3DMXA

Benzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmxA00
4I7KA 1L75A 1C6DA 142LA 195LA 1DYDA 1PQKA 212LA 161LA 1LYGA 1C6EA 1L30A 186LA 3PDSA 1LYIA 168LA 3HDEA 1L13A 1OVKA 1L81A 1L71A 1SSYA 3D4SA 3GUOA 253LA 159LA 206LA 1CV0A 1K28A 1C6LA 2RBPA 112LA 1DYGA 1L57A 222LA 1LGWA 1QUOA 214LA 1QTCA 4W51A 1I6SA 175LA 1DYFA 1L44A 1L34A 1L32A 4W53A 1CV1A 2B70A 2RB1X 250LA 1PQDA 2HULA 4I7JA 1L02A 146LA 3NY8A 245LA 2QARC 3C80A 2F2QA 1CU5A 1L95A 3SBBC 1G06A 1L68A 2Q9EA 180LA 1ZURA 1C61A 1C6GA 102LA 1G0PA 1P2RA 217LA 1LWKA 3CDVA 4YXCA 4OO9A 233LA 108LA 1JTNA 3OE6A 201LA 3HT6A 2RB2X 241LA 4LDEA 3K2RA 4EKRA 2OEAX 1L36A 131LA 236LA 1LLHA 173LA 184LA 1P7SA 4YXAC 4YX7C 182LA 1OVJA 249LA 1L51A 1QTHA 3G3WA 166LA 2F47A 1ZYTA 1L16A 1L87A 1OYUA 198LA 1QSQA 1P3NA 246LA 1G0KA 4ARMA 114LA 1L00A 3DN4A 1L65A 4ARMB 1L94A 125LA 130LA 1QUDA 3QAKA 4EPIA 143LA 219LA 1L09A 1C6PA 4IAPA 4EKQA 1LYHA 3GULA 230LA 3C82A 3DN0A 215LA 148LE 3HUQA 1L42A 140LA 1L35A 223LA 1C66A 3G3VA 1DYCA 1L83A 160LA 3HH3A 1B6IA 1PQOA 3NY9A 127LA 1L56A 1QT3A 3C7YA 1C68A 1L06A 1QSBA 257LA 172LA 3DMZA 181LA 3JR6A 1L77A 1C6FA 1L0KA 1G0MA 1L85A 2OU0X 2O4WA 1LYFA 3SB9A 1P36A 3RZEA 1OVHA 1CV6A 150LA 3C8SA 1KS3A 4DAJA 1QT5A 164LA 1C64A 224LA 139LA 1L04A 1P37A 229LA 210LA 176LA 1P64A 205LA 1JTMA 162LA 3DN1A 2B74A 1L59A 1XEPA 1L46A 3HU8A 1CTWA 115LA 4AQNA 3SBAA 157LA 1SSWA 3UONA 258LA 4I7PA 1QT6A 3HDFA 3CDTA 1P46A 3G3XA 1C6AA 1OV7A 1C6JA 2RH1A 1C6QA 1L28A 4EKPA 2B7XA 1L38A 151LA 3C8RA 185LA 1QS9A 2RBOA 3HUAA 1QTZA 2O7AA 3GUJA 4EKSA 1L69A 1C6CA 1L62A 256LA 3FADA 123LA 4I7QA 1L49A 103LA 138LA 1SWYA 2B6TA 1OWZA 5I14A 7LZMA 122LA 3DN8A 1L15A 2ANVA 3HH4A 104LA 1T8FA 169LA 243LA 1C6IA 1CX6A 2B6YA 2OE9X 6LZMA 1QT4A 1L47A 2OU8A 1NHBA 3VW7A 1L45A 238LA 1L67A 1C65A 2A4TA 220LA 1LW9A 2B6ZA 3V2YA 1XJUA 1L24A 3CDRA 254LA 2B6WA 1L33A 4ZPUA 4I7LA 1PQIA 129LA 171LA 152LA 199LA 1G1VA 192LA 2B6XA 242LA 1P56A 2OTZX 118LA 1L80A 1L93A 1EPYA 1L58A 3HH6A 3CDOA 261LA 2LC9A 1QS5A 1L26A 4PJZA 1KY1A 1L03A 1L61A 2O79A 1G0JA 3C7ZA 4EPFA 149LA 1LYDA 1XJTA 189LA 1L82A 170LA 3HTFA 3F8VA 1G0QA 190LA 2RAYX 1QUHA 2NTGA 3SN6R 2QB0B 4ARLA 1L86A 1L50A 221LA 3SB8A 3HTGA 1L48A 2CUUA 177LA 227LA 1L20A 3F9LA 4I7NA 1D3JA 163LA 216LA 3L2XA 111LA 4ARPA 3DKEX 3OE9A 1L70A 4LZMA 128LA 178LA 1L98A 183LA 232LA 218LA 109LA 1L64A 4EJ4A 120LA 1L07A 1L89A 1L05A 4W59A 1P5CA 3DN2A 1CU2A 3FA0A 3HT7A 1OV5A 1L79A 3CDQA 107LA 1L43A 1C6BA 1LGXA 213LA 3HWLA 187LA 239LA 2RBRA 1LI3A 4EXMA 1L11A 1L23A 4W55A 1D3NA 1KY0A 1L22A 1C67A 1L08A 4W58A 3C83A 1L27A 4LDOA 126LA 2LZMA 2RBNA 2Q9DA 2RAZX 1C6HA 4LDLA 4PK0A 4ARJA 1SWZA 255LA 1CVKA 1CV3A 2HUMA 1L31A 4DJHA 2L78A 2OE7X 231LA 1KNIA 1L0JA 3HH5A 2Z6BA 1L25A 110LA 1L63A 1T8GA 3C81A 226LA 1L84A 3DN3A 3HTDA 247LA 251LA 211LA 2OU9A 3LZMA 4W57A 1PQJA 1L18A 2B75A 1L66A 2B72A 4I7OA 4I7RA 4W56A 1L97A 1ZWNA 1L53A 3DN6A 1LPYA 137LA 147LA 1G0LA 1D2YA 1L76A 3HUKA 167LA 1DYAA 3ODUA 1L17A 2B73A 3FI5A 3C8QA 1LYEA 1OWYA 4S0WA 3GUKA 1QT7A 1C60A 1L39A 1L19A 158LA 191LA 1WTHA 1CU6A 1L88A 262LA 1C63A 1QTDA 174LA 1L91A 165LA 1LI2A 3HT9A 3C7WA 2RBQA 1L10A 1PQMA 1L60A 4K5YA 1P6YA 3V2WA 188LA 155LA 1DYEA 252LA 1L41A 1D2WA 3HT8A 4ARQA 3L64A 1D9WA 2IGCA 1G1WA 4ARQB 1C6MA 4I7TA 2OE4X 240LA 1P2LA 3OE0A 1L14A 1LGUA 1LYJA 1T6HA 2RB0X 1CU0A 1L37A 1L74A 3GUPA 3GUIA 1C6NA 141LA 1L54A 197LA 209LA 244LA 1LWGA 1QUGA 1CUPA 1CU3A 2RBSA 4DKLA 3OE8A 1CX7A 4I7MA 3DMXA 3SB7A 1L90A 156LA 4W52A 1SX2A 1D3MA 1L40A 1JQUA 2HUKA 200LA 196LA 1TLAA 3DMVA 144LA 3SB6A 1G07A 1L92A 1CUQA 1QTBA 113LA 1L12A 2NTHA 3SB5A 4E97A 4I7SA 1D3FA 1T8AA 1L96A 225LA 2F32A 2OTYX 1C6TA 5LZMA 248LA 2LCBA 234LA 228LA 4GRVA 3RUNA 1L55A 1C69A 1CV5A 1T97A 119LA 1QT8A 237LA 145LA 4W54A 260LA 1CV4A 3NYAA 3HTBA 1DYBA 1L29A 235LA 1L99A 1C62A 3DNAA 3PBLA 1L21A 1KW5A 1L72A 1C6KA 1SX7A 1L52A 3HU9A 3GUMA 1QTVA 4GBRB 1L01A 2ANXA 3EMLA 1G0GA 1KW7A 259LA 3GUNA 1L73A 1LI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6DA 1YQVY 1OUJA 2MEGA 5KXRA 1C6EA 3CB7A 4RW1A 3PDSA 1TAYA 2H9JA 3HDEA 1L71A 1BB6A 4ML7A 1BQLY 2BQHA 5KXLA 2BQIA 2ZNXY 1L57A 1VDTA 3G3AB 214LA 1JSEA 4LT3A 2F4AA 1SQ2L 1I20A 1IWTA 2BQOA 1KIPC 2B70A 4H91A 2RB1X 3RU5A 1GBXA 146LA 1TCYA 4DQ7A 4LYBA 2F2QA 1CU5A 3A3RX 1G06A 1IP4A 1L68A 2Q9EA 1HEMA 4WLDA 4XJBA 5C6IA 1LZDA 4OWBA 102LA 4OO9A 1LHLA 5E9RA 3OE6A 4HJYA 1BB5A 1NF5A 131LA 236LA 3T36A 1LSZA 4N1CC 5KXWA 249LA 1QTHA 4XN6A 4LGKA 1ZYTA 1L16A 1P2CC 1JTPL 3HBEX 1P3NA 246LA 4ARMA 114LA 1L00A 3DN4A 130LA 1A2YC 2ZILA 1LSYA 4EPIA 2DQGY 5KJ9A 1HEPA 4IAPA 4EKQA 3DN0A 3LZ2A 2I25L 148LE 5FHWA 2D4IA 1L83A 1GB6A 1PQOA 127LA 1L56A 1QSBA 1GEZA 4ETDA 3DMZA 1JISA 3JR6A 1SLYA 4NSHA 1C6FA 4LT0A 4KT3A 4H8XA 3SB9A 2XTHA 3AGGG 1HMLA 1CV6A 1LJIA 2LHMA 224LA 210LA 4GCEA 1XEIA 1JTMA 4BAPA 1KIQC 4NFVA 1CKHA 4HPIA 2D6BA 4AQNA 1GAYA 4C3WA 1GB7A 1QT6A 1YAPA 3HDFA 1B5ZA 3LYMA 1C6JA 1KXWA 4EKPA 1GFAA 185LA 1LZ1A 3HUAA 1C6CA 3FADA 1HEWA 2DBTA 3HBDA 7LZMA 2ANVA 1T8FA 2A7DA 1C6IA 1CX6A 1GWDA 4TSCA 4XJGA 4XJDA 1GD6A 1REXA 1QT4A 1L47A 1IORA 5HLLA 1GF0A 5FSTA 1LW9A 1H87A 3B72A 1HSWA 254LA 2EKSC 1LZ5A 4I7LA 1PQIA 2ZYCA 171LA 5KY1A 199LA 1G1VA 1GF7A 1YAMA 3RW8A 1XGPC 4YEOA 1KIRC 5L3HA 3D3DA 1LJFA 5LIOA 2D4JA 2O79A 1G0JA 4IATA 1GB3A 2BQBA 6LYTA 4H9AA 4J1AA 2BPUA 1IY4A 4WM1A 3A34A 1BHZA 5LYTA 1IP7A 1C45A 1NBYC 190LA 3TXHA 5F9UA 221LA 4AXTA 3A6BY 227LA 4WO9A 2Z2EA 5B06A 2YBHA 5I53A 1D3JA 1IOQA 2FYDA 3L2XA 1IP1A 3WYHA 1IX0A 4ARPA 1L70A 4WL6A 128LA 178LA 4DWXA 1JKDA 4J7VA 232LA 3CSQA 1CJ9A 4B1AA 3GXRA 1CKCA 1NWGA 1P5CA 1VEDA 3FA0A 1OV5A 4NGOA 1C6BA 187LA 1LZAA 239LA 1HC0A 2RBRA 5KXNA 1GB5A 1GDWA 3W6AA 2HTXA 4EXMA 3AW6A 1KY0A 1C67A 1CJ8A 1HNLA 4LDOA 126LA 2LZMA 1FLQA 135LA 4LDLA 1SWZA 3A95A 1LYYA 1REMA 4WM4A 4DJHA 1GF6A 1LZBA 1XGTC 2Z6BA 1L63A 3C81A 5C6LA 2LYZA 2CWIA 1L84A 247LA 211LA 2OU9A 3LZMA 2B72A 1L97A 1B7OA 4NIJA 1GBWA 147LA 1JTTL 1ZVYB 3HUKA 3W6EA 1ZVHL 1L17A 2B73A 1OWYA 1LHJA 1B5UA 2BQCA 2BQMA 1XGUC 2MEEA 2DQFC 4TX7A 1NDMC 1L88A 1LZYA 1L91A 3HT9A 5APEA 4GLVA 3RNXA 1E8LA 1OUFA 1GAZA 1LKRA 155LA 2IGCA 133LA 4ARQB 5KXSA 3OE0A 3RT5X 3WUAA 3GUPA 1JEFA 141LA 197LA 5J7CA 1QUGA 4XJHA 1GE1A 2RBSA 4N9RA 5DN4A 1AT6A 1B7NA 1L90A 3CQLA 2MEAA 3WXUA 1TLAA 4NHTA 4B4JA 1NDGC 1L12A 2NTHA 1LZ6A 1OQMA 4I7SA 2Z39A 3P65A 1IWVA 1WTMA 234LA 2F4GA 1L55A 1NHEA 1C08C 119LA 1QT8A 4N0JA 5LXWA 1B7PA 1CV4A 4CHXA 3NYAA 3AYQA 1G7JC 3PBLA 1KW5A 1C6KA 1L52A 1QTVA 4GBRB 4WM6A 1L01A 2ANXA 5FDJA 1G0GA 1DZBX 1KW7A 5AMYA 1RFPA 3AZ7A 4ET8A 1L75A 2VB1A 3LYZA 142LA 1PQKA 1PS5A 1LYGA 2IHLA 5LA5A 1OP9B 2DQAA 1SSYA 3D4SA 4WLXA 4YF2A 2DQHY 1QSWA 4NGWA 3WPKA 1LZNA 4ETCA 2RBPA 112LA 4WM5A 3B0OA 4GCCA 1JUGA 1LZ4A 2DQIY 3ATNA 4W51A 1IVMA 2BQDA 1L44A 5DL9A 1L32A 1WTNA 6LYZA 250LA 2HULA 1TDYA 3NY8A 2H5ZA 4LFXA 4TWSA 1JJ3A 1I56A 3C80A 1L95A 3SBBC 1ZURA 3MGWA 4BADA 1G0PA 3CDVA 1LWKA 201LA 3HT6A 2RB2X 2HEFA 4N1EI 3WMKA 3K2RA 1UA6Y 1BWHA 1B2KA 3KAMA 4YXAC 1L51A 1VDQA 3QNGA 166LA 1F10A 1FKQA 1QQYA 1L87A 198LA 1QSQA 4B4EA 3AB6A 1QUDA 3D9AC 4RW2A 5B59A 4PHIA 1B9OA 143LA 3W6CA 1C7PA 1C6PA 3GULA 1VAUA 1CKDA 3CT1A 140LA 1L35A 223LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1C6D A;  1YQV Y;  1OUJ A;  2MEG A;  5KXR A;  1C6E A;  3CB7 A;  4RW1 A;  3PDS A;  1TAY A;  2H9J A;  3HDE A;  1L71 A;  1BB6 A;  4ML7 A;  1BQL Y;  2BQH A;  5KXL A;  2BQI A;  2ZNX Y;  1L57 A;  1VDT A;  3G3A B;  214L A;  1JSE A;  4LT3 A;  2F4A A;  1SQ2 L;  1I20 A;  1IWT A;  2BQO A;  1KIP C;  2B70 A;  4H91 A;  2RB1 X;  3RU5 A;  1GBX A;  146L A;  1TCY A;  4DQ7 A;  4LYB A;  2F2Q A;  1CU5 A;  3A3R X;  1G06 A;  1IP4 A;  1L68 A;  2Q9E A;  1HEM A;  4WLD A;  4XJB A;  5C6I A;  1LZD A;  4OWB A;  102L A;  4OO9 A;  1LHL A;  5E9R A;  3OE6 A;  4HJY A;  1BB5 A;  1NF5 A;  131L A;  236L A;  3T36 A;  1LSZ A;  4N1C C;  5KXW A;  249L A;  1QTH A;  4XN6 A;  4LGK A;  1ZYT A;  1L16 A;  1P2C C;  1JTP L;  3HBE X;  1P3N A;  246L A;  4ARM A;  114L A;  1L00 A;  3DN4 A;  130L A;  1A2Y C;  2ZIL A;  1LSY A;  4EPI A;  2DQG Y;  5KJ9 A;  1HEP A;  4IAP A;  4EKQ A;  3DN0 A;  3LZ2 A;  2I25 L;  148L E;  5FHW A;  2D4I A;  1L83 A;  1GB6 A;  1PQO A;  127L A;  1L56 A;  1QSB A;  1GEZ A;  4ETD A;  3DMZ A;  1JIS A;  3JR6 A;  1SLY A;  4NSH A; 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