3CFOA

Triple mutant apo structure
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
906
structure length
906
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
source organism Bacteriophage rb69
molecule tags Transferase
total genus 309
structure length 906
sequence length 906
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfoA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfoA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfoA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfoA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfoA03
1KVBA 4HUGA 1BI4B 1JLCA 4KTQA 2HHWA 1GOCA 3WNFA 3BDPA 4GVMA 1Q9YA 3B6OA 3IG1A 3V9ZA 3DLKA 4FLYA 1KCFA 4ICLA 4WE1A 3ZT4A 4KI4A 3AVKA 4DTRA 4H4OA 4FM1A 4Q0BA 3CQ8A 3OYNA 1X9MA 2Z1HA 1WSJA 4E1NA 3OYJA 2VWKA 1C0UA 4KKOA 4LSNA 3K59A 3RTVA 4E7LA 4DSKA 3OYBA 3CFRA 2Z1GA 4CK3A 3L2VA 3PY8A 3TR8A 4CECA 4AHSA 1EP4A 3TAPA 4CHPA 2GUIA 1ASWA 3ZT3A 4AHCA 2HVIA 5HRPA 4OLBA 4CFDA 1X1PA 2KZZA 3QNOA 1HMVA 3RMDA 3LWLA 4I9QA 1QSSA 4QCLA 2IGIA 3P5JA 3ZSQA 5JS1A 4DQQA 1C6VA 4FJXA 3VQPA 3S3OA 2O4GA 3QO9A 1A5WA 1FKOA 4AHRA 4CJQA 2HHSA 3AVIA 2YKNA 1Q9XA 1TKDA 1DTQA 4E7KA 3C94A 4M42A 2QKKA 4FJNA 3ISNC 3L8BA 3VQ9A 4Z4GA 3SJJA 1VRUA 4B3OA 1RT3A 5I42A 1IG9A 1RDCA 1U45A 3ZT2A 2HHQA 1RT6A 3OVNA 4IKFA 2G8FA 2B5JA 4E7HA 1U48A 1VSKA 2E6MA 4O0JA 3OYIA 1NKBA 4Z4FA 4OLAA 4EZ9A 4YFUA 3SUPA 1S5JA 3BGRA 2B4JA 4FJIA 1IKVA 4EP5A 4BACA 4CJFA 1LAWA 3PX6A 1CXQA 4CHOA 1S9EA 3NFAA 2OA8A 1C0TA 1TAUA 3PV8A 1CLQA 3QEIA 2XY8A 3UIQA 2DFEA 4CHZA 4CF8A 4KHWA 4JS4A 2A1RA 3IS9A 3KLIA 3SPZA 4CEBA 4KHUA 3MXMA 4ZHRA 4RW8A 4CFBA 4C8OA 4HVJA 4F2SA 4FLVA 1WSFA 3LPTA 4AILC 4KTWA 1JL1A 3VQDA 1KVCA 4DS5A 1RILA 2ETJA 4CJPA 4Z4IA 2HNYA 3ALYA 1UA1A 1QS4A 2XRIA 3V9UA 4CE9A 1XHZA 5K14A 3NE6A 2XHBA 1S6QA 5E41A 4KB1A 4KHSA 5CZ2A 1NOYA 5D3GA 1YTUA 4RW9A 2HNZA 4CHNA 4CJLA 3JYTA 4CEZA 1WSEA 4E19A 4KI6A 1QE1A 4BE2A 4YNQA 1TK8A 1TL1A 2XO7A 3LWMA 3AVMA 2Z1IA 4QOZB 1LW0A 3O3HA 4HUEA 3V9WA 3V81A 3B6PA 1KLNA 2GBZA 3ZSWA 3T1AA 3M8SA 2YHBA 4O4GA 3MECA 1EX4A 4RW6A 1LV5A 3DLRA 2OYQA 2P1JA 4W5OA 4NCAA 4CF0A 2G8KA 4H8KA 1S1XA 3F73A 3CM6A 3U6FA 1CZ9A 3DRPA 2EHGA 4DS4A 3SPYA 3VQAA 4N41A 3WNGA 2OPQA 2KFNA 1IO2A 1VK0A 1YTAA 3TAQA 1WNSA 3PX0A 1VSEA 3SYZA 3C95A 2HHTA 1FK9A 4B9SA 2VWJA 3ZSOA 4FK0A 5DMRA 4DTOA 1L3SA 4DTJA 2YNHA 1LAVA 2Y1JA 2G8HA 1ZYQA 4CJTA 3KD1E 3K5LA 4FJ8A 4FK2A 2OPRA 1IH7A 2E4LA 2YNFA 4JLHA 4M3TA 4LH4A 3EY1A 3LP1A 3RRGA 1C0MA 1D9DA 1HYZA 4KPYA 1SKRA 1L5UA 3I8DA 3SQ2A 1S1UA 3SNNA 3G0ZA 4CJKA 3IRXA 3RMBA 3DYAA 5FDLA 4CFAA 5HRNA 4IDKA 3NDKA 1QQCA 3HSTB 4CGDA 4NCBA 2D0CA 5FRMA 1KFSA 1RT2A 2OZMA 3D0PA 4DFJA 5T7BA 4HTUA 1TAQA 2ZE2A 3AVCA 3ASMA 3MEGA 4C8MA 1XI1A 1L3VA 1B92A 4B9VA 1TL3A 4M3UA 2YNGA 1ASVA 4LSLA 4DQPA 4M3ZA 3HL8A 2QKBA 3NHGA 5HRSA 3AA2A 3AVAA 1NKCA 1CXUA 5HBMA 4CEQA 2RF2A 1KSPA 4B9NA 4DTXA 1S1WA 4IFVA 4DTPA 1S1TA 4W5TA 4CJVA 1NK7A 1S9GA 1N6QA 3DLHA 3L2WA 3CFPA 4N56A 3VQCA 4FVMA 2XY5A 3AVLA 1U4BA 3O3GA 2JGUA 5CY4A 3KKSA 4NYNA 3OYMA 1JLGA 3M8RA 1QSYA 3K57A 4MQ3A 4FJHA 2IDOA 4C8KA 4L8RB 3QINA 2IAJA 4M3WA 2BGGA 3DM2A 3DOKA 3HK2A 4R5PA 3VQ8A 1JLEA 4O0IA 3OYGA 2D0AA 4FJJA 1BIUA 1HNVA 1KRPA 3P83D 5KTQA 4DQRA 1BQNA 3VQ5A 3DMJA 1IKYA 4E0DA 2Q3SA 1LWEA 3KK1A 1KVAA 1TGOA 2OZSA 3KKRA 5CZ1A 3NAEA 1W0HA 3VQ4A 4GW6A 4CHYA 2YNIA 1WAFA 5SWMA 1NJZA 1EXQA 2IS3A 4CJ5A 2OPSA 1T05A 2HHUA 4IG0A 4Z4EA 4FJLA 4OKJA 4PQUA 3DOLA 4ELVA 3TAGA 5KI6A 1RTHA 4LD0A 3OYEA 3HPOA 1SL0A 4H4MA 3PUFA 1S6PA 1U04A 1VSLA 1VRTA 1WSGA 3MXJA 4CFCA 5KRSA 1NK5A 2D5RA 3PO4A 4B9TA 1VSFA 2Z1JA 3U3YA 4DSLA 5J2QA 1WSHA 3TANA 1I39A 4CF1A 4CJ4A 5CYQA 4UQGA 3SUNA 2NUBA 4DLEA 1HQUA 4RW7A 3D45A 3NH0A 1B9FA 4B8AB 1FKPA 3OYFA 3LDSA 1NK4A 4Z0UA 4BDYA 3TAEA 4DQSA 2KW4A 1TK0A 3QEPA 1RTIA 4M3YA 4KTZA 1T03A 1C1AA 4FZZA 2YKMA 4ZTFA 4FLUA 1WN7A 4J2AA 3O3FA 4K8XA 1QSLA 4EZ6A 4K8ZA 4KFBA 4DU3A 3SZ2A 3EZ5A 1SKWA 4J2BA 2P5GA 4FJGA 1A5XA 1UWBA 4BE0A 3SV3A 4FK4A 2FBYA 3CYMA 3V1QA 4E89A 4CIFA 3V9XA 3SUOA 3AO5A 4CGJA 3EYZA 2DTUA 4DFMA 4BDPA 4CJWA 3QEVA 3AVGA 4O44A 1HNIA 4FLXA 1XWLA 1RT5A 4E7JA 2F96A 2X78A 3O4NA 1HQEA 3OS2A 3NBPA 3NF7A 1JLBA 4OGEA 4Y1DA 4N76A 4FLTA 3NF9A 1L3TA 3AA5X 1SUQA 2I5JA 2RKIA 3LP3A 2IOCA 3AV9A 4FXDA 4KREA 1NK6A 4E7IA 2HHVA 3AO1A 3QIPA 2HB5A 3G10A 1JXBA 1Z26A 4OVLA 2FBTA 2JLEA 3VQQA 3OYLA 4CGFA 5FRNA 4QAGA 2G8IA 1NJYA 3SQ4A 1NJWA 4HCBA 3LPUA 3OYKA 4KAZA 3DLGA 1HYVA 1B9DA 3I0SA 3QNNA 1HYSA 1CZBA 3HPHA 2XY7A 1ASUA 3L2QA 1T8EA 3CFOA 5C42A 4FW2A 2X74A 3HXMA 3AO3A 4EP4A 2PZSA 3K5NA 3AO2A 4FJ7A 3H08A 4ID5A 4F3OA 1BGXT 4FW1A 5KGWA 1GOBA 4OKEA 3K5OA 3S3NA 1NOZA 4PWDA 4M41A 1D9FA 2AJQA 3NF6A 3AA3A 1ZBUA 5C24A 1BCMA 1J9AA 1RBSA 1RBTA 1TKXA 2DFHA 3AA4A 1WAJA 3O4QA 3LP0A 3NF8A 4OGCA 3QLHA 5JS2A 3SCXA 4CGIA 1ZBFA 1G15A 4N5SA 1SV5A 1J54A 2HHXA 4I7FA 1MU2A 1VSHA 1HJRA 1S1VA 4CIGA 1J53A 3AVBA 3OJSA 2BANA 2FC0A 2ZQBA 3DLEA 1IKWA 3K5MA 4KRFA 1BL3A 4ELUA 4XIUA 3TABA 4E1MA 4CERA 3SV4A 5CYMA 3KLEA 4M3RA 2PYJA 1LW2A 1TV6A 3NH2A 1X9SA 4OJRA 3IAYA 1BQMA 3KJVA 4DWIA 3S3MA 3F9KA 4PY5A 1T7PA 3NCIA 3SUQA 3HP9A 3HPGA 4B08A 4FJ5A 1O1WA 4O5BA 3OS1A 2RN2A 4C8NA 4CEEA 4CHQA 3KK2A 4F3TA 4G1QA 2LSNA 1TK5A 4W5QA 3HVTA 3QERA 3JSMA 2G8WA 1KFDA 3P1GA 1GOAA 1RTJA 2VG6A 4BWMA 1X9WA 2BDPA 5C25A 4DF8A 2FBVA 1NKEA 3OS0A 4Z4HA 4KHQA 5SZTA 5HLFA 4OKKA 1UA0A 3KIOA 3QETA 4DU1A 3L2RA 4F4KA 4CK1A 3M8PA 3OYCA 1TKTA 1KTQA 3QIOA 4F2RA 5I3UA 2G8UA 5HROA 2DFFA 5DK5A 3ZSZA 4W5RA 3WNHA 1LWFA 4FYDA 1RT7A 1U47A 1NK8A 3QEXA 1DLOA 1N5YA 3NGYA 1KLMA 3K2PA 2WONA 3VQEA 3HP6A 1VSDA 4DTNA 2VG7A 2B6AA 4FLWA 1RT4A 4IG3A 3VA3A 1NJXA 3AVHA 4O55A 3C6TA 3THVA 4IBNA 3OYHA 1EETA 4DFKA 3ZT0A 1REVA 1Y97A 4HCCA 1W9HA 1J5OA 1ITGA 3A2FA 1UAXA 1WLJA 2VG5A 3OY9A 1ZBIA 2HW3A 2HNDA 4OPJA 3HO1A 4KHYA 3RRHA 2ATQA 3LANA 4FZXC 2D0BA 3TAFA 4J2DA 2IC3A 4AHVA 4KV8A 3V4IA 4M45A 4DF4A 4CJEA 4B9MA 3MEDA 2YHAA 1EKEA 3CG7A 4NCGA 4Y1CA 1IKXA 1RBRA 4B8CA 3KLHA 4FJKA 5EU7A 2R7YA 3PX4A 1RDDA 4BDZA 1VSMA 1ZBHA 5J1EA 4FCYA 1HPZA 3VA0A 5KGXA 3DLBA 4AH9A 2HMIA 4HHTA 3L2UA 2O4IA 3U3GA 4LY7A 3WNEA 4KB0A 1BHLA 4NYFA 3RMCA 1JLQA 1Q8IA 4PA1A 5FROA 1RCHA 4CEDA 4JRPA 4DSEA 4JRQA 3LP2A 3ULDA 1TVRA 3KLFA 1BI4A 1VSIA 4ELTA 4CCHA 2A1SA 4FZYA 4DLGA 3AVFA 4CGGA 3TARA 4DMNA 3TI0A 4BE1A 1SKSA 4E3SA 1C1BA 3MEEA 4MFBA 1ZBLA 1RTDA 3KTQA 4RW4A 4Q5VA 4KHNA 3LALA 2W42A 4Z4CA 1HRHA 1XC9A 1BISA 3HM9A 3DI6A 2P5OA 3VQ6A 1JXEA 2GV9A 2P51A 3SI6A 1XHXA 1DTTA 4PUOA 3ZSRA 1I3AA 3KLGA 1C1CA 3TAMA 4F8RA 4W5NA 3V6DA 5HRRA 3FFIA 4FJ9A 1A5VA 3CM5A 1LWCA 1YT3A 3LAMA 4CK2A 4DTSA 4ZTJA 4CF9A 3RR7A 2BE2A 4CJSA 3NGIA 5J2MA 4FM0A 3HYFA 3NH1A 2XY6A 1L3UA 3L3UA 4RG8A 4HUFA 1U49A 4CJ3A 3VQBA 1K6YA 2ZD1A 4I2PA 3VQ7A 1RBUA 3OYAA 3E01A 4CIEA 2PYLA 2EX3A 1R0AA 3KK3A 2QXFA 3C6UA 3OYDA 3SQ0A 2G8VA 4B9LA 4FJMA 4DQIA 3LAKA 4DSJA 2RPIA 2Y1IA 1FXXA 3AVNA 4FM2A 4N47A 1RBVA 1JLFA 4J2EA 2FBXA 4AHUA 4IFYA 3OJUA 5J2PA 2DY4A 3DRRA 1TKZA 4I9LA 5KRTA 4C8LA 3M8QA 4GMJB 4TSXA 1BIZA 2OPPA 2X6NA 3V1OA 1SL2A 1D8YA 3SQ1A 4KO0A 3ZSVA 3QESA 3NGZA 3ZCMA 1D5AA 1VSJA 4B9UA 3AVJA 1QTMA 2X6SA 3LZIA 3MXIA 1JLAA 3HVRA 1UOCA 1BCOA 2ITGA 4LH5A 4DFPA 5HP1A 3PO5A 4JS5A 1RNHA 5J2NA 3HT3A 4CF2A 1NK9A 4ID1A 1QHTA 4CEOA 3S9HA 3V1RA 1JL2A 4CESA 1YVUA 2KFZA 2KTQA 2HVHA 3AO4A 3RWUA 1WSIA 3I0RA 3T3FA 3LZJA 4M3XA 1F21A 3ZSYA 3V9SA 1JKHA 2KQ2A 3K58A 3ZT1A 4BWJA 3VN5A 4AHTA 2F8SA 4CJUA 3KD5E 4I2QA 3T19A 3RMAA 3ITHA 2E6LA 3DRSA 4CGHA 4OPKA 1RDBA 2PY5A 1Z25A 4DSIA 4CEFA 2F8TA 1RT1A 2YV0X 2WOMA 3L3VA 1NK0A 4DTUA 2KZMA 2QK9A 3TWHA 4DU4A 4DSFA 3ZSXA 4DG1A 4CEAA 3QEWA 1SL1A 3MAQA 3RR8A 1RDAA 3HJFA 4CJRA 4FLZA 4DTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4KH4A 3G0ZA 3G6EN 1V4SA 3E9OA 4CJKA 2YB5A 4CFAA 3HSTB 4CGDA 2D0CA 1RT2A 5AZIA 3RSEA 3N4QA 3CCVN 5T7BA 3N4PA 4JD2A 3GBTA 1B92A 4M3UA 2QKBA 3CETA 3HL8A 4M3ZA 2MW2A 4OX9K 3AA2A 1NKCA 4DTXA 3SJHA 4JAXA 3EKSA 2BH1A 4AM7A 5AQGA 5JMVA 1S9GA 1NK7A 3OGLB 1N6QA 3L2WA 3DLHA 2NRZA 2JGUA 4JI6K 1HKGA 3WXIA 2E2PA 5CY4A 3KKSA 1H1VA 3THYB 3T1HK 3BVOA 3DOKA 5KQ8A 5BPLA 4FJJA 1KAXA 1ILYA 4DQRA 3VQ5A 3Q7CA 3VQ4A 3KKRA 2OZSA 5SZTA 4B1ZA 1W0HA 4GW6A 1S72N 5LJWA 1WAFA 1EXQA 2IS3A 4A5BA 2OPSA 1T05A 3VEXA 4DR2K 4CZKA 3TAGA 1KD1O 1RTHA 4LD0A 3C6NB 1VRTA 4CFCA 4DR5K 2CH6A 3SAGA 3I33A 1I39A 4CF1A 4CJ4A 4B1YB 4DKWA 4UQGA 4RW7A 3WQTA 1B9FA 2QTDA 3LDSA 4FWPA 2ZGYA 3TAEA 4BR9A 4JI0K 1TK0A 4FZZA 4ZTFA 4EZ6A 3MX2A 2ZJQL 4KFBA 1K8KB 3VTIA 4J2BA 1A5XA 4FJGA 1UWBA 5AFUH 3SV3A 3R9PA 4ADOA 1LOTB 4K25A 2FBYA 3V1QA 1NM1A 2VGMA 3SUOA 2DTUA 4KH6A 4JKEA 4JI8K 1HNIA 1XU3E 5LMUK 2HSTA 3O4NA 2KHOA 3ZEUB 4OGEA 3VETA 4WQ5A 1L3TA 1SUQA 2ASPA 3AV9A 1TYQB 3TTCA 2GWKA 1TUYA 2HHVA 3AO1A 3G10A 2FBTA 3OYLA 4OPHA 2FW3A 4IXCA 3OYKA 1HYVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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