3DLRA

Crystal structure of the catalytic core domain from pfv integrase
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
186
structure length
155
Chain Sequence
QKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGSLLQEIRTSLYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional and structural characterization of the integrase from the prototype foamy virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Transferase
total genus 53
structure length 155
sequence length 186
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3dlrA00
4MFBA 4I9LA 1CXQA 4W5RA 1MU2A 3ZT2A 4O44A 3K59A 3OYLA 2QXFA 3HM9A 3AO4A 3VQEA 3SJJA 4CJRA 1KFSA 1HQUA 4W5OA 2PY5A 4FJLA 3NF8A 5KGXA 4CHZA 1X1PA 2LSNA 4Q5VA 3OYHA 4OLBA 4QCLA 2G8VA 3QESA 3I0RA 1VRUA 3L2WA 2Y1IA 2DFEA 4RW8A 1WSIA 3KLGA 1WLJA 4IBNA 4HTUA 4CHYA 4DG1A 5HLFA 1QTMA 1RNHA 1NOZA 2OZMA 3MECA 5DMRA 3QEVA 1KVBA 2RPIA 4OPJA 1U45A 2FBXA 4Z4IA 1JLBA 3RWUA 4AILC 3LANA 3OYIA 4ZTJA 5KRTA 3V9UA 3LP1A 3L2UA 1SKRA 1BQNA 3QETA 3OJSA 2NUBA 4FK4A 4B9LA 3DYAA 3V9SA 1L3VA 1J54A 3VQCA 3OYBA 1YT3A 1J53A 1JLEA 1RTHA 4TSXA 2KFZA 3LPTA 4FXDA 3M8QA 3RRGA 1K6YA 1B9FA 3VQ4A 4O4GA 5FROA 4DQSA 4DTMA 4KHUA 2HNZA 3SV3A 3I0SA 3M8RA 2XO7A 4J2BA 5DK5A 4KI4A 1C1AA 4PY5A 4NYNA 1TKDA 4QOZB 1KLMA 1NK4A 1BIUA 3ZSXA 3ZSQA 4HHTA 4DTUA 4FYDA 4B9NA 2EX3A 4KHWA 4C8KA 3SQ4A 2HHVA 1Q9YA 2P51A 1LAVA 5J2QA 1BL3A 3AVHA 3NF7A 3LWLA 4DQQA 1TKTA 4OKEA 1BIZA 3EYZA 2YHAA 4DTJA 4CERA 1UWBA 1NK6A 1T8EA 3THVA 4AHCA 4Y1CA 3OY9A 1HRHA 1UOCA 4KHNA 4FJXA 3S3NA 1I3AA 3PY8A 2IDOA 3C6TA 1FKPA 3P5JA 2G8FA 1VSLA 1VSEA 1EP4A 5KTQA 1NK5A 2KW4A 4FVMA 1QSSA 4GVMA 1YTUA 3NH0A 3L3UA 4CJKA 3ZSWA 1TL3A 1RT2A 1EX4A 3DLRA 3NGYA 3QNOA 2RF2A 3O4QA 4M3TA 1RT4A 1VSJA 4OKKA 3EY1A 2FBYA 4CK2A 3OYAA 3QEIA 1T7PA 4K8ZA 3RR7A 3DLGA 2YKNA 4CJUA 4KB0A 3K5OA 3LAKA 2KZZA 4RG8A 3VQ5A 4FLTA 4Z4EA 4Z4HA 4CEFA 3WNFA 1EETA 1LWEA 4CEZA 2KFNA 1JL2A 3L2QA 3ULDA 4DU1A 2OPPA 3G0ZA 4JS5A 2OPSA 1C1BA 4OVLA 4H4OA 4CGIA 4CJSA 1J5OA 4Y1DA 2HHSA 4FJ8A 4ELTA 4CESA 3AA3A 3K5NA 4CJVA 3QERA 3I8DA 5CYQA 3V4IA 4ZTFA 1X9WA 2KZMA 3TI0A 4CFDA 4I7FA 5I3UA 2VG7A 4FW2A 2OZSA 1IKXA 1SL2A 1R0AA 1NK7A 1NK0A 1HJRA 4DTPA 4H4MA 1TV6A 3NGIA 3RRHA 4DFKA 1TK8A 1RBTA 2RKIA 3ZCMA 3WNHA 3MEDA 4FM2A 3C95A 3VQQA 1KFDA 3VQDA 3EZ5A 5CZ2A 1DTQA 1WAJA 2F8TA 4BWMA 3PO5A 2XY5A 1S5JA 3OS0A 5SWMA 3K5LA 4W5NA 3B6OA 1QHTA 4G1QA 1HYVA 3RMAA 4F4KA 2X6NA 4XIUA 4HUGA 4F2SA 3F9KA 3H08A 4FLUA 4DQRA 2YNGA 4I2QA 1QSLA 3WNEA 3AA2A 2BE2A 2Z1JA 4DSKA 4K8XA 1RILA 2D0BA 1U48A 2B5JA 1IKVA 4FJHA 1HNIA 3TAPA 3NH2A 1RBSA 1ASWA 1BHLA 1S6PA 4CHPA 4FLWA 1NJWA 5E41A 1ASUA 3NF9A 3SPZA 3LZIA 3SQ2A 2HW3A 3VA3A 3LALA 3UIQA 3NDKA 1G15A 3TWHA 1KLNA 2DFFA 4EP5A 3KD1E 3L3VA 3ZSYA 3HP6A 4DLEA 4NCGA 1RT5A 3JYTA 1JLGA 4E7IA 4KHSA 1RCHA 3AVGA 1DTTA 4AHTA 1RT3A 3B6PA 4CEBA 2IAJA 3KKSA 3HK2A 4PUOA 3NFAA 1JLCA 4DTRA 3SUPA 4L8RB 1CZBA 4F8RA 3HPHA 3OYFA 1HYZA 4CFAA 2KQ2A 1SL1A 2YNHA 5C24A 2Z1GA 4FJ5A 2Q3SA 4HCBA 3OYEA 5FDLA 5T7BA 5FRNA 3PX6A 4I2PA 4KV8A 4ELVA 2HHTA 1BGXT 1RT6A 3QIPA 4Z4CA 1L3TA 2VWKA 3VQBA 3HO1A 3D45A 3TAGA 3S3OA 3M8SA 3OYNA 3QO9A 5CYMA 3BGRA 3HPGA 3T1AA 4E3SA 1U47A 3DI6A 3JSMA 1NJYA 4LH4A 4KRFA 1S9GA 3L8BA 4C8MA 3AVBA 2PYLA 1VSMA 2KTQA 1NK8A 4RW4A 4FLVA 4N41A 3TAQA 1D9FA 4LD0A 4PQUA 3AVNA 3DRSA 4CJ3A 1WSGA 4FJJA 3SQ1A 2A1SA 2D0AA 4B8AB 3AVIA 5K14A 3TR8A 1UA0A 2W42A 1YTAA 4E0DA 2O4IA 1LW0A 4DSEA 4F3OA 1WSFA 1QQCA 1NJZA 3RR8A 4B08A 4W5QA 4M3YA 3CYMA 3CG7A 3PUFA 1F21A 1C1CA 3AA4A 3HL8A 3KKRA 3M8PA 3NAEA 4DSFA 3OYDA 1T05A 3MEEA 4FJGA 1KVCA 2GV9A 5HRNA 4M42A 2ZQBA 4FJIA 1Z26A 4DWIA 3CM5A 1U4BA 4NCAA 2HNYA 4FK2A 3ZT0A 1A5XA 1W9HA 5KI6A 4FZZA 3OS2A 3DLKA 3T3FA 2F96A 2ZD1A 3NCIA 3LDSA 1CXUA 3KLIA 4PA1A 3V9XA 4C8LA 4ELUA 3RMBA 5HROA 1QE1A 3DM2A 4M45A 3HJFA 3KLEA 2O4GA 2YKMA 1ZYQA 1IO2A 1BI4A 4BDZA 3CFOA 4CIEA 1LW2A 3QNNA 5CZ1A 3O3GA 1GOAA 4RW6A 1W0HA 1RTJA 3OVNA 3QLHA 3AVFA 4EZ6A 4CJ4A 3QIOA 4FM1A 3OYGA 1IG9A 4KTQA 1VRTA 3OYJA 2HHQA 3HP9A 5HRPA 3TARA 5J2PA 4AH9A 3ZT3A 3HVRA 1GOCA 3HXMA 3DLEA 3DOKA 1D9DA 4OGCA 1ZBLA 1QSYA 1RTIA 1S1VA 3AO5A 3OYKA 4KHYA 3WNGA 1RT7A 4IKFA 1KVAA 1N6QA 5D3GA 2HVIA 2Z1HA 3V1RA 4N47A 3OYMA 1EXQA 3OYCA 4E7HA 3SPYA 1ZBIA 1L3UA 1L5UA 3NGZA 1VSHA 2IOCA 4M41A 3P1GA 4YFUA 1JL1A 3ALYA 4WE1A 1RTDA 3IRXA 3DRPA 2R7YA 3KK1A 3V9ZA 4DFPA 3RTVA 3AVKA 1WAFA 2A1RA 1BI4B 4HVJA 4DSJA 1RBVA 3AV9A 3K57A 1GOBA 3DRRA 4CE9A 3F73A 4YNQA 5HP1A 4BWJA 3ZSOA 4CF9A 1REVA 4N5SA 3LWMA 3SNNA 3V1OA 3AVCA 1FXXA 1ZBUA 4CJEA 3KK2A 3NE6A 1WSHA 4FM0A 2E6LA 3DLBA 3VQPA 1B9DA 1FK9A 1TVRA 2VG6A 4BDYA 3CFPA 4DS4A 3SUOA 1U49A 5SZTA 1LWCA 3MAQA 2YNIA 3VQ6A 4B3OA 3QEWA 2JLEA 4RW9A 1L3SA 4CGFA 4M3WA 3AO3A 3OJUA 4KHQA 1S1WA 3CFRA 4Q0BA 2DTUA 4DTSA 1TAQA 4CEOA 4BACA 3DLHA 2F8SA 2OA8A 3ASMA 3VQ7A 1S6QA 4C8NA 1SKSA 2P5GA 1SL0A 4B9TA 1BQMA 2WOMA 2JGUA 1VK0A 2P5OA 4I9QA 3C6UA 1UAXA 5C42A 4FZYA 1JLQA 3DMJA 2ITGA 1HMVA 3SYZA 4EP4A 2X78A 3U3GA 2WONA 3PX4A 4CGJA 3SI6A 3TANA 2YNFA 4LY7A 3HSTB 4B9UA 3TAFA 2PYJA 4DU4A 4DQIA 2XRIA 2HMIA 1NK9A 4KTZA 1RBUA 3AO2A 1QS4A 1BISA 3NH1A 4DFMA 4O0JA 2B6AA 2OPRA 3ZSZA 1YVUA 4BE0A 4J2AA 2YHBA 5HRSA 4KO0A 4BDPA 4CIGA 3IG1A 4OKJA 4CEDA 5J1EA 2DY4A 3S9HA 2ETJA 1JLAA 2VG5A 2I5JA 3V81A 2XHBA 1A5VA 4CF1A 4OJRA 4JLHA 1NKBA 4J2EA 3MXMA 4AHUA 4E89A 3SQ0A 1A5WA 1O1WA 3PV8A 2GUIA 3P83D 2FBVA 3VQ9A 3DOLA 2OPQA 4CCHA 2DFHA 4QAGA 3SCXA 3ZT1A 3V1QA 1TKZA 4FCYA 4GW6A 3O3HA 4NCBA 5KRSA 1RDBA 1C0TA 1U04A 1TK5A 3ITHA 3AO1A 5C25A 4AHRA 4PWDA 2HHXA 4ICLA 4EZ9A 3TAEA 4CF0A 1S1TA 1KCFA 2YV0X 3PX0A 4E19A 1CLQA 4N56A 1S1XA 2FC0A 4LSNA 3LZJA 3LPUA 4DTNA 4KREA 1RDDA 5JS1A 1C0MA 4NYFA 3NHGA 4O0IA 2QKBA 1EKEA 2IC3A 4B9VA 5J2MA 4DQPA 4N76A 1NKEA 1T03A 4B8CA 1TKXA 4CIFA 4FJ7A 3TAMA 4DF4A 4JRQA 2P1JA 3A2FA 1CZ9A 1WSEA 1RT1A 1C0UA 4IG3A 1Q8IA 1XWLA 3KLHA 1VSKA 3SUNA 4FJKA 5EU7A 4DLGA 2XY6A 1RDAA 1N5YA 4DTOA 1LAWA 4CGGA 4KKOA 3CM6A 4Z4GA 2G8IA 4B9SA 5FRMA 3HPOA 4DSIA 4KFBA 3U3YA 3OS1A 4E7KA 4FLYA 2HB5A 1SKWA 1TAUA 3O4NA 1S9EA 1WSJA 4MQ3A 3PO4A 3ZT4A 4DF8A 1XC9A 1J9AA 2ZE2A 2D5RA 1LWFA 2HNDA 1B92A 4F3TA 5CY4A 1X9MA 1VSDA 3VQ8A 3ISNC 3ZSVA 2PZSA 1IH7A 3G10A 2BANA 5I42A 2AJQA 4OGEA 2G8HA 1TGOA 4CK1A 3IS9A 1WN7A 1ITGA 1JLFA 4JRPA 2BDPA 2X74A 4GMJB 4RW7A 4E1NA 4FZXC 3NBPA 3KJVA 4CJTA 4R5PA 3O3FA 1VSIA 4KAZA 4C8OA 3SV4A 1HPZA 2QK9A 4CF2A 4CEEA 4BE1A 2G8UA 1HNVA 4CFCA 4O5BA 3BDPA 4E7LA 4CJWA 3L2RA 1XHZA 3QEPA 4FJMA 2HHWA 4IFVA 4HUEA 3HT3A 1JKHA 4FLXA 3TABA 4CECA 3K2PA 3KIOA 3VQAA 2D0CA 1S1UA 4M3UA 3SZ2A 4M3XA 4OLAA 3T19A 4CGHA 3KLFA 4Z4FA 4CHOA 4KB1A 3V9WA 4M3RA 4CJLA 4CJFA 2ATQA 2FBTA 4AHVA 4CJPA 5KGWA 3KD5E 4BE2A 4KI6A 3NF6A 4CF8A 2EHGA 1JXEA 2OYQA 4J2DA 4UQGA 2QKKA 2RN2A 1XI1A 3KTQA 1ZBHA 2Y1JA 1D5AA 4H8KA 3FFIA 2IS3A 5HBMA 4DMNA 2E4LA 3KK3A 3K5MA 3K58A 3VA0A 1NOYA 4CEAA 4KTWA 4CEQA 4JS4A 5J2NA 3LP0A 4FK0A 3D0PA 4CJQA 4IDKA 5HRRA 1ZBFA 4KPYA 4IG0A 4DTXA 1Q9XA 1WNSA 3AVMA 2IGIA 2VWJA 4B9MA 4CHNA 2XY7A 1NKCA 3RMCA 4F2RA 1C6VA 3QEXA 1IKWA 1SUQA 4IFYA 3MEGA 3V6DA 1X9SA 2GBZA 3SUQA 3CQ8A 1IKYA 2G8WA 4CGDA 1XHXA 2X6SA 3QINA 3HVTA 1NJXA 2G8KA 4M3ZA 1BCMA 3L2VA 2HVHA 1KTQA 3C94A 1VSFA 2BGGA 1FKOA 3S3MA 1LV5A 1KRPA 2B4JA 4E1MA 3AVAA 3HYFA 1HYSA 3RMDA 4DS5A 4FJNA 4W5TA 1UA1A 4FLZA 4ID1A 4E7JA 1ASVA 4HUFA 1Y97A 1Z25A 3LP3A 4ID5A 3VN5A 1TL1A 4CHQA 4Z0UA 4DFJA 3LP2A 4O55A 1D8YA 3MXIA 3LAMA 4DU3A 4OPKA 1TK0A 3AA5X 4AHSA 1RBRA 2HHUA 4LH5A 1JXBA 2E6MA 1RDCA 3E01A 3IAYA 5JS2A 4CJ5A 2Z1IA 3U6FA 4CFBA 3AVJA 1I39A 1HQEA 4LSLA 4ZHRA 1KSPA 1SV5A 2XY8A 3AVLA 4FW1A 4CK3A 1BCOA 3ZSRA 4DSLA 4FJ9A 1DLOA 4HCCA 3MXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9LA 4LC9B 1MU2A 3OYLA 3HM9A 1HQUA 2F7TA 2CH6A 4Q5VA 4OLBA 2PFUA 3L2WA 3THXB 4H03B 4JI4K 4BRGA 1KVBA 3MCPA 4BR0A 4H0PA 3RWUA 3OYIA 2NLXA 1BQNA 1Z6RA 4FPAA 4PKGA 1J54A 3W3DA 1J53A 4CZEA 1BOTO 1RTHA 3THWA 3M8QA 4WF9L 2I7PA 2HNZA 4BR4A 2XO7A 4PY5A 3VPZA 4DV6K 3O9UA 1QZ6A 4OPHA 3O6WA 3CC7N 4IO9L 2GELA 1Q9YA 4LFBK 2HHVA 2QWRA 4FPBA 4OKEA 3LL3A 3PSIA 2YHAA 1UWBA 2O8BB 4AHCA 3UKUB 3OY9A 4JI6K 1I3AA 2IDOA 3K0SA 4IDHA 3C6TA 3P5JA 2UUBK 1EP4A 3O4WA 1NK5A 2KW4A 3DWLA 2V52B 1QSSA 4GVMA 3NH0A 3T1HK 3ZSWA 1RT2A 5JLFA 3CMAN 3NGYA 3QNOA 3EY1A 3QEIA 1JCEA 3U8XA 3MWPA 4WFAL 2YKNA 4B1YB 5LJWA 1T44A 2O8DA 1LWEA 4CZIA 4BC4A 4JS5A 3UE5A 1C0FA 5AZJB 2GWJA 3AA3A 3K5NA 2E1YA 5CYQA 1X9WA 4CFDA 4I7FA 1DGKN 2OZSA 1Q81O 2VQFK 1EWQA 1NK7A 1TK8A 1TV6A 3I33A 3QFPA 3TSPA 5H1SQ 3C95A 1E4FT 1Y64A 2V7YA 3VQDA 5BPMA 5CZ2A 3EZ5A 2F8TA 3RVCA 3PO5A 3L0QA 4O8UA 3F9KA 3H08A 4I2QA 1QSLA 2BE2A 2Z1JA 1SQKA 3BY5A 3THYB 5E41A 1ASUA 3SPZA 3SQ2A 3VA3A 3C6AA 3LALA 3NDKA 1HNWK 3KD1E 3L3VA 4DLEA 3JYTA 2VQEK 4E7IA 4JKCA 1ESVA 4PUOA 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2JWLA 1UAXA 2E2NA 4CVNE 1C0GA 4FZYA 3AGRA 2ITGA 3WQUA 4EP4A 2WONA 4J8FA 3TANA 3SI6A 4ISGA 4JYAK 2YNFA 3FR0A 2PYJA 4DQIA 5C12A 2HMIA 2UXBK 2ASOA 1K9MO 1QS4A 1BISA 4A5BA 1QQMA 4WCEL 2DY4A 5J1EA 5AQNA 1NKBA 3MXMA 2CH5A 4CZLA 1A5WA 3CCLN 3PV8A 3IFRA 3VQ9A 3ENBA 4DUYK 3WXIA 2FF6A 4NCBA 3E66A 5KRSA 5DM6L 3H3NO 4CD3A 5FPEA 4PWDA 1XQSC 1YVNA 3CCEN 4EZ9A 3CHWA 4E19A 1XNQK 3P38A 3PSFA 1GLFO 1S1XA 1TYQB 2FC0A 3QMLA 3LPUA 3G25A 5JS1A 4NB4A 4O0IA 2QKBA 4H5NA 5J2MA 4DQPA 4JI8K 1TKXA 4CIFA 3TAMA 3CCUN 3LDLA 1Q8IA 1XWLA 3SUNA 2KHOA 5AQMA 4FWOA 3FZKA 2FLOA 3AARA 5EVZA 2G8IA 2I7NA 4DSIA 4KFBA 1T6DA 1YXQA 4FLYA 1SKWA 2O8CA 1G99A 4CBXA 5B8HA 3O4NA 1WSJA 4MQ3A 4R79A 1XC9A 3TSUA 2D5RA 3DXMB 2NRHA 3ISNC 3ZSVA 5JVHL 4GV3A 2G8HA 4PL8A 3VEXA 5AQKA 4JRPA 2X74A 4E1NA 2E2PA 3O3FA 4C8OA 1J6ZA 1HPZA 3H3OB 4CEEA 2QK9A 3GOIA 3U4LA 5DM7L 3VF6A 3TABA 4B3RK 5EY4A 3T19A 4Z4FA 4A57A 2FBTA 1IBLK 2CGKA 4BE2A 3HM8A 4UQGA 1ZC6A 2Y1JA 1KAXA 2EWSA 2NRVA 5HBMA 4DMNA 1GLBG 2E4LA 3VA0A 3K58A 3F9MA 4IOCL 4RCHA 4CEQA 4KTWA 2VGMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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