3DKEX

Polar and non-polar cavities in phage t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Use of experimental crystallographic phases to examine the hydration of polar and nonpolar cavities in T4 lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dkeX00
3RUNA 1CUQA 3SBAA 1C62A 157LA 3C7ZA 1L41A 1C65A 1PQIA 221LA 3V2YA 238LA 1C6IA 4ARPA 1L25A 3GUIA 178LA 1QTDA 1L52A 191LA 131LA 1L53A 3DKEX 1L04A 1L91A 3OE8A 1P64A 251LA 152LA 1LI3A 1L96A 1G0QA 3V2WA 184LA 1G0MA 2B72A 1L56A 1L63A 1QT5A 4AQNA 3DNAA 4I7TA 1G0PA 150LA 239LA 1CU0A 120LA 1QTZA 1DYDA 3HDEA 198LA 175LA 2RBPA 1C6DA 1L05A 2RH1A 262LA 3FA0A 254LA 246LA 252LA 1L19A 3NY8A 3HU8A 1T8GA 1QUOA 3HT6A 4ARMB 1L66A 1LYHA 1C6HA 3GUKA 1C6JA 3CDRA 4E97A 1XJTA 1L90A 1P37A 1KNIA 3F9LA 2RAZX 242LA 4ARMA 1QT7A 1L77A 1C61A 2RBSA 1G07A 113LA 6LZMA 1LI6A 224LA 2L78A 1C67A 3HTBA 169LA 255LA 147LA 2RBRA 1L75A 1L27A 195LA 234LA 1L92A 218LA 1OWZA 1L89A 1T97A 1T8AA 1L11A 4I7NA 225LA 2RB2X 1L28A 1G0JA 2OE7X 4PJZA 1CU5A 209LA 1EPYA 4LDEA 4I7KA 2RBNA 1KW7A 217LA 256LA 3HDFA 160LA 103LA 148LE 1L79A 2CUUA 3DN8A 164LA 3NY9A 2O4WA 1CUPA 1G0LA 241LA 2OE9X 2B75A 1DYBA 3C83A 3GUNA 206LA 1ZYTA 1L57A 129LA 1OVHA 1L21A 211LA 1QT6A 1C6QA 213LA 3DMVA 2LCBA 1L09A 4EKRA 3C8RA 1C6TA 1C6AA 2NTGA 1CV1A 3SB5A 1L22A 1OVKA 1L37A 1L94A 3PBLA 155LA 1C6PA 1C69A 139LA 244LA 2RB1X 4DJHA 108LA 1L64A 2ANXA 1CX7A 4EKSA 4GRVA 115LA 4LDLA 2RAYX 3DN2A 1D3JA 1LYEA 4PK0A 1C6LA 3CDOA 3SB7A 261LA 1L31A 226LA 3GULA 3SBBC 140LA 189LA 2OEAX 4W55A 125LA 1L54A 7LZMA 4I7QA 4I7JA 1L50A 1L61A 158LA 1QS9A 3SB8A 4W56A 4ZPUA 1LYFA 3PDSA 4I7PA 3NYAA 130LA 1L08A 1L01A 3D4SA 1L44A 4ARQB 1CTWA 1L72A 1ZWNA 2LZMA 1L38A 1CV6A 3ODUA 1C60A 5I14A 1P6YA 1CX6A 114LA 1KW5A 4ARQA 1D2WA 168LA 3OE0A 1L55A 4YXAC 4K5YA 1L45A 187LA 201LA 1LWGA 4LZMA 4W53A 258LA 1L98A 1L03A 1L33A 3GUPA 3HH4A 1L85A 4YX7C 109LA 173LA 1L51A 4DKLA 2OTYX 1L74A 1L93A 1L39A 1LGUA 1LLHA 1SSWA 4EKQA 3HWLA 2OU9A 4EKPA 1QS5A 126LA 2B6WA 1C6GA 128LA 1C64A 223LA 4W57A 142LA 1CU6A 247LA 3FADA 1CV5A 1D3MA 1OV5A 253LA 1QSBA 1P2RA 1P2LA 183LA 1L14A 171LA 1C66A 3L64A 2O7AA 1L29A 2OU8A 1L06A 1L81A 111LA 1C6KA 2Q9DA 1SX2A 2QB0B 1L42A 1T8FA 4YXCA 162LA 1C6BA 1CV0A 1L35A 1L59A 1C6FA 1NHBA 4GBRB 3DN0A 3L2XA 1TLAA 1L58A 170LA 222LA 3UONA 1G06A 3CDQA 1C68A 1JTNA 4S0WA 1L15A 1L69A 2B6YA 1L46A 4EJ4A 4EXMA 1DYGA 1DYEA 1KS3A 1I6SA 4I7LA 1L65A 1L88A 200LA 144LA 110LA 2RBQA 219LA 174LA 172LA 1LW9A 192LA 3DN1A 4OO9A 1QTHA 1DYFA 3FI5A 163LA 1LYJA 2ANVA 3G3VA 3HH6A 1P36A 1OYUA 4EPIA 1L32A 1PQJA 248LA 3LZMA 4I7OA 1L87A 3HT7A 3DMZA 3F8VA 1G0GA 2IGCA 1L68A 1PQMA 1CU3A 2B6ZA 3HTFA 2OTZX 1G1VA 1T6HA 1L00A 4I7SA 1XJUA 1C6CA 118LA 1L99A 2B7XA 1P5CA 3RZEA 2OU0X 146LA 3DN3A 3C7YA 1L86A 1L24A 4W58A 1L82A 1SWYA 2B6TA 1SWZA 3JR6A 177LA 1LGXA 1JTMA 257LA 3HH3A 1L18A 1L13A 3C8SA 166LA 1L26A 1LGWA 212LA 1K28A 185LA 1KY0A 1L83A 259LA 1L30A 3GUOA 1G1WA 1OVJA 240LA 1L60A 186LA 205LA 1L97A 3HT8A 4LDOA 245LA 3GUJA 3C8QA 216LA 3HUAA 3C80A 141LA 2RBOA 2B6XA 4DAJA 1LYIA 1L73A 227LA 3SB9A 1P56A 3CDVA 1L76A 188LA 2B74A 1QUGA 4W54A 3SB6A 1OWYA 1LYDA 1D2YA 4ARLA 104LA 1G0KA 1L02A 1P7SA 1QSQA 3C82A 4I7MA 122LA 156LA 220LA 1B6IA 231LA 102LA 1D3FA 112LA 137LA 1L10A 1L84A 3HH5A 3HTGA 1L80A 2B70A 3G3XA 243LA 1P46A 1QUDA 1L47A 4W52A 5LZMA 1C63A 1L16A 4W51A 1QT3A 1QT8A 235LA 2F32A 3K2RA 197LA 119LA 1QTCA 1SX7A 4W59A 3HU9A 3HUQA 161LA 214LA 1XEPA 1L70A 1L23A 1L17A 1QT4A 1WTHA 250LA 260LA 2Z6BA 233LA 2B73A 1DYAA 232LA 143LA 4IAPA 1L34A 215LA 1D3NA 1CV3A 1QTVA 3DN6A 3CDTA 2OE4X 3DMXA 2F2QA 1L40A 1P3NA 236LA 3OE6A 1L36A 1OV7A 1PQOA 2HULA 1L20A 229LA 2LC9A 1L43A 145LA 176LA 1ZURA 1QTBA 151LA 1D9WA 3C81A 107LA 2O79A 1L95A 180LA 1C6MA 228LA 1L67A 149LA 1CU2A 165LA 4ARJA 3GUMA 1JQUA 1CVKA 2QARC 3HTDA 1SSYA 1L49A 196LA 1CV4A 3HUKA 138LA 167LA 1PQKA 190LA 3OE9A 1L12A 2A4TA 230LA 199LA 1L07A 4I7RA 3DN4A 1L0KA 1PQDA 210LA 2HUMA 127LA 237LA 4EPFA 123LA 182LA 159LA 249LA 2HUKA 3G3WA 1L71A 3EMLA 1LI2A 3SN6R 1C6EA 1LYGA 2Q9EA 3QAKA 2RB0X 1LPYA 3C7WA 1L48A 1C6NA 1LWKA 2NTHA 1DYCA 181LA 1L62A 3HT9A 3VW7A 2F47A 1KY1A 1QUHA 1L0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HSWA 4DDCA 4OWBA 4WMGA 2DQEY 3LZTA 238LA 3EXDA 3WPKA 3A96A 3LYOA 1QTDA 131LA 3DKEX 1P64A 2BQAA 1LI3A 4WM1A 1G0MA 1KXXA 1LJEA 2Z37A 1GFVA 2G4NA 4QGZA 3TMXA 1QT5A 4I7TA 1OUHA 4NGZA 1KXYA 2CGIA 1B5YA 1IWWA 1C6DA 1L05A 2RH1A 3CT0A 1DPWA 4LZTA 4DQ7A 3HU8A 1F6RA 1L66A 1IP3A 1C6HA 1GBZA 4L41A 1L90A 4RDSA 4KPMA 4ARMA 1QT7A 4GLAA 6LZMA 2Z19A 1C67A 1HFYA 1IR8A 1G7IC 4NGKA 1T8AA 5J7CA 3W6DA 1IVMA 1UICA 3WVXA 4P2EA 1L28A 1G0JA 4TSBA 1A2YC 4HP0A 4PRQA 4I7KA 1GEZA 3B0KA 5T3FA 2CUUA 148LE 134LA 3A3RX 164LA 1JTOL 2B75A 1RFPA 1DYBA 3ZEKA 1L57A 4XJFA 129LA 1XGQC 2FYDA 5KXLA 4EOFA 1C6QA 4EKRA 3TXFA 1C6AA 3TXDA 1UACY 1IORA 1GB0A 5KXTA 1C69A 4WL7A 1ZVYB 3TXEA 1B7RA 2RB1X 4WOAA 1IX0A 5II3A 1LYZA 1ALCA 1GE2A 1YKZX 3T6UA 1D3JA 4PK0A 1C6LA 261LA 4YENA 1BB7A 1HEWA 1REZA 3EBAB 2W1LA 4UWVA 1D0MA 1XFPL 1XGRC 1RI8B 3P65A 4G4BA 3A95A 158LA 2BQKA 1WQNA 4HPIA 4M6DA 1B5UA 5LIOA 5D5CA 3NYAA 4XJHA 1L08A 4D9ZA 3D4SA 4G49A 4ZIXA 1GFUA 2BQFA 3AGHA 1NMMA 3RNXA 1LHKA 4ARQA 5LXWA 4NGOA 4YM8A 1L55A 5B06A 4XENA 1L45A 1GE4A 5B05A 1XGPC 3CSRA 1L33A 4Z3MA 2HTXA 1GBWA 4YX7C 173LA 1L51A 2OTYX 2I25L 1N4FA 1LLHA 2G4PA 3TXHA 3WU7A 2OU9A 126LA 128LA 4W57A 5DN4A 142LA 1DXJA 4RW1A 2W1MA 1L14A 1HNLA 171LA 3L64A 194LA 2D6BA 111LA 1LMTA 1LMPA 4IATA 1LZ6A 4NWEA 2GV0A 4YXCA 1LZ4A 4OWEA 4PGJB 1B5XA 5APFA 222LA 1EQ5A 1JTNA 4S0WA 3AZ5A 1L15A 1L69A 2B6YA 1IWZA 1L46A 4EXMA 1KS3A 1YAPA 2N5ZA 4TWSA 1JUGA 1L88A 1BHZA 110LA 2BQMA 4LYCA 3GXRA 219LA 3W6EA 3G3BB 192LA 5B07A 3WU8A 1DYFA 1LYJA 2ANVA 3A90A 1LCNA 3J4GA 5KXKA 4W96A 1WQRA 1GE0A 4NHTA 1L32A 1EQEA 5KXZA 2RSCA 3F8VA 1G0GA 3T36A 3IJUA 2OTZX 1L00A 4I7SA 1XJUA 2B7XA 2BQJA 1WQPA 3DN3A 3C7YA 1FKQA 3TXIA 1L82A 5KKIA 4WM3A 1LGXA 3W6CA 166LA 1L26A 4NSGA 1CKFA 1K28A 1UIDA 1TCYA 1JTTL 4Z98A 4B4IA 1JEFA 186LA 5LYMA 1LAAA 1JIYA 1GFRA 3C8QA 1JHLA 1GD6A 2RBOA 4WLDA 4DAJA 5F9XA 1B5ZA 1BGIA 1P56A 1LTMA 3CDVA 1IWVA 2F4GA 2YBLA 4HJYA 4W54A 3SB6A 5L3IA 1DKJA 1OWYA 4H94A 1D2YA 1O23A 3C82A 5IELA 4U3XB 2XQOA 1I56A 156LA 1IWYA 1L10A 3HTGA 1JTPL 1L80A 6LYTA 1P46A 1QUDA 1MELL 4W52A 1C63A 4W51A 1QT3A 1LZCA 3K2RA 1LZRA 119LA 4KT3A 3K3TA 4LT0A 161LA 214LA 2EPEA 2HU3A 1QT4A 1F10A 1LHJA 5L9JA 4XJBA 2Z6BA 233LA 4NHQA 4CHXA 1TBYA 232LA 2X0AA 4IAPA 215LA 1LYSA 1ZVHL 1CV3A 1OUCA 3DMXA 1VATA 3A67Y 236LA 3AB6A 3IWRA 4M4OA 2LC9A 3B72A 176LA 4QEQA 107LA 4LYBA 3G3AB 180LA 4MSTA 2FBBA 1GFGA 3GUMA 1OUAA 5KXWA 1ZMYL 2QARC 4B0DA 1IY3A 1C7PA 5I4YA 1L49A 3HBHA 1CV4A 138LA 5HNCA 1PQKA 1LZDA 230LA 1BVKC 3WPJA 3DN4A 2HUMA 2XBRA 1BB4A 1CJ8A 249LA 3G3WA 1D9UA 1FLQA 3EMLA 3QAKA 4I8SA 1OUGA 1GF6A 1HMLA 1G7LC 3HT9A 1L62A 3HBEX 2XJWA 1TDYA 1LZEA 4H8XA 1KY1A 1L0JA 4H9BA 3D9AC 1L41A 2D4JA 1C65A 221LA 1C6IA 3AZ6A 1L25A 3N9EA 3OE8A 1L04A 251LA 152LA 1LMQA 1G0QA 2B72A 1YILA 1L63A 5APDA 1IIZA 5C6IA 4AQNA 1W6ZA 1CU0A 120LA 1QTZA 2ZYPA 1DYDA 4HSFA 3LYZA 4NGVA 4AGAA 1UIHA 3LYTA 4WO6A 3CSZA 1L19A 2H9JA 1QUOA 1RCMA 2W1YA 1D6PA 4E97A 1YKYX 1XJTA 1GFTA 242LA 4IJ4A 4H9AA 1G07A 1KIPC 1VDPA 1LI6A 1LSYA 2L78A 1KXWA 3HTBA 147LA 1B7PA 3P4ZA 1HERA 1L27A 4HJVA 4WLYA 1L92A 1WVVA 4LYZA 1WQQA 2A7DA 4NSJA 4LFPA 4NHIA 209LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HSW A;  4DDC A;  4OWB A;  4WMG A;  2DQE Y;  3LZT A;  238L A;  3EXD A;  3WPK A;  3A96 A;  3LYO A;  1QTD A;  131L A;  3DKE X;  1P64 A;  2BQA A;  1LI3 A;  4WM1 A;  1G0M A;  1KXX A;  1LJE A;  2Z37 A;  1GFV A;  2G4N A;  4QGZ A;  3TMX A;  1QT5 A;  4I7T A;  1OUH A;  4NGZ A;  1KXY A;  2CGI A;  1B5Y A;  1IWW A;  1C6D A;  1L05 A;  2RH1 A;  3CT0 A;  1DPW A;  4LZT A;  4DQ7 A;  3HU8 A;  1F6R A;  1L66 A;  1IP3 A;  1C6H A;  1GBZ A;  4L41 A;  1L90 A;  4RDS A;  4KPM A;  4ARM A;  1QT7 A;  4GLA A;  6LZM A;  2Z19 A;  1C67 A;  1HFY A;  1IR8 A;  1G7I C;  4NGK A;  1T8A A;  5J7C A;  3W6D A;  1IVM A;  1UIC A;  3WVX A;  4P2E A;  1L28 A;  1G0J A;  4TSB A;  1A2Y C;  4HP0 A;  4PRQ A;  4I7K A;  1GEZ A;  3B0K A;  5T3F A;  2CUU A;  148L E;  134L A;  3A3R X;  164L A;  1JTO L;  2B75 A;  1RFP A;  1DYB A;  3ZEK A;  1L57 A;  4XJF A;  129L A;  1XGQ C;  2FYD A;  5KXL A;  4EOF A;  1C6Q A;  4EKR A;  3TXF A;  1C6A A;  3TXD A;  1UAC Y;  1IOR A;  1GB0 A;  5KXT A;  1C69 A;  4WL7 A;  1ZVY B;  3TXE A;  1B7R A;  2RB1 X;  4WOA A;  1IX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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