3CXCN

The structure of an enhanced oxazolidinone inhibitor bound to the 50s ribosomal subunit of h. marismortui
Total Genus 35
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Design at the atomic level: design of biaryloxazolidinones as potent orally active antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 35
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3cxcN00
1VQ5O 1S72L 3CCEO 1QVFN 3OW2K 3G4SO 1KC8P 3CCLO 1VQOL 1VQML 1Q7YP 1VQLO 1Q82P 1S72O 3CPWK 1JJ2K 3CXCK 1YI2L 1VQ5L 3CCEL 1YJWL 1M90P 3G4SL 2QEXL 3G71L 1Q86P 1K9MP 1W2BN 1KC8M 1N8RP 1KQSN 1YIJL 1YI2O 1JJ2N 3CXCN 1VQLL 1VQ6L 1VQ8O 1YJWO 1VQKL 2QEXO 3G71O 1YHQO 3I56O 3CCVL 3G6EL 3CMEL 1YIJO 1VQ6O 1YITL 3CCRL 1NJIM 1VQ4O 1M90M 1VQKO 3CC2L 3OW2N 1Q86M 1M1KM 1N8RM 3CC7O 3CCVO 3G6EO 3CMEO 3CCML 1YITO 1K8AP 1VQ8L 3CCRO 1KD1P 1YHQL 3CC2O 3I56L 1YJ9L 3CCJL 3CPWN 1Q7YM 3CCMO 1Q81P 1Q82M 1VQNL 1VQ4L 1VQPO 3CC7L 1YJ9O 3CCJO 2QA4L 1K8AM 3CCQL 1VQNO 1QVFK 3CCUL 1KD1M 3CD6L 3I55L 1K9MM 3CMAL 3CC4O 2QA4O 1Q81M 3CCQO 3CCUO 3CD6O 1VQPL 3I55O 3CMAO 1VQ7L 1QVGK 1K73P 2OTLL 1VQ9L 3CCSL 1YJNL 1W2BK 1KQSK 3CC4L 1VQ7O 1VQOO 2OTJL 1VQMO 2OTLO 1QVGN 1VQ9O 3CCSO 1NJIP 1YJNO 1M1KP 3CCLL 1K73M 2OTJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ5O 1S72L 3CCEO 4WJ0A 1QVFN 3OW2K 3G4SO 1KC8P 3CCLO 1VQOL 1VQML 1Q7YP 1VQLO 1Q82P 1S72O 4N06A 5FCLA 3CPWK 1JJ2K 3CXCK 1YI2L 5DS5A 1VQ5L 3CCEL 1YJWL 1M90P 3G4SL 2QEXL 3G71L 1Q86P 1K9MP 1W2BN 1KC8M 1N8RP 1KQSN 1YIJL 1YI2O 1JJ2N 3CXCN 1VQLL 1VQ6L 2YZSA 1VQ8O 1YJWO 1VQKL 2QEXO 3G71O 1YHQO 3I56O 3CCVL 3G6EL 3CMEL 5DS4A 1YIJO 1VQ6O 1YITL 3CCRL 1NJIM 1VQ4O 1M90M 1VQKO 3CC2L 3OW2N 1Q86M 5DLJA 1M1KM 1N8RM 3CC7O 3NKDA 3CCVO 3G6EO 3CMEO 3CCML 1YITO 4W8KA 1K8AP 1VQ8L 3CCRO 1KD1P 1YHQL 3CC2O 3I56L 1YJ9L 3CCJL 3CPWN 1Q7YM 3CCMO 1Q81P 1Q82M 1VQNL 1VQ4L 1VQPO 3CC7L 1YJ9O 3CCJO 5DQTA 2QA4L 1K8AM 3CCQL 1VQNO 1QVFK 3CCUL 1KD1M 3CD6L 3I55L 1K9MM 3CMAL 5DQZA 3CC4O 2QA4O 1Q81M 3CCQO 4QDLA 4XTKA 3CCUO 3GODA 3CD6O 1VQPL 3I55O 3CMAO 1VQ7L 1QVGK 1K73P 2OTLL 1VQ9L 3CCSL 1YJNL 5DS6A 1W2BK 1KQSK 3CC4L 1VQ7O 1VQOO 2OTJL 1VQMO 2OTLO 1QVGN 1VQ9O 3CCSO 4P6IC 1YJNO 1NJIP 1M1KP 3CCLL 1K73M 2OTJO
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQ5O 1S72L 3CCEO 4WJ0A 1QVFN 3OW2K 3G4SO 1KC8P 3CCLO 1VQOL 1VQML 1Q7YP 1VQLO 1Q82P 1S72O 4N06A 5FCLA 3CPWK 1JJ2K 3CXCK 1YI2L 5DS5A 1VQ5L 3CCEL 1YJWL 1M90P 3G4SL 2QEXL 3G71L 1Q86P 1K9MP 1W2BN 1KC8M 1N8RP 1KQSN 1YIJL 1YI2O 1JJ2N 3CXCN 1VQLL 1VQ6L 2YZSA 1VQ8O 1YJWO 1VQKL 2QEXO 3G71O 1YHQO 3I56O 3CCVL 3G6EL 3CMEL 5DS4A 1YIJO 1VQ6O 1YITL 3CCRL 1NJIM 1VQ4O 1M90M 1VQKO 3CC2L 3OW2N 1Q86M 5DLJA 1M1KM 1N8RM 3CC7O 3NKDA 3CCVO 3G6EO 3CMEO 3CCML 1YITO 4W8KA 1K8AP 1VQ8L 3CCRO 1KD1P 1YHQL 3CC2O 3I56L 1YJ9L 3CCJL 3CPWN 1Q7YM 3CCMO 1Q81P 1Q82M 1VQNL 1VQ4L 1VQPO 3CC7L 1YJ9O 3CCJO 5DQTA 2QA4L 1K8AM 3CCQL 1VQNO 1QVFK 3CCUL 1KD1M 3CD6L 3I55L 1K9MM 3CMAL 5DQZA 3CC4O 2QA4O 1Q81M 3CCQO 4QDLA 4XTKA 3CCUO 3GODA 3CD6O 1VQPL 3I55O 3CMAO 1VQ7L 1QVGK 1K73P 2OTLL 1VQ9L 3CCSL 1YJNL 5DS6A 1W2BK 1KQSK 3CC4L 1VQ7O 1VQOO 2OTJL 1VQMO 2OTLO 1QVGN 1VQ9O 3CCSO 4P6IC 1YJNO 1NJIP 1M1KP 3CCLL 1K73M 2OTJO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ5 O;  1S72 L;  3CCE O;  1QVF N;  3OW2 K;  3G4S O;  1KC8 P;  3CCL O;  1VQO L;  1VQM L;  1Q7Y P;  1VQL O;  1Q82 P;  1S72 O;  3CPW K;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YI2 L;  1VQ5 L;  3CCE L;  1YJW L;  1M90 P;  3G4S L;  2QEX L;  3G71 L;  1Q86 P;  1K9M P;  1W2B N;  1KC8 M;  1N8R P;  1KQS N;  1YIJ L;  1YI2 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQL L;  1VQ6 L;  1VQ8 O;  1YJW O;  1VQK L;  2QEX O;  3G71 O;  1YHQ O;  3I56 O;  3CCV L;  3G6E L;  3CME L;  1YIJ O;  1VQ6 O;  1YIT L;  3CCR L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1M90 M;  1VQK O;  3CC2 L;  3OW2 N;  1Q86 M;  1M1K M;  1N8R M;  3CC7 O;  3CCV O;  3G6E O;  3CME O;  3CCM L;  1YIT O;  1K8A P;  1VQ8 L;  3CCR O;  1KD1 P;  1YHQ L;  3CC2 O;  3I56 L;  1YJ9 L;  3CCJ L;  3CPW N;  1Q7Y M;  3CCM O;  1Q81 P;  1Q82 M;  1VQN L;  1VQ4 L;  1VQP O;  3CC7 L;  1YJ9 O;  3CCJ O;  2QA4 L;  1K8A M;  3CCQ L;  1VQN O;  1QVF K;  3CCU L;  1KD1 M;  3CD6 L;  3I55 L;  1K9M M;  3CMA L;  3CC4 O;  2QA4 O;  1Q81 M;  3CCQ O;  3CCU O;  3CD6 O;  1VQP L;  3I55 O;  3CMA O;  1VQ7 L;  1QVG K;  1K73 P;  2OTL L;  1VQ9 L;  3CCS L;  1YJN L;  1W2B K;  1KQS K;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQO O;  2OTJ L;  1VQM O;  2OTL O;  1QVG N;  1VQ9 O;  3CCS O;  1NJI P;  1YJN O;  1M1K P;  3CCL L;  1K73 M;  2OTJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ5 O;  1S72 L;  3CCE O;  4WJ0 A;  1QVF N;  3OW2 K;  3G4S O;  1KC8 P;  3CCL O;  1VQO L;  1VQM L;  1Q7Y P;  1VQL O;  1Q82 P;  1S72 O;  4N06 A;  5FCL A;  3CPW K;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YI2 L;  5DS5 A;  1VQ5 L;  3CCE L;  1YJW L;  1M90 P;  3G4S L;  2QEX L;  3G71 L;  1Q86 P;  1K9M P;  1W2B N;  1KC8 M;  1N8R P;  1KQS N;  1YIJ L;  1YI2 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQL L;  1VQ6 L;  2YZS A;  1VQ8 O;  1YJW O;  1VQK L;  2QEX O;  3G71 O;  1YHQ O;  3I56 O;  3CCV L;  3G6E L;  3CME L;  5DS4 A;  1YIJ O;  1VQ6 O;  1YIT L;  3CCR L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1M90 M;  1VQK O;  3CC2 L;  3OW2 N;  1Q86 M;  5DLJ A;  1M1K M;  1N8R M;  3CC7 O;  3NKD A;  3CCV O;  3G6E O;  3CME O;  3CCM L;  1YIT O;  4W8K A;  1K8A P;  1VQ8 L;  3CCR O;  1KD1 P;  1YHQ L;  3CC2 O;  3I56 L;  1YJ9 L;  3CCJ L;  3CPW N;  1Q7Y M;  3CCM O;  1Q81 P;  1Q82 M;  1VQN L;  1VQ4 L;  1VQP O;  3CC7 L;  1YJ9 O;  3CCJ O;  5DQT A;  2QA4 L;  1K8A M;  3CCQ L;  1VQN O;  1QVF K;  3CCU L;  1KD1 M;  3CD6 L;  3I55 L;  1K9M M;  3CMA L;  5DQZ A;  3CC4 O;  2QA4 O;  1Q81 M;  3CCQ O;  4QDL A;  4XTK A;  3CCU O;  3GOD A;  3CD6 O;  1VQP L;  3I55 O;  3CMA O;  1VQ7 L;  1QVG K;  1K73 P;  2OTL L;  1VQ9 L;  3CCS L;  1YJN L;  5DS6 A;  1W2B K;  1KQS K;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQO O;  2OTJ L;  1VQM O;  2OTL O;  1QVG N;  1VQ9 O;  3CCS O;  4P6I C;  1YJN O;  1NJI P;  1M1K P;  3CCL L;  1K73 M;  2OTJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQ5 O;  1S72 L;  3CCE O;  4WJ0 A;  1QVF N;  3OW2 K;  3G4S O;  1KC8 P;  3CCL O;  1VQO L;  1VQM L;  1Q7Y P;  1VQL O;  1Q82 P;  1S72 O;  4N06 A;  5FCL A;  3CPW K;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YI2 L;  5DS5 A;  1VQ5 L;  3CCE L;  1YJW L;  1M90 P;  3G4S L;  2QEX L;  3G71 L;  1Q86 P;  1K9M P;  1W2B N;  1KC8 M;  1N8R P;  1KQS N;  1YIJ L;  1YI2 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQL L;  1VQ6 L;  2YZS A;  1VQ8 O;  1YJW O;  1VQK L;  2QEX O;  3G71 O;  1YHQ O;  3I56 O;  3CCV L;  3G6E L;  3CME L;  5DS4 A;  1YIJ O;  1VQ6 O;  1YIT L;  3CCR L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1M90 M;  1VQK O;  3CC2 L;  3OW2 N;  1Q86 M;  5DLJ A;  1M1K M;  1N8R M;  3CC7 O;  3NKD A;  3CCV O;  3G6E O;  3CME O;  3CCM L;  1YIT O;  4W8K A;  1K8A P;  1VQ8 L;  3CCR O;  1KD1 P;  1YHQ L;  3CC2 O;  3I56 L;  1YJ9 L;  3CCJ L;  3CPW N;  1Q7Y M;  3CCM O;  1Q81 P;  1Q82 M;  1VQN L;  1VQ4 L;  1VQP O;  3CC7 L;  1YJ9 O;  3CCJ O;  5DQT A;  2QA4 L;  1K8A M;  3CCQ L;  1VQN O;  1QVF K;  3CCU L;  1KD1 M;  3CD6 L;  3I55 L;  1K9M M;  3CMA L;  5DQZ A;  3CC4 O;  2QA4 O;  1Q81 M;  3CCQ O;  4QDL A;  4XTK A;  3CCU O;  3GOD A;  3CD6 O;  1VQP L;  3I55 O;  3CMA O;  1VQ7 L;  1QVG K;  1K73 P;  2OTL L;  1VQ9 L;  3CCS L;  1YJN L;  5DS6 A;  1W2B K;  1KQS K;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQO O;  2OTJ L;  1VQM O;  2OTL O;  1QVG N;  1VQ9 O;  3CCS O;  4P6I C;  1YJN O;  1NJI P;  1M1K P;  3CCL L;  1K73 M;  2OTJ O; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...