3DKSA

Dsba substrate complex
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the bacterial oxidoreductase enzyme DsbA in complex with a peptide reveals a basis for substrate specificity in the catalytic cycle of DsbA enzymes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein dsbA
source organism Shigella flexneri
molecule tags Oxidoreductase
total genus 64
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.8.4.2: Protein-disulfide reductase (glutathione).
pdb deposition date 2008-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dksA00
3M9JA 2VOCA 1VRSD 5JCGA 4ZILA 3UARA 5CO3A 5C04A 1UVZA 1XFLA 4POBA 6GSVA 3TGZA 2D2ZA 4KX4A 2R3XA 1XIYA 2JZTA 2O8VB 4BA7A 5G5FA 2JACA 3FZAA 1AXDA 1HNAA 4JRRA 1KTEA 2TRCP 3KP8A 2L6CA 2WS2A 3OR5A 5KN2A 5HR2A 1JLWA 4PQIA 5CRWA 3I6AA 2LJAA 1WMJA 5DBQA 3C73A 1GNEA 5A5KA 2GZZA 3GKKA 4CW9A 2DIYA 1Q98A 5F06A 3M9KA 1EEMA 1AIUA 5ECRB 1SKRB 1F3AA 4ID0A 1JZOA 4TKYA 5DVBA 3NZNA 3TJKA 4HUAA 5LCZA 3E0UA 1XW6A 1EP7A 3EINA 1TXXA 1UN2A 3P8WA 3O76A 1MDKA 3FRCA 2X8CA 4JZQA 1ERUA 2H70A 2YN1A 3ZIVA 1XWBA 2DJ3A 4JR4A 3CRUA 2L4QA 3CSJA 1XWKA 4RQRA 4O92A 2YWOA 1BG5A 3CXGA 3VPQA 4XRDA 1XBSA 4OD7A 4WKWA 3WGEA 1MDIA 4KB3A 4Z7XA 2REMA 2XPDA 1TRSA 4LLRA 2AHEA 4NXIA 5JCUA 2VCTA 2MYGA 1M2AA 1BJXA 3KXOA 4MJBA 4FH8A 4OCEA 4GTUA 1WRYA 5ID2B 2AYTA 1PX6A 2MMNA 1QUWA 1O7UA 1OAZA 1U87A 1O73A 3L78A 3S9FA 4Q5RA 4AJ7A 2L59A 2NDOA 3PINA 2BMXA 2GSSA 4K7OA 2OJLA 3H8QA 1EGRA 2K6VA 5ID2A 3GH6A 1JFUA 5IPHA 1SYXA 3W8JA 1AUCA 4JEDA 4DVCA 2H8LA 4MCUA 5KN0A 3M1GA 1K0CA 5AIVA 4HJMA 2NTOA 2IIYA 4OCFA 1VF2A 1WPIA 5HR0A 1I5GA 3LXZA 4P3YB 1Z6NA 1GP1A 5F07A 1G7EA 5G5EA 1MDJA 2HSHA 2IMKA 1ZYQB 5CRHA 3QD9A 4GSNA 3VFIA 3CTGA 4GRFA 4KDUA 3D6IA 3RAZA 4O32A 5CYYA 1OYJA 1TRWA 5AIXA 5J4UA 3J7Yb 5HQPA 1VGLA 3KZQA 3IR4A 1OC8A 4HZ2A 1PGTA 1VF1A 5IM9A 1QMVA 4G19A 3NIVA 1SD8A 4DSQA 2YZHA 3TOUA 3GYKA 3KJYA 2O89A 3RHBA 3BJ5A 3D4TA 5IMAA 2IMDA 3QFBC 3TJBA 5IOXA 1LJRA 2CZ3A 5KEJA 4LL4B 4HS1A 2FWGA 1QQ2A 1RK4A 1EEJA 2C0DA 5F05A 1NHOA 2PBJA 4WF4A 2MMOA 4PURA 5INYA 2PGTA 1BQ7A 2LTKA 5B8BA 2PVQA 2CA8A 3LYPA 1V58A 2H0GA 4KCAA 2H01A 3IRAA 3ZZXA 1OVNA 4RI6A 3HVVA 3ERWA 2JSYA 1GL8A 4TRXA 5E4WA 4TR4A 4K9ZA 2AV4A 3LG6A 3DEXA 3RHCA 1TDIA 1SJZA 4GQCA 3IE3A 4L8EA 3UBKA 2LRTA 1J0FA 3LWAA 5A4VA 3QAWA 1X5CA 1AQXA 3IA1A 2YOIA 1M99A 2C3NA 1M9AA 4F2IA 2GT6A 1TI1A 4OWYA 3UL3A 2VL3A 3R2QA 4F03A 1LBKA 3ZMKA 4I2UA 2VIMA 1B8XA 4XS4B 3I43A 4EE0A 3GX0A 3K8NA 4IJ3A 3QFAC 4DSSB 3GURA 2MZCA 5HFIA 4MZBA 4EC0A 1K0BA 3TB2A 1B4PA 2ZNMA 4XS4A 2VCQA 2PPTA 2H76A 4DSSA 4YQMA 2R2JA 5IQYA 4PQHA 3TCOA 2E7PA 2H72A 2HSYA 1ML6A 3LORA 11GSA 4POLA 3ERGA 2MMAA 2X64A 4JR6A 4Q5QA 3D21A 4YAVA 3IDVA 3KP9A 2CAQA 2E2GA 4YH2A 3EC3A 2CZ2A 4LMWA 4IS0A 5FWGA 1YJ6A 2H74A 4L0WA 4MMMA 4KCEA 1GULA 2FGXA 3HVXA 2C0EA 2GQLA 2GQMA 4HI7A 4ULXA 4N0ZA 2LRNA 4NHWA 5EY6A 4ZL8A 3ZRDA 1M0UA 2GQKA 2KP1A 1QXHA 6GSSA 2H1DA 1UA5A 5L71A 4XHMA 1JZDA 4KNDA 3UAPA 1G0TA 4EUYA 2VCXA 3M8NA 2ZUPA 2IL3A 4FIWA 1PKWA 4ZBDA 2O87A 3FEUA 3MDKA 3RPNA 1SJ6A 2V32A 4MA9A 5KN1A 3D5JA 3GMFA 2HI7A 4JE1A 3ZYWA 3QPMA 3PGTA 2HNLA 5FHIA 5DJMA 1XWGA 1Z5YE 4G9HA 4EKZA 4NHZA 2VLTA 1GSEA 2MBSA 4FYCA 1IYHA 3P2AA 4NMUA 2V6OA 3UEMA 4YQUA 5LNKe 1O6JA 2GT5A 1KEBA 2H30A 5IIZA 2J23A 4BPYA 2E0QA 3O3TA 2VD1A 1TP9A 5H5QA 4MPGA 4F0BA 3LEFA 1TRVA 2YJ7A 3D4MA 1O81A 4POMA 4FYBA 2TRXA 4ML1A 2C1YA 2WFCA 1O8XA 4ECCA 1YDKA 2ES7A 1M7TA 3UBLA 1GRXA 2VL2A 5GAND 3G9BA 2XC2A 2AJQB 1SL0B 2DJ0A 1ACVA 4MPFA 2YJHA 3L4NA 2H6YA 3H1NA 4BL7A 4X0XA 4RI7A 2QKEA 4WEYA 2HZEA 4Q5NA 5D9VA 2LRCA 5G30A 1N2AA 3DRNA 4G2EA 4GSSA 1G6YA 1ERTA 3G7JA 3FR6A 5H5RA 2YPMA 2VL2C 1GSFA 2CV4A 3FZ9A 3GV1A 2IJYA 2GZPA 4GF0A 2Z9SA 2DMLA 4OFTA 4IELA 4IBPA 2WCIA 3P90A 2QSIA 2E2MA 2LJRA 3GUSA 3TKRA 3ZIJA 2CX3A 1GLPA 3QMXA 4V2LA 4PXOA 3IK7A 2YV9A 4KSOA 5H5SA 1URMA 4V2NA 4K7NA 4AJ6A 5F8BA 1RQMA 1MTCA 4TR1B 2OE3A 2PWJA 3BCIA 3HY2A 2IN3A 3GHAA 1ZOFA 3HYPA 3LJRA 3LYKA 3WT2A 5IPGA 4ISDA 1Z6MA 2P0GA 4HDEA 1YY7A 4ZL7A 1XOBA 1SYRA 4JBBA 2VLUA 2OE1A 2YV7A 1GUKA 2TIRA 4TR1A 5ECOB 5JWQB 4BWSA 2OKAA 4HJ2A 2RUEA 2KP2A 4N11A 3MNGA 2B5XA 3KIJA 2RUFA 3FZ4A 1EV9A 4N30A 4V2MA 3VPTA 1S3CA 2O7KA 5IMVA 1SD9A 1PX7A 3PH9A 1K0OA 4OFNA 1XCCA 3L0HA 3DGQA 5J9BA 2VCVA 2LS5A 3KD0A 4WXTA 1PL2A 1TK0B 2R4VA 3HD5A 4ZB9A 1AAZA 4D73B 4V1Ap 1USBA 3KTLA 2F3MA 3IAS2 4KH7A 5ECKB 2A4VA 3AY8A 4EDZA 1W89A 2G0FA 3H4KA 2FCHA 2VAFA 1FG4A 2XBQA 4D73A 4QL7A 2IWTA 3C71A 2I81A 4MZCA 2MBTA 3GX8A 6GSXA 1F2EA 3DVXA 3MWHA 2K8VA 3CSIA 5J3RA 4KE3A 4DEJA 1OE8A 1R4WA 3APSA 2GVPA 1MD4A 1TOFA 5IMDA 3BD2A 2M80A 1TTZA 3US3A 3GL3A 1YZXA 2FLSA 4L5OA 2GSQA 2C0GA 3Q6OA 2EIOA 4IHUA 1TW9A 5GZZB 5EL8A 2FHEA 4ZIJA 1R26A 2YWMA 1ZZYA 2VUPA 2L6DA 2LNTA 1FW1A 1S3DA 3GKXA 1JLVA 1MEKA 5JCWA 1GTIA 3L9VA 2VD0A 4MP4A 3KMOA 4X1UA 3CBUA 4MDCA 1PMTA 3F9UA 1ERWA 1SJIA 2FA8A 1HNCA 3HXSA 3WGDA 3KH9A 1SK1A 5ABRA 5ELAA 4L5LA 4EO3A 2GZYA 4MJAA 2NBSA 5DCGA 4EDYA 3G7YA 5ECIB 3UJ1A 2B1KA 2HZFA 1JZRA 2LV3A 2H71A 2HRNA 1O85A 3BBYA 2NVLA 4ACSA 1BX9A 5D8IA 2CT6A 2CAIA 2F51A 2H73A 2PMTA 3QR6A 4PQ1A 3U6VA 4JU5A 3GTUB 1Q4JA 4K0GA 3SBCA 2A2SA 4K0NA 2VM2A 1XWAA 3H93A 1XZOA 5GSSA 2DJ1A 3VLNA 4N10A 2RM6A 3GN3A 2LKUA 4K1FA 2PERA 3FZ5A 4KSMA 2BTOT 1ERVA 2H75A 4WBJA 3A2VA 4CDOA 4EVMA 2EIQA 3GTUA 4KW6A 4I2TA 3PR8A 2MMZA 3HJMA 2G2QA 2HE3A 2YNXA 4K2DA 4NWYA 4FYUA 1Z9HA 1GNWA 2H1BA 2I4AA 3E9JB 2HRFA 2DC5A 2DJ2A 4QQ7A 1JZWA 1F3BA 2B3SA 1T4ZA 2X8GA 3FR9A 3ISOA 3W6GA 4MH2A 3GKNA 2I1UA 3EYTA 4MF7A 1EGOA 1N8JA 2M46A 4RQXA 9GSSA 4KUNA 1M9BA 1T8EB 1WE0A 1FVKA 1Z7PA 3DD3A 5DJLA 1WWJA 3UVTA 8GSSA 1FOVA 3VWVA 2L5LA 5ECHB 3FK8A 2H0IA 3C1SA 2ON7A 3F63A 4EF0A 4I5QA 5C00A 5CRDA 3F8UA 3BOAA 2QC7A 2J9HA 1JHBA 2HFDA 1B9XC 3QAVA 3HZ8A 4ZL9A 4IVFA 5D9XA 1PD21 1AC1A 2PUKC 2EC4A 1X9SB 1X9MB 3HKRA 2FD3A 2LNSA 1XXUA 3V1WA 5B7CA 4WETA 1WIKA 5DQYA 3TKPA 5ECNB 1FB6A 2FWHA 3HJPA 3VWXA 3FYGA 14GSA 5ECPB 4G10A 5AN1A 3WYWA 1A23A 3ZLPA 2XHFA 3J7Yk 3F4RA 2GGTA 1SKWB 1U6TA 5D73A 4CHSA 1PQNA 4KAEA 2VLVA 3HZ4A 2B5EA 2C3TA 3ME8A 4MK3A 3W8SA 6GSUA 1GH2A 1OKTA 2IMFA 2V2GA 2X8HA 4MLYA 4E8EA 3F6FA 2DLXA 4TOPA 10GSA 2DSAA 1S3AA 5IMZA 1TU8A 3VK9A 1J08A 1U88A 3EURA 1G6WA 3EU4A 1XWCA 1V98A 3G7IA 3IAM2 3CTFA 3D0ZA 3HJOA 5J5NA 5JWRB 4HQSA 3VI7A 3GNJA 5HFGA 3TJGA 1EOGA 4NPBA 2LSTA 3KM6A 1RW1A 5IO2A 5B6NA 5KN3A 3EMXA 3TUEA 3WGXA 1SL1B 2IPAA 4ECBA 4EL1A 1GSQA 2PU9C 3I9V2 2LUSA 1XVWA 5G1KA 3DWVA 2PN8A 2IFQB 1OE7A 3TJJA 1WOUA 4HZ4A 1Z7RA 4TXOB 4KDXA 2VM1A 2KHPA 1YF1A 3FKFA 4FO5A 1FHEA 2KLXA 22GSA 4TR3A 2B6MA 1HQOA 1GTAA 2XPEA 1HYUA 1B48A 2IMEA 4X43A 1T1VA 1XPVA 2F9SA 3UMAA 2IFQA 2JZSA 3KMNA 3CYNA 2O85A 1ST9A 1X0RA 4TXOA 2GSRA 3EWLA 1B4QA 2FNOA 3TKSC 2GDRA 1GTUA 1X5DA 2OADA 3RDWA 2OE0A 4J57E 4I97A 2H1GA 2C4JA 3ME7A 1DE2A 4E8HA 3UOMA 1SL2B 2DMMA 2V6KA 4J2FA 5GAPD 4O7HA 4GWRA 1H75A 5F0GA 1TI3A 4PUFC 3A5WA 1W4VA 1EOHA 4MABA 4HU7A 3ZVJA 2LQQA 2IMIA 5AISA 4HEA2 2ON5A 1SKSB 4I6XA 1T4YA 4IW9A 4LL1B 3D22A 1GSYA 2L5OA 2JSZA 3TJFA 4ZB6A 1NM3A 2A2RA 5J41A 1Y25A 1LU4A 3GSTA 1VF4A 1GSDA 4KGIA 5IMCA 2RM5A 4TW5A 2YP6A 3TOTA 2H66A 2DJKA 2CX4A 1A8LA 2LJKA 2WB9A 1DBYA 1GUMA 4YQVA 4KDYA 4LMVA 5E59A 2R37A 1TU7A 1ZCPA 3M0FA 1PSQA 2VCWA 2P31A 3QDNA 3IC4A 1A24A 2OACA 2H19A 3GA4A 3KTBA 2DIZA 3UVHA 1VF3A 1V57A 2H6XA 1XOAA 3TDGA 2FWEA 17GSA 3GRXA 1PL1A 3QOUA 1PRXA 1THXA 5DAKB 5ECSA 3SWLA 1GWCA 4V1Ag 2HT9A 2YANA 2B1LA 2DBCA 3EVIA 5D96A 3L9SA 4Q5FA 2GSTA 4K7IA 3KCMA 2HYXA 4PGTA 3GFKA 2OBKA 3IV4A 1BYEA 1MD3A 2JADA 2WRTA 2XBIA 5CRGA 3ZFLA 3ERFA 3UIWA 1V2AA 4K8MA 5DAKA 18GSA 4XIHA 5EPFA 3CSHA 3VURA 3ZMLA 4MJEA 4PNFA 3TRXA 4XS6A 19GSA 3JCML 6GSTA 1FB0A 1ZL9A 1WJKA 3KH7A 1U3IA 5G2ZA 4ILFA 1ZYEA 1K0AA 4TVEA 4LA1A 3F6DA 4TN8A 4NAXA 2X99A 5G31A 2K8SA 5B6MA 4IP6A 3DYRA 4XCSA 1M2BA 1FAAA 3WT1A 2N5BA 1BEDA 3APOA 1EZKA 2L4CA 1NHYA 2P5QA 3TKSE 3FR3A 1T7PB 1ZMAA 3F3QA 2R6KA 3F4TA 4IN0A 1Z3EA 1WP0A 1R7HA 4OO4A 4XRAA 3VI5A 2M72A 2P5RA 6GSYA 2WGRA 1GLQA 3Q18A 2FUG2 5ECLB 2L57A 3C7MA 2VO4A 3N5OA 4RUVA 1T00A 3IPZA 3HDCA 2N5AA 2F8AA 3EE2A 3DVWA 5HR1A 2B5YA 4ECJA 1M2DA 4IJIA 3A2XA 3EMPA 4ZXGA 3CRTA 2K18A 3QAGA 3L9UA 12GSA 4BVYA 1XVQA 2GTUA 3Q74A 1EWXA 2FA4A 1FO5A 2ALBA 4AF2A 3GIXA 1B9YC 4AJ8A 2C8UA 2BJXA 1FVJA 1TRUA 4WF5A 3GSSA 4WR5A 4EXJA 3GL5A 1A2JA 3C1RA 1F9MA 1ZGNA 3IK9A 5CNWA 2WZ9A 1X9WB 1GTBA 1NW2A 5CREA 1YKAA 1A2LA 5DALB 2ZCTA 3HHVA 5COHA 2C80A 7GSSA 2CVDA 13GSA 3ZTLA 1E6BA 1NSWA 3C8EA 1KBNA 2CVBA 4ML6A 4N0VA 5DDLA 1E2YA 3DIEA 4DSRA 4PNGA 5G1LA 1TKDB 1V40A 20GSA 2AB6A 5DALA 1ON4A 5J9CA 3O6TA 3ZL5A 1X5EA 1QGVA 2OA7A 3MSZA 1CQHA 3M3MA 1THOA 5LD0A 3LXTA 2DJJA 3APQA 1A2MA 3FW2A 4MZWA 1A0RP 4PUAA 1QK8A 2VCZA 2GS3A 1EP8A 1K3OA 4BVXA 2V1MA 4XTSA 4GSTA 4F0CA 5D9WA 1AQVA 1F6MC 1BAYA 1TK8B 3IHQA 1K3YA 1A8YA 1K0NA 2JZRA 4NV5A 5IO0A 4GXZA 2H0HA 3MAKA 1AQWA 1PA3A 3U5RE 5DCHA 2YCDA 4OMVA 1C72A 3ZREA 3FY7A 4GQFA 4F82A 3CMIA 4IGJA 1K0DA 1PN9A 1KNGA 1R5PA 2I9HA 2B7JA 3F0IA 3H79A 4ZB8A 2YZUA 3GH9A 1OC9B 1T3BA 5GSTA 3IXRA 3TRQA 5FT3A 5HFKA 4MH3A 4MF5A 3ZFBA 3Q19A 2C3QA 5IMFA 5D9TA 2JU5A 4TR0A 3BCKA 2I3YA 3HVSA 1K3LA 1TJDA 1GSSA 2WDUA 4QL9A 3TKQA 1CQGA 1OC9A 5DQSA 3ED3A 4OFMA 3HCZA 3IBHA 1V9WA 4NV2A 4YAPA 2R5GA 2YWIA 2H6ZA 4HU9A 4ZBAA 2CVKA 1GSUA 2CQ9A 1YF0A 2C0FA 2OBIA 3KGKA 3RBTA 2FWFA 4J56E 2YWNA 5B8AA 2EIRA 1TK5B 4K6XA 2GLRA 2RIIA 2F8FA 3NOFA 5D93A 4WR4A 4HOJA 1UC7A 5IOWA 2HLSA 4L0UA 4PX1A 4KA0A 5ECQB 3HA9A 3IOSA 4IP1A 1YQ1A 1HNBA 4OO5A 5ENUA 2N5FA 4F9ZA 1U3AA 2WULA 3VWWA 3P7XA 3I69A 2NPBA 2LQOA 1YEXA 1DUGA 2PVOC 1YKCA 3VWUA 3LGCA 5HR3A 4HQZA 3A2WA 2JL4A 3F4SA 1AW9A 2B7KA 3E3EA 3LQ7A 4IKHA 1ILOA 2KUCA 4ZBBA 16GSA 1J9BA 1GUHA 4ECIA 3TRPA 1G7OA 1K0MA 1HD2A 4O5RA 3WD6A 4H86A 2QGVA 5CP1A 3KEBA 1SU9A 2H1AA 1R5AA 2KOKA 3ZVJD 1ABAA 2RLIA 5A4UA 3TKSA 2AUVA 5ELGA 3DKSA 4I8BA 1XW9A 4BWQA 3A3TA 1SK2A 2VL9A 1OKDA 1SK0A 4GLTA 5EVOA 3FHKA 6GSWA 5JWOB 2HXKA 4TXVA 3DXBA 2FY6A 4AGSA 3LFLA 1EV4A 1IYIA 5ECMB 1DSBA 3ZITA 5CAXA 1DE1A 2HZEB 1QFNA 2WJUA 3LSZA 5AGYA 1A0FA 3GKMA 4GCIA 4MF6A 3N9JA 1PKZA 4MJCA 3RPPA 4XS1A 3EU3A 1F37A 1OC3A 1XW5A 4WBRD 1Y6EA 5A4WA 2K9FA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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