The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
ATELVNKISENCFEKCLTSPYATRNDACIDQCLAKYMRSWNVISKAYISRIQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Tim8-Tim13 complex has multiple substrate binding sites and binds cooperatively to Tim23
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM1
|
| total genus |
17
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| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| chains with identical sequence |
C, E, G, I, K
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DXR A; 2BSK B; 2BSK A; 3CJH B; 3CJH A; 3DXR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CYO A; 4BWA A; 4PD4 F; 1XNR O; 1IZ3 A; 1AJP A; 4MSW C; 2JGD A; 2ZM6 O; 1IUR A; 5ITZ B; 3APQ A; 4NXM O; 2QWO B; 1BQZ A; 4X8A A; 2WLL B; 4MVQ A; 1VF7 A; 2PYJ A; 3CCR V; 4LF6 O; 2UXN A; 2JJ2 G; 3BCC H; 3ZMU A; 1OCZ B; 4D7S A; 3JSN A; 1XNQ O; 3GB7 C; 3D36 A; 4RWU A; 3AG4 C; 4PA9 A; 4JI8 O; 1YEW A; 3C90 A; 1AI7 A; 3EVK A; 3FAV A; 3ZHR A; 2QJ1 A; 2JDI G; 2QWP B; 1N32 O; 4KUM A; 3WFV A; 2F4V O; 1SKV A; 1WB8 A; 4G27 B; 2UUB B; 4LWS A; 4GX5 A; 4GKJ O; 4DR7 O; 2KKW A; 2PF4 E; 1O9H A; 1K34 A; 1M56 B; 1FPO A; 3JAR A; 3K0D A; 4RQF A; 5J2T A; 2Q9L A; 4O2A A; 2Y4T A; 1TVK B; 1MA1 A; 3IAY A; 3N2K B; 5DM6 V; 3L70 H; 2DJV A; 2DWE C; 4DW0 A; 5KMG A; 1Q8I A; 4BAY A; 2ITD C; 3ZMS A; 4UVC A; 3SR2 C; 2V1D A; 4Z1V A; 4Z2W A; 5B1O A; 2ZNJ A; 2ATK C; 3RGB A; 2EIM C; 1H2G A; 1R3J C; 3QTC A; 2P4K A; 5B1B C; 4JI1 O; 3JCZ A; 5IJ9 B; 4PA3 A; 5KX5 B; 3LNM B; 4DUZ B; 3IJ4 A; 1GN3 A; 4J41 A; 5D5P A; 4I5S A; 4CZZ A; 4NXN O; 3ASO C; 2EIJ B; 4JYC A; 3JD3 A; 4NTW A; 3FYI B; 4WBN B; 1GM7 A; 1BSM A; 2GUZ A; 3JAL B; 4PA7 A; 2HKO A; 4JI6 O; 1XHX A; 5EIB C; 4KP4 A; 2ZM6 B; 5JH7 B; 1YVW A; 5LOV A; 1KB9 F; 4PI0 A; 4NXM B; 4QPK A; 3OMA B; 1NTZ H; 1V55 C; 3O9O A; 3I56 V; 3EFF K; 2YEV A; 5L3B A; 2DQ0 A; 1PNK A; 4IT5 A; 1B04 A; 3CJH A; 3K57 A; 2QA4 V; 2CTQ A; 1DGS A; 1XNQ B; 2QM4 A; 4U7N A; 4W4K A; 1F4N A; 2BOC C; 4RUE A; 3TK1 A; 5A2Q N; 2DN9 A; 2GHY A; 5H6Q A; 1W0K G; 5LXT B; 1H38 A; 1SRY A; 3U0Z A; 3SYA A; 4OXS A; 1Y76 A; 1ORQ C; 2XAQ A; 2Z3Y A; 1S0V A; 3CCJ V; 2ZR3 A; 1TUB B; 1HW7 A; 1EZJ A; 1N36 O; 1ARO P; 4DR7 B; 1KC8 W; 4FVM A; 4A5U B; 5CA1 B; 2AW9 A; 1FXK C; 3LUT B; 1IDS A; 3RVZ A; 1Q7Y W; 3ZHV A; 1KBH A; 1W0J G; 1M90 W; 3CEI A; 4CH3 A; 4LBE C; 5IYC O; 2JGD B; 3SJB C; 5CB4 A; 4MVU A; 1ZSP A; 1J5E B; 1L8D A; 2QE7 G; 3DC6 A; 2R72 A; 1XRE A; 5JJE B; 3E35 A; 3OMN B; 1JPX A; 1L0L H; 1I5Y A; 2A3Q A; 3FFQ A; 4JYB A; 1YHQ V; 3OUS A; 3K08 A; 1MNG A; 4LF4 O; 1XOU A; 2RNB A; 1OCR C; 5B66 Z; 2RDC A; 4N23 A; 3LDD A; 3H1J H; 3SDL A; 4W4L A; 1VQL V; 4CH4 A; 4LCU C; 5H6R A; 3FAV B; 4Q6G A; 1DF5 A; 3JAT A; 2VQE O; 4JI5 O; 1US6 A; 3ZJZ A; 4EFE A; 3AEI A; 4K8Z A; 1GN6 A; 3AG1 B; 1V9P A; 2X6C A; 2IJJ A; 4LWS B; 2E75 B; 1S3J A; 1S72 V; 2E76 B; 3G71 V; 4CBC A; 5KA5 A; 4ZKI A; 3RYI A; 4QIW F; 3JAR B; 5J2T B; 2Y48 A; 4O2A B; 2YI8 A; 4X62 B; 1BCC H; 3F7V C; 4FK5 C; 2P4V A; 1Q86 W; 5LGT A; 5IDJ A; 2MW2 B; 1IXB A; 4O2B A; 5KMG B; 5IWA O; 3CPW U; 3OMI B; 4JAS A; 2H94 A; 4UXN A; 1P7G A; 3B09 A; 4WFB V; 4WFE A; 4JTA B; 3RFR A; 3SYQ A; 4FLU A; 3F7Y C; 4Z1M G; 4TQF A; 1Q6H A; 1CEZ A; 2BOB C; 2EIL B; 1LR1 A; 3HPL C; 5EK0 A; 1Z5W A; 4LF8 O; 1AP6 A; 1N36 B; 1GM9 A; 3E8F A; 4JI7 B; 1KMI Z; 3OEE G; 4JI0 O; 4DR6 O; 3BA9 A; 3A0H Z; 3E8H A; 4GX1 A; 2CDY A; 2P67 A; 2LGQ A; 4FM2 A; 2GUZ B; 4TUY A; 2Q68 A; 4B3T O; 2QWN B; 1OCO C; 1OHH G; 1WLE A; 2HR3 A; 2CH7 A; 5LOV B; 4FFB A; 3SGI A; 2JJ1 G; 5IY5 C; 4HAM A; 4TQD A; 2GTA A; 1H2M A; 5IYD O; 1FS0 G; 5FLX N; 2FTK A; 3R66 A; 1K92 A; 5J2U A; 3OD4 A; 3UQ8 A; 2YEV B; 2JEX A; 3CJH B; 4GCZ A; 2UXD O; 2ADP A; 4IL6 Z; 3W7U A; 2ZDI A; 4LFC B; 1S5J A; 1PPJ H; 4PDR A; 3OE7 G; 4X64 O; 2L6L A; 5LMN O; 4JI5 B; 1SF9 A; 5BXZ A; 4FLX A; 2X0L A; 1KUQ A; 3RYF A; 4Q20 A; 1Y76 B; 2X6A A; 1JJO A; 5K1X A; 4YXW G; 3SPG A; 3ZMZ A; 2QSA A; 3VQW A; 3ZIA G; 3K79 A; 3IGA C; 2EZO A; 3J81 N; 1CP9 A; 1QR9 A; 1NVP B; 2AHY A; 3ZHS A; 2YS8 A; 3H1I H; 2XAS A; 3ML0 A; 4DYL A; 1SQX H; 4DXW A; 3N2G A; 2E5L O; 1XBL A; 1RPR A; 3KCY A; 5IWA B; 5CB4 B; 4PDV A; 2QKS A; 1JA8 A; 2JS5 A; 2Q7G A; 1K5S A; 1QBZ A; 1NTK H; 1I08 A; 3G4S V; 1R3I C; 4DV3 O; 4X65 B; 3H1K H; 2M6Y A; 1NI8 A; 1FFT B; 2PTM A; 1PKX A; 2QEX V; 3PN1 A; 3L74 H; 1X4T A; 4J80 A; 2Y0P A; 5BY1 A; 3K5N A; 1TUE B; 3I55 V; 2EIJ C; 4UVA A; 3JAT B; 5B1A C; 1I94 O; 4DV0 O; 4NR1 A; 3MAQ A; 3HR0 A; 3ZRS A; 4DUY O; 1XHZ A; 2EBO A; 3JAS A; 4JGS A; 2EUL A; 3ZX6 A; 3AK1 A; 4N21 A; 5EC1 C; 4LP8 A; 4PA4 A; 4GX2 A; 1B6Q A; 4PDL A; 4FLZ A; 2YIB D; 1VQ7 V; 4DV2 O; 3BFR A; 2UXD B; 2QM8 A; 2WSS G; 3VQV A; 3BPZ A; 1ZL8 A; 3CC7 V; 3K9S A; 5BMV A; 4O2B B; 2IU3 A; 5GW7 A; 4FLV A; 3H1L H; 3OTO O; 1ZTE A; 1Q81 W; 5LMN B; 4NB5 A; 4HBN A; 1K7D A; 5LHH A; 1EN4 A; 4NVP A; 2W0F C; 3G67 A; 1MMM A; 1AI6 A; 1BGY H; 5KHG A; 3HKE A; 4FMT A; 5LA6 A; 4LH6 A; 4K0K O; 2ZCE A; 4UCT A; 2K9P A; 2HVK C; 4YHH O; 2B1I A; 1N33 B; 3CE2 A; 1HNZ O; 1QR8 A; 1AJQ A; 5KAF Z; 4X1K A; 3ABU A; 4I7Z B; 1D5A A; 2WLH A; 1NU1 H; 2E5L B; 3K0G A; 4WCE V; 4TUY B; 2QWR B; 1MSW D; 3FB5 C; 3MD0 A; 4ICG A; 4B3S O; 1HP8 A; 2CH7 B; 3FX7 A; 4OX9 O; 2YXH A; 4G28 B; 4FFB B; 2PI5 A; 2A06 H; 2HG5 C; 5DN6 G; 3W7S A; 4MTG A; 2Q5Z A; 1Q82 W; 5J2U B; 4DV3 B; 1COW G; 1XMO O; 5L3F A; 1R3L C; 2BTQ A; 1IVS A; 2H8P C; 1N34 O; 1VMG A; 3GWO A; 2WLJ A; 4E2L A; 1WJZ A; 4O4L A; 3D36 C; 3SPI A; 2WLI A; 1YTF B; 1HNW B; 2ZXW B; 3P32 A; 1I94 B; 4DV0 B; 3RYF B; 4FPP A; 1SQB H; 4DUY B; 1R6N A; 1UPG A; 2XAG A; 4JZ2 A; 1S5H C; 2Y69 B; 1VQ4 V; 1EN6 A; 3VBB A; 3JSL A; 4ZOL A; 3BHP A; 2EJR A; 3AG1 C; 1K73 W; 5LGU A; 3CXC U; 4LNU A; 3A0R A; 4E4E A; 1YJN V; 3T1Y O; 5BZB A; 3FKS G; 1FFX A; 2HVJ C; 4P9O A; 2OTJ V; 4DV2 B; 2YID A; 3N2G B; 5CN0 A; 1VQK V; 2UXB B; 3ABM B; 3UO2 A; 1MSD A; 3JAM N; 5L3G A; 5CA3 A; 4LR3 A; 1WAZ A; 1Y67 A; 5KUM A; 3ETD A; 3UKM A; 3SYO A; 1R73 A; 5DED A; 2X6B A; 3K59 A; 4KHP B; 1VF5 B; 2WLK A; 3J80 N; 4D7T A; 4U3J A; 2E74 B; 3OW2 U; 4GKK O; 1YCI A; 1BZK A; 3K04 A; 2WWW A; 2Q7H A; 3OUF A; 5IE9 A; 4PEL A; 1HNZ B; 4K8X A; 3ASN B; 1YSC A; 4EFB A; 2Z0A A; 3CD6 V; 3OR6 C; 1VQO V; 1W59 A; 5C93 A; 3E2E A; 1H2K A; 2QWQ B; 1H2S B; 2N05 A; 4FZ0 A; 1RM1 B; 4CC6 A; 2B5U A; 4JYA O; 4LFA O; 2RJZ A; 4B3S B; 2NN4 A; 2XAJ A; 4OX9 B; 1H2L A; 3JAS B; 4X66 B; 1M9N A; 2QM7 A; 2JK5 C; 1FJG O; 2LQT A; 4B3M B; 1PNM A; 3ABL C; 1WP8 A; 5EIB D; 2N74 A; 4IIJ A; 3QO8 A; 1U96 A; 1XMO B; 3D8C A; 2IJK A; 1V54 C; 1ZL8 B; 2W6I G; 2ODM A; 5BMV B; 1N34 B; 2OWO A; 1SZT A; 3HKC A; 1QLE C; 3EXA A; 5JVD A; 3SJC C; 1XMQ O; 2KB1 A; 3BAA A; 3IFX A; 2XOK G; 2Y4U A; 3CME V; 4R6Z A; 4PHZ A; 3HKE B; 2CK3 G; 5LA6 B; 4QNH B; 1SZX A; 4TV8 A; 4NYK A; 5JQG A; 4FM0 A; 4DV5 B; 1AJN A; 1M1K W; 1PL4 A; 2CAZ C; 3APO A; 2WA3 A; 1JOY A; 2LJ2 A; 3ZRW A; 1SQQ H; 4PJ0 Z; 2UUA B; 2F43 G; 3BA8 A; 2YI9 A; 4ABM A; 4X1K B; 2XT9 A; 1QU7 A; 1NQT A; 4KL1 A; 1THZ A; 4D6T H; 4JI2 O; 1TGO A; 1IBM O; 1XNR B; 1EZV H; 2LFR A; 3K5L A; 1DLB A; 2DQ3 A; 1PP9 H; 4I9Q A; 4MT8 A; 3FB7 C; 1YJW V; 2F93 B; 1SS3 A; 3CB2 A; 4CS3 A; 3JD1 A; 4HYO A; 3M7M X; 2HLD G; 5L3D A; 1SQV H; 1JJ2 U; 3AK3 A; 4LF6 B; 4GKK B; 1S5L Z; 1GMG A; 3WU2 Z; 2BTQ B; 5JWP A; 3R65 A; 5IYB O; 2UUC O; 2F95 B; 3KZI Z; 3U10 A; 1EFR G; 4JI8 B; 3T4Z A; 3WG7 C; 1VEW A; 3B2E E; 5A9G A; 2WLI B; 4WF9 V; 4JYA B; 4LFA B; 4AI8 A; 3QNE A; 3CCU V; 1N32 B; 2F4V B; 1JQ0 A; 2P7T C; 5AG2 A; 5CMU A; 4XDK A; 4ZOL B; 4DR4 O; 2Q0A A; 4NTY A; 4GKJ B; 4QJF B; 3LDE A; 2ITC C; 5HFM A; 1FJG B; 1HDJ A; 1WA8 A; 4LNU B; 2HP8 A; 2HHH O; 4TT3 G; 1FFX B; 2H3O A; 2KSD A; 2Q69 A; 2A9H A; 1L1F A; 1OCC B; 2R70 A; 4BW5 A; 3AG7 A; 4LFB O; 1SQG A; 2JIZ G; 2WLM A; 2IW5 A; 3B8N A; 1YIJ V; 2DYS C; 3ZCC A; 3H01 A; 4X1I A; 4MS2 A; 4J11 A; 1ROP A; 3X2Q B; 2EJ7 A; 4U3J B; 4QE7 A; 4JI1 B; 4NKG B; 4LF9 O; 5KA6 A; 1PD3 A; 1FAF A; 1GH6 A; 3H9V A; 3IC9 A; 4DV6 O; 3CX5 F; 1TA8 A; 4NXN B; 3FYE B; 2FB5 A; 2IBZ H; 2D3O W; 3RW0 A; 3TGU H; 1IBM B; 1AVM A; 1PNL A; 2BSK A; 4JI6 B; 4GX0 A; 2OCH A; 4LF5 O; 3PJS K; 2F1M A; 4LF7 O; 3ZED A; 1F23 A; 2Q7E A; 4GZR B; 4J7K A; 2YXL A; 2CGO A; 3SPH A; 3MHH C; 3STZ C; 1BQ0 A; 2ZE8 A; 4DR5 O; 2V7Q G; 4IIJ B; 2Q6A A; 3RN4 A; 5LMU O; 3JD2 A; 3M99 B; 4I9W A; 2QR4 A; 2ZT9 B; 3I5D A; 5JVD B; 3ZS8 C; 3CCS V; 4UCS A; 4KFM A; 1M57 B; 2KQX A; 4H13 B; 4WFH A; 2RCV A; 4ASU G; 2WPD G; 4TV8 B; 1YZB A; 2YDE A; 1ZUQ A; 4DR4 B; 1RSO A; 2WA4 A; 2YXY A; 1WB7 A; 5CBG A; 3ZRW B; 1EM1 A; 4X9Q A; 3D3Q A; 4H44 B; 4X88 A; 1SES A; 2HHH B; 1MZE A; 2OYQ A; 3K3W A; 1SC5 B; 3B40 A; 2PY5 A; 2VQF O; 4HZ3 A; 3ZHU A; 4EEQ A; 1R3K C; 2OIG A; 5TIS Z; 4I0X A; 4LFB B; 3ABM C; 4JYY A; 2OIE A; 3EHB B; 3N27 A; 3CS5 A; 5LHI A; 5EBW C; 2OCC B; 1GO3 F; 4LF4 B; 4LF9 B; 3OAA G; 5KHJ A; 1E1Q G; 1DTO A; 2F23 A; 4DV6 B; 1DF4 A; 5DEC A; 1OCZ C; 1K5Q A; 3ASN C; 4TWK A; 3C3T A; 4OPH A; 2DE0 X; 2VQE B; 1VF6 A; 5KAI Z; 4O4H A; 4LF5 B; 2R9I A; 2R9A A; 3ETG A; 2Q67 A; 5B5E Z; 1RM1 C; 2XAH A; 4MTX A; 5C8Y A; 1Y4M A; 4DR2 O; 4X1Y A; 1WA8 B; 1K8A W; 2F66 C; 3HKB A; 1KYO F; 2EIK B; 4DR5 B; 4FLT A; 3ABT A; 3J7A U; 2K1E A; 2EIM B; 3UCS C; 4ZHQ A; 2M7W A; 4DRX A; 1M56 C; 3AG2 B; 3DGE A; 3CCV V; 5B1B B; 5KHK A; 5LMU B; 2A79 B; 1G8M A; 1XEQ A; 1K4D C; 1K33 A; 2IH3 C; 4UUJ C; 3ASO B; 3DXR A; 2G38 A; 3L71 H; 4X1I B; 4K3A A; 5LGN A; 1JR9 A; 1N0N A; 2QTO A; 1SQP H; 4LF8 B; 3T4D A; 2B1G A; 3T1C A; 3Q4H A; 1JVM A; 5H9C A; 1BS3 A; 2PYL A; 4UB8 Z; 4JI0 B; 4DR6 B; 1M93 A; 1CXZ B; 1Q3E A; 3ETQ A; 3FD9 A; 4K35 A; 2CE4 A; 2ZIO A; 2VQF B; 3VOU A; 3JYC A; 2DYR B; 1NBM G; 3P3P A; 1LUV A; 2BSK B; 1AI5 A; 4B3T B; 2QKC A; 5JCO A; 2EX3 A; 2O57 A; 2X7R B; 1NKD A; 2W0X A; 1NR7 A; 2Q4P A; 3L73 H; 3RT3 C; 4AHC A; 3W7X A; 1BMF G; 2ZKO A; 3RYI B; 2VWJ A; 1FKA O; 1K3E A; 2XUM A; 1HR0 O; 4H33 A; 1VQM V; 1Q6U A; 4CS2 A; 2UU9 O; 5EBL C; 1G6U A; 3CRR A; 4L87 A; 1M5I A; 3K5O A; 4DO2 A; 3E8G A; 1RFY A; 2P5O A; 4I50 A; 2IM9 A; 4X64 B; 3ZHT A; 5E1A C; 1QLN A; 1SET A; 3OM3 B; 4CH5 A; 4DK1 A; 5LP6 A; 1KP2 A; 1T5E A; 2FYU H; 4L8J A; 5L3C A; 4JTD B; 4FLY A; 2LW1 A; 1RSO B; 1H8H G; 3LDC A; 3L72 H; 3AG3 B; 1Q43 A; 2C2A A; 4R8C A; 1E79 G; 3H1H H; 1TAE A; 3CRC A; 4CH6 A; 3SYC A; 2P22 C; 1OCR B; 5EZY A; 4I0X B; 2P90 A; 4OPA A; 1OCC C; 4U3F H; 2IJH A; 3BEH A; 3CSX A; 4J9Y B; 1RPO A; 4GLX A; 4AIL C; 1ZX3 A; 3E22 A; 3O65 A; 4J42 A; 5H5N A; 1XL4 A; 4BW9 A; 3LSU A; 3C3S A; 3K9A A; 2JGU A; 1KEC A; 3X2Q C; 3MDS A; 4F4L A; 4EB6 A; 1ZAU A; 3BRC A; 1SQF A; 5KHI A; 3K5M A; 2P6J A; 1WN7 A; 1AB3 A; 2CGN A; 3ZN0 A; 1E1R G; 2ZNI A; 4MTO A; 1YIT V; 3LSS A; 2W6J G; 2QGN A; 1ENV A; 2PZS A; 3ZRX A; 4O4J A; 1YJ9 V; 5C8Y B; 4QGP A; 4X1Y B; 3JAK A; 2ZIM A; 1EBO A; 1H2N A; 3HKB B; 5EYP A; 1HR0 B; 5K1P A; 2ZQM A; 4EKW A; 5GTH Z; 1NJI W; 4P9P A; 4QPJ A; 4ZHQ B; 5LL6 Y; 2UU9 B; 4DRX B; 2XAF A; 3WB2 A; 3OTO B; 2ZD9 A; 3DXR B; 4DR3 O; 2LW7 A; 4P30 A; 2VS0 A; 2D2C B; 5HFL A; 1XI1 A; 1P84 F; 2GSM B; 5D5Q A; 2YIB A; 4TV9 A; 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