3CMEN

The structure of ca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmeN00
1KQSM 1ILYA 4WCEL 3PIPL 1YJ9N 5JVGL 3CPWM 3CCVN 3OW2M 3CCMN 1VQNN 5DM7L 1Q86O 4WF9L 3CC2N 1JJ2M 1M1KO 1VQ9N 5DM6L 3CCLN 3DLLL 1VQ4N 1VQPN 4IOAL 1N8RO 3CD6N 1VQON 2ZJRL 1VQ8N 4IOCL 1OVYA 3G4SN 1YJNN 5GAEP 3CXCM 3CCSN 2ZJQL 3CCQN 1Q81O 1K9MO 1S72N 4WFBL 1M90O 5HL7L 1YITN 5GADP 3PIOL 3CCEN 5H1SQ 4U67L 5GAGP 1QVGM 1VQ7N 3CF5L 1VQ6N 4IO9L 2QA4N 1YI2N 3CMEN 1Q82O 3CCRN 4WFAL 3CCJN 3J7ZO 2ZJPL 5GAHP 3I55N 1KD1O 1QVFM 3I56N 1VQ5N 1YHQN 1VQLN 1K8AO 3CC7N 1VQMN 1VQKN 1Q7YO 2QEXN 4WFNL 1K73O 1YIJN 3CCUN 1YJWN 4UY8O 3G6EN 1KC8O 5JVHL 3CC4N 1W2BM 3G71N 3CMAN 1NJIO 5MLCQ 2OTLN 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXMB 4CEBA 5AQSA 4DR3K 4JI0K 4GY2B 1Z05A 1NKCA 3H45C 4Y0WA 5J2MA 3HVTA 1U45A 2O8EB 4DFPA 4EP5A 3SAFA 2ZD1A 2VQFK 3V9WA 2GUPA 1TUUA 3VQ6A 4BRKA 4FCYA 1X9SA 4FZZA 1CLQA 4C8NA 4CJ4A 2V51B 4M63C 1M1KO 3D2FA 3UKRB 2HHWA 3VTHA 2E2OA 4F9OA 2XY6A 4MO5A 1E4GT 3GL1A 4CHOA 4ZHRA 3VTIA 3MXMA 3BDPA 3ZSYA 3MK6A 4J2DA 4L3QA 3CCQN 4H0PA 2RPIA 4FL9A 4K42A 1KXPA 2VWBA 5GADP 3EKSA 4CZEA 1NOYA 3TAMA 1NGFA 4Z0UA 4F3TA 3HOSA 5BRFA 2QA4N 2GX9A 3TTCA 2X78A 3V6DA 1RBVA 4FJLA 5FDLA 4OPAA 1FW6A 3TU5A 4BRCA 5EXWA 3I56N 4BC5A 1U47A 4CZGA 4EZ9A 1OH7A 4C23A 4H5VA 4E7LA 2Q36A 1XMOK 4CZJA 1BI4A 3K9JA 1H1VA 2YHAA 3EL2A 2HNDA 2P9UB 2YJEA 3HBTA 1BOTO 3AGKA 3EYZA 1JXBA 1J6ZA 1XC9A 1QQOA 4BE2A 1J54A 4CGHA 2YHXA 3H46O 3KKRA 4CJVA 2P9NA 3VQQA 1JKHA 1Z25A 1RT5A 3HXMA 4NLBA 2P9PB 3TSPA 4B3MK 3OYNA 1CXQA 4GVEA 2IIRA 1S1WA 3QEWA 1BUPA 5BR9A 4ELTA 4H5NA 3CETA 4FWNA 2ASPA 4AHCA 2DFEA 2G8KA 3SAGA 1NJYA 5C25A 2KZZA 1SKRA 2HBKA 5M1NA 4CFBA 3HM8A 3FGUA 3LDLA 3LALA 3U8XA 1QQNA 4M41A 1TKDA 3KLEA 3D2EB 1JLQA 3TI0A 5CE3A 1DTTA 2IS3A 4IO8A 2HF4A 4FWSA 1MU2A 4IJNA 2KKZA 3WEEA 3H3NO 3M6GA 4YHHK 1SKWA 2NRXA 2E4LA 1HNXK 5KPZA 1YJNN 2KFZA 3MAQA 3CCSN 4PUOA 2ZJQL 2DY4A 1B9FA 3H1VX 2O8BB 1HKCA 1YVUA 4DQ8A 3V1RA 3WXJA 1YITN 3DMJA 4M3ZA 2P9LB 4DSFA 3OYHA 2F9WA 4GV3A 3D0PA 2O4IA 2HHTA 4K0KK 1RT6A 4F2RA 4I7FA 4Z4CA 4BE0A 1T8EA 4B1XB 1C1CA 3T1YK 4J2AA 2GBZA 3H08A 2A42A 3TABA 3NF6A 4C1NI 2P9NB 5F0XA 3ENOA 1KCFA 3DRPA 3P38A 3DLHA 2HMPA 1JLGA 4CIEA 3O80A 4L8RB 4HUFA 1TYQB 3VEXA 3ZETB 4MO4A 3VQ4A 2FBVA 1N32K 2OANA 2P1JA 1FKOA 1Q7YO 4CJUA 5KI6A 2W40A 3DLBA 1NGDA 4H0TB 4Q5VA 3SI6A 2XY5A 3GE1A 3OYJA 1FK9A 2RHKA 3M8RA 3ZLJA 3AGRA 1S6PA 4CJ5A 3AO2A 4AH9A 2NUBA 1U49A 2FSNA 3L3UA 5J2PA 4J2BA 4DS4A 2OPSA 2UU9K 3QNNA 4GW6A 5BPNA 3ZSOA 4CJEA 4H4MA 1O13A 3I0SA 2FXUA 3HP6A 2D0OA 3R3LA 4A2BA 1D9DA 3R9PA 4J2EA 1IO2A 4CF2A 3M8QA 4A62A 3WUHA 4JKBA 3RTVA 3R1XA 3OW2M 1WSGA 3U6FA 4JV5K 4EIAA 3GDQA 1NK8A 3S3OA 4RW6A 1JL1A 4NCGA 4X66K 1HPZA 4DSKA 3NH0A 4B1YB 4KFBA 1OH5A 4DS5A 2GWJA 5FPMA 4CJRA 3OYMA 4CI6A 4FJ8A 3SLCA 1VSLA 4O8UA 4E19A 4DTXA 3QFUA 5KRSA 1K9MO 2P9IA 1A5XA 3AAPA 3TTFA 4WFBL 1RT1A 4GV6A 4B1VA 3CCEN 2VGNA 3AVKA 1IG9A 4PKIA 2BUPA 5CY4A 1EWQA 3NF7A 1GLLO 5CZ2A 5TKYA 3OS1A 1WBBA 1HX1A 1EETA 2HVIA 3KK7A 3QLHA 3B6PA 4E7KA 4FYDA 3LAKA 1KD1O 3KK1A 1QVFM 1IBLK 4IG0A 4YOXA 1T6CA 5LL6Z 4C8OA 5T7BA 4V19S 3KLFA 4DFKA 1KAXA 1VQLN 1NJZA 3CC7N 4DQPA 4BQZA 5AQKA 3TWHA 3SQ4A 2HVHA 2QEXN 1EKEA 5HROA 4H8KA 3HPOA 4DF4A 5AFUA 3VA0A 4DFMA 1IBMK 3ZEUA 4FJ9A 4NCBA 1DEJA 1YJWN 1WAJA 2KLAA 4CZKA 3TSQA 5BRHA 3P39A 2VG5A 1YAGA 4B9TA 1UOCA 3NMUA 2BDPA 2WC9A 4OX9K 3OBWA 4BR5A 4DV1K 3KZBA 1U6ZA 3C65A 3IDHA 3AVFA 4GV9A 4FJ7A 4CF9A 4CD3A 3K5LA 2CH5A 2P9IB 3FZHA 3KWGA 1CXUA 4NLCA 4AHUA 4FM0A 5CYQA 1BCOA 3LP0A 5DK5A 2P9SA 1RBSA 2HBLA 4FLUA 2UYTA 2VWKA 2QKBA 5BPMA 3RRHA 1HR0K 3ZSQA 1ZBIA 1SV5A 5AQPA 2D4WA 3L4IA 3L6QA 3WNGA 4LF6K 3HL8A 2IVOA 4LSLA 4E3SA 2VQEK 4FO0A 2AJQA 1NGEA 1HRHA 1GLEG 2IVNA 5IT9O 4E1MA 3PSFA 4C1NK 3Q7BA 3HOTA 3SJHA 1YI2N 1RDDA 3U9DA 3E01A 1U2VA 2O8FA 3I33A 4B9MA 4F2SA 1NM1A 3CYMA 4KHWA 4FJMA 1VSHA 1HYSA 3KJVA 1GOBA 4AM6A 5C2FA 3SAHA 4BRMA 1L3SA 5C0YA 4K8ZA 1VQKN 1K73O 4DV4K 3RR8A 2D0BA 1LAVA 2IAJA 3DLGA 1RDCA 4JKEA 1N6QA 2W41A 4BRLA 4B9LA 3KK3A 3CJCA 3D6RA 5BR8K 3ID6A 4K43A 2A3ZA 1DGKN 4QOZB 2ZF5O 3V9ZA 4JS4A 1N34K 2OPPA 3BY5A 5KQDA 2P9SB 2LSNA 2QI2A 1Y64A 4I2PA 1JCGA 3K9KA 4Z4IA 1CZ9A 2YNHA 5ELZA 1YVNA 5D3GA 2BGGA 3E9LA 3WT0A 4UQGA 1ILYA 3U9ZA 1WLJA 2IVPA 4B9VA 4M7YA 1OH6A 1NGAA 3AV9A 2HHQA 2G8IA 2IC3A 3AA5X 3QICA 3K58A 4FPAA 3NGZA 3LZJA 1RTJA 1NK9A 1VAZA 4KHSA 4CEAA 5AQXA 3Q7CA 4BVOA 4BG9A 2NNWA 4PKGA 1SKSA 4KB0A 1BA1A 1BU6O 2O8FB 1QE1A 3HPHA 4IOAL 3V81A 2GTDA 3TAQA 1E3MA 4FJIA 1TL1A 4KH5A 4I6MA 3F2KA 3FZMA 2H3GX 3CM5A 4CJ7A 2KHOA 4IDKA 4CHQA 4KHNA 2YKNA 1C0GA 2DPNA 4WQ5A 3ZCMA 1S1UA 3J81O 5HLFA 3T1AA 3QO9A 3I0RA 1G15A 1TGOA 1KVAA 2HMIA 1X9WA 4FWQA 1KSPA 4OPJA 1RBUA 3N4PA 5JS2A 1S1VA 3QEPA 2E6MA 3O1BA 2XY7A 2HF3A 1LW0A 4HVJA 4BGBA 2VYPA 3PO5A 1NWKA 3VGLA 1QZ6A 4R79A 1TK0A 4B3TK 2YHWA 4KHQA 1WBDA 4NB4A 2D0PA 2J4RA 3P31A 2UUAK 2UUBK 4FPBA 5CHIA 4YDUA 3PX4A 2E2QA 5EX5A 1I94K 1BHLA 3CI5A 4KREA 4CD1A 3MCAB 3ZT4A 4UY8O 1RGIA 3WXIA 2QWNA 3VEZA 2PY5A 1IBKK 1JCFA 2DFHA 5K14A 4IEEA 1ZBFA 5KGXA 4DB3A 2CH6A 3FFIA 5FROA 3OS0A 4DV2K 1UA0A 4G9ZA 3UE5A 3HT3A 4DF8A 3ZX3A 2OTLN 3LM9A 4CZIA 2A41A 1XHXA 3TPQA 4JEPA 2BTFA 1W97L 1NGGA 1QQCA 2NZTA 2W42A 4BRPA 3R6MA 1D4XA 3O3GA 3SUQA 2I7NA 5JVGL 4CF0A 4YNQA 4M45A 2ETJA 3EZWA 1SS6A 2KFNA 1HMVA 3QFPA 1J9AA 4CEDA 4EFHA 4CJKA 3SPYA 1C0MA 3LDOA 3GBTA 2QM1A 4RW9A 3V1QA 4DTRA 1R0AA 4JRQA 2E20A 4IWVA 4DU1A 1OH8A 2P9UA 1S1TA 1B92A 2HNYA 4JK9A 1NBWA 3DLEA 5KQ8A 2ASOA 3K5OA 2JLEA 1D9FA 1Q81O 2XO7A 3DAWA 3VOVA 4BRDA 4BVPA 1UWBA 5C15A 4FJNA 4BRQA 4JI7K 2P9PA 2W6KA 3OYLA 1BL3A 1EX4A 3MEDA 3S3NA 4QS8A 4FJHA 1S9GA 4JYAK 3LAMA 3OYGA 1RT2A 2A1RA 3CCRN 3PY8A 1JL2A 3NVKA 1HKBA 2E8AA 3VA3A 1GLFO 3KIOA 3J7AP 1HJOA 1IKYA 3G10A 3ATUA 3LDSA 3VESA 5AQQA 4JKGA 4OVLA 3CJ1A 1A5WA 2D0CA 1XUPO 1YUWA 1ATNA 3KVGA 3BUZB 4FJXA 1LCUA 3D2EA 3AO4A 3CM6A 1YF5L 3VF6A 4ISFA 1YIJN 4OO1J 2G8UA 3MN6A 3HK2A 4BC3A 2JWKA 4LC9B 1RT4A 3VEOA 1WNSA 3AVCA 1KVBA 2O8BA 3D45A 5GIPA 4X62K 4CBXA 4XH4A 3CERA 4JNEA 1YTAA 5C24A 3L2QA 4LH4A 4O0JA 1W2BM 4JHDA 2P9LA 2F8TA 2AA4A 3CMAN 2NRRA 4O5BA 5MLCQ 2YHYA 4JI1K 1TK8A 4GKKK 2F7TA 3AVMA 5AQMA 4PY5A 4BR4A 3THYB 1RILA 2HSTA 4KTWA 4KH6A 5AQIA 4JK8A 4JKAA 3QETA 4BC4A 5I9EB 4YOYA 1JCEA 1HPMA 5M1KA 2JWLA 1L3VA 4CFAA 2Q0RA 3HI0A 5AQHA 5HP1A 4DTNA 4B3SK 1V4TA 3OYEA 3KD5E 2B6AA 4CECA 3VQDA 2HW3A 5DM7L 1TYQA 4LF5K 4F3OA 4WF9L 3CC2N 5DM6L 3MXJA 2IGIA 3ZETA 1NMNA 3QBWA 4DKWA 4CFCA 4A61A 4BREA 1DT9A 1OVYA 3DOLA 2CGLA 5BRDA 3NH1A 1XNRK 1XQSC 4DU4A 3DYAA 1QZ5A 3ITHA 4JKGB 3CJAA 4CEQA 3LDPA 4FM2A 1SZ2A 4I2QA 3MX5A 4DSIA 3ISNC 2XHBA 4WQ4A 1VQ7N 4M3XA 1IKXA 3L4QA 3CF5L 3VF2A 3S41A 1NKBA 4CJ3A 4Z4HA 4IO9L 4OLAA 4LSNA 1X1PA 3JS6A 3QMLA 4BROA 2PAVA 3AA4A 3LDQA 1RT7A 4N47A 1C1AA 4CHYA 4H0VB 4DR5K 4JI4K 5GAHP 4PHTX 5BN9A 5GIOA 2ASMA 4CHZA 1NK4A 4CK1A 3J7YP 4FVMA 1VQ5N 4DU3A 4LF8K 3A2FA 4JHDB 4BRGA 2QKKA 2YNGA 3C6AA 1J53A 4JI8K 4OGCA 4NCAA 4AQYK 4H0YB 5AQTA 1TKTA 3NHGA 4FLWA 1VSJA 2OPRA 3C6UA 1TUYA 2P9KA 2FBTA 3TR8A 3S3MA 1NNEA 3G6EN 3MWTA 1E4FT 3AY9A 1HNZK 1VK0A 2HOEA 3CQXA 4FM1A 4FJGA 3G71N 1HQUA 3MN5A 4EP4A 5FPDA 4MDAA 5CR4A 3NF9A 4JI2K 4DMNA 4DV0K 3MMVA 5AQWA 4H5RA 4H4OA 1OKJA 4FLYA 3MXIA 1BCMA 4AM7A 5ADXA 4WCEL 5HRPA 1YJ9N 3ZT2A 4FK0A 3ZT0A 4BGAA 3QEXA 1XI1A 4DTJA 4FWLA 4OKEA 4IOXA 4KRFA 1SL1A 2UXDK 2WONA 3ATVA 5C42A 4KBOA 3NDKA 4K8XA 3VQBA 3L8BA 3CCLN 2O8CA 1W7AA 4DCHA 1VHXA 3LANA 3IKMA 2YNIA 3G4SN 3A5NC 2X74A 4KHYA 3MDQA 1D8YA 2IOCA 3TAPA 1RNHA 2FF6A 3F5TA 4KTZA 3LL3A 3HM9A 5GAGP 4AILC 1Q9YA 4CJPA 4O55A 5HRRA 4B08A 3KLHA 1I39A 3THVA 5A2QO 4LH5A 4FJ5A 2QK9A 2P9KB 3LP1A 4DQQA 4EZ6A 3ZX0A 4CK3A 1S1XA 2WTUA 3SBTA 3V9XA 3NE6A 4ID5A 1YHQN 1KTQA 3ALYA 3EZ5A 1XNQK 3CFOA 4W5RA 3ZT1A 1L5UA 4DTMA 3VGMA 2QWRA 3NGYA 1U4BA 1NGJA 4B9SA 1CZBA 3O9SA 3CCUN 1QHAA 2FSKA 4DR2K 4FWRA 2F96A 1IG8A 3AVNA 3RR7A 4ELUA 4M3WA 2YV0X 2Z1JA 2VGMA 4DG1A 4DTUA 4IFVA 5AQFA 4Z4EA 1GLDG 5JLHA 2WOMA 1RDWX 3HRGA 3LM2A 4EAHD 2GEMA 3JSMA 2GWKA 3KLIA 4TSXA 4A5AA 3CHWA 2O8CB 1LAWA 3MN9A 1NMDA 3T69A 3AVIA 4B9QA 1QSLA 2E2NA 1MDUB 1NK7A 3VN5A 3WNFA 3PLAA 5KRTA 2YKMA 1HYVA 4JLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KQS M;  1ILY A;  4WCE L;  3PIP L;  1YJ9 N;  5JVG L;  3CPW M;  3CCV N;  3OW2 M;  3CCM N;  1VQN N;  5DM7 L;  1Q86 O;  4WF9 L;  3CC2 N;  1JJ2 M;  1M1K O;  1VQ9 N;  5DM6 L;  3CCL N;  3DLL L;  1VQ4 N;  1VQP N;  4IOA L;  1N8R O;  3CD6 N;  1VQO N;  2ZJR L;  1VQ8 N;  4IOC L;  1OVY A;  3G4S N;  1YJN N;  5GAE P;  3CXC M;  3CCS N;  2ZJQ L;  3CCQ N;  1Q81 O;  1K9M O;  1S72 N;  4WFB L;  1M90 O;  5HL7 L;  1YIT N;  5GAD P;  3PIO L;  3CCE N;  5H1S Q;  4U67 L;  5GAG P;  1QVG M;  1VQ7 N;  3CF5 L;  1VQ6 N;  4IO9 L;  2QA4 N;  1YI2 N;  3CME N;  1Q82 O;  3CCR N;  4WFA L;  3CCJ N;  3J7Z O;  2ZJP L;  5GAH P;  3I55 N;  1KD1 O;  1QVF M;  3I56 N;  1VQ5 N;  1YHQ N;  1VQL N;  1K8A O;  3CC7 N;  1VQM N;  1VQK N;  1Q7Y O;  2QEX N;  4WFN L;  1K73 O;  1YIJ N;  3CCU N;  1YJW N;  4UY8 O;  3G6E N;  1KC8 O;  5JVH L;  3CC4 N;  1W2B M;  3G71 N;  3CMA N;  1NJI O;  5MLC Q;  2OTL N;  2OTJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DXM B;  4CEB A;  5AQS A;  4DR3 K;  4JI0 K;  4GY2 B;  1Z05 A;  1NKC A;  3H45 C;  4Y0W A;  5J2M A;  3HVT A;  1U45 A;  2O8E B;  4DFP A;  4EP5 A;  3SAF A;  2ZD1 A;  2VQF K;  3V9W A;  2GUP A;  1TUU A;  3VQ6 A;  4BRK A;  4FCY A;  1X9S A;  4FZZ A;  1CLQ A;  4C8N A;  4CJ4 A;  2V51 B;  4M63 C;  1M1K O;  3D2F A;  3UKR B;  2HHW A;  3VTH A;  2E2O A;  4F9O A;  2XY6 A;  4MO5 A;  1E4G T;  3GL1 A;  4CHO A;  4ZHR A;  3VTI A;  3MXM A;  3BDP A;  3ZSY A;  3MK6 A;  4J2D A;  4L3Q A;  3CCQ N;  4H0P A;  2RPI A;  4FL9 A;  4K42 A;  1KXP A;  2VWB A;  5GAD P;  3EKS A;  4CZE A;  1NOY A;  3TAM A;  1NGF A;  4Z0U A;  4F3T A;  3HOS A;  5BRF A;  2QA4 N;  2GX9 A;  3TTC A;  2X78 A;  3V6D A;  1RBV A;  4FJL A;  5FDL A;  4OPA A;  1FW6 A;  3TU5 A;  4BRC A;  5EXW A;  3I56 N;  4BC5 A;  1U47 A;  4CZG A;  4EZ9 A;  1OH7 A;  4C23 A;  4H5V A;  4E7L A;  2Q36 A;  1XMO K;  4CZJ A;  1BI4 A;  3K9J A;  1H1V A;  2YHA A;  3EL2 A;  2HND A;  2P9U B;  2YJE A;  3HBT A;  1BOT O;  3AGK A;  3EYZ A;  1JXB A;  1J6Z A;  1XC9 A;  1QQO A;  4BE2 A;  1J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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