3CIDA

Structure of bace bound to sch726222
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Rational design of novel, potent piperazinone and imidazolidinone BACE1 inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cidA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cidA02
5P2IA 2HC0A 4QJ2A 2QHZA 1EC1A 2MIPA 3CIBA 1D4KA 4Y3AA 1APUE 1W6HA 1PFZA 2R5QA 4Y4AA 3GGXA 5P2KA 5P7DA 2QMGA 3EM4A 5P6MA 1W51A 1HWRA 1M4HA 1DPJA 5P0RA 3QP0A 4RRNA 3BC4A 3TLHA 3TPPA 4DJUA 5DR7A 4ZSMA 1NPWA 3I6OA 5P1FA 4HDBA 5P85A 5P6ZA 1BDLA 3OQDA 4CPTA 5P7YA 5P45A 3RSVA 3ECGA 2QD6A 5TOLA 4F76A 2A1EA 5P4GA 3ZKQA 5DQ4A 1G35A 3LHGA 5P2EA 5OZ9A 1HVHA 3OUCA 1GVTA 2R38A 1EBZA 3T7PA 3ZPUA 4LBTA 3O9LA 4HVPA 1ZBGA 4OBFA 1BXOA 1SIPA 3OTYA 5HDXA 3OXXA 3NSHA 5P6FA 3TL9A 2Q3KA 4DJQA 1RPIA 4ACXA 3IN4A 5P8DA 4Q1WA 1EC2A 5P16A 1MTRA 3SPKA 4Z22A 4FGXA 2G26A 4CPRA 3VF5A 5P6EA 1KZKA 3BUHA 4KE0A 4J1IA 1HVLA 3ER3E 5AHCA 3PWMA 4Z50A 5KQYA 2NXLA 5P63A 5P7WA 3OGPA 5P0HA 2P3DA 1RQ9A 1SGUA 1EPNE 5HD0A 1FQ7A 1NSOA 4WTUA 4AZYA 4RYCA 1T6EX 4GJ7A 3OUDB 5AH6A 4Y3QA 3N3IA 1UH9A 4YD6A 2BPYA 5P62A 4EP3A 4H3JA 4EJLA 5OZFA 4K4RA 3UDYA 5P1SA 3VCMA 1QDMA 5DR4A 3QRMA 4Y47A 2ER9E 4ZSPA 4Y5KA 1B6KA 5P1UA 2VJ6A 3OQAA 5P2ZA 4YDFA 3ZLQA 3UF3A 1HPSA 1MRWA 5P34A 5P1RA 2WL0A 5P10A 2V12C 3HBOA 5OYXA 5P5EA 2I1AA 1W6IA 5OZ2A 2WHHA 5KQXA 5P23A 6UPJA 1FF0C 3NU6A 3SKGA 2Z54A 2JE4A 2QNPA 4YOBA 3TOFA 4Y3WA 5DPZA 5P3NA 4X7IA 2WEBA 2VA6A 2O4PA 4Y4TA 5P6OA 4NJUA 5HDZA 5P4AA 5P8BA 5BS4A 3FIVA 1C70A 1YTIA 5P41A 5ISKA 1CPIA 5P3WA 3DCKA 1T7IA 4DJWA 5AH9A 5P4PA 4D85A 5P7JA 3S56A 1FMBA 5P54A 1D4LA 5P47A 4Y45A 4ZEAA 2FXEA 5P1LA 3UDJA 5P7MA 5P1YA 5P60A 2PWCA 3UQUA 2JYSA 2R5PA 4Y3JA 1DMPA 2FGUA 4Y4ZA 1YTHA 3O9LB 4R91A 3EM3A 4RCDA 2B42A 4YHQA 5P8SA 3SA7A 4DJVA 3S45A 4QJ6A 4YBIA 1IZHA 5P88A 3ZKXA 4AA9A 3K4VA 1BVEA 3DJKA 5OZJA 2BPZA 4Y4XA 4ZIPA 3KA2A 2ZHRA 2G94A 4Y3EA 5HE5A 5P5AA 1PSOE 5P71A 5P68A 3QIHA 4YD4A 5P3XA 1HIVA 3NUOA 1OEWA 5C9BA 4ER4E 4Y4EA 5P6XA 3PMUA 1ZTZA 3L38A 2I4XA 5P2DA 5OZSA 5P4WA 4R93A 2AOJA 5OZ6A 5P3OA 3TNEA 3PMYA 1JLDA 4FSLA 5P0NA 3VUCA 2XYFA 5HE4A 1RNEA 5KR1A 1HVCA 5P4YA 3PRSA 1XL5A 5P39A 1AZ5A 2NTRA 2BQVA 2PWRA 3FNTA 3EM6A 5P3ZA 3OQFA 3SQFA 4RROA 2P4JA 5P5NA 3VV8A 3LIYA 4GB2A 4I0FA 4Y41A 1HPOA 4Y48A 4X2LA 4FE6A 4BFDA 2QNNA 2PSGA 5P4QA 3C9XA 5P0GA 1ZLFA 1OEXA 1HIIA 5EZXA 3PLLA 3TPJA 4JECA 2APRA 1GVUA 3PBDA 3O9GA 5P18A 3Q6YA 3DOXA 6APRE 1LF3A 4I0HA 2NXMA 3NXNA 3TH9A 3L5DA 3QBHA 1BV9A 1GNMA 5P38A 1TZSA 2V00A 2I4VA 2PH6A 1YM2A 3F9QA 4Y5EA 3PSUA 4Y4DA 2VIEA 3NDWA 5P32A 2I0AA 5P0KA 3T7XA 5P69A 5P5CA 2QHCA 2BBBA 3D91A 3TOGA 4FSEA 4YOAA 3TKGA 3GGUA 3KT5A 4Y36A 4KE1A 5P4VA 2QK5A 2XFIA 1D4JA 4Y4GA 1W50A 4Q1XA 3OU1A 5APRE 2V13A 5KOSA 1LYAA 4DUSA 4H1EA 5P40A 2PSVA 2G21A 5OZ1A 5HE7A 5P12A 2JJIA 5AHBA 2QCIA 4FM8A 3L5CA 2PYMA 2AOCA 4LHHA 2Q54A 2QD7A 2AOGA 2VA5A 5P4LA 2NR6A 3NLSA 5CONA 5P3AA 3URLA 5P0UA 3ST5A 4DQEA 2ZDZA 4J0VA 5P53A 3FNSA 5P0ZA 5P42A 4B78A 4RZ1A 1SMRA 1HSGA 5P05A 5P1OA 5IE1A 5BRYA 2ER6E 1MRXA 2NNPA 3TTPA 1EC0A 3RTMA 2FNTA 5P2GA 4B1CA 3NYGA 2UY0A 4A4QA 1T7JA 3U7SA 4EQ0A 2QMFA 5ISJA 5P79A 5P0FA 3T3CA 5P8EA 4HZTA 1HEGE 2QI1A 4FLGA 3JW2A 4MC2A 1QS8A 1QBRA 1K2BA 5P3DA 3DK1A 4I1CA 5P27A 5P6DA 3LPKA 2AZCA 3LZUA 1K2CA 4Y50A 2FNSA 1HXBA 4EWOA 3S43A 4LXMA 2OHQA 2VNMA 3SKFA 3VF7A 3NDXA 2H6SA 3LZVA 5P1BA 5P6JA 1QBUA 3IN3A 2WF0A 5P2CA 4XX4A 5P56A 5P5WA 4CMSA 4BEKA 2QZWA 3K5DA 2R3WA 5P5GA 4BELA 3OOTA 2G1YA 3S53A 2AOEA 2F8GA 3O9FA 3EKQA 7HVPA 4RVJA 5P43A 3SA4A 1NPAA 4I0GA 3DV5A 1HPVA 4OD9A 4TVGA 4RYGA 4J5JA 3OUBA 5P7CA 1KJGA 5P6KA 4Y6MA 4J0ZA 3IVHA 2B60A 3UQPA 2OF0A 3ZKGA 3M9FA 5OZHA 3WZ6A 4Y3FA 5DR0A 4U7VA 4QJAA 3UQWA 3G6ZA 5P4UA 2ZJLA 3S7MA 3EKPA 1HSIA 3OU1B 1LYAB 5P3KA 5P86A 1ODXA 4XKXA 4OBJA 3LZSA 3KDBA 1ZP8A 4J0PA 5OZKA 5P2MA 3O9HA 5F00A 5P66A 4DJRA 3VSXA 3JVWA 5P65A 4CPQA 2QMPA 3AIDA 3ZL7A 4U7QA 2I4UA 5P6IA 3O9AA 4DVFA 5P2HA 2OHTA 4PHVA 3T7QA 1HXWA 3D20A 1KJFA 4EP2A 1QBTA 1QRPE 4HDPA 2Q55A 5P1JA 2OHSA 1AIDA 2HAHA 2EWYA 4LC7A 4DI2A 2HPEA 5P3BA 4YCYA 3WB4A 4EJKA 4OC6A 3BUFA 4AUCA 2FIVA 5P0YA 4Y9WA 3UDHA 5SY3A 5P1AA 4Y51A 3OXWA 4H3FA 5P46A 5P73A 3VYDA 2RKGA 5P5QA 9HVPA 4I0DA 3SO9A 3SABA 1K6PA 4CP7A 5P1NA 4Z4XA 1APWE 3L3AA 4Y3LA 5P4NA 3Q4BA 5OZPA 4R95A 4DJXA 2QZLA 1E80E 5P4EA 1PROA 1K6VA 5P4BA 1C6ZA 3S43B 3SA5A 5P7KA 5P01A 3EMYA 5OYZA 1EAGA 5COKA 2QNQA 1M0BA 1W5WA 5P8PA 5P3HA 3EKVA 5P2OA 5P09A 3RTHA 4XX3A 1UPJA 3OWNA 1HVIA 5P28A 4FM6A 2FXDA 3EBZA 2ANLA 4FIVA 1YTJA 2QU3A 1BIMA 2WEAA 5P1QA 3K5CA 4ACUA 4OD9B 4HA5A 5P5OA 4I0JA 3CIDA 2HB3A 1PPLE 5P5XA 3BRAA 3HVGA 5C9FA 3B80A 5P4FA 4Y58A 2AZBA 2OHUA 2ZJKA 3BVBA 5P0JA 5P3TA 3QRSA 2RENA 2WF2A 3MWSA 4NPUA 2G20A 2OHNA 3ZOVA 3S85A 5P6LA 5P5PA 3N4LA 4GYEA 1RL8A 1NH0A 5P5FA 5ENKA 5OZ4A 3BXRA 3EKYA 1W5XA 3K1WA 4FRJA 2ZJNA 1F7AA 1BILA 1Z1RA 1YG9A 4I0ZA 3SFCA 2I4QA 3OGQA 4TRYA 1B6JA 3RTNA 5P59A 1FKNA 5OZAA 5P4OA 2VS2A 5DGUA 5HU1A 4Y3YA 1AJVA 3OUAA 2BJUA 1EEDP 2P3AA 2QI3A 1VIKA 4J0TA 4TRZA 1DP5A 4LXKA 3HD8A 4OC6B 1XDHA 1HHPA 5P2FA 3LIXA 4B00A 1FMXA 2AVMA 4Q1YA 5P13A 2R3TA 3ZKIA 3QS1A 5P2VA 5P70A 4I10A 1HEFE 5P5KA 2AVVA 3T6IA 4NJVA 5P3GA 4GJ9A 3KFNA 3UPJA 2OHPA 1C6XA 2QHYA 2JJJA 3NWXA 1IDBA 5P5RA 3EL5A 3UDPA 1UH8A 5HCOA 4NJTA 1YTGA 2WF3A 5P5TA 5KOQA 4F75A 2Q5KA 2VJ7A 5P37A 3MSJA 5P5HA 5SY2A 2B8LA 3SA3A 2FGVA 3R1GB 4Y43A 5IS4A 2J9JA 1WBKA 2P83A 2AQUA 2VIJA 1G2KA 5P0XA 3WZ7A 6FIVA 4J1EA 4JPCA 3IXKA 4R8YA 2IKUA 5P3QA 1TSUA 5I3VA 5P2UA 1XL2A 1GNOA 3UDMA 1TCXA 3WB5A 4BFBA 1E5OE 5HDUA 3UQXA 1T6GA 5P80A 5KQZA 3K5GA 4APRE 5P07A 4PZWA 5UPJA 5P2TA 4FCOA 1QBSA 4Y5AA 5P4IA 1SGZA 4FM7A 1HVKA 3DUYA 5F01A 1TW7A 5P7TA 4L1AA 5DQ2A 5I3YA 4ER2E 4Y5GA 2R43A 1AXAA 5P0AA 2WKZA 3OXVA 3HDKA 5P4ZA 1TCWA 3HAUA 5P0EA 4L7HA 4DJYA 2VA7A 4EHCA 1D4HA 5P3CA 5P7VA 1MUIA 3MSLA 2ZJMA 3PWWA 3TOHA 5P6PA 1FB7A 4J55A 4UPJA 5DR8A 2PH8A 1FMUA 5P3PA 5P3LA 3CKPA 5P1DA 1EPLE 4RVIA 1B11A 1FIVA 4APEA 3SACA 2WF1A 5OZ7A 2VNNA 2P3CA 1PSNA 1DAZC 2V10C 5P6WA 4CKUA 2G22A 4RVXA 4LAPA 5P2XA 1IZDA 4Y5CA 1SDVA 4Y3TA 5AGZA 3NU5A 2P3BA 2AODA 4J1HA 3UTLA 2RKFA 4FAFA 1HTFA 4IVSA 1IIQA 2FDDA 5P4KA 1MVPA 5P5JA 3SAAA 3BGCA 4RGHA 5HU0A 5OZRA 5P1MA 4PEPA 4COEA 2NXDA 5P4RA 5P4MA 4EXHA 5P8FA 3SA9A 4FS4A 4FRKA 5P6CA 2P8HA 1PPME 4Y3PA 4B77A 2F81A 5P04A 5P5YA 2OHKA 5P1TA 3UDKA 4ZSQA 1ODYA 4GJAA 1IBQA 5P61A 3ZKNA 5IVQA 2XFJA 1FFIC 3NDUA 1GVXA 2QMDA 2HM1A 2J9JB 4YBFA 4ZPGA 3R0YA 3KT2A 3IA9A 3GI4A 4Y5MA 4I12A 5P19A 1ZJ7A 1MT8A 1TSQA 4WY1A 5P4CA 1EBKC 3IGBA 5P8IA 2I4DA 2Z4OA 5P2BA 3EKTA 3NR6A 3FV3A 4YE3A 3NUJA 1YM4A 3INDA 3UDNA 1SP5A 2OHLA 5ER2E 1E81E 1K6CA 5P1ZA 3KM4A 4KUPA 3S8IA 4WY6A 5P06A 1FQXA 3H5BA 1AJXA 5P0BA 2QI6A 5P4SA 3EL1A 3KMYA 3I8WA 2NMYA 5P5SA 2F3FA 4L1AB 1AM5A 5P55A 1LF4A 3ER5E 3R0WA 4Y4JA 5P7BA 3BXSA 1MT9A 2QZXA 5P7IA 5E5JA 1ZPKA 1APVE 5OZNA 1MIQA 5P5VA 4DJOA 5P2SA 1DIFA 3BVAA 5P82A 2IDWA 4EXGA 3UQRA 5P4JA 4Y3ZA 3G72A 3PSYA 5P2AA 3K5FA 3LPJA 5P44A 5P7NA 5P64A 5P33A 1BDRA 1ZSFA 2AZ9A 4Y5NA 1IVPA 4GIDA 5AH8A 4NPTA 2PK6A 4M8XA 2BPWA 3FX5A 1YX9A 2G24A 2AVSA 1HVSA 4HLAA 3NU3A 4RLDA 2P3BB 4JP9A 2O4KA 2O4LA 1KJHA 4I8WA 3ZMGA 3BGBA 2FDPA 2UPJA 5P6UA 5HCTA 5P31A 2V16C 4Y39A 2WEDA 3VSWA 5P8TA 1EPME 2Q11A 1XE6A 3UFNA 3MXDA 1SBGA 3LITA 1MESA 3VLAA 1N49A 5P2QA 5OZZA 4L6BA 1TQFA 4B1DA 4S1GA 1IVQA 3DV1A 5KR0A 3KFPA 5P8KA 3D3TA 4R5NA 5P11A 4IVTA 5DR3A 4K8SA 4QGIA 4DPIA 4CPUA 2CENA 3HZCA 4K9HA 5OYSA 5OYVA 5OZYA 5P3IA 4FL8A 2IEOA 4GJ5A 5P1PA 3QRVA 2A4FA 4GZFA 5OZGA 4GJ6A 3LIVA 5OZ5A 5P4XA 2V0ZC 3NDTA 2UXZA 2OHMA 2ZYEA 3OXCA 3NWQA 2PQZA 3L58A 4Q5MA 3QPJA 2VJ9A 3GI6A 5B18A 4NKKA 3GI5A 4J1KA 5OZTA 2J9KA 4LL3A 3DCRA 1FQ5A 3EC0A 3IVIA 3VFBA 5ENMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2I A;  2HC0 A;  4QJ2 A;  2QHZ A;  1EC1 A;  2MIP A;  3CIB A;  1D4K A;  4Y3A A;  1APU E;  1W6H A;  1PFZ A;  2R5Q A;  4Y4A A;  3GGX A;  5P2K A;  5P7D A;  2QMG A;  3EM4 A;  5P6M A;  1W51 A;  1HWR A;  1M4H A;  1DPJ A;  5P0R A;  3QP0 A;  4RRN A;  3BC4 A;  3TLH A;  3TPP A;  4DJU A;  5DR7 A;  4ZSM A;  1NPW A;  3I6O A;  5P1F A;  4HDB A;  5P85 A;  5P6Z A;  1BDL A;  3OQD A;  4CPT A;  5P7Y A;  5P45 A;  3RSV A;  3ECG A;  2QD6 A;  5TOL A;  4F76 A;  2A1E A;  5P4G A;  3ZKQ A;  5DQ4 A;  1G35 A;  3LHG A;  5P2E A;  5OZ9 A;  1HVH A;  3OUC A;  1GVT A;  2R38 A;  1EBZ A;  3T7P A;  3ZPU A;  4LBT A;  3O9L A;  4HVP A;  1ZBG A;  4OBF A;  1BXO A;  1SIP A;  3OTY A;  5HDX A;  3OXX A;  3NSH A;  5P6F A;  3TL9 A;  2Q3K A;  4DJQ A;  1RPI A;  4ACX A;  3IN4 A;  5P8D A;  4Q1W A;  1EC2 A;  5P16 A;  1MTR A;  3SPK A;  4Z22 A;  4FGX A;  2G26 A;  4CPR A;  3VF5 A;  5P6E A;  1KZK A;  3BUH A;  4KE0 A;  4J1I A;  1HVL A;  3ER3 E;  5AHC A;  3PWM A;  4Z50 A;  5KQY A;  2NXL A;  5P63 A;  5P7W A;  3OGP A;  5P0H A;  2P3D A;  1RQ9 A;  1SGU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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