3DFT | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Oryctolagus cuniculus
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
total genus	141
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dftA00

1I2NA 3CLMA 5C2XA 5AYZA 3TH6A 1EWDA 1DQXA 3CM4A 4DQWA 1KA9F 4QSHA 2ISSA 3LX9A 1SO5A 2TSYA 4JYDA 2NX1A 4LS2A 1DV7A 1DORA 3NPVA 1AW1A 1QO2A 3C2RA 3P67A 1BTMA 3W83A 2Y70A 3IRDA 2FPVA 1RV8A 1VLIA 4RR4A 1W3IA 2DP3A 4GE8A 5IBXC 2C6QA 1X1OA 1GG0A 2QCLA 4TIMA 3B03A 2ZTKA 3HG3A 4RXFA 4XZ9A 4MY8A 1FWRA 3GKFA 3NVTA 1RQHA 3F4NA 2OZ0A 5LKYA 3Q2DA 2GPTA 2NV2A 3ATYA 4RK8A 3TSDA 3MUXA 3F03K 3MYPA 3NO5A 4L4LA 1Q6QA 1GTHA 3UWWA 3EX6A 4NXKA 4AF0B 5FEPA 2D73A 2C15A 4ADSA 4YCPA 3M44A 5D09A 3O1NA 4QJ1A 1G6CA 3QYQA 3DZ1A 1A5CA 1GVFA 2A0NA 2YPIA 4XUGA 2NZLA 2CU0A 4O11A 4M7TA 3W23A 4ZVJA 3HB9A 1YTKA 4GUGA 1DBTA 2QCFA 4PL2A 2QEZA 3SY5A 5DN1A 2OJPA 1IGSA 3TSMA 3W7PA 5D02A 1KTBA 4MYXA 3MI6A 3W7GA 1Z42A 1R2SA 3NQDA 5LNWA 1OYCA 1S5TA 4JEQA 1KFEA 1K7EA 2YYUA 4RJEA 1JRCA 2CWNA 4JTHA 4UXDA 3M0ZA 1HFBA 1BEUA 5A5WA 1L6WA 2ZZ4A 1UJPA 4K8HA 3LLDA 1IXOA 1W54A 4KFOA 1JUBA 3EXSA 4HNUA 1FQ0A 5D2VA 5G2IA 4JD4A 3LM7A 1GZGA 3AO0A 2RHGA 3NQ2A 4JTLA 3W1UA 1VCGA 4IMEA 1WOBA 4LV4A 2ZDRA 5KZEA 3PBWA 1G7UA 3ABOA 3M9YA 1H7XA 2NLIA 4DELA 5F4WA 1TPVA 3I65A 3W85A 4DBEA 5CPNA 4NUWA 3W7HA 4FF7A 4S2CA 4UTWC 3LOTA 5E93A 3OVRA 5EYWA 1J2WA 5D2WA 5KINA 4MZ1A 1T99A 4QISA 4E38A 3IVTA 1GYNA 1SSGA 1TQXA 2H3BA 4UTIA 5F2LA 3LHWA 3QC3A 3LRMA 3SSJA 5LGZA 2E6YA 4MKNA 5TIMA 1YXYA 4X3ZA 1I2OA 1LBFA 1S3HA 5FF4A 4HSNA 3FJ6A 3LV5A 5DELA 3CIWA 1F6PA 3IIXA 3W7MA 3ABRA 3IGXA 4MZ8A 3NM3A 2PURA 3FEMA 3L21A 3NQ8A 3NEVA 1Z48A 2X1SA 3G1DA 1OFQA 2BTMA 4OV9A 3BV4A 3GX9A 2ZCGA 2QF7A 1KM0A 1SFLA 4AXKA 2QJIA 5CG7A 2X1RA 3M5ZA 3S42A 2PRHA 4NX0A 3GXPA 1I2QA 5FESA 2VFGA 3TMQA 3NPWA 1TJRA 3W72A 1UUOA 4U4MA 4BFAA 3W22A 3PB2A 3G1AA 1XI3A 3C8FA 1WBJA 4IMGA 1W5MA 2ISWA 3P60A 4RKAA 1A53A 2JGYA 1ME7A 3MJYA 4AVFA 3W7RA 3GYEA 2PC4A 3M1ZA 4AWUA 2VXNA 4JTTA 3UZJA 1VLWA 1O95A 1N55A 4UFKA 3FLUA 3LRKA 1ZAIA 3L0KA 2C0AA 3FYOA 3NAVA 4HT3A 5CZJA 2YYTA 2DZXA 1KV5A 2ATMA 2FLIA 3M6YA 3T44A 3T4CA 3BW4A 1W3NA 1W5QA 5HJLA 3UYCA 1XUZA 3C2VA 4UFLA 3W6YA 3HGOA 3A23A 4H4IA 4WXZA 4HNVA 2QDHA 3W2KA 1LDCA 2ZRYA 3FIGA 4UNLA 1JULA 4FXRA 4JTGA 1EB3A 3BPWA 4DF0A 1SQ7A 3EWUA 3MW7A 2VEKA 3O63A 2DZVA 1PS9A 5DCBA 3MP4A 3NGJA 1AMKA 4PTNA 3PUEA 4N4PA 3ZFHA 4H6KA 1EPXA 3L0NA 4UUIA 2Q8LA 4OGZA 1MEWA 1MEIA 4KWWA 3PS7A 1W5NA 5GVJA 5LHFA 4LVFA 4LT9A 3NQAA 4CNOA 2CLKA 1UBSA 3UWVA 3GNDA 2Y7EA 4OWGA 4Y6GA 3NQ7A 7TIMA 2HTMA 5J5DA 3PF3A 4ALDA 3M7WA 4AB4A 3BLIA 3IVUA 3NQCA 3I7QA 2YSWA 1CI1A 5BW6A 1WX0A 6ALDA 3HQ1A 2ZA3A 4GRSA 2E68A 2X2GA 2FB2A 3CQ0A 4K39A 3MBFA 3O8AA 4O10A 4ORMA 2Q3OA 2J24A 3OEXA 2B0MA 4FIQA 4FX6M 3L5AA 3TA6A 5DCDA 1SZGA 1OYBA 1PHQA 1NFBA 3QMSA 4N6EA 5D33A 3VE7A 4DPQA 4UTKA 3LCFA 4JTEA 1KTNA 1XDMA 4JX4A 4QITA 5DXXA 2Y7DA 4NU7A 3RU6A 3GXTA 4W9TA 4A2SA 1YLVA 3IIVA 1VH7A 3ZWTA 1FCQA 2RDUA 3LB0A 4LW7A 1R2TA 4UCGA 3C61A 4JN6A 5H91A 1TPDA 3DENA 4LWWA 1GT8A 5D38A 1GOXA 1RR2A 1S5VA 5D37A 1J5TA 4G1KA 3CB8A 3DI0A 4WQ6A 1U5JA 3KAOA 1VJIA 3W1PA 4WY0A 4MY9A 1PVNA 2G97A 1F05A 2YCEA 5F2IA 4K8EA 3GR8A 1GTEA 1VR6A 3G18A 4RCXA 1SR9A 2E1DA 3QPZA 3M43A 2FJKA 4XQ6A 5D2XA 1VRDA 4X22A 4UTHA 1SU5A 1WBHA 5AB3A 1XKYA 1HO4A 1H62A 2P0OA 1T8XA 3KHJA 1K8ZA 3B05A 3KXQA 3EWWA 4I7WA 4N9BA 2OX1A 2XN2A 4JDBA 2Z0IA 3DFTA 3KOFA 3FJLA 2HS8A 5AOUA 4CCDA 1YADA 1DL3A 3A9IA 1BWKA 4O4VA 3O15A 5G1YA 3E96A 5FF0A 2VENA 5FF3A 5F2MA 2RDWA 4N9CA 5DBTA 5CPLA 4HKPA 2VKZG 3FA5A 2ZRXA 3PY2A 3L5LA 4LVBA 2DORA 1TB3A 2DJLA 1RZMA 3W1NA 4EVZA 2A5HA 4P61A 3W88A 5KMYA 4QIUA 1X7FA 3P81A 1LBLA 4PH6A 2CW6A 4C1KA 4BF9A 2G95A 3QEZA 3L65A 1LRTA 1LORA 5FEZA 3DFSA 2Y7FA 3LI1A 3W2NA 4PODA 4AHQA 3TCEA 3PBVA 1QR7A 1OJXA 1W37A 3W1TA 3G8RA 4JTFA 5C5YA 4LUIA 3S9YA 4LUJA 4NJKA 2QCDB 3UQNA 3HGJA 2X16A 4UMBA 1TMHA 1VYRA 2BLEA 3STGA 1L9WA 1B57A 3H54A 2VFIA 1H7RA 2YFNA 5I3KA 1VHNA 3I7RA 4QQ3A 4UIOA 1FBAA 4JXCA 2R94A 2J9ZA 2QUTA 3Q37A 1SO6A 2ABBA 2VELA 3OBKA 1VHCA 1ZY9A 4PC8A 3G0UA 1W56A 3QQ0A 5HNRA 3VKJA 2WO5A 3UZ5A 1EUNA 3BO9A 3LXBA 1IIHA 2PCQA 4LC8A 3STEA 1I2RA 3LTSA 3GLCA 4IMDA 4DO6A 4MLJA 2WNQA 5EA9A 1G67A 3VNDA 3W7CA 1V5XA 4YMZA 1QPOA 1OFEA 4Q33A 3W1MA 2YDAA 4WY0B 4E2DA 2CLEA 1L2UA 3W3OA 1MEHA 4ZZ9A 4JGDA 1QDSA 4O1AA 2C16A 1LBMA 3QQ1A 5KZMA 5LNVA 2BSLA 3V75A 3TXZA 2VEMA 1H60A 3WFAA 2A7NA 4J9JA 1TPH1 2GUUA 2NV1A 4MFEA 5EKYA 3SFKA 3S5YA 3SGZA 1GPWA 2ZBTA 1JUKA 5HR6A 1XDLA 5FF7A 1OK4A 1K7FA 2V81A 2ZTJA 2EAWA 5FEWA 1G7VA 3PG9A 2GQ8A 3P8JA 2QUVA 4KFPA 5HWMA 4Y90A 1L6YA 3HGSA 5K9XA 2H3DA 1EX5A 4IOTA 1A5SA 2FPTA 5D2YA 1JCMP 5IBXA 3B04A 3TAOA 5EMUA 1JCNA 3NQGA 3LLFA 4JY9A 3VI2A 3GDMA 1SUXA 3W84A 3SI9A 3TJXA 2BZNA 1W3TA 4M5PA 2A6NA 5K3VA 1OK6A 1I4NA 3W2JA 4XBKA 5IM51 1X6UA 2Y63A 3C2FA 1G69A 4UTJA 1YXCA 3P82A 4NX5A 5HQEA 2VFFA 3UXAA 2DZUA 2YW4A 2W6RA 4LV9A 2QCGA 3E49A 4TR9A 1YTDA 1I8JA 4MIMA 3UWZA 1IF2A 3C4UA 5I3JA 1TRDA 1NEYA 3QW3A 3LCWA 5EPDA 2ZRZA 3W87A 3P5YA 3KVKA 5I3FA 3PBYA 3FKKA 2NX9A 2W79A 3A24A 2A21A 4XBSA 4OHQA 2QCEA 1FWWA 3E9AA 1SFJA 1BKSA 4Z1BA 1GWJA 2XN1A 2TRSA 1KW1A 1JR1A 4KKXA 2CLOA 1KM2A 4QNWA 5I3HA 1OFPA 1B4KA 2VC6A 4ZQCA 3PC0A 1KM5A 3HPXA 4HPJA 5LZLA 1AK5A 5LNSA 4YLWA 1TRIA 4MLRA 3W7NA 4M19A 1F6KA 3NL6A 3N9RA 4UTTC 5F2GA 5CZTA 3EWBX 4BI5A 1ZENA 2ZZ1A 4IPJA 3S1VA 1JQVA 2R91A 3O6CA 5FF2A 3ANYA 5KITA 4LVGA 1TV5A 4O54A 4RZ6A 4N4QA 3P61A 3LDVA 5TQLA 2Y62A 1OHLA 4Y8FA 3GAKA 1OYAA 2J6XA 3IIPA 2RKXA 4PL1A 4OT7A 4YWIA 3JS3A 2YXGA 2AAMA 3S0CA 3W70A 1TPB1 3DAQA 3T7VA 1TCDA 4UTWA 1KBIA 3GDLA 4AH7A 3G24A 3LV6A 1HG3A 5HR7A 4HSOA 1TPFA 2ABAA 1FWSA 2Z6JA 5EY5A 1HL2A 4OV4A 3FYPA 1XBXA 3LERA 4LNYA 1TIMA 1XCFA 2ATSA 1U83A 4H3DA 4A21A 4FHAA 4LVAA 4NJGA 4NNAA 5C6MA 4A3UA 3NXFA 4O52A 1VPXA 3W7KA 3GVGA 1ME9A 2J88A 1S5WA 2E5BA 2AQWA 3PWAA 3DFNA 3PR2A 1MO0A 2ALDA 4LC6A 4CQ9A 3MHFA 3W74A 3QRHA 1KBJA 3TX9A 3CU2A 4CNNA 3LHYA 3TC7A 4LS0A 3NL2A 1OX6A 4RXGA 5KZDA 3P7YA 2GVLA 8TIMA 3W1RA 6TIMA 1YDNA 1JUEA 2Q8ZA 1D3GA 4BI6A 2OCZA 2BWGA 3DFPA 1OG0A 1TYGA 4UFMA 5AC6A 1W5OA 1P4CA 4WJEA 4R53A 2B7QA 1F7BA 2RDTA 1XFBA 5AHIA 4UTUA 5D30A 2V82A 3UY8A 2Y6ZA 4XTIA 2CFFA 2DZSA 2CLHA 2ZFAA 5G2WA 5DY2A 3A21A 2YGYA 1CX9A 4AMAA 3BG5A 5AHLA 2O7QA 1IXNA 1D9EA 4GC4A 1LYXA 4ZMGA 1O5XA 3L5MA 3HPZA 1D3HA 5AYXA 3LXCA 3TXVA 2HMCA 1WDWA 3PBUA 3RFAA 4PFMA 2AGKA 3SECA 3THAA 3ZS4A 5AHMA 3FS2A 4GJ1A 1WXJA 4O16A 4S1FA 2DU2A 4DF1A 3L0GA 3UPBA 1M7OA 3WK0A 1OABA 3P74A 2ZZ7A 4X2RA 1H7PA 1PL9A 2B7OA 1R47A 3NG3A 3B4UA 5K9DA 1Q6LA 1SO4A 1T96A 3FKRA 4FX7A 1TPEA 3H53A 1R46A 2JKAA 3DBPA 3KVLA 2V0TA 4O0ZA 2JK2A 2WV8A 4CNPA 5BNKA 3S8HA 4N2YA 3QFEA 5D03A 2QCCA 1TTJA 4E2BA 1GVOA 1H7OA 1SO3A 4WZHA 2FB3A 1LLZA 2JGQA 2HS6A 4HPXA 3GXNA 4ZQOA 3G1FA 4IX0A 4C1LA 3G3DA 1KM3A 4MJZA 5CZ0A 3E12A 4ZQNA 2G96A 3ATZA 2ZRUA 4DF2A 1VCVA 4TO8A 1WOAA 3TW7A 2Z2UA 5HWNA 1TTIA 3USBA 5HINA 2WNNA 1FXQA 1K7XA 4HNNA 1JCJA 1LOQA 4I7VA 2RFGA 3ZWSA 3NL3A 5DXYA 3BARA 1NF0A 3DKJA 3F1QA 4MPQA 3UWUA 4UMCA 3TMLA 2Z6IA 1TTQA 3EKLA 4JYFA 4O18A 4ICNA 1W31A 3TR2A 1KFJA 4N02A 3LTPA 1ADOA 1OX4A 5HMSA 5EBUA 1MXSA 2ISVA 3QMRA 2C3ZA 4MUZA 1F2JA 2EHHA 2H8ZA 2X30A 1LROA 5AHNA 1ZCOA 2E6DA 4D2JA 4YL2A 5HUOA 2FPYA 2PRLA 1P1XA 3G1XA 4WUIA 1JCXA 4O0KA 4K38A 2V5LA 3RMJA 4FNTA 1EWEA 5SWUA 2R14A 4JNMA 3L9CA 3U2OA 1A5BA 4JTUA 3HG5A 1IXPA 2CLMA 1OFBA 2V8ZA 3PM6A 4IQLA 2WSRA 4A2RA 1KM4A 1VYPX 1HTIA 3O06A 2CZDA 1OFRA 4GNJA 4O57A 4R33A 3SR7A 2ZRVA 4OQVA 4NZJA 2R8WA 3G1VA 3N9SA 3CWNA 3EB2A 4JDYA 1G4SA 4UTLA 1JJKA 2C1HA 3M47A 3MBDA 5T26A 1IXQA 3MI3A 2OT1A 4ML9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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