The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
52
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structure length |
52
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Chain Sequence |
b'ATELVNKISENCFEKCLTSPYATRNDACIDQCLAKYMRSWNVISKAYISRIQ'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Tim8-Tim13 complex has multiple substrate binding sites and binds cooperatively to Tim23
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM1
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Protein transport
|
| total genus |
17
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| structure length |
52
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| sequence length |
52
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| chains with identical sequence |
C, E, G, I, K
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CJH B; 2BSK B; 3CJH A; 3DXR B; 2BSK A; 3DXR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V9P A; 4QE7 A; 1RP3 B; 4TQF A; 3KKY A; 1QNM A; 1N33 B; 5JWP A; 2ZE6 A; 3N2G A; 4B3R B; 3JAM N; 1FKA O; 2E3C A; 4QE9 A; 2JS5 A; 3RWR D; 2OYQ A; 4J42 A; 3R65 A; 2CTQ A; 3GVM A; 1AI6 A; 5FPR A; 3BAB A; 3HKD A; 5EIB D; 2OCC B; 4X88 A; 3K0G A; 5EK0 A; 1YJ9 V; 2QDO A; 5LGU A; 4DR3 B; 2Y4T A; 1OZ0 A; 4CC5 A; 2EIN C; 3T1H B; 1M5I A; 2YC0 A; 3HKB B; 3K5M A; 4ZHQ B; 3RYI B; 2YI9 A; 1K4D C; 2UXD B; 3FYE B; 2QWP B; 1R73 A; 4JAU A; 3MHS C; 1YHQ V; 4PDR A; 3N2K A; 4DR7 B; 5GON B; 2JK5 C; 5JJN B; 1UFI A; 3RW0 A; 2Y69 C; 4CH6 A; 5LGT A; 4CH3 A; 1WN7 A; 2DMX A; 3TK1 A; 4ZOL A; 1VF5 B; 3AG3 C; 1QHT A; 4JI3 B; 2OIG A; 3B8N A; 5LMN B; 5IJ9 A; 3H1I H; 4B7E A; 1RM1 C; 1SQG A; 2XUM A; 2GTS A; 3W7W A; 4CS3 A; 2WLK A; 3OEE G; 2EIM B; 3ZED A; 2JGU A; 1GO3 F; 5CA0 A; 1I08 A; 1V55 C; 1GK9 A; 3JAW B; 2ZQM A; 3P3P A; 2JEX A; 5IYD O; 3K3W A; 4TV9 A; 4UB8 Z; 3G80 A; 5LGN A; 3OW2 U; 1XNR O; 5EBM C; 4OGQ B; 5JH7 A; 3BCC H; 4DV6 B; 2FTK A; 3SJC C; 2Y0P A; 2DYR C; 2L6L A; 1QR9 A; 1VQL V; 1PKX A; 1P84 F; 1L1F A; 4X89 A; 3CCU V; 3W7S A; 2HLD G; 3VQW A; 2Y4U A; 1VAR A; 1X59 A; 1H38 A; 2W6I G; 4P9O A; 5CA3 A; 4NVP A; 5H9C A; 4PA9 A; 1SQQ H; 3CCM V; 1Y74 B; 5EBL C; 3WG7 B; 1YCI A; 1H2S B; 1ROP A; 2YXH A; 3CCJ V; 1W0J G; 1M9N A; 1V54 C; 1CEZ A; 1DF5 A; 1NR1 A; 4UVB A; 4X66 O; 1SS3 A; 1EZV H; 4FFB A; 1E79 G; 1W0K G; 1Q5O A; 1Q6I A; 3AG2 C; 5BMV A; 5IWA O; 2K9P A; 4JTD B; 4PD4 F; 2Q9L A; 4NXM B; 4GYC B; 2PZS A; 1HW7 A; 2UXN A; 1MSD A; 1TVK A; 4DRX B; 2F23 A; 3E89 A; 3CRR A; 5JVD A; 2ITC C; 4WFB V; 4LFA B; 5B1B B; 3THO A; 4NTY A; 2JIZ G; 1KQS U; 1EZJ A; 4L87 A; 1NS1 A; 3JAT B; 2GUZ A; 4XDK A; 4EEQ A; 3HKE A; 4TV8 A; 1OCO B; 2VRZ A; 1FFX A; 3MAQ A; 1VP7 A; 4X62 B; 4PDM A; 3IC9 A; 2IH3 C; 1KBH A; 2EJ7 A; 3CME V; 2N05 A; 4X20 B; 4FM1 A; 3WB2 A; 4YXW G; 1GM9 A; 1IUR A; 2QA4 V; 3E22 A; 4RQE A; 4B3T B; 4QPJ A; 5BR8 O; 1K34 A; 4AQY B; 4DV4 O; 5F2V O; 3LSS A; 3OM3 B; 5JJE B; 4DV1 B; 4U3J A; 3RVY A; 2E5L O; 4BAY A; 1J5E O; 3LDE A; 2QJ1 A; 2K1E A; 4DYL A; 2VWJ A; 1CPY A; 3SPI A; 2XAQ A; 3ETD A; 3ABT A; 5FPO A; 3ABK B; 4FLW A; 2JRI A; 2ADQ B; 5IT9 N; 1THZ A; 4PHZ A; 3K9A A; 3ZMU A; 1SQB H; 1D5A A; 1Z5V A; 4FK5 C; 3TJT A; 3N2G B; 4CH5 A; 4JI2 O; 4BW5 A; 3GWO A; 2Q4P A; 3BRC A; 2Y69 B; 5H2F Z; 1KYO F; 3WB0 A; 5IY5 C; 4OX9 O; 1I5X A; 4LWS A; 2PGG A; 2CUG A; 2G38 A; 5EYP A; 1FJG B; 5KMG A; 1JFF A; 5KHK A; 1ZSP A; 2ZE8 A; 1RM1 B; 4UVA A; 3AEI A; 4AI8 A; 4O2B B; 4I55 A; 1K5S A; 1DGS A; 4O4I B; 2Y0I A; 3I5D A; 3CRA A; 1IBK B; 3E35 A; 1QLN A; 2NN4 A; 5KUK A; 1Y76 B; 2F93 B; 2YXY A; 4UCT A; 3QNE A; 2R9R B; 5K1P A; 4DV7 O; 3HKC A; 1AR1 B; 3CJH B; 3IFX A; 4IIJ B; 3EFF K; 4Q6G A; 1NQT A; 4LNU A; 4ZOL B; 5LYJ B; 4MW8 A; 5J2U B; 2CTW A; 3RYH B; 2KG7 B; 1QBZ A; 2LP7 A; 4FJC C; 4BWA A; 3O65 A; 3K5O A; 1SES A; 2WLJ A; 4FLZ A; 1HNW B; 3BHP A; 5BY1 A; 3SYC A; 5LP6 A; 5EZY A; 1YSC A; 3ASN C; 2DYS C; 5KX5 B; 1I94 B; 2A79 B; 2W0X A; 2OWO A; 5E79 Z; 1L0N H; 4XDL A; 2KSD A; 4DR6 O; 1HNZ O; 1KUQ A; 5CBG A; 2WLL B; 3SYO A; 1GRJ A; 1WJZ A; 3AK3 A; 1IX9 A; 3AG2 B; 4TQD A; 1CXZ B; 4MTX A; 1P7B A; 2R9I A; 4JV5 O; 1L8D A; 3SPJ A; 5LP6 C; 2GHY A; 1S5J A; 2WPD G; 5KHH A; 2AGA A; 1SQP H; 1EFR G; 1M56 B; 3ZMS A; 4DR2 O; 4FIP C; 2ZXW C; 4JI6 B; 2Y48 A; 1Q43 A; 1AJQ A; 2QWO B; 3B4S A; 4TUY B; 2P4K A; 5CB4 B; 3EXA A; 4DV5 B; 1EM1 A; 2LQT A; 2Q7H A; 5H6Q A; 4DR5 B; 3RYC A; 4FVM A; 2PYL A; 4LBE C; 4NKG B; 4JI7 O; 3RVZ A; 4FM0 A; 2YUA A; 5JJJ B; 4DK1 A; 5IJ0 B; 1S5L Z; 3SYQ A; 4PI0 A; 2XAF A; 3UKM A; 1IBL B; 1TVK B; 4FM2 A; 1K73 W; 2ZR2 A; 1F7Y A; 4JYA B; 4C7U A; 2VWK A; 3LNM B; 4LF6 O; 1QU7 A; 4D7T A; 4LF7 O; 3APQ A; 1TGO A; 1I7F A; 2ZE5 A; 4FLU A; 4H0L B; 2EX3 A; 1ZL8 A; 3CCL V; 1Y6X A; 2ITD C; 1VQ8 V; 2CE4 A; 4H37 A; 4EFE A; 1FFX B; 4JZG A; 3VQX A; 2P90 A; 1NVP B; 3OFN G; 2UUA B; 2A9H A; 4JTA B; 4UXN A; 2JGD B; 4EFB A; 2Q67 A; 1VMG A; 1K33 A; 2X6A A; 4OPA A; 2WLN A; 4CH4 A; 3F5T A; 3MDS A; 3DXR A; 3X2Q B; 2MK3 A; 1PM9 A; 2QM7 A; 1M90 W; 1SER A; 5KLV H; 1N0N A; 1N32 O; 1JA8 A; 1MNG A; 1R6K A; 4DW0 A; 1B3Q A; 4H13 B; 4KHP O; 4IGG A; 1D2D A; 1JX9 A; 1XL6 A; 2HEP A; 4YHH O; 4K0K O; 2DJV A; 1EN6 A; 3STZ C; 2VQF O; 2ZIN A; 1XL4 A; 3ETG A; 4JI1 B; 1R3I C; 1SF9 A; 4CS4 A; 2HJF C; 1WPX A; 1JCH A; 2QTO A; 4WFF A; 4WBN B; 4MTO A; 1GTO A; 3ZRW A; 1NZ6 A; 2CTR A; 3DC6 A; 1R3L C; 5CBF A; 2RCV A; 1SZT A; 1S72 V; 4GX5 A; 4GX2 A; 4R6Z A; 5LMU O; 1VQO V; 3ABL C; 1R1B A; 2EZO A; 2XAG A; 2WWW A; 3FAV B; 5L3C A; 1VQP V; 1U96 A; 3ABM C; 1G8M A; 4O4J A; 1N4C A; 1Q90 D; 4DR4 O; 4KFM A; 3M99 B; 4O4H B; 2PTM A; 2DQ0 A; 1UPG A; 4Z2W A; 3UO2 A; 5KHI A; 1HNX O; 3OTO B; 1AVM A; 3BFR A; 2M7W A; 2UXC O; 2F43 G; 2R72 A; 1FXH A; 5DM6 V; 3P3N A; 2JDI G; 3OAA G; 4ZIB A; 5LXT A; 2QWN B; 3WFV A; 2UXB O; 2WLI A; 1GN3 A; 5TIS Z; 1VQM V; 1H8E G; 1QVG U; 1EN4 A; 3QTC A; 3G6E V; 1IDS A; 1H2M A; 3KCX A; 5IYZ A; 2H8P C; 3ML0 A; 2KB1 A; 4O4L B; 2Z3Y A; 2OCH A; 4F6E A; 2B5U A; 4LFB O; 4I7Z B; 4J11 A; 1K92 A; 2UU9 O; 1H2N A; 1IXB A; 3RYF B; 5LA6 A; 2BOC C; 2QSA A; 3VQV A; 5DEC A; 1YXB A; 1WP8 A; 4UB6 Z; 3T1C A; 1H2L A; 4K8Z A; 3ASO B; 1NI8 A; 2RJZ A; 2YS8 A; 4FZ1 A; 1P7G A; 1VF6 A; 3F7Y C; 1F51 A; 2ZDI A; 3K08 A; 1OCZ B; 4PDL A; 2D3O W; 2EIJ B; 1PD3 A; 2DE0 X; 1NH2 B; 5JCO C; 4TT3 G; 2DOS A; 3JAK A; 4LF4 O; 1NT2 B; 4FMT A; 1KC8 W; 4MSW C; 3B40 A; 4J9Y B; 2AZ0 A; 2QEX V; 3IAY A; 3L9D A; 5EC1 C; 2Q0O C; 5LHH A; 3CRQ A; 1US6 A; 3C90 A; 5C8Y A; 2DQ3 A; 4AHC A; 4BR6 A; 1KKC A; 1SRY A; 2B1G A; 3F5W C; 2FYU H; 1NTM H; 3BA8 A; 1VF6 C; 1LUW A; 4I0X A; 1Y67 A; 2ZDI C; 4X1Y A; 3CWB H; 3ZMV A; 3WB1 A; 1PL4 A; 3ETE A; 4BIO A; 1DTO A; 4YIO A; 2JS3 A; 3CC7 V; 1XNR B; 3T2M A; 3JCZ A; 1YJN V; 2XT9 A; 2F4V O; 3FB8 C; 2DW4 A; 2X0L A; 2M6Y A; 2BSK A; 1YIJ V; 4KUM A; 3FB7 C; 4MW3 A; 2P22 C; 3BVO A; 5GW7 A; 2UXX A; 1ZL8 B; 1R6N A; 1YIT V; 4HNA A; 1T5E A; 2A3Q A; 1YF2 A; 4MVU A; 3DSQ A; 1FAF A; 4LF9 O; 1VQ9 V; 1BE3 H; 3EVK A; 1NTZ H; 4YY3 O; 4ZI7 B; 3ZHT A; 3UT5 A; 1YTF B; 4ZKI A; 2OT5 A; 2EIL C; 1COW G; 2HG5 C; 3L75 H; 2D2C B; 4RUE A; 1ENV A; 4X66 B; 2QKA A; 4UUJ C; 4UCS A; 2HVK C; 4R7C A; 5BZB A; 3ZN0 A; 5IWA B; 4J10 A; 4IYH A; 4FLY A; 3FD9 A; 4UV8 A; 5KHG A; 5CN0 A; 1MA1 A; 5EIB C; 1Q86 W; 5LBQ A; 2CH7 A; 2RMK B; 3QO5 A; 2P4V A; 4NYK A; 1BHB A; 1NTK H; 5ITZ B; 4FLT A; 1PNM A; 4MVS A; 2BCC H; 1TA8 A; 3QF7 A; 2FL4 A; 3C3T A; 3VOU A; 1GM7 A; 1O9G A; 5FNV A; 2EJR A; 4H33 A; 1HWY A; 1M4U A; 4F4L A; 4PV1 B; 2CDY A; 4WF9 V; 2N74 A; 5LOV A; 3JAR A; 2IU0 A; 4CBC A; 1K8A W; 1KKD A; 1FPO A; 2YEV A; 5DN6 G; 2NLJ C; 1O9H A; 4NB5 A; 2ADP A; 1WP7 A; 4HBN A; 3APO A; 3P30 A; 3JAS A; 2EIK B; 5BR8 B; 2CGN A; 4I5S A; 1WA8 A; 5JQG B; 3CC4 V; 4DV4 B; 3ZHU A; 4F6R A; 5LXT B; 4FZ0 A; 2E5L B; 2Z0A A; 1J5E B; 4K8X A; 2LJ2 A; 5BXZ A; 3A0H Z; 2WLI B; 1DK1 A; 1XMO O; 2FB5 A; 1I0H A; 3GWK C; 2Q6A A; 4W4K A; 3ZCC A; 2QR4 A; 4MVQ A; 4X1I B; 4XDJ A; 1JQ0 A; 3CRM A; 4DV2 O; 1X4T A; 4JI2 B; 1QR8 A; 3T1Y O; 1E1Q G; 4DV0 O; 1ZLZ A; 3LNN A; 3D36 A; 2GV9 A; 4OX9 B; 1Q81 W; 4NTX A; 4I9Q A; 4JI4 O; 1KD1 W; 2WA4 A; 3BAA A; 3K9S A; 3ZJZ A; 1G6U A; 1XMQ O; 5LA6 B; 1FXK A; 1XDC A; 1RFY A; 1BT8 A; 4YJ3 A; 4GZR B; 4LC1 A; 3OE7 G; 4DUY O; 4GT1 A; 1N36 O; 2IJI A; 4NR1 A; 1TUE B; 3Q4H A; 4NXN O; 2EIN B; 3L73 H; 4JAS A; 4JZ2 A; 4DXW A; 3J80 N; 3UM7 A; 1OV9 A; 4LF8 O; 4IYI A; 3E8B A; 4PI2 A; 1FYJ A; 3D36 C; 4DV7 B; 5FL7 G; 2YSU B; 2ZIM A; 5IYB O; 4GKJ O; 1SA0 A; 3BPZ A; 4X65 O; 3OEH G; 4WFA V; 3A0R A; 3HKD B; 1FXK C; 5C8Y B; 3AG3 B; 2LGW A; 5IE9 A; 2L35 A; 2QWR B; 2HR3 A; 1W59 A; 2GSM B; 3C3S A; 1K97 A; 1D5N A; 3K5L A; 4LCU C; 2FML A; 1FFT B; 4JF3 A; 5KAF Z; 4GX1 A; 4JTC B; 2P6J A; 3ZRX A; 4IHJ A; 3UCS C; 2LFR A; 4DR1 O; 2WLM A; 3N27 A; 3FYI B; 3ZRS A; 3LDC A; 3N2K B; 3ZX6 A; 4LF5 O; 2DWD C; 1V55 B; 2A7W A; 5B1N A; 1K4C C; 4DW1 A; 1GH6 A; 4B3S O; 3SJQ C; 2H94 A; 4B08 A; 3AG7 A; 3CHX A; 3WU2 Z; 2RDC A; 4DR6 B; 2EIL B; 4W4L A; 4PA3 A; 2Q7G A; 3T4Z A; 2JEU A; 1HNZ B; 4YJ2 A; 1WNS A; 4JYC A; 1EN5 A; 1P4R A; 1YDX A; 5IJ9 B; 2YIA A; 2DYR B; 3FX7 A; 1HR0 O; 4FLV A; 3LSQ A; 4JV5 B; 4UV9 A; 5K1X A; 5CA0 B; 3CCV V; 2UUB O; 2GDS A; 4PA6 A; 2O57 A; 2HFE C; 1B06 A; 4DR2 B; 1XNQ O; 4GX0 A; 4X64 O; 3UT5 B; 5J2T A; 1HDJ A; 3SR2 C; 1KP3 A; 4TV9 B; 4EB6 A; 3JAL A; 1MSW D; 1V54 B; 1WAZ A; 1VEW A; 5JH7 B; 4DV3 O; 3OR7 C; 1MG1 A; 3E86 A; 3D8C A; 1S0V A; 3CXC U; 5KAI Z; 2QE7 G; 4JI7 B; 2C2A A; 2IJK A; 3HPL C; 1GKF A; 2ZNI A; 2UUC O; 3CEI A; 2Q73 A; 3PN1 A; 2Q5Z A; 2ETN A; 3W7U A; 3OR6 C; 2ZM6 O; 3S3W A; 5HFM A; 4P2Z A; 3OD4 A; 2IM9 A; 4FFK A; 1FS0 G; 5L3F A; 4LF6 B; 5CA1 A; 4LF7 B; 1AJP A; 1QVF U; 3SPH A; 3ZN1 A; 5B5E Z; 1IVS A; 1I5Y A; 3H1J H; 5CBH A; 2EBO A; 2AXT Z; 1KMI Z; 2V1D A; 2IW5 A; 2QM4 A; 1K5Q A; 5B3S C; 3UO3 A; 3G67 A; 4FFB B; 1W2B U; 3QO7 A; 1A32 A; 1JJ2 U; 3QG5 A; 5BMV B; 4X8A A; 4GKK O; 3J7A U; 1MZE A; 1AIL A; 3HKB A; 4ZHQ A; 3RYI A; 1PPJ H; 4I50 A; 4BIZ A; 1Q6U A; 5DED A; 1B04 A; 2PUS A; 2E76 B; 5JVD B; 4J7Z A; 2XND G; 1JMK C; 2NR5 A; 1N32 B; 3E2E A; 5GON A; 4UCV A; 3I55 V; 4KHP B; 1WA8 B; 4YHH B; 1URF A; 4K0K B; 4F6R B; 2PI4 A; 1AB3 A; 2GUZ B; 2DN9 A; 3HKE B; 3L71 H; 2VQF B; 4TV8 B; 4D6T H; 3B09 A; 2WSS G; 1PV0 A; 3AK1 A; 3AG1 C; 3H1K H; 1LUV A; 3TGU H; 2AHY A; 3KZI Z; 1R6T A; 4BIU A; 2BOB C; 4PA4 A; 3CS5 A; 5J9P C; 5LMU B; 1RPO A; 1RSO A; 1CP9 A; 4LP8 A; 1XI1 A; 1Q6H A; 2YIB D; 4QIW F; 5IY5 B; 3ABU A; 3JAW A; 1MAB G; 4RUF A; 3CCS V; 3E22 B; 1Y66 A; 5LL6 Y; 1GN6 A; 4YJ3 B; 4DR4 B; 1TAE A; 3LDD A; 2XOK G; 3IGA C; 4KXR A; 4U3J B; 2VQE O; 4I4T A; 4N21 A; 1HNX B; 1KU9 A; 2B9Z A; 2ZE7 A; 4DUZ O; 3K0D A; 4OPH A; 2RN9 A; 3CXH F; 2UXC B; 1BMF G; 5H6R A; 3RT3 C; 1SQV H; 2QWQ B; 1MMM A; 1Q8I A; 1XBL A; 1GAX A; 3FKS G; 2UXB B; 2EIM C; 4U7N A; 4CC6 A; 1FD9 A; 2OIE A; 1BGY H; 1SA0 B; 4JI0 O; 1Y74 A; 4QGP A; 4UCO A; 3TCU A; 2UUA O; 4LWS B; 1KEC A; 4I9W A; 5AG2 A; 5EYP B; 2XAS A; 5KMG B; 1JFF B; 2HKO A; 4MTF A; 1VF7 A; 1YZB A; 3ZIA G; 1DF4 A; 5CMU A; 1N0J A; 4QPK A; 3S3X A; 1S77 D; 1K3E A; 4LFB B; 3H9V A; 1M57 C; 4I55 B; 2UU9 B; 4UCR A; 1SET A; 4B3M O; 3SPC A; 4RAI A; 3ZMT A; 4RWU A; 1L0L H; 1OHH G; 4JI8 O; 4J7K A; 3ASN B; 3HKC B; 2JVD A; 2DYS B; 1YEW A; 3WG7 C; 3JD0 A; 1IBM O; 4LNU B; 4XBF A; 4LFC O; 4LF4 B; 3CE2 A; 3U11 A; 1SKV A; 1AJN A; 4X1K A; 3JAT A; 1GN2 A; 2IU3 A; 1XQ8 A; 3JSL A; 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