3CMSA

Engineering enzyme sub-site specificity: preparation, kinetic characterization and x-ray analysis at 2.0-angstroms resolution of val111phe site-mutated calf chymosin
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
323
structure length
320
Chain Sequence
GEVASVPLTNYLDSQYFGKIYLGTPPQEFTVLFDTGSSDFWVPSIYCKSNACKNHQRFDPRKSSTFQNLGKPLSIHYGTGSMQGILGYDTVTVSNIVDIQQTVGLSTQEPGDFFTYAEFDGILGMAYPSLASEYSIPVFDNMMNRHLVAQDLFSVYMDRNGQESMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTVQQYWQFTVDSVTISGVVVACEGGCQAILDTGTSKLVGPSSDILNIQQAIGATQNQYGEFDIDCDNLSYMPTVVFEINGKMYPLTPSAYTSQDQGFCTSGFQSEQKWILGDVFIREYYSVFDRANNLVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHYMOSIN B
publication title Engineering enzyme subsite specificity: preparation, kinetic characterization, and X-ray analysis at 2.0-A resolution of Val111Phe site-mutated calf chymosin.
pubmed doi rcsb
source organism Bos taurus
total genus 83
structure length 320
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.4: Chymosin.
pdb deposition date 1990-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cmsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cmsA01
3F9QA 5OZEA 3WZ8A 2OHKA 5P3QA 1HSIA 1W6HA 4DJPA 1LYWA 2HPEA 3PJ6A 1W6IA 2Q5KA 3KF0A 3BVBA 4ZPEA 1BBSA 5P7KA 2O4PA 4GJCA 5JODA 2H6TA 3Q3TA 1B6PA 3K5FA 4CPXA 4FRJA 4Y51A 4GJAA 1Z8CA 4EP2A 1EPOE 2RKFA 5P6DA 5P2HA 5P6JA 1M0BA 5ENKA 2RSPA 2ZE1A 1NH0A 1LF2A 5P42A 5COOA 1CMSA 4Y4BA 5P66A 5DQ4A 5P5KA 5P54A 4Y43A 4Q1NA 5ER2E 1GKTA 3PLDA 1HTRB 5P38A 1OD1A 5OYRA 3WZ6A 5P1JA 5P2ZA 3EBZA 4NJTA 2R5QA 4PZWA 2IENA 5P8CA 4EYRA 4D88A 2PSGA 4UPJA 1NPVA 5OZDA 5OZHA 2G1NA 2VIJA 2RKGA 3HAWA 4J1HA 5P1EA 4Y3DA 4RROA 5P5TA 5P67A 3EKPA 4CPUA 4ZEAA 1AJVA 5OZ5A 5P55A 5P05A 5P71A 4DQCA 5P22A 3INHA 1KZKA 4BFDA 4CPQA 3O9EA 3ZKGA 1HRNA 5P5NA 2HS2A 3EM3A 5P8SA 2FDDA 3BUGA 3FSMA 2AQUA 4K8SA 3S54A 3VF3A 1ZPKA 1B6LA 4YE3A 2QI1A 1C6YA 4H3GA 1MRXA 5P7AA 3URLA 3R0YA 3UDKA 4PZXA 4FE6A 4DPIA 3N3IA 4DJOA 1XL5A 1HVRA 2QI3A 3UQXA 1K1UA 4YD6A 5IVQA 2G94A 3NYGA 2FDEA 3HAUA 5P09A 5P44A 3ST5A 1EPRE 5OYSA 1EPME 4LXKA 3ZMGA 4RRNA 2HC0A 5OZZA 1IVPA 5P37A 5KQYA 4DQEA 5P0EA 3UHLA 4Y3LA 5OYZA 2AVMA 3OAGA 3IGBA 4WY6A 5P45A 3CICA 2VJ6A 4R93A 1EC3A 2NNPA 3B7VA 3OWNA 5P2QA 5P7OA 3ZPUA 4ZLSA 4XX3A 2HM1A 5P5AA 1A30A 5P4KA 3RSVA 2PYMA 5P87A 5OZJA 3NDWA 1TQFA 1SDVA 3QS1A 5SY3A 2F80A 4EXHA 4RCFA 2IRZA 2G1OA 2B7ZA 2AVOA 4RCEA 3GGXA 4YBFA 4CMSA 5P6CA 5TOLA 4DQHA 3ECGA 3ER3E 2QP8A 3SA9A 3UDHA 4AZYA 1MT7A 1ZBGA 4EHCA 3G72A 1LF4A 1G2KA 1MERA 2MIPA 2QI0A 4GJDA 1GVXA 4GJ8A 3MSLA 5OZKA 2FLEA 2VIYA 5OZPA 4A6CA 3VSWA 2VA5A 3KDCA 3OU3A 5P6RA 1PPLE 5P5GA 5OZ4A 5P4SA 5P6TA 3S7MA 5C9FA 1SMEA 1MTBA 2BKTA 3BUFA 5AH9A 5P1YA 4LAPA 1EEDP 3SFCA 4J54A 3KFPA 5P0BA 5P68A 5P39A 4OBHA 5P8AA 3IXOA 4GMIA 1TSQA 4Y47A 5P4YA 2PC0A 3LZUA 4ZSQA 5SY2A 4OD9B 5PEPA 1YTGA 4JP9A 5DPZA 1TZSA 5P7NA 3A2OA 5P65A 1IZIA 4L7GA 5HDUA 3BRAA 3TNEA 5OYQA 5P46A 5P28A 1LYBB 2AOIA 5P6WA 2A4FA 1ENTE 5P4OA 4TRYA 3INFA 2G24A 2Q63A 4TRWA 3Q5HA 3PBZA 3BXRA 3OTSA 3TLHA 4L6BA 2J9JA 4Y3AA 1MSMA 5P7PA 3K5GA 5P64A 3ZKNA 1MTRA 4QJ8A 1J71A 5P7JA 1JLDA 4H3JA 2WF3A 3GGUA 1GNMA 1FEJC 1SDUA 2G26A 5P8JA 2CENA 5P61A 4OBDA 2I4VA 1IZEA 3ZPSA 1IVQA 3TOGA 1HXBA 4F73A 4Y3GA 3SM1A 3KMYA 3D20A 4XX4A 4Y38A 4MC2A 5COKA 2JJIA 4ER1E 2G69A 5P8MA 5OZGA 2QNNA 1F7AA 3OXWA 3I6OA 1MT9A 5P59A 4DJQA 1W5YA 5OYXA 3GI6A 1G6LA 5HU1A 5P7QA 3HDKA 4DH6A 4JPCA 1N49A 3OU1A 3VLAA 3FNUA 2I4WA 5P36A 4R8YA 4D85A 2Z54A 5P3AA 3MSJA 3LPKA 3PI5A 5C9DA 2QZKA 1YTJA 3L5DA 3K5CA 4Y41A 5P5WA 5ER1E 2FNSA 1OHRA 5IS4A 2AOJA 5P24A 4DQGA 3DUYA 3JVWA 4FAEA 1AAQA 5HE5A 1HOSA 2OHLA 2B8VA 5P1UA 5I3WA 4OC6A 4EPJA 3SABA 3TPLA 1GNNA 4BELA 2ZDZA 5P8DA 5P0GA 5P7XA 1YG9A 4RCDA 3QRSA 5P0QA 2R9BA 5HCTA 4Y5NA 2JXRA 1APTE 1QDMA 3EKXA 2R3TA 1G35A 5OZ2A 2FGVA 3EM6A 2V13A 2QNPA 4IVSA 1T7IA 2BPXA 2PWRA 3EKWA 3NXEA 4HEGA 4CP7A 2P3BA 4B70A 1K6CA 3WB4A 1C6ZA 5P19A 5P30A 5AH6A 2ZJKA 1PFZA 7HVPA 5SXNA 3Q70A 2FXDA 4RYCA 4I0DA 4ZIPA 5I3YA 3SA3A 1PSAA 2ER7E 5DQCA 3JW2A 5OZTA 5P1DA 3JVYA 5P0HA 3U71A 3SKGA 3KT5A 5P3DA 5P0JA 5P3WA 2AZBA 5P48A 1HPSA 1K2CA 3MSKA 1HVHA 3NDTA 2FS4A 5P47A 2PSVA 3MWSA 4COEA 3ZOVA 5P0PA 3L5BA 3MXEA 5P6XA 2AOEA 5P6GA 5P7FA 3S53A 1XN3A 2BB9A 5P1AA 1AM5A 5P2IA 4ZSRA 1ER8E 3UTLA 4AMTA 1ZAPA 3LIQA 2ZJJA 5P6IA 1EBZA 5P0DA 5ISKA 5P2YA 3FX5A 1FQ6A 2QHZA 5P8TA 4A4QA 3S7LA 5P02A 3D1YA 3LINA 5P89A 5P0KA 2XYFA 3SA7A 4Z22A 3L59A 4Y56A 2R8NA 4J1EA 1XE5A 5OZRA 3LZYA 2FIVA 4J0PA 5P2FA 1PSOE 1W5VA 2VA6A 5P77A 2OHNA 5OZ3A 5P6ZA 3L5CA 2QI4A 5P63A 1AVFA 4DJRA 5IVTA 1HVIA 3R4BA 5P23A 4KB9A 5P1BA 4FRIA 4EJ8A 4Y3FA 4J1FA 3KM4A 3KYRA 3PMUA 5P7MA 3IXKA 5P0FA 3QI1A 1A8GA 4Y57A 3BXSA 2ZJNA 5P29A 5P7CA 5P0CA 4H3IA 4B1CA 2V00A 5KQZA 5P0AA 1KJFA 5OYWA 4D8CA 3TPJA 3K1WA 5P7RA 4L7HA 2AIDA 4Y3RA 2HAHA 3O9BA 4OBZA 3BGCA 4Y3YA 4I8ZA 3I8WA 4EWOA 1HVKA 1B6JA 1BDQA 1HWRA 4YDFA 1GVWA 5P7LA 5P12A 1GVTA 4MC1A 3NLSA 5P58A 3L38A 1IZDA 3OAGB 4DI2A 3EL9A 3UQWA 4Q1WA 1HSHA 3QBHA 2VJ9A 5P0XA 1QRPE 4DJXA 1D4LA 4Y5GA 2JJJA 4ACXA 4L1AA 2HB4A 3T6IA 4S1GA 5DR4A 3OOZA 3UF3A 4LC7A 4I11A 4RLDA 5P5QA 2V0ZC 5P2GA 4LXMA 2HS1A 3PVKA 4Y5EA 3KT2A 3OQAA 1EAGA 4Q1XA 5P8VA 4Z50A 4LL3A 2QMFA 5P8OA 5P6YA 3VF7A 3OQKA 1APUE 2B42A 2OAHA 5P20A 4N00A 1NPWA 1FFIC 5P33A 3OTYA 2NXMA 4LBTA 5P6QA 2G1SA 4DQFA 4PHVA 4Y3WA 3QBFA 5P74A 3KA2A 3PI0A 1A94A 5OZ0A 3SA4A 3URJA 5P78A 2BBBA 5COPA 3UCBA 3ZKSA 4EQ0A 1A9MA 4B1EA 3APPA 5HCOA 3OK9A 5P4AA 1FQ4A 3OQFA 2QD8A 5P43A 1XS7D 3LNKA 3I7EA 5SZ9A 4FM7A 5FIVA 4GJ6A 5P3TA 1QBRA 1TCWA 5OYVA 3ZPTA 5AHCA 3VYFA 1GNOA 2NR6A 1HPOA 4Y5LA 1IBQA 3LIVA 5OZLA 2QZXA 3PGIA 2ZHVA 4K9HA 3KDDA 5KR1A 3G6ZA 2PSUA 3S56A 3SACA 3BC4A 5P6EA 3PBDA 3HD8A 3VF5A 1YM4A 3OU4A 2Q11A 3CMSA 5E5JA 3MXDA 2ASIA 3NU3A 2AZ8A 4J1KA 1FMUA 5P1TA 2IEOA 4HLAA 5P3EA 4Y4JA 1HBVA 5P4ZA 4I8WA 5P11A 1YM2A 1APVE 1ZP8A 3VCMA 5P50A 1HIIA 1SIPA 3L5EA 6FIVA 2IQGA 3EKTA 4YCYA 3UDRA 1XN2A 2QMGA 3O9AA 3O9GA 1DW6C 1XL2A 3S43B 1C6XA 4CPRA 1E80E 2PK6A 4QJ7A 4Y4ZA 1RL8A 5P8EA 3PWWA 2WEZA 1HEFE 3OUAA 2UPJA 2VNMA 1HSGA 3AIDA 2XFKA 1DMPA 3OUCA 5OZ1A 5KR8A 5P15A 2VJ7A 5P4MA 1BVGA 2PYNA 5APRE 2G1YA 2NPHA 4QJAA 2WKZA 1FQ7A 5P6SA 3LIZA 4Y4DA 2IGYA 3H0BA 5P3FA 5P1WA 1LZQA 1T6EX 5P1NA 1BV7A 1CPIA 1MRWA 4K4QA 3NU9A 3OU1B 1W5XA 2WF4A 3CKPA 4RZ1A 4QLHA 4Y5AA 2UY0A 2XFJA 5P3CA 1NPAA 2Z4OA 5P14A 2B8LA 1HVJA 4Y50A 3DM6A 3ZL7A 2QNQA 1HTEA 3OADA 5P31A 5P8RA 4DJWA 5P00A 4FS4A 3S2OA 5P4GA 5DQ5A 5CONA 4CKUA 3LITA 5P6VA 4Y6MA 5P03A 2AOGA 4OC6B 5P4VA 3SAAA 4PEPA 1ODXA 5P2VA 3L3AA 2I0AA 1FG8C 5P4EA 4EQJA 5DQ1A 4EJDA 4Y4WA 4HDPA 5OZMA 2I4DA 4B0QA 5P8IA 5P13A 1BDRA 3QAAA 4Y3PA 3NUOA 2HB2A 4I0GA 5DR1A 2QI7A 3O9LB 1EC0A 9HVPA 3HBOA 3DJKA 5P0WA 3NUJA 5P75A 4J17A 1IDAA 5P5MA 2ER6E 2PMAA 3SM2A 3T7QA 3DCKA 2P3BB 4PYVA 5P2AA 3S8IA 5P2JA 3UDMA 5HE7A 2RENA 5DQ2A 4Y36A 1MESA 1SDTA 1ZLFA 2UXZA 4FRSA 4NJUA 5I3XA 3L58A 3G70A 5P3NA 3URIA 3VUCA 2FNTA 3LIYA 1LF3A 1M4HA 1WKRA 2H6SA 5P6OA 4RRSA 3ZKQA 1Z1HA 3PCZA 5P32A 1Z1RA 5P79A 3RU1A 5HVPA 3VYDA 3T7PA 3QP0A 3T3CA 5P4WA 2O4NA 5P86A 2AOFA 4FSEA 1BV9A 1SMRA 4Y3TA 4YHQA 5P1ZA 5OZNA 3TH9A 5DR3A 3IVHA 2NNKA 2O4SA 5P2DA 2WECA 4A6BA 4GJBA 1HVSA 1TW7A 4Y54A 4NPTA 4ER4E 3KFNA 1B5FB 2HPFA 3OHFA 1HIHA 5P4RA 4Y3JA 3D1XA 1HVLA 1RQ9A 2OHPA 2OHQA 5P10A 4FM8A 5P1VA 4HDBA 5P0RA 2QU2A 3QIHA 2VIZA 3GW5A 2WF2A 3PCWA 5P5LA 5DGWA 3SA6A 5BRYA 1KJHA 5P5HA 2ZHTA 5IE1A 1EBYA 5P2RA 2QK5A 4CPWA 2QU3A 4Y4XA 4DJVA 5P5BA 3R1GB 3LIXA 4GIDA 5CLMA 1HXWA 2ZHRA 1D4YA 2BQVA 5AGZA 2JYSA 2WL0A 2OF0A 4YD3A 4PPHA 2IGXA 4B72A 3O99A 4FLGA 5P8FA 2G22A 3LZSA 5P1HA 5OZXA 2PH8A 5I3VA 1A8KA 3TL9A 2Q3KA 5P7WA 4J1CA 2PWCA 4DVFA 2QI6A 5P6NA 1MPPA 3HZCA 1ME6A 3DV5A 5P83A 1YTHA 1FMXA 5OZ9A 4EJLA 3VV7A 5P3IA 3RTMA 1CZIE 3QRMA 4I0EA 2O4KA 1FG6C 1HTGA 1OEXA 3VG1A 4JOOA 1MT8A 5P3YA 5OZ7A 5P5IA 2EWYA 1QBUA 5P2MA 5P69A 5P6LA 1LYAB 4H1EA 5P3MA 1LYBA 3DV1A 3LZVA 4GZFA 3Q4BA 5OYUA 3UDNA 1FQ5A 5DR7A 4F76A 4Y3EA 4DPFA 4J1IA 4AUCA 1HEGE 5P25A 2BPYA 4GJ5A 4Y3XA 1GVUA 1D4JA 1XDHA 3CIBA 4OBKA 1LYWB 1K1TA 4DFGA 3KFRA 2WEDA 5P6AA 3INDA 4L1AB 3SO9A 3T7XA 4I0JA 4Y3HA 5OYYA 2R5PA 1HPVA 4AA8A 5P3PA 2O40A 2FMBA 4HVPA 5P34A 5T4SA 4J5JA 1FQ8A 5P3GA 3ZLQA 1FB7A 1FQXA 3ZKXA 4I10A 4HE9A 2IL2A 3OGPA 2V16C 5P5CA 5P7TA 4GJ9A 2PQZA 4L7JA 5P4PA 5E5KA 2G1RA 4ZSPA 1HIVA 3M9FA 3QPJA 1BXOA 2I1AA 5P2OA 4E43A 5OZQA 1BVEA 4MC6A 2NXLA 1EPPE 5P2LA 5P4IA 3R0WA 4TVGA 1UPJA 5P0TA 2ER0E 2IKOA 5P2SA 4J55A 1OEWA 1DPJA 2OHUA 4I0ZA 5P3HA 1QS8A 4DJUA 3TTPA 2ANLA 1TCXA 1K6PA 3LHGA 4B1DA 3EKYA 2G27A 5P2TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F9Q A;  5OZE A;  3WZ8 A;  2OHK A;  5P3Q A;  1HSI A;  1W6H A;  4DJP A;  1LYW A;  2HPE A;  3PJ6 A;  1W6I A;  2Q5K A;  3KF0 A;  3BVB A;  4ZPE A;  1BBS A;  5P7K A;  2O4P A;  4GJC A;  5JOD A;  2H6T A;  3Q3T A;  1B6P A;  3K5F A;  4CPX A;  4FRJ A;  4Y51 A;  4GJA A;  1Z8C A;  4EP2 A;  1EPO E;  2RKF A;  5P6D A;  5P2H A;  5P6J A;  1M0B A;  5ENK A;  2RSP A;  2ZE1 A;  1NH0 A;  1LF2 A;  5P42 A;  5COO A;  1CMS A;  4Y4B A;  5P66 A;  5DQ4 A;  5P5K A;  5P54 A;  4Y43 A;  4Q1N A;  5ER2 E;  1GKT A;  3PLD A;  1HTR B;  5P38 A;  1OD1 A;  5OYR A;  3WZ6 A;  5P1J A;  5P2Z A;  3EBZ A;  4NJT A;  2R5Q A;  4PZW A;  2IEN A;  5P8C A;  4EYR A;  4D88 A;  2PSG A;  4UPJ A;  1NPV A;  5OZD A;  5OZH A;  2G1N A;  2VIJ A;  2RKG A;  3HAW A;  4J1H A;  5P1E A;  4Y3D A;  4RRO A;  5P5T A;  5P67 A;  3EKP A;  4CPU A;  4ZEA A;  1AJV A;  5OZ5 A;  5P55 A;  5P05 A;  5P71 A;  4DQC A;  5P22 A;  3INH A;  1KZK A;  4BFD A;  4CPQ A;  3O9E A;  3ZKG A;  1HRN A;  5P5N A;  2HS2 A;  3EM3 A;  5P8S A;  2FDD A;  3BUG A;  3FSM A;  2AQU A;  4K8S A;  3S54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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