3D3DA

Bacteriophage lambda lysozyme complexed with a chitohexasaccharide
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
154
Chain Sequence
MVEINNQRKAFLDMLAWSEGTDNGRQKTRNHGYDVIVGGELFTDYSDHPRKLVTLNPKLKSTGAGRYQLLSRWWDAYRKQLGLKDFSPKSQDAVALQQIKERGALPMIDRGDIRQAIDRCSNIWASLPGAGYGQFEHKADSLIAKFKEAGGTVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the lytic transglycosylase from bacteriophage lambda in complex with hexa-N-acetylchitohexaose
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage lambda
total genus 56
structure length 154
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.2.n2: Peptidoglycan lytic endotransglycosylase.
pdb deposition date 2008-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3d3dA00
1PS5A 2HEFA 1B7QA 1REYA 2YBHA 2FYCA 2IHLA 4HV2A 1IWUA 3P4ZA 1GF4A 2BQOA 3QE8A 4XJFA 3W6EA 2BPUA 1NDGC 4BADA 1JSFA 1F6RA 1GBZA 1HMKA 4HJYA 3MGWA 4NGIA 4ETAA 1D6PA 1DPXA 1KXWA 4ETCA 4NG1A 1IWTA 2Z39A 4GN3A 5B05A 1CJ9A 1JJ1A 3OJPA 3KAMA 4N1CC 1J1OY 2EKSC 4X3BA 4Z46A 1JTTL 2DQFC 1JISA 1IC5Y 1LZ9A 2H5ZA 3LHMA 4GCFA 1B2KA 2DQGY 1IP1A 1LZ6A 3G3AB 3P65A 3QY4A 3AZ4A 1D0MA 1B7SA 1QSAA 2VB1A 1YILA 4G9SA 6LYZA 3CQLA 1JJ0A 1GFVA 1GFHA 1QUTA 2BQMA 3BKHA 4O34A 5F16A 5IHGA 4LYZA 4WG7A 2G4QA 3WPKA 4ETEA 2ZILA 1REZA 8LYZA 1LMAA 1UIBA 3LYMA 1B7PA 1FKQA 1UIGA 2C8PA 2DQDY 1BB7A 1HFXA 1GF8A 5IDDA 1QTKA 2Y8PA 5D5CA 3WL2A 2DQIY 9LYZA 3WMKA 1TDYA 1FLUA 1DKKA 1NQIA 1WTMA 2F4GA 3ULRA 1AM7A 3A3RX 4NFVA 4RLNA 4B49A 4ZIXA 1DZBX 3T6UA 1NWGA 2I25L 3LYTA 1AZFA 1OUFA 5F81A 4PGJB 4NGOA 1FLWA 3GXKA 4N0JA 4G4HA 1AT5A 4HPIA 1NBZC 4RLMA 2BQBA 5IELA 1I20A 1CJ8A 1LSAA 1LOZA 1G7JC 1E8LA 1JPOA 3CT5A 4XJIA 1IWVA 1YKZX 2Z18A 1WQNA 3B0IA 5A3ZA 2MECA 1P2CC 5B59A 5LA5A 1YQVY 4KL7A 3QNGA 3RNXA 3J4GA 3TXBA 2ZNWY 1BHZA 4B4EA 5HNLA 4FDYA 2CGIA 4YM8A 3P64A 1FLQA 1NBYC 3ATNA 3LN2A 4WL6A 4YF2A 4FJRA 1BVXA 3T36A 3J6KA 3B72A 1IOQA 1LZCA 1GFEA 1CJ7A 3LZ2A 4II8A 2MEEA 2HEEA 2Q0MX 4CJ2A 3AZ7A 3A34A 2D91A 1Z55A 2BQCA 3A92A 1YKXX 1JHLA 7LYZA 4N9RA 3P66A 5ILCA 2LYZA 1LZTA 1KIQC 1YL1X 4NGLA 1JIYA 1DI5A 1W08A 1REXA 4PJ2C 2MEAA 3TMXA 1W6ZA 5B1GA 3LYOA 3WU9A 1C10A 1J1PY 2I6ZA 1GXXA 3W6BA 1JITA 1LZ1A 1EQ5A 1OUGA 3EMSA 1V7TA 1LJIA 4N1EI 4LT2A 1GBSA 3RZ4A 2D4IA 1ALCA 5KJ9A 1F0WA 5LYMA 4H93A 3CSZA 3D3DA 2FYDA 1OUHA 1BWJA 207LA 3AB6A 4DT3A 1FBIX 4I0CA 1IOCA 1GFUA 1GB8A 5HMVA 5F9XA 1OUJA 1LSZA 1C08C 1IO5A 1B5UA 1CNSA 4DDCA 2DKVA 2Z37A 1VATA 2YDGA 1LJNA 4WO9A 4LGKA 4XADA 1YAMA 5HQ1A 1EQEA 4WM6A 1OUAA 4GCBA 1IWZA 3A8ZA 5LXWA 1IOSA 3IJUA 1BB6A 1LMCA 1QDTA 4NGVA 1GHLA 1LZBA 1CKGA 1HF4A 1JTOL 4H9FA 1BB5A 4MSTA 1I56A 4LZTA 3A95A 1LHHA 1HSWA 2ZIKA 4H9EA 1GAZA 2HEDA 1HC0A 3EBAB 3AYQA 132LA 2BAAA 3D9AC 3HBEX 4N8ZA 3VWOA 1F6SA 1LSMA 3TMVA 4DDAA 1IP3A 1HHLA 1GD6A 1REMA 4OWAA 3A67Y 2A7FA 4TWSA 1IWXA 1XFPL 4G49A 4ETDA 4ET9A 2LYMA 4ANRA 5KXLA 1IR9A 4B4JA 2YBNA 1LZEA 1D0LA 4LT1A 1JTPL 3HBDA 2DQEY 2HU3A 1FN5A 5C6IA 4C5FA 1B7LA 1BWIA 4NHTA 2DQAA 4NIJA 1BB4A 2LYOA 5FHWA 2Z38A 5HMJA 5LVHA 1HSXA 4H8ZA 3HFMY 2AUBA 1NMMA 3B0OA 5LYZA 4QY9A 3AW7A 1C45A 5KXYA 133LA 2WARA 4H91A 4MCKA 1TCYA 1LJ4A 4GCEA 1H6MA 5FEKA 1LYOA 4YENA 153LA 2HEBA 1IWYA 1LSYA 1IC7Y 2W1XA 2Z2EA 3A94A 2I26L 208LA 5FELA 4ET8A 1LZ8A 1NHEA 4PRQA 4B1AA 1OP9B 3AZ5A 4NHSA 1ZVYB 4BAFA 1YAQA 3GXRA 5KXTA 1LHJA 4NSGA 4Z3MA 5EBHA 3E3DA 3G3BB 2BQKA 2EPEA 3LZTA 1GF3A 1LZ5A 4U3XB 4D9ZA 1AKIA 1G7MC 4H94A 5L9JA 1H87A 1MELL 2YVBA 4H8YA 4AGAA 1LYZA 1IWWA 5DL9A 5A3EA 2CDSA 1NF5A 1UBZA 4H90A 4NSJA 4CFPA 4DYGA 3AGIA 3OK0A 1I1ZA 2RSCA 3TMUA 1G7LC 1RJCB 2BLXA 3EO5A 4NSIA 1LCNA 1LSNA 5ILFA 1IORA 3TXIA 2ZQ3A 5KXZA 1B7OA 4HP0A 1ZV5L 1GFRA 2D4KA 2DQJY 1JKCA 1LMQA 2XTHA 1LZRA 4HPEA 5L3HA 4NHPA 5FCPA 3TXKA 1JKBA 1YIKA 3LYZA 2BQNA 4H92A 1DPWA 2C8OA 1YANA 5APDA 1LJHA 2F4AA 3TXHA 1GB3A 2DQCY 4P2EA 1GF5A 1T3PA 1IP7A 2NWDX 3FI7A 1PZYA 4N5RA 3A91A 1WQQA 3W6DA 3ZEKA 3WPJA 5LVGA 4OW1A 1QDRA 4Z98A 2FBDA 2ZIJA 1RI8B 4HTQA 1B7MA 4H1PA 4PPOA 3P68A 4IJ4A 2MEBA 1OUEA 3K3TA 1KXYA 1XGTC 3M3UA 5F9UA 4GN4A 4H9AA 1O23A 1LSDA 1EL1A 1LJJA 1LMNA 1GWDA 1LMPA 1GXV2 1HMLA 1VDQA 4AXTA 2HU1A 1UA6Y 1ZMYL 1LHMA 1VDTA 1FLYA 4IASA 4M6DA 4NHQA 1G7IC 3WU7A 1AT6A 1D6QA 4QGZA 1BQLY 4HJVA 1LJFA 1GBOA 1YAPA 4TTDA 2W1YA 1C7PA 4WL7A 5I4WA 5DN4A 4WG1A 1UUZC 2G4NA 4W94A 1IVMA 1BGIA 5I4YA 193LA 5I5QA 1FDLY 4W96A 1D0KA 5LA8A 1LSFA 3AZ6A 2HEAA 4NGKA 1OQMA 1LSEA 1GBYA 2YBJA 4OWEA 1KXXA 2IFFY 4WM2A 1B5YA 2ZWBA 4C3WA 2HTXA 1GB5A 4NWEA 4NWHA 1UICA 5DN5A 1IR7A 1IR8A 3A93A 4M4OA 3W6FA 1LYYA 1UACY 5M1YA 5LAFA 4WLDA 2B5ZA 1QUSA 1GF7A 3TXDA 4J7VA 4WOAA 1B7RA 1DKJA 4DDBA 1GDWA 2ZNXY 4NGJA 4PRUA 4NY5A 1DI3A 3CT1A 4R6CA 2BQIA 1BWHA 4XJGA 4LFXA 1LZGA 1GE1A 2D6BA 4WMGA 1XEIA 1GAYA 2YBMA 2MEFA 3CT0A 1DXJA 4WM5A 1GE4A 4A7DA 4WLXA 4H9IA 1GBWA 1LJEA 3BKVA 5APCA 1KIPC 3WYHA 1YAOA 1OUBA 1UIAA 4CFOA 1IP5A 4EOFA 2N5ZA 3TXGA 1B9OA 1GPQC 4BS7A 3RU5A 5KXXA 1IX0A 1TEWA 3CB7A 4HJZA 4NGZA 4H8XA 4WM3A 1GB2A 1BB3A 1OUIA 3WUAA 4NSHA 4XJDA 1DI4A 5FSTA 1GFKA 1LHIA 4XJHA 4QDNA 2BQEA 5J7CA 5I54A 4OOTA 1LJKA 1LAAA 1RCMA 1UCOA 4DD2A 4CGEA 4H9CA 4BAPA 1GB7A 1HEOA 2H9KA 2LZ2A 3A3QA 4J0LA 1FKVA 4LYTA 4XYYA 5HLLA 4OWCA 4OWBA 1HENA 4NG8A 1F10A 1GB6A 4LYCA 2PC2A 3TXJA 3WXUA 4NEBA 1QQYA 4UWNA 2DQHY 2EIZC 5F14A 1LKRA 3WVYA 135LA 1QSWA 4ETBA 1G7HC 1LKSA 2MEIA 2YBIA 1LSCA 2MEHA 4GCCA 4Z41A 2LZTA 3CSRA 1IEEA 5KY1A 4QEQA 1LYSA 4G4BA 2HUBA 1TAYA 4H9HA 5LINA 2XBRA 4WLYA 1XGUC 1LJ3A 2BQHA 1GF9A 3ZVQA 1A4VA 1HNLA 2EQLA 2A7DA 3TXEA 4NGYA 4DD9A 3CSQA 2BLYA 1C46A 1KIRC 1UIDA 1HERA 1WTNA 1IIZA 3EXDA 1UIEA 5DM9A 1CKDA 1XGPC 2Z19A 4DC4A 1VFBC 1YKYX 1NKHA 3W6CA 4XN6A 1CKCA 1LZYA 3WULA 1B5WA 1GDXA 3RW8A 5E4PA 1WQPA 2DBTA 4DD1A 4L41A 1HFZA 1C43A 4HTKA 3WH1A 3WPLA 3M18B 4H9BA 4TSCA 1GEZA 1CKFA 4GN5C 4ML7A 2W1LA 1JUGA 3W6AA 5LYTA 5D5FA 4OWHA 4OOOA 1HEMA 1SQ2L 5KXKA 5B1FA 1GF0A 1EQ4A 1GF6A 1VDSA 2MEDA 5LVKA 2BQAA 2BQLA 1GEVA 1UIHA 2CWIA 1JJ3A 4DD7A 4G4CA 5C6JA 4TSBA 4XENA 1IOTA 5KXRA 5HNCA 1HEWA 1WQMA 1LZSA 1LSPA 4YEMA 3AGGG 1IC4Y 1OUDA 4LYBA 4YOPA 4YEOA 1LMOA 1MLCE 1VEDA 3AGHA 1WQOA 4J1AA 1JKAA 2YSSC 4DD0A 1QIOA 2XBSA 1LZAA 5LVIA 5KKIA 5KXWA 4TUNA 4TX7A 1NDMC 5KKJA 1IP2A 1LHLA 2G4PA 1GE2A 4GCDA 5B06A 1WVVA 1WVUA 1JEFA 3ZVQB 4B0DA 1GB9A 1HELA 2BQFA 3FE0A 5KXPA 1D9UA 1XGRC 5I4XA 1QTEA 1UIFA 3AW6A 4UWUA 1GE3A 2CJLA 5JENB 1GB0A 1B5VA 4LT3A 4R0FA 4IATA 1VDPA 2F2NA 2H9JA 5LIOA 4EMNA 1JSEA 1LJGA 4I8SA 5LVJA 4DWXA 1V7SA 1N4FA 5APEA 1YL0X 3A90A 4XJBA 194LA 4RW1A 1IP4A 3WUMA 2W1MA 2F30A 1WQRA 154LA 6LYTA 3TMWA 5I53A 3WW5A 4WO6A 4KPMA 1VAUA 1DQJC 1LPIA 2ZQ4A 4J1BA 5FDJA 4HSFA 1LSBA 4WM1A 5E9RA 4ZFPA 1T6VL 1SLYA 1HFYA 4NHIA 3B6LA 5KXSA 1XSFA 4HTNA 4ZEEA 1IP6A 1LTMA 3TXFA 4MR1A 5II3A 4GLVA 4WLTA 4DD3A 1GBXA 3WU8A 4UWVA 1GFGA 1B5ZA 3A96A 1XGQC 4KT3A 5C6LA 5KXOA 5K7OA 4RDSA 5L3IA 1LZNA 2GV0A 4NGWA 4LYOA 1RE2A 4WM4A 2Z12A 1J1XY 3N9EA 4HV1A 1LZDA 5APFA 2LHMA 3RT5X 1BVKC 3N9AA 2Z2FA 1RFPA 5KXNA 1JKDA 1LZ4A 1IY4A 1YROA 1HEPA 3ATOA 2YBLA 2BQGA 1TBYA 3A6BY 2X0AA 1B7NA 5AMYA 1ZVHL 1HEQA 2BQDA 4KXIA 1UC0A 4B4IA 2ZYCA 1A2YC 1CKHA 5B07A 1B0DA 1JWRA 2XJWA 1GE0A 1XEKA 3N9CA 2FBBA 5KXMA 4LYMA 3A6CY 3F6ZA 1XEJA 4E3UA 3B0KA 4LT0A 3WXTA 2HECA 1LHKA 3AJNA 1CJ6A 3HBHA 1OUCA 4LFPA 4PHIA 5LAGA 1LSGA 4GLAA 1B5XA 3IJVA 1GFTA 5DLAA 3W3EA 1GFJA 3WVXA 2BQJA 1LMTA 1INUA 2D4JA 5T3FA 4CHXA 2MEGA 3IWRA 4RW2A 3SP3A 3WUNA 2ZYPA 1IY3A 1GFAA 134LA 3WW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G1VA 1B7QA 180LA 3SBAA 2A4TA 1GF4A 2BQOA 4XJFA 3W6EA 2RB0X 1NDGC 224LA 1QT4A 1L48A 4ETAA 1D6PA 1DPXA 3PBLA 2Z39A 1L51A 5B05A 4N1CC 2EKSC 4Z46A 1JTTL 2DQFC 1IC5Y 1LZ9A 1SWYA 3P65A 4W55A 1QSAA 128LA 1YILA 2VB1A 4G9SA 1P3NA 3CQLA 1JJ0A 4O34A 5F16A 5IHGA 3WPKA 1L39A 3LZMA 8LYZA 237LA 3LYMA 5D5CA 1L01A 1LGUA 2F4GA 4B49A 2IGCA 4N0JA 4G4HA 2BQBA 1P2RA 1CJ8A 1LOZA 131LA 4XJIA 1IWVA 1NHBA 5LA5A 2MECA 1P2CC 4KL7A 3TXBA 1C6NA 5HNLA 4FDYA 1DYEA 4WL6A 1P64A 1LZCA 3DMVA 3GUMA 1C6MA 2HEEA 1SX7A 1L19A 1YKXX 254LA 3P66A 2LYZA 4NGLA 1K28A 4PJ2C 217LA 4DQJA 1C10A 1L03A 3VW7A 1LYDA 1OUHA 1L65A 198LA 1FBIX 3GUOA 1GB8A 2HUKA 5F9XA 1OUJA 1C08C 5HQ1A 1OUAA 3A8ZA 5LXWA 3QAKA 1CU0A 3IJUA 1QDTA 4NGVA 1GHLA 1JTOL 4LZTA 4EJ4A 3HH5A 1HC0A 2OE7X 3EBAB 132LA 147LA 1G0PA 3D9AC 3HBEX 1IP3A 104LA 3A67Y 2A7FA 1XFPL 4G49A 2B6ZA 4ET9A 2LYMA 2RBSA 2YBNA 1L70A 4NIJA 3SBBC 1C6JA 1HSXA 4H8ZA 2AUBA 3B0OA 1C64A 3AW7A 1C45A 1LJ4A 3JR6A 4YENA 153LA 2NTGA 1IWYA 1IC7Y 2W1XA 3C8SA 152LA 1NHEA 3C83A 4NHSA 1ZVYB 3GXRA 2EPEA 171LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PS5 A;  2HEF A;  1B7Q A;  1REY A;  2YBH A;  2FYC A;  2IHL A;  4HV2 A;  1IWU A;  3P4Z A;  1GF4 A;  2BQO A;  3QE8 A;  4XJF A;  3W6E A;  2BPU A;  1NDG C;  4BAD A;  1JSF A;  1F6R A;  1GBZ A;  1HMK A;  4HJY A;  3MGW A;  4NGI A;  4ETA A;  1D6P A;  1DPX A;  1KXW A;  4ETC A;  4NG1 A;  1IWT A;  2Z39 A;  4GN3 A;  5B05 A;  1CJ9 A;  1JJ1 A;  3OJP A;  3KAM A;  4N1C C;  1J1O Y;  2EKS C;  4X3B A;  4Z46 A;  1JTT L;  2DQF C;  1JIS A;  1IC5 Y;  1LZ9 A;  2H5Z A;  3LHM A;  4GCF A;  1B2K A;  2DQG Y;  1IP1 A;  1LZ6 A;  3G3A B;  3P65 A;  3QY4 A;  3AZ4 A;  1D0M A;  1B7S A;  1QSA A;  2VB1 A;  1YIL A;  4G9S A;  6LYZ A;  3CQL A;  1JJ0 A;  1GFV A;  1GFH A;  1QUT A;  2BQM A;  3BKH A;  4O34 A;  5F16 A;  5IHG A;  4LYZ A;  4WG7 A;  2G4Q A;  3WPK A;  4ETE A;  2ZIL A;  1REZ A;  8LYZ A;  1LMA A;  1UIB A;  3LYM A;  1B7P A;  1FKQ A;  1UIG A;  2C8P A;  2DQD Y;  1BB7 A;  1HFX A;  1GF8 A;  5IDD A;  1QTK A;  2Y8P A;  5D5C A;  3WL2 A;  2DQI Y;  9LYZ A;  3WMK A;  1TDY A;  1FLU A;  1DKK A;  1NQI A;  1WTM A;  2F4G A;  3ULR A;  1AM7 A; 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 4XJB A;  194L A;  4RW1 A;  1IP4 A;  3WUM A;  2W1M A;  2F30 A;  1WQR A;  154L A;  6LYT A;  3TMW A;  5I53 A;  3WW5 A;  4WO6 A;  4KPM A;  1VAU A;  1DQJ C;  1LPI A;  2ZQ4 A;  4J1B A;  5FDJ A;  4HSF A;  1LSB A;  4WM1 A;  5E9R A;  4ZFP A;  1T6V L;  1SLY A;  1HFY A;  4NHI A;  3B6L A;  5KXS A;  1XSF A;  4HTN A;  4ZEE A;  1IP6 A;  1LTM A;  3TXF A;  4MR1 A;  5II3 A;  4GLV A;  4WLT A;  4DD3 A;  1GBX A;  3WU8 A;  4UWV A;  1GFG A;  1B5Z A;  3A96 A;  1XGQ C;  4KT3 A;  5C6L A;  5KXO A;  5K7O A;  4RDS A;  5L3I A;  1LZN A;  2GV0 A;  4NGW A;  4LYO A;  1RE2 A;  4WM4 A;  2Z12 A;  1J1X Y;  3N9E A;  4HV1 A;  1LZD A;  5APF A;  2LHM A;  3RT5 X;  1BVK C;  3N9A A;  2Z2F A;  1RFP A;  5KXN A;  1JKD A;  1LZ4 A;  1IY4 A;  1YRO A;  1HEP A;  3ATO A;  2YBL A;  2BQG A;  1TBY A;  3A6B Y;  2X0A A;  1B7N A;  5AMY A;  1ZVH L;  1HEQ A;  2BQD A;  4KXI A;  1UC0 A;  4B4I A;  2ZYC A;  1A2Y C;  1CKH A;  5B07 A;  1B0D A;  1JWR A;  2XJW A;  1GE0 A;  1XEK A;  3N9C A;  2FBB A;  5KXM A;  4LYM A;  3A6C Y;  3F6Z A;  1XEJ A;  4E3U A;  3B0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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