3CKTA

Hiv-1 protease in complex with a dimethylallyl decorated pyrrolidine based inhibitor (orthorombic space group)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Two Solutions for the Same Problem: Multiple Binding Modes of Pyrrolidine-Based HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cktA00
2BPWA 5P2WA 5P6MA 1APVE 2OHSA 3EM3A 4Y9WA 5COOA 1LF2A 1WKRA 5P8NA 5DQCA 3FNSA 3WZ6A 2AVOA 3I25A 4UPJA 5P2MA 2V0ZC 2WF2A 4OBZB 2QHCA 3KT5A 3FSMA 1A30A 2A4FA 3PSUA 3HLOA 3KM4A 4I0DA 5P2XA 1QDMA 1K1UA 3OUAA 3HDKA 2ZHUA 3OXXA 5P26A 5P73A 3MSLA 3I7EA 3OWNA 3ZPTA 4K8SA 5TOLA 4CPUA 1AAQA 2NXDA 3EBZA 4RCEA 5P4AA 2V12C 1BDLA 1HRNA 4DJXA 5OZYA 3SA5A 2ZDZA 3UDKA 2PK6A 3K5DA 1PPME 4RCDA 1FF0C 3O9BA 3VFBA 3NXNA 2Q54A 5P4NA 3BUFA 3OUDB 3R0YA 5P8KA 5DGUA 2HC0A 5P4QA 3UFNA 2ZHTA 4J1CA 3PHVA 4Y5EA 3OOTA 2JJIA 1IBQA 5HDUA 5P7LA 1EBWA 2O4SA 5P3QA 3GW5A 3HAWA 5P0NA 1PSNA 1B6JA 3OQAA 3PSYA 1G6LA 3IXKA 2QCIA 2G1SA 1GVVA 3U71A 5I3VA 5P74A 3R2FA 4B77A 1KJ7A 4LXMA 4Y4GA 4IVTA 4Y4WA 5DQ1A 5P19A 5OZHA 5P7RA 5P0FA 2IKUA 2ZJNA 3O9EA 4OD9A 5P2DA 1APWE 1EPNE 1M0BA 3AUPA 5P29A 5P3EA 4X2LA 5P5RA 5P6SA 5P0SA 5P86A 3NR6A 3ER3E 5DQ5A 5CLMA 3IA9A 4Q1YA 3ZPSA 5JODA 3UQRA 1EC0A 4QJAA 3APRE 4D85A 3EKPA 5P1MA 8HVPA 1GNMA 3K4VC 3BXRA 4I1CA 1HVRA 4YD3A 5P8OA 5P6ZA 4B1DA 3OTYA 5OZFA 5KOSA 4Z50A 5P13A 5P6OA 3ZKXA 5P5NA 5P15A 5OZUA 5P1VA 2P3BB 3EL9A 1E80E 3O9AA 4I0HA 5P4XA 3D1XA 5OZOA 3QS1A 3IAWA 5P8GA 1A8KA 1W6HA 5P3IA 3A2OA 1D4HA 3HD8A 1NPVA 2I1AA 1SP5A 1BXOA 5P3SA 2AIDA 3SLZA 1C6ZA 5P39A 5OZLA 3SA9A 5P7KA 1ZSFA 2QI1A 2FNTA 3PSGA 5F01A 3ZKQA 1SMEA 4HEGA 2F3EA 4GJCA 5P0HA 3CKTA 2AQUA 3UQXA 1FMUA 5P53A 2PC0A 4Y3RA 5P2IA 2WHHA 2G1NA 3APPA 1LYBB 4J1FA 1W5WA 4AMTA 1ZTZA 2CEMA 2BBBA 3SQFA 1LZQA 1HTGA 2Q11A 5DPZA 1K2BA 4BELA 5P35A 2QNPA 5P7NA 5P6IA 4HZTA 5P5VA 1EPLE 2H6SA 5OYXA 5T4SA 5P4OA 3S85A 4U7QA 5P6TA 5P3RA 4Y41A 5OZ1A 2ASIA 1AJVA 5P51A 4DVFA 4HA5A 3VV7A 1G35A 2RSPA 1EPPE 5OYRA 4Y56A 3CYWA 3VG1A 4Y3SA 4Z2ZA 4ZPFA 1K6TA 5HE5A 5F00A 4Y5AA 1HTRB 1LV1A 3UDPA 4Y3LA 4E43A 1XDHA 2CENA 1XL5A 2HB2A 1N49A 5HD0A 2B8VA 5P4BA 2F8GA 3QBFA 4GJAA 4Y5KA 1FGCC 5I3YA 5P4HA 5P8IA 3FX5A 2I4XA 4YD4A 5P1LA 4EWOA 1EC1A 5P66A 1MVPA 3WZ7A 4D8CA 1AM5A 1LYWB 2HB3A 5P6HA 4BFBA 4ZSQA 5PEPA 5P0OA 4ZSMA 2P3AA 5P75A 4FAEA 2G1RA 4RLDA 5P0QA 5OZGA 1DAZC 5DQ2A 1ER8E 3NWXA 5P0WA 2PH6A 5OZEA 2ER9E 1BDQA 2VNNA 5P1FA 5P3KA 3QROA 4LL3A 5E5JA 3L5CA 4PYVA 2FNSA 3ZKIA 5P8EA 5P1GA 3PWMA 5I3XA 2G94A 3UDQA 1YTIA 5P1WA 5P7OA 5FIVA 1D4YA 5HCTA 2EWYA 1DW6C 2HB4A 4TRWA 1B6MA 2J9JB 5OYYA 4OBHA 3D20A 3OHHA 2PSVA 3KFNA 1TSQA 4I0EA 3WB5A 1HPOA 5P2RA 5P8FA 3BC4A 2RKFA 2QI5A 2FXEA 2R5QA 4Y54A 5P56A 4ER4E 2I4QA 3O9IA 1KZKA 3OU1B 3U6AA 1F34A 5OYWA 1SDVA 2ZHVA 2HPFA 4EJLA 1HWRA 2FDDA 3OUCA 3ZPUA 1DP5A 3L5EA 1PSOE 2AOJA 5ER2E 1SIVA 3QPJA 3PB5A 5P8UA 4B1CA 1FKNA 4PPHA 2V11C 5P59A 2AOFA 5P6LA 2BPZA 3T3CA 5P50A 5P87A 1LYAB 2IEOA 4K9HA 3L5FA 1HBVA 5OZ3A 2QMDA 5P25A 1TCWA 1HOSA 5HDVA 5P1NA 4OBDA 5P6PA 5P7TA 4ACXA 1NH0A 2OHQA 5P7MA 2PWCA 3LIXA 3SA3A 5DGWA 1GVTA 5P12A 4H1EA 4FCOA 3OAGB 2OF0A 5ENKA 3O9HA 5OYSA 5P6BA 4GIDA 5P76A 5OZSA 3NWQA 4M8YA 3ZLQA 2F80A 1W50A 4CPTA 3INDA 2NXLA 4MC6A 1WBKA 2PH8A 5AH7A 4S1GA 2NMYA 3TOFA 2IL2A 2Q63A 4FGXA 4J1HA 4RRNA 1NPAA 3CYXA 4DUSA 5P0BA 5OZJA 1AVFA 5HTZA 5P5PA 5P5HA 2G69A 1MRWA 5P3HA 3PI5A 2BJUA 2MIPA 5P5GA 2IGYA 5P17A 3DV5A 1EPRE 5P0TA 5P2HA 2Q64A 4Y4AA 3RSXA 3G72A 1GVXA 1K2CA 3ZKMA 2ER7E 5P7YA 1TW7A 4Y3PA 3OUDA 5P6YA 4Y3YA 5P0KA 1MTBA 4Y38A 3OK9A 1G0VA 4Y3EA 2OHMA 2VIYA 1AIDA 1MPPA 4YE3A 1APTE 4J5JA 5P62A 4Y43A 1ODYA 5P42A 2FLEA 4FS4A 5P48A 1FEJC 2BPYA 2NNPA 1EC3A 1TQFA 5OZBA 4DJWA 2AZBA 2Q55A 4HDFA 5P1EA 5P43A 3TOGA 4OBFA 2VKMA 4RVJA 4TRZA 2R38A 1E81E 3INFA 4FM7A 1ODXA 1T7IA 5OYUA 1EBZA 1MSMA 3KMYA 5OZ9A 5OYTA 2PQZA 1RV7A 1ZP8A 1T6GA 5P5KA 3PMUA 4Y3GA 2H6TA 4Z22A 2PMAA 5AHCA 4CPWA 3G6ZA 5B18A 4ER1E 1HIHA 3OOZA 3LZVA 5P54A 3EKVA 5OZRA 5P8BA 3S8IA 4CKUA 3L3AA 2VA6A 1MT8A 3CMSA 2B7ZA 4YDGA 5P1AA 1B6KA 2P3BA 4Y4DA 3SA7A 4Y50A 5OZTA 5P11A 5P3MA 3UDJA 1YTJA 4TRYA 5OZAA 3I2LA 5P8MA 3NYGA 4ZLSA 1HHPA 4RCFA 5P5QA 1IDBA 4NPTA 5KR2A 3RTNA 4I0IA 1SDUA 3G70A 5P2NA 4QJ2A 4U7VA 1QS8A 3PBZA 4J55A 5P0LA 1ZBGA 3SABA 3Q4BA 5P55A 2QMGA 4FM6A 5COPA 5DR0A 5P46A 4LXKA 3IVIA 3QRVA 5P1HA 5HCOA 5P5AA 1XN2A 3T7QA 4EPJA 4GB2A 2IQGA 5P85A 2WJOA 3Q3TA 4JOOA 4Y3HA 1LYBA 4Q1NA 5AH8A 3S7MA 3SA6A 5OZMA 1APUE 2BQVA 1UPJA 5P63A 2VA7A 2VIEA 2QK5A 2VJ9A 3MWSA 5P3NA 5P0RA 1GKTA 3QI1A 3B7VA 3RU1A 2WEZA 5E5KA 5OZXA 4Y57A 4L1AA 5DR3A 5P7PA 3PRSA 2AOGA 5P4DA 2B7FA 3VF5A 1IZIA 2XYFA 5J25A 5P0CA 4OBKA 2SAMA 2ZHSA 1SIPA 4M8XA 5OZVA 3EL1A 5P1YA 3NSHA 4B00A 1QBRA 3WZ8A 1SMRA 2ZHRA 6APRE 4QJ8A 5P65A 2O4LA 1HVIA 4X7IA 4ZIPA 2BPVA 5IVSA 1T7KA 4B0QA 1LF4A 2AODA 2BKSA 2RKGA 1EC2A 3SM1A 2F3KA 1NPWA 2HM1A 5P3CA 4DQCA 2XYEA 5HDXA 4AA8A 1YTHA 5P58A 5P10A 3ST5A 2NR6A 2XFIA 5P1CA 4J1EA 4ZPEA 5P3AA 3IGBA 2QNQA 3DJKA 1TCXA 1HIVA 3BVAA 3UQWA 4JPEA 3WB4A 3VF7A 2FDPA 5P2ZA 3TPJA 5P5JA 2V00A 4FRKA 1HSIA 5P2LA 2R43A 3KFRA 4H3FA 4Y4JA 4ZSRA 5P8RA 5P7BA 1BWAA 2V10C 1T3RA 5P84A 3T7XA 1FQ6A 1FQ5A 7HVPA 2OHLA 1HVKA 1C70A 4F74A 1OHRA 1XE5A 2J9JA 3O9DA 4H3GA 3IN3A 2HAHA 5P2OA 2QZWA 5P05A 3PEPA 3DUYA 2Q5KA 1TZSA 1YT9A 3UQPA 4KUPA 1IZEA 1ZJ7A 2FGVA 2B42A 3OU1A 4Y3ZA 4MC9A 5P8JA 3SKFA 2IRZA 3EKYA 4APEA 4NJTA 3EL5A 5KR8A 4QJ9A 3LZYA 2QMFA 3T11A 5P7GA 3UDHA 2XFKA 3R4BA 5APRE 4Y5GA 1MESA 4YD6A 5P0YA 3ECGA 3VSXA 1KJ4A 4A4QA 3VYEA 3EM4A 5P30A 2ZJMA 2G21A 1LYAA 1ZPAA 5DR4A 2QD6A 3HVGA 3N3IA 3IXJA 1IVPA 3FIVA 4Y36A 5P1QA 3K4VA 4Y35A 5P37A 5C9DA 4Y3NA 5P0VA 5I3WA 3BHEA 2PYMA 3PI0A 5P1BA 4WTUA 4RVXA 5P1PA 4CPSA 5P69A 4XKXA 4J0VA 4K4RA 4PZWA 3OAGA 4XXSA 1K1TA 4Y3JA 4YA8A 5P6QA 4Y5NA 2WF1A 3ZKNA 3LITA 4YCYA 1HPVA 5P8PA 3FV3A 5P4WA 1ZLFA 3LPKA 5P6DA 5P8CA 5HE4A 4Y5PA 2AOCA 3DK1A 4Q5MA 1FQXA 4AUCA 5P2BA 1ZAPA 4Y6MA 1B5FB 4DQGA 3RVIA 5P7XA 4F76A 5P6WA 5P88A 3NDTA 3VV6A 2B8LA 4AA9A 3KF0A 1A8GA 1YTGA 2QHZA 2Q3KA 5BWYA 2BPXA 4ACUA 5P1DA 2WEAA 5P0MA 3NDWA 4GYEA 4Y4BA 1HTEA 5P32A 1ZPKA 2I4WA 4J0YA 5P71A 1FQ8A 3VYDA 4I0FA 3KMXA 5P14A 7UPJA 1IZHA 5P40A 3QAAA 3BXSA 4Y39A 5JG1A 5P2UA 3OADB 4R93A 5KOQA 4R8YA 1RPIA 2PK5A 3ZKSA 3UTLA 3NU3A 4HE9A 1FQ4A 3PLLA 1K6VA 5P78A 3O9GA 2HS2A 4KB9A 5P1RA 1QBUA 1A9MA 4B72A 4QGIA 5IE1A 1W5VA 3OXVA 3S45A 4FSLA 4OD9B 1HVLA 5P7FA 1YG9A 4Y3WA 5P4JA 6FIVA 5P0GA 4Y5CA 1EPME 1FLHA 1VIKA 3GGXA 4XX3A 2QAKA 5P89A 5P1IA 1IDAA 3O9LA 4Y4UA 1ME6A 2VA5A 3O9CA 4D89A 4YBFA 2ZYEA 4DQHA 2V16C 1BV9A 3BVBA 4LAPA 1IVQA 2O4KA 3D1ZA 2WKZA 3BGBA 5P4EA 5P4MA 3IVHA 1RL8A 2OHUA 5P6FA 5P5BA 3PWWA 1FG8C 1MRXA 3EKXA 4I0GA 5UPJA 5P6GA 5AHBA 3OXWA 2NXMA 2J9KA 3F9QA 1HVCA 3SA8A 4PEPA 3LIZA 4OBJA 1Z8CA 5P2CA 5P0ZA 3CIBA 5HU0A 1EEDP 5P2KA 5ENMA 5P8DA 3SA4A 4Y4ZA 4Y3DA 3BRAA 1BXQA 3LZUA 3Q70A 5P7DA 3OGPA 4FLGA 1SGUA 4OBZA 5SY2A 2R5PA 3I8WA 5P52A 3OUBA 4WY6A 4LP9A 2WEBA 3INEA 3S2OA 5P5MA 5P83A 3CIDA 2FMBA 5P47A 3JVYA 4FRJA 4FIVA 3OHFA 4Y5LA 4Y45A 4DQEA 5OZ5A 5DR7A 3OGQA 1W6IA 3GGVA 1MIQA 2NNKA 3HBOA 3CICA 1KJGA 1EPQE 4Y3FA 2QNNA 1BV7A 2QMPA 5KQYA 2O4PA 4FM8A 2JJJA 5P1JA 3NU5A 1GNOA 2QU3A 3KFPA 2QD7A 2PWRA 4ZSPA 5OZDA 5P3JA 5P2JA 2QI4A 2I0AA 2FDEA 5P8AA 5P8SA 3VFAA 1PPLE 3CKRA 5IVTA 3ER5E 1K6PA 5OZ7A 5P4SA 4YCTA 5AGZA 5KQZA 5P4TA 2OHNA 3H5BA 3HZCA 3Q5HA 5P41A 1BBSA 5P5DA 5P31A 5P7UA 4ZPGA 5P6UA 2OHPA 5OZZA 5AH9A 1QRPE 3NLSA 4DPIA 5P60A 5JFPA 4Y47A 2PSGA 2AZCA 2JE4A 3RSVA 4R92A 4Y4EA 3SPKA 4AZYA 5OZWA 5P81A 5ER1E 4Y4XA 5P5YA 5OZ4A 1SBGA 1K6CA 5P4KA 3LIQA 4JP9A 5HU1A 1HSHA 2ZJIA 2I4DA 4RGHA 2QZKA 2ZJJA 4HDBA 3QVCA 5P45A 1OD1A 5HDZA 2R3TA 4I8ZA 5AH6A 2FS4A 2QZXA 3SO9A 4DJUA 4J0TA 1AZ5A 5P2TA 3INHA 5P28A 4B78A 2AVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPW A;  5P2W A;  5P6M A;  1APV E;  2OHS A;  3EM3 A;  4Y9W A;  5COO A;  1LF2 A;  1WKR A;  5P8N A;  5DQC A;  3FNS A;  3WZ6 A;  2AVO A;  3I25 A;  4UPJ A;  5P2M A;  2V0Z C;  2WF2 A;  4OBZ B;  2QHC A;  3KT5 A;  3FSM A;  1A30 A;  2A4F A;  3PSU A;  3HLO A;  3KM4 A;  4I0D A;  5P2X A;  1QDM A;  1K1U A;  3OUA A;  3HDK A;  2ZHU A;  3OXX A;  5P26 A;  5P73 A;  3MSL A;  3I7E A;  3OWN A;  3ZPT A;  4K8S A;  5TOL A;  4CPU A;  1AAQ A;  2NXD A;  3EBZ A;  4RCE A;  5P4A A;  2V12 C;  1BDL A;  1HRN A;  4DJX A;  5OZY A;  3SA5 A;  2ZDZ A;  3UDK A;  2PK6 A;  3K5D A;  1PPM E;  4RCD A;  1FF0 C;  3O9B A;  3VFB A;  3NXN A;  2Q54 A;  5P4N A;  3BUF A;  3OUD B;  3R0Y A;  5P8K A;  5DGU A;  2HC0 A;  5P4Q A;  3UFN A;  2ZHT A;  4J1C A;  3PHV A;  4Y5E A;  3OOT A;  2JJI A;  1IBQ A;  5HDU A;  5P7L A;  1EBW A;  2O4S A;  5P3Q A;  3GW5 A;  3HAW A;  5P0N A;  1PSN A;  1B6J A;  3OQA A;  3PSY A;  1G6L A;  3IXK A;  2QCI A;  2G1S A;  1GVV A;  3U71 A;  5I3V A;  5P74 A;  3R2F A;  4B77 A;  1KJ7 A;  4LXM A;  4Y4G A;  4IVT A;  4Y4W A;  5DQ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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