3CXCM

The structure of an enhanced oxazolidinone inhibitor bound to the 50s ribosomal subunit of h. marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cxcM00
2ZJRL 2ZJQL 3CPWM 2QA4N 1K8AO 3CCJN 1KQSM 1VQMN 5JVHL 1Q7YO 5H1SQ 1VQKN 1VQPN 1KD1O 1W2BM 1OVYA 1Q86O 1JJ2M 1VQNN 1YJNN 1S72N 1VQ9N 3CD6N 4WCEL 2OTLN 1ILYA 5MLCQ 1VQ7N 1YIJN 3CCRN 5GAHP 4U67L 1Q82O 2ZJPL 1VQON 3CMEN 1VQ6N 1K9MO 1VQ8N 1VQ5N 3CMAN 2OTJN 5HL7L 1VQ4N 1K73O 1M90O 4IOAL 3G6EN 1YHQN 1YJWN 1YI2N 5GAGP 3PIOL 1KC8O 3CF5L 3CCQN 1M1KO 1QVGM 1VQLN 1YJ9N 3DLLL 5DM7L 3J7ZO 3CCMN 3CCEN 1NJIO 1N8RO 3CCVN 3CC4N 4IO9L 3OW2M 5GAEP 3CXCM 1Q81O 3G4SN 4WF9L 5JVGL 5GADP 4WFAL 3CCUN 3G71N 3PIPL 1YITN 4IOCL 3I56N 5DM6L 3CCSN 3CC2N 4WFNL 1QVFM 3I55N 4UY8O 2QEXN 3CCLN 4WFBL 3CC7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C1CA 3V9XA 1X9JA 1JLEA 1RBSA 1RDBA 1RTDA 5AQQA 3W3DA 1BI4A 4GMJB 3CHWA 2XY5A 1VQMN 4H5NA 4JI5K 4FJJA 3RSEA 3ID6A 1OVYA 2BDPA 1RBVA 5SZTA 4A5AA 3RR8A 3M6GA 3DLGA 3NFAA 4OGEA 4AH9A 4K41A 1X9WA 3MXJA 2NUBA 3TAMA 1LWCA 4CD1A 3U3GA 2XO7A 3OYAA 2ZQBA 1T8EA 3WNEA 3AO3A 3LPUA 4F2SA 5J2NA 5M1PA 3U6FA 1NBWA 4M7XA 3VQ4A 2ITMA 1T7PA 1SV5A 4E7IA 2DTUA 4B8CA 3TU5A 3KZBA 3OYEA 1OH6A 4LF9K 3SV3A 1E4FT 1YF5L 4H5RA 1CLQA 4E1MA 3QMLA 2FSNA 1TGOA 1BOTO 4W5NA 1ZXOA 1OKJA 3SCXA 4DQRA 3T1YK 1RNHA 3DXMA 5D3GA 4FO0A 2KKZA 4DUZK 1U2VB 1BQMA 4JHDA 1HNXK 4DHYA 1NGJA 4YOVA 4JK9A 4CESA 3JSMA 4FM0A 3A5NC 4PL8A 2BANA 4DV0K 4Y0WA 1JXBA 4EHTA 2HNDA 1QHTA 5FROA 3T3FA 4KHUA 2F9WA 1S5JA 3MX5A 2YNIA 4FWSA 3KKSA 3K58A 1GLEG 3OS2A 1X9SA 2HHVA 3MWPA 5ADXA 1VSHA 4YY3K 4JI3K 4KB0A 3WEEB 3VQ7A 1VSEA 4JI2K 5M1NA 2HW3A 1HX1A 1FKPA 3MN5A 5AZJA 4DTRA 1BA1A 1JLGA 2P9KA 4IFVA 1BISA 3VENA 2V52B 2WUSA 3R6MA 3DLHA 3CCLN 4KTQA 2X78A 3HP6A 1KSPA 1SL0A 1ZC6A 1UA0A 2OCEA 4FPAA 4BRIA 3QB0A 3QERA 2QWNA 5KQDA 5CE3A 3E9PA 2YV0X 1VQKN 4BGAA 4YORA 2HOEA 3AO4A 1JJ2M 1S1WA 2XY8A 4O8KA 3H1VX 2ETJA 3ENBA 2ASOA 3MECA 5AQMA 2DFFA 3CD6N 4FVUA 2OTLN 1EO1A 4GVMA 1FJGK 1BG3A 4H0VB 4OLAA 3AVKA 3QEPA 3V9ZA 4JKFA 4NCGA 3LL3A 3AVHA 2CH5A 3TAEA 1SL1A 4M3WA 2GUPA 4HCCA 1P8ZA 1Y97A 4GW6A 3LDQA 4IJAA 4FLXA 4FLWA 2ZE2A 4IZ9A 5GAGP 2G8FA 3RR7A 4ID5A 1HMVA 1KVCA 4JKCA 1VQLN 3DLKA 2YHAA 3NF7A 5HP1A 4BVOA 5AFUA 3CCVN 2CGLA 4QCLA 2GX9A 4Q5VA 1RDAA 4AQYK 4DV6K 3VQBA 3FE1A 1TUUA 1RDWX 3ZT4A 4FLUA 3G71N 4KTWA 4CJEA 1BO5O 5CYQA 3LDOA 3C94A 4FJNA 4M3TA 4DV1K 4O5FA 3ATUA 4ELVA 3R3LA 2KFZA 2VG6A 4FJGA 4RW9A 1ZBUA 2ZM6K 2O8CB 3CM6A 1QSYA 2Q36A 5CR4A 4CZHA 2W6KA 1N34K 2IS3A 4LF4K 3VQDA 4FLVA 1IO2A 3TR8A 3MN7A 3O1BA 4PQUA 2GUIA 3NDKA 3CC7N 4BACA 5LMUK 4OVLA 1T3VA 2HHSA 3EO3A 3DYAA 3S3MA 4BR5A 1TK8A 1OH5A 2FC0A 5CZ2A 4FYDA 3RMBA 4WE1A 4CECA 1JLQA 3VTIA 5FPDA 3SMPA 3LANA 2QXFA 4DKWA 1B92A 2P9LA 2OPQA 3K5MA 3TARA 1C1BA 1HQEA 1NOYA 1Q9XA 3O9SA 2KFNA 1EWQA 3SQ0A 3L0QA 4FW1A 3EZ5A 3CCRN 3WT0A 3HVTA 3ZX3A 3C7NA 1KXPA 2UXBK 3LDLA 3VQQA 3K5LA 3THXA 4DWIA 3DRPA 3L3VA 4DV3K 3H6EA 1Z25A 2Y1JA 1BU6O 3TTDA 1VQ5N 4ELUA 1RBUA 1U04A 1YJWN 5A2QO 1S1XA 2B5JA 2FLOA 5AQKA 3CF5L 5HRNA 4I6MA 4IO8A 4DLEA 2F96A 5J2QA 4GV9A 1C0TA 2IVPA 1KRPA 2QWQA 4KFBA 4A62A 4CJKA 4H5VA 4E1JA 4ZHRA 2NRXA 5FLXO 4FWLA 1WNSA 3GG4A 5EU7A 5TKYA 5KI6A 1XUPO 1U48A 3QO9A 4FWOA 3THWB 1ZBFA 1RGIA 5AQHA 4CIGA 2QK9A 1JLFA 1VRUA 4FWRA 4HWIA 4IEIA 2Q97A 4IDKA 4DTXA 1FK9A 3OY9A 1C0UA 2IDOA 1NGHA 4CEFA 1Y64A 4WQ5A 4E0DA 1VSIA 1BA0A 4DSIA 2FF6A 4FOIA 2O8BB 3HI0A 1GLBG 2AP1A 3CETA 1HR0K 2O8FA 2LSNA 3KK1A 4JHDB 4CF8A 5JLHA 3L2RA 1L3TA 4LF6K 3D2FB 1GLJO 1IBKK 4FZYA 4B3RK 4OLBA 1QQMA 5KPTA 3J81O 3LWLA 3E66A 3UKRB 4O5BA 2DFHA 3CCJN 1H1VA 2HF3A 3ULEA 1J6ZA 2OPPA 4JLHA 4BGBA 4C23A 4KO0A 5AZIB 1NGEA 1CZAN 1RT6A 4M7YA 3DMJA 3H3OB 4BC2A 3EZWA 3SUNA 4CCHA 3BDPA 3QEVA 4CERA 4CFBA 1WSGA 4YNQA 5M1FA 3V1OA 3BZKA 4EZ6A 4KH6A 1IG9A 3DLBA 4BR2A 1QS4A 4QAGA 4B3MK 4C1NI 3EKUA 5TKWA 4NLCA 3AA5X 4FWKA 5I9EB 5C10A 3MN6A 1ATNA 1QE1A 4KHWA 2O8DB 3AA4A 1YXQA 3LZIA 3VA3A 2HHHK 3CJCA 5AR0A 3HP9A 2FBVA 3AVFA 3OJSA 1NJXA 4B1UB 3J7ZO 2WOMA 3CCEN 4B1WB 4CE9A 3N4QA 2FXUA 3LP2A 4CJ3A 4WQ4A 4CZEA 4DR3K 1KLMA 2VG5A 1HNVA 3VEXA 3A0IX 2KLAA 1YAGA 4M3RA 1VHXA 3V1RA 3O4NA 4C8NA 4CHQA 3WUHA 3IRXA 2HBMA 4OGCA 4KBOA 3NH0A 3MXIA 2UUBK 1XMOK 4FJKA 3HPHA 4DR1K 4DR2K 4EFHA 4NXMK 2Q2RA 4CBUA 3O3FA 3ZETB 2O8EB 3CPEA 5E84A 1QSSA 4JI7K 5AJ3K 4XEIA 4FPBA 3A2FA 3THYB 3AVCA 4M45A 5IWAK 4BQZA 4F8RA 5AQTA 3NCIA 3OYBA 3QNOA 1BDGA 4FSVA 4DQPA 3ZEUB 1S1VA 4JS4A 3LAMA 4MO5A 2OPSA 1GLCG 2VCPA 3DAWA 3IDHA 1G99A 2E2NA 3TSUA 5T7BA 4IDHA 4CZIA 3JXUA 1W9HA 4JK8A 5SWMA 3V9UA 3QEIA 1KFDA 1NM1A 4BROA 3TPQA 1B9FA 2BH1A 1J5OA 1RTIA 2G8KA 4BREA 5BN8A 2V7YA 1QQOA 3HPGA 4PL7A 3RRHA 5GAHP 1WAFA 4FWQA 5FRMA 1NLVA 4DTMA 2WFBA 3AGRA 4W5RA 3ZSZA 3MWTA 3ZSWA 1NGBA 4OPJA 3MCAB 4ILGB 2RE2A 1F21A 3PUFA 2P9UA 1YI2N 5I3UA 4OPKA 1OVQA 4FWNA 2AJQA 4CEEA 1MDUB 1I3AA 2FBYA 3VERA 3QEXA 3O08A 1KTQA 4CFCA 4KH4A 1GLLO 3C6UA 4JI6K 4KHSA 4O55A 4CEAA 5KRTA 4FK2A 3G4SN 3CJ7A 2Q0UA 3DLEA 5JVGL 3MN9A 1N32K 4LC9B 1WSEA 2GBZA 4YOYA 2Q31A 4WQ5C 4BG9A 1SL2A 4FZZA 3I56N 5C2FA 3AGKA 2ZGYA 2B4JA 4JI0K 3CQYA 4OKEA 3KIOA 5AQUA 1KAZA 4CZLA 2B6AA 4YOUA 3LP0A 3AVBA 4IFEA 4HTLA 2E5LK 3NH2A 1Q8IA 1D8YA 3L3UA 3C0BA 4C8KA 1TAUA 3CJ1A 3PX4A 3QFPA 2HNYA 3SYZA 3ALYA 4B9UA 1NGCA 2P5OA 4AF1A 1KAXA 1ATRA 4DFKA 1TYQA 3C95A 3SUPA 4EHUA 3AVGA 2ZJQL 4A57A 3CPWM 4CZGA 4RTFD 4ZTFA 4AHVA 1D9FA 3C6HA 3B6OA 3AO1A 1NK0A 2IVNA 1NK8A 1VQNN 3QBWA 1HYVA 3LP3A 1L3UA 3RMCA 2AA4A 3HRGA 4E1NA 4DR6K 1LAVA 4OO1J 3O9QA 5BN9A 3V81A 4JYAK 3F9MA 3LDNA 1T6DA 1OH8A 4LH4A 5C15A 3H1QA 3VESA 2YKNA 3OYLA 4Z0UA 2A42A 5EY4A 1S9EA 4EIAA 1K8KB 1J53A 1JCFA 1XNQK 4PKIA 3VQPA 2GV9A 5JS1A 2DFEA 3ULDA 1DTTA 1QQNA 4CJVA 4DV7K 3VGKA 3KK3A 2YNGA 4WQ4C 4B8AB 3SUQA 3ZSQA 4DQSA 5GIPA 3MEGA 4DFJA 3NVKA 1NGIA 3CC4N 4F3OA 3BF3A 3FLCO 5C24A 3OW2M 1NJWA 1TL1A 4BDZA 4H5TA 4CJSA 4CEBA 1I39A 5JMVA 3AAPA 3BZCA 1S22A 3E01A 3PIPL 3SQ2A 1NK4A 4BR7A 4BC4A 3SV4A 5BPNA 3A5OC 1HUXA 3P83D 1VSMA 2Z1JA 3H46O 3E1YA 3VGLA 4CJ5A 1ITGA 4JI4K 2IAJA 4H0YB 3ID8A 3OJUA 1Q18A 3Q7CA 4O8UA 5DK5A 3CJBA 3O9RA 3EEQA 4O44A 1SUQA 1HRHA 4BRCA 1EKEA 3FZLA 4BY9C 2NRRA 1ASWA 4M3ZA 1Q9YA 3VEZA 1TKTA 3FZMA 4KHNA 3LDSA 2HMIA 4CGJA 4HTUA 3TAGA 1E4GT 1LV5A 1QTMA 2YHBA 3MDQA 4JKGA 2E6LA 4CJQA 4CJ4A 4AHUA 4IFYA 4CZJA 3PX0A 5JVHL 3FFIA 4B08A 4E7JA 1VQPN 4BQLA 1DT9A 3IFRA 4CHNA 4CBWA 4V19S 4LF7K 3RTVA 4H4MA 3O9TA 4YFUA 2VQEK 2NRVA 1WAJA 4JD2A 3OYFA 2A3ZA 1C0GA 4H0XB 1T05A 1N33K 4DFPA 3T7ZA 1HNIA 1NJYA 3H45C 3T1AA 4DSJA 4NCAA 2P9PA 5AQFA 1GOBA 4DTPA 3CG7A 1VQON 2HHTA 3D2EB 5HBMA 3UKUA 2HSTA 2P9IB 3EY1A 4DSEA 4X65K 3K57A 2O4IA 3FGUA 3UE5A 4KPYA 5F1XA 1O1WA 1TKXA 2P9SA 1HLUA 3PIOL 2OYQA 1KLNA 4BR0A 4O4GA 3VQ5A 3I8BA 5AQRA 3M8PA 2D5RA 4E3SA 3NH1A 3M5RA 3ZT0A 3L4QA 3DXKA 1WB9A 4CJLA 4U7BA 4N76A 4XH4A 4CGGA 1GLDG 3AA3A 4DSLA 1T03A 3L6QA 2F9TA 3AVNA 3OS0A 2GTDA 2VQFK 3O4WA 4N5SA 1CXQA 4KREA 1XNRK 2PFUA 5KRSA 3O5BA 4I2PA 3V6DA 2H3GX 1UA1A 1IBLK 3KD5E 1NG9A 3JAMO 1WN7A 4WFNL 3WQTA 3M1FA 3ZX2A 3P4IA 4X62K 1A5XA 3S3NA 3WXKA 3OA9A 5EXWA 4HUGA 4HVJA 4FLYA 4GY2B 4Z4CA 2Q0RA 4LSNA 1HQUA 1NGGA 3HOTA 4LFBK 2J4RA 4LY7A 3RRGA 4E7LA 3RVCA 2Z1HA 3RWUA 3AO2A 3QIOA 3O3GA 1TV6A 5ADXH 1T44A 4CK1A 4RCHA 1LWEA 1T6CA 2VYPA 2PBDA 5GINA 1BWFO 5M1OA 1BIZA 5HRRA 5KPZA 2WONA 5AQLA 3SJHA 2A5XA 2P9NB 4DF8A 1N36K 4L8RB 4KAZA 2E8AA 3VTHA 4CF0A 1QHAA 4HUFA 4IWVA 3EE8A 1VQ7N 1WSHA 1ZBLA 3L2QA 1U4BA 1QSLA 1I94K 4FL9A 3MCPA 4AM6A 3I8DA 4JRPA 4KV8A 1RT3A 2W40A 3IUCA 2VWKA 3SLCA 1XHZA 3HT3A 2I7NA 4BRGA 2HVIA 1FXXA 3TTFA 4CI6A 2A40A 3IKMA 1D9DA 1R0AA 1HPZA 2A41A 5LJWA 3E9OA 3KLGA 3ZX0A 3P1GA 4OX9K 3CCQN 3MMVA 3SUOA 4PY5A 2GWKA 2CH6A 3B6PA 4HCBA 3CFRA 4CFAA 2HBKA 3CI5A 1HYSA 5C12A 3SBTA 3GBTA 3P39A 3VETA 1VSDA 2UU9K 5AQPA 4HHTA 3D6RA 1WOQA 2ITGA 4AHCA 1RDCA 4DQ8A 3HXMA 1BI4B 4BRPA 5KTQA 3V9WA 3AARA 5JLFA 2YHWA 2GWJA 3RSEB 3CCSN 5LY3A 3MK6A 3TTCA 1SKWA 4BRLA 5AFUH 4PKHA 4FLTA 4H03B 1BCOA 2QWOA 3GL1A 1JLCA 4B9TA 2JGUA 4YOWA 3KLIA 3DOLA 1L5UA 4DV2K 5AQOA 4CBXA 3AVMA 4QS8A 3ZSYA 2NRTA 3O1WA 3WXJA 2YNFA 5ELZA 1RCHA 1NK6A 4DTSA 2HHQA 4J8FA 1JCGA 4JK7A 3SQ1A 4ICLA 4BRNA 1BQNA 3U3YA 2YHYA 1XHXA 3SAHA 4YDUA 3ENHA 3TANA 5E26A 4CEQA 5JS2A 1S72N 3A8YA 4M3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJR L;  2ZJQ L;  3CPW M;  2QA4 N;  1K8A O;  3CCJ N;  1KQS M;  1VQM N;  5JVH L;  1Q7Y O;  5H1S Q;  1VQK N;  1VQP N;  1KD1 O;  1W2B M;  1OVY A;  1Q86 O;  1JJ2 M;  1VQN N;  1YJN N;  1S72 N;  1VQ9 N;  3CD6 N;  4WCE L;  2OTL N;  1ILY A;  5MLC Q;  1VQ7 N;  1YIJ N;  3CCR N;  5GAH P;  4U67 L;  1Q82 O;  2ZJP L;  1VQO N;  3CME N;  1VQ6 N;  1K9M O;  1VQ8 N;  1VQ5 N;  3CMA N;  2OTJ N;  5HL7 L;  1VQ4 N;  1K73 O;  1M90 O;  4IOA L;  3G6E N;  1YHQ N;  1YJW N;  1YI2 N;  5GAG P;  3PIO L;  1KC8 O;  3CF5 L;  3CCQ N;  1M1K O;  1QVG M;  1VQL N;  1YJ9 N;  3DLL L;  5DM7 L;  3J7Z O;  3CCM N;  3CCE N;  1NJI O;  1N8R O;  3CCV N;  3CC4 N;  4IO9 L;  3OW2 M;  5GAE P;  3CXC M;  1Q81 O;  3G4S N;  4WF9 L;  5JVG L;  5GAD P;  4WFA L;  3CCU N;  3G71 N;  3PIP L;  1YIT N;  4IOC L;  3I56 N;  5DM6 L;  3CCS N;  3CC2 N;  4WFN L;  1QVF M;  3I55 N;  4UY8 O;  2QEX N;  3CCL N;  4WFB L;  3CC7 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C1C A;  3V9X A;  1X9J A;  1JLE A;  1RBS A;  1RDB A;  1RTD A;  5AQQ A;  3W3D A;  1BI4 A;  4GMJ B;  3CHW A;  2XY5 A;  1VQM N;  4H5N A;  4JI5 K;  4FJJ A;  3RSE A;  3ID6 A;  1OVY A;  2BDP A;  1RBV A;  5SZT A;  4A5A A;  3RR8 A;  3M6G A;  3DLG A;  3NFA A;  4OGE A;  4AH9 A;  4K41 A;  1X9W A;  3MXJ A;  2NUB A;  3TAM A;  1LWC A;  4CD1 A;  3U3G A;  2XO7 A;  3OYA A;  2ZQB A;  1T8E A;  3WNE A;  3AO3 A;  3LPU A;  4F2S A;  5J2N A;  5M1P A;  3U6F A;  1NBW A;  4M7X A;  3VQ4 A;  2ITM A;  1T7P A;  1SV5 A;  4E7I A;  2DTU A;  4B8C A;  3TU5 A;  3KZB A;  3OYE A;  1OH6 A;  4LF9 K;  3SV3 A;  1E4F T;  1YF5 L;  4H5R A;  1CLQ A;  4E1M A;  3QML A;  2FSN A;  1TGO A;  1BOT O;  4W5N A;  1ZXO A;  1OKJ A;  3SCX A;  4DQR A;  3T1Y K;  1RNH A;  3DXM A;  5D3G A;  4FO0 A;  2KKZ A;  4DUZ K;  1U2V B;  1BQM A;  4JHD A;  1HNX K;  4DHY A;  1NGJ A;  4YOV A;  4JK9 A;  4CES A;  3JSM A;  4FM0 A;  3A5N C;  4PL8 A;  2BAN A;  4DV0 K;  4Y0W A;  1JXB A;  4EHT A;  2HND A;  1QHT A;  5FRO A;  3T3F A;  4KHU A;  2F9W A;  1S5J A;  3MX5 A;  2YNI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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