3DBCA

Crystal structure of an activated (thr->asp) polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with compound 257
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
287
structure length
261
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLLKPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Danio rerio
publication title Design and synthesis of 2-amino-pyrazolopyridines as Polo-like kinase 1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polo-like kinase 1
total genus 72
structure length 261
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dbcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dbcA01
1P2AA 4FTMA 1STCE 3EOCA 5BUIA 5HTIA 4E4NA 4USEA 4YZCA 1Q8YA 4GYGA 4RPVA 3DK6A 4X6RA 3R00A 4FG8A 2UW4A 4CD0A 4JJRA 3TJCA 3VBVA 1JKSA 3ALOA 1FINA 1ZMWA 1UKIA 2BAQA 5AP3A 2HZIA 2WD1A 5AUUA 2J7TA 1KWPA 3LCSA 3L8PA 4FOBA 4FV2A 4GV1A 3QA0A 4JBQA 4ZTQA 3MW1A 3EZRA 2EXMA 3DA6A 4CCUA 4IFGA 2R3NA 4QYFA 4BCJA 2JDSA 3R01A 3B8QA 4RQKA 2PZIA 2YFXA 4YJRA 5DFPA 1Y91A 2YLEA 5E8VA 4D1SA 4Z3VA 1PHKA 4RT7A 2BHEA 2XJ0A 4IM2A 3PXRA 4RG0A 4FKOA 3R6XA 4LYNA 5L4QA 2BVAA 3E8DA 2FSOX 3I6UA 3NPCA 5L8JA 5D7AA 4D5KA 4RC3A 5AIRA 4E1ZA 4Y83A 4F9YA 4IB3A 5GZAA 2CKPA 4BCGA 4RA5A 4TTHB 4E6QA 1E1XA 4ZLZA 2YCFA 5CT7A 3W2CA 4FICA 2ITOA 1IA8A 1U4DA 2ZAZA 4MXYA 3TN8A 2QO9A 4A4LA 2QURA 3NIZA 3OOGA 4M0ZA 3I1AA 4NEUA 3QD0A 1H8FA 4QTEA 5HLNA 4UY9A 4M69B 4USDA 4CZYB 3KRLA 2W05A 4AE9A 1FGIA 3C4CA 4XV9A 4FV6A 4FZ7A 5JSMA 3P0MA 1LEWA 3NUSA 5CU2A 4YNOA 3FLWA 4FTNA 4D58A 2IG7A 3LXKA 4FZFB 4TWNA 4BBEA 5CEOA 2ZM4A 4KIPA 5EFQA 4ACHA 3WYXA 3MIYA 3OBGA 2ITWA 3PSCA 4XRLA 2CGXA 2XYUA 5AV2A 4UMPA 5HU3A 2XNOA 4PL3A 3RBWA 5K3YA 5AWMA 2R3KA 2EB2A 3VBXA 3NVKI 1U46A 2W5BA 4QNYA 4JG6A 5AX9A 4EHEA 3LVPA 4EH5A 5HO6A 1ZY5A 3GC8A 1YQJA 2EXEA 3LXPA 1GY3A 3E64A 2VUWA 1XQZA 3E63A 3RVGA 1PXJA 1Q61A 3PJ2A 4DT8A 5IMXA 4U0IA 3TNHA 4PDPA 4ACDA 1AQ1A 3B2TA 5GJFA 4RIWA 3FXWA 5E91A 3RALA 4FEUA 3UGCA 2WU7A 5A9UA 3LJ1A 3ORLA 5HD4A 4KIOA 3L8VA 5CNNA 5LWNA 4C0TA 5JRSA 5BMSA 2B1PA 2PMIA 3OCBA 5D11A 4O82A 2UVXA 4YHFA 3Q5ZA 4K0YA 5CX9A 4F08A 4X3FA 5DRBA 3NZ0A 4GEOA 2UZWE 2C0TA 2JITA 4FV3A 1M17A 2C5NA 2QQ7A 2REIA 1ATPE 3DFCB 4IJ9A 3ZLYA 5CLPA 3SA0A 1WBPA 2G01A 1CKPA 4PDOA 4ZK5A 4H05A 4JRNA 3A7GA 5JFVA 3O71A 4WNKA 2R0IA 4BN1A 1OKYA 2CLQA 2Y4IB 3D5WA 3O50A 2VTNA 4KWPA 4C4EA 1PW2A 1UNHA 4WG3A 5EH0A 4O7RA 4L3LA 3NLBA 3O2MA 3DFAA 4ZTMA 5M06A 4HYIA 4EQUA 3WOWA 2GHLA 3I0OA 4ZTNA 2B52A 3DAKA 3KRXA 5IQDA 5HE3A 1O6LA 2BTSA 3EKKA 4O2PA 4I4EA 4ACMA 2I0YA 1WBOA 4DH7A 5I9XA 2X9FA 3G0EA 3WF9A 3R8MA 3QYWA 3ZH8A 5L3AA 5FGKA 3BHVA 4AA5A 2UZLA 4L42A 5CSXA 4BC6A 3LPBA 3VO3A 1OL1A 4YHJA 4AXAA 4EOQA 3A4PA 1YOLA 2ERZE 5AR4A 5B7VA 3TKIA 4TRLA 4FNZA 4E3CA 2EUFB 2VU3A 2B9FA 1F5QA 1FMOE 5AAGA 2R3GA 2YJSA 1YXSA 4NM3A 3TACA 3BEAA 2CCHA 4MKCA 3C4EA 4TL0A 5HG8A 2YERA 5IU2A 5KX8A 2OJGA 4FIJA 4ZTRA 2HCKA 4ZEGA 1Q24A 4MF1A 2OXYA 4DH1A 5C8KA 3REPA 2BUJA 3CKXA 3UC4A 5CF5A 3AGLA 3R7GA 4CG9A 5HVJA 4MXZA 2J50A 3KY2A 3TNQB 2ITPA 5CVFA 4YLKA 2O5KA 4YZ9A 4L52A 3U54A 3JUHA 5IA4A 4G31A 4FK6A 1G8AA 3GB2A 5M57A 2R3PA 4PRJA 2W9ZB 1VJYA 3T8OA 4C4FA 2UZEA 3U6IA 3QKKA 1GOLA 5M07A 4O86A 4X3FB 3ATSA 3PTGA 1ZLTA 2W5AA 3FYJX 4YPSA 4UX9A 3R8VA 4ITIA 2WO6A 2YM4A 3FEGA 4FNWA 1YXUA 2IW8A 4Q9ZA 4QP8A 1YOMA 3FUPA 2IVVA 4L45A 4ZSAA 3KQ7A 5GJDA 1Z57A 5E1EA 3MTLA 3FQEA 1H07A 3AT2A 4HGEA 4J53A 2NRYA 5EYKA 1FOTA 4BICA 3CE3A 3OOMA 4G1WA 1BL6A 2JDVA 4AU8A 1R0EA 5CQWA 4LV8A 5HHWA 4IXPA 4DEBA 3FPMA 5AP6A 2B54A 4Z9LA 4FC0A 3IG7A 2IWIA 3DKFA 1LUFA 1P4FA 3BCEA 3G0FA 4EHGA 3I79A 4ALUA 4MH7A 2BZJA 1H1RA 2QKWB 4PUZA 3F3ZA 3OBJA 3R1YA 2HAKA 4UXLA 3LOKA 3QA8A 2ERKA 4GG7A 3LQ5A 1Y8YA 3AMAA 2FO0A 4KD1A 4QMOA 4TYJA 5I3OA 3NEWA 3TI1A 4JI9A 3DTCA 1GIHA 4GK4A 2XEYA 3IECA 3ZYAA 5J1WA 4K77A 2YIXA 3QTZA 3N51A 4KKEA 4H3PA 4CZUA 5JFWA 5LOHA 3CBLA 1K3AA 3W33A 3DBFA 4V01A 2O0UA 3KRRA 5ANOA 4WG5A 5AR3A 4AW0A 2ZYBA 1WVYA 2R3RA 1G5SA 4XP3A 3Q5IA 3VQHA 4ZTHA 5AUZA 5BNJA 3KXGA 5AR2A 5HG7A 4PPCA 4FVRA 3W2PA 4YJQA 4ZXTA 4EUTA 4PTCA 4XEYA 4BRXA 5JT2A 5E90A 4EYMA 5JRQA 2I1MA 4E8AA 5L8LA 5DRDA 3CPCA 4CTCA 4FEQA 3P08A 4IIRA 4ZJJA 3U4WA 1QL6A 4BCKA 2WTVA 3PA3A 5EYCA 4I5PA 4NYEA 2BTRA 2A27A 1UWJA 4OAVB 1CMKE 3TZ9A 3A7FA 4EQMA 4GUBA 4JR3A 4EOIA 4J97A 3QCSA 5DGZA 4W8EA 3CC6A 4IFCA 1DS5A 3EQIA 4HJOA 2QLQA 1SVGA 2VN9A 4DEHA 1QCFA 5FTGA 4FG7A 4GVAA 3BPRA 5EHOA 4ITJA 3QCYA 2OI4X 1W84A 3R9OA 4HVIA 1SMHA 3I7CA 4BDKA 5B2LA 5KO1A 3HKOA 2QVSE 4U40A 2OW3A 5LJJA 3V8TA 4NH1A 3BGPA 3TZ7A 3V5QA 3BRBA 3QKLA 4I6HA 1OL6A 4I6QA 3ET7A 4IACA 4IX3A 3OF0A 5CWZA 4DGOA 1PY5A 4RGJA 5E8SA 1PF8A 5HICA 3SLSA 2CLXA 4WKQA 4EBVA 4L9IA 3NS9A 2W1EA 5HIDA 5HIBA 4AZFA 4FUXA 3W18A 3DB6A 4U81A 5CEPA 2J9MA 4Z16A 2VWWA 4MF0A 2J90A 2QLUA 3HAMA 4AE6A 4RSSA 4NWMA 2OBJA 4F65A 4LRMA 5HG9A 5BVDA 5DI1A 2PE1A 2VO6A 3EJ1A 4IWDA 2Y0AA 4KBAA 1OPJA 1YHVA 4TW9A 3IW6A 1WBTA 5IUIA 2YACA 2I0VA 3PJ3A 4J96A 3BE9A 3C0GA 4BL1A 4IDTA 4GKIA 3SG9A 1YXXA 4S33A 3H9RA 4WOVA 2QOOA 2X4ZA 2WMXA 2C68A 2UV2A 4RVMA 2QG5A 4CQGA 3WF5A 1NT2A 4J95A 5LVNA 4PL5A 5AIKA 5F9EA 4MNFA 4CKIA 3DDQA 4O1OA 3R2YA 4MBLA 4F0IA 3FC2A 4RVTA 2JGZA 2UW9A 2XK4A 3DBQA 4WRGA 4CKRA 3MESA 1F0QA 5I5ZA 3UIUA 4WG4A 3VUHA 3FMHA 3GU5A 3Q60A 4N0SA 4BCQA 3F7WA 1KSWA 2JIIA 3DXNA 3LFDA 3OROA 3H30A 2CNQA 3R22A 3OUKA 4DG0E 2WPAA 2HK5A 2GQGA 1NXKA 4F4PA 5K4IA 1PXIA 2QO2A 4BCOA 3VUIA 4PP9A 3UNKA 4AQCA 5FD2A 3LFQA 5C27A 5GIOE 4AOIA 3FZSA 2Y7JA 1WBWA 2H34A 4QP3A 3AC2A 3R7YA 3TXOA 4IANA 1CM8A 3RM7A 3SKCA 4TT7A 5LMKC 3EQCA 3U51A 2BCJA 4PV0A 2P0CA 3QTIA 5JH6A 2YISA 4AW2A 2YDJA 3WZDA 3HV6A 2CGUA 2CKQA 4UXQA 3ZEPA 4RBLA 3QX4A 5CZHA 2WTWA 5CSWA 3QXPA 2EU9A 5EI8A 4MX9A 2C5OA 3PWDA 5E7RA 4B7TA 2F7EE 2GNHA 3UP7A 1FGKA 3PYYA 2OIQA 3IW8A 2BRHA 4ERWA 2X6EA 2YIWA 2YEXA 3ENHA 3PPKA 4GU6A 2W96B 4J1RA 4O0VA 2FSTX 2VWBA 4FT9A 5ANJA 5FEQA 2QOLA 2ITYA 3UIBA 4IB5A 4EBWA 5M08A 2VWIA 2W4KA 3ZO2A 2IZTA 1A9UA 1RDQE 3LXNA 2IZUA 2OZOA 3VS5A 4F7SA 4TXCA 4BKZA 3W8LA 3ZC6A 4R8QA 1W7HA 2BDFA 3OWLA 3RPSA 4BGGA 2CN5A 4MD8E 2WMRA 2IVTA 5L2QA 4C2VA 3ZFMA 4DYMA 4FT0A 2ETMA 5A4TA 5DG5A 4APCA 3Q9YA 3MWUA 2ZDTA 4KA3A 1GZOA 2XNEA 4U45A 4BDGA 4F9CA 2PY3A 3VULA 4O22A 3PSDA 3R9NA 3UNJA 5BUJA 2EB3A 5AP0A 2XF0A 3BHHA 2BIKB 5CAVA 3M42A 3VS4A 4HYSA 4B8LA 3LXLA 3WI6A 4PF4A 5CAUA 4HPUE 1VYZA 4CVAA 1YDRE 3SG8A 4YNEA 1V0PA 1TQPA 4C8BA 1SVEA 4ANLA 5JGDA 3ORIA 2RKUA 4EC8A 3DNEA 4CRSA 4FKTA 3CQUA 1XWSA 2X7OA 4RLLA 4NW6A 3VUGA 2YM3A 4FV7A 3P9JA 4RWKA 1ZAOA 3UIXA 1OECA 5BX0A 1IA9A 3NNVA 3RWQA 4QP6A 3TL8A 2ZB0A 5J7HA 3D83A 2UZNA 4O6LA 4O7LA 1CKIA 4IVAA 2XNGA 2YAKA 3TUCA 3Q6WA 4XV2A 2C6MA 4IX5A 5T3QA 1YI4A 4C36A 4GT4A 4W4WA 2PMOX 4OLIA 5ETFA 5GJGA 2W1HA 3PVWA 3VJNA 3LAUA 3QTWA 5L2TA 1JPAA 4R5SA 4B8MA 4L01A 2CN8A 4LUDA 4XH6A 3ZBXA 2ONLC 4E93A 3VS7A 4TWOA 3HL7A 3D5XA 4ZSGA 3CSVA 4H39A 4LGDA 5FLFA 3QTUA 2XH5A 3LCKA 2F9GA 3MDYA 4R1YA 4XG6A 2X81A 3AOXA 3PE2A 2IZSA 4O0TA 3RI1A 4X3JA 3LW0A 5AX3A 3FXZA 3PDTA 2QU5A 2JKOA 3IOKA 5DYJA 4WNMA 3DQWA 4JVGA 1ZY4A 2VX1A 4F1TA 1GIJA 4L7FA 1AD5A 5CVHA 3BHUA 2X9EA 4LRKA 2ZV2A 4G17A 3F69A 3FZ1A 3COIA 3SX9A 3HAVA 2PZRA 3EQGA 3P5KA 1REKA 2YM5A 4AOJA 1VEBA 3R9HA 2C3KA 3CQEA 3TM0A 2C6KA 1B38A 5DPVA 2QOHA 5M09A 3PJ1A 3Q4UA 5J79A 2QOQA 4GVJA 4I20A 3EQBA 4OTFA 2XNPA 3KMWA 2PVMA 5A4CA 5LMKA 5AR5A 1LR4A 2CGVA 3C4FA 2IW6A 4DEIA 5E8YA 4XOYA 5C26A 3COMA 3ZDIA 3FXXA 4QRCA 2R7IA 3LQ8A 4QMXA 3TDWA 5KHWA 3IW7A 4E5WA 1XHAA 2W1IA 4UYAA 4YTFA 3QD2B 4AGDA 5KMLA 1XBBA 3HRBA 2VX3A 4AN3A 4O7VA 3ACJA 2QCSA 3G90X 5DEWA 3LM0A 4WUAA 4BBFA 4EOLA 2JAMA 1SNUA 4IZYA 1PYXA 5DH3A 3RK9A 3OEFX 5BVOA 5AA8A 1UU3A 5FQDC 2V7OA 3FQHA 3AMBA 3SC1A 4C58A 2HZ0A 1A48A 3KC3A 2BRBA 1DAWA 3AD4A 2VZ6A 3PXZA 3FMNA 4FIIA 4C3PA 2YWVA 2UW8A 3LCDA 2WELA 3QD4A 4I93A 1FVRA 1RJBA 3GOPA 1GZNA 4GJ2A 3WYYA 3R73A 1FBNA 4JDHA 4FKRA 5CU0A 5CENA 4FTOA 2PUIA 3Q4CA 4O96A 2QR7A 2QU6A 2X8DA 4H1JA 3MY5A 3UYSA 1OMWA 4S32A 4LOQA 3L8SA 3RCDA 2QNJA 3I0QA 3DU8A 4I6FA 4QP2A 3S0OA 3KL8A 2A2AA 5KMMA 4FE2A 1H27A 3HMNA 4F6SA 3KRJA 5TKDA 4DFBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P2A A;  4FTM A;  1STC E;  3EOC A;  5BUI A;  3BL9 A;  5HTI A;  4E4N A;  4USE A;  4YZC A;  1Q8Y A;  4GYG A;  4RPV A;  3DK6 A;  4X6R A;  3R00 A;  4FG8 A;  2UW4 A;  4CD0 A;  4JJR A;  3TJC A;  3VBV A;  1JKS A;  3ALO A;  1FIN A;  1ZMW A;  1UKI A;  2BAQ A;  5AP3 A;  2HZI A;  2WD1 A;  5AUU A;  2J7T A;  1KWP A;  3LCS A;  3L8P A;  4FOB A;  4FV2 A;  4GV1 A;  3QA0 A;  4JBQ A;  4ZTQ A;  3MW1 A;  3EZR A;  2EXM A;  3DA6 A;  4CCU A;  4IFG A;  2R3N A;  4QYF A;  1W2C A;  4BCJ A;  2JDS A;  3R01 A;  3B8Q A;  4RQK A;  2PZI A;  2YFX A;  4YJR A;  5DFP A;  1Y91 A;  2YLE A;  5E8V A;  4D1S A;  4Z3V A;  1PHK A;  4RT7 A;  2BHE A;  2XJ0 A;  4IM2 A;  3PXR A;  4RG0 A;  4FKO A;  3R6X A;  4LYN A;  5L4Q A;  2BVA A;  3E8D A;  2FSO X;  3I6U A;  3NPC A;  5L8J A;  5D7A A;  4D5K A;  4RC3 A;  5AIR A;  4E1Z A;  4Y83 A;  4F9Y A;  4IB3 A;  5GZA A;  2CKP A;  4BCG A;  4RA5 A;  4TTH B;  4E6Q A;  1E1X A;  4ZLZ A;  2YCF A;  5CT7 A;  3W2C A;  4FIC A;  2ITO A;  1IA8 A;  1U4D A;  2ZAZ A;  4MXY A;  3TN8 A;  2QO9 A;  4A4L A;  2QUR A;  3NIZ A; 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