3D9AC

High resolution crystal structure structure of hyhel10 fab complexed to hen egg lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Mus musculus
publication title Light chain somatic mutations change thermodynamics of binding and water coordination in the HyHEL-10 family of antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3d9aC00
4OWCA 3J6KA 5E9RA 1G7LC 3M18B 1IC5Y 1OUDA 1YROA 1CJ8A 4WG1A 2LHMA 4B4EA 1KXWA 4H8XA 2HEAA 4B49A 1LSCA 4KPMA 1LZ6A 4Z41A 1LZ8A 1XGUC 2ZNXY 5KXPA 3A6BY 2BQCA 4PRUA 4C3WA 2HU3A 1LMCA 1NQIA 4XN6A 5KKJA 5FHWA 2H9KA 4W96A 4Z3MA 3HFMY 1J1OY 5EBHA 1WTMA 2W1MA 2Z2FA 3LYMA 2DQFC 1GF3A 4A7DA 1WQNA 4LGKA 4DDAA 3LYZA 1HERA 4I8SA 3AZ5A 2F4GA 1NDMC 1XGRC 4H94A 1LHMA 4UWVA 1YKYX 4J1BA 3WPKA 1IR8A 2YBIA 1JTPL 1XEKA 1HMLA 1GF9A 1C43A 3TMUA 1HMKA 4NSJA 3WU7A 1OUEA 1JKAA 1DI3A 1JSFA 4E3UA 4KT3A 1I20A 3ATOA 2YBJA 4YM8A 5HMVA 3A91A 4G4HA 1JJ3A 5APDA 3WPJA 4C5FA 1NBZC 3B6LA 1JHLA 4B0DA 5KXXA 3WMKA 1IWTA 4AGAA 1OUBA 1BVKC 1IX0A 1GXV2 4KL7A 2W1LA 3FI7A 2Q0MX 2G4QA 4H9BA 2D6BA 1NF5A 2BLXA 5FSTA 1RE2A 5II3A 1B7LA 4LFXA 4GCCA 4NHTA 4HV2A 1FDLY 2MEDA 3EMSA 3A67Y 4H9AA 1JSEA 1C46A 4DC4A 1GHLA 1JWRA 1JTOL 3OJPA 4UWUA 3B0OA 2BQLA 1LMAA 1JKBA 2DQAA 2YVBA 3QNGA 1GF5A 5IELA 5C6JA 3SP3A 5KXNA 1B5WA 2Z18A 2F2NA 1IP5A 4HTQA 4DD3A 5I54A 1KIRC 4NSGA 4RLNA 3T6UA 2A7DA 4N8ZA 4LT3A 4H9HA 2VB1A 4GCEA 1GFEA 3A90A 1B2KA 4DDBA 3LZTA 1GDWA 4II8A 1UIGA 4WM6A 1AT5A 1RCMA 5L3IA 5ILFA 1IC4Y 1QQYA 1D9UA 5DN4A 1IP2A 1A2YC 1LKRA 4ZIXA 3W6DA 1PZYA 1CJ7A 4WG7A 4G49A 4H8ZA 4XADA 1LMPA 5A3EA 4WM4A 1LHLA 4H9EA 4LFPA 3MGWA 1F6SA 4NGJA 3A93A 1HSXA 4OWHA 3J4GA 5M1YA 4GN4A 5B1GA 132LA 1LZEA 1HEOA 4WM2A 1LOZA 2D91A 2BQEA 4TTDA 1DKJA 4TUNA 1IC7Y 3WH1A 3TMWA 2F30A 1GB6A 1LSAA 1REZA 4WLYA 3WXTA 3QE8A 1Z55A 1GEZA 2ZQ3A 4NGZA 1LZAA 1NHEA 3ZEKA 1BB4A 1CKDA 2LYOA 5HNCA 4NGYA 1LJNA 5APEA 4Z98A 2MEGA 5KXSA 1LZ4A 1BWIA 4NEBA 4HV1A 4QY9A 2HUBA 4DD0A 3LN2A 1B5XA 1LYSA 1IY4A 4OW1A 2FBDA 2Z37A 1W6ZA 4ANRA 5LA8A 2Z2EA 1CKCA 1D6QA 1GE4A 1GFVA 1KIQC 1UUZC 4H90A 3WYHA 1RI8B 1RJCB 2WARA 4DT3A 5KJ9A 1LZ1A 1I56A 1GB3A 3N9CA 2BQAA 1D0LA 7LYZA 1AKIA 1LZTA 1UICA 1QDRA 1DQJC 1BWJA 1HEQA 3AGHA 2C8OA 1YL0X 4DD2A 1G7JC 1GB8A 1C7PA 1LYOA 5B05A 4PRQA 4WLTA 1OUGA 3E3DA 1O23A 4BS7A 5B06A 4XENA 3BKHA 5L3HA 4NG8A 1OUAA 1LSEA 4IATA 4LT2A 1B5ZA 3W6CA 2EKSC 1QSAA 2MEAA 1N4FA 1QSWA 4FDYA 1JKDA 2MEHA 1AT6A 1FN5A 2MEIA 5KXMA 1CNSA 4QEQA 5LYMA 2N5ZA 1YQVY 1J1PY 1TBYA 4ETBA 1LSDA 4N0JA 4GCFA 1LJJA 2BQKA 2A7FA 4XJHA 2HECA 5DLAA 1LZDA 1WVVA 5F16A 1GPQC 1BWHA 1XGQC 2BQGA 1G7MC 1UIBA 3VWOA 2ZWBA 1ZV5L 4UWNA 4CJ2A 2HU1A 2FBBA 4LT1A 1GBYA 2BAAA 1B9OA 4H9CA 1CJ6A 1YL1X 4NGLA 5AMYA 5F9UA 5B59A 3WUAA 1REYA 3AB6A 2LZTA 3W6AA 2I25L 1OUJA 1GE0A 3ATNA 1YILA 3AZ4A 1DKKA 3B72A 1VEDA 4B4JA 1C10A 5LVJA 1FBIX 3WVXA 1NWGA 2DBTA 4DD7A 1LMQA 4ML7A 2G4NA 1H6MA 1YAMA 3WXUA 2YSSC 1GBOA 1T6VL 5KXOA 2BQFA 1TDYA 1LAAA 4LYOA 4H8YA 2RSCA 1JEFA 1FLUA 2EIZC 4NHIA 4OOTA 1HFZA 5D5FA 4HSFA 1QUSA 1P2CC 1GF0A 1B7NA 1EQEA 4TX7A 3N9EA 1G7HC 2BQIA 3LHMA 1VDPA 1FKQA 4HPIA 4N5RA 4RLMA 4W94A 3W6EA 4OOOA 1WQOA 4DD1A 1QTKA 2GV0A 3RZ4A 1WQMA 5J7CA 1XGTC 1WVUA 4NWEA 1IWXA 1OUFA 1T3PA 5HQ1A 3A96A 1GFKA 4MR1A 4TSCA 1EQ5A 1GDXA 1GFTA 4PJ2C 3LZ2A 1EQ4A 1NMMA 2ZYPA 1BVXA 1C45A 4XJFA 3RT5X 1REXA 5T3FA 1CKGA 3TXDA 1BB5A 2YBHA 4BAPA 2Z39A 5DM9A 1OUCA 1FLYA 4NHQA 5LVIA 2IFFY 1GB5A 1DI4A 3KAMA 4H92A 1GEVA 1XFPL 4NGWA 1JIYA 3P64A 5F81A 4WL7A 1GD6A 1LCNA 3CT1A 4H1PA 1IWZA 1LZBA 4CGEA 1YAOA 3RU5A 1WQPA 4OWEA 2MEEA 4WLDA 1D6PA 2CDSA 4J0LA 4LT0A 3D3DA 4EMNA 1GFRA 4QGZA 1QUTA 1DI5A 1IWVA 3BKVA 3LYTA 4ZFPA 1LMNA 1SLYA 2ZIKA 1NBYC 1HFYA 1OQMA 1UA6Y 3RW8A 2LYZA 1B7QA 1HHLA 1KXYA 3WU8A 1HEWA 5LVHA 1GF4A 4YOPA 5D5CA 3W3EA 3W6FA 1IIZA 1IR9A 1QDTA 5LXWA 1REMA 1CKHA 2HEDA 3AGIA 1DPWA 2Z38A 1B5VA 1G7IC 5K7OA 2BQNA 3B0IA 1VATA 1LJIA 3AJNA 3P4ZA 3P66A 5DL9A 5FCPA 1BB7A 4GLAA 1HNLA 5KXLA 4WLXA 2FYDA 3IWRA 5C6LA 4GCBA 2W1YA 3GXKA 5FDJA 5KXRA 1JTTL 1LJEA 1NKHA 2F4AA 3EXDA 4NSHA 1HF4A 5I4XA 1IR7A 1IOTA 4ETDA 1GAYA 4ZEEA 5B07A 2XBRA 3CSZA 1BB3A 3FE0A 1UIEA 1B7SA 1JPOA 1LZCA 5KXKA 1GBZA 4LYZA 2YBLA 4X3BA 1GFHA 1YKXX 2D4JA 5KXZA 2Y8PA 4NIJA 1LSZA 1YAQA 3F6ZA 4EOFA 1IWYA 2EPEA 1F0WA 4H9FA 4NGOA 3D9AC 1LSNA 1IWWA 4PGJB 1LHKA 4PPOA 3G3AB 2CJLA 2ZYCA 1JUGA 1BHZA 4WOAA 1LJ4A 1QTEA 1LZNA 2DQHY 4RDSA 5E4PA 1UIFA 1WQQA 5B1FA 4H93A 1IEEA 2I26L 3AZ6A 4MSTA 1GB9A 3A92A 4RW1A 3T36A 2BQBA 3A94A 1LYZA 1AM7A 1LHIA 1GBXA 1LKSA 4NGKA 4OWBA 3HBEX 5LYTA 2YBNA 3WL2A 1UACY 1HSWA 1IP4A 1JITA 4NGVA 2DQCY 3CSRA 5APCA 4WL6A 4XJGA 154LA 3CT5A 4R0FA 1JKCA 6LYZA 2B5ZA 4P2EA 3ZVQB 133LA 1GE2A 4WM3A 1TEWA 1HFXA 4YEMA 4ET8A 3TXKA 1IP7A 1GXXA 2FYCA 1LSBA 2ZQ4A 3IJUA 2MECA 4LYCA 2CWIA 4WM5A 1IVMA 1GFAA 2YDGA 1IOCA 4QDNA 4U3XB 3ULRA 1IO5A 3N9AA 4OWAA 1SQ2L 2IHLA 3GXRA 4M6DA 1HELA 3A95A 4GLVA 4O34A 1GF8A 1JJ0A 2HEBA 1LSMA 2BQDA 4XYYA 2NWDX 1LTMA 2LYMA 1D0KA 3AZ7A 1GE3A 4J1AA 4ETCA 153LA 3WULA 1LSPA 1I1ZA 1GFUA 4YEOA 4N1EI 1LMOA 3CQLA 1GBWA 1LZ9A 2HEEA 2I6ZA 4ET9A 5KXWA 4LZTA 2DQIY 3A8ZA 4XJBA 3AYQA 5I53A 3CT0A 4GN5C 4NG1A 1BQLY 9LYZA 1LHJA 5C6IA 1BB6A 1D0MA 1PS5A 2DQGY 3EO5A 1XSFA 2C8PA 5LAFA 5L9JA 1IOSA 5FEKA 2DQDY 4PHIA 1AZFA 2LZ2A 1LSYA 1W08A 5DN5A 1HEMA 4NHSA 1YKZX 5F14A 1HENA 5KY1A 193LA 3WUMA 3TXJA 3WUNA 2HTXA 1DZBX 4XJDA 2XTHA 1LZSA 3IJVA 2BQMA 2HEFA 2ZILA 3A3QA 1F6RA 4YENA 1EL1A 4G4BA 5IDDA 4HJYA 5KKIA 1GFJA 1LJ3A 4H91A 3K3TA 4YF2A 1LJKA 1VDQA 4NWHA 1WTNA 4D9ZA 4L41A 2BPUA 1LZGA 2DQEY 1C08C 4GCDA 1BGIA 4BADA 1B7OA 3A34A 2MEFA 3A3RX 1B7RA 1GB0A 3QY4A 3M3UA 4HTNA 5LIOA 1CKFA 194LA 2EQLA 2ZIJA 3B0KA 1IP6A 3WVYA 4CFPA 1XGPC 2XBSA 2Z19A 4IASA 1MELL 3TXGA 3TXHA 1DXJA 5I4WA 5HNLA 4RW2A 2YBMA 1GB2A 5I5QA 5LVKA 1KIPC 5LA5A 1GF7A 1GFGA 1ZVYB 4G9SA 2XJWA 5HLLA 3TMXA 4H9IA 5FELA 1NDGC 3TXIA 4HTKA 1UIHA 2AUBA 4LYMA 5LINA 4WM1A 4ETEA 1KXXA 1VAUA 1MLCE 4LYBA 1WQRA 4DYGA 1UCOA 1XEJA 2H5ZA 1HC0A 2G4PA 1E8LA 1JJ1A 4NSIA 1YANA 1IOQA 207LA 2DQJY 134LA 1UIDA 5KXTA 1LHHA 1H87A 3OK0A 1FLQA 1ZMYL 4FJRA 4I0CA 4R6CA 1J1XY 4N9RA 1B0DA 1VDSA 1OP9B 2BQHA 2D4KA 2BQOA 4KXIA 4NFVA 3CB7A 1GWDA 4XJIA 1A4VA 3P68A 4N1CC 4BAFA 3ZVQA 4DDCA 4DWXA 8LYZA 1UIAA 2H9JA 5APFA 3TXBA 4Z46A 1HEPA 1GAZA 1VDTA 4HJVA 6LYTA 5LYZA 2D4IA 4NY5A 5F9XA 1XEIA 4B4IA 4IJ4A 1OUIA 1VFBC 1B7MA 3WW5A 5IHGA 1RFPA 4HP0A 2CGIA 2DKVA 1GB7A 1ZVHL 1IORA 2X0AA 5KXYA 3WW6A 2MEBA 2ZNWY 1IWUA 1ALCA 2BQJA 4MCKA 4ETAA 4G4CA 4HJZA 1YIKA 4AXTA 2W1XA 5JENB 1IP3A 1FLWA 4GN3A 1FKVA 1B5YA 1GBSA 3WPLA 3WU9A 135LA 4NHPA 1UC0A 3AGGG 1LZYA 3CSQA 3HBHA 3G3BB 4DD9A 1LSFA 4HPEA 4WO6A 1LZ5A 1OUHA 5HMJA 5LVGA 4B1AA 208LA 3EBAB 1LSGA 1TCYA 4WMGA 3AW6A 4CFOA 4CHXA 3AW7A 1F10A 1UBZA 1IY3A 3LYOA 4TWSA 3W6BA 5ILCA 2Z12A 3TMVA 1B5UA 1LJGA 1LMTA 1YAPA 2PC2A 1LJHA 3RNXA 3P65A 1DPXA 3TXEA 4TSBA 1INUA 5LAGA 5A3ZA 3HBDA 1IP1A 1V7TA 3A6CY 1LJFA 1LZRA 1JISA 5I4YA 4WO9A 1CJ9A 1B7PA 4M4OA 4NGIA 3TXFA 1TAYA 1LYYA 1V7SA 4LYTA 1GE1A 2BLYA 1QIOA 4J7VA 1LPIA 1GF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
211LA 3SB8A 1L15A 3M18B 2LHMA 2HEAA 4KPMA 1XGUC 2ZNXY 5KXPA 1LGUA 1QSQA 3A6BY 4PRUA 4C3WA 3DMXA 3FA0A 1C6FA 2H9KA 2Z2FA 4OO9A 3LYZA 1HERA 3AZ5A 3HH5A 2F4GA 1QT6A 4ARMB 1C6TA 1L95A 1XEKA 186LA 1HMLA 1SSWA 1HMKA 246LA 4ARJA 1I20A 4DQ7A 249LA 4C5FA 1NBZC 5KXXA 1L64A 1L18A 184LA 1IX0A 182LA 1NF5A 5II3A 1RE2A 4GCCA 1L53A 4NHTA 1L11A 1L30A 1JTOL 181LA 1L35A 2BQLA 1JKBA 104LA 1GF5A 5IELA 2XQOA 4ZPUA 5KXNA 2Z18A 4DD3A 4NSGA 3DN1A 4LT3A 4H9HA 226LA 2O4WA 4GCEA 3HTGA 3A90A 1B2KA 4DDBA 3LZTA 4II8A 1UIGA 1IC4Y 1C69A 1DYGA 213LA 4WG7A 4XADA 1LMPA 1LHLA 3MGWA 3J4GA 5B1GA 1LZEA 4WM2A 1LOZA 2D91A 4TUNA 3WH1A 250LA 1Z55A 2ANXA 1G1WA 1NHEA 3CDVA 1BWIA 1L62A 1C66A 4OW1A 3SB5A 1KIQC 5I4YA 4H90A 1L88A 1GB3A 1UICA 1L09A 3DMZA 216LA 2RBSA 2C8OA 254LA 1G7JC 1C7PA 1LYOA 1T8AA 3G3WA 4I7LA 4WLTA 1OUGA 219LA 1L68A 1LWGA 2CUUA 4EJ4A 1N4FA 3HT7A 1QSWA 1CV0A 4FDYA 1P5CA 5KXMA 5LYMA 1J1PY 236LA 2BQKA 5DLAA 2IGCA 1BWHA 230LA 198LA 3VWOA 2ZWBA 1ZV5L 2HU1A 4DJHA 162LA 2BAAA 4NGLA 1SWZA 3AB6A 2LZTA 3ATNA 1GE0A 1LYIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OWC A;  3J6K A;  5E9R A;  1G7L C;  3M18 B;  1IC5 Y;  1OUD A;  1YRO A;  1CJ8 A;  4WG1 A;  2LHM A;  4B4E A;  1KXW A;  4H8X A;  2HEA A;  4B49 A;  1LSC A;  4KPM A;  1LZ6 A;  4Z41 A;  1LZ8 A;  1XGU C;  2ZNX Y;  5KXP A;  3A6B Y;  2BQC A;  4PRU A;  4C3W A;  2HU3 A;  1LMC A;  1NQI A;  4XN6 A;  5KKJ A;  5FHW A;  2H9K A;  4W96 A;  4Z3M A;  3HFM Y;  1J1O Y;  5EBH A;  1WTM A;  2W1M A;  2Z2F A;  3LYM A;  2DQF C;  1GF3 A;  4A7D A;  1WQN A;  4LGK A;  4DDA A;  3LYZ A;  1HER A;  4I8S A;  3AZ5 A;  2F4G A;  1NDM C;  1XGR C;  4H94 A;  1LHM A;  4UWV A;  1YKY X;  4J1B A;  3WPK A;  1IR8 A;  2YBI A;  1JTP L;  1XEK A;  1HML A;  1GF9 A;  1C43 A;  3TMU A;  1HMK A;  4NSJ A;  3WU7 A;  1OUE A;  1JKA A;  1DI3 A;  1JSF A;  4E3U A;  4KT3 A;  1I20 A;  3ATO A;  2YBJ A;  4YM8 A;  5HMV A;  3A91 A;  4G4H A;  1JJ3 A;  5APD A;  3WPJ A;  4C5F A;  1NBZ C;  3B6L A;  1JHL A;  4B0D A;  5KXX A;  3WMK A;  1IWT A;  4AGA A;  1OUB A;  1BVK C;  1IX0 A;  1GXV 2;  4KL7 A;  2W1L A;  3FI7 A;  2Q0M X;  2G4Q A;  4H9B A;  2D6B A;  1NF5 A;  2BLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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