3CICA

Structure of bace bound to sch709583
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cicA02
5P1HA 3QI1A 3AUPA 5P36A 1HIHA 4B1DA 3NYGA 3R4BA 2FDEA 4JECA 4XXSA 4F73A 4Y53A 5P8RA 1OHRA 3CKRA 2AOJA 1EAGA 2Q55A 5IS4A 3UDRA 5AHBA 5C9DA 4XX3A 5P7NA 2RMPA 3LITA 1IBQA 3DCKA 3TOGA 2VS2A 5P4OA 3VG1A 2QI1A 3PWRA 1BIMA 4DQCA 1PROA 4DJPA 5P4AA 3UDNA 5COKA 3HW1A 5P7ZA 1UH8A 4EP3A 1TSQA 1GVWA 3ECGA 4QLHA 1HPXA 4Y43A 1BDLA 4RZ1A 3CYXA 4I11A 3SACA 5P8BA 1UH9A 1RL8A 3BGCA 3Q5HA 4LC7A 5SY3A 5P3SA 5SZ9A 3O9EA 3OHFA 5OZCA 2FNTA 4J0TA 3NWXA 5P64A 1QDMA 3NU4A 5P5PA 5P7UA 5KR8A 4NJVA 5P07A 5DR4A 5P5JA 2P3BA 5OZAA 1GVUA 5P85A 3N3IA 4QJ9A 5JFUA 4GJ6A 2I4WA 2B8LA 4HA5A 1D4YA 5P77A 5P2QA 4OBKA 3O9BA 2F80A 5P0CA 5P3ZA 1MT8A 5P7BA 2WL0A 1GKTA 3LPIA 1EBKC 3UQPA 4Z2ZA 2V13A 3TPPA 5P2AA 3M9FA 1AXAA 4GJ7A 4QJ8A 4GIDA 1MUIA 3GGUA 5P8KA 5P8OA 5P7GA 2F3FA 3Q3TA 2AODA 1AJVA 4NKKA 3NWQA 1WBKA 1FKNA 1MTBA 3OU4B 2IGXA 3EC0A 3QBHA 4ZSMA 5OZVA 4I0EA 4Y44A 2O40A 1EBWA 5P5IA 1EC1A 2Z4OA 2OHQA 1HEFE 5P8DA 1D4JA 4OBZB 1HVCA 1IZEA 3LIYA 4Z4XA 5AHCA 3BUGA 1A8KA 2BPZA 2MIPA 1LV1A 4YD6A 3BVBA 3JW2A 5P2TA 3OGQA 2OHPA 5P8NA 5OZ9A 2WF2A 3GGAA 3PWMA 5P6AA 3UDHA 2XYFA 4NPUA 5HDXA 3AIDA 5I3VA 1B5FA 5CONA 1EPOE 4I0ZA 1TQFA 4Y36A 3SFCA 5OYVA 5P7IA 1EC0A 1PSOE 1BV9A 4DQHA 1LYWA 1SDTA 3HLOA 5P51A 3R0YA 1FMBA 5P70A 3ZPTA 5P0UA 2QNNA 5P0TA 2B7ZA 2OAHA 2HAHA 2QNPA 5P3BA 5P5SA 3Q6YA 4Y4BA 2XYEA 4MC1A 4Y4WA 4EP2A 3INHA 4LAPA 3MXEA 2WEBA 5P4WA 2R38A 2OHUA 1EC2A 5P7TA 2BB9A 5J25A 4WY6A 1NH0A 3EKYA 1HXBA 3UHLA 1CMSA 1D4KA 5P0VA 5P68A 3B80A 5P22A 3PSUA 5P3TA 2BKTA 2CEJA 1WBMA 5P4GA 5P1AA 2ZJKA 4Z22A 5P0NA 1KJ7A 4BFBA 5B18A 4J1FA 5P0RA 5P80A 2B60A 3SKGA 2ZHRA 4RYGA 4L7JA 3BUHA 1HWRA 4Y3ZA 3UDPA 3QRMA 3IN4A 1E80E 1ZLFA 4ZPGA 5OZXA 3I6OA 1YTJA 2AOGA 2PYNA 3U6AA 5OZFA 1WKRA 2QZWA 5P53A 3L59A 5P5GA 3QRSA 1EPLE 5C9BA 2I4QA 4H1EA 1Z8CA 4CPSA 1KJ4A 1FGCC 5P16A 3KT5A 1HTEA 5DGUA 3EKPA 4J1KA 5EZZA 5P5RA 2XFJA 4H3GA 1LZQA 1UH7A 4GJ9A 2QI0A 4K4RA 5P17A 5P6NA 2V10C 5OZ3A 5OZHA 4D88A 5P49A 4DJUA 3URJA 3OXCA 1K6VA 4FRIA 5HDUA 4KE0A 4IVTA 4Y3HA 3SA6A 4L6BA 4JP9A 2WJOA 3MSJA 3EKVA 5KQXA 2G24A 1APTE 4FCOA 2IEOA 3HD8A 3LZYA 3H5BA 5IVTA 4ZE6A 3GGVA 4Y3LA 1ZP8A 2V00A 1TZSA 2IQGA 2Q15A 4EQ0A 4YD5A 3ZLQA 1AJXA 3CIDA 5JODA 3TNEA 5P06A 5P6VA 4QGIA 1XDHA 2F3KA 3WB5A 4XX4A 2IGYA 3SPKA 5P7YA 5P60A 5DQCA 1YT9A 3OK9A 4B1EA 3UDMA 4Y5KA 5P8IA 5P8TA 1EPPE 1ODYA 4KB9A 5P83A 5P67A 3SQFA 4HDBA 4EHCA 4KE1A 2JJJA 4X2LA 4RCFA 5P1LA 4EYRA 4LXKA 4Y41A 4J1EA 5P63A 3LPKA 5P3WA 5P18A 5OYTA 3O99A 1HPVA 3NDWA 5P3QA 4DQBA 4Y3AA 1HSHA 5P2MA 2Q54A 4YBIA 2A4FA 3EKTA 5AH9A 5P3AA 3O9IA 5P13A 4ZIPA 3C9XA 3L58A 5P0OA 3PI5A 3BGBA 5OZZA 3KYRA 1XE5A 5P4PA 5APRE 5P2SA 4FAFA 5P3IA 2VIEA 3GI0A 1HIIA 5P0YA 1W6HA 1YG9A 4PYVA 4GMIA 1T7IA 1ZAPA 3PJ6A 4FE6A 4ZPEA 4CPUA 4I0HA 3O9HA 5P0AA 3ZKIA 3SM2A 2VKMA 4U8WA 2F8GA 4YOBA 1U8GA 4L7GA 4Y9WA 4RROA 4B1CA 4DJYA 3RU1A 3RTNA 5P6KA 4ZEAA 5P1CA 5P8PA 1GVTA 5P58A 4Y56A 5KR2A 4KUPA 4DFGA 4EXHA 1OD1A 2ZYEA 5P2LA 5P39A 5P6FA 3R2FA 2P4JA 2QNQA 5P32A 5P6UA 3BC4A 5OZJA 3IA9A 5P38A 4BELA 1QBRA 1IDBA 5P5DA 2G27A 3SM1A 4EQJA 2QD7A 1APWE 2P3BB 4HLAA 1A30A 3IAWA 3OXWA 5KOSA 4J0PA 5P0DA 3OQ7A 5P0LA 4I0FA 5P5ZA 2BBBA 1YTIA 3PCWA 5P2VA 3MSKA 4R95A 2NXLA 4ZSPA 1DPJA 4J0ZA 4Y51A 3B7VA 2Q64A 5OZ8A 3KF0A 1T6EX 1LYBA 3UQWA 5P4EA 4QJ7A 2ZHSA 2HB2A 5P69A 5P6OA 4YD3A 3ZKSA 3OXXA 4A6CA 5IVRA 5P7QA 4RCEA 1W5WA 5P0BA 4FM8A 5OZUA 5P0KA 5P4SA 5P78A 1BWBA 3KFNA 5P7FA 5P8LA 4DJOA 5P10A 1ODWA 2V0ZC 3GGXA 3G6ZA 4AMTA 1MIQA 2PH8A 5IVSA 4EWOA 3PVKA 1EBYA 1IIQA 2FGUA 5OZGA 1SMRA 5P01A 2JYSA 5P4QA 4WTUA 5P45A 1B6PA 5P40A 2IENA 4Y54A 5P89A 1LF3A 1IZHA 1B5FB 2PK6A 2UXZA 5OZ7A 5HDVA 1LYWB 2OHLA 5P66A 5P74A 4UPJA 5KOQA 5OYZA 3PI0A 1GNNA 2QZKA 1HOSA 3TL9A 2QAKA 2NMYA 3INDA 2HC0A 3UDJA 2VJ7A 4F75A 5P7HA 1W6IA 4CPTA 4HZTA 2J9JA 3TH9A 3UFNA 5P2YA 2I4VA 4BEKA 5IVQA 1BVGA 4R5NA 5OZ0A 4L1AB 4Y5BA 2UPJA 4FGXA 1XE6A 2AOHA 4ACUA 1HTFA 2HS2A 2H6SA 4WY1A 3DM6A 4ACXA 5P0ZA 5P1SA 5P4MA 3PWWA 1DW6C 4Y5LA 2G22A 2NXMA 2B42A 5P2KA 3FX5A 1HVRA 3S43B 3URLA 3EL5A 3OUCA 2APRA 4DQFA 2BPVA 5P0QA 5P84A 5P6EA 2IKOA 2Q5KA 2ANLA 5P7EA 2I4XA 5P6YA 2WHHA 3S8IA 3GI6A 1G0VA 2J9KA 5KR1A 5P4LA 4HE9A 4Y48A 1FQ7A 5OZ4A 4DUSA 2OHRA 9HVPA 5P8FA 5P4KA 5ISJA 2ZGAA 5P5HA 1MSMA 4Y5CA 4Y4EA 1BDQA 4LBTA 3LZVA 2FLEA 2NNPA 3LHGA 2AZ9A 5P1YA 3ZPSA 5C9FA 1E82E 3HBOA 5P5BA 4FRSA 3SKFA 1K1TA 4HVPA 2ZHUA 2UY0A 2QHCA 3OUDA 3KA2A 4D85A 2AVMA 4A6BA 5P6JA 2F81A 3I8WA 3UPJA 5P4IA 2FDDA 1PSNA 1HVIA 5P0PA 5P50A 5P6QA 4B00A 5P33A 5P6XA 2P83A 1HBVA 1QS8A 1FG8C 3K5DA 4CPWA 5SXNA 5P8MA 3D3TA 1ZTZA 1FB7A 1LF2A 2R8NA 5HU0A 5OZLA 3O9LA 3OUAA 3D91A 4RYCA 3QPJA 1NSOA 3DCRA 3PM4A 4Z50A 5P37A 5P5YA 1B6MA 3OADB 1QBUA 1FF0C 2WF0A 5P4UA 5P56A 3GI5A 4Y58A 3KT2A 4RRSA 1Z1HA 2PC0A 3IGBA 3ER3E 4K4QA 3OAGB 4QJ2A 5OYYA 4CKUA 4LXAA 4XKXA 5P8AA 5DQ4A 5OZBA 4GZFA 4Y45A 3I25A 4FSEA 3FSMA 2VNMA 3VF3A 1NPWA 5P1KA 5P8CA 3L5DA 3FV3A 3OU3A 4DJXA 3SA4A 2QHYA 3R1GB 5AHAA 1GNMA 4CPRA 1XS7D 5HVPA 1PPKE 1HRNA 3RSXA 3SA3A 5P5UA 5P81A 5P03A 5P23A 3UDKA 3O9GA 3SLZA 2BPXA 4GYEA 2AQUA 4DPIA 2HM1A 3CKTA 2CEMA 2WF3A 1TW7A 4YCYA 4Y5MA 3OGPA 3ST5A 2BJUA 3S56A 2BPYA 1LYAA 1D4SA 2O4PA 4F74A 1B6LA 3EXOA 3SAAA 3VSWA 3S45A 1UPJA 1KZKA 2H6TA 1SIPA 3UQUA 2G94A 1G2KA 2QU3A 5P0XA 4DI2A 4Y5AA 3BUFA 3JVWA 4YCTA 1CPIA 2IDWA 4ZPFA 1FQ8A 4YD7A 1SH9A 4B05A 5P7CA 1FQXA 3UQXA 3RTHA 3GW5A 4NJTA 2FXDA 5P3YA 3RSVA 1T7KA 5OZYA 5F01A 5P82A 1MRWA 3L5FA 2AVOA 2AVQA 5P2JA 1K2BA 2QU2A 4Y35A 2FS4A 2JXRA 3VLBA 2P3CA 3UFLA 3ZKNA 3KN0A 2HB3A 5P2DA 3ZKXA 3NR6A 3D1ZA 5P3UA 5P1BA 2G69A 3NXNA 5OZKA 5P6RA 2WF4A 2PK5A 5P1ZA 4MC6A 6UPJA 5ER1E 4FM6A 2I0AA 4TRYA 1K2CA 1W5XA 1A8GA 5P26A 1QRPE 5P55A 2BQVA 5ENKA 4FM7A 1SMEA 1W50A 3T3CA 4GJ5A 2ZDZA 3VYFA 4CPXA 4ER2E 1M43A 2WEZA 5DR3A 4Y3EA 4K8SA 5P3EA 3BXRA 5ER2E 1LYBB 3JVYA 5P15A 5P7AA 2F3EA 1MSNA 4AA8A 4Y5GA 5CLMA 1BDRA 1KJHA 2PYMA 4OD9B 2V12C 4Y50A 4S1GA 3ZL7A 5HTZA 5P6PA 1T3RA 3KM4A 5P4ZA 5OZOA 3DV1A 4I0DA 4RCDA 5P88A 1IVQA 4JPEA 3BXSA 5P3NA 2R5QA 1DAZC 5P09A 3TKGA 4EJKA 5T4SA 4X7IA 3S7MA 4LXMA 2AOCA 1MRXA 5OZ2A 3OTYA 5P8GA 5P2HA 3QBFA 2ZJHA 1HVLA 5P1TA 2QZLA 1EPME 5P3PA 3U7SA 3HVPA 4Q1NA 3OXVA 5OZEA 4I1CA 2Q3KA 5P5LA 4RVJA 3OU1A 4EPJA 4I0JA 4CPQA 1A9MA 5P27A 5BRYA 4CMSA 1MT7A 5P7OA 1A94A 3K5FA 1M4HA 3CMSA 4Y5EA 5P5AA 3FNTA 5OYXA 3K5GA 4J0VA 5P6MA 3INFA 1FLHA 3T7QA 5P2IA 2G1SA 4J5JA 5OZTA 5P4FA 1XN2A 4J54A 3Q70A 1YTGA 4Y3GA 1IZDA 1SIVA 3KFRA 4OBZA 2Q11A 2OHTA 1ER8E 3OQAA 4PZXA 4Y38A 1PPLE 1AVFA 2FDPA 4ZLSA 1ZSRA 2R3WA 2A1EA 3PMYA 3L5CA 3QS1A 1D4HA 4COEA 2VJ6A 4Y4XA 5P2RA 1FIVA 2PH6A 5OYWA 4APEA 4TRWA 4DV9A 2ZHVA 3OTSA 4Y3NA 2VIZA 2OHSA 4GJ8A 2VA5A 4PZWA 6APRE 5P5TA 3NDUA 5P7WA 5P62A 3O9FA 3UDYA 3PEPA 3WSJA 4GJDA 3EKWA 5P4VA 5AGZA 5KR0A 2HB4A 5OZIA 4Y37A 2O4LA 2FIVA 4N00A 3S85A 5KAOA 5KQYA 5P12A 7UPJA 4GB2A 4J1CA 4DPFA 4RVXA 3PMUA 3NU9A 2PSVA 3NSHA 5OZ6A 3OHHA 5P6TA 3OUDB 1K6CA 1MEUA 3PBZA 2G1OA 5P0GA 3HVGA 5P00A 1C6YA 1XN3A 1EPNE 3FNSA 4Y5NA 2HPEA 2QI3A 2WECA 2G21A 1HIVA 4FIVA 1VIJA 5P6ZA 4Y6MA 5OZPA 5DR8A 1YTHA 4Y47A 1Z1RA 2IRZA 5P8HA 5BS4A 2O4NA 1HVKA 1ZPKA 4R93A 5P6DA 1FG6C 3A2OA 5HE7A 3CKPA 5JG1A 1FQ4A 3SA5A 3KMXA 4EXGA 4FRJA 3OOZA 3NU6A 3EL1A 5P14A 2VA6A 3LZUA 3PSYA 5P2NA 1VIKA 5P76A 1G6LA 4J1IA 5KQZA 2R9BA 5P3DA 1LF4A 5P1OA 3D20A 3KMYA 5I70A 5DR7A 1D4IA 5P8SA 3DV5A 5P1QA 5P7DA 1PSAA 1KJFA 1HEGE 5P6CA 1QBSA 5P5OA 2OHMA 5P8EA 5P7RA 5P4DA 3VEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1H A;  3QI1 A;  3AUP A;  5P36 A;  1HIH A;  4B1D A;  3NYG A;  3R4B A;  2FDE A;  4JEC A;  4XXS A;  4F73 A;  4Y53 A;  5P8R A;  1OHR A;  3CKR A;  2AOJ A;  1EAG A;  2Q55 A;  5IS4 A;  3UDR A;  5AHB A;  5C9D A;  4XX3 A;  5P7N A;  2RMP A;  3LIT A;  1IBQ A;  3DCK A;  3TOG A;  2VS2 A;  5P4O A;  3VG1 A;  2QI1 A;  3PWR A;  1BIM A;  4DQC A;  1PRO A;  4DJP A;  5P4A A;  3UDN A;  5COK A;  3HW1 A;  5P7Z A;  1UH8 A;  4EP3 A;  1TSQ A;  1GVW A;  3ECG A;  4QLH A;  1HPX A;  4Y43 A;  1BDL A;  4RZ1 A;  3CYX A;  4I11 A;  3SAC A;  5P8B A;  1UH9 A;  1RL8 A;  3BGC A;  3Q5H A;  4LC7 A;  5SY3 A;  5P3S A;  5SZ9 A;  3O9E A;  3OHF A;  5OZC A;  2FNT A;  4J0T A;  3NWX A;  5P64 A;  1QDM A;  3NU4 A;  5P5P A;  5P7U A;  5KR8 A;  4NJV A;  5P07 A;  5DR4 A;  5P5J A;  2P3B A;  5OZA A;  1GVU A;  5P85 A;  3N3I A;  4QJ9 A;  5JFU A;  4GJ6 A;  2I4W A;  2B8L A;  4HA5 A;  1D4Y A;  5P77 A;  5P2Q A;  4OBK A;  3O9B A;  2F80 A;  5P0C A;  5P3Z A;  1MT8 A;  5P7B A;  2WL0 A;  1GKT A;  3LPI A;  1EBK C;  3UQP A;  4Z2Z A;  2V13 A;  3TPP A;  5P2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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