT A; 2IM9 A; 5CA3 A; 3K58 A; 1H2M A; 2WLK A; 5KHK A; 3FB8 C; 4E02 A; 4U7N A; 2WLH A; 3EHB B; 4P9P A; 4AQY O; 1OCR C; 2VQE B; 1FFX B; 3CP1 A; 4JI5 O; 3BAA A; 4HBN A; 1AJP A; 3JAT A; 1VQO V; 2XOK G; 1GM8 A; 3BNJ A; 3F7V C; 4WCE V; 5BRK A; 3CC2 V; 1GRJ A; 1NI8 A; 1OAH A; 1COW G; 2XAH A; 2LGQ A; 2A9H A; 4BIU A; 4GYC B; 2WLI A; 1XMQ O; 2UXC B; 4JI2 B; 1BL8 A; 1M90 W; 4QIC A; 2EIN B; 1QCE A; 3J81 N; 5EYP A; 4DV7 O; 1H2K A; 3TZ4 A; 1QLE B; 4UVA A; 2YEV B; 4CC6 A; 2H8P C; 2XT9 A; 1FS0 G; 4GCZ A; 2XAG A; 2QWO B; 4NXM B; 4FM1 A; 5CBF A; 4KS9 A; 3DC6 A; 2Q68 A; 2KQX A; 4D6T H; 5FNV B; 1I08 A; 5D5P A; 3OT7 A; 2R72 A; 5LMN O; 4OO2 A; 2P5O A; 4JV5 B; 1QVG U; 4LF5 B; 4LF8 O; 3CJH B; 1N34 O; 2UUA B; 4CBC A; 1K5S A; 4O4H A; 4DRX A; 3C46 A; 1L0L H; 4KL1 A; 3E86 A; 3HPL C; 2ZKJ A; 2Y69 B; 3B2E E; 3W7W A; 1YCI A; 2QGN A; 3FD9 A; 4ZYJ A; 1SIR A; 1EN6 A; 3JAW B; 1J5E O; 1RJ1 A; 4UVB A; 3Q0A A; 4DR4 B; 1P84 F; 2EZP A; 1NTK H; 2EX3 A; 5LP6 B; 3AG1 C; 2GHY A; 3BNF A; 4LQS B; 3G71 V; 3L70 H; 1OJH A; 2A79 B; 2AZE A; 2XS8 A; 3E35 A; 1VEW A; 4LF6 O; 2PYL A; 4YIP A; 1IBL B; 4MW3 A; 3PN1 A; 3ZMT A; 1V54 B; 3CCR V; 4FFB B; 3E2E A; 3FX7 A; 4R7C A; 5B66 Z; 4RUE A; 1VF5 B; 1K4C C; 5EIB C; 5GTH Z; 1DK1 A; 3LG1 A; 3L75 H; 3E8H A; 4MP2 A; 3DTU B; 1EGE A; 3ASO B; 3C2P A; 3FYI B; 4JI0 O; 4H13 B; 3L72 H; 1S5H C; 4LH6 A; 1PNM A; 4BIZ A; 1R3L C; 4L87 A; 3ZRV A; 4TSF G; 5BY1 A; 1SET A; 5GON B; 3HKB B; 4UB8 Z; 4I7Z B; 3OEE G; 2R9I A; 3CE2 A; 1TA8 A; 1S4B P; 3D9E A; 1IZ3 A; 5C8Y B; 2BOC C; 1YVW A; 3WU2 Z; 2QKS A; 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2N74 A; 2R0N A; 3KML A; 3FB5 C; 1QDB A; 2XND G; 4MS2 A; 4H7Q A; 3OMA B; 2EIK C; 2AXT Z; 4C7U A; 1GM7 A; 3BPZ A; 4KTO A; 1QR9 A; 2P6J A; 4RQE A; 3BVO A; 5KMG A; 1UFI A; 3TZ5 A; 4DYL A; 1AIL A; 1IBL O; 1L8D A; 4AI8 A; 3SR2 C; 3VBB A; 1PP9 H; 1CPY A; 3T4Z A; 1EFR G; 2PI5 A; 3OMI B; 3F29 A; 2CJ8 A; 3ETD A; 5LL6 Y; 1K92 A; 3S3X A; 2W0F C; 4I55 A; 3A0H Z; 1K8T A; 3VAD A; 1HNZ B; 4LP8 A; 2PGG A; 2EC5 A; 1QU7 A; 2BSK A; 2BTZ A; 2WA3 A; 1FXK B; 5L3E A; 2W6J G; 4I0X A; 2FON A; 1SS3 A; 3TXQ A; 2DE0 X; 5HFM A; 2B9Z A; 3ABM C; 3ZMS A; 1L1F A; 3NXS A; 4WFE A; 3N0R A; 4I4T B; 5BR8 B; 3L74 H; 1QQC A; 1V55 B; 1VQN V; 2UXN A; 2ZXW B; 3CRC A; 1M9N A; 4WFB V; 1BSM A; 1UKW A; 2UUC B; 5CB4 B; 1YSC A; 4TUY A; 1Y66 A; 4LF7 B; 2EZO A; 4Z1M G; 1N32 B; 2LFW A; 4H81 A; 3JD1 A; 4MSW C; 3X2Q C; 3VOU A; 2QSA A; 4J80 A; 5J9P C; 3LDC A; 2Q8H A; 2ITC C; 2OCH A; 4B3M B; 3D3I A; 4Q20 A; 1K90 A; 3UO2 A; 2ATK C; 4FZ4 A; 5DEC A; 3RW0 A; 1K9M W; 2PY5 A; 2CTQ A; 1RSO A; 2MK3 A; 3JAK B; 1X8Z A; 2A7W A; 3TTB A; 3ZRW A; 3JAR A; 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