3DH7A

Structure of t. thermophilus idi-2 in complex with ppi
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
324
structure length
318
Chain Sequence
KHLEACLEGEVAYQKTTTGLEGFRLRYQALAGLALSEVDLTTPFLGKTLKAPFLIGAMTERINLALAEAAEALGVGMMLGSGRILLERPEALRSFRVRKVAPKALLIANLGLAQLRRYGRDDLLRLVEMLEADALAFHVNPLQEAVQRGDTDFRGLVERLAELLPLPFPVMVKEVGHGLSREAALALRDLPLAAVDVAGAGGTSWARVEEWVRFGEVRHPELCEIGIPTARAILEVREVLPHLPLVASGGVYTGTDGAKALALGADLLAVARPLLRPALEGAERVAAWIGDYLEELRTALFAIGARNPKEARGRVERV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Thermus thermophilus hb8
publication title Crystal structure of type 2 isopentenyl diphosphate isomerase from Thermus thermophilus in complex with inorganic pyrophosphate
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus 96
structure length 318
sequence length 324
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dh7A00
1TB3A 1ZJIA 3M41A 3A21A 4PL2A 4IWWA 3NOEA 5HWMA 1TCDA 2JBMA 3GXNA 5FF3A 3E9AA 3W7JA 3I6RA 2RHGA 1ONRA 3NL6A 2A6LA 3TFXA 2ZTJA 2AQWA 3W2NA 4O12A 3T4CA 4N02A 4FEZA 1WXJA 3A23A 1VGAA 1IIGA 3SGUA 3M5XA 2Z0IA 3JRKA 2J88A 3PG9A 1R2SA 4LUIA 5CG7A 2V5BA 3LHUA 3O06A 1SQ7A 2ZA1A 1QDSA 3S1XA 4ZQCA 4N4PA 2ABBA 1OYAA 3LHVA 3BGJA 4N9CA 3GDMA 4YCPA 5HINA 4ONVA 2C18A 2E6YA 1F76A 4O1CA 3LOTA 4MYXA 2B0MA 1Z42A 4WUIA 1KFLA 5LNSA 2VFHA 1Z44A 3HOJA 3QEZA 4QNEA 1OF6A 3VNDA 1TPFA 1L6WA 1VH7A 2OMAA 4GUIA 2ZCGA 2XN0A 2FFCA 2DU2A 4E2DA 3P67A 4B5NA 3T78A 3NPUA 4DPPA 5LHEA 3BV4A 1Y0EA 1H62A 1THFD 4O4WA 1SZFA 3OG3A 3TQKA 5F2LA 2R91A 3M16A 5K4XA 1VC4A 2Z6IA 3YPIA 3M44A 2HTMA 5DY2A 3W1QA 5AC6A 2B7QA 4MVAA 5J5DA 4HNNA 1ZHAA 1IXQA 3M5YA 3W7MA 1GTEA 4PH6A 1OYBA 1RQEA 1I8JA 3LCWA 3C2VA 3TH6A 1KM0A 4A21A 3QJAA 2HS8A 1R47A 3SIZA 4GE8A 1OFOA 1HL2A 2NWRA 2CFFA 1DHPA 4JICA 5HNRA 2EF9A 4JX4A 2Y62A 1U83A 2FIQA 4NU7A 5LNUA 2WJZA 5E93A 3KRUA 4M5PA 3QQ0A 2J24A 4NZJA 2R94A 3WFAA 3H55A 2CLEA 3BARA 3TC7A 4FNTA 2ZZ6A 4ZMGA 4EF8A 4OV9A 2BXVA 3DFTA 1PS9A 1WX0A 4JY9A 3STFA 1GYNA 3DFSA 2FDSA 4U4MA 3S5ZA 3C2EA 1OK6A 1DORA 2QCHA 4Q4KA 4GRSA 2ZRXA 3JS3A 1KFKA 3ABOA 1FCBA 3NQDA 4P2VA 1W5NA 3UXAA 3G1HA 2Z6JA 3SFKA 1WAUA 3ABRA 1YDVA 1SUXA 3NNTA 1VLIA 1ZAJA 1TPH1 3HIJA 5FESA 3VE7A 5C54A 3LXAA 1VLWA 3C56A 3W6YA 3A24A 3ZWSA 4FX8A 4HSOA 4NXKA 1KW1A 1GZGA 3W72A 1JRBA 4GUJA 4HNVA 4JDYA 2JGYA 3LLDA 1V5XA 4HN4A 4LNYA 4G1KA 4MUZA 4HNUA 2QAFA 1O5XA 3O05A 1GG1A 4FNSA 3GR7A 4AWSA 4O10A 4CNPA 3W07A 1EIXA 3CWNA 3KVMA 2QCDB 5D2VA 3TSBA 4UTLA 2NLIA 2ZZ5A 5F1VA 4HT3A 4Y90A 1TPEA 2C1HA 4NJIA 1C29A 2QCDA 3WK1A 5MHBA 3UYCA 1YPIA 2GQ9A 2NXHA 3I65A 4UIOA 2EHHA 4NX0A 1KV8A 4JX5A 1VCGA 2ZZ7A 3L65A 1NFBA 2FPYA 3KOFA 5F4XA 3DH7A 3QM3A 1GVOA 4FNPA 4JY8A 3LCXA 2C15A 3SW6A 2E6FA 3L0KA 2WSYA 5DCEA 3W88A 3EWUA 2EPHA 3L0NA 3Q58A 5HUPA 4JTJA 4A2SA 4R53A 4UXDA 1IXOA 1B57A 3QZEA 2CZ5A 3MHGA 3PUDA 4O53A 4BFAA 3S1WA 3TR2A 3AJXA 1JCMP 2P0OA 1K8YA 5CZTA 5EBUA 3LBCA 3VE9A 2DJLA 3O15A 2BSLA 3LTPA 3U6WA 1RR2A 4XUGA 1KTCA 4ZQRA 2PURA 2HS6A 4AXKA 1SW0A 2ATMA 1G67A 3O16A 1GPWA 2B7NA 4KFNA 3PY2A 2ISSA 3WJYA 4XBKA 5KZEA 4AHPA 2J27A 2Y7EA 2NUWA 1TPUA 3DFQA 1XXXA 3FIGA 2O7SA 3S5OA 3LRLA 3TAKA 3F4NA 4EWND 4Y8FA 3FYOA 1O60A 4LC6A 3W23A 1TJPA 1TV8A 1W37A 1FY6A 3OEXA 1P0NA 3L2IA 3MW7A 1DJQA 1KV5A 2Y6ZA 4MJZA 5CPLA 4UC5A 4UTWC 1X1ZA 3SSJA 2GJNA 4M6VA 2WNQA 4ORMA 2O7QA 3N73A 4CQ9A 5F1UA 5C55A 1SFJA 3QFEA 3B04A 2R8WA 2E5DA 1XBZA 2X1SA 3A22A 3WK0A 3TA6A 5C2XA 1GJPA 1OABA 4ADUA 5FF4A 1RV8A 1WDWA 1L2UA 3O07A 2YSWA 3TJXA 3KXQA 3E49A 5CSSA 3HPXA 4MY8A 3TE9A 5EA9A 3NL3A 5DCDA 2FB3A 4NJHA 3WJZA 3P7YA 1I2OA 1QPOA 3BO9A 3C3NA 3SZ8A 3W1MA 1TREA 5AHEA 3NQ6A 3S5NA 1JUKA 4IXHA 3PM6A 4AHOA 1MEIA 4MZ8A 3KVKA 3ATYA 3W3OA 3W70A 4O1DA 1F05A 1FDJA 3PC0A 5HQEA 2YYTA 2WSRA 2CZFA 4MY1A 1M7OA 5CZSA 1EWEA 4Z1BA 4MLRA 4BR1A 3ABQA 3HPZA 3S9YA 4O8RA 4TX9A 1F6PA 1NF0A 4AAJA 2VC6A 2E09A 2NXIA 4JX6A 3W73A 3W7EA 3BG9A 1EP2A 3QW4B 3NL2A 3L5MA 1Q6OA 4FX7A 2FJKA 2QUTA 2DZXA 1KTBA 4LUJA 2GOUA 3PBVA 4C1KA 4KWVA 2JKAA 4LU0A 4QITA 1KFEA 1FXPA 2DZPA 2W79A 3RF9A 5U4NA 2WPBA 3S6DA 3PBYA 1NAL1 1LBMA 3NQFA 1SO3A 1O4UA 4QAIA 4NXSA 3DKJA 3IEBA 1RVGA 3N14A 3UNDA 4BI7A 3DENA 5FF2A 5AOUA 1W8SA 1EB3A 3QRHA 1VZWA 2QKFA 3W2LA 3CM4A 3G1SA 2G96A 1TPDA 3W22A 5G2IA 5D37A 1IGSA 1UJPA 3GAKA 3SGZA 2I9EA 4HIBA 4Q32A 3BK0A 5BOOA 4BI5A 3PB0A 1OFAA 4PC8A 3BLEA 3NPVA 1BWLA 5AHNA 1QO5A 3L5LA 3EEGA 3G0UA 1I2QA 3Q2DA 3C52A 3MWAA 4K37A 3EWYA 3NGJA 2YFNA 2CLFA 3G22A 4NJGA 2NUYA 3IVUA 5F4WA 2QEZA 3C2FA 3MI3A 3LXBA 1CX9A 1GTHA 5DBTA 1ICSA 1SZNA 3PF3A 2DZWA 4C1LA 4TR9A 1YXYA 3ANYA 1I2NA 3HPSA 3EX4A 5CGQA 2NV1A 5KMYA 1B4EA 3DFNA 2YYUA 1QCWA 1KFCA 1FWSA 3VKJA 1OX4B 3VI2A 3RMJA 3PSVA 1R46A 1YPFA 4KWWA 1OX4A 3CQ0A 3MUXA 4Z0JA 3OHIA 4IPJA 1KLYA 4UR7A 1RPXA 1OFPA 3TJLA 3SJ3A 2J9YA 1PHQA 3B4UA 5CKSA 3S42A 2YDAA 5U7SA 4GUGA 4OHQA 4UTIA 1LROA 3T44A 1TJRA 4NX5A 1T96A 3G1XA 4JR5A 3LDVA 4K7YA 4FX6M 2E68A 2QUUA 4E38A 1FCVA 4HHPA 4DF2A 3QC3A 1LBFA 4QSHA 4CCDA 3G0SA 1ME7A 5DCBA 3T55A 3NQ8A 1K8XA 2CLIA 1OHLA 1VPXA 4BK9A 4O4VA 1ALDA 1T0OA 5L9FA 4DO5A 4NZFA 4ALDA 3NEVA 4K6AA 4MLJA 5GVJA 1G4EA 1QO2A 2NWSA 3PSWA 3PR2A 1H1ZA 2YFOA 4QQ3A 2VEKA 2CLOA 4I7VA 5D2TA 1PIIA 1TTPA 4RZ6A 1K03A 1AL8A 2ZA2A 3RFAA 4TO8A 4JTKA 1Q6RA 3PWAA 4UFHA 4ZQNA 3MJYA 4O18A 4UTHA 3NXFA 1OFQA 3RU6A 5DXXA 4GNJA 5G4EA 4YWIA 2JK2A 1G4PA 1EP3A 2FTPA 4N6FA 4DELA 3WK3A 1C8VA 3N2XA 2DZVA 3IIPA 3MYPA 3GIYA 1L6SA 1NSJA 5CZ0A 2DP3A 3C6CA 1LOSA 1UB3A 1VJIA 4DQWA 1LRQA 4WJEA 1LM1A 2AAMA 3MI2A 3TK7A 4OGZA 2ISWA 1Q6QA 2BLEA 2WQPA 2GVGA 3LTSA 3KHJA 1KA9F 3UD6A 1Q6LA 1YTDA 5LNVA 3LB0A 4IPIA 3M7WA 4ZQPA 4AVFA 2QCLA 2GQAA 3TSDA 4YXGA 3EX2A 4NJJA 5AHMA 3P8JA 1G4TA 1F6KA 1PCKA 2NZLA 3UY8A 5D09A 4BI6A 4I7WA 1TTQA 5HWNA 1K7FA 1FUYA 2VEPA 1MEHA 2WSQA 3QSRA 4MYAA 5HULA 4A29A 2QJGA 1DOSA 5F2IA 1UASA 3S8HA 1W31A 3NPXA 5DXYA 3NQGA 3MBDA 1W3TA 2HMCA 2NX9A 3O8AA 5I3FA 2CLLA 1H7NA 5D2WA 3STCA 5ABTA 3F1QA 1XKYA 3OVRA 2TMDA 2CU0A 1ZY9A 3E02A 1ZFJA 3P5ZA 1M7PA 2CZEA 3GAYA 1P4CA 3LCGA 3TFCA 2PRLA 3HGOA 3M6YA 4GC4A 3F4WA 3OVPA 1KTNA 1GEQA 2X1TA 2ABAA 3KRSA 2GQ8A 4JNMA 2H90A 3ELFA 2F84A 4X9SA 3IV3A 1W5PA 4RX0A 4IX0A 3TQ0A 4BF9A 3FS2A 5DLCA 4X3ZA 7TIMA 1DQWA 1LLWA 2Q3RA 3LV6A 1SFLA 1L6YA 3GB6A 3NR0A 3P82A 3W7IA 1RQHA 4N9DA 4IUOA 2V2HA 2VOMA 1GT8A 3R13A 2J9ZA 1P1XA 1OYCA 2TSYA 4OV4A 1H1YA 2VEIA 3PBUA 4Q33A 5LSMA 1B3OA 3ZR4A 1UUMA 3CT7A 1FDYA 5LNWA 4J9JA 1XBVA 4QIUA 4LVAA 3FOKA 3T40A 1K7XA 2OT1A 3CPRA 3W7CA 3OBKA 1B4KA 4HKPA 1XFBA 3O6CA 3HB9A 3B0UX 4UTMA 3LM7A 4CNOA 1YDOA 4IMGA 1AW2A 3FKKA 2VENA 1O94A 5H91A 4UTTC 3RK8A 4PCFA 3LCIA 4FO4A 3NVTA 5D33A 3IVSA 3TXVA 2FLIA 3UPWA 1VYPX 4YL2A 5AYYA 1S5VA 3ZS4A 2RKXA 1H50A 1N8FA 3W2KA 3WJSA 4K36A 3QMTA 3NQ2A 4M7SA 1ZNNA 1QMLA 3UZ5A 4AHQA 1O95A 1QOQA 3W1TA 1K7EA 2EKCA 3W75A 2ATSA 1OK4A 2V8ZA 1NF7A 3W7KA 3TSMA 1O5KA 3EXSA 2RFGA 4FXSA 1D3GA 3QSTA 1ML1A 2C13A 4AEOA 2H6RA 1BTMA 3DBPA 5FF7A 4UTWA 3B0PA 4O13A 4FXRA 1N55A 3LHYA 1YLVA 1OFRA 3PG8A 3O63A 4JYEA 4AWTA 5FEWA 3PUOA 4Z0SA 1TSIA 3KAOA 1IIHA 3UZJA 1ADOA 3BLIA 4DBEA 4S2BA 4Y9AA 5BNKA 3NO5A 2VXNA 2A5HA 4ICNA 4XQ6A 1LOLA 2V2DA 1JQXA 4PA8A 5EMUA 1LBLA 3LLFA 3NAVA 3IIXA 3CIWA 3M9YA 3TCEA 4RXGA 1Z41A 3RLVA 2RH9A 3B8DA 4RXFA 5TIMA 1F2JA 1KFJA 1W5QA 2QJHA 2TYSA 4IX2A 4LVFA 1PV8A 2OCZA 3EX6A 5KSWA 2NX1A 1QPNA 2Z1BA 3NA8A 3NM3A 3LHZA 3PULA 3PS7A 1VS1A 2TPSA 1P0KA 2PCQA 5H2ZA 4LV4A 5CSRA 3SECA 1XUZA 3B0VC 1UBSA 4NJKA 3LRKA 3QMRA 3TMQA 1ICQA 1G4SA 1JULA 4M6PA 4A3UA 4ZQOA 3G8RA 3G3MA 1HUVA 3H53A 2NV2A 3W9ZA 3TROA 5IM51 3EWWA 3EX1A 4EVZA 2CLMA 4NNAA 2WNZA 3CTLA 4NT0A 1DJNA 3GXTA 4UMCA 4WXYA 3B05A 4JTGA 3MYOA 5AHIA 2PE4A 2NX3A 3W7GA 5I3JA 4MIMA 2Y85A 3EXRA 2CLKA 4JTSA 1EPXA 3I7RA 2QCFA 1TTJA 3C4UA 4KKXA 3R5EA 4M7TA 3H54A 4TU1A 3W7QA 1GYLA 3FFSA 1H61A 4O54A 1DBTA 3L21A 5HUOA 3W1LA 4XTIA 4IMCA 4O11A 5HR7A 5EY5A 3A5FA 2ZRZA 3D0CA 2PRHA 3HF3A 3N2MA 1B9BA 2A7RA 4YCOA 1KLZA 3AO0A 1OG0A 1QR7A 5D38A 1SO4A 2A4AA 3JR2A 2C3ZA 3W84A 3QPYA 4OT7A 1Z48A 3TW6A 4O14A 2A6NA 4FIRA 2YCEA 3NQEA 5C5YA 4W9TA 4S2CA 3W71A 1QPRA 5IBXC 4ZQMA 4WXZA 1KM3A 1G7UA 3FLUA 4LVBA 3W74A 1TPVA 1JRCA 3KFTA 2QJIA 3DHFA 1SR9A 4XKYB 2A85A 2WV8A 2PRMA 4H3DA 5D2YA 2XFWA 3LERA 1W1ZA 4XKYA 1W0MA 3G24A 3OIXA 1A53A 4ML9A 4ZL1A 2X16A 2OX1A 3LV5A 4JTEA 4MOZA 5HMSA 5DBUA 3CEUA 1MXSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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