3DMVA

Free of ligand binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmvA00
198LA 183LA 1G0PA 1L00A 3OE6A 1C68A 4W57A 1L82A 1L99A 3GUPA 1L18A 1OWZA 3HT9A 1C6HA 217LA 248LA 4YX7C 1L90A 163LA 4S0WA 1L94A 1G0GA 1L27A 131LA 1L36A 1L65A 258LA 1P37A 1L71A 1L64A 1P2RA 219LA 1C67A 1L0JA 2LCBA 1L76A 4W58A 1CV4A 230LA 111LA 1CV0A 4W59A 1P5CA 3C8SA 188LA 160LA 1XEPA 1ZURA 3OE0A 262LA 4ARQB 1L53A 4I7NA 167LA 1L42A 4I7LA 1L30A 3F8VA 2B73A 2HUKA 1L95A 1L74A 3DN8A 4YXAC 246LA 2HULA 221LA 7LZMA 1C63A 1P3NA 2RBQA 4I7JA 1NHBA 4I7RA 123LA 1T6HA 2B72A 2B6YA 1L35A 2L78A 3SN6R 1CU6A 1LW9A 1L57A 3GUKA 2RBOA 187LA 2OEAX 1C66A 4I7MA 214LA 233LA 2OU0X 2QB0B 1CX6A 3C81A 148LE 2B6WA 247LA 1L48A 1QT5A 1G06A 1L59A 1C6KA 3K2RA 1C6NA 1CTWA 3DN3A 1C61A 1L86A 211LA 176LA 1C6QA 3G3XA 2LC9A 147LA 1L31A 3C7YA 1CV5A 2RAYX 182LA 2B74A 1L15A 1PQDA 1PQOA 1OV5A 1G0KA 2B6XA 1OV7A 3FI5A 1KY1A 1L25A 1L47A 174LA 1SX2A 1D3NA 3GULA 1C6LA 1L32A 4OO9A 249LA 3SB8A 1C69A 1G0QA 2B70A 146LA 1SX7A 168LA 1L43A 120LA 2OU8A 1D2YA 1L51A 1L66A 3GUMA 4DAJA 3HTGA 114LA 109LA 1D3FA 241LA 1L87A 2OE4X 1L02A 3DN1A 3HWLA 3SB6A 2ANVA 169LA 3HUAA 2NTHA 1P2LA 125LA 3DKEX 1C6CA 137LA 1L16A 1L37A 200LA 1L13A 1L17A 1L41A 3C82A 3HT8A 1QT4A 3NY8A 4LDLA 2Z6BA 3DN6A 1C6GA 130LA 3HH5A 192LA 4LZMA 3HUQA 3NY9A 184LA 3NYAA 4EJ4A 1LI6A 3L64A 1L14A 4ARMB 1L63A 1QTBA 3D4SA 118LA 1I6SA 3HTFA 145LA 252LA 3V2YA 1C6JA 102LA 1G0MA 185LA 1OWYA 1TLAA 215LA 112LA 2A4TA 1QT7A 3GUNA 1D9WA 1L50A 1ZWNA 238LA 3DMXA 218LA 1CVKA 156LA 1L85A 3G3VA 1P7SA 6LZMA 1C6EA 4I7PA 1OVKA 4LDOA 162LA 1LYIA 2Q9EA 3HT7A 107LA 210LA 245LA 253LA 4LDEA 2RAZX 2RBNA 1L62A 1JTMA 4IAPA 181LA 4EPIA 1L38A 3C8QA 1P6YA 1SSWA 256LA 1OVJA 260LA 4W54A 3HTBA 1PQIA 4YXCA 126LA 4EPFA 1OVHA 3HH6A 4E97A 1CV1A 243LA 4W56A 4K5YA 104LA 3SB9A 2IGCA 1KNIA 1C6IA 2OU9A 2OE7X 1SWZA 4EXMA 224LA 1L09A 242LA 172LA 1QT8A 3SBBC 2RBPA 4ARJA 2RB1X 1L20A 3CDOA 140LA 2HUMA 4DKLA 1L72A 1LGXA 1K28A 1LYEA 4I7OA 3OE8A 4EKSA 1L34A 1LYGA 1QS9A 196LA 122LA 4W52A 195LA 3OE9A 2F2QA 1L61A 3DMZA 173LA 170LA 149LA 144LA 103LA 1SSYA 3GUIA 4I7QA 3HH3A 115LA 1G1VA 180LA 1CX7A 189LA 234LA 4GBRB 1WTHA 222LA 129LA 1L60A 213LA 139LA 127LA 1C6FA 1QUGA 3HUKA 225LA 1L73A 2RH1A 159LA 1QTDA 3SBAA 4ZPUA 1L67A 3F9LA 4GRVA 3GUOA 1C6AA 1CU0A 1QSQA 177LA 1T8GA 1T97A 1XJUA 1L07A 155LA 226LA 113LA 3G3WA 1G0JA 119LA 1PQJA 209LA 4ARMA 3SB5A 3HT6A 2ANXA 2O79A 1KW5A 257LA 235LA 1LWKA 3HDEA 228LA 1C6DA 1JTNA 1B6IA 3PDSA 197LA 1KS3A 4W55A 1LGWA 1L24A 1PQMA 236LA 2O7AA 150LA 1CUQA 1L40A 1ZYTA 239LA 110LA 151LA 3SB7A 2F47A 1CU3A 138LA 4I7TA 4ARQA 1L0KA 143LA 1L75A 1L77A 186LA 2Q9DA 3V2WA 1DYAA 3C80A 1L55A 216LA 3C83A 2RBRA 1DYBA 1QUDA 190LA 1L88A 1QUHA 251LA 4PK0A 3QAKA 4I7SA 3CDRA 3DN0A 1EPYA 2B6ZA 3JR6A 2CUUA 4EKRA 1QTVA 3CDQA 1LI2A 175LA 3EMLA 165LA 1P56A 3HDFA 3C7WA 1D2WA 240LA 1XJTA 1PQKA 1L33A 1G1WA 1C60A 2B7XA 3CDTA 1C64A 2NTGA 1L03A 1L68A 1L80A 2RB2X 1DYFA 3L2XA 1L19A 1LYDA 206LA 152LA 1L26A 199LA 142LA 1LGUA 1T8FA 3C8RA 1L92A 1LYJA 1KY0A 4EKPA 1DYCA 2B6TA 4EKQA 1P36A 1L39A 158LA 1C6MA 1L01A 1L97A 1P64A 1L93A 1C6TA 1L54A 3RZEA 212LA 3HTDA 3HU9A 1L05A 1C62A 1G07A 244LA 2OTZX 1L79A 4ARLA 1CUPA 261LA 1CV6A 201LA 1QSBA 231LA 3ODUA 3DMVA 1L84A 1KW7A 1QS5A 2QARC 1D3MA 3DNAA 1L45A 1L08A 1L10A 1L83A 3HH4A 1SWYA 1L52A 1QT3A 1QUOA 4AQNA 223LA 1L46A 255LA 5I14A 1QTZA 1D3JA 1LI3A 3VW7A 1L11A 1L70A 1C6PA 2F32A 1DYGA 3GUJA 1DYDA 1QT6A 1L06A 164LA 1L91A 4W53A 220LA 1L89A 254LA 1LYFA 1L81A 5LZMA 259LA 141LA 1CU2A 1L23A 205LA 1L44A 3DN2A 108LA 1LWGA 1P46A 1L56A 3C7ZA 4W51A 178LA 229LA 1G0LA 2OTYX 3FADA 191LA 1L22A 3CDVA 1LYHA 237LA 1L29A 2OE9X 1QTCA 1T8AA 2O4WA 1L96A 1C6BA 1OYUA 3RUNA 2LZMA 1L69A 4I7KA 3UONA 1L58A 2RBSA 2B75A 1L21A 1C65A 250LA 1L49A 232LA 3HU8A 171LA 3DN4A 227LA 1CU5A 166LA 4PJZA 1DYEA 1LPYA 3PBLA 3FA0A 1L12A 1CV3A 4ARPA 3LZMA 161LA 1LLHA 1QTHA 4DJHA 128LA 1JQUA 2RB0X 1L98A 1L28A 157LA 1L04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
198LA 183LA 1I56A 1GAZA 1L00A 1L82A 1L99A 3GUPA 1OWZA 3HT9A 1C6HA 217LA 4YX7C 1TDYA 5KXPA 1L94A 1IR7A 2B5ZA 4FDYA 1REZA 1WVVA 3E3DA 3WMKA 1P2RA 2NWDX 3B6LA 1RE2A 4XJFA 3AW7A 4J1AA 1CV0A 2DQAA 1LZDA 1XEPA 1ZURA 1NMMA 4BS7A 1IORA 1L30A 3F8VA 4DD2A 1L95A 4A7DA 7LZMA 221LA 1D6QA 5LVHA 3M3UA 1JPOA 4PJ2C 4I7RA 1T6HA 4DD1A 2B72A 2B6YA 3SN6R 1TEWA 1L57A 4I7MA 1C66A 1I1ZA 2QB0B 1LMQA 4G4HA 2I25L 3P68A 1QT5A 1GFJA 4C5FA 2DQDY 3OK0A 3TXKA 1LHHA 176LA 1KIRC 147LA 2LYOA 4XJDA 6LYZA 3ZVQB 4LT2A 1JUGA 4OOOA 3EXDA 1PQOA 1GFEA 1G0KA 3WPLA 4UWUA 1KY1A 1KXXA 2MECA 1YL1X 5I5QA 2G4PA 3EBAB 4OO9A 4ANRA 1OUBA 249LA 1C69A 1UBZA 168LA 1L43A 4RW2A 1OUIA 4UWVA 2Z38A 2YBNA 1D0KA 114LA 241LA 1RJCB 1OUDA 1FDLY 5I53A 3SB6A 9LYZA 169LA 4MSTA 2LHMA 125LA 1L16A 1L37A 4GCDA 1GB7A 5F9UA 3C82A 3HT8A 1QT4A 4LDLA 2BQAA 2HEEA 3DN6A 5JENB 4XJHA 3HH5A 4LZMA 2WARA 4EOFA 184LA 3NYAA 4EJ4A 1HERA 5I4XA 1LZNA 1CJ8A 4TSCA 1IWVA 3D4SA 4XYYA 1I6SA 3HTFA 1EQ5A 4P2EA 1C6JA 1GF8A 5F81A 185LA 1LZ6A 2A4TA 4NIJA 3GUNA 3KAMA 1WQRA 218LA 1HEQA 2A7DA 2Z18A 1CKFA 1GAYA 1XGTC 1C6EA 1GE3A 4LFPA 210LA 245LA 4ET8A 1L62A 1JTMA 2AUBA 7LYZA 256LA 1OVJA 260LA 4N8ZA 3TMWA 5KXTA 1UUZC 4CHXA 4EPFA 4TSBA 3WW5A 1C08C 4K5YA 2I6ZA 1LJIA 1IWUA 1VAUA 3SB9A 4YM8A 1KNIA 1C6IA 1B7SA 2OE7X 5EBHA 1L09A 1QIOA 1UIDA 242LA 172LA 3SBBC 4LGKA 1AT6A 3AB6A 193LA 2BQCA 2RB1X 4UWNA 1LSYA 1FKVA 1L72A 1WTMA 1GE4A 3OE8A 4EKSA 1HEOA 1L34A 1QS9A 196LA 2LZTA 195LA 3IWRA 1TBYA 1JITA 1LZGA 3CSZA 173LA 170LA 149LA 1GB3A 1LJEA 5LIOA 4HPEA 2HEDA 133LA 1CX7A 1IR9A 5LYTA 1LMTA 4L41A 1WQOA 5A3EA 3TXDA 127LA 3HUKA 1SQ2L 1QTEA 2BQMA 1H87A 2BAAA 3F9LA 3GUOA 4WLTA 1AT5A 226LA 113LA 4GN3A 1LHIA 1MELL 1PQJA 4B4IA 2IFFY 3AYQA 4XADA 1KW5A 1NF5A 3HDEA 5DLAA 3J4GA 236LA 239LA 4DWXA 4B4EA 1MLCE 151LA 4CFOA 1OP9B 2F47A 1HFYA 4I7TA 1LZRA 143LA 1N4FA 4H9IA 2Q9DA 3V2WA 1GBWA 3C80A 4R6CA 1L88A 2HUBA 1D9UA 3CSRA 1RCMA 3DN0A 208LA 1CJ7A 1LZ1A 1IY4A 4NHQA 165LA 4WM5A 1XJTA 1L33A 4TWSA 1C60A 3D9AC 3CDTA 1L68A 1L80A 2BQJA 4LT0A 1LMPA 2ZYPA 2H9KA 4XJBA 3W6DA 4H9FA 199LA 1IVMA 1T8FA 1IWWA 3C8RA 5B1GA 1L92A 1B9OA 1DYCA 5HNCA 1L39A 3TXEA 1L01A 2D4IA 1NWGA 4H9HA 4HV2A 1LSBA 1LYYA 2OTZX 1L79A 1CUPA 4H91A 201LA 5KY1A 4WM3A 1L84A 1QS5A 2QARC 1D3MA 1L45A 3OJPA 1L10A 1L83A 1REMA 1VDTA 1QUOA 5B07A 1L46A 4Z46A 1QTZA 1KXWA 1LI3A 194LA 2YSSC 1L70A 1C6PA 1QT6A 1L06A 1IWYA 2BQKA 1L91A 2Z12A 220LA 254LA 5LZMA 3J6KA 1CU2A 3WU8A 205LA 4LT3A 2C8PA 5LVJA 1JKBA 1GFTA 3AGGG 3C7ZA 1LZAA 4B1AA 1B7LA 191LA 3TXBA 1LYHA 2ZQ4A 1LPIA 1OYUA 3RUNA 1L69A 5KXKA 3CT5A 4HTNA 2ZIKA 4EMNA 4PHIA 250LA 5IELA 3AZ5A 3DN4A 4C3WA 1BQLY 1CU5A 1YAMA 1DYEA 2DQGY 1LMOA 2FBBA 4DD0A 1HEPA 3A34A 3LZMA 1LLHA 3A6BY 5KKIA 3B0KA 1UIGA 4N1EI 4DJHA 1JQUA 1OUEA 1JTOL 1LSNA 1YROA 157LA 2MEFA 1B5UA 1W08A 3EMSA 3LYZA 1GF4A 5LA8A 1KIQC 1L18A 1IX0A 1DXJA 163LA 4S0WA 1G0GA 5FSTA 1L27A 1P37A 1DQJC 1REXA 1RI8B 4TUNA 1C67A 4NSGA 1L76A 1DI4A 111LA 4W59A 1P5CA 3C8SA 1JEFA 2BQFA 4NHTA 1ALCA 4QY9A 3OE0A 262LA 3LYOA 3M18B 167LA 4I7LA 2B73A 1L74A 3AJNA 3B0IA 1FN5A 4LYOA 1UICA 4X3BA 1C63A 1P3NA 1GHLA 123LA 4NSHA 1HC0A 4NGVA 1L35A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 198L A;  183L A;  1I56 A;  1GAZ A;  1L00 A;  1L82 A;  1L99 A;  3GUP A;  1OWZ A;  3HT9 A;  1C6H A;  217L A;  4YX7 C;  1TDY A;  5KXP A;  1L94 A;  1IR7 A;  2B5Z A;  4FDY A;  1REZ A;  1WVV A;  3E3D A;  3WMK A;  1P2R A;  2NWD X;  3B6L A;  1RE2 A;  4XJF A;  3AW7 A;  4J1A A;  1CV0 A;  2DQA A;  1LZD A;  1XEP A;  1ZUR A;  1NMM A;  4BS7 A;  1IOR A;  1L30 A;  3F8V A;  4DD2 A;  1L95 A;  4A7D A;  7LZM A;  221L A;  1D6Q A;  5LVH A;  3M3U A;  1JPO A;  4PJ2 C;  4I7R A;  1T6H A;  4DD1 A;  2B72 A;  2B6Y A;  3SN6 R;  1TEW A;  1L57 A;  4I7M A;  1C66 A;  1I1Z A;  2QB0 B;  1LMQ A;  4G4H A;  2I25 L;  3P68 A;  1QT5 A;  1GFJ A;  4C5F A;  2DQD Y;  3OK0 A;  3TXK A;  1LHH A;  176L A;  1KIR C;  147L A;  2LYO A;  4XJD A;  6LYZ A;  3ZVQ B;  4LT2 A;  1JUG A;  4OOO A;  3EXD A;  1PQO A;  1GFE A;  1G0K A;  3WPL A;  4UWU A;  1KY1 A;  1KXX A;  2MEC A;  1YL1 X;  5I5Q A;  2G4P A;  3EBA B;  4OO9 A;  4ANR A;  1OUB A;  249L A;  1C69 A;  1UBZ A;  168L A;  1L43 A;  4RW2 A;  1OUI A;  4UWV A;  2Z38 A;  2YBN A;  1D0K A;  114L A;  241L A; 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