3DMZA

Hexafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dmzA00
1T97A 225LA 3DN6A 239LA 4ARQA 4GRVA 3DMZA 1L65A 1L16A 3HDFA 1L05A 1L62A 1D3JA 1JTMA 108LA 1C63A 237LA 4I7OA 1PQJA 2LZMA 4W51A 1L33A 4W54A 1QTZA 3HT6A 2F2QA 2HUKA 1XJUA 4EKQA 1P2LA 166LA 3HTFA 3NY8A 4EKSA 1L67A 2RAYX 4LDEA 1D3MA 2ANVA 2B6TA 3C7ZA 4ZPUA 1L18A 222LA 1L01A 1LYJA 4LDOA 1L29A 1L25A 4I7JA 4LDLA 143LA 167LA 1QS9A 4I7MA 1L72A 2HULA 1QSQA 1OV7A 139LA 187LA 1L0JA 3SN6R 229LA 2B72A 216LA 3SB5A 3OE6A 1L76A 1L98A 2OU8A 188LA 3SBBC 4EKPA 3DKEX 220LA 1G0JA 223LA 4AQNA 1L91A 1PQIA 137LA 1L87A 122LA 164LA 4YX7C 1LI6A 228LA 165LA 2B6ZA 189LA 1PQKA 103LA 1L58A 195LA 1C6PA 238LA 3C8RA 1T8FA 1P7SA 1QUOA 4W57A 3F8VA 2LC9A 1DYFA 3UONA 1C68A 3GUKA 1P6YA 1L04A 1C6AA 151LA 1LYFA 1WTHA 4I7KA 3HT8A 1L37A 1L08A 157LA 1L19A 1L77A 1L36A 1SX7A 252LA 3F9LA 1LYDA 1L85A 170LA 109LA 3HH5A 4I7PA 1L96A 2B6WA 4I7RA 1CU3A 1L71A 3GULA 3RUNA 1I6SA 1C6FA 4EXMA 184LA 2RAZX 1CV6A 2B73A 192LA 1LWKA 217LA 3LZMA 4EKRA 1C69A 4W53A 1L60A 2RBQA 1KY0A 3NYAA 247LA 1ZWNA 1L70A 249LA 3HU8A 3HH4A 185LA 3SB8A 3FI5A 3DN8A 2O7AA 4I7LA 3GUNA 1C6GA 1QTBA 2B6YA 2RBPA 1L31A 1L41A 111LA 1C65A 221LA 1DYGA 3CDTA 256LA 213LA 1C6BA 1P2RA 3GUJA 4DJHA 1LGXA 1CU0A 1C6IA 1D3NA 212LA 3DN1A 146LA 1T8AA 1L09A 1G0PA 3CDVA 1SWZA 1QUDA 219LA 3HUAA 1C6KA 3HTBA 200LA 242LA 255LA 2Z6BA 160LA 4ARLA 3C82A 3V2YA 138LA 1L61A 1L90A 1DYAA 3CDRA 1L48A 4W56A 1LYGA 168LA 1C6NA 215LA 1OYUA 2B74A 119LA 1L88A 3CDOA 2OTYX 1C64A 177LA 1OV5A 2RBOA 3K2RA 1QS5A 1QUGA 3G3WA 262LA 1C6HA 1L57A 1OVKA 1L52A 3C81A 2OEAX 1L23A 1L06A 1CUPA 1D2WA 1L82A 115LA 142LA 1T8GA 1L97A 1LWGA 2A4TA 1L99A 1L86A 2OU0X 1CX6A 224LA 1G0QA 1OVHA 1G0MA 162LA 2RBRA 1C6CA 2RH1A 1L44A 169LA 2B75A 3C7WA 226LA 218LA 1L75A 2Q9DA 3GUOA 231LA 1LYEA 1CU5A 144LA 1L47A 1LI3A 4W52A 149LA 1L63A 3SB9A 3HH6A 183LA 159LA 3HTDA 4YXCA 1XEPA 1L84A 214LA 4W55A 4ARMB 1G0GA 261LA 3OE9A 4ARQB 125LA 3SBAA 1L15A 1QTCA 243LA 3C83A 4PK0A 245LA 1C62A 4W58A 3EMLA 3FA0A 1QT4A 114LA 1L27A 1QT3A 206LA 150LA 1C6TA 1KW5A 1QT6A 1L74A 1CV0A 1C60A 1EPYA 3OE8A 2IGCA 172LA 112LA 191LA 3HDEA 1L34A 232LA 1G0LA 4EPFA 1L14A 130LA 180LA 1OVJA 233LA 258LA 3DN4A 1P36A 4ARPA 155LA 176LA 1L11A 3VW7A 2F47A 1L89A 1LW9A 1P37A 1L22A 3HT9A 4IAPA 197LA 1D2YA 2NTGA 1C67A 2NTHA 1L13A 110LA 3FADA 1L24A 1C66A 3ODUA 1TLAA 1L49A 1P46A 1CU2A 3HT7A 2F32A 1OWYA 1CU6A 210LA 1XJTA 4LZMA 4YXAC 1L59A 3L64A 1LI2A 145LA 161LA 1SSWA 4I7TA 1G1WA 1JQUA 4OO9A 1ZYTA 4EJ4A 1CV4A 198LA 1L46A 1DYDA 260LA 1L45A 1C6LA 2QARC 3HU9A 1LPYA 1SWYA 1KY1A 2LCBA 1L50A 127LA 1OWZA 1L39A 2Q9EA 3CDQA 199LA 3HUKA 4GBRB 3L2XA 129LA 246LA 4ARMA 3C8QA 2L78A 3GUMA 2OE4X 1C61A 1L80A 1QUHA 7LZMA 2B6XA 241LA 1L93A 2OE7X 1L32A 3HWLA 175LA 1LGUA 3HH3A 1L02A 2OE9X 1G1VA 178LA 1L53A 1QT7A 3NY9A 1DYCA 235LA 3DMVA 1L12A 253LA 4I7SA 1PQOA 3C8SA 1NHBA 2O4WA 1L55A 1L38A 173LA 248LA 171LA 2QB0B 1L69A 244LA 3G3XA 3DMXA 1ZURA 3C7YA 1L56A 174LA 4E97A 251LA 1QT5A 163LA 1L30A 1L03A 257LA 190LA 3GUPA 1L21A 1L0KA 5I14A 2ANXA 1G0KA 1L26A 1PQDA 182LA 1C6EA 1L92A 120LA 128LA 3QAKA 1CV1A 4DAJA 3RZEA 259LA 1QTHA 1D3FA 211LA 196LA 6LZMA 148LE 1CX7A 1PQMA 4I7QA 3G3VA 118LA 1G07A 1L68A 2RB2X 147LA 205LA 1CV5A 1L83A 1L40A 1DYBA 1L73A 1L43A 1L35A 1K28A 1CVKA 3D4SA 240LA 3DN2A 4EPIA 1B6IA 1P56A 4W59A 236LA 2O79A 1L81A 1C6JA 1G06A 3DN0A 1L64A 1DYEA 1KNIA 234LA 1LGWA 2RB1X 1LYHA 3DNAA 1KS3A 3V2WA 2RBNA 3GUIA 250LA 2OTZX 1QTDA 181LA 4K5YA 1L42A 1L66A 1L17A 1L00A 2OU9A 254LA 107LA 123LA 4ARJA 3C80A 1C6MA 1L10A 126LA 1L28A 2RBSA 156LA 1L51A 131LA 113LA 2B7XA 1P5CA 158LA 104LA 1LLHA 3SB7A 1L54A 1L20A 1CTWA 230LA 227LA 3DN3A 102LA 1CV3A 1L95A 141LA 1T6HA 3OE0A 1P3NA 4S0WA 1D9WA 4PJZA 201LA 3HUQA 1CUQA 3PBLA 1P64A 1L94A 3HTGA 1C6QA 4I7NA 4DKLA 140LA 186LA 1C6DA 2B70A 2RB0X 1KW7A 3JR6A 1QTVA 1L79A 1QT8A 1QSBA 152LA 1SSYA 3PDSA 1SX2A 209LA 2HUMA 3SB6A 1LYIA 2CUUA 1L07A 1JTNA 5LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z38A 1L16A 3HDFA 1L62A 4DDAA 1XEIA 1HEWA 1TCYA 3LYZA 4MR1A 4NGWA 3WPKA 4HJVA 1SQ2L 1QTZA 1LZCA 1DI4A 4EKQA 1P2LA 4EKSA 1HFZA 1L67A 2RAYX 3N9AA 2HU1A 1IP1A 2XTHA 1D3MA 1F10A 2ANVA 4ZPUA 222LA 4C5FA 1T3PA 1A2YC 4OWBA 143LA 4I7MA 1QS9A 2DQHY 2OU8A 4DDBA 4QDNA 3SBBC 1UC0A 3DKEX 223LA 1IP2A 1LSDA 3AGIA 122LA 133LA 4U3XB 2ZNWY 1LI6A 2HEEA 165LA 3P68A 1GAZA 4NFVA 195LA 238LA 2BQBA 1UA6Y 1JWRA 1P7SA 3F8VA 2LC9A 1DYFA 2Z37A 1C6AA 3ATNA 4I7KA 1L37A 3KAMA 1L08A 4HTNA 1LSFA 5I53A 4H9BA 252LA 3F9LA 1LYDA 3QNGA 1HELA 1JJ0A 4ETAA 4ETDA 2B6WA 4I7RA 2HECA 1CU3A 1I6SA 192LA 3LZMA 4EKRA 1IP5A 4W53A 1L60A 3AYQA 4NWEA 4J1AA 4PPOA 4I7LA 3GUNA 1L31A 1L41A 1JKDA 111LA 1DYGA 1WQNA 1HEQA 5DN5A 3CDTA 213LA 1NWGA 1P2RA 4WL6A 3GUJA 4DJHA 4DD0A 1CJ8A 4XJBA 1GE4A 146LA 4NG1A 1ALCA 3E3DA 219LA 3HUAA 2HTXA 200LA 1B7SA 242LA 255LA 160LA 1LJ4A 3C82A 1L61A 1L90A 1P2CC 1FKVA 1DYAA 2DQCY 1QDTA 4HP0A 1LYGA 1LCNA 2YBNA 3CSRA 119LA 1L88A 3CDOA 1BVXA 1OUEA 1YILA 177LA 2D4JA 3TXKA 3BKHA 5FEKA 4GLAA 2MEGA 3K2RA 3G3WA 4CFPA 1LZYA 1L52A 1MLCE 2OEAX 1D2WA 5KXRA 4I0CA 4R0FA 142LA 1L97A 1LWGA 1GEZA 1L99A 4HTQA 1IO5A 1GBOA 224LA 2DQEY 1G0MA 162LA 2RH1A 169LA 1LSYA 4UWVA 1GB6A 4LT2A 2Q0MX 2CGIA 1L75A 2Q9DA 4NHIA 4WLTA 1BB5A 4QY9A 1LHIA 1LKSA 1B7QA 3HH6A 1LHJA 2BPUA 1L84A 1LMCA 1IR7A 1G0GA 4DDCA 5KXOA 3OE9A 4ARQB 1IWTA 4W58A 5B06A 1LMOA 3CQLA 2BQLA 150LA 5HNLA 1KW5A 2IGCA 1DKJA 1GF8A 1G0LA 3EO5A 4EPFA 1I1ZA 4IATA 3T6UA 2A7DA 180LA 2Z2EA 1P36A 1IWUA 5DN4A 2MEAA 1W6ZA 2Z12A 3VWOA 2DQFC 3HT9A 5C6JA 2LYMA 5L9JA 2YDGA 1L13A 110LA 2PC2A 2FBBA 1TLAA 1L49A 1UACY 1ZMYL 1CU2A 4ETEA 1CU6A 1GAYA 1QSAA 2HEDA 1XJTA 5LVJA 1LI2A 4BAPA 1G1WA 3CSQA 1LPYA 2F30A 1HERA 1CKCA 127LA 1NF5A 1OUCA 1NDGC 134LA 3A92A 3HUKA 1DI5A 2L78A 2OE4X 1IWZA 1C61A 1L80A 1C43A 1QUHA 1SLYA 4QGZA 241LA 2OE7X 4A7DA 3HWLA 4DD7A 4X3BA 4NGVA 5FCPA 4ZIXA 1GFTA 1CJ6A 3FI7A 178LA 1L53A 4Z41A 1IEEA 1B5VA 1JSFA 1B7LA 1DYCA 235LA 1UICA 1CJ9A 171LA 248LA 1GF0A 3AJNA 4GCFA 2XJWA 1LJ3A 1UIAA 4HTKA 174LA 251LA 5LINA 2AUBA 1LZ5A 4GCEA 1L0KA 4XADA 2BAAA 1L26A 5II3A 4B1AA 1BB4A 128LA 3QAKA 1CV1A 2EPEA 259LA 5LAGA 1QTHA 1IWXA 5D5FA 1WVVA 5I4XA 1G07A 4J7VA 2H9KA 5L3HA 1L83A 1L40A 1LSZA 1L73A 1L35A 1K28A 4HPEA 236LA 3AZ4A 3A6BY 1NMMA 1C6JA 3DN0A 3CT5A 4B0DA 2YBJA 1LYZA 1QDRA 1LYHA 1JJ1A 2FBDA 1QTDA 181LA 1L66A 1L17A 1IX0A 2F4AA 3AZ6A 1HFYA 1C6MA 1OUHA 1AT5A 1GBZA 113LA 4DD2A 1P5CA 2DQDY 1LLHA 1FDLY 4XJIA 3SB7A 3A67Y 230LA 3DN3A 1CV3A 1F0WA 4UWNA 1L95A 4H9EA 1T6HA 3OE0A 4BS7A 4S0WA 4PJZA 1P64A 3IJVA 2MECA 4ZEEA 2HEFA 4L41A 3GXKA 3BKVA 4I7NA 140LA 4H92A 1FLYA 1LZSA 1C6DA 1LAAA 1LSAA 1GDWA 4OWHA 5KXYA 4ET8A 3P66A 1DI3A 1QSBA 3SB6A 3CT0A 1L07A 3DN6A 4GRVA 5LVGA 5B59A 5LA5A 3A90A 108LA 1C63A 1XGTC 237LA 1JPOA 1REZA 4WMGA 4WO9A 1PQJA 2LZMA 4W51A 4ET9A 1UCOA 2IFFY 4KT3A 3WXTA 4WLXA 1GFKA 4LGKA 4B4EA 3HTFA 4XENA 1DZBX 1REMA 1G7JC 2BQEA 4BAFA 5KXNA 4LZTA 1GBSA 187LA 3SN6R 229LA 2B72A 3OE6A 1L76A 4YEMA 1C08C 1GF9A 4YENA 1HEMA 1PQIA 2DKVA 2BLXA 1IP4A 1YIKA 4YX7C 4N9RA 228LA 2B6ZA 4YM8A 189LA 1OUGA 2BQCA 5APFA 1DXJA 1VDSA 3C8RA 4XJHA 1QUTA 1L04A 4OWCA 5C6IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2Z38 A;  1L16 A;  3HDF A;  1L62 A;  4DDA A;  1XEI A;  1HEW A;  1TCY A;  3LYZ A;  4MR1 A;  4NGW A;  3WPK A;  4HJV A;  1SQ2 L;  1QTZ A;  1LZC A;  1DI4 A;  4EKQ A;  1P2L A;  4EKS A;  1HFZ A;  1L67 A;  2RAY X;  3N9A A;  2HU1 A;  1IP1 A;  2XTH A;  1D3M A;  1F10 A;  2ANV A;  4ZPU A;  222L A;  4C5F A;  1T3P A;  1A2Y C;  4OWB A;  143L A;  4I7M A;  1QS9 A;  2DQH Y;  2OU8 A;  4DDB A;  4QDN A;  3SBB C;  1UC0 A;  3DKE X;  223L A;  1IP2 A;  1LSD A;  3AGI A;  122L A;  133L A;  4U3X B;  2ZNW Y;  1LI6 A;  2HEE A;  165L A;  3P68 A;  1GAZ A;  4NFV A;  195L A;  238L A;  2BQB A;  1UA6 Y;  1JWR A;  1P7S A;  3F8V A;  2LC9 A;  1DYF A;  2Z37 A;  1C6A A;  3ATN A;  4I7K A;  1L37 A;  3KAM A;  1L08 A;  4HTN A;  1LSF A;  5I53 A;  4H9B A;  252L A;  3F9L A;  1LYD A;  3QNG A;  1HEL A;  1JJ0 A;  4ETA A;  4ETD A;  2B6W A;  4I7R A;  2HEC A;  1CU3 A;  1I6S A;  192L A;  3LZM A;  4EKR A;  1IP5 A;  4W53 A;  1L60 A;  3AYQ A;  4NWE A;  4J1A A;  4PPO A;  4I7L A;  3GUN A;  1L31 A;  1L41 A;  1JKD A;  111L A;  1DYG A;  1WQN A;  1HEQ A; 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