The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
WTYHYSEKPMNWQRARRFCRDNYTDLVAIQNKAEIEYLEKTLPFSRSYYWIGIRKIGGIWTWVGTNKSLTEEAENWGDGEPNNKKNKEDCVEIYIKRNKDAGKWNDDACHKLKAALCYTASCQPWSCSGHGECVEIINNYTCNCDVGYYGPQCQFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Glycan Bound to the Selectin Low Affinity State Engages Glu-88 to Stabilize the High Affinity State under Force.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
L-selectin
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
35
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00059 | Lectin_C | Lectin C-type domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Alpha Beta | Roll | Mannose-Binding Protein A; Chain A | Mannose-Binding Protein A, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LPG A; 1LQD A; 3P7F A; 1DIY A; 4IOP A; 1ZAQ A; 1IQH L; 1AFD 1; 3HS5 A; 1LIT A; 2UWO B; 2XBX L; 1ATE A; 1UKM A; 1URK A; 1TPG A; 2BOX A; 1HX2 A; 5M62 A; 1IOE L; 1K9I A; 3P7H A; 3LC5 B; 1HT5 A; 4YT7 L; 1B08 A; 4NGA L; 1TN3 A; 1EAI C; 2BMG A; 2VWO L; 1KWX A; 5F19 A; 4N36 A; 2AFP A; 5K8Y A; 2OYU P; 4J6P A; 1N1I A; 4PDC A; 2PUQ L; 4CUE A; 4N33 A; 2OX9 A; 4ZRV A; 2K2S B; 2VRP A; 5F2Q A; 5IKT A; 1MQ6 L; 4LMF A; 5FFT A; 4GKO G; 4LQF A; 1EPJ A; 1EMO A; 2J94 B; 4Y7B B; 3BPS E; 4WCO A; 1M1X B; 2ORK A; 2C6U A; 1IOD A; 1GZ2 A; 1NFW B; 1E5U I; 2BPH A; 3SOQ A; 4WRF A; 3WBP A; 1YUF A; 1X2W A; 1RDJ 1; 4M18 A; 4CAJ A; 1BCH 1; 3CA7 A; 1CVW L; 5CKM A; 4J6Q A; 5IKR A; 1RDL 1; 2J34 B; 1CCV A; 5CIS A; 3OLU A; 4Z0L A; 3FCS B; 4N32 A; 4S0U A; 2MSB A; 3BDW A; 1U0N B; 1YGC L; 3IKN A; 2EI7 B; 4X8V L; 1HZ8 A; 1SB2 A; 3N8X A; 2KV3 A; 1EPI A; 3N8Y B; 1PRH A; 4CUD A; 1OB1 C; 4J6L A; 2ZIB A; 3C9A C; 1J35 B; 2M94 A; 1F7E A; 1DQB A; 3CDG E; 1WHE A; 5K0H B; 1QFK L; 1K36 A; 1WHF A; 1RTM 1; 4E52 A; 3M36 L; 4J6J A; 5FFS A; 3G81 A; 3P5E A; 1MPU A; 1WT9 A; 1PXX A; 4G1M B; 1CWV A; 4KZW A; 1XPH A; 4N37 A; 2P93 L; 3IJE B; 3BX4 B; 2ZQK A; 1U0O A; 2M74 A; 1O7B T; 4XLW A; 2BOU A; 1Q4G A; 1WMZ A; 4D0E A; 3PBF A; 1HJ7 A; 5FDQ A; 1G1S A; 3GCX E; 3LAQ A; 3PGH A; 2XR6 A; 4ZET A; 5FFR A; 2FD6 A; 2WPM E; 1EMN A; 2XC0 L; 2BQW A; 5LGK E; 1KWY A; 1V4L B; 1T8C A; 3GCW E; 4RRW A; 4ZRW A; 2LS8 A; 3KCG L; 3LN1 A; 4YMD A; 1TOZ A; 3ALS A; 2B7D L; 1KWZ A; 5JVZ A; 1KG0 C; 2W2Q E; 2J38 B; 1ESL A; 1KOE A; 2OX8 A; 2W3K B; 4Y71 B; 1YPU A; 3NTB A; 2Y82 B; 1N7D A; 1UOS B; 4M1G A; 3P5D A; 4Y6D B; 3C8K D; 1EGF A; 1SB2 B; 4YZU B; 2RIC A; 1FFM A; 4CSY A; 1EGG A; 2VH0 B; 1IGX A; 4BDW A; 1EQH A; 2Y5G L; 4Y79 B; 4C9F A; 2W3I B; 1CEJ A; 2XC4 L; 3MDL A; 1RDI 1; 1UZQ A; 2VVC K; 1DVA L; 1DY1 A; 4BTU A; 1XKB A; 3CAD A; 1HAE A; 1MUQ A; 1P4L D; 1YTT A; 1IQI L; 4GK1 A; 3P5B L; 4ZXX L; 3TK5 B; 1TLG A; 6COX A; 3TH3 L; 1ADX A; 3WWK A; 2I9B A; 3VLG A; 4WRC A; 1SZB A; 1YUG A; 1SL6 A; 2N40 A; 2Y81 B; 2Y5F L; 3FFG L; 2VVU L; 3FF8 C; 3HO5 A; 3N8W B; 1PFX L; 1F0S B; 3ALU A; 1OZ7 B; 4G96 A; 3QMO A; 3U73 A; 3WH2 A; 3LTG D; 2KB9 A; 1IQM L; 3H5C B; 4DN8 A; 1W8B L; 2W86 A; 4G9A A; 4BTT A; 3HO4 A; 5JB8 E; 4Z0K B; 2VWN L; 1FM5 A; 4KZV A; 4QKG A; 5I46 L; 2P3T A; 3N8Y A; 3DBZ A; 3LIW B; 4J6M A; 1APQ A; 4BDX A; 3CCK A; 2WPJ E; 1J35 A; 1RDM 1; 2K2T A; 1HRE A; 3IIT B; 1UZP A; 5KIR A; 2GGU A; 1KZC 1; 1JA3 A; 1G2L B; 2UWL B; 3KL6 B; 3MQE A; 1FAK L; 1WK1 A; 2VUV A; 1DX5 I; 1RDO 1; 1AFB 1; 1KZE 1; 3DEM A; 3ZYJ B; 1COU A; 2Q1J B; 2BPD A; 4YLI A; 1IQF L; 1IOX A; 1YO8 A; 1APO A; 2OYE P; 5F1A A; 2FLG A; 3BX4 A; 3WHD A; 4PP8 A; 4GJX A; 2XBW L; 2VWM K; 2Y38 A; 1QO3 C; 2PF5 A; 2MGP A; 3GIS X; 5JBC E; 1J9C L; 2W2P E; 2PR3 B; 4M11 A; 1BF9 A; 1XKA L; 3F6U L; 1KLJ L; 1V4L A; 2G00 L; 1V7P B; 1BYF A; 2P95 L; 1KMB 1; 3WWK B; 1XFE A; 1C3A B; 4EZM G; 2Y7X B; 4TGF A; 1NT0 A; 3ASI A; 1G2M B; 1EPH A; 1IJQ A; 3KQB L; 4JYV L; 1AUT L; 3KQE L; 2H2R A; 2BQ6 A; 1BV4 A; 1RJH A; 4N35 A; 2VVV L; 2WG4 B; 1UZK A; 1KLI L; 3OLT A; 3Q7D A; 1UOS A; 3QH0 A; 1IJK B; 2P16 L; 3L9J C; 3HUP A; 4QKI A; 1BNL A; 1KZA 1; 2CJI B; 2BPE A; 1G1R A; 2WPH E; 4OTJ A; 4RRZ A; 1KIG L; 2BQ7 A; 4BXS A; 3GPR B; 1KX1 A; 3VPP A; 1P9J A; 1BJ3 B; 1CX2 A; 4YT6 L; 2RIA A; 3LC3 B; 1Y17 B; 1KSN B; 2RID A; 2BO2 A; 3IKR A; 2BOH A; 3ZHG D; 1SL4 A; 3G8K A; 2XR5 A; 1HQ8 A; 1KZD 1; 1LMJ A; 1UV0 A; 4NA9 L; 1IQG L; 3SW2 A; 3GPR D; 2RIB A; 2YHF A; 4N34 A; 3WBR A; 3N8W A; 1CVU A; 1FAX L; 1OZ7 A; 2FLR L; 1P1Z D; 2RA0 L; 4MMZ B; 2MGR A; 4QKH A; 3KQD L; 1L5G B; 2XC5 L; 1F02 I; 2AYL A; 3HS7 A; 2BRS A; 5KN5 C; 2OS9 A; 3M9Z A; 1MOX C; 1E87 A; 2CL8 A; 3NCX A; 1HRF A; 2IT6 A; 2ORJ A; 5JW1 A; 5E8D A; 2P26 A; 1MQ5 L; 1JWI B; 2GGX A; 3FF9 A; 1PTH A; 2W26 B; 3N8V A; 3POY A; 4NG9 L; 1PW9 A; 1IQJ L; 3WWK C; 4O1Z A; 4AQT A; 1CCF A; 2P94 L; 4ISH L; 1NPE B; 3CEN L; 4X8U L; 1IXX B; 1TDQ B; 2KMB 1; 4J6K A; 1JL9 A; 1FIH A; 5J6G G; 3CS7 L; 2W2N E; 1IQN L; 3G84 A; 4E1G A; 4OTY A; 1HT8 A; 3M37 L; 4N38 A; 2RNL A; 1U0N C; 3TGF A; 2VUZ A; 2F9B L; 1V7P A; 2W2M E; 1DV8 A; 2P3F L; 4JZE L; 1C3A A; 1BUU A; 3P5G A; 3P5I A; 3PAQ A; 5B1W A; 2Y80 B; 1NQL B; 2VJ3 A; 5L2Y L; 2XBV L; 1IVO C; 1PGE A; 2J2U B; 1IQL L; 3T3A A; 1KWT A; 1HCG B; 2WPK E; 1KX0 A; 1XDT R; 2WG3 C; 4XBM A; 1ATB A; 4MMY B; 4CUF A; 3VYK A; 3V64 C; 3R05 A; 1UEX B; 3TBD A; 4RUT A; 2H2T B; 2WFX B; 2Y5H L; 3SOB B; 1EPG A; 2WPL E; 1O7C T; 2PY2 A; 3ZHG A; 3FBY A; 1T8D A; 1FVU B; 1KLO A; 1IP0 A; 3ELA L; 5CKN A; 4O02 B; 3KQG A; 4LU5 A; 2NPR A; 3UBU B; 4ZHA B; 1RFN B; 4AK8 A; 4RRX A; 2I9A A; 3GPR A; 3VYJ A; 4Y7A B; 3TK6 B; 3NT1 A; 1BJ3 A; 4FM5 A; 1RDK 1; 2P3F N; 1KCG A; 1E8I A; 1KWV A; 5L2Z L; 1Y17 A; 3P7G A; 3HO3 A; 3G83 A; 4M17 A; 1U8C B; 3LN0 A; 1LPK A; 1G1T A; 1MSB A; 1UMR C; 4JYU L; 1B6E A; 5B1R A; 4COX A; 1FJS L; 3K7B A; 1DY2 A; 1HAF A; 3WSR A; 1Z6E L; 3ZYG A; 3P5F A; 1I0U A; 1GK5 A; 1QDD A; 4WUX A; 4GI0 A; 1HUP A; 3KRK A; 2W2O E; 5JBB E; 1EQG A; 2IT5 A; 4D90 A; 4MTH A; 2EI6 B; 1X2T B; 3IKP A; 2E3X B; 3EGF A; 1KZB 1; 1K37 A; 2EI8 B; 1UMR A; 2I83 A; 2ZWK A; 3LTF B; 1AFA 1; 5KTH A; 1CQE A; 1P0S L; 3ZYI B; 1B9W A; 2YGO A; 2MHP A; 5COX A; 1UZJ A; 2WPI E; 4Z6A L; 4ZH8 B; 3ENS A; 4C16 A; 2BZ6 L; 3FD4 A; 4UWW A; 1JWI A; 1YPQ A; 3K9X A; 2RHP A; 1J34 B; 2FZZ L; 1KWU A; 1PWB A; 4WR9 A; 4ZES A; 1YUK B; 3P5H A; 3FF7 C; 1NFX B; 1G1Q A; 1IXX A; 2FLB L; 5JBA E; 2JKH L; 4GJ0 A; 2YGP A; 2KL7 A; 4IOP B; 1LPZ A; 3IKQ A; 1R13 A; 1FE2 A; 4KMB 1; 2XBY L; 2VH6 B; 1EBV A; 1UKM B; 3NCW A; 3KMB 1; 4A7I A; 5IKQ A; 1TLE A; 1A3P A; 3RS1 A; 1U67 A; 4X8T L; 1DY0 A; 1O5D L; 4BXW A; 1YPO A; 1EZQ B; 2P28 B; 4ISI L; 2KV4 A; 2WYG B; 3PAR A; 2VWL L; 4D0F A; 3V65 B; 3U7U G; 5JB9 E; 1H8U A; 1HYR A; 5KTI A; 2VRP B; 5L30 L; 3Q3K B; 1UEX A; 3KQC L; 3QCW A; 4X8S L; 2ADX A; 4RRY A; 1YXK A; 5CKQ A; 1IQK L; 4RS0 A; 3WBQ A; 1F7M A; 3G8L A; 3NTG A; 1WMY A; 1FVU A; 2J4I B; 2UWP B; 1W7X L; 1ATA A; 1IQE L; 2PHB B; 1FIF A; 3UBU A; 1YXJ A; 1NFU B; 1F0R B; 2BOK L; 3ALT A; 1IOD B; 1SL5 A; 3RR3 A; 3WH3 A; 2RIE A; 1DDX A; 3F1S B; 1RDN 1; 1X2W B; 1K9J A; 1NFY B; 3CFW A; 2E3X C; 2WFT A; 2GD4 A; 4PH9 A; 1HTN A; 1XAR A; 4JZD L; 2WYJ B; 4WUW A; 1NZI A; 1IGZ A; 2D1J B; 1IJK C; 3PAK A; 3C8J A; 4KI1 E; 5B1X A; 3BDW B; 4LOR A; 4UXM A; 3CDG F; 1JV2 B; 1JBU L; 4MMX B; 4BTI A; 1FF7 A; 1BCJ 1; 2J95 B; 4ZAE B; 1X2T A; 5EGM B; 4ZXY L; 2GO0 A; 3BT1 A; 3SOV A; 3GPR C; 1R14 A; 3HPT A; 1C5M F; 5IKV A; 3KK6 A; 2DDU A; 1EGI A; 2H9E L; 4WRE A; 4XL1 A; 1KWW A; 1L3Y A; 1X7A L; 5JVY A; 2MTI A; 4JZF L; 1WU1 B; 1F00 I; 3C22 A; 1Z6C A; 4Y76 B; 1V3X B; 2TGF A; 2Y7Z B; 1J34 A; 1JZN A; 1WT9 B; 3NJP C; 4M10 A; 3HS6 A; 4QKJ A; 4J6N A; 1ATD A; 2P3U A; 3TZI A; 4WQQ A; 1U0O B; 1FSB A; 3BT2 A; 3N8Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LPG A; 1LQD A; 3P7F A; 1DIY A; 4IOP A; 1ZAQ A; 1IQH L; 1AFD 1; 3HS5 A; 1LIT A; 2UWO B; 2XBX L; 1ATE A; 1UKM A; 1URK A; 1TPG A; 2BOX A; 1HX2 A; 5M62 A; 1IOE L; 1K9I A; 3P7H A; 3LC5 B; 1HT5 A; 4YT7 L; 1B08 A; 4NGA L; 1TN3 A; 1EAI C; 2BMG A; 5KTH A; 2VWO L; 1KWX A; 5F19 A; 4N36 A; 2AFP A; 5K8Y A; 2OYU P; 4J6P A; 1N1I A; 4PDC A; 2PUQ L; 4CUE A; 4N33 A; 2OX9 A; 4ZRV A; 2K2S B; 2VRP A; 5F2Q A; 5IKT A; 1MQ6 L; 4LMF A; 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