3CKRA

Crystal structure of bace-1 in complex with inhibitor
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
392
structure length
379
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Synthesis, SAR, and X-ray structure of human BACE-1 inhibitors with cyclic urea derivatives
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 379
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ckrA02
4CMSA 3APPA 5P0AA 3DUYA 5P1RA 4DH6A 4LXAA 4H3JA 4J5JA 3ZPTA 3SACA 5P41A 4WY6A 3TNEA 5P17A 1EC2A 1FEJC 2ZHTA 4RRSA 4Z2ZA 2FXEA 3OQDA 2Q15A 1CPIA 3NU9A 5P38A 3CICA 4TVHA 4EJ8A 2AVMA 2VA6A 5P3MA 5P8TA 4B70A 5HDUA 2CEJA 1Z1RA 1FQXA 2O4LA 4FLGA 1K6CA 2V0ZC 4QJ9A 3O9EA 4Y5GA 3VF5A 2F3FA 1BDRA 3O9HA 4XX3A 4ZSQA 1HSGA 7HVPA 2IGXA 3GI6A 5P0DA 4ZEAA 5P50A 5P3SA 3IVIA 2G1NA 2IRZA 3T3CA 4Y3PA 4Y48A 3EKVA 5P16A 5P65A 4Y58A 5KR2A 3EM6A 3SPKA 1XN3A 3SQFA 1DPJA 5P36A 2QI0A 2Q55A 3D91A 4CP7A 4RROA 2UXZA 3HD8A 4MC9A 3L38A 5P7FA 3SABA 2I4XA 2WEDA 5P2SA 3JW2A 5DQ1A 1ZJ7A 4Y54A 5P20A 5OYTA 5P4EA 3UDQA 4Y45A 2NXDA 3VG1A 3JVWA 3AUPA 3KDBA 4J0YA 3PRSA 1CMSA 5P6EA 3T7XA 4Z50A 2HIZA 4Y6MA 4EJDA 2OHMA 5P3TA 2Q63A 1TQFA 4Y3SA 5P2QA 5P7SA 5JFUA 3VUCA 2QMGA 5P40A 5P7IA 2I4QA 3CYWA 5P1FA 1E82E 5P6LA 4I0GA 4RLDA 1D4JA 1B11A 3NUJA 2H6SA 4CPXA 1KJ4A 4Q5MA 5HVPA 3QI1A 5P7OA 3NXEA 5P8OA 2RKGA 1BDLA 5P6YA 1HTFA 3QAAA 1EAGA 1K2CA 3PM4A 3LPKA 4R8YA 3IXJA 3R2FA 5P6JA 5B18A 5OZCA 3NDUA 4OBFA 5P8EA 3BVBA 5OZPA 5P66A 3L59A 1FGCC 2AVOA 6APRE 2Q3KA 1LF3A 5P2JA 5P4QA 1QBTA 3NYGA 5E5JA 4DJQA 4ZPEA 2PC0A 1MUIA 3N4LA 3DM6A 5EZXA 4S1GA 5P78A 4J1CA 3LINA 3SO9A 3TPLA 1TSUA 5KAOA 4D85A 3B7VA 3ZKQA 2VKMA 1J71A 1ODWA 4RCFA 5OYUA 2Q64A 5DGUA 2NTRA 3IVHA 4FM7A 4YOBA 5P8LA 5P4MA 3LIQA 4Y3YA 5P8NA 5KQZA 2RMPA 1HPOA 3Q3TA 3INFA 4WY1A 5P4IA 1HEGE 4GJAA 1D4IA 4YD7A 5P81A 5P4SA 1W5WA 5P5RA 4YCTA 2VNNA 5DQ2A 5P73A 4AA9A 1B6PA 3I6OA 5P0XA 3OQAA 4DJYA 4ACXA 3OOZA 5AH7A 5P54A 4EQ0A 3QIHA 2Q54A 4B72A 1D4LA 3UDRA 3NU4A 4LP9A 4L7HA 4D88A 1EEDP 1GNOA 2G24A 4EHCA 5C9DA 3DV5A 5DGWA 1B6LA 2APRA 4B00A 5P8CA 3PB5A 4OBKA 1DAZC 1MT7A 3PI0A 1NPWA 5P7VA 3EL0A 3TPPA 1LV1A 2ER6E 2O4PA 1TCWA 3KFSA 3SLZA 3OUCA 4Y4BA 5P1CA 4FAFA 5SZ9A 5P1QA 4L7JA 4X2LA 5P1TA 4ACUA 2ZHSA 2B42A 1PROA 4R93A 4CPUA 1FKNA 3RTNA 4B05A 3D20A 4Y50A 1DIFA 3PSGA 4YE3A 3BUHA 3PEPA 5P18A 3OHHA 1WKRA 4TRZA 4R5NA 5P24A 4OD9B 2VJ9A 4Y5MA 5P3NA 4F74A 3VSXA 3K1WA 1MESA 4J1FA 5P1MA 5P1PA 5P1XA 3UQWA 5P4NA 4RCEA 1W6IA 4M8YA 5KQFA 4LL3A 3QBHA 3ZKIA 1B6KA 2VIEA 3U7SA 2AQUA 5P4AA 5OZMA 1E5OE 1YTHA 4PZXA 3EKQA 5OZYA 4Q1WA 1IBQA 5P05A 1EBKC 5HCTA 3FIVA 5P4VA 1YT9A 3UDYA 3T7PA 1EBYA 5P19A 3BXSA 1HPSA 2UY0A 5P82A 5P5YA 2JJJA 4ZSMA 3KF0A 5P3UA 1LYWB 5P1SA 3SA4A 4Y51A 4Y4AA 5P5NA 2ASIA 3OXVA 4YD4A 2JE4A 1BWBA 1EC1A 4D8CA 5P6FA 3UDPA 3QROA 4OD9A 5OZLA 1HEFE 1AJVA 1HSIA 1FG6C 1QBSA 4J55A 1LYAB 4LXKA 5COKA 3EM3A 5OZ6A 5P77A 1TSQA 1UH7A 2ZHVA 5P1AA 4CPSA 4D83A 3QRVA 4DVFA 1EPRE 3G70A 2BKTA 5OYWA 2Z4OA 3QBFA 4Y5BA 5P0OA 3S56A 1NSOA 3Q6YA 3C9XA 3D1YA 4FE6A 4ZE6A 1YG9A 3R4BA 2JJIA 5P35A 5P43A 4HA5A 5OYZA 4GJ9A 3O9LB 1ZPKA 1NH0A 5P1GA 4RVIA 5SY3A 4NJVA 1M43A 4LAPA 3SA6A 5AHCA 2BPVA 4L6BA 1WBMA 2BKSA 4FRJA 2G27A 1M0BA 5SY2A 1MRWA 4Y3GA 3UQUA 5OYVA 1LYWA 3GGXA 3DK1A 5OZ8A 2IENA 3NR6A 1SP5A 3ER3E 5IVTA 3HLOA 4OC6A 4FL8A 3SAAA 4DJPA 5P06A 2WEZA 1RQ9A 2OHQA 4B0QA 2V12C 5P5PA 2AZ9A 1IDBA 1LYAA 2QHZA 3LHGA 2FNSA 5P7AA 1FIVA 3TTPA 4RRNA 2AZ8A 3NXNA 4FM8A 1YM4A 5P84A 5P5QA 4J0ZA 2ZE1A 2PK6A 3G6ZA 2IQGA 5OZ5A 1SBGA 1HOSA 1IIQA 5UPJA 5ER1E 3LIVA 4I8WA 4APRE 5P30A 2NMZA 4EPJA 5DR1A 4DJWA 3PMUA 4ZSRA 4GIDA 1ZP8A 3O9LA 4WTUA 4Y3RA 3UFNA 4Z22A 3BRAA 4XX4A 4FAEA 5P4OA 5P1IA 5P76A 3UDMA 2NNKA 3OUBA 3EL9A 3UDKA 1G2KA 1QS8A 3KT5A 5FIVA 3OQ7A 4NJTA 5DR3A 4DQEA 3VCMA 2PMAA 1BV7A 2NMYA 1U8GA 1XE6A 4DQBA 1SGZA 2P83A 4Y3ZA 5P8BA 4HDBA 5P8QA 4D89A 4Y4WA 2IEOA 4GJ8A 1RPIA 1NPVA 2QMPA 4K8SA 5P64A 2R9BA 3KYRA 4Y4ZA 5HDXA 3VLAA 5OZSA 2F3EA 3KDDA 3BHEA 5P0EA 4Y3NA 1FFIC 1HTRB 4R91A 1T7KA 2PH6A 3VFBA 4GYEA 4HDPA 2O40A 4DJOA 3R1GB 1N49A 1A30A 2BPXA 5P8VA 3UHLA 3O9DA 3AIDA 1DW6C 2FGUA 4YBIA 5P5MA 5DR4A 4YBFA 1ODXA 4J0PA 4NKKA 2NNPA 2QHYA 5P7TA 5KR0A 3HBOA 4U7VA 4E43A 5OZRA 4HE9A 3QS1A 3Q5HA 1HSHA 1CZIE 2R8NA 5P63A 2G21A 4GJBA 2NXLA 1M4HA 5P0JA 5P71A 2G1SA 3OK9A 5DR7A 5IVSA 2AVSA 4K4RA 2VIZA 1RV7A 2QZWA 3OWNA 4DUSA 4B1DA 5JG1A 3LZSA 2BBBA 2G26A 4Y5LA 2AOHA 5P03A 3OXCA 1BBSA 3OU1A 5P46A 4Y3FA 5P8RA 2G94A 4UPJA 4AA8A 5P7LA 5P2IA 3TL9A 2FDDA 1HHPA 5P89A 3LZYA 5P3HA 3BUGA 1GVTA 1KZKA 5P0YA 4Y56A 3EC0A 5P6IA 3K5CA 4JP9A 5P7CA 5P6PA 4I0HA 3GW5A 4I8ZA 5AHAA 2PK5A 3NUOA 3T7QA 5DR0A 4FGXA 1PFZA 5P83A 1MT9A 1AXAA 3OTYA 1D4SA 5P4KA 4ZIPA 3I2LA 5P5OA 4Y3WA 2ZJIA 1MSMA 2AOFA 3VF3A 2ZHUA 2HM1A 2FIVA 4BFBA 3GI0A 3DOXA 4RYCA 2WEAA 5P27A 1YTJA 5HD0A 5P5CA 3ZOVA 4LC7A 1SMEA 5P15A 1APTE 1MSNA 5P5BA 5P4GA 5DQ5A 2ANLA 2A1EA 4I12A 4Y43A 1BV9A 1DMPA 5OZVA 3TPRA 1E81E 5P8HA 1ZSRA 3D1ZA 3MSKA 3IN4A 2BPWA 1TW7A 1B6JA 1T6GA 3OHFA 4GJDA 3S8IA 4M8XA 1AVFA 4Y3HA 3EM4A 5P6WA 4ZPGA 4FCOA 5P3EA 5P6HA 2VJ7A 5HCOA 5P2ZA 3CKPA 5P7EA 5I3XA 2R5QA 3NDTA 5P4CA 3SA7A 4YA8A 5OZUA 3HAWA 5P52A 4CPWA 2QI7A 3ZKMA 5P37A 2ZGAA 4Y3DA 1TZSA 5P72A 4ZSPA 4I0FA 2HB4A 2B8VA 3RU1A 1IZDA 3ST5A 2HPEA 1HVSA 1FLHA 4Y3LA 4Y4JA 4N00A 4B1CA 4BFDA 1PPLE 5P7PA 1EPME 4APEA 4I10A 5P3VA 5P7RA 4DJRA 4Y4DA 5ENMA 1W6HA 5P3CA 2SAMA 1HIHA 4I0EA 5P5FA 5P44A 3K4VC 2QNQA 5P86A 3OGPA 3EBZA 4GB2A 3UF3A 3MXDA 2FLEA 5TOLA 5P5EA 4HZTA 3A2OA 3S43B 2VA5A 5OZKA 3TKGA 1FG8C 1OHRA 3EKXA 1SH9A 4TRYA 4PZWA 4JOOA 3SA5A 4XXSA 5OZ2A 4OBZB 3LZUA 3CYXA 4Y3JA 5COPA 3FKTA 1ER8E 5OZ0A 1BXOA 3EKWA 3PBZA 4CPQA 4HEGA 3F9QA 5P01A 5P79A 2A4FA 3U6AA 5P0RA 5P28A 1LS5A 5P6DA 4HDFA 5P6KA 3VLBA 5P0UA 3CMSA 2QI4A 3D1XA 3ZKSA 2WEBA 4MC6A 5P2HA 4RVJA 5P8PA 2QU2A 2QI1A 2I0DA 4ZPFA 5P2NA 5P5XA 2PSGA 3FNSA 1GNNA 5P3KA 1WBKA 1UH8A 5P23A 1C6YA 3PCZA 3PSYA 5ISKA 3DJKA 1K6TA 3S43A 5P85A 1LF4A 1SGUA 4X7IA 3I7EA 2OHNA 5KQYA 5BS4A 2PYMA 4GMIA 2MIPA 4OBZA 3OXXA 4DV9A 3HVGA 3S2OA 5P3JA 1KJHA 5OZAA 2P3DA 2BB9A 3NDWA 2J9KA 3OU3A 5P5IA 5P1YA 2NPHA 5T4SA 2FGVA 4RVXA 5P1KA 4Y4GA 4R95A 2HC0A 2BQVA 5E5KA 2BPZA 3NDXA 4Y35A 3I8WA 3L5DA 2VIYA 3R0WA 4NPTA 5P61A 2H6TA 5P4JA 5HDVA 1A8KA 1A9MA 4I0JA 1XN2A 3KDCA 5PEPA 2G1YA 4Y5EA 2ZDZA 1LYBB 1MVPA 2O4NA 3UQXA 3LIYA 1QDMA 2AOIA 4LBTA 5P0GA 3S53A 2O4KA 4Y4EA 6FIVA 2P8HA 3OQFA 3EKTA 1VIJA 5P3DA 4EP2A 4H3FA 4F73A 1HVCA 3SKFA 4I11A 5P57A 3MWSA 5P8MA 5OZXA 5KR1A 4Y3XA 3U71A 4QJ8A 4DJVA 5OZ3A 5P2EA 4YD6A 3LIXA 5P7DA 3ZKNA 5P5JA 4DFGA 2IDWA 4B1EA 5P3LA 5HU1A 5P1NA 1PSAA 3QPJA 1F34A 2PYNA 1EPQE 2VS2A 3ZPSA 3CKRA 1XDHA 2ZJMA 5P5ZA 5P0TA 5P1WA 1LYBA 4DPIA 1BXQA 1XS7D 1MERA 4ER1E 1BIMA 5J25A 5OZQA 3K5FA 3GGVA 2ZHRA 4Y4TA 5HDZA 5P5SA 5KR8A 5HE4A 2G1OA 3K4VA 5P8AA 5P6SA 1AAQA 2QZLA 5P6GA 3S54A 1EPLE 5P6MA 3WB5A 4H1EA 2NXMA 5OZJA 5BRYA 2OHPA 4Y5CA 5P3AA 2AVQA 5P7MA 2CENA 3DV1A 1OEXA 5P3RA 3BUFA 5P60A 5P4PA 4DQHA 4DJUA 1SIPA 5P88A 4J1KA 1Z8CA 3LPJA 1IVQA 5IVRA 5P2XA 5P4RA 2IS0A 1UPJA 5P56A 5AH6A 1T6EX 1Z1HA 3FNTA 2G22A 5P34A 5OZHA 3HZCA 3UCBA 4YDFA 5P0CA 5F01A 5HU0A 3UTLA 4J17A 3PBDA 2QU3A 1HPVA 3UQPA 5P8UA 4YOAA 2ER7E 2EWYA 5OYXA 2ER9E 2ZJHA 5P53A 1SDUA 3OAGB 4FM6A 5P58A 1LZQA 3N3IA 4Q1NA 5OZWA 3L3AA 2QZKA 2ZJKA 5P11A 3PLDA 5IS4A 3PGIA 4EJLA 5P26A 3CIBA 5P5TA 3SFCA 3GI5A 3KMXA 2G20A 3NWQA 4J54A 1W5XA 3EL5A 4GZFA 2B8LA 3O9GA 4TVGA 3OUDB 5P22A 4EJKA 4Y4UA 5P2MA 5P45A 2HAHA 5P0MA 1SDTA 5P48A 5P07A 4LHHA 5I3VA 4NJUA 5P47A 1OD1A 5P2FA 3PSUA 4A4QA 5JODA 1K1TA 4OBDA 4DQCA 4YD5A 4Y53A 1QRPE 5P59A 4FIVA 4Y4XA 4AUCA 2WJOA 4B77A 2IKUA 3MSJA 5OZ4A 3RSVA 2ER0E 3SA3A 1HXWA 3IXOA 1META 1IDAA 3BC4A 5OZZA 1A94A 3OAGA 2V00A 5DR8A 3O9IA 1ZBGA 3L5FA 4DQFA 1FQ6A 5JFPA 3D3TA 5P5HA 2G1RA 2ZJLA 3JVYA 5P4DA 4H3IA 2WF1A 7UPJA 1HVLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CMS A;  3APP A;  5P0A A;  3DUY A;  5P1R A;  4DH6 A;  4LXA A;  4H3J A;  4J5J A;  3ZPT A;  3SAC A;  5P41 A;  4WY6 A;  3TNE A;  5P17 A;  1EC2 A;  1FEJ C;  2ZHT A;  4RRS A;  4Z2Z A;  2FXE A;  3OQD A;  2Q15 A;  1CPI A;  3NU9 A;  5P38 A;  3CIC A;  4TVH A;  4EJ8 A;  2AVM A;  2VA6 A;  5P3M A;  5P8T A;  4B70 A;  5HDU A;  2CEJ A;  1Z1R A;  1FQX A;  2O4L A;  4FLG A;  1K6C A;  2V0Z C;  4QJ9 A;  3O9E A;  4Y5G A;  3VF5 A;  2F3F A;  1BDR A;  3O9H A;  4XX3 A;  4ZSQ A;  1HSG A;  7HVP A;  2IGX A;  3GI6 A;  5P0D A;  4ZEA A;  5P50 A;  5P3S A;  3IVI A;  2G1N A;  2IRZ A;  3T3C A;  4Y3P A;  4Y48 A;  3EKV A;  5P16 A;  5P65 A;  4Y58 A;  5KR2 A;  3EM6 A;  3SPK A;  1XN3 A;  3SQF A;  1DPJ A;  5P36 A;  2QI0 A;  2Q55 A;  3D91 A;  4CP7 A;  4RRO A;  2UXZ A;  3HD8 A;  4MC9 A;  3L38 A;  5P7F A;  3SAB A;  2I4X A;  2WED A;  5P2S A;  3JW2 A;  5DQ1 A;  1ZJ7 A;  4Y54 A;  5P20 A;  5OYT A;  5P4E A;  3UDQ A;  4Y45 A;  2NXD A;  3VG1 A;  3JVW A;  3AUP A;  3KDB A;  4J0Y A;  3PRS A;  1CMS A;  5P6E A;  3T7X A;  4Z50 A;  2HIZ A;  4Y6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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