3DKEX

Polar and non-polar cavities in phage t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of experimental crystallographic phases to examine the hydration of polar and nonpolar cavities in T4 lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dkeX00
130LA 1C6AA 4GRVA 1LYFA 2F2QA 1CTWA 1L53A 1C6FA 2O4WA 4PJZA 1CU2A 1G07A 4OO9A 1SX7A 2RBOA 152LA 150LA 2A4TA 1G0PA 4LDEA 234LA 1L83A 125LA 1L87A 1L02A 1C6MA 201LA 3GULA 4EKSA 3RUNA 1G0GA 1D2YA 1L70A 2O79A 215LA 206LA 1P3NA 2NTGA 169LA 2F32A 1L54A 1C61A 3HWLA 1DYDA 4W54A 2LCBA 1L10A 1QT8A 3DN2A 4YXCA 1QTHA 1L03A 1QUOA 1L66A 1KW7A 3G3WA 1L31A 1CUQA 1CV3A 138LA 1L77A 1LYEA 235LA 1L25A 2B6YA 2OTYX 3HDEA 1LGWA 1LPYA 255LA 1LYJA 1C6EA 2B73A 4W59A 4ARQB 3CDTA 1L62A 1P46A 3HT6A 198LA 2LZMA 1QSQA 2B74A 1OVKA 3CDVA 3D4SA 1L28A 1DYEA 1L74A 1C6DA 1L04A 1OV7A 190LA 217LA 165LA 4I7KA 1QTVA 200LA 180LA 3HH5A 1C69A 205LA 158LA 1L52A 3DKEX 1L98A 103LA 242LA 1L43A 1L14A 220LA 2B6WA 4ARMA 4W51A 1LI2A 1L08A 197LA 178LA 4LDLA 147LA 1L34A 233LA 195LA 1L99A 3CDRA 4I7TA 1L17A 3HTBA 113LA 223LA 248LA 1OV5A 253LA 119LA 3HH3A 1TLAA 1L64A 1QTDA 2RAZX 3OE8A 4YXAC 3C8QA 3DNAA 1P2RA 3G3XA 107LA 1PQMA 2B6XA 3SN6R 1C6QA 247LA 2Q9EA 1L40A 1L48A 3HH6A 1L88A 4S0WA 226LA 3SBBC 137LA 3FI5A 3ODUA 172LA 175LA 1L86A 3C82A 3UONA 4EKPA 2OEAX 1EPYA 114LA 4I7SA 1OVHA 3NY8A 4I7JA 1C6CA 191LA 2Q9DA 3C80A 1L71A 1L20A 4W52A 250LA 260LA 252LA 2RBRA 3F9LA 3HTFA 1L57A 1LLHA 1L23A 2OE7X 1L41A 1DYGA 1G1VA 212LA 3GUMA 1DYCA 1T8FA 258LA 1NHBA 2L78A 1ZYTA 128LA 1L55A 3LZMA 228LA 1C63A 2B70A 3OE6A 3NY9A 108LA 2OU0X 3EMLA 4GBRB 1C60A 3HUKA 1L56A 3CDOA 1L16A 3HU9A 4DJHA 1LGUA 1CV6A 1L0JA 3DMXA 245LA 4IAPA 257LA 1L81A 1T8AA 2O7AA 251LA 4ARQA 148LE 2OE4X 3HH4A 3FADA 3VW7A 1C62A 120LA 1C68A 4ZPUA 1CX7A 1L49A 1SSYA 230LA 1CV0A 4PK0A 1L06A 1PQOA 1CU5A 196LA 1L42A 1LGXA 168LA 2Z6BA 3C8SA 4I7NA 3L2XA 177LA 4LDOA 126LA 3HT9A 2B7XA 2B6TA 160LA 1L61A 224LA 2B72A 209LA 1L27A 3SB7A 3SB9A 1L36A 3GUPA 3C83A 2CUUA 159LA 1L45A 1LWGA 1OWYA 1LYHA 1P56A 1ZURA 3NYAA 143LA 1L05A 1QSBA 1L50A 1T8GA 1L44A 141LA 1L80A 2HUMA 214LA 123LA 1L30A 1C66A 1L39A 1L24A 1DYAA 1L21A 4EJ4A 1CV1A 1L00A 3SB5A 218LA 1G0QA 156LA 118LA 1QT5A 262LA 3SB6A 1G0LA 2F47A 1KW5A 4W57A 2QB0B 2IGCA 1QTZA 4E97A 5LZMA 155LA 1L96A 1D3JA 1L91A 1XEPA 1D3NA 1PQJA 1C6HA 1L29A 1L18A 1WTHA 3HUAA 1QUHA 1KS3A 1XJTA 163LA 1C65A 1XJUA 3QAKA 3FA0A 1KY1A 1C6JA 1L15A 1L72A 6LZMA 1L68A 211LA 1JTMA 1C6BA 243LA 1L63A 1L38A 1L84A 4EKQA 1L93A 1LYIA 1L94A 1QUGA 1P2LA 186LA 1L58A 3K2RA 4AQNA 2OU8A 3GUNA 3GUJA 2HUKA 146LA 216LA 1L09A 1L47A 2B75A 104LA 1P6YA 2RBQA 4W58A 4EPIA 3HUQA 244LA 184LA 2RB0X 3HTDA 1L90A 3PDSA 1L75A 1C6NA 4LZMA 183LA 1L60A 170LA 1OWZA 110LA 1JTNA 1L07A 166LA 167LA 1P5CA 1OVJA 3OE9A 1DYFA 1DYBA 261LA 1L0KA 3GUIA 7LZMA 1G1WA 1L79A 3C7WA 1L97A 1P37A 210LA 1C6PA 2RBNA 4YX7C 1L13A 162LA 1L73A 4K5YA 182LA 256LA 1QS5A 1G0KA 199LA 3OE0A 1L11A 1CX6A 3DMVA 2RBPA 1SWZA 249LA 1LYDA 145LA 1LYGA 1QTBA 2RB1X 149LA 1P7SA 1SWYA 4W55A 129LA 3HT7A 1LI3A 1I6SA 1L59A 142LA 232LA 1L01A 1P36A 1QT7A 102LA 1PQKA 1CUPA 4I7LA 1T97A 4DKLA 1L51A 3DN0A 1C64A 173LA 1G0JA 231LA 1SX2A 1D3FA 2RAYX 3DN4A 176LA 171LA 1CU6A 2ANXA 4EPFA 3C8RA 2OU9A 3RZEA 161LA 1LW9A 3SBAA 1L67A 4EXMA 3SB8A 4ARJA 241LA 151LA 1L76A 3HDFA 2ANVA 1C6LA 1B6IA 213LA 1C67A 3JR6A 2LC9A 222LA 4ARLA 1QTCA 3HT8A 240LA 1L82A 115LA 122LA 238LA 221LA 189LA 4DAJA 157LA 1L12A 1QT6A 4ARPA 4I7RA 1QUDA 1CVKA 139LA 2OE9X 1ZWNA 3C7YA 219LA 3GUKA 1L35A 1L46A 4I7MA 3CDQA 2RB2X 4I7QA 225LA 1L92A 1CV4A 3HU8A 3DMZA 1C6TA 254LA 239LA 164LA 1L22A 3GUOA 1LWKA 1L32A 131LA 2B6ZA 5I14A 111LA 112LA 187LA 2HULA 4ARMB 1K28A 1L33A 1P64A 2NTHA 1C6GA 1L19A 1L69A 3L64A 1G0MA 2RBSA 3DN1A 1D3MA 259LA 144LA 1L37A 1QT4A 2OTZX 3PBLA 3V2WA 2QARC 1KNIA 1D2WA 237LA 3HTGA 1T6HA 4W53A 1L65A 229LA 4EKRA 174LA 3DN6A 1KY0A 192LA 1QT3A 1L26A 1SSWA 127LA 109LA 1D9WA 2RH1A 1L89A 4I7OA 3F8VA 1C6KA 181LA 227LA 246LA 1CV5A 3G3VA 3V2YA 4I7PA 1LI6A 1JQUA 1G06A 3DN8A 1QS9A 3DN3A 188LA 1CU3A 1L85A 1PQDA 236LA 3C81A 3C7ZA 1C6IA 185LA 140LA 1CU0A 1PQIA 4W56A 1OYUA 1L95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6AA 1L53A 2O4WA 1KXWA 2A4TA 4QGZA 125LA 2FBDA 3M18B 1WVUA 4N1EI 1REYA 1C6MA 4GCBA 1GF3A 4HP0A 206LA 1BB3A 1GBOA 1IWYA 1C61A 4BADA 1GF9A 2LCBA 4GN4A 1G7IC 3DN2A 4BS7A 4YXCA 5LVIA 1L03A 1KW7A 3HBDA 1CUQA 2MECA 1L77A 3TXDA 1LYEA 3VWOA 1L25A 1RCMA 3B72A 1QSQA 3G3BB 3CDVA 1C46A 3D4SA 1L28A 3LYMA 5LVJA 5B1GA 190LA 217LA 4I7KA 2EIZC 1HEOA 205LA 1FLQA 1H87A 1L14A 1HENA 220LA 2B6WA 5IELA 1LSYA 4Z46A 1L08A 1DI4A 2DQJY 1GBXA 147LA 1UIBA 134LA 233LA 3CDRA 3HTBA 253LA 119LA 1TLAA 1QTDA 1ZMYL 2RAZX 3C8QA 107LA 1C6QA 4LYOA 247LA 1L48A 5IDDA 1LZ4A 3HH6A 5B59A 226LA 3SBBC 5DLAA 1BVXA 4TTDA 4GCCA 4EKPA 1EPYA 4PGJB 114LA 3AZ4A 3CSZA 2B5ZA 3NY8A 191LA 3IWRA 2Q9DA 4ZIXA 4WL7A 1IP4A 1D0MA 1WQPA 4XJBA 1I56A 1UA6Y 1BB7A 1CKCA 1L23A 1WTMA 1UBZA 4KT3A 1QIOA 2LYZA 1GBWA 5FSTA 4B4JA 3EBAB 1NHBA 5B07A 1ZYTA 3ZVQB 128LA 1IIZA 1C63A 5A3EA 4H9AA 2C8PA 2OU0X 1C60A 3HUKA 1L56A 5FEKA 3HU9A 4IJ4A 1C08C 4H9EA 3AZ6A 4IAPA 1GBZA 2BLXA 4ARQA 5I5QA 4H9FA 3FADA 3VW7A 1IP7A 6LYZA 120LA 1C68A 230LA 1D6PA 1PQOA 4NSHA 4TX7A 132LA 3ATNA 4X3BA 2HU3A 1YIKA 4I7NA 1CKGA 1ZVYB 4NGVA 3A90A 3HT9A 1YAOA 2B7XA 160LA 1LHJA 209LA 1L27A 3SB7A 3SB9A 1L36A 3GUPA 1NKHA 5KJ9A 5HQ1A 3TXEA 4H94A 1KXXA 1LWGA 4YF2A 4NSGA 1LMOA 1B5WA 1L50A 1T8GA 2FBBA 141LA 2BQNA 1OUIA 1L24A 1HSWA 1L21A 4GN5C 4EJ4A 1CV1A 1GFHA 3SB5A 1G0QA 1LYZA 2QB0B 1LSCA 1WVVA 1QTZA 5AMYA 155LA 1L96A 5LYMA 1L91A 1D3NA 1PQJA 1IP2A 1GXV2 1LJNA 1QUHA 1LJHA 1IWXA 1XJUA 4H1PA 6LZMA 1BHZA 4YENA 1F0WA 1WTNA 3K2RA 3RZ4A 2BQMA 4PRUA 1LSMA 1AZFA 1GFRA 3HUQA 244LA 2EKSC 3HTDA 1N4FA 1HNLA 1C6NA 170LA 2FYDA 1JTNA 1OWZA 2F30A 4ETEA 167LA 1OVJA 1QDTA 3OE9A 1DYFA 3GUIA 1CKDA 1P37A 2BQBA 1WQMA 1D0KA 256LA 2LYMA 1CX6A 3T6UA 1LYDA 1LZCA 1QTBA 2RB1X 5KXWA 1F10A 2Z12A 4NSIA 1LYSA 4NG1A 142LA 1JJ1A 1L01A 4WM1A 4UWNA 3AZ7A 1VDTA 1T97A 2IHLA 1B7QA 3T36A 3TMVA 3RU5A 3W6FA 2BQCA 1SX2A 3HBHA 2ANXA 3KAMA 161LA 1LZTA 3SB8A 1UIFA 241LA 4HSFA 4RDSA 5LINA 1IOSA 213LA 4TSCA 3QE8A 1QTCA 4R6CA 153LA 1YAMA 2HU1A 4N8ZA 1GE3A 3J6KA 1VDPA 2DQIY 5E4PA 2A7DA 3WUNA 4B4IA 4A7DA 5ILCA 5DM9A 1UIEA 1QUDA 139LA 1UACY 4WLTA 1XEJA 5C6LA 4I7MA 1YQVY 4PHIA 3WUMA 1NDMC 4DWXA 2B6ZA 187LA 2HULA 1JISA 1K28A 4NHSA 3CT5A 1L69A 3L64A 1G0MA 1JKAA 1BVKC 1L37A 4YM8A 3EMSA 1HMLA 2QARC 4W53A 3HTGA 1T6HA 4N9RA 3TMUA 2W1XA 5KXTA 3DN6A 1KY0A 2H5ZA 3WUAA 4DD1A 4W94A 2HEAA 1NWGA 2D4KA 2HECA 2D4JA 2RH1A 2MEBA 4DD0A 5LIOA 1DKKA 5HNLA 1AM7A 1CV5A 1IY4A 3TXFA 1CU3A 236LA 2XTHA 4RW1A 1OP9B 4NEBA 1OYUA 130LA 1CTWA 1C6FA 1B5ZA 1CU2A 1GFVA 4HTQA 1SX7A 1W08A 2RBOA 1BB5A 5FCPA 150LA 5LVGA 4LDEA 1L83A 4FJRA 4H8ZA 4AXTA 1IOQA 1IWUA 3K3TA 4DD9A 2F2NA 1G0GA 2LZTA 4WLDA 1L70A 2F32A 1JJ3A 8LYZA 1L54A 1LZ5A 5L3HA 1DYDA 1GF6A 3W3EA 4B49A 1QTHA 1BGIA 1QUOA 4DD3A 138LA 1LSFA 2B6YA 1LGWA 1XGQC 1QQYA 4ARQB 1W6ZA 1P46A 3HT6A 1G7JC 1L74A 1DKJA 1OV7A 1LZAA 165LA 1OUGA 1QTVA 5L3IA 1B7MA 2ZNWY 1GB2A 1OUDA 3A3QA 1C7PA 103LA 242LA 1B9OA 5EBHA 4W51A 1LMNA 3AGIA 2MEHA 2BQLA 4W96A 4LDLA 5KXPA 1A2YC 1L34A 5KXZA 1LKSA 2CWIA 2F4GA 1GF4A 1FLYA 4YXAC 4NWHA 3G3XA 2ZQ3A 2B6XA 3SN6R 2AUBA 1BQLY 2Q9EA 1L40A 1XFPL 1B7RA 1L88A 1OUAA 3G3AB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6A A;  1L53 A;  2O4W A;  1KXW A;  2A4T A;  4QGZ A;  125L A;  2FBD A;  3M18 B;  1WVU A;  4N1E I;  1REY A;  1C6M A;  4GCB A;  1GF3 A;  4HP0 A;  206L A;  1BB3 A;  1GBO A;  1IWY A;  1C61 A;  4BAD A;  1GF9 A;  2LCB A;  4GN4 A;  1G7I C;  3DN2 A;  4BS7 A;  4YXC A;  5LVI A;  1L03 A;  1KW7 A;  3HBD A;  1CUQ A;  2MEC A;  1L77 A;  3TXD A;  1LYE A;  3VWO A;  1L25 A;  1RCM A;  3B72 A;  1QSQ A;  3G3B B;  3CDV A;  1C46 A;  3D4S A;  1L28 A;  3LYM A;  5LVJ A;  5B1G A;  190L A;  217L A;  4I7K A;  2EIZ C;  1HEO A;  205L A;  1FLQ A;  1H87 A;  1L14 A;  1HEN A;  220L A;  2B6W A;  5IEL A;  1LSY A;  4Z46 A;  1L08 A;  1DI4 A;  2DQJ Y;  1GBX A;  147L A;  1UIB A;  134L A;  233L A;  3CDR A;  3HTB A;  253L A;  119L A;  1TLA A;  1QTD A;  1ZMY L;  2RAZ X;  3C8Q A;  107L A;  1C6Q A;  4LYO A;  247L A;  1L48 A;  5IDD A;  1LZ4 A;  3HH6 A;  5B59 A;  226L A;  3SBB C;  5DLA A;  1BVX A;  4TTD A;  4GCC A;  4EKP A;  1EPY A;  4PGJ B;  114L A;  3AZ4 A;  3CSZ A;  2B5Z A;  3NY8 A;  191L A;  3IWR A;  2Q9D A;  4ZIX A;  4WL7 A;  1IP4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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