3D1YA

Crystal structure of hiv-1 mutant i54v and inhibitor saquina
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d1yA00
3NU9A 3ZPSA 4KE1A 1HSGA 4FAFA 2QMFA 1FMBA 4Y57A 5P2MA 3DOXA 4RVIA 3LPJA 1EBWA 3ER3E 4J0YA 2RKFA 5P7SA 4YBFA 4AA8A 4EQ0A 3K5GA 1HEGE 2VJ9A 3HW1A 1ODXA 4RLDA 2VIZA 5P43A 5HDUA 3PEPA 3NLSA 4NPUA 5OZEA 2V00A 3ZKNA 3L5BA 2HIZA 2I4QA 1LYBB 5P7BA 1FQ7A 1ZPKA 4XXSA 4FS4A 4Y3EA 1HVIA 4FGXA 4JPEA 4TRZA 3I8WA 3ZL7A 3CKRA 1QS8A 1ZJ7A 4GJ5A 3NDUA 4DQBA 3B7VA 2MIPA 1HBVA 2HPFA 3APRE 5P4RA 1HTEA 1ZSRA 3TPPA 4OD9A 1D4KA 4I8WA 5P0NA 5P4YA 4HLAA 5P52A 5ENKA 5APRE 4I11A 1ZTZA 4L7HA 3UDJA 3HDKA 3LIYA 4DQGA 4RZ1A 5KR1A 5P2TA 5P2UA 3O9AA 2WKZA 4XKXA 4FRKA 3L59A 3D91A 1A8GA 4EWOA 5P6DA 3R2FA 1B11A 2AOCA 4J0PA 3EKTA 2AIDA 2OHPA 2ZHVA 5P1OA 4OBKA 4XX3A 4Y3LA 5P7VA 2G1NA 1T7KA 4Y4WA 3TKGA 2OHSA 5OYRA 1SBGA 1DMPA 5IVQA 5P20A 4Y3HA 4GJDA 5OZQA 4J55A 5P2VA 1FQ4A 4ER4E 1IIQA 3KA2A 3QIHA 5P3SA 4Q5MA 4E43A 2V12C 4F74A 4YDFA 4HE9A 3SACA 5DR4A 4JOOA 3WB5A 5OZ3A 5P0YA 2V11C 4ZSMA 3O9LA 3R4BA 5P29A 1YTHA 5P42A 5P2DA 5PEPA 3KMXA 2Q64A 2ASIA 2QD8A 5P2EA 5P27A 3C9XA 4ZPGA 3H0BA 2O4LA 4IVTA 3UDRA 3ZKQA 2B60A 1DIFA 1CPIA 5P7FA 5P2CA 1FQ8A 4GJ7A 2AOHA 5P3DA 4QGIA 1LF2A 5P6VA 5COKA 2RSPA 2WF0A 3OWNA 3QI1A 3NUOA 7UPJA 4KUPA 4Y3MA 4OBJA 3ZOVA 4YCKA 2VJ7A 5P4FA 5DR0A 1IZHA 3CICA 1F7AA 3SA3A 4JPCA 5P0XA 1FMXA 1EC0A 4FM6A 5HD0A 5P5HA 2PQZA 5P0KA 1DAZC 5OZ5A 4RCEA 3MXDA 3MXEA 5IVTA 2P83A 1N49A 5HDZA 2H6SA 2V13A 3GGVA 3VCMA 5OYSA 3KYRA 3PMYA 1WBMA 2QZKA 4H3FA 5P5RA 1VIKA 5P4QA 2BPWA 3QBHA 2ANLA 2WEBA 3VLAA 2P4JA 2G1RA 5BS4A 2IGXA 1NPWA 3G72A 1BDRA 5P4VA 5P76A 2ZJKA 3TNEA 1FQXA 1BV7A 2QP8A 5P6JA 3VV8A 5P5WA 5P8SA 5P0VA 3UTLA 3S85A 5P1HA 5P58A 1PROA 5P3FA 5EZXA 4AA9A 2BPZA 5P40A 6FIVA 1W51A 2O4KA 2I0DA 4FIVA 3CYXA 5P83A 1FQ6A 5KOQA 4NJUA 4Y3TA 4B05A 5P88A 5P8CA 3IN3A 4Y3XA 4J1EA 5DR3A 5P1SA 2V10C 2G22A 3PMUA 1SGUA 1YTIA 1ZPAA 3INHA 1HIVA 5P6OA 5P3EA 3BC4A 5P48A 2NMYA 3O9EA 2JJJA 5P2GA 2B42A 3UQPA 5P8UA 2FMBA 3PWMA 3OTYA 5P8OA 3U6AA 1J71A 1AM5A 3D1ZA 5P32A 3OQKA 3L5CA 5P6YA 3OY4A 1Z1HA 3L5DA 5P2YA 4DJQA 3LIXA 3QRMA 5P1IA 5OZSA 3LZVA 4A4QA 2PSVA 5OYTA 5P65A 3VSXA 5JG1A 1MTBA 3WZ8A 2QI3A 4L6BA 5P06A 5P35A 4YA8A 3IN4A 5ISJA 3Q6YA 1HIHA 5P10A 1NSOA 2IQGA 1RQ9A 5P09A 5P7GA 5C9DA 5P80A 2AOEA 1KJ4A 5P39A 3PI5A 3IVIA 1PFZA 3IXKA 5P0RA 5P5ZA 5P8JA 2F3FA 5P6LA 1IVQA 3BHEA 4GJ6A 1GVWA 3OXVA 3PB5A 3QP0A 1IZDA 5SY2A 5P6UA 5HCOA 1YTJA 1GNMA 1WKRA 3UQXA 4QJ8A 4Y43A 3URLA 5P8PA 3Q3TA 5P2RA 2AOJA 4B00A 1QBUA 1B5FA 5P1KA 4EXHA 5P7NA 1A30A 4R95A 3FNTA 3ZMGA 2IGYA 1SIVA 4Y3ZA 3UQWA 2B8VA 2G26A 3O9CA 5OZ9A 4Q1NA 4U7VA 2OHMA 5P81A 4Y4GA 2HC0A 4Z22A 3S7MA 4ZPEA 5P7UA 5P63A 3PSUA 5P6WA 5P79A 4R93A 1AJVA 1PSAA 4PEPA 5P2IA 1KJFA 1YT9A 5P50A 2BPYA 5P3KA 3TPRA 3T7PA 3PLLA 2RENA 5P17A 5P4GA 1C70A 5P1GA 4ZSQA 4FE6A 2I4UA 3GI4A 1META 4Y56A 1MPPA 5P4NA 5OZUA 4CPWA 1GNOA 3D1XA 2ZJIA 3KMYA 2FXEA 3HAWA 5P0GA 5P2XA 3VF5A 3SA8A 4H3GA 5HCTA 3OGPA 1M43A 4I0EA 4RRNA 5P3JA 3BXSA 3QRVA 5P5VA 5ISKA 5HTZA 1APTE 5P0QA 3T6IA 5P3MA 5HDXA 1E82E 5OZWA 2IEOA 1SDUA 4HZTA 1SDTA 1C6XA 1SGZA 5P1XA 5P6SA 5KQZA 5OZNA 1VIJA 1A9MA 5P7DA 3EL4A 2P3CA 1IZIA 2NXMA 5P3XA 4OBZA 4EXGA 3SM2A 4FAEA 3JW2A 5P64A 4GJAA 3UCBA 2VA7A 3ER5E 3ZKMA 5P3WA 3BGBA 1BWAA 5P3ZA 2ZDZA 3OU4A 3KFSA 4CPSA 5P0AA 1TCWA 4L1AA 2V16C 2WF3A 2BJUA 4Y4XA 2O40A 3BVAA 4Z50A 2PMAA 1IVPA 5P4KA 2AVSA 1EC2A 2NNPA 4J0TA 4DJYA 1RPIA 2WEZA 3L5FA 2JJIA 4NJVA 1EPOE 3R0YA 5P7HA 4HDPA 4ZLSA 4X2LA 1E80E 1EBYA 3I6OA 5P3IA 5AH7A 5P4WA 4Y4JA 1G35A 5P77A 1CMSA 3BVBA 1BV9A 2ZHSA 5I3XA 5P6IA 3Q5HA 4D89A 3WZ6A 1GNNA 4EQJA 3B80A 4HVPA 3EL1A 3O9DA 2F3EA 1AAQA 5P31A 3QROA 3KM4A 4OD9B 3TPLA 3UDPA 4GB2A 5P5CA 5P8EA 3K5DA 3H5BA 5UPJA 4LP9A 4QLHA 4DJPA 3FSMA 4K9HA 3VEUA 5KQXA 4Y47A 5P6XA 4Y6MA 2Q54A 3LHGA 5P6MA 5P8AA 1TSUA 5P37A 5E5JA 4RGHA 2QI6A 3APPA 4J1CA 4K8SA 3OAGA 3PVKA 2IS0A 3HVPA 1K2CA 4Y4TA 3DV5A 3PM4A 5OYWA 3NXNA 1AXAA 5OYXA 2XYEA 5P4BA 1BBSA 3PI0A 1XL5A 4CPRA 4LXMA 5P8KA 4DJXA 1LEEA 4Y41A 3OQFA 1WBKA 5P5YA 5CLMA 5P16A 1FLHA 3O9IA 5P2AA 5P6AA 3QAAA 2Q55A 3EL9A 2F3KA 3GI5A 3U71A 5P7OA 2ZJJA 2NNKA 2R5QA 4JP9A 3OU1A 2SAMA 5P1BA 2ZE1A 1F34A 2QK5A 1W5YA 5P38A 4WTUA 1RV7A 3O9LB 3PGIA 3ZPUA 1PPME 2FXDA 2R43A 5P05A 3VYDA 4DPIA 4MC1A 1FQ5A 4ZSRA 2ZJLA 4KE0A 5P47A 3LPIA 5P70A 5P2SA 2WJOA 5P6ZA 3NDWA 5P6RA 3U7SA 1QBRA 1SP5A 5P44A 4GYEA 3D3TA 1BDLA 5OZKA 3G70A 3INFA 1MT9A 3D1YA 4Y4AA 1M4HA 3OXCA 4R92A 2G27A 4MC2A 4ACUA 5P1CA 5C9BA 1XDHA 4HEGA 2J9JA 3QBFA 4DQHA 2NMZA 4ZIPA 1OHRA 5P2KA 1EPRE 3O99A 3KN0A 5DR7A 2ZGAA 1ZLFA 4DQCA 2QI7A 4J1IA 3BRAA 1MTRA 3VG1A 5BRYA 1EPPE 4WY6A 4LL3A 3DCRA 1HWRA 3S43B 1YG9A 1PPLE 4TVHA 3EL0A 5P8MA 5C9FA 5P5FA 1BXQA 2PYMA 1ME6A 2QMGA 3OTSA 1UH8A 2UXZA 3OADB 4CKUA 3BUGA 3DM6A 5P5UA 2VIJA 5P8TA 1HVLA 3TL9A 4CPQA 2IENA 2I4WA 3MSJA 3PLDA 5P1MA 4I0HA 3OUAA 6APRE 1IBQA 3SA5A 2OF0A 1EPNE 4FLGA 5P6GA 1HPVA 5OZ0A 4LXAA 5P7KA 2VJ6A 2WECA 5I3VA 3LITA 3NWXA 3QS1A 5P61A 4EPJA 2F80A 4R91A 5P6HA 3TKWA 3UDNA 3S56A 5FIVA 3EL5A 7HVPA 5P8VA 4YDGA 3AUPA 5EZZA 1FB7A 4Y3PA 3IGBA 2ZJHA 5P7YA 4Y51A 2OHTA 5P1PA 1Q9PA 2IL2A 2Q5KA 5AHBA 4OBHA 1HPOA 1D4HA 3NU5A 2FDEA 1K2BA 3R0WA 5OZJA 4Y3SA 5OZBA 5P56A 2UY0A 5AH6A 2R5PA 3OUCA 5OZMA 1HTFA 1SDVA 3EKVA 5J25A 3NR6A 5AHAA 4B72A 5P3QA 3HBOA 3D20A 4NJSA 4I12A 5HU0A 5P4CA 1PSOE 3O9BA 5P6PA 5P0WA 3EMYA 4I0DA 5P8RA 4Z2ZA 1C6YA 1GVUA 2WEDA 1SIPA 5P5IA 3NYGA 5BWYA 1KJ7A 2VIEA 2HAHA 3PBDA 3S43A 2FNTA 4ER2E 5OZAA 2PSGA 2FGVA 3OQAA 4Y5MA 4DJRA 3RTMA 4D88A 4M8XA 5P15A 1EC1A 3ZLQA 2XFJA 5P7LA 3OADA 4GJBA 1LV1A 5OZLA 3EKYA 2XFIA 5P67A 3EKXA 3UF3A 1XE6A 1HHPA 5P11A 5KR0A 3UQRA 3OXXA 2QI5A 3T7QA 4J17A 5P4XA 2IKOA 3VV6A 5DQ4A 3SO9A 4DJOA 3OOTA 3BUHA 2I4DA 3K4VA 2NPHA 4FRIA 1E81E 2AZBA 3NXEA 2WF4A 2B8LA 5P03A 2FDDA 2I4XA 1B5FB 4IVSA 4QJ7A 2ZYEA 2OAHA 5P5AA 1PSNA 3S8IA 5P18A 3EKWA 5P4OA 5P8IA 5OZIA 1GVTA 4YD5A 3HD8A 4CPUA 4U8WA 5P7AA 5P3HA 1DW6C 1A94A 2RMPA 3A2OA 5P84A 3TH9A 1MT8A 5P5JA 5P3NA 2ZHUA 4RVXA 5P1ZA 1BXOA 3LZUA 4NKKA 4AMTA 1D4IA 1GVXA 5P89A 1HOSA 5P53A 1ZAPA 3OQDA 1HIIA 3URJA 2HB3A 3QVCA 3OQ7A 5P68A 4LHHA 3KFNA 1W6IA 5P5TA 4JECA 3RSVA 5P5OA 2Q63A 5P6TA 4L7GA 3WZ7A 3LIZA 4OBGA 2QHYA 3IVHA 2O4NA 4J1FA 4AUCA 3LZSA 4A6CA 3PJ6A 1CZIE 5IVRA 3BXRA 5P5DA 5B18A 4X7IA 3LNKA 1SMEA 4EJ8A 5OZXA 2QHCA 5KQFA 1QBSA 2PH8A 4OBZB 2A1EA 3EM3A 2PK6A 5P08A 4R5NA 1U8GA 1FEJC 5KQYA 1G6LA 1AIDA 4Y50A 5P14A 1EBKC 3UDYA 2FIVA 2I0AA 2Z4OA 3Q4BA 3OU4B 1QDMA 5P4JA 4Q1XA 2B7FA 2JE4A 1MT7A 4L1AB 4I0GA 2J9KA 3TPJA 2HM1A 4DH6A 5P55A 2FGUA 2PWRA 3MWSA 5P1NA 5P75A 4GIDA 5ER2E 4GJ9A 5P0MA 2QNNA 3O9GA 1AJXA 3BUFA 4TVGA 2QI0A 4EHCA 1D4JA 4HDBA 5P5GA 3NDTA 4I0FA 4Y9WA 2PYNA 4PHVA 3FIVA 5DGWA 5P2BA 5P0JA 1W5VA 5AHCA 5JFPA 2VNMA 4FSLA 1NH0A 5P4LA 4ZEAA 4PZWA 1K6TA 1TW7A 4BELA 5P72A 3S53A 5P54A 3VFBA 1E5OE 4Y3FA 2VA6A 5IS4A 2NXLA 5P34A 4FRSA 4FL8A 5P85A 4YOAA 3KFRA 1NPAA 2JYSA 3I7EA 4YE3A 5P7TA 1LYWA 5P8QA 2OHQA 1HVCA 4Y3GA 3KDBA 3OUBA 5P2HA 1FG6C 5I3WA 2IDWA 5P1FA 1FFIC 2BKTA 3OAGB 4TRYA 5P3GA 2PH6A 2ER7E 4B1DA 5P4IA 5P3OA 5P45A 5P3AA 1XE5A 5DGUA 2G21A 5P4DA 3UFNA 2QCIA 5P25A 3PWRA 5P5SA 3K5CA 3L58A 2P3BA 3VYFA 3PSYA 4QJAA 1TCXA 4N00A 5P26A 2O4SA 4NPTA 4Y44A 4Y4UA 3RSXA 5P2ZA 4ZE6A 4I0ZA 5P8DA 5KOSA 5JFUA 2BKSA 5P7RA 4HA5A 2VS2A 3TOGA 2QNQA 2AVVA 5P36A 5COOA 2G20A 5P87A 5KAOA 1FIVA 3KT2A 5P4ZA 2AZ9A 5DR1A 4GJCA 3T11A 3OU1B 5P5PA 3LINA 1TSQA 1ENTE 3HVGA 5P3YA 5AH9A 5P46A 3ZKXA 3PCZA 1HVJA 3UDQA 1YM4A 5P0CA 1MSNA 5P2LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU9 A;  3ZPS A;  4KE1 A;  1HSG A;  4FAF A;  2QMF A;  1FMB A;  4Y57 A;  5P2M A;  3DOX A;  4RVI A;  3LPJ A;  1EBW A;  3ER3 E;  4J0Y A;  2RKF A;  5P7S A;  4YBF A;  4AA8 A;  4EQ0 A;  3K5G A;  1HEG E;  2VJ9 A;  3HW1 A;  1ODX A;  4RLD A;  2VIZ A;  5P43 A;  5HDU A;  3PEP A;  3NLS A;  4NPU A;  5OZE A;  2V00 A;  3ZKN A;  3L5B A;  2HIZ A;  2I4Q A;  1LYB B;  5P7B A;  1FQ7 A;  1ZPK A;  4XXS A;  4FS4 A;  4Y3E A;  1HVI A;  4FGX A;  4JPE A;  4TRZ A;  3I8W A;  3ZL7 A;  3CKR A;  1QS8 A;  1ZJ7 A;  4GJ5 A;  3NDU A;  4DQB A;  3B7V A;  2MIP A;  1HBV A;  2HPF A;  3APR E;  5P4R A;  1HTE A;  1ZSR A;  3TPP A;  4OD9 A;  1D4K A;  4I8W A;  5P0N A;  5P4Y A;  4HLA A;  5P52 A;  5ENK A;  5APR E;  4I11 A;  1ZTZ A;  4L7H A;  3UDJ A;  3HDK A;  3LIY A;  4DQG A;  4RZ1 A;  5KR1 A;  5P2T A;  5P2U A;  3O9A A;  2WKZ A;  4XKX A;  4FRK A;  3L59 A;  3D91 A;  1A8G A;  4EWO A;  5P6D A;  3R2F A;  1B11 A;  2AOC A;  4J0P A;  3EKT A;  2AID A;  2OHP A;  2ZHV A;  5P1O A;  4OBK A;  4XX3 A;  4Y3L A;  5P7V A;  2G1N A;  1T7K A;  4Y4W A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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