3D4TA

Crystal structure of the periplasmic thioredoxin soxs from paracoccus pantotrophus (oxidized form)
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
96
structure length
96
Chain Sequence
b'AELRLLMFEQPGCLYCARWDAEIAPQYPLTDEGRAAPVQRLQMRDPLPPGLELARPVTFTPTFVLMAGDVESGRLEGYPGEDFFWPMLARLIGQAE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein
source organism Paracoccus denitrificans
molecule tags Oxidoreductase
total genus 26
structure length 96
sequence length 96
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3d4tA00
1KTEA 3GV1A 3BD2A 3IAM2 1F3BA 2DSAA 5B6NA 2JSZA 4K1FA 2WJUA 22GSA 5D96A 3F9UA 2VIMA 4MPFA 1X9SB 2IMFA 3IDVA 3US3A 3OR5A 1MDKA 4ILFA 5JWRB 4CDOA 5ECRB 2F3MA 2YCDA 3GKNA 3UVHA 1PRXA 2B5YA 5E59A 2YWOA 1SJ6A 1R4WA 3U5RE 3ISOA 2P31A 2H8LA 3DD3A 2OKAA 3GL5A 2FGXA 1E6BA 3LG6A 1XXUA 2OE0A 5JWOB 3APOA 4AJ8A 5ECMB 2LRTA 3FZ9A 2KLXA 2WCIA 2WFCA 3ZYWA 2ON7A 3TJBA 4Q5RA 3GA4A 1FOVA 3FR3A 1SL1B 1S3DA 3D6IA 2LV3A 1RK4A 1EOGA 1YEPA 4RQRA 1OE7A 2VCWA 3ZIJA 1WRYA 1ERTA 2ES7A 1WE0A 5HQPA 2LJAA 3J7Yk 3LYPA 2H1DA 3LXTA 2PVQA 3ZTLA 1AUCA 2E2GA 1EWXA 3EMXA 2B1LA 3KMNA 5A4WA 3CSIA 1XW6A 4MF7A 3FEUA 2O89A 3GURA 2R6KA 3KTLA 2AV4A 2CVKA 1GL8A 2LQOA 3FZAA 4CHSA 2HYXA 3WT2A 1A8YA 5DALA 1F2EA 2NBSA 4BWSA 2MZCA 4EXJA 1BQ7A 2GGTA 3F6FA 3D4MA 5G5EA 1FAAA 1T8EB 1NHOA 4QQ7A 3CRTA 1G6WA 4XHMA 2K9FA 1U6TA 5ENUA 3ERFA 2PGTA 4KDUA 4NXIA 3GKMA 3CTFA 4HU7A 2Z9SA 1TRVA 5LCZA 2KHPA 5C00A 4GTUA 4OFNA 1Y6EA 1TP9A 2FNOA 2WB9A 2C0EA 4K2DA 1THOA 5B7CA 12GSA 3CXGA 1VF2A 1XW9A 5D73A 3TDGA 2EIRA 2MBTA 3D5JA 4AJ6A 1O81A 4L5OA 3HVVA 1HQOA 2AJQB 2RM5A 3C73A 2GVPA 2YZUA 3TRPA 1B9YC 3EU3A 3DXBA 3V1WA 3HJOA 3P8WA 1SYRA 1SKRB 3TKPA 1DE1A 4OWYA 1XOBA 2GQKA 2R4VA 3D21A 4MJBA 4BWQA 1GTIA 3ZL5A 4NWYA 2GQLA 4F0BA 3LYKA 2DLXA 3ZVJA 1XIYA 1SD9A 3ZITA 4MA9A 4IN0A 5IMZA 3KEBA 1YKCA 2VCVA 4XS4B 3QCPA 4KH7A 14GSA 3DEXA 3GX0A 2CZ2A 2F51A 2XBQA 3UBLA 4HZ4A 3E9JB 4MCUA 4KDYA 2HI7A 4F03A 1RW1A 3TOUA 1EZKA 3ZFLA 4EF0A 4K8MA 9GSSA 3KM6A 5KN0A 2OJLA 3DKSA 1SJIA 5IM9A 1UN2A 4F0CA 1OC3A 2L6DA 1M99A 1QK8A 2KP2A 3BJ5A 4YH2A 3WGXA 4JU5A 4K9ZA 2YN1A 5AGYA 4LL1B 1SK0A 3WYWA 2FWEA 2LKUA 1TRUA 1ZYEA 10GSA 1Q4JA 2PERA 1ZMAA 2R5GA 1G0TA 1YY7A 2C1YA 5DBQA 3ZFBA 2C0GA 5DDLA 3AY8A 1NM3A 1VF3A 4L0WA 3KP8A 3HVSA 3NZNA 5D9WA 1B4PA 2FA4A 2JU5A 1OC9A 5J3RA 4TXOA 1X9WB 3TOTA 1GWCA 3ZZXA 4ZXGA 1O7UA 2B5XA 1T4YA 2QKEA 3MNGA 4IBPA 3QAVA 2FY6A 5KN1A 1PX6A 1GSFA 4MMMA 1SENA 5GZZB 4BL7A 2WDUA 1GSEA 2R2JA 6GSVA 2DJJA 4GLTA 5D9XA 4HU9A 1VRSD 5CRWA 5HR3A 5DJMA 2GQMA 3MDKA 4MF5A 1YEXA 4BVXA 4XCSA 3TJFA 1KBNA 1OKDA 3LEFA 3F63A 1U87A 4ZBBA 1NW2A 5CAXA 3D0ZA 3VURA 2V32A 3L9UA 4PQIA 2YWMA 4IS0A 3UJ1A 2YV9A 3RDWA 3GH6A 4FIWA 1A2LA 3HZ4A 3KMOA 4IJ3A 1J9BA 3JCML 5B8BA 1BEDA 4ZBDA 3HJPA 5HR0A 4J2FA 6GSUA 1OVNA 1WMJA 2FD3A 1N8JA 1G7OA 3HCZA 4HOJA 1T1VA 4PUFC 4BVYA 5IQYA 2VD1A 2O8VB 4KCEA 4EKZA 1WWJA 3UL3A 5AIVA 1PD21 1FG4A 2ALBA 4N0ZA 1RQMA 1R5PA 5COHA 2C0DA 1EV9A 4JE1A 5IOXA 2XHFA 1PSQA 2YZHA 1USBA 2HT9A 4FH8A 2YOIA 3CRUA 2YNXA 1GUKA 3A5WA 1V58A 1BX9A 3EMPA 1XWBA 1SL2B 1E2YA 3R2QA 1SKSB 3D4TA 2RIIA 1K3LA 2OA7A 4D73B 3HJMA 1A23A 3I6AA 1R26A 4IJIA 4KE3A 4HS1A 19GSA 4V2MA 4WF4A 3HKRA 5ECIB 1LJRA 3Q19A 3L0HA 1CQHA 1MTCA 1Z7RA 3RHCA 1PMTA 3WGEA 2LQQA 1HNBA 3C1RA 3PR8A 1JHBA 1WP0A 4HUAA 2GTUA 3LXZA 1TU8A 1ON4A 3M9KA 1TK8B 2IWTA 4FO5A 4XRAA 2HRFA 3DVWA 3F3QA 2VUPA 6GSWA 2LS5A 1O85A 4IQAA 1XWAA 4YQMA 2OBKA 1TTZA 5D8IA 2QSIA 2CT6A 4OFMA 3TGZA 5EVOA 2WGRA 4NHWA 4LL4B 4BA7A 2L59A 1T4ZA 3WT1A 4F82A 3Q18A 1OE8A 2ON5A 3KP9A 5HFKA 1HYUA 2X8GA 4XS1A 3F4SA 5D9TA 1GTBA 3E0UA 4KSOA 1Y25A 2CZ3A 2NPBA 3QAGA 2OE1A 5DALB 3J7Yb 2IJYA 1J0FA 5B6MA 2DMLA 2JZTA 3WGDA 3W8JA 3ZREA 4EE0A 5CP1A 1XW5A 4TXVA 1ZGNA 3I9V2 2L5LA 2XPEA 4V1Ap 1U3IA 1XPVA 4TRXA 4MP4A 2OBIA 4OMVA 4XTSA 1JLWA 1H75A 5CO3A 1A24A 2EIOA 1I9DA 1G7EA 3S9FA 1PA3A 2C3TA 5KEJA 2RUFA 3GIXA 3HYPA 2K8SA 2IMKA 4ID0A 3TJGA 18GSA 1EEMA 2YP6A 4O7HA 3VI7A 4I5QA 4MLYA 3H1NA 4WF5A 3FZ5A 3KD0A 2B5EA 5F8BA 8GSSA 1EEJA 3ZMKA 2GSRA 1O6JA 1K0DA 4GCIA 2LUSA 1PL1A 2PVOC 5KN3A 5L71A 2CA8A 3KH9A 1U3AA 2FCHA 1SYXA 1GH2A 1MDIA 5ECNB 1QGVA 1XWGA 2GT6A 4HDEA 4OO4A 1OAZA 3VWWA 1R7HA 1C72A 1MDJA 5D9VA 2FA8A 4YAPA 4MZWA 1V2AA 3CTGA 4RI6A 4O92A 2V6OA 1Z5YE 1UA5A 3RPNA 2H1GA 1XWKA 3HZ8A 2VL9A 2F9SA 5H5SA 3TKSC 2REMA 2C0FA 3HXSA 5FWGA 4N30A 2BTOT 4DEJA 5H5RA 5AIXA 4QL7A 5IMDA 1QMVA 4TR3A 4BPYA 2IIYA 4X43A 4I8BA 4WBJA 2IN3A 2EIQA 4HQSA 1HD2A 2D2ZA 5H5QA 4EDYA 5DJLA 2MMNA 2H0GA 2H6ZA 2MMOA 4IP6A 5J5NA 2PPTA 3H93A 2WZ9A 3U6VA 3H4KA 2CVDA 3NIVA 4I6XA 4LMVA 5CRGA 4XRDA 3QMXA 3F6DA 2LSTA 3P2AA 1DBYA 3CYNA 3KH7A 2X99A 4JZQA 4POMA 1OC9B 1ZCPA 3I43A 5C04A 1JZRA 3PGTA 1FVJA 3APQA 4QL9A 3DRNA 1TRWA 2JL4A 4K6XA 4EVMA 1GSDA 1YF1A 3F4RA 1A0RP 4IW9A 1XCCA 5EPFA 2FWFA 1XWCA 1PKZA 4WR4A 2NDOA 1K0NA 3CBUA 2CV4A 2DJ3A 1K0BA 2MYGA 4V1Ag 3EC3A 4EUYA 3A2XA 2P5RA 4ECBA 2PN8A 3VLNA 4OCFA 1OYJA 3MWHA 1B9XC 1SK2A 3ZLPA 4GQFA 5FHIA 2PBJA 3TKQA 1VF1A 4HJMA 1JZDA 4PNGA 4GF0A 2YJHA 5DCGA 5LD0A 4EDZA 1WOUA 1TK5B 1FB0A 1W89A 2ZCTA 4N11A 3UARA 1XOAA 2PUKC 3QPMA 4ZB9A 1PX7A 3RAZA 3GMFA 4KDXA 1KEBA 3RBTA 2V1MA 3IRAA 5G30A 2A2SA 4DSRA 5GAPD 3GTUA 2B6MA 1LU4A 2X64A 4TR4A 1GP1A 4IKHA 1V9WA 3GNJA 3MSZA 1M9AA 3ME7A 2R37A 1A8LA 2M46A 2H76A 2V2GA 2MMAA 3HHVA 1TXXA 1M0UA 2PMTA 3VWUA 4K7IA 1T7PB 3G9BA 3EWLA 3ZIVA 4J56E 1PN9A 2GZPA 1THXA 4ECCA 4DSSA 2P0GA 2JZSA 2I4AA 4AJ7A 2K6VA 1PGTA 5ECLB 4L0UA 5IMVA 3W6GA 5CRDA 2TIRA 3H79A 1XVWA 2JZRA 4JR4A 2VLTA 4GWRA 3GRXA 4Q5NA 4GXZA 3GSSA 1AQXA 1QXHA 1TI3A 2QC7A 1GNWA 2XPDA 4AGSA 4G19A 2HSYA 4KNDA 3GX8A 2P5QA 3FZ4A 5GAND 2H72A 4KUNA 4H86A 4TR1A 1DUGA 4PX1A 1R5AA 3G7JA 4EO3A 2H6XA 1OKTA 6GSSA 1T3BA 1FHEA 4LLRA 4MJAA 1NHYA 5G5FA 2H75A 1Z9HA 4N10A 4MK3A 2CAIA 4PXOA 3TRQA 5A5KA 3QOUA 4L5LA 4XIHA 2LTKA 5EL8A 4MF6A 2HZEA 3EYTA 2PU9C 2F8FA 5J4UA 1K3YA 4YAVA 4WBRD 4HJ2A 1T00A 2TRXA 1WPIA 3FKFA 1B8XA 2DC5A 3E3EA 3FRCA 4MH3A 2N5FA 2DMMA 2JSYA 2C3NA 4OFTA 1I5GA 2J9HA 4LMWA 4L8EA 3PH9A 3F0IA 4J57E 1EGRA 1KNGA 2HE3A 1VGLA 2H0HA 1TJDA 1V40A 4GSTA 3GFKA 2JADA 4IP1A 1YJ6A 1ILOA 2HZFA 4FYUA 2WRTA 4IGJA 1QQ2A 2VD0A 4NV5A 11GSA 2E2MA 2DIYA 3TUEA 4WETA 1DSBA 3LWAA 1AW9A 1YDKA 4MZCA 2ZNMA 3ED3A 1AAZA 1F37A 5F06A 5E4WA 1M2DA 1YKAA 5G1LA 2YANA 3M3MA 2L5OA 3D22A 3MAKA 3IV4A 1SK1A 4CW9A 3QFAC 3C7MA 3TKRA 1M2BA 1GSYA 3C8EA 2E7PA 1X0RA 4RQXA 4KGIA 4G2EA 2HXKA 1TKDB 3UEMA 2FWGA 1EV4A 1QFNA 3QAWA 3FK8A 1F3AA 4F2IA 2DJ1A 2HFDA 2H30A 3TCOA 3SWLA 1TDIA 3M1GA 1B4QA 3BBYA 3F3RA 5HFGA 4PGTA 2DBCA 4ZL9A 3HD5A 5INYA 1BG5A 2B1KA 2IMIA 2LEGA 4WKWA 3UBKA 1ERWA 2QGVA 3DIEA 2VCTA 5G1KA 5HR1A 5D93A 2OADA 4N0VA 1GTAA 3FR6A 5GSSA 3Q6OA 4YQVA 1PKWA 3A2WA 4GRFA 3UMAA 2H73A 5IMFA 3LFLA 3GKXA 3UOMA 1OC8A 4I97A 4OCEA 2AUVA 1K0CA 3N5OA 1YQ1A 2VO4A 2GDRA 4WXTA 4KX4A 4MZBA 3CMIA 1GLPA 3VWVA 1TI1A 2HNLA 1UC7A 2YV7A 1GSSA 3G7IA 1S3AA 2L4CA 6GSTA 2K8VA 5CREA 2GT5A 2H71A 2GSQA 3FY7A 1UVZA 1ZYQB 1GUMA 2IPAA 4ZL7A 4ML1A 2C8UA 1BJXA 3GSTA 5J41A 4D73A 2G2QA 4ECJA 4ISDA 3LGCA 3C71A 2MBSA 5IPGA 3IAS2 2YJ7A 4ZB6A 4XS6A 1X9MB 4KB3A 1GNEA 4K0GA 1M9BA 3DMLA 3UVTA 1AIUA 3TB2A 2B3SA 2CVBA 1ML6A 1S3CA 1ZL9A 3DYRA 2HRNA 3UIWA 1EP7A 2H01A 4TOPA 2CQ9A 3EVIA 1JFUA 2H19A 5B8AA 5ECKB 6GSYA 1X5EA 2L4QA 2I3YA 4HZ2A 1SL0B 2RLIA 3GTUB 1WJKA 3TJJA 2YWIA 1H4OA 2NTOA 4PNFA 1FVKA 4GSSA 1GSUA 1HNAA 16GSA 3M9JA 3VK9A 1AQWA 4WEYA 1ZZYA 2N5AA 3EURA 2BMXA 2C4JA 1JZWA 1SKWB 3LQ7A 5ID2A 4KA0A 2V6KA 1IYHA 2LRNA 4EL1A 3KGKA 2B7KA 3M8NA 4WR5A 5ABRA 3VWXA 5IO2A 4DSSB 1X5CA 1DE2A 4IQ1A 5KN2A 1XVQA 5J9BA 3TRXA 1AXDA 3ZVJD 2YWNA 2F8AA 1A0FA 4KAEA 5G2ZA 3KIJA 2I1UA 1Z7PA 2IMEA 5AISA 2VCQA 2IFQA 3K8NA 4V2NA 3PINA 2O7KA 4KW6A 3IXRA 5DAKA 4TXOB 4POLA 5CRHA 5DCHA 2H1BA 3P90A 3F4TA 2KUCA 2FHEA 2LJRA 1QUWA 3HA9A 1EOHA 4TR1B 3RPPA 3HY2A 3KJYA 3P7XA 1M7TA 1PQNA 3Q74A 4JBBA 3FYGA 4G9HA 4MJEA 2OE3A 4NPBA 3KTBA 1FW1A 20GSA 2GLRA 1NSWA 1O8WA 1ABAA 5IMCA 4F9ZA 5J9CA 4MJCA 1URMA 1ST9A 1V98A 1IYIA 1A2JA 1FB6A 2G0FA 5EY6A 1W4VA 4IELA 3VPTA 5IOWA 2HZEB 3ZMLA 2VL2A 3EE2A 13GSA 3TJKA 3VPQA 2KOKA 2AHEA 4G10A 2BJXA 2OACA 2KP1A 2VLVA 1K0AA 2X8CA 5ECOB 4K7NA 2X8HA 4EC0A 3APSA 4IHUA 2VAFA 2MMZA 2DJ2A 2TRCP 1M2AA 3GHAA 2LNSA 5ECSA 3QFBC 1PL2A 4GQCA 2LNTA 3ME8A 2FWHA 2WS2A 3BCIA 3KXOA 1YF0A 5ECHB 4TR0A 1MD3A 3QDNA 3IOSA 4ZIJA 1FO5A 1ZOFA 3GUSA 4MH2A 4HEA2 1U88A 3W8SA 1JZOA 1SD8A 1K0OA 2O85A 4NHZA 2VCZA 2M72A 1GTUA 1YZXA 2L6CA 4NV2A 3F8UA 3O3TA 3CSJA 4O5RA 4JEDA 1ERVA 3M0FA 3L9SA 5IO0A 1N2AA 4I2TA 2I9HA 1Z3EA 5LNKe 2L57A 1O73A 5ELGA 2VM2A 5A4UA 2H6YA 7GSSA 4RUVA 4YQUA 4PQHA 2GZZA 1BYEA 2H0IA 2IL3A 5ELAA 1VF4A 3KCMA 4ZBAA 2C3QA 2DJ0A 4E8HA 3G7YA 4FYBA 5IMAA 2LJKA 3EINA 3ZRDA 1GSQA 3DWVA 4I2UA 2H1AA 3A3TA 3IE3A 1MEKA 2J23A 3H8QA 2XBIA 2V41A 5F0GA 4OD7A 4PUAA 2GSSA 2VL2C 1TRSA 4IVFA 2A4VA 3WD6A 1TOFA 3IA1A 2N5BA 1K0MA 5IIZA 2AYTA 1XBSA 3A2VA 2DJKA 1X5DA 2H70A 5DQSA 2PWJA 3ERGA 1F9MA 1O8XA 2K18A 5A4VA 3KZQA 2WULA 5JCGA 1SJZA 6GSXA 17GSA 1Q98A 1Z6NA 4AF2A 4GSNA 4ACSA 5CNWA 4HQZA 4E8EA 3CSHA 1XZOA 4XS4A 4TKYA 1GULA 2H66A 3ERWA 2RM6A 3IR4A 1TK0B 1AC1A 3GH9A 3GYKA 3VFIA 3HDCA 3C1SA 2VL3A 1EP8A 1ACVA 1TW9A 2CX3A 5ECPB 3IHQA 3VI5A 4Q5QA 1J08A 4KCAA 5JCWA 2R3XA 2HLSA 1G6YA 3BOAA 1GRXA 3IBHA 1EGOA 4MABA 1K3OA 4MDCA 4ML6A 1XFLA 3RHBA 3O6TA 4JRRA 3DVXA 2GS3A 4POBA 3HVXA 1Z6MA 5F07A 2YPMA 2GZYA 2FLSA 2B7JA 5HR2A 2C80A 4HI7A 1WIKA 2DIZA 3IK9A 1MD4A 3I69A 3IC4A 3TKSE 2CX4A 5FT3A 1AQVA 3L78A 3EU4A 5DQYA 4X0XA 4JR6A 3GKKA 4ULXA 3GL3A 4FYCA 3NOFA 1ERUA 3FHKA 1CQGA 1BAYA 4K7OA 4P3YB 3O76A 3GN3A 5GSTA 5CYYA 2VM1A 4MPGA 4NAXA 1HNCA 3LJRA 5IPHA 2ZUPA 4V2LA 4PQ1A 1GUHA 2XC2A 4ZB8A 2LRCA 3QR6A 2VOCA 4NMUA 4KSMA 5DVBA 4DVCA 1JLVA 2VCXA 2I81A 4X1UA 5ECQB 2HSHA 4Z7XA 4ZL8A 3SBCA 4ECIA 4DSQA 1F6MC 3IPZA 4TN8A 3L4NA 1GLQA 2AAWA 2AB6A 4RI7A 3LORA 5ID2B 3BCKA 2GSTA 4Q5FA 2H74A 3DGQA 1TU7A 3UAPA 3N9JA 2EC4A 2JACA 2M80A 1A2MA 2E0QA 4K0NA 3LSZA 3TKSA 1V57A 4TW5A 2IMDA 4POKA 5G31A 2NVLA 4LA1A 4PURA 5JWQB 2RUEA 2IFQB 2CAQA 2O87A 2VLUA 3IK7A 4ZILA 2A2RA 3QD9A 5AN1A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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