3CMEN

The structure of ca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmeN00
1VQ8N 1K9MO 3CCUN 1VQNN 1Q81O 1VQKN 5DM7L 4WFBL 1VQ4N 3CC7N 3CC2N 4WFAL 1YHQN 1K8AO 1KQSM 3CF5L 3CCRN 3CMAN 1KD1O 5GAHP 1NJIO 5GAEP 1OVYA 3CCQN 3CC4N 4IO9L 1VQ6N 3G71N 1M1KO 3DLLL 5JVGL 2ZJQL 3CCSN 3CCJN 4IOAL 1ILYA 5GADP 2ZJRL 1VQ5N 3PIPL 1N8RO 3CXCM 3J7ZO 1VQLN 4WFNL 1Q7YO 1VQ7N 4UY8O 4WF9L 3I56N 4IOCL 1K73O 3CCLN 3CCMN 1VQ9N 1W2BM 1VQMN 1Q86O 3PIOL 3CMEN 1KC8O 5H1SQ 1VQON 3CPWM 5JVHL 3OW2M 5GAGP 1YITN 1YI2N 2QA4N 1M90O 5DM6L 4WCEL 1YJWN 1Q82O 1QVFM 1QVGM 1VQPN 2QEXN 3G6EN 1YJNN 2ZJPL 4U67L 1YJ9N 3G4SN 1JJ2M 3CCEN 3CD6N 2OTJN 1YIJN 2OTLN 5HL7L 5MLCQ 3I55N 3CCVN 1S72N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M7YA 1JXBA 1LAWA 3JYTA 2OA8A 1JCEA 3CI5A 3L2VA 4KTZA 1BI4A 2P9LB 2P9KA 4JKFA 1N32K 1NMNA 4JKGA 4ID5A 1YHQN 4FWRA 2JGUA 3MXJA 3R8EA 4OO1J 3O9SA 2ZM6K 4NO7A 2HHUA 3CCRN 3CETA 4HTLA 4BR5A 4NYNA 5GAHP 3QNOA 3MX2A 4FZXC 3HYFA 5AFUA 3SUPA 3LAKA 4JI1K 4KB1A 5F0XA 3WXLA 3NF7A 4BRLA 4BR2A 1X9WA 2FBTA 1K8KB 4O0IA 1BQNA 4Z4CA 4KHUA 5CYMA 5JS2A 4B8CA 1ATNA 2HBKA 4WQ4A 3QEXA 3AO5A 3CJ9A 2B6AA 4LFCK 4WFNL 4FWKA 3ZSVA 3TAPA 4YNQA 4FJ5A 1XC3A 5LJVA 1T44A 2NNWA 2IOCA 3OYEA 3ZX3A 3HM8A 4CZHA 1SV5A 3CFOA 1NK4A 4FJJA 1QZ6A 3K58A 3IAYA 5FRMA 3EN9A 3AVHA 2UXBK 4K42A 1RBSA 1TYQB 4QAGA 4F3OA 4FJGA 4H0VB 3LANA 2QWPA 4FM0A 3AO4A 1RT1A 1VHXA 5KI6A 3V81A 2HBMA 1KFSA 2LSNA 2YKMA 3SMPA 3QNNA 4N41A 3S3NA 4WCEL 1TL1A 1BG3A 1UOCA 1HKBA 5FROA 1BIUA 1NKCA 3PX4A 2G8FA 1JLBA 3SQ2A 4J8FA 1YJ9N 1SL0A 4M3ZA 4DR3K 4YOXA 3KK3A 4X66K 1L5UA 4BC3A 4LF6K 2PBDA 1S72N 1U49A 1VQ8N 1BIZA 1LWEA 4DS4A 4JI7K 3DXKB 2ATQA 3MEGA 1QS4A 1H1VA 2QXFA 3THXA 1OH7A 1S22A 1ASWA 4JN4A 2A41A 5EU7A 3ZT4A 1L3VA 3VEWA 3VESA 2P9NB 1S6PA 5F1XA 4JI3K 5KPZA 3ZETB 2F8TA 2QI2A 4UQGA 3E66A 1T3VA 3RVCA 2HNYA 3GL1A 2YKNA 1CZ9A 3VQQA 4Z0UA 4GW6A 3LDQA 3SZ2A 4YDUC 3DLHA 3PV8A 4WYBA 3HTVA 3CM6A 1C0GA 2HVHA 4F2RA 1Y97A 3K9JA 2FXUA 5E84A 4CEQA 2CGKA 5M1PA 1NGAA 1W7AA 4BRKA 3CCJN 2NRTA 3NBPA 4PL7A 1VQ5N 3VTHA 1IG9A 4IDHA 1JKHA 4ILHA 3AVCA 3TSQA 3MWPA 4BC2A 1JL2A 3O4NA 4H8KA 5TKWA 2HVIA 3NVKA 3VA0A 3HK2A 5JICA 4UY8O 2E88A 4CGJA 1RNHA 2NRXA 3VGMA 1T7PA 2BDPA 4IOCL 3EZ5A 3UKRB 5AZJA 2QWMA 4DQRA 2PY5A 4CZFA 1WSEA 3NF8A 3C7NA 3HO1A 3AARA 4OVLA 4AHUA 3HZ6A 3CPWM 3T3FA 3C65A 3KD5E 2HOEA 3ZCMA 4DR1K 3M8QA 3VQPA 4DR7K 4YHHK 3U9ZA 3PSIA 4N5SA 3OA9A 5C0YA 2G8UA 3V9SA 3P5JA 3L4QA 2X78A 3VGKA 3OYAA 3MN9A 3LWMA 1W0HA 4F9OA 1N34K 1KVCA 3OS2A 4JI4K 4JI0K 1NGGA 5KQ8A 4PHTX 4ELTA 4CECA 3SAFA 4JHDB 3R1XA 2OCEA 3FZKA 4FJMA 1IV0A 2O8BB 1NGHA 3WNEA 2UUAK 5C24A 2YNFA 1BISA 4YOTA 5C10A 3UB5A 3LAMA 1GLEG 5KRSA 1QHAA 5AQFA 1QSSA 3HBTA 2I7NA 4YY3K 4O8KA 2V7ZA 4AQYK 1HYVA 4BRQA 4K41A 1X3NA 3I8BA 2HBLA 1TKXA 4YORA 4DUZK 4QS9A 4WQ5A 5F2RA 2B5JA 4DR5K 5E26A 4I6MA 1XUPO 4DHYA 5E41A 2O8CA 1T6CA 3CJAA 4AH9A 4BROA 5AQWA 4E3SA 1ZBSA 3LPTA 2D0AA 2IGIA 3HPHA 5AZIA 2FSKA 4B9VA 3RMAA 4CF9A 1XQSC 4DR6K 3TAMA 1UA0A 2FC0A 4K43A 3HL8A 2FBXA 4CJKA 5K14A 1X3MA 2GWKA 4ZTJA 5SZTA 3AVFA 3AVJA 5CE3A 1FW6A 1Q9YA 1W2BM 1VQMN 3K0SA 4B9SA 4DF8A 1N6QA 1Q86O 1B9FA 1U2VA 1KC8O 3M8PA 4FLXA 4DV0K 5AJ3K 5FPEA 2IVOA 4RTFD 5J2QA 3V9WA 5DM6L 3NMUA 3B6OA 3TARA 1TKDA 2F4VK 4RCHA 4RWTA 3SUQA 1OH8A 1HNWK 4Z94A 4E1JA 1JLCA 3T1HK 2NRRA 2ITGA 4N76A 3M8RA 3M8SA 3ENOA 4FJIA 4CJ3A 4KI6A 3CJ1A 1KLNA 4CF2A 3KK7A 3MK6A 3J7YP 2OZSA 2E6MA 5BR8K 3L0QA 3CYMA 4F3TA 3L8BA 4ILJA 2P51A 1DKGD 1C0UA 4LFBK 1ZBUA 3PX6A 4OKEA 1J9AA 2FSJA 3DXMB 4BRPA 3L3UA 5GIOA 3CF5L 4BE0A 4PA1A 3WXKA 1GLCG 1TAQA 1BDGA 4RW8A 1WSHA 5GINA 3G0ZA 4XEIA 3ZSZA 5JVGL 4HHTA 2W40A 4JLHA 3KK2A 3RMCA 3H08A 1CXQA 3HVTA 1RILA 4JS4A 3SV3A 3QEWA 2IAJA 1KTQA 1ASUA 4BDZA 4KRFA 2XY5A 3L2UA 5HRRA 2D0PA 3SI6A 5EX5A 1NGIA 2VGMA 3TABA 3MMVA 4KTQA 4KAZA 1WN7A 2QM1A 3ID6A 5IT9O 4MO5A 1U6ZA 3H6EA 3KK1A 4FWMA 4CJFA 4IBNA 5JLHA 3TAQA 3D6RA 3CMEN 1XWLA 1VQON 4IKFA 3JSMA 4DQSA 4W5QA 1YITN 4IG0A 1A5VA 4FM1A 4DU1A 3EO3A 3LZJA 3VQCA 3WEEB 1QVFM 4W5NA 2XY8A 4DFKA 4MDAA 3BZCA 2O8DB 1VQPN 5GIPA 4O0JA 4I9QA 2GELA 4B9TA 4C8MA 1HQUA 4BGAA 4B3RK 4LF7K 4CERA 4FOEA 3I55N 4KHWA 4HCCA 4PKHA 4CK3A 5FLXO 3D7EO 3VERA 4H5TA 2G8HA 2UYTA 2HHHK 2E4LA 4JK7A 3LM2A 1EX4A 2YJFA 1G15A 4DU4A 5HLFA 2HMIA 4MLHA 4DTSA 3C94A 3IDHA 3VF2A 1K8AO 4FJ9A 4FWLA 1EWRA 4MDBA 3HP6A 1WSFA 4X62K 4W5TA 4PUOA 1IBMK 2VG6A 3TTCA 3THYB 1BL3A 5BRDA 2Q0UA 3F9KA 5AQYA 2BE2A 4XH5A 1DGKN 3AVKA 3P31A 2FBYA 3LL3A 2QWOA 4DV4K 1E3MA 4K25A 3TPQA 5BRHA 2YNIA 3IG1A 4AILC 4CJRA 4JD2A 3O9UA 3GDQA 3DLGA 3O4QA 3UE5A 4OPHA 1XHZA 4CBXA 1VQLN 3DM2A 3RSEB 3K5NA 2I5JA 3L2RA 5ADXH 1VQ7N 4OX9K 3ZSQA 4IFEA 4IJAA 5AQJA 4DSKA 2DPNA 4CZKA 4DR4K 4KV8A 4EP4A 2HNZA 3O1WA 3TTFA 2X6SA 2D0BA 3G10A 3O3FA 4E1NA 2A1SA 3AAPA 3QFUA 2IIRA 4DMNA 3KKSA 3VQ7A 4DSLA 2QWLA 4E7LA 3OS1A 5H1SQ 4HUEA 5KQDA 1BUPA 4A57A 4LC9B 2HHSA 1D5AA 4DV7K 1ESVA 1BO5O 1LAVA 2HHQA 2ZD1A 1GOBA 1Q82O 1YTAA 4CJPA 3G6EN 1RT5A 2ZJPL 4QOZB 3MEDA 4GVEA 3ZYYX 2P9UB 3T19A 5HL7L 5J2MA 3HI0A 3F2KA 2E1ZA 4G9ZA 1ATRA 2V7YA 1BU6O 3OYGA 3RR8A 3OYDA 3CCUN 1NJXA 1SKRA 1EETA 3T1YK 2GWJA 2XHBA 4DSJA 4FL9A 4C8OA 1V4SA 2RN2A 1GLFO 1XNRK 1NGDA 5M1KA 3TR8A 2JWLA 2CGJA 1KQSM 1OH5A 1U48A 4KKOA 4CI6A 3ITHA 4GY2B 3SK3A 3TU5A 3FZFA 4LFAK 1OVYA 4DTUA 4J2BA 4KH6A 3TSUA 1VQ6N 4J2EA 4KREA 3ZT2A 1HX1A 1RBRA 3NH2A 3ZEUB 3KKRA 5C15A 3QO9A 2JWKA 4FWSA 3AV9A 4YOUA 2VYPA 3CQXA 1FKOA 3DXKA 1X9JA 3NH0A 1NKEA 4DF4A 2A40A 3KLFA 5KTQA 4DQIA 3EY1A 1LV5A 1Z25A 2YNGA 2KHOA 4DV5K 1HYZA 4DV6K 4H0TB 3WNGA 4FJNA 1W9HA 4DTJA 4A59A 2KFZA 3SNNA 1QE1A 4B9LA 1NMDA 4Q5VA 3K57A 1K73O 3AVIA 2D0OA 1B92A 3ZX2A 4B8AB 1Z26A 1NG9A 4AHVA 5J2PA 3LDNA 2IVNA 1HRHA 4Z4FA 4DTRA 2WFBA 4H0OA 5BPLA 3AA2A 3K5OA 4CF8A 2ZQBA 1S1UA 4HTUA 3AVGA 5AQTA 3TANA 2F96A 4JKAA 1O13A 1F21A 3V1OA 4BWJA 1WNSA 4EP5A 3HP9A 1LWFA 1YVUA 3CJCA 3ENBA 4CJWA 3HSCA 3FZHA 3C6UA 4J2AA 3Q7CA 1J6ZA 1KLMA 1HNVA 5MLCQ 4DQPA 4CVNE 3BUZB 1VQ9N 2HMPA 2OPSA 3BF3A 3UKUB 4F4KA 4IZ9A 1RFQA 2KZMA 1D9FA 1IJJA 3NVMA 5AQUA 3AVMA 1C6VA 1YF5L 2UU9K 4LSLA 5M1NA 4BACA 1Y64A 4BRFA 1Q81O 4KI4A 1NU0A 1IKYA 1EQYA 4RW4A 1JLFA 4NCBA 4JK8A 1BHLA 1REVA 3OBYA 4B1YB 3C6TA 5HROA 1RTDA 4HWIA 4DTOA 3HOTA 4CF0A 1WAFA 1EP4A 4MQ3A 3OYFA 1FKPA 1SL2A 2W41A 2Y1IA 1Q9XA 2PYJA 3H46O 1O1WA 5I9EB 3CCSN 3AGRA 4JKHA 1QHTA 1N33K 4BE2A 4CJVA 2P9KB 5AQNA 1R59O 4YDUA 4JHDA 3NE6A 2KTQA 2KKZA 5AFUH 4NXNK 1CLQA 2O8FB 4M3YA 4QCLA 1YVNA 1D9DA 4LH4A 4CEOA 5HOOA 2O8EA 3KWIA 4GKJK 4CD1A 4HUFA 2G8WA 1QQNA 3WQUA 3I33A 3ULDA 4AM6A 5DMRA 4E0DA 5FPDA 2Q97A 3DJCA 4M45A 4CFCA 4CIEA 2UXCK 3NF6A 3IMXA 4M41A 3BP8A 3O9TA 3GG4A 5LMNK 1WSJA 4CJ4A 5C2FA 3T1AA 1NBWA 3KZBA 4KFBA 2DFHA 2E2QA 4BRCA 4DTNA 1KVBA 4IJNA 4U7BA 3OJUA 4MLEA 4BQZA 3SQ0A 4NLCA 3CCEN 3IS9A 3ZT1A 1YIJN 3V9ZA 4A5BA 5LL6Z 3DRPA 1SL1A 4KH4A 1HUXA 1NK6A 4F2SA 1S5JA 4GVMA 1B9DA 4BR4A 2BUPA 1WOQA 3AVAA 4DLGA 4WFBL 1VQ4N 2Z1IA 4IXCA 1ZBHA 3TAFA 5KGWA 2YCHA 2E6LA 4EHTA 2WONA 3CG7A 1IBKK 3ZT0A 4JI6K 3OJSA 3VQAA 1XNQK 1VRTA 3CCQN 4A2AA 3AO1A 4EZ6A 2QTDA 3G71N 2IS3A 2XRIA 4BDYA 2PZSA 5EOYA 5HBMA 4K0KK 4OJRA 1C1CA 1IG8A 4CCHA 1OVQA 4G1QA 3RRHA 1QSYA 4CHQA 1GOAA 1KAZA 3EKUA 4R5PA 2E1YA 1NGFA 2VQEK 1I39A 2KZZA 3DXMA 3ISNC 4OKKA 4HVJA 1WUAA 4WF9L 2Z1GA 3V1RA 3T69A 4IDKA 4DS5A 3VGLA 2NZTA 2YHYA 1WSGA 3AO3A 1KVAA 2PYLA 1QQCA 5BRFA 3R3LA 3OYBA 3H45C 2VG5A 3HXMA 1EXQA 4BRMA 3RR7A 4BR9A 1S9EA 2FF6A 1HNZK 4B9NA 4JYAK 3ENHA 1LWCA 3JS6A 4H5WA 4JKBA 3OYNA 3OYKA 3DMJA 2BGGA 4RW9A 3W0LA 1M90O 3EE9A 4FYDA 4H0PA 4RG8A 3O3HA 1RT6A 3KLGA 2HBJA 4O8UA 4KB0A 2P9SA 3LP3A 3HOSA 5AQIA 1DTQA 3DOKA 3SQ1A 3LP1A 3NF9A 1MWKA 3G4SN 4WQ5C 2F8SA 2D0CA 3E9PA 5C42A 3QESA 4CGGA 3KLHA 1RDWX 4CHPA 5AZJB 2W42A 4PKGA 4AF1A 2DTUA 2W6LA 4JI8K 4ID1A 2V51B 1KSPA 4E1MA 3PLAA 3A0IX 2I7PA 5CYQA 1VSIA 1WLJA 5HRPA 4CEAA 2KLAA 4WFAL 4C8NA 4CJUA 3RWUA 2OANA 2P9IB 1VSJA 3SBGA 1TV6A 3FR0A 1I94K 3QBXA 1OKJA 4V19S 1HPMA 4KHNA 4BRDA 3CMAN 3K9KA 3DLBA 3WEEA 1A5XA 4YOVA 4FK2A 4NCAA 1NK7A 3E9LA 3QERA 4E89A 1JCFA 1KAXA 4AHSA 4CFAA 1WB9A 4B3TK 3OTOK 1NLVA 1HMVA 2OYQA 4PQUA 1ILYA 4CGIA 5GADP 3MECA 4PKIA 2RF2A 3WXIA 4M3WA 1T05A 2D1KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ8 N;  1K9M O;  3CCU N;  1VQN N;  1Q81 O;  1VQK N;  5DM7 L;  4WFB L;  1VQ4 N;  3CC7 N;  3CC2 N;  4WFA L;  1YHQ N;  1K8A O;  1KQS M;  3CF5 L;  3CCR N;  3CMA N;  1KD1 O;  5GAH P;  1NJI O;  5GAE P;  1OVY A;  3CCQ N;  3CC4 N;  4IO9 L;  1VQ6 N;  3G71 N;  1M1K O;  3DLL L;  5JVG L;  2ZJQ L;  3CCS N;  3CCJ N;  4IOA L;  1ILY A;  5GAD P;  2ZJR L;  1VQ5 N;  3PIP L;  1N8R O;  3CXC M;  3J7Z O;  1VQL N;  4WFN L;  1Q7Y O;  1VQ7 N;  4UY8 O;  4WF9 L;  3I56 N;  4IOC L;  1K73 O;  3CCL N;  3CCM N;  1VQ9 N;  1W2B M;  1VQM N;  1Q86 O;  3PIO L;  3CME N;  1KC8 O;  5H1S Q;  1VQO N;  3CPW M;  5JVH L;  3OW2 M;  5GAG P;  1YIT N;  1YI2 N;  2QA4 N;  1M90 O;  5DM6 L;  4WCE L;  1YJW N;  1Q82 O;  1QVF M;  1QVG M;  1VQP N;  2QEX N;  3G6E N;  1YJN N;  2ZJP L;  4U67 L;  1YJ9 N;  3G4S N;  1JJ2 M;  3CCE N;  3CD6 N;  2OTJ N;  1YIJ N;  2OTL N;  5HL7 L;  5MLC Q;  3I55 N;  3CCV N;  1S72 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M7Y A;  1JXB A;  1LAW A;  3JYT A;  2OA8 A;  1JCE A;  3CI5 A;  3L2V A;  4KTZ A;  1BI4 A;  2P9L B;  2P9K A;  4JKF A;  1N32 K;  1NMN A;  4JKG A;  4ID5 A;  1YHQ N;  4FWR A;  2JGU A;  3MXJ A;  3R8E A;  4OO1 J;  3O9S A;  2ZM6 K;  4NO7 A;  2HHU A;  3CCR N;  3CET A;  4HTL A;  4BR5 A;  4NYN A;  5GAH P;  3QNO A;  3MX2 A;  4FZX C;  3HYF A;  5AFU A;  3SUP A;  3LAK A;  4JI1 K;  4KB1 A;  5F0X A;  3WXL A;  3NF7 A;  4BRL A;  4BR2 A;  1X9W A;  2FBT A;  1K8K B;  4O0I A;  1BQN A;  4Z4C A;  4KHU A;  5CYM A;  5JS2 A;  4B8C A;  1ATN A;  2HBK A;  4WQ4 A;  3QEX A;  3AO5 A;  3CJ9 A;  2B6A A;  4LFC K;  4WFN L;  4FWK A;  3ZSV A;  3TAP A;  4YNQ A;  4FJ5 A;  1XC3 A;  5LJV A;  1T44 A;  2NNW A;  2IOC A;  3OYE A;  3ZX3 A;  3HM8 A;  4CZH A;  1SV5 A;  3CFO A;  1NK4 A;  4FJJ A;  1QZ6 A;  3K58 A;  3IAY A;  5FRM A;  3EN9 A;  3AVH A;  2UXB K;  4K42 A;  1RBS A;  1TYQ B;  4QAG A;  4F3O A;  4FJG A;  4H0V B;  3LAN A;  2QWP A;  4FM0 A;  3AO4 A;  1RT1 A;  1VHX A;  5KI6 A;  3V81 A;  2HBM A;  1KFS A;  2LSN A;  2YKM A;  3SMP A;  3QNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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