3CXCM

The structure of an enhanced oxazolidinone inhibitor bound to the 50s ribosomal subunit of h. marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cxcM00
1K8AO 2QEXN 1Q86O 1VQ7N 5GADP 1VQ9N 1KC8O 3CC4N 3PIPL 5DM6L 5JVGL 1VQ4N 2ZJRL 1YI2N 5GAEP 3I56N 2ZJQL 3G71N 4WCEL 5GAHP 3CMEN 1JJ2M 1VQ6N 1VQNN 1K73O 4WFAL 3DLLL 1KQSM 1ILYA 1KD1O 1K9MO 1VQ5N 3CCVN 1QVGM 1M90O 1VQ8N 4WFBL 3CF5L 5JVHL 4WF9L 4WFNL 1VQKN 4IO9L 3CCSN 1YHQN 1YJWN 5GAGP 4UY8O 1YIJN 1YITN 2OTLN 1S72N 1Q82O 1Q7YO 4IOAL 4IOCL 1VQON 3CD6N 2OTJN 5H1SQ 3CCMN 3CMAN 2ZJPL 5HL7L 3CC2N 1NJIO 3G6EN 1Q81O 1M1KO 3OW2M 3I55N 1VQMN 1OVYA 1N8RO 1W2BM 1YJNN 5MLCQ 3CPWM 3CXCM 3CCJN 1QVFM 1VQPN 3CCRN 2QA4N 3CC7N 3CCQN 3G4SN 3J7ZO 3CCEN 1YJ9N 3CCUN 1VQLN 4U67L 3PIOL 5DM7L 3CCLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QEXN 2P9LA 2D0BA 4CZFA 3MXIA 1NKCA 3HPHA 4H5RA 5GADP 4XH4A 3ZX2A 3O9RA 3OJSA 4FJIA 4JEPA 3ZEUA 1QQNA 2YI1A 4B3RK 1LW2A 2I5JA 3THYA 4M45A 1IKXA 4RW4A 3K57A 1VQNN 1RDBA 4IO8A 4DR1K 4KTQA 3QO9A 3VN5A 4CGFA 5KTQA 1KQSM 3D0PA 3THXA 4FK0A 5AQFA 5ADXA 3B6OA 2WBNA 1Z6RA 1GLLO 3AVJA 3K9JA 4IFVA 3VETA 1HQEA 2CGJA 3RMAA 1N33K 4DQ8A 3PV8A 4GW6A 4EHUA 3QNNA 1QTMA 3CETA 1NGEA 4NCGA 4B08A 1YTAA 4FSVA 2O4GA 4A61A 3CCSN 2QWLA 3V9XA 1QSLA 4C23A 4DWIA 5LL6Z 1JLGA 1VSEA 2R7YA 2E2QA 4BREA 1NK7A 5KPZA 1GLJO 4CZLA 1Q9YA 4FM1A 3SYZA 4YDUA 4M3UA 1HRHA 4MDBA 2GUPA 3VTIA 2QW9A 2HHSA 4GVMA 1VAZA 5BN8A 3LPTA 4DTPA 1N36K 4CJUA 2YHYA 5LJWA 4IFEA 1ZBIA 1QZ6A 4BC5A 4B1UB 3NVMA 3CD6N 4CF9A 1YTUA 5AQOA 3I8DA 3EKUA 3VQ4A 4QCLA 2O8BA 2E2NA 2E6LA 3M3ZA 4FOEA 1C0GA 1WSIA 4H0XB 3HYFA 1NJWA 5HROA 4DU1A 1C1BA 3LAMA 1QQMA 1QVFM 2KZMA 1S3XA 4BWJA 4FJ5A 3UB5A 5AJ3K 5E84A 3KTQA 3T1YK 4DV5K 4E7HA 3CCEN 4B9MA 1L5UA 2UXCK 1HJRA 4DR6K 3P38A 4JN4A 3FLCO 1MA9B 4PKGA 1OH6A 4FZXC 4M7YA 3AGRA 1NK6A 5AQJA 2LSNA 1O1WA 5HLFA 5K14A 4FLYA 4B8AB 3ZETA 4DU3A 3GBTA 3C95A 4KAZA 3QESA 2RE2A 1GLEG 1IH7A 2F9TA 1FJGK 5LY3A 4CFAA 3KJVA 2OZSA 4BGBA 1P8ZA 3KD1E 3QNOA 1TK5A 4PKIA 4BRLA 3ZSRA 4DTSA 3AVMA 4DV2K 4BRDA 4FLZA 3RWUA 1FXXA 4DMNA 4H0YB 1S1WA 3BGRA 4H8KA 2QWNA 2ZF5O 3OYFA 4EP4A 3D2EA 3NMUA 4W5RA 4C8LA 3OYNA 3CJCA 2JWLA 4CZIA 4DFJA 3SQ4A 2P9IB 3PX6A 1VSFA 3HXMA 1KCFA 4ELVA 3AVBA 2HF3A 4CF2A 3KK1A 4CJPA 5AQKA 1B92A 2G8VA 3MX2A 4Z4IA 2YHXA 4Y0WA 1N5YA 3TTDA 5AQRA 3O1BA 4B9UA 4BACA 3CI5A 2YKMA 2Z1IA 4JK7A 3DRPA 4CEOA 2V51B 3K0SA 3KHYA 2NRXA 4GMJB 4OLBA 3PO5A 3AA3A 3JXUA 3E9OA 2RKIA 4LF8K 4E19A 5IWAK 4QOZB 3CCQN 3ULEA 1WOQA 4B3MK 2QWRA 4AHSA 2ZGYA 4GVEA 4H0VB 3DLEA 1BDGA 3CCUN 1BCMA 4BE1A 4CECA 1E4FT 3V1OA 4R79A 4DUYK 1V4TA 4WQ5C 5EU7A 2HHHK 3U4LA 2E8AA 3FE1A 1GLCG 3U9ZA 2ZD1A 5J2QA 4CZEA 2I7PA 3LWLA 5DM6L 3K58A 3TI0A 1W0HA 1T7PA 1VSMA 5GAHP 2ITMA 3U3YA 4DR2K 3L2QA 3ID6A 4E1JA 3LL3A 2NZTA 3W3DA 3K5MA 3A5LC 3C6TA 1TKTA 3SPYA 5AFUH 3CHWA 1ILYA 4RW6A 5FRNA 1MDUB 4TSXA 1X9MA 1TKDA 2A1RA 2G8FA 4EFHA 4CFDA 1TL3A 2HNDA 4BR4A 2DFEA 1YVUA 5C25A 5EX5A 3EYZA 1ZXOA 4IKFA 1B9FA 3NBPA 2YX6A 4F3TA 3C94A 4FO0A 1JL1A 2A6AA 3V4IA 1LCUA 3UKUB 2EX3A 3MCAB 2KLAA 4JKDA 3L6QA 4BDZA 4EAHD 3VQPA 5JLHA 2WOMA 4K0KK 1T03A 2Q36A 2GUIA 3D6RA 4XH5A 4JKEA 5E26A 1L3SA 4KHYA 2VWJA 2B6AA 3SQ1A 3NF8A 2OTJN 3ATVA 1SV5A 2P9LB 4LF5K 3KK7A 3G6EN 2EHGA 4JKHA 5JMVA 2IVOA 2CH5A 1JLBA 4M3RA 4DR3K 3O80A 3ZEUB 1ZC6A 2UUAK 2HHUA 4FWOA 3THYB 1RT4A 4KTZA 3LP0A 3EKSA 1FKOA 3G4SN 3J7ZO 4LH5A 5T7BA 3THXB 4KH5A 3VF6A 4IFYA 2QKKA 3J8AA 1YJ9N 4ISFA 1NK8A 1CXQA 3LDOA 1Y64A 4A59A 1KRPA 2HBJA 1DTTA 4KI4A 5JS1A 3HBTA 1T3VA 2XY8A 4YHHK 1FK9A 4H4OA 4HTUA 4CBWA 4ILGB 4NYNA 3M5RA 3O08A 2WFBA 4FWNA 1NGHA 2IDOA 2FSJA 4K42A 2A1SA 4Z94A 4LF6K 3LZIA 4MO5A 3A2FA 3C6UA 4NB4A 3F9KA 3OBWA 4IG3A 4JHDA 5KPRA 2DTUA 4RTFD 3ENHA 1U45A 3SCXA 4JI1K 4FLWA 1VQ8N 4Z4GA 3C65A 2O8BB 1NKBA 5IT9O 1REVA 1ATRA 3ENBA 1XC9A 4JAXA 2VQEK 3LALA 2Z1JA 4BC3A 2V7ZA 3NE6A 1EP4A 1KAZA 1BGXT 4KTWA 2GX9A 1YJWN 4G9ZA 5FPNA 3KLIA 2ZGZA 3ZSYA 1UA0A 4FL9A 1NK5A 2O8DA 2NRVA 2YHWA 1XQSC 3K5LA 2OPQA 1NWKA 5SWMA 4PA1A 3ZSWA 1HX1A 3AO1A 4C8KA 1VQON 4NLCA 4IDHA 3OTOK 3QFUA 3F9MA 1E3MA 1D9DA 3DRRA 4FWPA 3WNHA 1RBRA 1BA0A 4X66K 3AA5X 3UKRA 3SUQA 1I39A 2F96A 1KVBA 5AQIA 3ULDA 2IVPA 3LZJA 2O8FA 1VQMN 3HT3A 1WLJA 3VENA 3QEPA 4B9TA 2W6LA 3QDKA 1VRTA 2G8HA 5F2RA 1S9GA 1WBBA 3H1VX 1TUUA 4CK2A 4C8OA 4A2BA 4DV6K 4FM2A 4ICLA 1X3MA 4F2SA 3HZ6A 2X78A 4F3OA 1GOAA 2PY5A 1NJZA 4HUFA 3CC4N 3TWHA 3SAGA 3AV9A 4DSFA 2NRRA 5AQXA 4CFBA 1KTQA 4CJQA 2VCPA 3D2EB 3HSTB 3O9UA 5CR4A 4JLHA 3AVLA 3GOIA 1TAUA 2YV0X 1U6ZA 4FWRA 4O0IA 1U2VB 2HHQA 2QM1A 3G10A 3VTHA 5KPTA 3PY8A 1FW6A 1IJJA 1HJOA 1U04A 2RF2A 4DTOA 1QVGM 3ZX3A 4BR0A 3FR0A 4FJXA 3AVIA 2WTUA 4KHUA 5JVHL 4DG1A 2HOEA 1GLFO 2NRTA 3ISNC 1K6YA 3WXJA 4B1XB 5C10A 4FXDA 2P9PB 4HTLA 1VSKA 2QWPA 4N41A 1RCHA 5ADXH 4FLUA 2FBVA 4LF7K 1XHXA 3T3FA 4IJAA 3TSPA 1RTIA 3CQXA 1S1UA 5F0XA 2GWKA 4CJRA 3AAPA 4JI7K 4K8XA 3NGYA 1YUWA 3TANA 2E2OA 4GKKK 3MXJA 3WUHA 2YNFA 3NF9A 1YXQA 2VG7A 3SV3A 5FPDA 4Y1DA 4WE1A 3F73A 1XMOK 2RPIA 3IAYA 4GV3A 3RMBA 4JI8K 1DLOA 1H1VA 2WC9A 3AAQA 4EZ9A 5BN9A 1U47A 1JCFA 2KW4A 3L2VA 3LM2A 2DY4A 3QBWA 3IS9A 4JNEA 4OLAA 3T1HK 4FZYA 1HUXA 3RR7A 4M41A 5HRSA 1HQUA 2P9NA 3CIPA 5C2FA 3P39A 1JCGA 2BTFA 4B3TK 4BRCA 3C6HA 5JS2A 4PWDA 4IDKA 1O13A 4DTUA 3CM5A 1C0TA 3M8SA 3E1YA 1KC8O 4FJMA 4CZJA 2V7YA 3O9TA 1IKWA 1DTQA 1JXBA 3FFIA 3TABA 4IOXA 1VHXA 5AQSA 4DUZK 1WAFA 3LPUA 4B1VA 4FJKA 4WQ5A 2E1YA 3QFPA 4Z4EA 4WFAL 5FLXO 3ZSZA 4F9OA 4DKWA 4N5SA 5BRDA 3ZSVA 3AVNA 4WQ4C 5AZIA 1VQ5N 4BRAA 1LW0A 4O8UA 3OYLA 3DLHA 4KHWA 3D7EO 4BRMA 3VEVA 2VG6A 1R0AA 3MCPA 3OY9A 4FJNA 4CESA 4E7KA 2KTQA 4AHRA 4KHNA 2OTLN 1SAZA 4U7BA 3K2PA 3HOTA 4KH4A 2X6NA 4IXCA 4AHVA 1Q7YO 3SK3A 2YNGA 5A2QO 4BRQA 3NGZA 3P5JA 3P83D 4IEIA 4DTMA 4IOAL 3Q7BA 3CFOA 1GOCA 3PX0A 3OYHA 3AVAA 3ZSXA 4HVJA 2W6KA 3IKMA 4LH4A 1L3VA 1KSPA 4H0TB 5H1SQ 3OYJA 3E01A 3NHGA 1W97L 1XNRK 4B3OA 2PAVA 1OVYA 3NH0A 4JD2A 4IWVA 1RT6A 5GIOA 4CCHA 3G0ZA 3AVHA 5DK5A 1NGIA 3QINA 2FXUA 3ZSOA 4Z4HA 5F1XA 4O8KA 4NYFA 3DLRA 3VERA 2F8TA 2HBMA 2QXFA 3H3NO 4W5QA 3M8PA 3VEZA 4JHDB 1CZBA 2P9KA 1Q18A 3P1GA 3KLEA 2DPNA 1RDUA 3MWTA 4DQQA 3OYDA 1KAYA 2FBYA 3FZLA 2BH1A 1ZBSA 1XNQK 1QE1A 1VQ7N 4CHYA 3NF6A 4H4MA 4CBUA 5JVGL 3MN5A 3SJHA 1YI2N 2OANA 3CYMA 3O9SA 1VSDA 4JKBA 2ZJQL 4J2AA 2O8DB 3ATUA 3O9QA 5M1KA 4FM0A 4OVLA 1WSJA 3DLKA 2D0PA 1CLQA 3BEXA 3LAKA 1BI4A 4CF0A 1N34K 1JXEA 4N56A 1SUQA 1NGGA 3HSCA 1U48A 4KV8A 4V19S 3L0QA 3VQ8A 4W5TA 2W40A 3UKRB 2JLEA 4X64K 4MLHA 1SL2A 2E1ZA 3SUPA 4BQLA 3NF7A 3V1QA 2O8FB 4JK8A 4BRHA 1KFDA 3F5TA 2KKZA 1QSYA 4OKEA 4FVMA 1K8KA 3EEQA 1C0MA 3P4IA 2UUCK 2VQFK 1TV6A 4CJEA 3EE8A 3KZBA 4J8FA 3AA2A 5FPEA 4ID5A 1NOZA 4JYAK 4E1MA 4LF4K 3LANA 2FSNA 3GDQA 2ASMA 3V9ZA 4DSLA 2Q0UA 3UIQA 2VGMA 1NMNA 3SJJA 3VQ6A 1RTDA 3C6AA 4CJVA 1NKEA 1IO2A 2HSTA 4CGDA 4CJFA 1SKRA 2H3GX 4CE9A 1NGFA 1OH8A 3TSQA 3O3FA 4DV7K 3TU5A 4QS8A 3CJ9A 2Q0RA 3LDNA 4LFBK 3AO2A 3AA4A 4ILHA 2Q1NA 4KFBA 2IGIA 3BZKA 3VQQA 3HJFA 4BRIA 4M7XA 4M42A 3SUNA 3EL2A 3O8MA 4DV0K 3A5NC 1X9SA 3SBGA 1JLCA 2OYQA 3VA3A 1RBSA 3WXLA 1CZ9A 4LY7A 3OJUA 3VQBA 3SZ2A 1VQLN 3H3OB 4C1NK 3OYGA 4HCBA 3LM9A 1K8AO 3WXMB 4DTJA 1A5VA 3H46O 4O44A 2A5XA 3KIOA 4FJ8A 4YOTA 3QEWA 3KWIA 4N47A 3MK6A 4GV9A 4Y1CA 1UOCA 4J2BA 4YFUA 3C7NA 3KLGA 4AM6A 3O4QA 3NDKA 3ZLJA 4OGCA 1LWEA 5EOYA 1BU6O 1NMDA 1RDCA 2IS3A 2QXLA 4YOUA 5I42A 3TAGA 1F21A 3RVCA 4F2RA 1SZ2A 4LC9B 1N32K 2HVHA 4I6MA 1WN7A 1KLMA 4DU4A 1NK0A 2KQ2A 3K9KA 5J1EA 1VQKN 2QI2A 4CEFA 4DQIA 4IO9L 3HVRA 3MX5A 1HKBA 3DXMA 5KGXA 4M3TA 4DQRA 4JI3K 1YIJN 3LDLA 4JKFA 3DOLA 1RBUA 1NGBA 3D2FA 4MLEA 4ID1A 1BOTO 3ITHA 2A40A 2P9NB 4YORA 1BG3A 5AQHA 4IOCL 5J2PA 2HVIA 2D0OA 5FROA 3A8YA 3FZKA 2HNZA 4I7FA 2ZQBA 4HUEA 4BDPA 1KVCA 5CZ1A 2FF6A 2VWBA 1WSGA 2CH6A 5KQ8A 3OYAA 3KKSA 4DFPA 3ZSQA 5AQPA 2YHBA 1Q81O 4RW9A 5J2MA 5ELZA 2IC3A 1RT2A 4H5VA 4M63C 4BRFA 4CJWA 1HPMA 2A42A 4BWMA 2GEMA 5MLCQ 3NH1A 4CGIA 2GV9A 3THWA 3V1RA 3RSEA 2OCEA 3DRSA 3VGLA 3TAMA 4E7IA 1DGKN 2E5LK 4RG8A 2F9WA 1KFSA 1JKHA 3IDHA 4DR7K 4F4KA 3CJ7A 2DFHA 3T69A 1ASUA 4R5PA 1RBVA 2UUBK 3CPEA 3WNFA 2NRHA 3CCLN 3HVTA 2P9SA 4MDAA 3H45C 3QIOA 2PFUA 4CD1A 1BO5O 2A41A 4NXNK 3T19A 3U6FA 1VSLA 3HK2A 1QSSA 2ZE2A 3SV4A 4DV1K 2XO7A 3PSIA 1I3AA 4JS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K8A O;  2QEX N;  1Q86 O;  1VQ7 N;  5GAD P;  1VQ9 N;  1KC8 O;  3CC4 N;  3PIP L;  5DM6 L;  5JVG L;  1VQ4 N;  2ZJR L;  1YI2 N;  5GAE P;  3I56 N;  2ZJQ L;  3G71 N;  4WCE L;  5GAH P;  3CME N;  1JJ2 M;  1VQ6 N;  1VQN N;  1K73 O;  4WFA L;  3DLL L;  1KQS M;  1ILY A;  1KD1 O;  1K9M O;  1VQ5 N;  3CCV N;  1QVG M;  1M90 O;  1VQ8 N;  4WFB L;  3CF5 L;  5JVH L;  4WF9 L;  4WFN L;  1VQK N;  4IO9 L;  3CCS N;  1YHQ N;  1YJW N;  5GAG P;  4UY8 O;  1YIJ N;  1YIT N;  2OTL N;  1S72 N;  1Q82 O;  1Q7Y O;  4IOA L;  4IOC L;  1VQO N;  3CD6 N;  2OTJ N;  5H1S Q;  3CCM N;  3CMA N;  2ZJP L;  5HL7 L;  3CC2 N;  1NJI O;  3G6E N;  1Q81 O;  1M1K O;  3OW2 M;  3I55 N;  1VQM N;  1OVY A;  1N8R O;  1W2B M;  1YJN N;  5MLC Q;  3CPW M;  3CXC M;  3CCJ N;  1QVF M;  1VQP N;  3CCR N;  2QA4 N;  3CC7 N;  3CCQ N;  3G4S N;  3J7Z O;  3CCE N;  1YJ9 N;  3CCU N;  1VQL N;  4U67 L;  3PIO L;  5DM7 L;  3CCL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QEX N;  2P9L A;  2D0B A;  4CZF A;  3MXI A;  1NKC A;  3HPH A;  4H5R A;  5GAD P;  4XH4 A;  3ZX2 A;  3O9R A;  3OJS A;  4FJI A;  4JEP A;  3ZEU A;  1QQN A;  2YI1 A;  4B3R K;  1LW2 A;  2I5J A;  3THY A;  4M45 A;  1IKX A;  4RW4 A;  3K57 A;  1VQN N;  1RDB A;  4IO8 A;  4DR1 K;  4KTQ A;  3QO9 A;  3VN5 A;  4CGF A;  5KTQ A;  1KQS M;  3D0P A;  3THX A;  4FK0 A;  5AQF A;  5ADX A;  3B6O A;  2WBN A;  1Z6R A;  1GLL O;  3AVJ A;  3K9J A;  4IFV A;  3VET A;  1HQE A;  2CGJ A;  3RMA A;  1N33 K;  4DQ8 A;  3PV8 A;  4GW6 A;  4EHU A;  3QNN A;  1QTM A;  3CET A;  1NGE A;  4NCG A;  4B08 A;  1YTA A;  4FSV A;  2O4G A;  4A61 A;  3CCS N;  2QWL A;  3V9X A;  1QSL A;  4C23 A;  4DWI A;  5LL6 Z;  1JLG A;  1VSE A;  2R7Y A;  2E2Q A;  4BRE A;  1NK7 A;  5KPZ A;  1GLJ O;  4CZL A;  1Q9Y A;  4FM1 A;  3SYZ A;  4YDU A;  4M3U A;  1HRH A;  4MDB A;  2GUP A;  3VTI A;  2QW9 A;  2HHS A;  4GVM A;  1VAZ A;  5BN8 A;  3LPT A;  4DTP A;  1N36 K;  4CJU A;  2YHY A;  5LJW A;  4IFE A;  1ZBI A;  1QZ6 A;  4BC5 A;  4B1U B;  3NVM A;  3CD6 N;  4CF9 A;  1YTU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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