3CXCM

The structure of an enhanced oxazolidinone inhibitor bound to the 50s ribosomal subunit of h. marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cxcM00
3G71N 1K9MO 2ZJPL 3G4SN 1YITN 1Q7YO 1Q82O 3CCRN 1M90O 1K8AO 4IOAL 3OW2M 1YHQN 1S72N 5MLCQ 2OTLN 5GAHP 5JVGL 1Q81O 5H1SQ 1VQ8N 1VQKN 3CXCM 3PIOL 1VQPN 1M1KO 1VQNN 2OTJN 1VQ7N 1VQON 1KC8O 1VQMN 1VQ5N 1K73O 1VQ6N 3CD6N 3CCQN 1YJNN 4IO9L 3CCVN 3J7ZO 4IOCL 1QVGM 1VQLN 5GAEP 4WCEL 4WFAL 2QEXN 1YJWN 1NJIO 1YI2N 4WFBL 5GAGP 4U67L 1YIJN 1N8RO 3CCSN 4WFNL 3CMEN 1ILYA 2QA4N 3CC7N 1KD1O 5DM6L 3CCJN 1KQSM 3CC4N 1OVYA 5DM7L 1VQ4N 3DLLL 3CC2N 3CCUN 1JJ2M 4WF9L 3I56N 3PIPL 3CMAN 5JVHL 3I55N 3CCMN 1W2BM 5GADP 3CPWM 3G6EN 3CCLN 1Q86O 2ZJQL 2ZJRL 1VQ9N 3CF5L 4UY8O 1QVFM 5HL7L 1YJ9N 3CCEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIUA 3KLEA 4ID1A 4CEQA 2FF6A 1YITN 3CJAA 1J53A 1GLEG 1IBKK 4CHNA 2WFBA 4DTOA 5F0XA 3R8EA 5M1NA 3CJ7A 4DFKA 1ZBLA 3NCIA 1NGFA 1Q81O 1DT9A 1RT4A 1LWFA 1C0GA 3JS6A 3MN6A 4LY7A 4R79A 3VEYA 1ASVA 2UYTA 3AO1A 4DHYA 3KZBA 3VQEA 3CM6A 4JNEA 4EIAA 3I0RA 4CBXA 3KJVA 3ZEUA 1KAXA 4CFBA 4DTRA 3NF7A 3MEGA 1VQ6N 2GV9A 2A3ZA 2QEXN 3ID8A 2V52B 1HJRA 4X62K 5LY3A 3SK3A 4KREA 2ZGYA 5C24A 1VSHA 3HK2A 4MDBA 5A2QO 4JD2B 1E4FT 3KIOA 4BGAA 4PA1A 3O80A 4FWRA 1T05A 4CIFA 3QERA 3P31A 3LDPA 1VSLA 2W41A 1MWKA 3MXIA 1YVUA 3O9UA 2QA4N 5JMVA 3AVFA 3RMBA 1S1XA 1MU2A 2GUPA 2RE2A 4DV6K 4AHUA 1UA0A 3PX0A 3EZWA 3FZHA 2OPSA 3SAHA 1OVYA 1NGDA 2YNFA 3F5TA 3DLLL 1RT7A 3O3GA 5J2NA 3RMAA 5C2FA 3NH0A 3U4LA 4LSNA 3NMUA 3HVRA 3KK3A 3I8BA 4GVMA 2NRZA 3H1VX 3WXIA 4H5WA 1EO1A 3JXUA 1YTUA 3L0QA 1HNVA 3O1BA 4BC4A 4BRHA 4FZZA 1RILA 4MO4A 4CF9A 3B8AX 1J6ZA 3DLKA 3QBXA 3WXLA 4IOAL 2VWBA 3QMLA 3K58A 3ZETB 5I9EB 4RW9A 4KB0A 1YHQN 3DWLA 4KH6A 5JVGL 3T1HK 4LSLA 3ZX2A 1NK7A 5E84A 2D0PA 3IRXA 4ICLA 3MXJA 5BPMA 1GLAG 4FWQA 2FF3B 5GINA 3SAGA 3S3MA 4IWVA 1XI1A 1ZBSA 2BTFA 3HBTA 4E89A 1WB9A 2VQEK 3E9OA 1VQLN 4AM6A 1IO2A 1S1WA 1KLMA 2VG7A 1HNIA 3GE1A 5CYMA 4JKBA 3NHGA 3PLAA 4FLTA 4H5NA 1HYVA 4JKEA 5CE3A 4WFBL 4DR4K 4H4OA 2RPIA 3H3OB 3G10A 4DV2K 4B3OA 1BISA 2HNYA 3HPGA 3CCSN 1ZBIA 1NGGA 2P9UA 2E88A 5C10A 4GVEA 1TK5A 1IKVA 3B6OA 3OYMA 1S6PA 5AQOA 2GX9A 1NK9A 4CW7B 3SQ2A 3CQXA 2Q3SA 1OH6A 3AVNA 3KWIA 4JLHA 2IVNA 4BGBA 1CZ9A 3ZCMA 4E1NA 4YHHK 3ZX0A 2I5JA 4CJTA 2QWMA 4HTUA 3DOKA 3LALA 4FWKA 1NK4A 2FBXA 1ESVA 1NKCA 2E1ZA 4QS7A 2NRVA 4OVLA 1FKOA 5AQYA 3CF5L 2O4IA 1SKWA 5SZTA 4LC9B 2A1RA 4JI6K 4FLVA 4K41A 1SKSA 3K5LA 1BGXT 3HRGA 4Z4CA 2Z1HA 1BA1A 1B9DA 4I6MB 3E66A 5LJWA 2KZZA 2Q36A 3OW2M 3AVLA 2P51A 3L2RA 4EHUA 4LF7K 1VSFA 4IG0A 2WOMA 4BRNA 1JLBA 2B6AA 3OYCA 3I8DA 2RF2A 5AQJA 1FXXA 4KRFA 3BF1A 3PIOL 4GW6A 3TI0A 1HQUA 3O6WA 3M8PA 4C1NK 1QQMA 4CD1A 3SBTA 4LF8K 1HNWK 1VQNN 1HYSA 1LAVA 2P9IB 5CR4A 4CJKA 5AQPA 5D3GA 1K8KA 3CPEA 1NK6A 2YKMA 1P90A 3J7ZO 2Z1GA 1LV5A 4B8CA 2IVPA 4N41A 5I42A 2Q1NA 4JN4A 4OJRA 3S3NA 5C12A 1B9FA 3OYLA 4JKAA 2F8SA 4BRLA 2OPRA 3VENA 2R7YA 3QNOA 3QEPA 3FLCO 3TWHA 1QZ5A 3CFPA 2YCHA 2E2OA 2YKNA 1YAGA 3CIPA 1JLGA 4H5RA 4K42A 3DRPA 2P9KA 1HYZA 5J1EA 1I39A 4NB4A 2IDOA 4BQZA 1VSJA 2FSKA 2P9UB 4CZFA 3SQ0A 4FOEA 3VQ6A 4BRMA 1CZAN 3ENHA 2E2NA 4KTZA 3W3DA 3RR7A 3H08A 4BROA 2XHBA 4ELTA 5LMUK 1Y97A 3S9HA 3E9PA 3ZT3A 4JI2K 1SL1A 3EO3A 1JLFA 2KLAA 2YHXA 4LD0A 5SWMA 2ZE2A 5AZJB 2QK9A 3L2UA 4KH5A 3NVKA 1A5VA 4B1UB 3NH1A 3THXB 4FPAA 4FM2A 4PWDA 2HBLA 4HWIA 4CFDA 5BN8A 1QTMA 3TANA 1T6DA 4E0DA 1HX1A 4BR4A 1T44A 5AQKA 3QIPA 2F8TA 1Q82O 4N47A 1X9SA 4C8KA 3VTHA 1DKGD 5AZIB 3J7AP 2HSTA 3VPZA 4M42A 4DWIA 4GV9A 1TKTA 1JXEA 5H1SQ 5KGXA 2O8EB 3UB5A 3J80O 3WNFA 2QWOA 1NOYA 2WUSA 3D2FB 3VETA 4C1NI 2NZTA 3I33A 4Z0UA 4FW1A 4A2AA 2X6SA 4RTFD 2OA8A 1XQSC 4A59A 3O8MA 1SKRA 1M1KO 2OZMA 3VQPA 1EX4A 3TAPA 5JS2A 1D8YA 5GIOA 3HT3A 1NGHA 3SPZA 3V1QA 4ILGB 4CZLA 2NRWA 3T1AA 1VAZA 4E1MA 3S41A 4CI6A 4ELUA 4HVJA 4LH5A 3RMDA 4OLBA 1V4TA 3ULEA 2E6LA 3JAMO 1KLNA 1TUYA 4XIUA 3V1OA 4EFHA 3DLBA 2NNWA 3N4PA 4X64K 3VQ5A 2GBZA 2P5GA 4CF8A 1LWEA 3HOTA 2VG6A 3WXKA 2VGMA 5DM7L 1GOCA 4K25A 1BIZA 4BRCA 4O55A 4CGHA 2W6LA 4IDHA 1JJ2M 4I9QA 3I56N 4O44A 2NRHA 3CJBA 4MQ3A 3SI6A 2G8WA 1NJYA 4JI7K 2NRRA 3O3FA 2ITGA 2CGLA 4CF2A 4JI5K 2E1YA 4OGCA 3SJHA 3GBTA 4KHUA 4AHRA 3BEXA 3A5MC 3UKUB 2ZJRL 3A2FA 2B4JA 4Z4HA 3WNEA 4CHOA 1YJ9N 4DQSA 3H1QA 4Z94A 4FWOA 3DLEA 1KRPA 1QSLA 3CCRN 1M90O 3QFUA 4V19S 5AQZA 3O3HA 4GNIA 3SQ4A 2YI1A 4M3YA 3FZKA 3U3GA 3FFKB 3MN7A 3V9UA 2A40A 4O0JA 1L3UA 3K57A 4I9LA 2V51B 2QXFA 2HMIA 3JSMA 3RSEA 3IMXA 3VEOA 2HNDA 2CGKA 1KFDA 4ISEA 4CZEA 3F9MA 3SQ1A 4BVPA 2NLXA 4B9NA 2PYJA 4IG3A 3RMCA 2VQFK 4N76A 1A5WA 5BRDA 3QBWA 3D2EB 3FZLA 5AQQA 1N33K 2AA4A 1RNHA 4CE9A 4EP4A 3CFRA 1D9FA 3ENOA 4FJ7A 4KV8A 1TKDA 4CHYA 3L4QA 4BDZA 1GLDG 3Q7CA 4DFJA 3AVAA 4EZ9A 4MFBA 3P1GA 4AF1A 5ADXH 3LZIA 1YT3A 4PKGA 4ELVA 3IDHA 4FW2A 4XH5A 2KKZA 2EWSA 3ID6A 3CC7N 4FZXC 3HSCA 5AQHA 5C42A 1QE1A 3OYHA 4JD2A 4B9TA 1NK8A 4J2BA 1BUPA 1IJJA 1IBLK 3J7YP 1RT5A 3U9DA 5AQLA 1NMNA 4CJ3A 4JRPA 4JKHA 4MDAA 4CEBA 2PYLA 5JVHL 4BRDA 4DTXA 1NJZA 4F2SA 3PV8A 2ZD1A 2FC0A 3AA4A 5AQXA 1LW2A 1VRTA 1BHLA 2O8DB 4CJPA 5M1KA 5HRPA 1D4XA 4AHSA 3KK7A 2Y1JA 4UY8O 5HL7L 4N56A 5FLXO 4NLBA 3CCEN 1LW0A 4KB1A 4CEZA 2QW9A 1KVCA 3O4QA 3G4SN 3T69A 2UU9K 2O8CB 1LCUA 2VYPA 5EOYA 4BRFA 3CERA 4KFBA 3FE1A 3M8QA 5M1PA 3GOIA 1ATNA 3T3FA 1QZ6A 1RBTA 5LJVA 4RW4A 2GWJA 3KVGA 3SZ2A 4OKJA 3UKRA 2E5LK 4FWMA 3SUPA 4PQUA 4H03B 4HHTA 1G15A 4DFMA 1A5XA 3ZETA 4DTSA 3PX4A 3ZSRA 1JLCA 4IO8A 4CK1A 3C0BA 4CK2A 2QWRA 4RW8A 4DV0K 3O9RA 1REVA 4JK9A 3AA5X 4DTPA 3VEVA 1XNRK 3KD1E 2B5JA 1QS4A 4YNQA 3RSEB 3CCVN 5F2RA 2Y1IA 4AQYK 4Z4GA 4JKGB 1WSIA 4FLZA 2HBJA 3LANA 5AQSA 3CETA 1L5UA 4KHYA 4KHWA 4DV1K 4JKFA 1WNSA 4YDUC 4WQ5A 2YNGA 1HLUA 5AQTA 2ATQA 4KKOA 4FL9A 5JS1A 3QEWA 3VEXA 2DFEA 1ILYA 2QWLA 4ID5A 4B3MK 4DUZK 2GUIA 3K9KA 5FROA 4OPKA 3TSUA 2QWPA 4C8LA 1XC9A 5BRFA 4H5VA 4E7IA 1TK0A 2UXBK 5KRTA 1T03A 4CJWA 1EXQA 2NUBA 3A5LC 1U47A 4RW7A 4FVMA 3Q7BA 3VF2A 4B9UA 4FK2A 1BCOA 3G6EN 3DRSA 1JL1A 2OYQA 1OKJA 4B1VA 2ZJQL 1TAUA 3BZKA 1RDBA 4DKWA 4DTNA 3OYEA 2W40A 1TL1A 5FPEA 3NDKA 5C0YA 2QTDA 3G0ZA 1F21A 4F3OA 4M3ZA 3DLGA 3AO4A 2F9WA 1K8AO 1S9GA 4CEOA 4Y1DA 1EWQA 3K2PA 5FPDA 4HUEA 3MN5A 4CFCA 2FXUA 3QESA 3VGMA 5GAHP 4CF1A 2YHAA 2P9SB 1X9JA 2CH5A 3VOVA 3BP8A 1VQKN 4I6MA 3BZCA 2XY6A 1U4BA 3R3LA 4RW6A 3N4QA 3LDOA 4MLEA 3NAEA 1ZC6A 5C15A 2KFZA 3VMFB 3UKRB 4DSLA 3ZSXA 3D45A 3NFAA 5EY4A 3M3ZA 5KI6A 3V81A 4FWPA 4HCBA 4IBNA 1NK0A 4B8AB 4A57A 1YXQA 3TR8A 4M7YA 3TTFA 1VK0A 1C0TA 4DSIA 4IEIA 4O4GA 3IG1A 4JI8K 1BDGA 1U04A 2P9IA 1I3AA 1TKZA 3SYZA 3KK1A 5GAGP 4U67L 4DSFA 1N8RO 2BANA 1NNEA 1W0HA 4BWMA 4FLWA 4FO0A 4CGGA 4BE0A 5AQWA 3AV9A 1BQNA 3R6MA 1KD1O 3NVMA 1XHZA 2W6KA 3CI5A 3D7EO 4H0TB 3VESA 3OYJA 3L8BA 5LMNK 3MX2A 1HR0K 3ZSZA 2HHHK 4GKJK 3WT0A 3M6GA 4W5OA 1XHXA 3NBPA 3LWLA 3SMPA 1GLJO 4AHVA 3DYAA 3V4IA 3LDQA 3TAMA 4LH4A 4DR2K 1RFQA 5AQIA 2VCPA 3MMVA 2G8UA 4WQ4A 1HJOA 4M41A 1EP4A 1RDAA 2FSJA 4YOWA 4BE2A 1O13A 4J2DA 1C6VA 2YHBA 5T7BA 5AZJA 3OY9A 3SJJA 3HPHA 4A5BA 5J2PA 1Q7YO 3OYBA 5FRMA 4EP5A 3THXA 5CHIA 3WXJA 4RCHA 5JICA 2OTLN 1ASWA 2HHWA 3MK6A 2F9TA 4WYBA 4JS4A 3AA2A 1OVQA 4FJIA 1VQ8N 2OCEA 4O8KA 3NF6A 3C7NA 1Q18A 2QWQA 4BACA 3TARA 3P83D 4KTWA 1N34K 5AZIA 1P8ZA 2IGIA 1VSMA 1WSHA 1DTTA 2P9PA 1D5AA 3BY5A 2FSNA 4BWJA 2HB5A 4E1JA 4H0XB 1VQ5N 1BA0A 2O8EA 3AVGA 1ITGA 2ZF5O 4BR7A 4IO9L 3M8SA 1W9HA 4JYAK 3D2FA 2E8AA 3P4IA 4JV5K 4YY3K 3NGZA 4X65K 4JRQA 2YNIA 1C0MA 4DV3K 2D0BA 4CGDA 3OA9A 3ZT1A 3H46O 1YI2N 4UQGA 1TYQA 3LDLA 5CZ2A 1KAZA 4QCLA 3OYIA 1JCGA 2PAVA 4MO5A 4KHPK 5EXWA 3BUZB 3CFOA 2F7TA 3CMEN 5BN9A 4DMNA 4ILHA 3VQCA 4NCBA 1QSSA 1EWRA 1HQEA 3VQ4A 1RT3A 3QLHA 1D9DA 2ASOA 3AARA 3SLCA 3M8RA 3DI6A 3LAKA 1WUAA 4PY5A 5AQRA 4CJRA 3THYB 4FJNA 1WAJA 1L3VA 5FPNA 3MCAB 2QKBA 4OO1J 3OYDA 1XWLA 1TKXA 3O08A 3L3VA 3ZSYA 1NGAA 2Z1IA 3AVMA 3OJSA 4NXMK 4KBOA 3VF4A 4DV4K 2E6MA 2KTQA 3VEWA 2XY8A 3HSTB 2Z1JA 4DTMA 4MLHA 1NJXA 2JWKA 1NLVA 4CZJA 5KPRA 1RGIA 2QKKA 5JLHA 5C25A 4C8MA 1OH5A 2Q31A 4H4MA 5ELZA 1L3SA 3ENBA 1T8EA 3TSPA 4B1XB 4DLEA 4LF5K 4NLCA 3EKSA 1KVBA 5AQUA 3UKUA 3NE6A 4K8XA 3HZ6A 4OX9K 5EU7A 2DPNA 2HHQA 5AJ3K 1NU0A 1TVRA 1GLCG 4CJQA 3O9QA 1CZBA 4EHTA 4CIGA 1IH7A 4BC5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G71 N;  1K9M O;  2ZJP L;  3G4S N;  1YIT N;  1Q7Y O;  1Q82 O;  3CCR N;  1M90 O;  1K8A O;  4IOA L;  3OW2 M;  1YHQ N;  1S72 N;  5MLC Q;  2OTL N;  5GAH P;  5JVG L;  1Q81 O;  5H1S Q;  1VQ8 N;  1VQK N;  3CXC M;  3PIO L;  1VQP N;  1M1K O;  1VQN N;  2OTJ N;  1VQ7 N;  1VQO N;  1KC8 O;  1VQM N;  1VQ5 N;  1K73 O;  1VQ6 N;  3CD6 N;  3CCQ N;  1YJN N;  4IO9 L;  3CCV N;  3J7Z O;  4IOC L;  1QVG M;  1VQL N;  5GAE P;  4WCE L;  4WFA L;  2QEX N;  1YJW N;  1NJI O;  1YI2 N;  4WFB L;  5GAG P;  4U67 L;  1YIJ N;  1N8R O;  3CCS N;  4WFN L;  3CME N;  1ILY A;  2QA4 N;  3CC7 N;  1KD1 O;  5DM6 L;  3CCJ N;  1KQS M;  3CC4 N;  1OVY A;  5DM7 L;  1VQ4 N;  3DLL L;  3CC2 N;  3CCU N;  1JJ2 M;  4WF9 L;  3I56 N;  3PIP L;  3CMA N;  5JVH L;  3I55 N;  3CCM N;  1W2B M;  5GAD P;  3CPW M;  3G6E N;  3CCL N;  1Q86 O;  2ZJQ L;  2ZJR L;  1VQ9 N;  3CF5 L;  4UY8 O;  1QVF M;  5HL7 L;  1YJ9 N;  3CCE N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BIU A;  3KLE A;  4ID1 A;  4CEQ A;  2FF6 A;  1YIT N;  3CJA A;  1J53 A;  1GLE G;  1IBK K;  4CHN A;  2WFB A;  4DTO A;  5F0X A;  3R8E A;  5M1N A;  3CJ7 A;  4DFK A;  1ZBL A;  3NCI A;  1NGF A;  1Q81 O;  1DT9 A;  1RT4 A;  1LWF A;  1C0G A;  3JS6 A;  3MN6 A;  4LY7 A;  4R79 A;  3VEY A;  1ASV A;  2UYT A;  3AO1 A;  4DHY A;  3KZB A;  3VQE A;  3CM6 A;  4JNE A;  4EIA A;  3I0R A;  4CBX A;  3KJV A;  3ZEU A;  1KAX A;  4CFB A;  4DTR A;  3NF7 A;  3MEG A;  1VQ6 N;  2GV9 A;  2A3Z A;  2QEX N;  3ID8 A;  2V52 B;  1HJR A;  4X62 K;  5LY3 A;  3SK3 A;  4KRE A;  2ZGY A;  5C24 A;  1VSH A;  3HK2 A;  4MDB A;  5A2Q O;  4JD2 B;  1E4F T;  3KIO A;  4BGA A;  4PA1 A;  3O80 A;  4FWR A;  1T05 A;  4CIF A;  3QER A;  3P31 A;  3LDP A;  1VSL A;  2W41 A;  1MWK A;  3MXI A;  1YVU A;  3O9U A;  2QA4 N;  5JMV A;  3AVF A;  3RMB A;  1S1X A;  1MU2 A;  2GUP A;  2RE2 A;  4DV6 K;  4AHU A;  1UA0 A;  3PX0 A;  3EZW A;  3FZH A;  2OPS A;  3SAH A;  1OVY A;  1NGD A;  2YNF A;  3F5T A;  3DLL L;  1RT7 A;  3O3G A;  5J2N A;  3RMA A;  5C2F A;  3NH0 A;  3U4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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