3DMZA

Hexafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmzA00
4W52A 2B7XA 1LGUA 1L41A 1L40A 1C6MA 104LA 3OE8A 231LA 2B6XA 1SSYA 1L05A 1PQKA 1C63A 1L84A 1QT6A 1DYFA 1L32A 1L47A 2RBSA 186LA 1L63A 178LA 165LA 1C67A 1CV3A 1L20A 1L16A 1L93A 1CX7A 3F9LA 3CDRA 3HTFA 1OVJA 3NY9A 1L71A 2B72A 1L89A 1QUGA 1G1WA 240LA 3HTGA 2HUKA 1QT8A 3L2XA 1L77A 1T8FA 2RBNA 1L03A 1L11A 166LA 1KW7A 1L49A 3FADA 1QT4A 1L37A 2IGCA 3SN6R 3CDTA 1DYAA 142LA 1LI2A 2B6ZA 1LGXA 4OO9A 1XJTA 2B75A 190LA 243LA 4ZPUA 1L19A 1PQJA 103LA 1L29A 2OE7X 176LA 118LA 3G3WA 4YX7C 233LA 1L55A 1P56A 1L24A 1CV6A 1D9WA 1CTWA 4I7QA 1L86A 1C6PA 3DN4A 137LA 162LA 168LA 163LA 1L17A 1C6LA 2Z6BA 260LA 3ODUA 4W55A 1G1VA 3LZMA 199LA 2RAZX 111LA 131LA 2B6TA 261LA 1G0MA 1L62A 1LYEA 1L36A 3SB9A 1G0LA 1L33A 3EMLA 4I7TA 4ARPA 1L25A 223LA 4I7LA 1L87A 1XJUA 1L82A 1L35A 2OE9X 1L50A 1L54A 2B73A 172LA 3K2RA 182LA 1C6HA 4LDOA 251LA 196LA 1SSWA 4W51A 126LA 152LA 3GUMA 256LA 2OU0X 2ANXA 2RH1A 1P3NA 1EPYA 2F32A 2NTHA 3DN0A 3HTDA 1C66A 1QT3A 1L85A 245LA 227LA 2OTYX 3NY8A 1CUPA 3HH6A 187LA 1PQDA 234LA 3C80A 4EJ4A 2RB2X 224LA 1QTCA 1L10A 3DMXA 228LA 2Q9EA 4ARLA 1L01A 1OVKA 3GULA 1LWGA 4LZMA 181LA 1OV7A 180LA 4K5YA 1L80A 3PDSA 114LA 1L00A 1L75A 1QTDA 1QUOA 212LA 1C61A 3C81A 1QT7A 3JR6A 3HDFA 2OU9A 205LA 2OU8A 1L92A 1LLHA 4EKPA 1PQMA 150LA 1SX2A 201LA 119LA 3SB7A 175LA 213LA 1P64A 1D3JA 3GUPA 1L0JA 1SWZA 184LA 2CUUA 151LA 1LYIA 3F8VA 139LA 171LA 4I7JA 4LDLA 4YXAC 1L26A 1QS5A 174LA 1XEPA 2OTZX 1G07A 4W59A 1LYHA 1LYJA 122LA 123LA 2B70A 2QB0B 3GUOA 155LA 4PK0A 3HT6A 108LA 167LA 1C64A 1L91A 1P46A 3SB8A 1L76A 2ANVA 2O4WA 219LA 1L06A 4I7RA 129LA 1QT5A 4IAPA 1QTVA 3DN8A 1CV1A 1L95A 138LA 1WTHA 1L70A 1CU6A 1NHBA 250LA 3OE0A 3DNAA 141LA 1L46A 1QTBA 1C68A 1KW5A 238LA 2A4TA 1L90A 157LA 2LCBA 147LA 1QSQA 1G0QA 1ZURA 1C6TA 2RB0X 242LA 1CV5A 4AQNA 209LA 2F47A 3QAKA 214LA 4ARJA 1CVKA 3HUAA 115LA 1JQUA 3V2WA 110LA 143LA 3L64A 1L68A 232LA 3FA0A 1L96A 221LA 169LA 1L30A 125LA 112LA 1OWYA 1L65A 130LA 3C83A 161LA 249LA 128LA 1G0PA 1L99A 170LA 1D3NA 1LGWA 3G3VA 4EXMA 1B6IA 146LA 3DMVA 1LPYA 2L78A 4S0WA 2Q9DA 241LA 2LC9A 1CU3A 4I7PA 1PQOA 4ARQA 4I7NA 4I7OA 1D2WA 2QARC 4W54A 1KY0A 1CV4A 2B6YA 1L81A 1L51A 1L27A 239LA 148LE 1CU5A 1L28A 3HTBA 1C6DA 3C7YA 1P7SA 1SWYA 3C8SA 4I7SA 1L15A 1OYUA 226LA 3HWLA 4W57A 2O7AA 1C6AA 1L04A 1G06A 2OE4X 5I14A 3C82A 4YXCA 1L52A 3SBBC 258LA 4PJZA 2B74A 1T97A 192LA 1L88A 1C6GA 3C7WA 3OE9A 3VW7A 1OV5A 1LYDA 159LA 2NTGA 262LA 3HH3A 1ZWNA 1L08A 185LA 1L61A 197LA 220LA 1L43A 177LA 1L66A 1D3MA 1L44A 1LW9A 1SX7A 7LZMA 2B6WA 1C6KA 4EKSA 145LA 2RBQA 4EKRA 1P36A 3HT9A 1QTHA 2F2QA 1P5CA 216LA 1L69A 206LA 4EPIA 229LA 3HU9A 4ARMA 257LA 1L56A 1LI6A 1L34A 1QUHA 200LA 4ARQB 3HT7A 2RBPA 3DN6A 1L02A 4DAJA 1L39A 198LA 1PQIA 1CUQA 1LYFA 1JTMA 255LA 246LA 1C6FA 3HH5A 2RB1X 1L79A 1L53A 188LA 1LWKA 3SB5A 1L48A 156LA 1OWZA 3DKEX 1CU2A 215LA 2OEAX 3CDOA 127LA 195LA 109LA 1DYEA 1QSBA 217LA 2HULA 253LA 3DN1A 1L64A 2RAYX 3GUNA 1L57A 4W56A 4I7KA 3FI5A 6LZMA 1L45A 3CDQA 3GUJA 144LA 3OE6A 1OVHA 1L12A 1P2LA 1CX6A 5LZMA 259LA 248LA 4EKQA 1TLAA 1K28A 1KNIA 1G0GA 4DKLA 3RZEA 3V2YA 1T8GA 1DYCA 1L07A 1L94A 1C6EA 247LA 2RBRA 4DJHA 225LA 3HH4A 3HU8A 1L23A 1QUDA 113LA 1KY1A 2RBOA 1L13A 107LA 1CV0A 236LA 1LYGA 173LA 1L59A 1KS3A 1T6HA 1C60A 4GRVA 1P6YA 1ZYTA 211LA 3SB6A 222LA 1C65A 4I7MA 1L09A 1L18A 1L21A 1D2YA 3GUKA 1L83A 3HUQA 4W53A 4ARMB 1L74A 1QTZA 1P2RA 4W58A 1L98A 235LA 3DMZA 1C6CA 3PBLA 1C6IA 1L31A 254LA 3C8QA 1DYDA 1C62A 189LA 3HT8A 1C6BA 4E97A 2O79A 1C6NA 1L14A 218LA 4GBRB 3C8RA 102LA 1G0JA 1T8AA 1D3FA 4EPFA 1L67A 149LA 1DYBA 1L72A 158LA 3SBAA 2LZMA 237LA 1JTNA 140LA 1I6SA 3DN2A 1L38A 1L42A 1QS9A 210LA 183LA 1L0KA 120LA 160LA 1C6JA 1LI3A 3NYAA 1L22A 4LDEA 244LA 3UONA 3D4SA 1DYGA 252LA 2HUMA 3HDEA 230LA 1P37A 3HUKA 3G3XA 1G0KA 1C6QA 1L73A 1L60A 1C69A 3CDVA 1L97A 3GUIA 1L58A 191LA 164LA 3C7ZA 1CU0A 3DN3A 3RUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D6PA 4W52A 2B7XA 1LGUA 1L41A 1OUBA 4UWNA 5LYZA 231LA 1FKVA 1D9UA 5HNLA 1LJIA 3A6CY 1C63A 1L84A 3AYQA 1L47A 186LA 1DPWA 2MECA 1MLCE 1UIDA 2HEEA 5B06A 5B05A 2ZQ4A 4WLTA 1QDRA 240LA 4KPMA 3HTGA 3A92A 4OOTA 1B7NA 3HFMY 1LMCA 1GFGA 2DQDY 5KY1A 4YEMA 1YROA 1BWJA 1P2CC 2IFFY 142LA 4OO9A 1XJTA 2EIZC 243LA 2LZTA 4ZPUA 1L19A 4KL7A 1JTTL 3B0IA 1LCNA 1XEJA 2BQKA 2HU3A 1QIOA 1LJFA 1B0DA 4MSTA 1YANA 1CTWA 4I7QA 1F6RA 1JITA 3DN4A 137LA 168LA 3CT1A 4M4OA 3M3UA 2ZQ3A 1GF0A 1GF4A 4KT3A 4N8ZA 1A4VA 5JENB 1TBYA 4P2EA 4FDYA 1L62A 1LHIA 1UIGA 4GLAA 3OK0A 4CHXA 1WQMA 1F6SA 1L33A 1D0LA 1CKFA 1LZ6A 4CFPA 133LA 1GBXA 1LZ8A 2F4GA 1YKXX 1TDYA 2BQOA 4GN5C 3TXJA 172LA 1HEPA 3N9CA 3K2RA 5EBHA 3AJNA 2BQCA 1FN5A 5HNCA 2ANXA 5FEKA 2RH1A 1OUDA 3IJVA 1QT3A 1JJ0A 1LYOA 2LZ2A 187LA 1PQDA 4DQ5A 1JTOL 5KXRA 224LA 4Z98A 1B9OA 4H9HA 228LA 1OVKA 4EOFA 5B1FA 3A34A 2BQLA 1QTDA 3B0KA 5KXTA 3RZ4A 1B2KA 1QT7A 4QY9A 2OU9A 2OU8A 1BVXA 1GB8A 1LLHA 1SX2A 2ZIJA 1JSFA 175LA 213LA 4XJHA 2HEFA 4WM2A 1JWRA 1N4FA 1NDMC 1HEOA 1L0JA 4GN4A 4QDNA 3P66A 151LA 1LMPA 4HV2A 1HC0A 4YXAC 1G07A 3LHMA 4W59A 1DXJA 1LYJA 123LA 1LMQA 4AXTA 155LA 4DD2A 3HT6A 167LA 1HSXA 1P46A 1IY4A 1EQ5A 1JPOA 3SB8A 3ULRA 1QUTA 2O4WA 2YBMA 219LA 1QT5A 1GFUA 4IATA 1CV1A 1BGIA 1B5XA 1L70A 1C7PA 1XGUC 3DNAA 3HBEX 1IR9A 3F6ZA 4NHTA 1ZURA 1CV5A 4ETEA 3QAKA 1CVKA 5KXWA 4YM8A 3P64A 1T3PA 2Z38A 110LA 1IP1A 2DQFC 1L68A 3FE0A 221LA 1GHLA 125LA 4LYTA 5J7CA 1E8LA 1L65A 3WYHA 4I8SA 161LA 128LA 1G0PA 4FJRA 4H9FA 1LPYA 1UA6Y 5IELA 4CFOA 1GDWA 1IC4Y 3OJPA 4W54A 2B6YA 3A6BY 1JHLA 4RW2A 1HFYA 1BB6A 4NSHA 1KXXA 1LSPA 1C6DA 4RLMA 4NG1A 1SWYA 1LSEA 1OYUA 1IEEA 4DYGA 1C6AA 1LHHA 5KXNA 2OE4X 1QTKA 2D91A 3TXEA 5KXYA 1L88A 1B5WA 1IP5A 3C7WA 3WPKA 2PC2A 1OV5A 1YAOA 4OWHA 4DDAA 3IJUA 1C46A 1GEVA 220LA 1L43A 1GE2A 1L66A 1L44A 3D9AC 1NDGC 5K7OA 2B6WA 145LA 2MEBA 4TUNA 5APDA 1QTHA 1GFJA 1L69A 4R0FA 4EPIA 3HU9A 1REZA 193LA 1L56A 1L34A 3LZ2A 200LA 4XJDA 3DN6A 4NWEA 1PQIA 2ZILA 4H8XA 3ZVQA 1UC0A 188LA 2XBSA 3SB5A 156LA 4WL7A 1IWVA 195LA 2Y8PA 3AW6A 2HECA 2RAYX 1IIZA 5LAGA 5DN4A 1L45A 1B7QA 2Q0MX 3CDQA 4DD9A 4R6CA 1OVHA 1P2LA 5LZMA 1BB3A 1DI5A 1YKZX 248LA 3RZEA 3V2YA 4MCKA 1FDLY 1DYCA 1H6MA 1VAUA 2EQLA 2AUBA 4HJYA 1L94A 1UICA 2YBHA 3HH4A 4UWUA 1GBWA 3HU8A 113LA 1WQOA 4OWBA 1LYGA 3WU8A 1ZYTA 5ILCA 1V7TA 1L09A 1YL0X 3A3RX 1UIHA 5KXSA 1QTZA 4W58A 3DMZA 4XJFA 4C3WA 1VDTA 3PBLA 5KXPA 4CJ2A 4YEOA 3C8QA 4NHQA 189LA 3GXKA 1C6BA 1L14A 1LYZA 4OOOA 1IOQA 2YDGA 3WW6A 1AZFA 1F10A 1T8AA 5L9JA 1V7SA 149LA 2LZMA 237LA 1GE3A 1JTNA 5KKIA 4B0DA 2W1YA 3AZ6A 1ZV5L 5B07A 1LJKA 160LA 1LI3A 4NGLA 1WQQA 3D4SA 1DYGA 3W6BA 4NGVA 2VB1A 1P37A 3HUKA 3G3XA 1G0KA 1OUFA 4NGWA 1HFZA 3DN3A 1WVVA 3WXUA 104LA 3OE8A 1XEKA 1SSYA 1QT6A 1DYFA 1L32A 2RBSA 1L63A 1GWDA 1UIEA 165LA 4XJGA 3QNGA 1L20A 4C5FA 1HHLA 4H9BA 4KXIA 1ALCA 3B72A 1IP6A 1G7IC 1L89A 2B72A 2HUKA 1AM7A 3L2XA 1NBYC 3TXKA 1L11A 166LA 2FYDA 4XJIA 3A93A 1DYAA 5I53A 1LI2A 4NGZA 4NGKA 5F16A 2B75A 190LA 1JIYA 1VATA 1GEZA 1BWHA 4EMNA 2DQEY 3TMWA 2OE7X 176LA 1QUSA 2N5ZA 1GXXA 4WM3A 3CT5A 1P56A 4X3BA 1L24A 4WO6A 6LYZA 2LYOA 4NSGA 162LA 5LVGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D6P A;  4W52 A;  2B7X A;  1LGU A;  1L41 A;  1OUB A;  4UWN A;  5LYZ A;  231L A;  1FKV A;  1D9U A;  5HNL A;  1LJI A;  3A6C Y;  1C63 A;  1L84 A;  3AYQ A;  1L47 A;  186L A;  1DPW A;  2MEC A;  1MLC E;  1UID A;  2HEE A;  5B06 A;  5B05 A;  2ZQ4 A;  4WLT A;  1QDR A;  240L A;  4KPM A;  3HTG A;  3A92 A;  4OOT A;  1B7N A;  3HFM Y;  1LMC A;  1GFG A;  2DQD Y;  5KY1 A;  4YEM A;  1YRO A;  1BWJ A;  1P2C C;  2IFF Y;  142L A;  4OO9 A;  1XJT A;  2EIZ C;  243L A;  2LZT A;  4ZPU A;  1L19 A;  4KL7 A;  1JTT L;  3B0I A;  1LCN A;  1XEJ A;  2BQK A;  2HU3 A;  1QIO A;  1LJF A;  1B0D A;  4MST A;  1YAN A;  1CTW A;  4I7Q A;  1F6R A;  1JIT A;  3DN4 A;  137L A;  168L A;  3CT1 A;  4M4O A;  3M3U A;  2ZQ3 A;  1GF0 A;  1GF4 A;  4KT3 A;  4N8Z A;  1A4V A;  5JEN B;  1TBY A;  4P2E A;  4FDY A;  1L62 A;  1LHI A;  1UIG A;  4GLA A;  3OK0 A;  4CHX A;  1WQM A;  1F6S A;  1L33 A;  1D0L A;  1CKF A;  1LZ6 A;  4CFP A;  133L A;  1GBX A;  1LZ8 A;  2F4G A;  1YKX X;  1TDY A;  2BQO A;  4GN5 C;  3TXJ A;  172L A;  1HEP A;  3N9C A;  3K2R A;  5EBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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