3CYWA

Effect of flap mutations on structure of hiv-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3cywA00
1TQFA 4RYGA 4DQCA 2PK5A 1EPPE 4Y3GA 4CPSA 4TRZA 5BS4A 2P83A 4Y3NA 5P0JA 4EWOA 3BVBA 5COOA 3OU4A 3TH9A 3QVCA 4Q1XA 1QBUA 5P0FA 4I11A 4Y4DA 5P6QA 4AA9A 3R4BA 5P2YA 3FSMA 4AMTA 2IGXA 2B42A 3GI0A 5COPA 2ZJIA 3RSXA 4CPWA 2WF0A 3EC0A 4Y36A 3B7VA 5P8DA 4FRKA 3PI5A 2HS1A 3Q5HA 1OEWA 3CIBA 4I8ZA 5F00A 3Q4BA 1AM5A 3SABA 3L3AA 1HTRB 5KR0A 3IXOA 3S8IA 3ER3E 4JP9A 3O9LB 5P3TA 5P63A 4J0VA 2R5QA 4I0HA 5P86A 1A8GA 3GGVA 5HVPA 5P7KA 5P7AA 1HVRA 3L59A 4GMIA 4D83A 2ZJMA 5OZ0A 4FAFA 1DW6C 5OZCA 5P4FA 5E5JA 5HCTA 4ZSRA 3K5GA 3EKYA 5P2JA 5AH8A 2NMYA 1XDHA 5P76A 4I0EA 2QI0A 4Y4AA 5OZQA 5P1IA 4EHCA 2Z54A 1SH9A 2O4NA 3S85A 3BUGA 2P3BB 1B6KA 3U71A 3QN8A 5P4VA 5P1YA 3OQDA 4J55A 5P4QA 5OZ3A 5P4LA 5P2GA 5P6EA 5P20A 4JOOA 1T6EX 1JLDA 2AOEA 5P7NA 5P70A 3SA5A 2ASIA 3T6IA 3TKWA 3IVIA 2OHUA 1EPME 3PBZA 2QK5A 3R2FA 2VA5A 4Z2ZA 4YOBA 2G69A 4GJ8A 4QJ9A 4Y3SA 4BELA 3SA6A 3EBZA 4FM7A 3ZMGA 2BKTA 5P3WA 3OXVA 4DJRA 2FGVA 3FIVA 2XYEA 3K1WA 3WB5A 1WBMA 1GVXA 2HB4A 4QJ6A 5P54A 5P66A 1EPOE 5P5GA 5I3WA 3H0BA 1FMXA 4YD4A 1ER8E 5OYUA 5P1JA 4B0QA 5P1VA 3O9FA 3ZKQA 5P30A 5P3JA 4OD9A 1ZJ7A 1HEGE 2H6SA 2PSGA 3DM6A 1HTGA 1F34A 3I7EA 3LZVA 3VV6A 3IXJA 5P88A 2ZJJA 1KJGA 1YT9A 2PYNA 3QRSA 1EC0A 3O9DA 4LL3A 2F81A 3HVGA 3S7MA 3UDYA 3LPIA 1M43A 5P1NA 5P3SA 4JPEA 1W6HA 3OQ7A 9HVPA 1BILA 1ODYA 2BQVA 2UY0A 1KJ4A 1XS7D 4Y35A 1FQ6A 5KQYA 3NR6A 5P23A 2QNNA 5ER1E 5P38A 1FQ7A 5P3FA 2F3EA 3GI6A 1HOSA 1DPJA 5P34A 1ZBGA 1BV9A 1T7KA 4J17A 2PSUA 2WECA 5P0KA 2OHKA 5KR8A 3VFBA 5DR8A 5P89A 5P5ZA 4ER4E 1W5YA 3LHGA 4Q1YA 3PWMA 3KDBA 5P7XA 1QBRA 5P7SA 4QJ2A 4U7QA 3BXSA 2ER7E 5P1OA 1DMPA 5P4JA 5ENKA 4GJ6A 1BWBA 3I8WA 3RTHA 5P5LA 3JVYA 5OZ4A 3KT5A 2ZHVA 4DJUA 2QZLA 5P1DA 5KOQA 3BVAA 3CYXA 5P2HA 3INDA 2XFIA 4YD6A 5P2RA 3SPKA 4ZIPA 3OADA 4FGXA 5P41A 3ZLQA 2QD6A 4Y4WA 5OZIA 2PC0A 3UQUA 1CMSA 5KR1A 5B18A 4BFDA 3OAGB 4GJAA 1LYAB 3HDKA 5P0SA 1RV7A 1GNMA 4IVTA 3LZUA 4Y5MA 1APWE 2P3AA 3BXRA 2OHMA 1BDLA 5P47A 4DFGA 4FSEA 1MT8A 2AVVA 3UFLA 1APTE 3PMYA 2AOJA 5DR1A 2O4KA 1PSNA 5P81A 3RSVA 2UXZA 5P1BA 4K9HA 5SXNA 5OZDA 1LYBB 4RVJA 1APVE 3VLBA 5AH7A 3BUHA 3EKTA 2F80A 3F9QA 3TPRA 2BB9A 3OUBA 3BC4A 5P4CA 4LBTA 1LV1A 4TRWA 2VIEA 3SKFA 4DPFA 1KJFA 5P3LA 5P12A 3ECGA 1ME6A 4Y48A 4H1EA 5DGWA 5P8FA 3CIDA 3Q6YA 2VIYA 5P6DA 1IVQA 1K2BA 1HSGA 3LITA 3LPKA 1FFIC 1K6CA 3OU4B 2AOGA 2QZKA 3VFAA 5P5NA 5P8QA 1W5XA 5P2XA 2RKFA 5P61A 5P8BA 1FG6C 1B5FA 3MSLA 1NSOA 4EQ0A 5P7LA 1A30A 5P1GA 3IAWA 4M8YA 3OUCA 1YX9A 4FS4A 4RCDA 3ZKSA 4GIDA 5P49A 2P3BA 3T7QA 2JE4A 2G21A 1GKTA 1TW7A 5P60A 3MXEA 4LC7A 4Y56A 3GGAA 5P5BA 3VSXA 5T4SA 3O9GA 2P8HA 5P8SA 5P11A 1AJVA 4F74A 2XFKA 4DJOA 2R9BA 2NXMA 2ZGAA 5P3KA 3OQFA 5P5DA 2FDPA 2G26A 3FNTA 3SA4A 2ZE1A 2XYFA 3DK1A 3T11A 4DVFA 4D85A 2AVQA 5P5SA 3OXXA 4QGIA 2HC0A 2QMFA 5P2UA 4L6BA 5ISJA 3TOHA 1LYWA 2QD7A 3S54A 2G1YA 1HPVA 5P2ZA 3I25A 5IS4A 4APRE 1UPJA 4Y5AA 2OAHA 3QPJA 5OZWA 4OBZB 3UCBA 2R5PA 3L5DA 1HWRA 5P2TA 3B80A 5P5EA 1SDTA 2WEDA 4RYCA 1LF3A 5P1TA 3OXWA 1G35A 1ZTZA 3SQFA 1E82E 5P0QA 4B78A 2QU2A 3K5FA 5IVTA 5ER2E 4FE6A 3D20A 4Y53A 3OTYA 4Y50A 1ZAPA 3PWWA 1UH7A 3PGIA 4NJSA 2I0DA 4F75A 4TRYA 4B1CA 5P1LA 4CP7A 3KF0A 2G94A 1C6YA 1XL5A 2G1RA 5P80A 2AOIA 2I4UA 2MIPA 5P6NA 3I2LA 3O9AA 3O9CA 5P85A 3LIYA 4EP2A 3K5CA 5P43A 4Y3TA 4OD9B 4EYRA 5P1SA 5P28A 5P3MA 4OBJA 4DJWA 1W5WA 2VNNA 1MT9A 5P8IA 3L5EA 3VG1A 2P4JA 3EL0A 2O4PA 5P06A 4H3JA 2QZWA 4D88A 4GJBA 2PWRA 4Z22A 5IVRA 3OQAA 3UDKA 3SM1A 5P7YA 5P56A 1MSMA 3ZPUA 3UDQA 3URLA 5P1RA 1HXBA 1B6LA 5P18A 5DQCA 2XFJA 4Y39A 1IIQA 5J25A 2ZJHA 4HVPA 4ACUA 5P4IA 2IENA 4Y3DA 1G2KA 4Y3QA 1MPPA 5P19A 1HPOA 3OK9A 5P45A 2I4WA 1ZSFA 4BEKA 4EQJA 3AUPA 3OTSA 5P83A 3HD8A 4OC6A 4A6CA 3PSYA 4RROA 5P0CA 4Z50A 5P7HA 2Q5KA 4Y3JA 4L7GA 2NNKA 5P4EA 5OZOA 2QNQA 5P5QA 5IE1A 1AZ5A 3MSKA 4APEA 1HEFE 5OYVA 5P1KA 5P0TA 6FIVA 5P1UA 3PLLA 2V10C 4EXGA 4Y5BA 4J1KA 5P3AA 4PPHA 3INEA 3URJA 4CPTA 5OZGA 4B1DA 5P2DA 1XN3A 2AVOA 5P5JA 8HVPA 1SDUA 1TSQA 4E43A 4ZPGA 2BPYA 1HIVA 3OGPA 4XX3A 4I0IA 3KMYA 3MXDA 4ER1E 2HAHA 1MRXA 5P8VA 1DP5A 4FCOA 2WF4A 5P02A 5P36A 4CPUA 3KFNA 1W6IA 2NMZA 2WHHA 5OZXA 5P5WA 4F76A 3K4VC 1YTHA 2IDWA 5P7ZA 4Q1WA 4YHQA 5P2VA 5P4MA 5TOLA 3TNEA 2F8GA 4H3GA 5OYRA 3LZYA 1SIPA 4Y4UA 5P77A 4LXKA 1G6LA 5P7RA 2B8LA 2BKSA 3PMUA 5KQFA 3SA9A 3NU4A 2AZCA 4NPTA 5P0IA 2B60A 1D4JA 2Q64A 4HEGA 1PFZA 5P78A 4Y5EA 4EP3A 5SY2A 1KJ7A 5P13A 4EJ8A 3VF7A 1C70A 1EPLE 5P09A 5OZ7A 2FS4A 4WY1A 3SA3A 3NU9A 3CKRA 5P53A 4S1GA 5OZRA 1FQ5A 4HA5A 3PJ6A 3PSUA 5P24A 4Y5CA 3VF3A 5P05A 3NWXA 1HBVA 4Y4XA 3HW1A 1IZEA 1B5FB 1B6JA 2JXRA 2PH6A 3OHHA 5P84A 3VSWA 1RL8A 2WEBA 1HIHA 4RZ1A 3GW5A 2V12C 5P7JA 3SACA 3GI5A 4JPCA 4TVGA 5AGZA 5P0LA 3D1YA 3T3CA 4OBZA 4Y57A 5P8RA 4YDGA 2IKOA 2QI3A 3LNKA 4KB9A 3VV8A 2QCIA 4DJYA 3AIDA 1SMRA 3INHA 2PQZA 5P0EA 1ZPKA 5P10A 5P27A 3FNUA 1NH0A 4UPJA 1BAIA 1BXOA 1F7AA 1LYWB 4FRSA 3MSJA 3EL9A 4GJ7A 5P2IA 2J9KA 1VIKA 1K1UA 1CPIA 4YCTA 1OD1A 4YCKA 4EJKA 1FQ4A 1C6XA 3PEPA 5AHAA 1EBYA 3PM4A 5P0VA 3ZOVA 3QP0A 1W50A 5P7WA 3VYFA 1K6PA 3TTPA 3SAAA 3OU1A 5P50A 3QIHA 5P7PA 5P4ZA 3EXOA 5P6AA 4Y3EA 3OY4A 5KQXA 3SO9A 5P2FA 2FDEA 4GB2A 5P3BA 1NPWA 3G72A 5P6OA 5P7QA 5EZZA 2OHTA 5P82A 5DQ2A 3LIXA 4WTUA 4YOAA 2PK6A 5P3YA 3PCZA 3BGBA 3CKPA 1J71A 4HLAA 3OQKA 2Z4OA 4K4PA 5P72A 1BDRA 5C9FA 1W5VA 4B00A 2FIVA 1MIQA 5I3YA 2VJ7A 1WBKA 3NLSA 4B77A 3WSJA 3PSGA 5P8AA 2ZHRA 2AVSA 5KAOA 3UFNA 2F3KA 4I0GA 5P0YA 3UDMA 4FSLA 3OOTA 5P87A 5I3XA 5P79A 1Q9PA 1FMUA 2I1AA 5P52A 1WKRA 2WF1A 1BBSA 1D4LA 3FNSA 1E81E 2QZXA 5P8UA 3RTNA 3VYDA 3HAUA 1YM4A 2QHCA 4FIVA 1HSIA 1FLHA 2FXDA 4QLHA 2ER0E 2PYMA 2O4SA 3QROA 1EBWA 1HVCA 4AZYA 4OC6B 4Y54A 4ZSQA 4DPIA 4H3FA 2QI4A 5P14A 3TPJA 1ZP8A 1META 1MUIA 3MWSA 2OHSA 2ER6E 1SGZA 3L5CA 2EWYA 2VIZA 5P5VA 4NJVA 5P3OA 1D4HA 1CZIE 1HTFA 1D4IA 5P6PA 1M0BA 4YBFA 1B6PA 5FIVA 5P3ZA 4EJDA 4K8SA 3PB5A 4FAEA 3GGXA 4R92A 5P6KA 5BWYA 4RCEA 1ZSRA 5P3DA 2ZJNA 3CICA 3NU5A 5JODA 4Q5MA 4D89A 5P6CA 1SGUA 3D91A 5JFPA 2QAKA 5HD0A 2I4VA 3SFCA 3EM3A 1K6VA 5P0MA 2G1OA 3TPPA 4DJVA 4JECA 5P64A 4Y3AA 1BIMA 5BRYA 3DOXA 2I4QA 1ZPAA 5P7FA 1IZIA 5P73A 5P8GA 3QVIA 3URIA 1RNEA 3I6OA 4BFBA 3TPLA 3APRE 5P5TA 2NXDA 1MESA 4Y6MA 2JJIA 3FX5A 2G22A 5P29A 2ZYEA 5P2SA 1XE6A 3INFA 3KDCA 1PPKE 1FEJC 4Y3ZA 5P1ZA 4CKUA 4J1CA 2QHZA 5P58A 5P6TA 5P75A 1BVEA 2WF3A 2FXEA 4U7VA 3EKWA 3UPJA 1IDBA 5P39A 2WEAA 5P4NA 2FGUA 5P25A 4Y3XA 4L7JA 1EEDP 2Q15A 5P8MA 5OYWA 1HHPA 4Y3LA 5P4XA 5P8HA 3ZKMA 4K4QA 3R0WA 2AODA 3TOGA 2BPZA 4ZPFA 5OZ6A 3NU3A 5HU1A 3NDWA 4PEPA 5DR3A 3ER5E 3IGBA 3VLAA 3EKQA 5P8EA 1GNOA 1ENTE 1VIJA 5P1HA 2AOCA 5P1QA 4ZE6A 3QS1A 5P7OA 5OZ8A 4TVHA 5P5MA 4DQHA 4DQEA 5P0OA 1FB7A 5P4UA 3OWNA 4GJCA 3CYWA 3TLHA 2HIZA 5P6BA 2QHYA 5HE5A 4OBDA 3D3TA 5P2LA 3S43A 3OUDA 4RRNA 2VJ9A 3VV7A 7HVPA 1HVJA 5P6IA 1FKNA 2AOHA 1QRPE 5P5IA 2IQGA 4J0PA 4Y41A 5F01A 5P2BA 2FMBA 5P4YA 2OHQA 5P3XA 3WZ6A 1EPNE 4FLGA 3ZKIA 5OYTA 4Y3YA 4DJPA 1FQXA 2Q11A 5COKA 5P37A 1B6MA 3DCKA 3G6ZA 5IVQA 5DR4A 5I3VA 4YD3A 5P59A 3VEUA 1HIIA 4KE1A 3O9HA 2BJUA 2APRA 4GYEA 2F3FA 3ZKXA 2OHLA 1GNNA 4AA8A 3IN4A 2VIJA 3LIVA 4LP9A 1RPIA 2CEJA 5KR2A 3OOZA 5P2CA 3OU1B 4Q1NA 5P0UA 2RSPA 4K4RA 2Q54A 5P55A 4RGHA 5P3RA 5P6JA 5P6UA 4HZTA 4L1AA 3PRSA 5P5YA 2RENA 2QI6A 3R1GB 2HM1A 4J1FA 4M8XA 1ODWA 2JYSA 4I0DA 4Y3HA 5P57A 1T7JA 4RCFA 2QU3A 4EJLA 5P6SA 5DQ5A 3DUYA 2A4FA 1XL2A 4B70A 3NUJA 3HZCA 1UH9A 2ZDZA 4RVIA 5OZ2A 5UPJA 3S53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TQF A;  4RYG A;  4DQC A;  2PK5 A;  1EPP E;  4Y3G A;  4CPS A;  4TRZ A;  5BS4 A;  2P83 A;  4Y3N A;  5P0J A;  4EWO A;  3BVB A;  5COO A;  3OU4 A;  3TH9 A;  3QVC A;  4Q1X A;  1QBU A;  5P0F A;  4I11 A;  4Y4D A;  5P6Q A;  4AA9 A;  3R4B A;  5P2Y A;  3FSM A;  4AMT A;  2IGX A;  2B42 A;  3GI0 A;  5COP A;  2ZJI A;  3RSX A;  4CPW A;  2WF0 A;  3EC0 A;  4Y36 A;  3B7V A;  5P8D A;  4FRK A;  3PI5 A;  2HS1 A;  3Q5H A;  1OEW A;  3CIB A;  4I8Z A;  5F00 A;  3Q4B A;  1AM5 A;  3SAB A;  3L3A A;  1HTR B;  5KR0 A;  3IXO A;  3S8I A;  3ER3 E;  4JP9 A;  3O9L B;  5P3T A;  5P63 A;  4J0V A;  2R5Q A;  4I0H A;  5P86 A;  1A8G A;  3GGV A;  5HVP A;  5P7K A;  5P7A A;  1HVR A;  3L59 A;  4GMI A;  4D83 A;  2ZJM A;  5OZ0 A;  4FAF A;  1DW6 C;  5OZC A;  5P4F A;  5E5J A;  5HCT A;  4ZSR A;  3K5G A;  3EKY A;  5P2J A;  5AH8 A;  2NMY A;  1XDH A;  5P76 A;  4I0E A;  2QI0 A;  4Y4A A;  5OZQ A;  5P1I A;  4EHC A;  2Z54 A;  1SH9 A;  2O4N A;  3S85 A;  3BUG A;  2P3B B;  1B6K A;  3U71 A;  3QN8 A;  5P4V A;  5P1Y A;  3OQD A;  4J55 A;  5P4Q A;  5OZ3 A;  5P4L A;  5P2G A;  5P6E A;  5P20 A;  4JOO A;  1T6E X;  1JLD A;  2AOE A;  5P7N A;  5P70 A;  3SA5 A;  2ASI A;  3T6I A;  3TKW A;  3IVI A;  2OHU A;  1EPM E;  3PBZ A;  2QK5 A;  3R2F A;  2VA5 A;  4Z2Z A;  4YOB A;  2G69 A;  4GJ8 A;  4QJ9 A;  4Y3S A;  4BEL A;  3SA6 A;  3EBZ A;  4FM7 A;  3ZMG A;  2BKT A;  5P3W A;  3OXV A;  4DJR A;  2FGV A;  3FIV A;  2XYE A;  3K1W A;  3WB5 A;  1WBM A;  1GVX A;  2HB4 A;  4QJ6 A;  5P54 A;  5P66 A;  1EPO E;  5P5G A;  5I3W A;  3H0B A;  1FMX A;  4YD4 A;  1ER8 E;  5OYU A;  5P1J A;  4B0Q A;  5P1V A;  3O9F A;  3ZKQ A;  5P30 A;  5P3J A;  4OD9 A;  1ZJ7 A;  1HEG E;  2H6S A;  2PSG A;  3DM6 A;  1HTG A;  1F34 A;  3I7E A;  3LZV A;  3VV6 A;  3IXJ A;  5P88 A;  2ZJJ A;  1KJG A;  1YT9 A;  2PYN A;  3QRS A;  1EC0 A;  3O9D A;  4LL3 A;  2F81 A;  3HVG A;  3S7M A;  3UDY A;  3LPI A;  1M43 A;  5P1N A;  5P3S A;  4JPE A;  1W6H A;  3OQ7 A;  9HVP A;  1BIL A;  1ODY A;  2BQV A;  2UY0 A;  1KJ4 A;  1XS7 D;  4Y35 A;  1FQ6 A;  5KQY A;  3NR6 A;  5P23 A;  2QNN A;  5ER1 E;  5P38 A;  1FQ7 A;  5P3F A;  2F3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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