3D45A

Crystal structure of mouse parn in complex with m7gpppg
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
505
structure length
383
Chain Sequence
GPMEIIRSNFKINLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDSGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCAFKYDHTDSKHVTKSFNFYVFPKPFSRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFCSGIPYLNQEEERQLREQFDEYTKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVVGHNMLLDVMHTIHQFYCPLPADLNEFKEMAICVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFDPPKVESAEGFPSYDQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDIPYLNLEGPDLQPKRDHVLHVTFPKEWKTSDLYQLFSAFGNIQISWIDDTSAFVSLSQPEQVQIAVNTSKYAESYRIQTYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of m(7)GpppG binding to poly(A)-specific ribonuclease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 105
structure length 383
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2008-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d45A01
1TKTA 1RDAA 1YTUA 3OS1A 3HJFA 1NKCA 3NGIA 3K5MA 2X74A 3SCXA 4LSLA 4AHUA 4DLEA 3SUOA 3QNNA 1RT6A 2RKIA 1L3VA 2FBYA 3OYCA 4FLWA 3DRRA 2AJQA 3L2RA 4CJEA 4FJ8A 1C0TA 3AVIA 4JS5A 3TAQA 1S1XA 3RR8A 3VQDA 4W5TA 3L2VA 1JL2A 4I9QA 1TKXA 3ASMA 4CFBA 3AVMA 3LP0A 4QAGA 4IG0A 2VG6A 4R5PA 4HHTA 1X9WA 2DFFA 4EZ9A 3V9ZA 3M8PA 4CCHA 1S9GA 1BCOA 1Q8IA 3ZSZA 5JS2A 4Z0UA 5DK5A 1C6VA 1QE1A 3V81A 1NK5A 3OYFA 4H8KA 4H4MA 3HVRA 3U3YA 1UA1A 3ZCMA 4FJLA 3L8BA 4DTXA 4DQSA 4J2BA 4JLHA 4XIUA 2ITGA 1U4BA 3DLEA 4DF4A 4M3ZA 4CHPA 3PUFA 1RT7A 4H4OA 4CJFA 3SV3A 5T7BA 3VN5A 3EY1A 4CEEA 4I2QA 4HCBA 4LD0A 1HQEA 3QIOA 4NCGA 4CF9A 4ICLA 2RPIA 1FXXA 1LWCA 2JLEA 2RN2A 4DU3A 4ZTJA 1WSJA 3SZ2A 1D8YA 4FJMA 1NJWA 4B8AB 4DSKA 1WAFA 2XY8A 2B6AA 3K59A 4DQRA 4NCBA 2D0BA 3I8DA 4DSIA 4KB1A 3MAQA 2IGIA 3HM9A 3K57A 4W5NA 1EP4A 3V9UA 3WNHA 2FBXA 3K2PA 3L3UA 2R7YA 2YHBA 3I0RA 3VQ5A 3PX4A 5FDLA 1KSPA 2GBZA 1T05A 4KTZA 1JLBA 3ALYA 3B6PA 1ITGA 4Z4HA 2Z1JA 3O3FA 2ETJA 1T03A 4DWIA 4Z4IA 3KJVA 3TANA 2ZE2A 4CHQA 1C0UA 3LANA 3VQEA 2HW3A 4KB0A 4FK4A 1VSIA 3IAYA 4CK1A 4CESA 2FBVA 4KPYA 2YNIA 4DMNA 5KRTA 2GV9A 1FKOA 1X1PA 2BDPA 3NF8A 1KVAA 4E3SA 4I2PA 3HPHA 4G1QA 2ATQA 1ASVA 3LAMA 3P5JA 1IG9A 2DTUA 4M3XA 2O4GA 3TAFA 4DTNA 3NGYA 2XHBA 1WSIA 4CEFA 2P51A 2YHAA 4ID1A 5C24A 3VQ8A 4CJRA 3C6UA 2QKKA 2OZSA 1S1TA 1RT3A 3HXMA 3OYDA 5J2PA 3PO5A 3OS0A 1RDDA 2B4JA 3ZSQA 4FJXA 1CLQA 4FLZA 1SKSA 4W5RA 1CXQA 2YV0X 1A5WA 3HPOA 4CHOA 3LWLA 3QLHA 4Y1DA 4CJ4A 1VSKA 2VG5A 1MU2A 1JLFA 4DTMA 1TK5A 3VQCA 1Q9YA 1RDBA 5FRMA 4OKKA 4O0IA 1NK6A 2OPQA 2OYQA 5HRPA 3OJUA 1BGXT 3G0ZA 4M3WA 1BHLA 1JLAA 2BANA 1L3TA 1DTTA 4M3RA 3AO4A 1U45A 4CJWA 3V9SA 4WE1A 1SL0A 2KFNA 1S1VA 4OKJA 3OYMA 4IG3A 4PY5A 4CJLA 3VQ9A 4PWDA 4KKOA 5KTQA 3ZSYA 3CM6A 4Q5VA 2KFZA 4EZ6A 3L2WA 4BWJA 3AVCA 3VQ7A 4CJ5A 3BDPA 1WSEA 3TAMA 1ZBUA 1JLGA 3OYEA 3PX6A 4ZTFA 3LWMA 3T1AA 5HRSA 3RRHA 2XY7A 1KVBA 1CZBA 2IC3A 4FJHA 3S9HA 1NK8A 4B9MA 3UIQA 1FKPA 3MEGA 1YTAA 2IDOA 3OYHA 3QEXA 4CGFA 1S1WA 1GOAA 3MEDA 3LDSA 4DTPA 4DU4A 3O3HA 3S3NA 4RG8A 2PYJA 3M8QA 3ZT2A 1WSFA 2DY4A 1NJYA 1JXBA 3PV8A 2KZZA 3HO1A 2KQ2A 3DOLA 4DQIA 1IKWA 1RTJA 1J9AA 1NK9A 1RT5A 3DLHA 3KLHA 3SQ0A 1RT2A 4F2RA 1WAJA 1TL1A 4E7HA 3RMBA 1HQUA 4HUGA 5CZ1A 4FLUA 2A1SA 3OYJA 4KI4A 4TSXA 3ZSRA 1J53A 1TL3A 1T8EA 1BI4B 3QIPA 1R0AA 5SZTA 1EKEA 4DTJA 3OYKA 4FJNA 1QHTA 4CHZA 4KHUA 1RCHA 4DSEA 3HYFA 1L5UA 3V9WA 2P5GA 3AO2A 2Y1IA 2P1JA 1RILA 5KRSA 3P1GA 1Z26A 3AO1A 1Z25A 4N41A 1RBTA 2P5OA 3ZT0A 4M3UA 4RW8A 5J2NA 3V4IA 4CJQA 2NUBA 5DMRA 4FLYA 4Z4EA 3HSTB 1IKXA 1B9FA 4DS4A 5K14A 1RBVA 3VQBA 4LH4A 1F21A 2YNFA 3AA2A 3HL8A 3NF9A 5C42A 4O55A 3SJJA 3AO5A 4B9SA 4KHQA 2BGGA 3AA3A 1BL3A 1S6QA 2G8HA 1VSEA 4EP4A 1C1CA 2HHXA 3DLGA 3QERA 4AHTA 5D3GA 4FXDA 2IS3A 3M8RA 1UWBA 3NE6A 1JLQA 4FZXC 1RBRA 2E6LA 2Z1IA 4LH5A 2QXFA 4FJ5A 1XHZA 1XWLA 1HJRA 4O44A 2XY5A 2HHSA 3AVGA 1N6QA 1KCFA 3OY9A 4CF1A 1BQNA 5CYMA 3WNGA 2HNYA 3DLRA 4CF8A 5EU7A 3QEPA 1RBUA 3AVKA 1EX4A 4E1MA 1EXQA 2JGUA 3T19A 4M3YA 5CYQA 3DOKA 2HVHA 3DM2A 3H08A 4BE0A 4O0JA 4AILC 3V1QA 5HBMA 2OPPA 4J2EA 4M42A 4CFAA 4IKFA 3RTVA 1A5VA 3L2QA 3PO4A 4CIFA 3DLKA 1LWEA 3D45A 1RDCA 1HMVA 3KK2A 1XC9A 3C6TA 3ZSXA 1W0HA 1VSLA 4AHVA 4C8NA 2OPRA 4CGDA 1RTDA 1BISA 4CERA 1NKBA 1HPZA 3OYAA 3SNNA 4PUOA 2PY5A 2W42A 3TAEA 1C1AA 4ELVA 1NKEA 3K5LA 2XRIA 1B92A 1TGOA 3I0SA 4CEAA 3SUQA 1VSMA 3VQ4A 4IFVA 1DTQA 1SKWA 4FJ7A 1VSDA 4J2AA 4AHCA 3OS2A 3VQQA 3CG7A 3KIOA 4DFMA 1LAVA 4DG1A 5HRNA 1G15A 3DYAA 2E4LA 2Y1JA 2G8WA 2D0CA 1HNVA 1WSHA 4C8OA 4DF8A 4DTRA 4DTOA 3LZJA 2GUIA 1S5JA 1BQMA 2I5JA 2X6NA 3F9KA 1IH7A 3MECA 3NBPA 4CIEA 4E89A 3CQ8A 4RW9A 3VA3A 4CGJA 5SWMA 3QETA 3AVBA 3AVAA 4MQ3A 4UQGA 1NJZA 4K8ZA 4FJKA 2HB5A 1RT1A 4QCLA 1X9SA 1YT3A 3RR7A 3U6FA 3C95A 5KGWA 2EX3A 4CF0A 2YKNA 1J54A 2HNDA 1NK7A 4YNQA 3QESA 4DLGA 3ZT1A 4NCAA 4BE2A 1X9MA 2FC0A 1QS4A 3CYMA 3ISNC 3AA5X 4PA1A 5CY4A 4B08A 4YFUA 4JRPA 4E7KA 3SPZA 1BIZA 3KK1A 4OLBA 3TARA 4BE1A 1BCMA 3NDKA 1C0MA 1TK8A 4FYDA 1TK0A 2WONA 1A5XA 3NH0A 3AV9A 3KLGA 3SI6A 3V1OA 3LP2A 4HTUA 1VSFA 4FJIA 3OYBA 2HVIA 3VQ6A 3AVJA 4CK2A 4FM2A 3KD5E 1T7PA 1SL2A 4CEQA 1VRTA 2KW4A 2G8VA 5HLFA 1ZBHA 5J1EA 3L2UA 1NOZA 1QTMA 4KFBA 3LZIA 4CK3A 1ASUA 1NK0A 4LSNA 4CE9A 4OKEA 4FJJA 2G8IA 3V6DA 1RT4A 2D5RA 4M45A 3MXJA 3CFPA 4CIGA 2KZMA 4B3OA 1YVUA 4C8LA 4DFJA 3SPYA 4L8RB 1WSGA 2YNGA 1QSLA 2RF2A 4Z4CA 1JLEA 1IKYA 1ASWA 3C94A 3IG1A 1UAXA 3CM5A 3QO9A 4AHSA 3QINA 4N5SA 3VA0A 1TKDA 2F8TA 2HHUA 2EHGA 4E7IA 1TAUA 3DMJA 1JXEA 1WLJA 1SKRA 4BDPA 1Q9XA 1C1BA 1TAQA 4N47A 3VQAA 3QNOA 4DU1A 4FCYA 4GVMA 1REVA 1U47A 3OYGA 4NYFA 1HYZA 3KK3A 1BI4A 2IAJA 3PY8A 4CHNA 4CJKA 4FK0A 3BGRA 3O4QA 1DLOA 4C8MA 3ZSWA 4CGHA 3CFRA 3SV4A 3S3MA 4RW7A 3WNFA 4O5BA 2PYLA 4DTUA 3RMAA 4DQPA 2OA8A 3LAKA 4KREA 2G8UA 2F96A 1QQCA 3KLEA 3SUPA 5HROA 4CJSA 4HUEA 1CXUA 4FLTA 4B9UA 4DTSA 3KD1E 3RWUA 3ULDA 2PZSA 4KTQA 5CZ2A 4KHSA 4Z4GA 1LW2A 1RBSA 3CFOA 3JYTA 4F4KA 3S3OA 3OYIA 1HYVA 4KTWA 1N5YA 3NH1A 4B9NA 3K5OA 3NF7A 4KRFA 3F73A 3KLFA 1KRPA 3E01A 5KI6A 3TR8A 3QEWA 4KV8A 1KFDA 4DSFA 4Q0BA 2DFEA 4MFBA 4CJUA 3SQ4A 1IKVA 1I3AA 2ZQBA 4KHWA 5JS1A 2X78A 1QSYA 2G8FA 4N56A 1KFSA 1KLMA 5FROA 4CF2A 3P83D 3NGZA 3V9XA 4F3TA 4J2DA 2IOCA 2G8KA 4ZHRA 2FBTA 3DI6A 3AVNA 3VQPA 3TAGA 3MEEA 1U49A 1KTQA 4E19A 3MXIA 4ELUA 2KTQA 3MXMA 2HNZA 1RNHA 1VSJA 1LAWA 1S9EA 3FFIA 3HPGA 3TWHA 3LP1A 3LP3A 2YKMA 4CEBA 3ZT3A 4CEOA 1XHXA 1I39A 3OJSA 4GW6A 2HMIA 3AVFA 3T3FA 1VRUA 2D0AA 3RMCA 4KHYA 1B9DA 4CJTA 4W5OA 4FK2A 1KVCA 1GOCA 4FW1A 1J5OA 3NFAA 4IDKA 3ZSVA 1GOBA 5HP1A 4RW6A 4OPKA 3HP9A 1RTHA 4PQUA 1LW0A 1VK0A 1NOYA 3ZT4A 4FM1A 1ZYQA 4CEZA 4IFYA 1L3SA 3O3GA 4E1NA 3RMDA 2VWJA 3U3GA 1L3UA 2Z1HA 4OPJA 3TI0A 3RRGA 1RTIA 3QEVA 4FZZA 4Z4FA 3NAEA 2YNHA 1HNIA 1JL1A 1FK9A 4B8CA 1LV5A 1VSHA 4RW4A 4I7FA 1ZBIA 1D5AA 4I9LA 4KO0A 3V1RA 3KTQA 5J2MA 3DRPA 4F2SA 2A1RA 4DS5A 4OGEA 3HVTA 2Z1GA 4JRQA 5I42A 1D9DA 2HHWA 1SV5A 2X6SA 4B9TA 4FM0A 1K6YA 3ZSOA 2DFHA 4B9LA 2HHTA 2XO7A 3LPTA 3OYLA 3EZ5A 4AHRA 4DSLA 4FZYA 4CJPA 4NYNA 5I3UA 4BDYA 3L3VA 4CGGA 5FRNA 4BDZA 4E0DA 2ZD1A 1TVRA 4CGIA 4E7LA 4DFPA 3SUNA 1EETA 4FVMA 2B5JA 4ID5A 3THVA 3B6OA 4BACA 3K5NA 1CZ9A 1IO2A 1JLCA 4LY7A 4HUFA 1O1WA 3KKSA 1UOCA 4GMJB 4W5QA 3SQ1A 3LPUA 2QKBA 2BE2A 4FW2A 3HP6A 4FLVA 4KHNA 5HRRA 1HYSA 1BIUA 2F8SA 5J2QA 1LWFA 2LSNA 4IBNA 4CEDA 3AVHA 4KI6A 2OPSA 4QOZB 1WN7A 4HCCA 4CHYA 3O4NA 4DSJA 4C8KA 2WOMA 4OJRA 3SQ2A 4F8RA 1W9HA 3HT3A 3K58A 1U04A 3AO3A 1KLNA 1D9FA 1SL1A 4OGCA 3M8SA 3IS9A 4OLAA 4M41A 4AH9A 2VWKA 1HRHA 1UA0A 1Y97A 4CJVA 3LALA 1S1UA 4FLXA 4CFCA 4FJ9A 1S6PA 3QEIA 3SYZA 2XY6A 2VG7A 3KLIA 1NK4A 4CECA 1ZBFA 3HK2A 2O4IA 1XI1A 2HHVA 2Q3SA 3WNEA 4OVLA 3ITHA 3G10A 4Y1CA 4F3OA 4BWMA 3D0PA 4JS4A 4HVJA 4K8XA 4EP5A 2OZMA 4FJGA 4M3TA 3DRSA 3IRXA 3NCIA 4E7JA 1ZBLA 3AA4A 5C25A 3NH2A 3AVLA 4O4GA 4DQQA 4CFDA 3OVNA 3OYNA 3TABA 3JSMA 3TAPA 1JKHA 3NF6A 4DFKA 1SUQA 1TV6A 4B9VA 4CJ3A 1U48A 3PX0A 2QK9A 4KAZA 1WNSA 1TKZA 5E41A 1QSSA 3DLBA 4N76A 2HHQA 5KGXA 3NHGA 2E6MA 3KKRA 1NJXA 4ELTA 3A2FA 3EYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDAA 1YTUA 3K5MA 5GIPA 4LSLA 3Q7BA 4AHUA 4A57A 3QMLA 4BR4A 2UYTA 4FLWA 2W6LA 3SBTA 3RR8A 3VQDA 4EHTA 4W5TA 4CFBA 1VQNN 2VG6A 4HHTA 3FZFA 2DFFA 1S9GA 4B1WB 2P9IA 4WCEL 4Z0UA 1C6VA 1QE1A 3V81A 4PKIA 1UA1A 2IVNA 2QWQA 3L8BA 4FOEA 4DTXA 4J2BA 3G25A 4XIUA 5IWAK 1NG9A 4DF4A 1RT7A 2HBKA 4H4OA 4YOUA 3EY1A 4HCBA 4CEEA 2E2PA 3QIOA 4CF9A 1NU0A 1LWCA 2JLEA 2P9LA 3ENOA 1WSJA 1W97L 1WAFA 3CJ1A 3AGKA 4KB1A 1VQ7N 3MAQA 3EKSA 4E1JA 3IUCA 2HF4A 2YHWA 2FBXA 4YOWA 2YHBA 3I0RA 2W40A 2GBZA 4KTZA 1XQSC 4B9QA 3O3FA 1T03A 1IBKK 3M3ZA 3TANA 1QQOA 1C0UA 3LANA 3QDKA 4CK1A 4CESA 2FBVA 3EEQA 3ENHA 4H0PA 4DMNA 3NF8A 4B1ZA 4LF9K 1ASVA 3P5JA 2O4GA 2I7NA 1QVFM 4NLBA 3ZEUA 4ID1A 2NRTA 3VQ8A 2WFBA 4CJRA 2QKKA 3HXMA 3WUHA 2FSNA 3R8EA 3OS0A 2B4JA 3ZSQA 4FJXA 1N8RO 4W5RA 3HPOA 4DV1K 3L4IA 4Y1DA 1VSKA 2VG5A 2IVPA 4DTMA 1SS6A 1TUYA 5HRPA 2YHYA 4A5AA 1BHLA 4BRMA 1XNRK 1SQKA 5FPNA 3VEYA 3V9SA 1W2BM 2QXLA 4DR3K 1XNQK 4K41A 4CJLA 3CM6A 1WUAA 1BA1A 2A42A 3AVCA 1HX1A 1WSEA 1ZBUA 3ULEA 3LWMA 5AJ3K 2XY7A 4LFCK 1CZBA 4B1YB 5JVHL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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