3D45A

Crystal structure of mouse parn in complex with m7gpppg
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
505
structure length
383
Chain Sequence
b'GPMEIIRSNFKINLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDSGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCAFKYDHTDSKHVTKSFNFYVFPKPFSRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFCSGIPYLNQEEERQLREQFDEYTKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVVGHNMLLDVMHTIHQFYCPLPADLNEFKEMAICVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFDPPKVESAEGFPSYDQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDIPYLNLEGPDLQPKRDHVLHVTFPKEWKTSDLYQLFSAFGNIQISWIDDTSAFVSLSQPEQVQIAVNTSKYAESYRIQTYA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of m(7)GpppG binding to poly(A)-specific ribonuclease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase
total genus 105
structure length 383
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2008-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d45A01
4OKKA 3MEGA 3K5NA 1BISA 3LDSA 4ID1A 3O3HA 1U4BA 4LD0A 4G1QA 1ASUA 1L5UA 1HMVA 3HVTA 4ICLA 4B9SA 4AILC 1VSEA 1WLJA 1N5YA 3S3OA 4KTQA 5D3GA 4R5PA 4FVMA 4M3WA 2FBYA 4AH9A 1U04A 4CERA 1F21A 2Z1IA 1A5VA 3C94A 4F8RA 4I2QA 2JLEA 2ZQBA 3V6DA 1HYSA 2X78A 2YKMA 4DF4A 3AV9A 1TKXA 4DLEA 4DF8A 4W5TA 3G10A 1CZ9A 1WSGA 1BI4A 3SYZA 1KFDA 3KK2A 3NBPA 1RBVA 1W9HA 2ZD1A 4HTUA 3RRGA 2E6MA 3AA3A 2YNIA 3S3MA 2G8VA 2E4LA 3ZT0A 1RTHA 3CQ8A 1LAVA 1IH7A 2HHTA 1RCHA 5SWMA 4KPYA 2FBXA 1XWLA 3SJJA 2HHXA 1JLQA 1TK8A 4CGGA 1VSFA 3TAMA 2KQ2A 1XHZA 3BDPA 3LZJA 1JKHA 1RTJA 2HVHA 4TSXA 2ITGA 4KHSA 4KHQA 2VWJA 1MU2A 3HP9A 1RDAA 1KVAA 1KVCA 4CIGA 4E0DA 2BE2A 1VSIA 3B6PA 4FLVA 4DTMA 3SUQA 2Y1IA 5I3UA 3VQBA 1VSHA 1FKOA 3AVKA 4Z4HA 1X9MA 2RN2A 3PO4A 3AA2A 3V81A 2G8WA 3KLHA 2PY5A 4OJRA 4FJHA 2Z1GA 4KTZA 4BACA 3QETA 2IS3A 2G8UA 4AHUA 4FZYA 1C1AA 4PA1A 3L3UA 4RW9A 2HB5A 2W42A 1S6PA 5KRTA 1QE1A 3DRPA 1NKBA 1RBRA 3MXJA 3VQAA 1D5AA 2HVIA 2BGGA 4IFYA 4E7KA 1TL1A 2XO7A 1EKEA 4CHZA 1WN7A 1JLGA 2KTQA 3NF9A 2YV0X 1FK9A 3AO1A 3TAGA 3K5OA 2Q3SA 1NK4A 4I2PA 2QKBA 4B3OA 3THVA 4B9MA 1HQEA 1ASWA 1EX4A 3ZSVA 3KLEA 3M8SA 3IAYA 4M3XA 2OYQA 1SL1A 4E1MA 4W5QA 1S9GA 3DOKA 4Q5VA 4FJ9A 2R7YA 1BCOA 1S6QA 3AVAA 2IC3A 3OYKA 2G8HA 3SZ2A 3QESA 3AVHA 4AHRA 1NK0A 1ZBIA 3VQ9A 4CJRA 4N76A 1IO2A 3P83D 1JXBA 5C24A 4M3ZA 3V1RA 4M41A 4F2RA 4CGJA 3M8PA 5CY4A 4KI4A 2VG5A 3KIOA 4F2SA 4Z4GA 2PZSA 4FCYA 1RBTA 1QSYA 1ZBUA 1QQCA 4FJGA 5J1EA 4FZZA 1S5JA 2P51A 3FFIA 2GUIA 1TAQA 3NF8A 3HPOA 4E7IA 3QEPA 1HRHA 3KD1E 4BWJA 4CEBA 4JLHA 3KK3A 3VQ8A 5KRSA 3SV4A 4M3TA 2XRIA 3DM2A 4DTNA 2HHUA 1HYVA 4E7LA 1Z26A 4E19A 1LWFA 4OLBA 3OYHA 1TKZA 2DFFA 2VG6A 3WNHA 3SV3A 2ETJA 1NK5A 2PYLA 4BWMA 3V9ZA 3U3YA 1ZYQA 4B9TA 4N5SA 4HUFA 1NOYA 2HHVA 3A2FA 4CECA 4E7HA 1J54A 4J2EA 3AO5A 4GVMA 1C0UA 1UA0A 2VG7A 2O4GA 3RMDA 4ID5A 1BCMA 4DU4A 2WOMA 5C42A 4CJQA 1LW0A 4LH5A 4KHYA 4CJ5A 1LWCA 4O0IA 3NAEA 4B9UA 1VSDA 2HW3A 3OYAA 2X6NA 2KFNA 2OPRA 4DFMA 2IGIA 5FDLA 4NCAA 2B4JA 5KI6A 1B9FA 5HP1A 3CFPA 4H4MA 3UIQA 1FKPA 4CJFA 3OYLA 3I0RA 4CF0A 1NOZA 1T8EA 5HROA 3DLHA 3NCIA 2P1JA 1KVBA 1FXXA 4QCLA 2FBTA 1A5WA 3ISNC 1RBSA 3I8DA 1L3SA 4OGEA 3OS2A 1C0TA 1VRTA 1UA1A 1S1WA 1WNSA 3DLEA 3DRSA 4CK2A 5J2PA 2B6AA 3MXIA 3K57A 4FK0A 1HNIA 1YVUA 2ATQA 2A1RA 3L3VA 3OYJA 1IKXA 4PY5A 1ASVA 2X74A 2YNHA 3CM5A 1C1BA 1SKWA 3OYBA 4KV8A 4IG3A 4FW2A 4FJ8A 4CF1A 4CIFA 3ZSZA 1NK7A 3VQDA 3WNEA 1WAFA 4N56A 1NJYA 3LP2A 3OVNA 4EP4A 1HPZA 2OPQA 3DRRA 3NF6A 5HRRA 3L2VA 3MECA 3EYZA 4DS4A 1TAUA 4CHQA 3V4IA 1Q9XA 4KREA 2IDOA 2DY4A 3PY8A 2ZE2A 1UAXA 4O44A 3V9WA 1SL0A 1VK0A 1Z25A 4DTUA 4FM1A 4MFBA 3O4QA 2KFZA 3LWLA 1RT6A 3SUNA 4DSJA 5T7BA 4Y1DA 3V9SA 4CEEA 3O4NA 4N47A 1JLBA 1K6YA 3U3GA 3L2UA 3LANA 4DQSA 2YHBA 3KD5E 4BE2A 2HHSA 2F96A 1N6QA 4CGDA 4CEAA 4DG1A 5KGWA 4FJ7A 4Y1CA 4AHCA 3U6FA 3ZT4A 4I7FA 4CJWA 4IDKA 3ALYA 4BE0A 3VQ5A 5SZTA 4FM0A 4CEDA 4DQQA 4HUGA 1QSSA 2WONA 4FLTA 3CFRA 1DTQA 1TL3A 4IBNA 3K58A 1KRPA 3ASMA 2YKNA 4CJTA 4EZ9A 4M42A 3OY9A 4FLYA 2DTUA 4M45A 1SKRA 4FM2A 4KHWA 4PWDA 4NCGA 2AJQA 1BQMA 3V1OA 3HVRA 3ZT2A 3LWMA 1CXQA 1SL2A 1X1PA 3VQ7A 4W5OA 4AHVA 3HT3A 3OS1A 4LY7A 1NKCA 2KZZA 1XI1A 2X6SA 1RT3A 2HNYA 3TAEA 4JRQA 3SQ4A 4NCBA 2OPPA 4HCBA 3LALA 3QINA 2BANA 4ELVA 1BL3A 3KLIA 3KKRA 3KLFA 3TI0A 3VN5A 1JLFA 3QEWA 1ZBLA 3BGRA 3JYTA 4RW7A 3KK1A 3AO2A 4DSLA 3QIOA 4IG0A 1NK8A 3K2PA 2HHWA 1EP4A 1WSFA 2B5JA 3QIPA 4CJPA 1S9EA 3KTQA 1LV5A 2HHQA 3NDKA 4DTPA 1L3VA 1LAWA 2A1SA 4DQRA 3PX6A 3AVLA 1A5XA 3P1GA 3PO5A 4CGHA 5KTQA 3IG1A 4L8RB 2KZMA 1IKYA 2D0BA 4MQ3A 3TAQA 3TAFA 4FJMA 3DLRA 4HUEA 1QTMA 4EZ6A 1LWEA 1GOCA 3NGYA 3VQPA 4J2AA 4Z0UA 4CF9A 4DSEA 1KLMA 1GOAA 2HNZA 3DMJA 3EY1A 5J2MA 3ZT3A 5JS1A 1KCFA 4ZTJA 2F8SA 4F3TA 1D8YA 3PUFA 4CEFA 3HK2A 2BDPA 1RT7A 4Z4CA 4JS4A 3RMCA 1IG9A 3K5MA 4DQIA 3LPTA 4AHSA 3O3GA 4HHTA 1T05A 4ELUA 5FRNA 3L2RA 4QOZB 2DFHA 3HYFA 2GV9A 2D5RA 3AA5X 4RG8A 2D0AA 3SUOA 1I39A 2P5GA 4AHTA 3SQ2A 3B6OA 3OYNA 1QS4A 4CIEA 5FROA 2RKIA 1TVRA 4CJ3A 4CJSA 2JGUA 3OJUA 1XHXA 5FRMA 4DSKA 4LH4A 4LSNA 1TKTA 1TKDA 3SQ0A 3P5JA 5HRSA 1X9WA 1LW2A 4KB0A 4M3UA 3HSTB 4KFBA 4CF2A 3ZSQA 3RMBA 3C6UA 3TWHA 4OVLA 4QAGA 3LP1A 1EETA 1YTAA 3EZ5A 2OZMA 4OPKA 1HQUA 3SPZA 1TK0A 2XY7A 4FJKA 1RDDA 4CHPA 4DSFA 3M8QA 3HXMA 2OA8A 3ZCMA 3TANA 4BDPA 3AVBA 2YNGA 4GW6A 4FJ5A 1YTUA 4FLXA 1BIUA 3SUPA 3ZT1A 4F3OA 2XY6A 1NJXA 1WSIA 1RT2A 4KI6A 4FJNA 4Q0BA 3TR8A 4OKEA 1L3UA 1J5OA 2DFEA 1HJRA 3AVFA 3DYAA 3HL8A 4CE9A 4KHUA 3HJFA 1NJWA 2OZSA 1C1CA 4XIUA 3RMAA 2HMIA 3AVIA 4RW8A 4YNQA 4KO0A 1HYZA 4FZXC 4M3YA 1TV6A 3CM6A 4JRPA 4FLWA 1IKVA 3DOLA 1TK5A 5J2QA 5DMRA 1Y97A 3WNFA 3HPHA 4O0JA 1D9FA 1RDCA 3O3FA 1IKWA 4E3SA 3AVMA 4GMJB 3AVGA 3M8RA 4BDYA 4BE1A 4Z4FA 3NGZA 3LPUA 2RF2A 4C8MA 4CJEA 4E7JA 4DU1A 1XC9A 3TAPA 1QSLA 1SUQA 3K59A 3ZSRA 4J2DA 5CYMA 4KB1A 5I42A 5HRNA 2G8KA 4I9QA 4B9LA 4OLAA 3SPYA 1NK6A 3D45A 5CZ1A 2YHAA 2IAJA 4F4KA 3LAKA 4FJLA 1QHTA 2Z1HA 3LP3A 3ZSYA 5HRPA 3QLHA 4FLZA 3SNNA 3NH2A 4FXDA 4DTRA 1RTDA 5HBMA 4O5BA 1KSPA 1T03A 1J53A 4B9VA 3K5LA 4DS5A 1L3TA 4CJLA 3HM9A 3SQ1A 1RNHA 3T3FA 4DQPA 3LP0A 5K14A 1RBUA 4E89A 4DTJA 1NKEA 3OYDA 3OJSA 2VWKA 1JLAA 1S1UA 1U49A 3HO1A 3NFAA 4O55A 4OGCA 3NE6A 1REVA 1NJZA 2OPSA 4CGFA 4CF8A 4CGIA 4Z4EA 1UOCA 1U47A 3OYCA 1B92A 4DFJA 1KFSA 4C8OA 4HVJA 2GBZA 4Z4IA 4B8AB 4DFPA 3PX0A 1YT3A 1J9AA 1ZBHA 5JS2A 3T19A 3VQ6A 2NUBA 1DLOA 4DTSA 1ZBFA 4DWIA 4C8NA 3PV8A 1WAJA 4DLGA 1CXUA 1RT1A 1I3AA 2G8FA 3ZSXA 3KLGA 4YFUA 4C8KA 2F8TA 4M3RA 2EX3A 3WNGA 1TGOA 4OPJA 3MAQA 1C6VA 3PX4A 4HCCA 4ZTFA 1HNVA 2QKKA 4H8KA 3D0PA 3E01A 3NF7A 3DLBA 4CCHA 1U48A 1D9DA 1RDBA 4CJUA 1SKSA 3CG7A 3OYIA 3VQQA 3LZIA 3T1AA 3TABA 3KJVA 4FK4A 1T7PA 3OYGA 4BDZA 4EP5A 4DSIA 2QXFA 3H08A 3RRHA 4PQUA 3OS0A 3VQCA 2QK9A 4NYNA 3L8BA 3AA4A 3VA3A 1BHLA 5DK5A 3C95A 4B9NA 4DTXA 1X9SA 3S9HA 3DLGA 3OYEA 3RR7A 3C6TA 3SCXA 1KLNA 4WE1A 4KKOA 1EXQA 4LSLA 1RILA 1VSMA 4OKJA 4ZHRA 3L2WA 3RWUA 4CESA 2XY8A 3F73A 4FJJA 1JLCA 3RR8A 2FBVA 4FJXA 1JLEA 3AVCA 3NH1A 3F9KA 4CEQA 1WSJA 2YNFA 3V9XA 1NK9A 1B9DA 2O4IA 2RPIA 2XHBA 4CHNA 4RW6A 4N41A 4W5NA 3QEIA 1JL2A 2D0CA 3AO4A 2PYJA 4J2BA 1W0HA 4DTOA 4KRFA 4CFAA 5CYQA 2P5OA 3IS9A 4K8XA 3HP6A 3S3NA 4CEOA 3QEXA 1BGXT 2E6LA 3CFOA 4CJVA 5C25A 1BI4B 4IFVA 3QNOA 2Z1JA 4DFKA 4KHNA 1U45A 1JXEA 1BIZA 3MEDA 4FW1A 1UWBA 1S1VA 1VSKA 4H4OA 5E41A 4CK1A 3DI6A 3HPGA 1Q8IA 4W5RA 1G15A 5HLFA 4FYDA 4CFDA 1RT4A 3TARA 4CHYA 4K8ZA 3IRXA 4PUOA 5CZ2A 3QERA 1DTTA 3ZSWA 4CEZA 4CHOA 3VA0A 5KGXA 4C8LA 2I5JA 4CK3A 3JSMA 1R0AA 1CZBA 3I0SA 1WSEA 2EHGA 4B08A 4CJ4A 1KTQA 4E1NA 4JS5A 1S1TA 3ULDA 3MEEA 3V9UA 4RW4A 4ELTA 3QO9A 3VQ4A 4DU3A 4NYFA 3ZSOA 3NH0A 3QNNA 2G8IA 4FJIA 4IKFA 1ITGA 2KW4A 2HNDA 3KKSA 4DMNA 4CJKA 3NHGA 2IOCA 1S1XA 5J2NA 1CLQA 4UQGA 4KAZA 4CFBA 3VQEA 3G0ZA 3ITHA 2Y1JA 3OYMA 1RTIA 1SV5A 1VSJA 1VRUA 3LAMA 3CYMA 3AVNA 4O4GA 3SI6A 3OYFA 3L2QA 1JL1A 1WSHA 3RTVA 3V1QA 3AO3A 3QEVA 1RT5A 1C0MA 2FC0A 4KTWA 2LSNA 2XY5A 4CFCA 1GOBA 4FLUA 1Q9YA 4I9LA 5EU7A 3MXMA 4FK2A 4B8CA 1BQNA 3NGIA 3AVJA 1O1WA 1VSLA 3DLKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K5NA 3O3HA 1BA1A 3O8MA 2P9PA 1ASUA 1L5UA 4B9SA 1C0GA 5GAGP 1RGIA 5D3GA 3QDKA 4R5PA 4AH9A 3D2FB 1F21A 2ZQBA 3IUCA 1G99A 2YKMA 4DF4A 3SYZA 3G10A 1U2VB 1KFDA 4CZIA 3NBPA 2PAVA 4BY9C 2E6MA 2JWKA 4NLCA 3CCUN 4GKJK 2E4LA 3ZT0A 2D1KA 4C1NI 3Q7BA 1Q18A 1RCHA 5SWMA 3H3NO 5KPRA 4JD2B 3VGKA 1VQPN 2OTJN 4JHDA 3SJJA 3SAHA 4YHHK 4CGGA 1VSFA 1VAZA 4NLBA 2E20A 2A42A 4TSXA 4GNIA 1KVCA 4IOXA 3VQBA 1VSHA 3PO4A 4QS9A 3KLHA 2Z1GA 2CH5A 2IS3A 3K9KA 2G8UA 2KHOA 4WQ4C 2VYPA 4YOTA 1OH7A 2A41A 1N33K 1S6PA 4JKGA 5CHIA 3F9MA 4JN4A 1RBRA 3SBTA 1NNEA 2XO7A 4LFCK 1EKEA 5IT9O 3I55N 4DR2K 3IKMA 1JLGA 1YVNA 4EAHD 4BC3A 2JWLA 4PKIA 1YJWN 4B9MA 5BRFA 1HQEA 3R3LA 3EE9A 2FSJA 3C7NB 2WTUA 1OH5A 3E9OA 2R7YA 5FLXO 2UYTA 1NK0A 3QESA 4N76A 1IO2A 4BC5A 3CJ9A 1HKCA 2VG5A 4PKGA 4Z4GA 1QQCA 2V52B 5J1EA 2QWQA 2I7NA 1Q81O 1OVQA 3HPOA 4E7IA 1HRHA 3CCQN 3VQ8A 3SV4A 2FSKA 1Z26A 2FF3B 4OLBA 4BR5A 4CD1A 4V19S 3OYHA 4CD3A 4IOCL 3SV3A 3CQXA 1NK5A 3U3YA 1ZYQA 4UY8O 4N5SA 2HHVA 3VF6A 2WC9A 1J54A 3CMAN 4J2EA 4JV5K 3RMDA 4ID5A 2FLOA 4B9UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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