3DLRA

Crystal structure of the catalytic core domain from pfv integrase
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
186
structure length
155
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGSLLQEIRTSLYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human spumaretrovirus
molecule keywords Integrase
total genus 53
structure length 155
sequence length 186
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3dlrA00
3WNHA 4CEAA 4AH9A 4CE9A 3LAKA 4DU1A 4M3TA 3DM2A 2PYJA 1BQMA 4BDZA 2KFNA 3HT3A 3CM6A 1NJZA 4CGJA 5KGWA 5KRSA 1QQCA 1FK9A 1VSIA 3IG1A 4CJKA 1JLFA 1RBUA 1S9EA 1U49A 1NKBA 4B9SA 1WSFA 3F73A 1BISA 1IH7A 3AVKA 5J2NA 1TV6A 3F9KA 4B9LA 4J2AA 4KHWA 3C6TA 3HYFA 4CF2A 5KTQA 3L2RA 3DLHA 3PY8A 3AVMA 4DSLA 1J9AA 4C8LA 2ZE2A 4DFKA 4B9VA 5FRNA 1Z25A 3TWHA 1BHLA 5HROA 3VQ6A 2FC0A 3OYAA 5SWMA 3AVFA 4DTJA 1UOCA 5J2QA 3QERA 1ZBFA 4MQ3A 5HRRA 3TI0A 4KB0A 1JLEA 4OGCA 3OJUA 3SJJA 1VSJA 3AVIA 1RTDA 4NCAA 1DLOA 4B8CA 5T7BA 3KK3A 1RT6A 4HCCA 4BWMA 4FLWA 3QETA 4I9QA 4Z4EA 4I2PA 5CYMA 3L3VA 4GW6A 3RMCA 1NKCA 1CXUA 2OPPA 3V1OA 3DOKA 2B5JA 1G15A 4E1NA 4B9MA 1YVUA 4JRQA 2YNFA 3OS1A 4FYDA 3D45A 1HNIA 5KI6A 1QSLA 2XY6A 4FJXA 2OPRA 3IRXA 4AILC 1BGXT 3AVJA 4E1MA 1D9FA 3CG7A 5CZ2A 4DF8A 4C8OA 4FXDA 1T7PA 4LSLA 1VSFA 1A5XA 3OYGA 1QTMA 1KLNA 4FJHA 4FK2A 4PQUA 4KAZA 1WSGA 4XIUA 1TKZA 1SUQA 5HBMA 4CHQA 5EU7A 4NYNA 4HVJA 1HRHA 3AO1A 4H4MA 4CJRA 1BIUA 3G0ZA 1NKEA 3QEWA 4CJ4A 4DFMA 1BQNA 4I9LA 1T05A 1RTJA 2FBYA 1VRUA 3EY1A 4CESA 2IGIA 3ITHA 3LALA 4DTXA 3HVRA 1QSSA 1RTHA 4CJLA 2A1RA 3C6UA 1SKSA 2YKMA 3NF7A 4DQIA 3CFPA 1HYVA 2X74A 3G10A 4M3YA 3AVNA 3VQ9A 1YTUA 1JLGA 5JS2A 3PX0A 1HPZA 1C1AA 4KFBA 4CEOA 3DLGA 4F2SA 1RDDA 4J2DA 2PZSA 2XY5A 3I0SA 2E4LA 1RTIA 3NAEA 4CJQA 1F21A 2D0CA 4LSNA 3NFAA 3OS2A 3SPYA 1NK4A 4N76A 3TAPA 4AHCA 2HHTA 2JLEA 1GOAA 4CHNA 1S6QA 4JRPA 4M3UA 1TK8A 1RT1A 3PX6A 1JKHA 3VA3A 3QEPA 2KZZA 1ZBUA 1IG9A 5KRTA 3HPHA 4O4GA 1GOCA 2Z1JA 4C8NA 4DG1A 4DF4A 3V81A 3NF6A 4CHPA 4K8XA 1U4BA 1WSEA 2D0AA 2XY8A 4CEDA 3OYBA 4ELTA 3ALYA 3LP3A 5J1EA 1L3TA 2B4JA 4PY5A 4ID1A 4OKEA 3MEDA 1CXQA 2Z1HA 1A5WA 2HVIA 2G8VA 4FJ8A 1EETA 3ZT1A 4O0JA 1LAWA 3NE6A 3OYLA 4OLBA 1JLCA 5C24A 2QK9A 1WLJA 4AHTA 3L2UA 3LWMA 3VQAA 3OYFA 1T8EA 1WNSA 4OKJA 5JS1A 3NF9A 4Z4FA 1RBSA 4BE1A 1NJYA 2W42A 3ZCMA 4AHVA 4CGIA 4DTRA 2HMIA 4FJ5A 3PO5A 2PY5A 4Q5VA 2VG6A 4NYFA 1RBVA 2HW3A 4CFBA 3DI6A 3CFOA 4FCYA 1Q9XA 3K58A 2OPQA 2DFEA 3AVAA 4DU4A 3TARA 4AHSA 1EXQA 4FM2A 3RWUA 3V1QA 1FXXA 1NK7A 4B9TA 4N56A 4LH5A 4HUFA 4M3WA 4E0DA 3PUFA 1S1UA 4CHYA 1S5JA 3JSMA 2KW4A 4CGDA 5E41A 3KLGA 3TAQA 1IO2A 1B92A 1C1CA 2WOMA 4KTZA 2G8FA 4FZXC 4IDKA 4O5BA 5KGXA 4OLAA 4ZTFA 4KI6A 4CJPA 2F96A 3L3UA 4FJ9A 1X9MA 3LZJA 5I3UA 4ZHRA 3M8QA 4DSKA 4CJ3A 3RMBA 5CYQA 3QINA 1HNVA 2RKIA 5FDLA 3ZSVA 1N5YA 4DLGA 4W5NA 1WSIA 2OZMA 4DSEA 2OPSA 2HNDA 1X9WA 1O1WA 4PUOA 3ISNC 4FJGA 3HPGA 3A2FA 4DTNA 3PV8A 3THVA 3LP0A 4RG8A 4BE0A 1KFDA 3VQDA 3VQQA 3NH2A 4BDYA 3I0RA 4CK3A 1RILA 1S1VA 4E89A 3MXMA 4TSXA 3T3FA 2P5OA 3MEGA 2F8TA 4QOZB 4E19A 1VSKA 4DSFA 4EZ9A 2E6MA 3DLEA 4B8AB 4I7FA 3KLEA 4F3TA 2D0BA 4K8ZA 4CJ5A 4KHNA 2AJQA 4DU3A 1XC9A 3B6PA 1HMVA 1X1PA 3V9WA 3TABA 4C8MA 2EX3A 3PX4A 4CIGA 3WNEA 2HHVA 3O4NA 3AA2A 4CEQA 4Y1CA 2IDOA 2KZMA 4DTUA 3SQ0A 4FW1A 3LWLA 1QHTA 2DFHA 4FLYA 1TKTA 3SQ4A 4DSJA 1KTQA 1REVA 3O3GA 2DTUA 3LAMA 3U3GA 4FJIA 3CFRA 1S9GA 1ZYQA 4CEBA 1UA0A 1XHXA 3V9XA 4E7HA 1NK8A 4JS5A 1TL1A 1GOBA 1SL1A 2GBZA 4QAGA 4CJUA 3OYNA 3SV4A 4IFVA 1LWCA 1X9SA 3SUNA 2R7YA 4DS5A 2ETJA 1KRPA 4B9UA 3AO5A 4LY7A 4CF1A 4M3ZA 1YTAA 3EZ5A 3K57A 1HYSA 4CF0A 2FBXA 1HJRA 4CHZA 3TR8A 3LPTA 3DYAA 1HYZA 1U04A 2GV9A 3C94A 2XY7A 1EX4A 3VQBA 3DRPA 1TK0A 4O0IA 3QEXA 4CJFA 3SYZA 2RPIA 4I2QA 4KRFA 4Q0BA 1DTTA 1Y97A 2X6NA 3WNFA 1LWFA 3WNGA 4CERA 4OPJA 4C8KA 2HHUA 4CCHA 3MAQA 4DS4A 4KI4A 3V9ZA 4CGHA 4KHSA 3ZT0A 4CK2A 4MFBA 1ASWA 1RDAA 2YKNA 1HQUA 1KLMA 3B6OA 5DMRA 2B6AA 1NOZA 4M3RA 3ZT2A 3AVHA 3L2QA 1U48A 4R5PA 2Y1IA 1RDCA 3KLIA 1JLQA 2ATQA 3HM9A 4L8RB 3MXJA 3EYZA 1WSJA 3NBPA 3V1RA 4FM1A 3HSTB 4DTPA 4N5SA 4DSIA 3QO9A 3ASMA 1U45A 3M8RA 3LDSA 2YNIA 4N47A 3KD1E 2HHXA 4FW2A 4KV8A 5J2PA 1VSDA 3P1GA 3HL8A 4CFAA 3O3HA 2HHQA 1BCMA 4W5QA 4E7IA 4Z0UA 4NCGA 3O3FA 2Z1IA 3DRRA 3LZIA 4FK4A 2YHBA 1S6PA 3DLBA 4FJLA 1UA1A 1RDBA 4NCBA 2JGUA 4O55A 1U47A 3AO3A 1LWEA 3HVTA 2X6SA 3BGRA 1RT4A 1J53A 3ZSZA 2D5RA 4HHTA 3AA5X 4IG0A 3KK2A 1NK5A 1LW2A 1HQEA 2G8KA 4DQQA 3RMAA 2G8HA 4E7LA 1RCHA 4YFUA 4HUGA 4B9NA 4UQGA 1TL3A 3OYDA 4JLHA 5FROA 1D5AA 2YNGA 4DTOA 1C0TA 1ASVA 2ZD1A 3ZSXA 4FLXA 3AVGA 3VQEA 4F4KA 1S1TA 2HB5A 4F3OA 1RT2A 3VN5A 4CFDA 4KB1A 2XRIA 4OPKA 4CFCA 3AA3A 4H8KA 2LSNA 4HCBA 2BGGA 4CJTA 2HVHA 1IKXA 4B3OA 4KTQA 5DK5A 3SZ2A 2IAJA 3V4IA 4BACA 3IS9A 3RMDA 4Y1DA 1SV5A 1W0HA 1RT7A 3DLRA 3OYEA 1BL3A 4H4OA 2O4GA 2XO7A 1QSYA 3ZSOA 3ZT3A 4DMNA 2KTQA 4CIFA 3CYMA 3ZSYA 4DWIA 4CJSA 3QEVA 3V9SA 3KD5E 2YNHA 4EP4A 4DFJA 2Y1JA 2RN2A 1NOYA 3KLFA 4W5TA 4FM0A 1EKEA 3OYIA 3BDPA 4ICLA 4RW8A 4IFYA 3NCIA 3VQCA 3H08A 2Z1GA 4PWDA 1JL1A 2G8WA 4CGFA 3KIOA 3K2PA 3LP1A 4BE2A 4LD0A 3DLKA 4W5RA 5C25A 4EZ6A 3HJFA 3M8PA 4CHOA 3VQ4A 3OY9A 4KO0A 4M45A 1SKWA 3MXIA 4CEFA 4FLZA 1K6YA 1TK5A 4Z4CA 3S3MA 1LW0A 4G1QA 5C42A 1BCOA 2EHGA 3SNNA 3UIQA 3AVBA 2HNYA 2NUBA 3RR7A 4FVMA 4B08A 1L5UA 3ZSQA 1Q9YA 4FJNA 1YT3A 4DTMA 1WSHA 4DQRA 4E7JA 1VK0A 3DMJA 4GVMA 3KJVA 4GMJB 3SCXA 2OYQA 2F8SA 3P5JA 1J54A 1VSHA 1D9DA 2O4IA 1JL2A 3ZSRA 3TAEA 2Q3SA 3QNNA 3RRGA 1VSLA 1IKVA 3SI6A 3SPZA 3NDKA 4CEZA 4F8RA 1LAVA 1NJXA 1ZBHA 3OYJA 4CJWA 4DQSA 3VQ8A 3AO2A 3K5MA 2ZQBA 3D0PA 4BDPA 4CJEA 4J2EA 2QXFA 1VRTA 3OYHA 4O44A 3IAYA 3K5LA 1SL0A 2FBVA 2P51A 3C95A 4Z4GA 1T03A 1TVRA 3CM5A 1IKYA 2VG7A 1A5VA 1VSMA 1KVCA 1FKOA 2VWKA 4KHYA 4CJVA 1WN7A 4CIEA 3HO1A 1KSPA 3ZT4A 3SQ2A 4KTWA 4M3XA 4J2BA 4QCLA 3NH1A 4AHUA 3TAFA 4ID5A 1B9DA 4FJJA 3NGZA 3AO4A 4KREA 2A1SA 1L3SA 1BI4A 3ULDA 1BI4B 3KKRA 2ITGA 3V9UA 1ZBLA 2IC3A 3T1AA 3OYKA 1CLQA 1RBRA 3QLHA 3NGIA 4E7KA 1TKXA 4CK1A 2I5JA 1MU2A 1NK0A 2QKKA 3RR8A 2KFZA 1QS4A 4YNQA 3DRSA 3KK1A 3JYTA 1WAJA 4RW9A 1S1XA 3HP9A 1ZBIA 1I3AA 3V6DA 3KLHA 1JLBA 1CZBA 3VQ7A 2IOCA 1VSEA 3KKSA 3S3NA 1N6QA 4HTUA 3NF8A 1C6VA 1XWLA 2X78A 4IG3A 4OGEA 3QIOA 3M8SA 3AA4A 2IS3A 1Z26A 3LP2A 4JS4A 1NK9A 1Q8IA 3LPUA 3TAGA 3LANA 3PO4A 1KCFA 5CZ1A 4M41A 3AVCA 1ITGA 4BWJA 5J2MA 2YHAA 3QESA 4F2RA 4FLTA 3VQ5A 3L2VA 2WONA 3OYCA 1TGOA 2XHBA 4N41A 4Z4HA 5D3GA 2HHWA 4EP5A 3HPOA 4OJRA 3HP6A 3QNOA 3SUOA 3AVLA 5I42A 1ASUA 2HHSA 4HUEA 2DY4A 2QKBA 1RT5A 1I39A 3L8BA 3SV3A 3QIPA 1L3UA 5HRSA 3T19A 1NK6A 2OA8A 2BE2A 3TAMA 2BANA 4OVLA 3FFIA 3SUQA 4KPYA 4FJ7A 1KVBA 1QE1A 3OS0A 1JLAA 3VA0A 4WE1A 1KFSA 2FBTA 3DOLA 4DLEA 1L3VA 2RF2A 3HK2A 1RT3A 1B9FA 5K14A 3HXMA 1BIZA 1SL2A 4FZYA 4KHUA 3L2WA 3S9HA 1UWBA 5FRMA 2YV0X 4OKKA 4KHQA 4Z4IA 3I8DA 1XI1A 4W5OA 1UAXA 2E6LA 1KVAA 1TAQA 1C1BA 2P5GA 4CEEA 5HRPA 1JXEA 3NGYA 4ZTJA 4FJKA 1R0AA 2DFFA 5SZTA 4PA1A 3NH0A 3K59A 1RNHA 3ZSWA 2OZSA 4RW4A 1C0MA 3VQPA 3U6FA 3MECA 2PYLA 1IKWA 3RRHA 2G8UA 4FK0A 2VWJA 4CF8A 3E01A 1C0UA 5CY4A 4DTSA 1XHZA 3NHGA 1TAUA 1S1WA 3MEEA 3SQ1A 4IKFA 1DTQA 1NJWA 1FKPA 3OVNA 5HLFA 1TKDA 1SKRA 4ELUA 1RBTA 4FLVA 2G8IA 4FLUA 3O4QA 1WAFA 4KKOA 3RTVA 1CZ9A 1JXBA 4CF9A 4IBNA 3OYMA 5HP1A 3TANA 5HRNA 1EP4A 2HNZA 4RW6A 2VG5A 4CGGA 2GUIA 4M42A 3SUPA 3QEIA 4CECA 3K5NA 4DFPA 1W9HA 4E3SA 4FJMA 4DQPA 4LH4A 2P1JA 1LV5A 1D8YA 3OJSA 3U3YA 4ELVA 3P83D 3CQ8A 3KTQA 4AHRA 3S3OA 1J5OA 4RW7A 2BDPA 2KQ2A 4FZZA 3K5OA 3AV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YHQN 3DM2A 3DXMA 2PYJA 4BDZA 3O9TA 2D4WA 3HT3A 2KFNA 4CZMA 3T1HK 5KRSA 1FK9A 1U49A 4B9SA 1EWQA 5J2NA 1TV6A 3RVCA 4B9LA 2O8CA 3BP8A 4CF2A 3HOTA 5BRFA 3L2RA 3DLHA 3PY8A 1HUXA 4DFKA 4DTJA 3CETA 5HRRA 2AP1A 3O4WA 1VSJA 3Q7CA 3WT0A 3KK3A 4Z4EA 1RT6A 3VOVA 3L3VA 4GW6A 3LDQA 2OPPA 3V1OA 4JRQA 5KI6A 2ZWHA 3DJCA 4AILC 2O8FB 3AVJA 4HTLA 1BWFO 1X3NA 1A5XA 3U8XA 1KLNA 4KAZA 5HBMA 4CHQA 4HVJA 4DR6K 3AO1A 1BIUA 4NLCA 1BQNA 4I9LA 5HL7L 4DTXA 3HVRA 1SKSA 4MLHA 4GKKK 3H3NO 3PX0A 3ID6A 4M7YA 4B1VA 3DLGA 1RDDA 2VGNA 2PZSA 1NK4A 1F21A 3THYA 3EKUA 2HHTA 1GOAA 4JKEA 4CHNA 1NGAA 4M3UA 4WQ4A 3CD6N 2P9NB 3KZBA 5KRTA 1GOCA 4DF4A 5AR0A 3NF6A 4CHPA 1GLAG 5AQLA 3CJAA 4PY5A 1IJJA 2P9IB 2B4JA 3C7NA 5AFUA 1CXQA 2HVIA 3ZT1A 4O0JA 3C0BA 3OYLA 4KHPK 2QK9A 3CXCM 5JS1A 4FPBA 1WNSA 1ZC6A 2W42A 2E20A 3DLLL 4AHVA 4CGIA 2PY5A 4EHTA 2VG6A 4NYFA 2UU9K 1GLDG 3CFOA 3WXIA 4FCYA 3SMPA 3K58A 2DFEA 3LDLA 3TARA 2P9PA 1NK7A 4JI3K 3THWB 4HUFA 4H0TB 1S1UA 3JSMA 3CCSN 1IV0A 3KLGA 2G8FA 2ZJQL 5KGXA 4AF1A 4CJPA 1C0GA 1X9MA 3D2EB 3M8QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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