3DA6A

Crystal structure of human jnk3 complexed with n-(3-methyl-4-(3-(2-(methylamino)pyrimidin-4-yl)pyridin-2-yloxy)naphthalen-1-yl)-1h-benzo[d]imidazol-2-amine
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
356
structure length
328
Chain Sequence
NQFYSVEVGDSTFTVLKRYQNLKPIGSGGIVCAAYDAVLDRNVAIKKLSRPFQNQTHAKRAYRELVLMKCVNHKNIISLLNVFTPQKTLEEFQDVYLVMELMDANLCQVIQMELDHERMSYLLYQMLCGIKHLHSAGIIHRDLKPSNIVVKSDCTLKILDFGLARTVVTRYYRAPEVILGMGYKENVDIWSVGCIMGEMVRHKILFPGRDYIDQWNKVIEQLGTPCPEFMKKLQPTVRNYVENRPKYAGLTFPKLFPDSLFPADSEHNKLKASQARDLLSKMLVIDPAKRISVDDALQHPYINVWYDPAREHTIEEWKELIYKEVMNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Pyridyl-pyrimidine benzimidazole derivatives as potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of Tie-2 kinase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 10
total genus 104
structure length 328
sequence length 356
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2008-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3da6A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3da6A01
3LQ3A 3IOKA 3ODZX 3IW6A 3R8ZA 1OL7A 4QP1A 4FGRA 2F7XE 5A4CA 2OZAA 2QG7A 5EKOA 1H1RA 3OWKA 3QRIA 4BTFA 5IA3A 3MB6A 3IECA 3PPZA 4YZDA 4YJRA 1YDSE 2XEZA 3E8EA 3QALE 2VTRA 4QMTA 5FGKA 2J2IB 5CENA 5DFPA 3R1SA 3Q2MA 3V5QA 4YHFA 4ZJVA 1R3CA 5HU3A 1Z9XA 3BU3A 4RJ6A 4FSWA 2QHNA 1UNLA 4MXCA 3RK7A 4DH3A 3ZLYA 3RAKA 2X81A 3FLSA 3FL5A 3GEQA 5AIRA 3ZLXA 2IZTA 3SDJA 2WTWA 3UOJA 4R77A 4KKHA 4C4FA 3THBA 3DBQA 3LMGA 3HRCA 4FTIA 4PDOA 4PF4A 5BUJA 4RA5A 4WNMA 4X2NA 4M68A 1NVSA 1OIRA 2R9SA 3PSCA 2RIOA 5CZIA 4N6YA 2OLCA 2R2PA 4I1ZA 3HEGA 2Q0BA 3BV2A 4RG0A 5FRIA 3DZOA 3V6SA 4ZMEA 4R7IA 1E9HA 1LEWA 5F4NA 4BCMA 3UODA 2W1DA 3QQJA 5KMLA 3BRBA 4RC3A 1ZYJA 3I0QA 2XK7A 3Q5IA 3VWAA 3SW7A 3QCYA 4DBNA 5AP3A 2XCKA 4JDIA 3NNUA 4TWCA 3VBTA 4ZAUA 3AC1A 3RPYA 1P4OA 4QYFA 4D0XA 3MA6A 5HNGA 1I44A 2XIKA 5HBEA 3H4JA 4WBOA 3FQEA 1PF8A 3OS3A 4EOSA 4CQGA 2PULA 3L9LA 2J9MA 2RKUA 1FGKA 2F57A 5TT7A 3EN4A 4FTNA 5AUYA 2J0JA 3QUDA 5EI2A 3R2YA 2FH9A 4J98A 2YZLA 4QQJA 4RFZA 3GP0A 5AA9A 4HVGA 5JT2A 4R1YA 4TWNA 2WELA 2W05A 4U43A 3Q2JA 4S30A 3LOKA 4TW9A 4KSQA 5IEVA 3DJ5A 4EOIA 3FEGA 3MVLA 2XKEA 3UDBA 2C47A 2J90A 2YM6A 4TN6A 2ITNA 3NYXA 5F95A 5KHWA 1NY3A 3QCSA 4JAIA 4FTCA 4BI1A 4J53A 3LXPA 3BE2A 1H26A 4QMWA 4NTSA 3SQQA 1RDQE 3R7UA 3FYJX 4KD1A 4XOYA 4BIBA 3MY5A 4IM2A 4XS2A 3L1SA 2HYYA 5K0KA 3PE2A 3VQHA 5HTCA 4YR8A 4FICA 2OWBA 5EFQA 4K33A 1OL2A 1Z57A 4O0YA 4TZRA 4BBMA 3PIXA 4X6RA 5JN2A 2CGWA 3R1YA 5E8XA 5J1WA 2WMXA 5M07A 4PP7A 3PXZA 2FO0A 3D94A 4BDJA 3UYSA 4AU8A 5HO7A 3R1NA 2W4OA 5A4QA 3C7QA 2WMTA 3GC8A 4BCOA 3ORKA 3C51A 4IX3A 2PVYA 3RWPA 2UW3A 2JIUA 3NCZA 5AA8A 2X7FA 2Y4IB 5DA3A 4WG3A 3RI1A 4O0XA 1Q5KA 4LRJA 1OPKA 2GHMA 4U8ZA 4Z9LA 4OT5A 4GT3A 4MD9E 4BDHA 4CFWA 3QCQA 1NT2A 4FVQA 3SLSA 4RLKA 4FZ6A 2E2BA 4QD6A 3FZPA 4M0YA 3RPVA 4EBWA 2VNWA 4W9XA 3GCUA 3D83A 3RINA 4IIRA 2B9HA 3LXNA 4XG8A 4CQEA 1M2PA 1M2QA 2JFMA 3D5WA 2QOIA 4BYJA 4FT3A 1NVQA 4ZLOA 5A54A 4DN5A 4ZSGA 3HP5A 3S00A 3A8XA 1CKJA 2QG5A 2I0VA 3CPCA 4QQ5A 3EJ1A 2ACXA 2ERZE 5B2KA 3TKIA 5KX8A 4XHKB 4MXYA 5ANJA 3R7VA 4DEAA 4G5PA 3U54A 1IG1A 3QTXA 3QD3A 4RBLA 3ZS5A 3HLLA 3IO7A 1JAMA 3N51A 3FZRA 5D10A 2C5OA 1PKGA 5E8SA 3FLWA 5FXSA 4QQCA 5CU0A 1QMZA 3BYVA 3QQLA 2QD9A 2XYNA 2P3GX 5HTIA 3LFDA 3VW6A 4N4SA 4RIYA 4ZTSA 3EQRA 4DITA 5IA0A 4A7CA 3FKLA 3R04A 4AGDA 2ITPA 3KC3A 3FMEA 4FSQA 2QO9A 4YLLA 3LCOA 4DE4A 2RGPA 3A7HA 4F1MA 3IDBA 5IISA 2BFYA 2YITA 5FXQA 3SC1A 2VTQA 1NA7A 3EQCA 4H36A 4CSVA 2AC3A 4NSTA 3FJQE 5DHJA 3TEIA 4BI0A 4O86A 3PJCA 4P90A 3ERKA 4QMLA 4NCTC 3AC5A 4C38A 4JDHA 5EI6A 4EK5A 2H6DA 3COMA 4DH5A 2PVHA 2YCRA 3MIAA 4DGLC 4DFBA 4RIXA 4RJ7A 2Z02A 4QOXA 3LM0A 3OP5A 4XBUA 4CCBA 4CRSA 5JFSA 4IX5A 4ENXA 5DRBA 4IWOA 4IAYA 3BHTA 2UUEA 2J0LA 4TXCA 2QVSE 4RRVA 4FV8A 5A6OA 2WMRA 3LCSA 4GK3A 4DFUA 3CTHA 1ZAOA 4FEVA 3VN9A 1Y6BA 1FVTA 4YJTA 3DLSA 5GJFA 5FG8A 3G6HA 4FSUA 4AE6A 3GUBA 1R0EA 4FG9A 4PMTA 1PHKA 2OJ9A 2WMSA 3UVQA 4BGQA 1PY5A 3PZEA 2BR1A 4ZTLA 5EKNA 3FZTA 5GZ9A 2G9XA 3G9LX 4JAJA 3HMPA 5I9VA 1UA2A 2VTTA 3SXFA 2H96A 4S34A 3IOPA 3EFWA 4QP4A 5JZJA 2XYUA 3LXKA 2J0KA 5EYDA 5CTPA 5HLPA 3QL8A 1ZWSA 3W10A 1FQ1B 4R7HA 5LCJA 2ITWA 1YHVA 2XJ0A 5E92A 1XKKA 4XLIA 3NW7A 4DCEA 4IAFA 3AGMA 3LW0A 2REIA 5CQUA 5F1ZA 3LFQA 3O50A 4PWNA 3EFKA 4M14A 4II5A 2Y4PA 2VTOA 1YXSA 4UMRA 4WKQA 1PJKA 4J99A 2VO6A 5A14A 1Y6AA 5TF9A 2WOTA 4DFYA 2YDKA 3GCPA 4QRCA 2W9FB 2WB8A 5L2SA 1PXMA 3KRWA 3U8WA 2B54A 3FL4A 4YLKA 2C5NA 4FSRA 3ZCLA 5M4IA 4F0GA 3R7OA 2BKKA 3U4UA 4BICA 4C35A 4NW5A 2R3NA 5H8EA 2X8IA 4CZYB 4FL3A 3AMAA 3WF7A 3RK9A 2YAKA 4NEUA 2A1AB 1U4DA 3BEGA 4YJNA 4AFEA 3TNQB 2Z7LA 3EB0A 3GU8A 4FNZA 1IA8A 1W8CA 2NNWB 4HVDA 3FLYA 2F9GA 3O17A 2EXEA 3FZOA 1UU7A 3IS5A 2C3LA 4OBPA 3PXQA 2WTDA 3TJDA 3UG2A 3TNIA 2ITQA 4UYAA 4CT2A 3O8UA 4UX9A 3PXRA 3D9VA 3QTWA 3C4XA 3UO6A 5A4TA 5D1JA 2B0QA 4KUJA 1OZ1A 2CSNA 5J9YA 2XKCA 5M06A 5FEEA 4I22A 4RVMA 5GZAA 1J1CA 3WI6A 4D9TA 2GHGA 3Q6UA 2Z7RA 3QC9A 5HG7A 3NPCA 3OW3A 3PXKA 4JJRA 2FGIA 1GIJA 2W1FA 3FHIA 3QTQA 4OLIA 2UW4A 4PMPA 1Q61A 4LGHA 4LG4A 2IZUA 2XEYA 3FWQA 3MPMA 2VWVA 1XWSA 5CVHA 2X1NA 4HJOA 4K1BA 2C30A 3Q4ZA 2WQNA 3CCNA 5CEOA 5HHWA 2C6MA 4DGMA 4C3RA 3OTUA 4CTCA 5GNKA 5J1VA 4BZNA 2P4IA 5CLPA 3DU8A 2EU9A 4TWPA 1KE5A 1UU9A 3FXWA 4D4RA 2Q0NA 3RCJA 2CCIA 5CNNA 2IVVA 4J97A 2YACA 2GHLA 2HAKA 4IXPA 4Y85A 4N6ZA 2ZB0A 3D2KA 4XOZA 4BDFA 5M55A 4IVAA 2DUVA 3OTVA 5DG5A 5GJGA 4O1PA 1DI8A 2GS7A 4OTQA 5DOSA 3KGAA 4S33A 5GHVA 2QOQA 5DR2A 4C4IA 4EORA 5I9XA 3ZO4A 3P9JA 4I3ZA 2IPXA 3B2TA 5HX6A 4XNEA 4NUSA 4XJ0A 3WZEA 1J7UA 4A9UA 4UWYA 2CNUA 1L8TA 1PMEA 2E9PA 5HESA 3BHHA 1YOLA 1WVYA 2ITXA 4ANLA 4EI4A 1YRPA 4CRLA 1YWVA 5I4NA 3SA0A 2ETKA 3LKMA 2QQ7A 5LXMA 2C3IB 4OAVB 2ETRA 4PNIA 5CU4A 3FXZA 2VO3A 2UZEA 4QMPA 5JSMA 5LCKA 5KMIA 4D1ZA 5ANDA 3PDTA 4DT9A 4YZBA 3UTOA 1MQ4A 1U54A 2ESMA 3L8PA 4DTKA 5CSPA 2X2MA 4TNDA 5B2LA 3ZLSA 3CGFA 4QMNA 3WOWA 4PDYA 4HVSA 1XH7A 2EB2A 3C4CA 3E3PA 4I4FA 1UWHA 5AM7A 3RHKA 3OF0A 5E1SA 3E88A 3FPMA 3F3ZA 5BVFA 3BLHA 4MCVA 4EOQA 5IA1A 4KINA 3WE8A 3RGFA 3D7TA 3I5NA 4TYJA 4YJPA 5JKGA 5M4UA 3D15A 2R3JA 1P5EA 2CHLA 3H9OA 2ITUA 3R01A 4IBMA 4MBIA 4ZTRA 1Q8TA 4AGWA 3WF5A 2WU6A 5LVOA 3OCSA 3W18A 1KWPA 2OICA 3DLZA 3QYZA 4NU1A 2CGUA 2HZIA 3LLTA 3ZRKA 2I6LA 1I09A 2XNMA 3AMBA 3GOPA 5HE3A 1Y91A 5DBXA 2QU6A 4LM5A 4U44A 5ANKA 4ZY5A 2H9VA 1YKRA 4FV2A 1YXUA 5AX3A 2CLQA 3FHRA 1XJDA 2PWLA 2C1AA 2WMBA 5C4KA 5DI1A 2B52A 4CFFA 2QI8A 3UNKA 5I9UA 5IQGA 1OMWA 1YOJA 4CZTA 4PL5A 5DNRA 1J7IA 4FZFB 4XX9A 3ZEPA 1OL1A 1URWA 4D0WA 2W4KA 1OECA 3HKOA 3IQ7A 4S31A 5IU2A 3VRYA 4BDEA 3NR9A 5CAPA 3QLGA 2C6TA 3NNWA 4MWHA 2XIRA 1BI7A 3BGPA 3RNIA 5E8ZA 2WNTA 3UIXA 3VS2A 4I24A 3ATSA 3O71A 2F2UA 4FTQA 3RWQA 4I23A 1IAJA 5IQBA 3QQHA 2XKDA 5B7VA 3ORXA 4O0TA 4W8EA 4A06A 2C0OA 4FODA 2UW8A 3AT4A 3DB8A 3DFCB 2X4ZA 4MBJA 3UG1A 3UP7A 5CT0A 1TQMA 3ZC5A 4FI1A 3UVRA 3COKA 3MFRA 4YSJA 4U6RA 1APME 1JWHA 4HVIA 4QP7A 4AZEA 3KQ7A 2W1GA 3FAAA 3JY0A 4D5HA 4HW7A 4UMUA 2R7BA 3ZM9A 3QQFA 3HMNA 4KKEA 2XRUA 2YDJA 2XS0A 4QQTA 1MP8A 4PMMA 4EYJA 2E9UA 2X2LA 3FMKA 5LWMA 2WTJA 3A99A 5E8VA 4ACGA 5J8IA 3QXOA 4TYHA 2XA4A 4X2GA 3UNZA 4HPUE 4PQNA 4H3PA 4UWBA 4RX9A 4Q2AA 3IGOA 3JPVA 4XUFA 3U9NA 3ZUVA 4D2TA 5K5XA 2O0UA 4C4JA 5HG9A 2X7OA 2YCQA 1BL6A 4PDPA 4B6LA 3FQSA 4OR5A 4F7SA 3S0OA 5GZ8A 4IJPA 3P5KA 3P08A 4ZSLA 4FIEA 2GNJA 2VTHA 1OIYA 4H39A 5E9EA 3KRRA 2YABA 3EZRA 3ZYAA 4C02A 5DYJA 5I3OA 1ZY5A 3PPKA 4YJVA 5IQFA 2VTLA 1H1PA 2JITA 4IACA 4DEBA 4ZEGA 5BYLA 2W17A 3FBVA 4QTEA 4KWPA 3TN8A 1OKVA 1R1WA 5TO8A 5CSVA 2ITVA 3CSVA 2UW9A 1UKIA 1SZMA 2IO6A 4Z3VA 3AC2A 2FA2A 4TYGA 1SVHA 3MBLA 4K0YA 2YM4A 5EHYA 4BTMA 4RIOA 1DAWA 4LL0A 2PE2A 2XM9A 1H1SA 3AGLA 3GXLA 4ZTNA 5IA2A 3UOLA 3CY3A 1RW8A 2J0IA 4EL9A 5HCXA 4IAIA 3NW6A 3PXFA 4FOBA 1B6CB 3A61A 4ZLYA 3U55A 4TY1A 4USFA 3AT2A 4L46A 3DNDA 5GJDA 2YAAA 3IW7A 2CN5A 3G6GA 4AT5A 1PW2A 4GV1A 3MH3A 4AZTA 5AV4A 4O96A 4NKSA 1TKIA 3RAWA 3EFLA 3QLFA 5FXRA 2C6KA 3BHYA 2I40A 4V0GA 4BDAA 5J9ZA 4ZTHA 3QD0A 4MXOA 3QZHA 2G15A 3OD6X 2RFDA 2QOBA 3W16A 1OKYA 2OBJA 3LJ2A 2YZAA 3SXSA 5FTGA 4WHZA 4UB7A 5AV1A 3OHTA 2YFXA 4IEBA 4YZNA 1PXLA 3MESA 4BRXA 4RC2A 5AAFA 2KTYA 4RC4A 3DK7A 3FMJA 5CY3A 2HZ0A 1YXTA 1FVRA 3IW4A 3VUHA 5M4CA 2YIWA 4M84A 4OTFA 4AGCA 4JDJA 3ZXZA 2YM5A 4EOKA 5IG1A 4IB5A 2GSFA 4IMYA 4AZWA 5BQ0A 3EN6A 4R3CA 3IONA 4J8NA 3A4OX 3QAME 3NUNA 4DLIA 2WQMA 5HO8A 1MUOA 3QTIA 2BRMA 1CTPE 3A60A 3HZTA 4DH1A 2PHKA 4IDTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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