3DMXA

Benzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmxA00
3NYAA 1L01A 3GUJA 3HUQA 1T8GA 257LA 2B74A 171LA 1DYFA 3LZMA 2LCBA 1L16A 1L09A 3G3XA 125LA 1L68A 1D3NA 109LA 3HT6A 3DN1A 4DKLA 1L64A 1L77A 1T8FA 2QARC 3G3VA 1G0LA 1C6LA 3HT9A 1C6KA 160LA 1L0KA 145LA 4GRVA 215LA 3CDRA 1C6NA 103LA 1KNIA 1L35A 3DN4A 122LA 3HUKA 1DYCA 4EPFA 1L0JA 1QTHA 2ANXA 144LA 182LA 1L17A 2CUUA 1L40A 4ARMB 1C6GA 4EKRA 1L81A 2OEAX 1TLAA 113LA 1L79A 3V2YA 1PQDA 3DMVA 4I7SA 1C6AA 1OVJA 246LA 1L67A 1CVKA 3HWLA 1P7SA 1L27A 3HU8A 3QAKA 3HDFA 1QTZA 4I7LA 3HTFA 1L37A 241LA 1QT6A 1L41A 1QUDA 157LA 1C6JA 1L50A 114LA 1LWGA 236LA 1SSWA 162LA 1PQMA 196LA 1C6HA 1KS3A 1EPYA 1PQOA 1CTWA 2NTGA 1L03A 3DN6A 1L58A 140LA 2OTZX 108LA 1L18A 4I7TA 151LA 1P2RA 139LA 2A4TA 4EKSA 126LA 1CU2A 1L12A 1L85A 192LA 1LYIA 261LA 4W59A 1C6EA 1L24A 3C81A 4LDLA 4YXAC 2F47A 1PQJA 4PJZA 1L76A 2OU8A 3G3WA 2RB0X 3NY8A 1C69A 3OE9A 1KY1A 1SX7A 1L00A 1P6YA 2HULA 1L97A 256LA 205LA 168LA 1L55A 1L51A 2O7AA 1QSBA 1C6DA 2LZMA 1D2WA 3RZEA 218LA 1C6CA 141LA 1QTDA 1L93A 149LA 1LW9A 1PQIA 4W55A 1L26A 1QTVA 3GUNA 2IGCA 1L15A 1OV7A 1P5CA 3EMLA 2HUKA 3JR6A 159LA 2B6ZA 1L47A 1LYHA 209LA 1CU3A 3SB7A 155LA 4W57A 232LA 166LA 3OE6A 4ARJA 3C7ZA 4EPIA 3SBBC 1JTNA 1KW7A 3C80A 4ARMA 254LA 1LI2A 2F32A 1SWYA 4LDOA 4W54A 1ZURA 217LA 1L88A 2O79A 4DAJA 2B6TA 1L61A 1L60A 1LYGA 3DMZA 1L22A 4YXCA 1OVKA 1SX2A 1QT4A 1DYGA 1L96A 238LA 3FA0A 187LA 1CV6A 1K28A 252LA 3C82A 2RB2X 1LYJA 226LA 1LWKA 1P64A 250LA 223LA 147LA 1CV5A 1DYDA 1L43A 176LA 190LA 1D9WA 4I7QA 123LA 1L80A 118LA 1ZYTA 2RB1X 3HH4A 188LA 4W58A 1L36A 1L66A 183LA 3D4SA 158LA 201LA 1JQUA 1L84A 1C62A 1C61A 4W53A 1G1VA 177LA 1L90A 206LA 262LA 4ARPA 213LA 184LA 3C83A 1L52A 1L54A 220LA 2B72A 255LA 2RAYX 3HDEA 4I7JA 4ARLA 3HT8A 1G0QA 137LA 1QT5A 112LA 1XEPA 1L19A 1QUHA 178LA 186LA 1D3JA 3FADA 1L07A 1L65A 4I7RA 152LA 1L34A 1QT3A 4EKQA 3K2RA 1JTMA 3GUIA 3CDOA 4LDEA 222LA 3HT7A 200LA 1L75A 1D2YA 4I7NA 1KY0A 1G0MA 1C6IA 6LZMA 3RUNA 1L63A 1QSQA 1L28A 1L83A 2RBSA 1L72A 1L46A 1L89A 115LA 5LZMA 1L32A 3C8RA 174LA 4LZMA 2B6YA 234LA 3SB6A 4I7KA 164LA 143LA 1C6BA 130LA 4W51A 1L04A 1L30A 185LA 2LC9A 2ANVA 1CU0A 3PBLA 1C6FA 1QUGA 3F9LA 1C6MA 1CU5A 1XJTA 173LA 1CX7A 2RAZX 1L05A 1C60A 247LA 1NHBA 3GULA 1PQKA 1G0KA 1OV5A 1L38A 2F2QA 3HH6A 1L62A 1QTCA 4EJ4A 3HTGA 1C63A 1P36A 110LA 259LA 3HUAA 4E97A 1L98A 1P3NA 3HTDA 2RBPA 1LI3A 249LA 1C66A 4EXMA 119LA 3DN3A 1CV3A 1L29A 175LA 1LPYA 3CDQA 1LGXA 1LYFA 4K5YA 4OO9A 1OYUA 1L49A 1G0GA 1L48A 1DYAA 1L70A 111LA 1QT8A 1G06A 4W56A 2OU0X 1T8AA 3L64A 3C8QA 1CV1A 1L45A 221LA 1L59A 1D3FA 245LA 2B6XA 1L13A 231LA 1L06A 1DYEA 1L42A 4YX7C 2RBOA 1G07A 127LA 1ZWNA 4ARQB 230LA 3VW7A 1L69A 1L53A 1P56A 4IAPA 2RBNA 1L10A 235LA 1T97A 1G0JA 1QT7A 2OE9X 2RH1A 1LI6A 4PK0A 1L71A 1C6TA 240LA 1L99A 1QUOA 197LA 5I14A 233LA 1SSYA 228LA 7LZMA 1CV0A 3GUMA 2L78A 3HTBA 2OTYX 2B6WA 1SWZA 3F8VA 4I7OA 1P46A 180LA 3OE8A 253LA 199LA 4I7MA 210LA 3DN0A 1DYBA 3HH3A 170LA 3DN2A 2B75A 150LA 1L57A 1I6SA 1LGWA 3V2WA 1L02A 1L91A 129LA 2Q9DA 3SB9A 4GBRB 3CDVA 1G0PA 1B6IA 169LA 3SN6R 2HUMA 2Q9EA 1L20A 3SBAA 131LA 1LYEA 167LA 251LA 212LA 4I7PA 1WTHA 4ZPUA 243LA 1CUPA 3SB8A 128LA 3SB5A 224LA 148LE 1LYDA 1L21A 260LA 216LA 1T6HA 1C65A 1C6PA 163LA 2RBQA 2B7XA 3ODUA 2NTHA 1L14A 1QTBA 107LA 1P2LA 237LA 1L92A 3HU9A 1OVHA 1CUQA 3DN8A 211LA 138LA 1CU6A 2RBRA 1L87A 1L33A 248LA 2Z6BA 1OWYA 195LA 1L56A 1L31A 104LA 1P37A 198LA 3PDSA 1L44A 1C64A 156LA 1QS5A 1CX6A 181LA 1QS9A 102LA 3C7YA 4ARQA 3GUPA 1L94A 1L11A 3NY9A 1L74A 1C68A 227LA 3GUKA 4DJHA 3DKEX 3C7WA 3DNAA 2QB0B 2OE7X 2B70A 1L82A 242LA 1LGUA 142LA 4AQNA 3UONA 1L23A 4EKPA 1L86A 2O4WA 3GUOA 1XJUA 244LA 3L2XA 4W52A 1OWZA 2OU9A 3HH5A 3C8SA 191LA 161LA 1LLHA 1CV4A 1L39A 1KW5A 1L08A 1C6QA 1D3MA 3DMXA 1G1WA 229LA 2OE4X 3OE0A 165LA 258LA 1L73A 189LA 225LA 3CDTA 2B73A 4S0WA 3FI5A 239LA 1L95A 172LA 214LA 146LA 1L25A 120LA 1C67A 219LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXYA 3GUJA 257LA 1DYFA 1L16A 1L09A 1D3NA 3WULA 3HT6A 2LYZA 4DKLA 1T8FA 2QARC 4XJDA 1C6LA 3HT9A 2B5ZA 4GRVA 5KXZA 215LA 3CDRA 4WLTA 1KNIA 3ZVQB 1XGUC 4TWSA 4WL7A 3A91A 1C6GA 2OEAX 113LA 1L79A 1XGTC 1LYOA 5E4PA 5AMYA 1L67A 4H92A 3LN2A 3HU8A 2VB1A 5L3IA 1YAOA 1TDYA 1L41A 5F16A 1RI8B 1AM7A 3A94A 1LJFA 3WYHA 1LSGA 1SSWA 196LA 1BQLY 4PRQA 2NTGA 3AB6A 1NHEA 1XEJA 1L18A 2OTZX 4I7TA 151LA 1HEWA 1LHHA 1XEKA 1L12A 1GB0A 1LJJA 2BQLA 3C81A 4YXAC 2F47A 1PQJA 4PJZA 1L76A 3D9AC 1B5UA 2D91A 1C69A 2YVBA 1L00A 2DQCY 1LSFA 1LMNA 256LA 205LA 1L55A 1C6DA 3TXGA 2LZMA 2ZQ3A 3ZEKA 3RZEA 4QEQA 1C6CA 149LA 1LW9A 1PQIA 1T6VL 1L26A 2IGCA 1LMCA 1L15A 2GV0A 3JR6A 159LA 4YOPA 209LA 1B7MA 1UACY 4WM5A 155LA 1IOCA 1FLWA 166LA 3J4GA 1BB6A 4NSJA 1UIAA 3C7ZA 4EPIA 2AUBA 5B05A 4ARMA 3RZ4A 4CHXA 3AZ7A 2F32A 1VDSA 1L88A 2B6TA 1IWYA 1L61A 1L60A 2G4QA 2ZYCA 1L22A 3DMZA 5APDA 1OVKA 1SX2A 3CT0A 1QT4A 1LYZA 1LMOA 4ZIXA 4QGZA 5LYZA 4NG1A 1DI3A 2MEAA 226LA 1DI4A 4LFXA 250LA 1CV5A 1DYDA 190LA 1D9WA 3BKHA 123LA 4NIJA 1L80A 4OWCA 1ZYTA 1UIDA 1QUTA 1VFBC 3RT5X 3WXUA 3HH4A 188LA 4YF2A 4W58A 1C45A 1ZV5L 4H8ZA 1L66A 2BQAA 2CDSA 5M1YA 1LOZA 201LA 3A3RX 2ZILA 1L90A 1NBZC 3A90A 262LA 1VDPA 4B49A 5C6JA 1L52A 4I7JA 1B5YA 4G4CA 2D4IA 4H9FA 1LJ4A 112LA 5D5FA 1LKRA 1CJ6A 1L65A 152LA 1QIOA 3GUIA 1GB3A 3HT7A 1D2YA 1IP2A 208LA 4WLDA 1G0MA 1IO5A 5DM9A 1LSBA 1GE2A 1GF8A 4DDAA 1QSQA 1NKHA 1L72A 1XGQC 115LA 4DC4A 1F10A 2F4AA 3C8RA 1HNLA 1GBYA 5IHGA 3TMVA 1IWWA 4AXTA 143LA 3RNXA 185LA 1LSEA 4CFOA 1TEWA 2ANVA 3WPJA 1QUGA 5F9UA 5I4YA 1C60A 1IY4A 1BVXA 1G0KA 3WU8A 1OV5A 1UIEA 2F2QA 3CSRA 3W6EA 1L62A 3EO5A 2XBSA 3WVYA 3AZ6A 1P36A 1L98A 2I26L 4B4IA 4I8SA 3DN3A 4HJZA 4DQ5A 1H6MA 1LYFA 4NEBA 2C8OA 1MELL 4OWBA 1L48A 111LA 2DKVA 1GEZA 2OU0X 1T8AA 3L64A 2YBNA 2ZNWY 1L45A 1L59A 245LA 1HMKA 4OWHA 5LVKA 2RBOA 1YILA 1REXA 3FI7A 1ZWNA 3CT5A 4WM6A 1JKDA 4NGYA 3VW7A 9LYZA 1G0JA 1QT7A 2F30A 1WQOA 1LI6A 3TMUA 4PK0A 1L71A 1JWRA 5JENB 1WQRA 1XSFA 1LZTA 4Z41A 2Z18A 4Z98A 1GE0A 2F2NA 3WUMA 5LIOA 4NGOA 2YBHA 3DN0A 3TXDA 1DKJA 2Q9DA 3SB9A 1LZCA 4GBRB 1G0PA 1LJHA 5IELA 5APFA 212LA 2Z19A 4LYTA 5F14A 4C3WA 1GF9A 1IVMA 4H8YA 1LYDA 4OOOA 4YENA 4NFVA 2RBQA 2B7XA 1B7QA 3ODUA 3MGWA 1JSFA 1FLUA 3BKVA 1GBXA 133LA 107LA 2Z38A 4ZEEA 237LA 3HU9A 1LYYA 211LA 2FBDA 3AW7A 138LA 1CU6A 2RBRA 1FDLY 5KJ9A 1OQMA 1L31A 3PDSA 1L44A 1QS9A 5B07A 4MCKA 102LA 4N8ZA 4ARQA 3A96A 1L94A 1B7RA 1L74A 1C68A 1QSWA 2BAAA 4NSGA 1YAMA 3C7WA 5HQ1A 2B70A 1CKHA 3UONA 1L23A 4EKPA 2O4WA 3E3DA 4W52A 1GFAA 3HH5A 1IX0A 2G4PA 1JJ0A 4HTNA 1XFPL 5KXLA 4EMNA 1C6QA 3P68A 4LYZA 5KXNA 4WO6A 225LA 3CDTA 2B73A 1XEIA 4TTDA 214LA 1CJ9A 194LA 3NYAA 4CJ2A 3HUQA 3W3EA 1OUEA 1LMAA 1WQMA 1L68A 3DN1A 2HECA 1B5VA 145LA 1IC5Y 3CB7A 103LA 3DN4A 3HUKA 1GXXA 1OUDA 4GN3A 1L0JA 1QTHA 2ANXA 144LA 1AKIA 2HEEA 4XYYA 1L40A 3M3UA 1L81A 1JKBA 2BQHA 3V2YA 4NGWA 3DMVA 4RW2A 1OVJA 1T3PA 1CVKA 1L27A 3QAKA 5ILCA 3HDFA 1LZ9A 4H94A 1LZ1A 1PS5A 3HFMY 5KXYA 1G7LC 2Z37A 1OUBA 157LA 5LYMA 1FKQA 2XJWA 4BADA 154LA 1QDTA 5HNCA 1LWGA 3ULRA 1FBIX 1GEVA 4YEMA 1PQOA 1DPWA 207LA 2FBBA 139LA 1LYIA 261LA 1RFPA 1C6EA 4PPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KXY A;  3GUJ A;  257L A;  1DYF A;  1L16 A;  1L09 A;  1D3N A;  3WUL A;  3HT6 A;  2LYZ A;  4DKL A;  1T8F A;  2QAR C;  4XJD A;  1C6L A;  3HT9 A;  2B5Z A;  4GRV A;  5KXZ A;  215L A;  3CDR A;  4WLT A;  1KNI A;  3ZVQ B;  1XGU C;  4TWS A;  4WL7 A;  3A91 A;  1C6G A;  2OEA X;  113L A;  1L79 A;  1XGT C;  1LYO A;  5E4P A;  5AMY A;  1L67 A;  4H92 A;  3LN2 A;  3HU8 A;  2VB1 A;  5L3I A;  1YAO A;  1TDY A;  1L41 A;  5F16 A;  1RI8 B;  1AM7 A;  3A94 A;  1LJF A;  3WYH A;  1LSG A;  1SSW A;  196L A;  1BQL Y;  4PRQ A;  2NTG A;  3AB6 A;  1NHE A;  1XEJ A;  1L18 A;  2OTZ X;  4I7T A;  151L A;  1HEW A;  1LHH A;  1XEK A;  1L12 A;  1GB0 A;  1LJJ A;  2BQL A;  3C81 A;  4YXA C;  2F47 A;  1PQJ A;  4PJZ A;  1L76 A;  3D9A C;  1B5U A;  2D91 A;  1C69 A;  2YVB A;  1L00 A;  2DQC Y;  1LSF A;  1LMN A;  256L A;  205L A;  1L55 A;  1C6D A;  3TXG A;  2LZM A;  2ZQ3 A;  3ZEK A;  3RZE A;  4QEQ A;  1C6C A;  149L A;  1LW9 A;  1PQI A;  1T6V L;  1L26 A;  2IGC A;  1LMC A;  1L15 A;  2GV0 A;  3JR6 A;  159L A;  4YOP A;  209L A;  1B7M A;  1UAC Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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