3CYNA

The structure of human gpx8
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
ENLYFQSMINSFYAFEVKDAKGRTVSLEKYKGKVSLVVNVASDCQLTDRNYLGLKELHKEFGPSHFSVLAFPCNQFGESEPRPSKEVESFARKNYGVTFPIFHKIKILGSEGEPAFRFLVDSSKKEPRWNFWKYLVNPEGQVVKFWRPEEPIEVIRPDIAALVRQVIIKKKEDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of human GPX8
rcsb
molecule keywords Probable glutathione peroxidase 8
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2008-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3cynA00
3CYNA 1XOBA 3NZNA 3UBLA 1TK0B 4XHMA 1KNGA 4KNDA 5G31A 2GSSA 3HD5A 2DJ1A 1OC9B 2PPTA 1H75A 2PGTA 2FA4A 1X9WB 3F4SA 4HEA2 4IHUA 5IO2A 5JWQB 3CSIA 4GCIA 4NAXA 4GWRA 1CQGA 5AGYA 1ZYQB 5F8BA 2NDOA 4MZCA 4MH3A 3HKRA 1Q98A 3U5RE 1V58A 1RK4A 1X9SB 4FYUA 4RQXA 3TJJA 2IWTA 2XBIA 3D4TA 2H74A 2MMZA 2YPMA 3FEUA 2LTKA 2VCWA 3VWXA 3PH9A 3F0IA 4AJ7A 2GDRA 2HNLA 2FWFA 4BPYA 3U6VA 3GSSA 2YV7A 1PRXA 3TCOA 1S3CA 1GL8A 3EU4A 1GTAA 1X5CA 5F0GA 1FB6A 4ECIA 3C71A 4KAEA 4OCEA 5EY6A 2PMTA 1HNBA 5G5FA 1ON4A 1OC8A 3SBCA 1Y6EA 2WRTA 5FHIA 5DJMA 2P31A 2DJKA 4YAPA 4V2MA 4CW9A 5HFIA 1GH2A 5G2ZA 2KP1A 3UAPA 5F05A 4BWQA 1H4OA 2VO4A 3P90A 1EV4A 1ILOA 2VM1A 1QFNA 3TKSC 2JSZA 3FZAA 2VD0A 1NM3A 1JFUA 1JZRA 2KHPA 2YWNA 4OCFA 10GSA 2GGTA 4EL1A 3VLNA 1OAZA 4XRDA 1N8JA 1WMJA 4ML6A 4O92A 4AF2A 4HDEA 2YZUA 3L78A 5AN1A 1V9WA 4I8BA 2VUPA 1EP7A 3WD6A 1GLQA 1XIYA 3Q74A 12GSA 3HZ8A 2AYTA 4MF7A 3MAKA 2LUSA 1WIKA 2D2ZA 1WP0A 5LNKe 3HDCA 5EPFA 2LRTA 5ABRA 4F0CA 3ZVJA 2NTOA 1FB0A 4MPFA 1T1VA 2RIIA 2WGRA 4YH2A 3W6GA 1EGRA 2VL2A 4DSRA 3VWUA 2MBSA 2IFQB 5HR1A 3G7YA 2WJUA 1YEXA 1U88A 1BJXA 3CTFA 5GSSA 1XW9A 4ECBA 2H75A 4IW9A 3A2WA 2L5OA 1DUGA 1C72A 5ECIB 2I81A 4ZIJA 2WCIA 3L9VA 5ECMB 2KLXA 3FKFA 1MDIA 1S3DA 1FG4A 2CZ2A 2NVLA 5B6MA 1RQMA 4WF5A 4YAVA 3FZ4A 4GSNA 4EVMA 3US3A 2MMOA 5JWOB 3GX8A 5G30A 3BCIA 2HSHA 3IA1A 1GNWA 2C0GA 3IPZA 3DGQA 3ZMKA 1M99A 3LSZA 3L9UA 4G19A 3SWLA 1TDIA 1YJ6A 2VCTA 2EC4A 2YANA 1F3BA 2REMA 4IN0A 3HJMA 3DVWA 2DLXA 2GQLA 4CHSA 1LBKA 5CRHA 5GZZB 5CRGA 1XW5A 1R5PA 4D73A 1W4VA 2I9HA 3RPPA 3VI5A 4WKWA 1SK2A 4TR1A 4K7NA 2WULA 3TKRA 1K0NA 1YZXA 4MDCA 2C4JA 3M8NA 4MJEA 3ZVJD 4GF0A 2GZPA 4YQVA 4HJ2A 2GZYA 2JACA 1ZOFA 3HZ4A 1CQHA 1JLVA 2M46A 4IP6A 2B5EA 3APOA 2C0DA 5D73A 4IBPA 3CMIA 1GSDA 1AQWA 1O85A 4TN8A 2CQ9A 1R5AA 19GSA 2KP2A 1U3IA 2F8AA 1YKCA 2ZCTA 5DDLA 1OYJA 3GA4A 4I6XA 4DSSB 4YQUA 5A5KA 3L4NA 4FO5A 1AIUA 2LSTA 4EF0A 1RW1A 4AGSA 3ZFLA 1K0MA 2GQMA 1NSWA 2OBKA 2JADA 4WBJA 4MK3A 1ZL9A 3F4TA 1MD4A 3VFIA 3VWWA 1IYHA 3GIXA 4HS1A 1THOA 1B48A 1O81A 3HCZA 3L9SA 4BVXA 5CAXA 3RAZA 3HHVA 1K0BA 4EE0A 1SYXA 2FGXA 3IE3A 2RM6A 1TJDA 4RUVA 1B9YC 4ILFA 1YF1A 1ABAA 5CP1A 4LL4B 3KTLA 4KE3A 1AQVA 1XWGA 3F9UA 2PVQA 2X8HA 4MZBA 5DVBA 1SK1A 4TXOA 2B7JA 2JU5A 2FWHA 3CRTA 1J08A 3J7Yk 2FD3A 4GXZA 3A2VA 3M3MA 4JU5A 4L0WA 3O6TA 1M2AA 3UL3A 3UIWA 3ZRDA 4XTSA 5J41A 4GTUA 5DBQA 4F82A 5B8AA 3KCMA 5G1LA 3EWLA 3FY7A 3MDKA 2H70A 1QXHA 2GVPA 4K0NA 1Z7PA 4IGJA 4DVCA 1DE1A 3C8EA 2PN8A 4ZBDA 3VK9A 1U87A 2DJJA 1HNCA 3TKPA 1DBYA 1SKRB 2C3NA 4TR4A 4K9ZA 2I4AA 1SKSB 2IJYA 2OACA 4PNGA 3UVTA 2NPBA 4KSMA 1IYIA 1W89A 1F9MA 3PINA 2L6DA 4KW6A 1VF4A 4E8EA 3D21A 5CRWA 2QKEA 1EOGA 4FH8A 1U6TA 2ALBA 4EUYA 4MJBA 2F9SA 3NOFA 3G7IA 1TRVA 4GSTA 5B6NA 3NIVA 2GLRA 1MDJA 2XBQA 3PGTA 1B4QA 1GUHA 3VPTA 3BD2A 1F6MC 3W8SA 2B1LA 1VF3A 3ZREA 3GN3A 2WDUA 2OKAA 3LYPA 4P3YB 1O6JA 1X5EA 3L0HA 3QD9A 3A5WA 3GRXA 2C0EA 1OVNA 1TRUA 4XCSA 3TKSE 4OMVA 1FHEA 2LNSA 3RBTA 3TUEA 1V98A 2LEGA 2VLUA 3CXGA 3LXTA 2EIQA 5G1KA 3W8JA 2YZHA 3ME7A 3ISOA 3ZZXA 5E4WA 3ERFA 4BWSA 2M80A 4KCAA 1XW6A 4TOPA 3ZYWA 4L0UA 1X0RA 3F3QA 5ELGA 1T4YA 3ZFBA 1OC9A 2YP6A 3HA9A 4K6XA 1BEDA 2XPDA 1YEPA 2J23A 3GL3A 2F3MA 1PMTA 2H01A 4HUAA 1ZZYA 1YF0A 4QQ7A 2VLVA 3TRXA 2OJLA 3F6DA 4EDYA 1JLWA 3H4KA 4MPGA 5D93A 3VURA 3DMLA 2PBJA 3N9JA 2QGVA 22GSA 2HRFA 3ZMLA 3DRNA 2MZCA 1SJZA 2H76A 4HQZA 2DMLA 3HJOA 5L71A 1M2DA 3F63A 2B6MA 16GSA 3EINA 1WRYA 3H93A 1JHBA 3EU3A 1BG5A 2YNXA 3Q18A 1WOUA 2MMNA 4CDOA 1G7EA 4ISDA 1A8LA 4X43A 2MMAA 4EDZA 1NHOA 4Q5RA 2HXKA 4OO4A 4EO3A 14GSA 2K6VA 2LJKA 3LQ7A 1GSYA 1QQ2A 3FZ9A 1SL0B 5IMDA 3TKSA 2YCDA 4WR4A 5IM9A 2F8FA 2O89A 2YWOA 1TU7A 1K3LA 3V1WA 2E2MA 3DVXA 4MCUA 1BAYA 5LD0A 3I43A 3TOTA 3WT1A 1A2LA 4YQMA 1GTUA 4RI7A 1SYRA 1ERWA 13GSA 4MP4A 5INYA 5C00A 2CVBA 4ECJA 4FYBA 2N5FA 2TRCP 2VLTA 2A2SA 3QFBC 3KIJA 4XRAA 3KMNA 3M1GA 4LMVA 4NHWA 1Y25A 2GSTA 4K2DA 2N5BA 3D5JA 2IFQA 1UA5A 1SJIA 2H0GA 3IK9A 4WF4A 5IPHA 3M9KA 3DWVA 1PKZA 1QMVA 1UN2A 4ZXGA 4HU7A 3TRPA 5ECNB 5DQYA 2XC2A 2HZEB 1SU9A 5ID2B 6GSVA 5IPGA 2DJ3A 4O5RA 3QDNA 3D0ZA 3P7XA 2DIZA 1PKWA 3FZ5A 1Z7RA 4N10A 4Q5QA 4DEJA 3QMXA 4I2UA 2IN3A 4JE1A 5KN2A 3IDVA 2C3QA 4J2FA 2L4CA 1TRWA 1PQNA 4PGTA 4TVEA 4KGIA 3UEMA 2FNOA 5GAPD 1HNAA 1GTIA 4MJAA 4EXJA 3I9V2 1ZGNA 2EIRA 4TR0A 3KXOA 5CNWA 4ID0A 3ERGA 5A4UA 1G7OA 4KDYA 2E7PA 4JZQA 1A2JA 4RQRA 1YKAA 1SK0A 4KB3A 3C1SA 1X5DA 3OR5A 5J3RA 2A2RA 2GT6A 1XWBA 2J9HA 2TIRA 1WJKA 20GSA 1OKTA 1DSBA 2FWGA 2O8VB 4ZL9A 5KN1A 3S9FA 2VAFA 1PX7A 1QK8A 2HI7A 1MEKA 3DD3A 5G5EA 3GL5A 5DAKB 1AQXA 5ECLB 2OE0A 4LLRA 1GWCA 2I3YA 1LU4A 5D96A 1A2MA 2B3SA 4BA7A 4KH7A 2IIYA 2V6KA 3GHAA 1DE2A 3IHQA 2IMDA 4J57E 2GT5A 3EC3A 1UVZA 1ERTA 3KP8A 3EE2A 2LQOA 2YN1A 3TB2A 4QL9A 3ZIJA 1XWAA 4JEDA 2WS2A 1R26A 2FCHA 4N0ZA 9GSSA 2MBTA 2CV4A 4KSOA 4N0VA 3DIEA 1SKWB 4PURA 4WXTA 2H1BA 2VOCA 2VL3A 2R2JA 4DSSA 2X99A 3MSZA 4HJMA 4G10A 1WE0A 1E2YA 3GTUB 3KEBA 1A0FA 3Q19A 6GSYA 2HRNA 2H0IA 2L59A 3LG6A 4HU9A 3WGEA 4K7IA 1WPIA 1QUWA 2PVOC 2H1AA 2K9FA 3CRUA 1YDKA 2RM5A 2QC7A 2X64A 5IO0A 4L5OA 2VD1A 2HE3A 5DQSA 3GURA 2B1KA 2FLSA 2CX4A 5CREA 1SL1B 2V1MA 3TKQA 3TRQA 1VF2A 2AUVA 2O87A 4O32A 5FWGA 2IMKA 4KX4A 3FR9A 4OFNA 1YQ1A 4PQIA 2CT6A 4IQ1A 1GSFA 2EIOA 3IAM2 3TDGA 1XCCA 3IOSA 5D9TA 1NHYA 1FAAA 4HOJA 3HY2A 5IMVA 3I69A 5JWRB 1A8YA 3E0UA 2YWMA 4ZB9A 4KDUA 5IOWA 4V1Ap 4NMUA 4F2IA 6GSSA 3HVXA 5HR0A 1XOAA 3G7JA 4MABA 3I6AA 1A23A 5F07A 5J4UA 2HT9A 3GYKA 3H1NA 4XS4B 4ZB8A 8GSSA 1ML6A 6GSTA 3QAGA 2C0FA 4PQ1A 1B8XA 1ACVA 2H0HA 4QL7A 1GUKA 1KBNA 1Z3EA 2OE3A 4GSSA 1A24A 2YOIA 4L5LA 4BVYA 1TK8B 4POBA 3GSTA 3CTGA 1QGVA 4V2NA 1K3YA 4PUFC 2IMFA 18GSA 3KJYA 4ZBAA 2KUCA 4FYCA 2VM2A 4TXVA 4OWYA 2X8GA 1BYEA 1XZOA 2RUFA 4I97A 1NW2A 4HQSA 3KH7A 5FT3A 2LNTA 11GSA 1PSQA 1M9AA 4IELA 4TW5A 3KGKA 5F06A 2DC5A 1XXUA 3A2XA 4IJ3A 1AUCA 2ON7A 4IS0A 4AJ8A 2NBSA 3IV4A 3UARA 3LGCA 1ZCPA 2DBCA 2WFCA 4GQCA 1TI1A 4F03A 1TTZA 3F3RA 2IL3A 2B5XA 2H19A 4N11A 2HYXA 1T4ZA 1TU8A 3AY8A 4K8MA 5JCWA 4KUNA 4POMA 3LEFA 1SD9A 1HD2A 2H1DA 1FOVA 3TJKA 2MYGA 2R5GA 4OD7A 5HFKA 2ZUPA 3KD0A 3LWAA 2IMIA 1A0RP 3LORA 4PNFA 3EYTA 2GTUA 2PU9C 5J9CA 1SJ6A 1T00A 2V41A 2XHFA 1WWJA 4Q5NA 2JZSA 2C1YA 1M2BA 3ZL5A 3ERWA 2R6KA 3IC4A 4J56E 5ECKB 3F6FA 4GLTA 4K7OA 6GSUA 4E8HA 1OKDA 1ERUA 4K0GA 2GS3A 1FVJA 5GAND 2P5QA 1T8EB 3FR3A 3FRCA 3VI7A 17GSA 2OBIA 4X0XA 3GV1A 3KM6A 3P2AA 2AJQB 4L8EA 1AAZA 2GSRA 3EVIA 2PERA 2VCZA 4FIWA 1XPVA 1XBSA 1USBA 1I5GA 1Z9HA 4K1FA 5ECSA 2H6YA 5ECQB 2IMEA 3DXBA 3LFLA 1U3AA 4GRFA 1F37A 3QAWA 3QFAC 2OA7A 3F8UA 2R37A 2H73A 3IAS2 2R4VA 5CRDA 5KEJA 4KCEA 1JZOA 2PWJA 1J9BA 3GUSA 1XFLA 1GSSA 3IXRA 4ZBBA 2H66A 4V2LA 2ES7A 1O73A 3C73A 1Q4JA 4MF5A 1FW1A 1XVQA 1G6YA 6GSXA 4NV2A 5DALB 1OC3A 4MZWA 4WBRD 4ZL8A 2OADA 2O85A 2LS5A 4MF6A 3HJPA 4IQAA 3G9BA 3ZTLA 3K8NA 1O8WA 4ZB6A 2E0QA 2I1UA 1TP9A 2X8CA 4H86A 4TKYA 2CAQA 2LV3A 4POLA 3D6IA 1PL2A 2P5RA 1GSQA 3QOUA 1TXXA 3EMPA 3J7Yb 1K0OA 4HZ4A 4MH2A 2HZEA 5ID2A 2G0FA 2YJHA 4JR4A 2AB6A 3CSHA 4LMWA 4F0BA 4IKHA 5JCGA 1EV9A 3RHBA 4RI6A 4MJCA 3M9JA 2CAIA 4PUAA 1M9BA 2L6CA 3E9JB 2CVDA 2GQKA 2RUEA 2JZTA 4V1Ag 2H6XA 2K8SA 5JCUA 3BCKA 1ERVA 1F2EA 3GX0A 2HZFA 2GSQA 5D9XA 3ZIVA 2JSYA 1LJRA 2V32A 3EMXA 1GUMA 1GTBA 4O7HA 1MD3A 5IMFA 2F51A 3O76A 2HLSA 1XVWA 3IK7A 1R4WA 1VF1A 5ECOB 1BQ7A 3IR4A 4ZILA 3QAVA 1KEBA 3KTBA 4JR6A 4ZL7A 2AV4A 4TRXA 4BL7A 1T7PB 2TRXA 2ZNMA 3CBUA 4MLYA 3CSJA 2JL4A 2K18A 4WEYA 1Z6MA 2AAWA 4ULXA 3ZITA 3KZQA 3HXSA 2H1GA 5KN0A 5KN3A 5B8BA 2Z9SA 2DMMA 3H79A 5DJLA 3TJBA 2A4VA 4PXOA 5H5RA 4I2TA 4HI7A 1EGOA 3F4RA 3HVSA 5CO3A 5DAKA 4I5QA 4GQFA 3TOUA 2IPAA 2LRNA 2R3XA 1TOFA 1N2AA 5C04A 3GKNA 3GKXA 2BTOT 1JZDA 4OFMA 3TJFA 5DCHA 3BBYA 2B5YA 2CZ3A 1Z5YE 1SENA 3GH6A 2OE1A 4ECCA 1GLPA 5H5QA 2H6ZA 5GSTA 4XS6A 2VL2C 1HYUA 5IMAA 5ECPB 3LXZA 4NHZA 3LYKA 3FW2A 1V40A 4IVFA 5IIZA 4NPBA 5EVOA 5AIXA 3GH9A 3UMAA 3UBKA 4ML1A 1PL1A 1B4PA 3H8QA 3WT2A 1K0AA 5A4VA 1KTEA 1R7HA 4G2EA 1EEMA 4N30A 3DKSA 2CX3A 3UJ1A 3C7MA 3GTUA 5J5NA 3C1RA 3P8WA 3FYGA 1PD21 2WZ9A 4JBBA 4ACSA 2BMXA 2VCXA 1AW9A 2PUKC 1VRSD 2FY6A 4KA0A 2VIMA 2H72A 1TKDB 3IBHA 6GSWA 4DSQA 3D4MA 2BJXA 7GSSA 2FA8A 3GNJA 4G9HA 2LJAA 2DIYA 3A3TA 2DJ0A 3RDWA 1E6BA 1OE8A 3APSA 2O7KA 5E59A 1EZKA 1THXA 2VCVA 3KMOA 3MNGA 5HR2A 1SL2B 2C80A 5AIVA 1MTCA 4D73B 1F3AA 1TK5B 3E3EA 2G2QA 3FHKA 2B7KA 4TR1B 5ENUA 3GKKA 1GRXA 1TRSA 3HVVA 1FO5A 1PX6A 1JZWA 4XS4A 4Z7XA 3RPNA 3QR6A 4X1UA 3Q6OA 3RHCA 3APQA 2YV9A 5HQPA 1S3AA 2LJRA 2K8VA 1XWCA 3QCPA 5H5SA 2GZZA 4WETA 1I9DA 1BX9A 2FHEA 1B9XC 4IP1A 4NWYA 1ZMAA 2H71A 5ECHB 2FWEA 3VWVA 3R2QA 1ZYEA 5AISA 2VCQA 2FUG2 1O8XA 2V6OA 1YY7A 1V2AA 3WGXA 3MWHA 1HQOA 2JZRA 3ED3A 5D8IA 3WYWA 4EKZA 4PQHA 5IQYA 1X9MB 1ST9A 4OFTA 2QSIA 4LL1B 4MA9A 3O3TA 3JCML 1V57A 5COHA 2YWIA 4AJ6A 3VPQA 2ON5A 2P0GA 2XPEA 3GKMA 2DJ2A 1AXDA 3LJRA 5CYYA 3QPMA 5IMZA 1PA3A 2HFDA 2N5AA 3TJGA 2HSYA 4F9ZA 1O7UA 3TGZA 2LKUA 2LQQA 1EP8A 3IRAA 1K0CA 1K3OA 5D9WA 1FVKA 2KOKA 3M0FA 1URMA 3DEXA 3UOMA 2L57A 1GP1A 5DCGA 1M0UA 2RLIA 1GSUA 1M7TA 2WB9A 3KP9A 4TXOB 2DSAA 3PR8A 1J0FA 1GNEA 2YJ7A 1Z6NA 1GULA 3KH9A 5HR3A 2C3TA 2H30A 5HFGA 5D9VA 4IJIA 4POKA 1OE7A 5A4WA 5B7CA 3GFKA 2AHEA 2VL9A 3WGDA 1G6WA 1SD8A 2M72A 1VGLA 2E2GA 3ME8A 5J9BA 4MMMA 2CVKA 3UVHA 1PGTA 1TI3A 4Q5FA 5IMCA 4HZ2A 3HYPA 4LA1A 4XIHA 4EC0A 1TW9A 2V2GA 4KDXA 4WR5A 2L5LA 1PN9A 3FK8A 4OO5A 5IOXA 3BJ5A 3DYRA 1EEJA 1GSEA 5EL8A 2CA8A 1K0DA 3D22A 1T3BA 2LRCA 1MDKA 4JRRA 1AC1A 4TR3A 3ZLPA 1G0TA 4NXIA 1XWKA 2L4QA 1EOHA 1EWXA 4PX1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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