3DN6A

1,3,5-trifluoro-2,4,6-trichlorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn6A00
1L53A 3C80A 200LA 3CDTA 1D3MA 1QS9A 1D3FA 1L79A 1L32A 1LWKA 118LA 1CUQA 1CV5A 2L78A 181LA 1ZURA 4W51A 1OVKA 3C8QA 2B72A 122LA 1KY0A 2B6XA 112LA 247LA 3NY9A 2OE7X 3DKEX 1C6NA 3GUNA 1C6JA 3HT8A 1SX7A 1L94A 1L77A 1QTHA 1DYEA 3C8SA 3K2RA 1P7SA 4GRVA 3HTFA 1C65A 227LA 2RB0X 248LA 3HTBA 4I7TA 129LA 2HULA 1LI2A 1OV7A 224LA 1QT3A 5I14A 1G0KA 1G0JA 1G0PA 3NY8A 1L54A 250LA 163LA 1CVKA 3HT7A 1L89A 1P56A 115LA 1L26A 1C69A 1P5CA 1LI3A 3SN6R 1L70A 3NYAA 1L23A 1L74A 144LA 3HT6A 1DYCA 1L47A 1L49A 1L65A 2RB2X 255LA 169LA 1P3NA 162LA 1L04A 220LA 123LA 1L17A 4W53A 4W57A 4GBRB 2ANXA 243LA 1L75A 2O79A 1L14A 222LA 143LA 2RH1A 230LA 195LA 3SBBC 252LA 3C83A 140LA 1L37A 236LA 1L07A 1LWGA 201LA 1G1VA 2O4WA 1CU0A 2LCBA 4ARQB 3L2XA 4W55A 2RAYX 1L98A 3HWLA 1QT7A 212LA 1CV1A 3FA0A 1SX2A 1PQIA 1KW7A 3CDRA 1L82A 235LA 4EPFA 4EXMA 1CU3A 1L60A 209LA 2B6YA 1PQDA 3C7ZA 1PQKA 1L48A 237LA 1C67A 128LA 4ARLA 1CV3A 1LI6A 1C60A 1L93A 214LA 1OV5A 155LA 4LDEA 1SSYA 3SB5A 3G3XA 3C81A 1DYFA 1L71A 107LA 4I7KA 4W59A 1C6GA 160LA 1C6LA 2F47A 108LA 3SB6A 1CU2A 4IAPA 1C6EA 3RZEA 1L09A 245LA 3GUIA 4I7JA 213LA 1L87A 3GULA 1T97A 254LA 210LA 3SB8A 1LGUA 1XEPA 1L35A 4ARMA 3HUQA 3GUKA 229LA 111LA 1CX6A 3HTDA 239LA 1L90A 1D3NA 3CDOA 3OE8A 1L41A 1JQUA 205LA 1C6IA 1D2WA 3F9LA 1C62A 1L11A 2B7XA 3PDSA 1P37A 1C6CA 7LZMA 1QT6A 249LA 139LA 1DYBA 1L84A 1WTHA 2OU8A 119LA 3DN8A 228LA 2B6TA 258LA 1LW9A 173LA 127LA 3GUJA 1L28A 6LZMA 3HH3A 1L18A 1C6BA 4I7PA 233LA 3FI5A 2QARC 241LA 148LE 2QB0B 3HH5A 4DKLA 1QT5A 1XJTA 2F2QA 1L10A 1G0QA 3G3WA 4DAJA 1L68A 1P46A 219LA 1CUPA 3OE6A 196LA 1L45A 1QUHA 2NTGA 3GUMA 3OE0A 1L36A 1LLHA 137LA 2Q9DA 1L43A 257LA 1C6QA 1L05A 1QSQA 2RBQA 1NHBA 168LA 183LA 1L34A 1KNIA 2RB1X 1C6MA 1L86A 238LA 1L92A 2OE4X 3F8VA 1LPYA 147LA 1LYGA 1L29A 114LA 1T6HA 1C6HA 240LA 1ZWNA 3C82A 1JTNA 1LGWA 1C6PA 1OWZA 2RBPA 177LA 1G0MA 3HH6A 3DMZA 1LYHA 1ZYTA 4ARQA 2HUMA 103LA 3DMXA 1LYEA 4I7QA 1L57A 110LA 2RBOA 4LZMA 1L64A 1QT4A 232LA 3DN3A 1CV4A 1L40A 216LA 3FADA 5LZMA 218LA 1C68A 3CDVA 261LA 3D4SA 253LA 172LA 1L51A 184LA 1QS5A 157LA 4OO9A 1G06A 1L20A 1CV6A 1L19A 3UONA 4PJZA 1L16A 1LYIA 1C6DA 186LA 1CU6A 4I7RA 2OTZX 4PK0A 149LA 2OE9X 151LA 259LA 2LZMA 3LZMA 1OYUA 109LA 1L38A 197LA 4EKRA 3SB9A 3HT9A 190LA 161LA 1T8FA 3VW7A 4EKSA 234LA 3SB7A 1L24A 1B6IA 3HUAA 187LA 1LYJA 1XJUA 131LA 192LA 1P2RA 1K28A 4K5YA 4ARPA 4YX7C 167LA 1LYFA 198LA 2IGCA 1QTBA 166LA 1L59A 158LA 4W52A 3DNAA 2RBNA 242LA 191LA 3HU9A 4W56A 3RUNA 3JR6A 2A4TA 4EKPA 3DN6A 1JTMA 1SSWA 3DN2A 1LGXA 1L62A 4W54A 3DN1A 211LA 1L0JA 4I7OA 4ARJA 4ARMB 1L72A 113LA 1L56A 1D2YA 4LDOA 1L91A 206LA 1TLAA 2ANVA 4EPIA 3CDQA 1G07A 260LA 3GUOA 1L13A 3HU8A 1D3JA 1PQOA 1KY1A 174LA 1L31A 1L44A 215LA 4I7SA 1OWYA 170LA 141LA 1L25A 125LA 3C8RA 1L0KA 164LA 2O7AA 189LA 262LA 4E97A 1L52A 1PQMA 1L08A 1L22A 1L85A 4W58A 4EKQA 1CV0A 1L58A 217LA 1L63A 3G3VA 3HUKA 1CU5A 1L06A 1G1WA 1L12A 120LA 1C64A 223LA 146LA 2HUKA 1P64A 3C7WA 199LA 2B6WA 2Q9EA 4LDLA 1QSBA 1CX7A 1L03A 3HTGA 3SBAA 1DYGA 2B75A 1G0LA 1OVJA 244LA 2F32A 2OU0X 4YXCA 1L67A 1L99A 1T8AA 3DN4A 4S0WA 1L55A 1L46A 4YXAC 1L00A 175LA 231LA 4I7MA 138LA 4DJHA 188LA 159LA 185LA 1L39A 1OVHA 1L66A 1L61A 1D9WA 1L30A 1C6KA 142LA 1T8GA 246LA 1L15A 4EJ4A 1L95A 2Z6BA 1L01A 1P6YA 256LA 152LA 176LA 1QTDA 2OTYX 1L33A 145LA 1L42A 3GUPA 3EMLA 4AQNA 1DYDA 180LA 226LA 1L81A 1QUOA 1L50A 3OE9A 1C63A 1L80A 4ZPUA 3HH4A 178LA 1G0GA 1L83A 1L69A 3HDEA 3V2WA 1QUDA 126LA 104LA 1EPYA 1QTVA 3DN0A 2NTHA 2B74A 1L73A 3C7YA 1L27A 1C66A 2B6ZA 165LA 1P2LA 221LA 2CUUA 102LA 2OEAX 182LA 2RBRA 1QT8A 3DMVA 1C61A 2RBSA 1L02A 3V2YA 156LA 1PQJA 2B70A 1P36A 3HDFA 1LYDA 4I7LA 1C6TA 3QAKA 1KS3A 1L88A 1I6SA 225LA 1SWYA 2LC9A 1QTCA 130LA 3L64A 1L21A 1KW5A 4I7NA 150LA 2OU9A 3ODUA 251LA 1C6AA 1CTWA 2B73A 1DYAA 171LA 1L97A 1SWZA 3PBLA 1QUGA 1L76A 1L96A 1QTZA 2RAZX 1C6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OWBA 200LA 1NHEA 4WO6A 1D3FA 1BB6A 1LWKA 2BQEA 4NSGA 4W51A 1OVKA 3C8QA 5LINA 1LHJA 3AW7A 4ML7A 4B0DA 1XGUC 1KY0A 1WQRA 4CFOA 2B6XA 1RFPA 1YAPA 3NY9A 3CQLA 3WYHA 3HT8A 1L94A 1L77A 1GE1A 3WUMA 3K2RA 3W6BA 2D4IA 4DQ5A 4I7TA 3HTBA 224LA 1QT3A 3EXDA 1B7QA 3NY8A 2BQDA 3HBDA 1WTMA 1L54A 2A7DA 1GB9A 1IORA 1L89A 1AKIA 1L26A 1LI3A 1LZ1A 3FE0A 1DPWA 3HT6A 1LYOA 3ZVQA 5B59A 4WLDA 255LA 169LA 1LJJA 162LA 1QDRA 2DQAA 4NHQA 4NFVA 2YBLA 4LYBA 2G4PA 1FLYA 222LA 5L3IA 1VDTA 2FYDA 4MSTA 2I25L 1D0KA 1FLWA 3A67Y 236LA 1L07A 1LWGA 4KXIA 201LA 1G1VA 2ZIJA 4H92A 4J1AA 1LHKA 5LVIA 5LVHA 3L2XA 2W1LA 1W6ZA 1CV1A 3A95A 3CDRA 1CU3A 4EMNA 1PQDA 3C7ZA 1L48A 4YM8A 4DT3A 1GF5A 4ARLA 3W6AA 1CV3A 155LA 1LYYA 1C6GA 1C6LA 1XEJA 5ILFA 108LA 3SB6A 4IAPA 3B0IA 2IHLA 1L09A 1UIEA 4J7VA 213LA 1L87A 3GULA 210LA 1LMAA 1L35A 1B9OA 1GDXA 3CSRA 1LSGA 1P2CC 1LMNA 3OE8A 4NGOA 1L41A 1CJ7A 1C6IA 2EKSC 1HFXA 1C62A 2ZWBA 4NWHA 3W6EA 1L11A 2B7XA 135LA 3ZEKA 2HEBA 1HSXA 4H9CA 1G7LC 1DYBA 5I4WA 1GF6A 1OUDA 1JISA 4CHXA 4NY5A 4TX7A 2W1MA 1LW9A 3QY4A 4YF2A 1L18A 2LYOA 1C6BA 4LT2A 2D4KA 1TDYA 241LA 4HTKA 5FELA 4FJRA 2QB0B 1OUEA 1GB5A 1L10A 1G0QA 1B5UA 1OUAA 2NTGA 4IATA 1C6QA 5E9RA 1NHBA 168LA 1L34A 1C6MA 1LYSA 1FDLY 4N5RA 1LPYA 4TWSA 1LZEA 5LA5A 2A7FA 1HEOA 1QUTA 2XTHA 1GE4A 4ANRA 4B1AA 1JSEA 4HTNA 1IWZA 1C6PA 1LYHA 3A94A 4NEBA 1KXWA 2HEDA 5KXWA 2PC2A 3TXGA 1JWRA 3DMXA 4UWNA 2EPEA 1LYEA 4I7QA 5EBHA 4ET9A 3N9CA 1QT4A 232LA 2YBJA 1FBIX 1L40A 2LZTA 3FADA 1D9UA 5LYMA 4LFXA 5LAGA 172LA 1L51A 2HUBA 1B5XA 1IWUA 4UWVA 1HFZA 1L20A 3UONA 4PJZA 1BB3A 1L16A 4II8A 1NMMA 1C6DA 186LA 208LA 4GN3A 4I7RA 5T3FA 151LA 1I56A 1BVKC 1JJ1A 1IWYA 2HU3A 3VW7A 2MECA 4EKSA 131LA 1B0DA 5K7OA 1P2RA 4DDCA 4ARPA 4WM5A 1GBZA 2IGCA 1Z55A 3AZ6A 4DDBA 1GB3A 1JKBA 3WW6A 4N0JA 1SSWA 3DN2A 1LGXA 3RU5A 3WH1A 4GN4A 4W54A 4Z98A 211LA 1L0JA 1LZ6A 4I7OA 4ARMB 1L56A 1L91A 3LZ2A 1FKVA 260LA 3HU8A 2H5ZA 1HEMA 1D3JA 1PQOA 1GEZA 1LSPA 174LA 170LA 4WLYA 1KIRC 5F81A 1L0KA 3LZTA 5LVGA 2O7AA 4ZEEA 189LA 1LZAA 1L52A 1L22A 4H91A 1D0MA 217LA 4GCCA 3HUKA 1UA6Y 2FYCA 1XGPC 3J6KA 4HJZA 2HUKA 1LJGA 1IY3A 4Z3MA 1QSBA 3CB7A 3GXKA 1LJ4A 2B75A 1G0LA 1JJ0A 4P2EA 1OVJA 1L67A 5F16A 1L55A 1L00A 175LA 4WM3A 3ZVQB 1UBZA 138LA 2YDGA 1GFHA 5ILCA 3A93A 1LMPA 2IFFY 1D9WA 2BLXA 2YSSC 4HTQA 5L9JA 1P6YA 4C5FA 1QTDA 2DQGY 2MEBA 1OQMA 1DYDA 2W1XA 4NHSA 1WTNA 2ZQ4A 1C08C 1L50A 3P68A 1IX0A 3HH4A 178LA 1VDPA 4HV1A 1LJHA 3A8ZA 3V2WA 2NTHA 4TUNA 1L73A 3EMSA 2F30A 4WM4A 1RJCB 4DQJA 3DMVA 2HEFA 3RZ4A 2RBSA 1L02A 1GB7A 1ZVYB 1LZ4A 5KJ9A 1P36A 1C6TA 1UIBA 1KS3A 1L88A 4AGAA 1SWYA 4YOPA 1L21A 3WXTA 1LJNA 3P4ZA 2FBDA 1FLQA 1CTWA 1QIOA 5LXWA 4TSBA 3PBLA 1QTZA 3TXIA 4ETAA 107LA 1C6FA 5KXRA 2LYMA 1YILA 1NKHA 1D3MA 1QS9A 1D0LA 3CSZA 3M18B 4HSFA 2DQCY 4D9ZA 4WLXA 4PRUA 4NGZA 1ZURA 4KL7A 2YBIA 1IP1A 4QY9A 3A6BY 3DKEX 1C6JA 1SX7A 3F6ZA 5FSTA 1LSFA 1P7SA 2CWIA 1XGRC 3G3BB 227LA 248LA 1IR7A 4XJHA 1G7MC 4LYMA 1G0JA 1ALCA 163LA 1LAAA 115LA 1IOTA 1C69A 4FDYA 4ETDA 2D91A 1ZV5L 144LA 1LZCA 1GFGA 2BQKA 2RB2X 4RLNA 2BQNA 1GXV2 4W53A 2MEAA 5D5CA 2DBTA 3TMWA 4NGWA 143LA 3WUNA 1JITA 1IOQA 2LHMA 1J1XY 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OWB A;  200L A;  1NHE A;  4WO6 A;  1D3F A;  1BB6 A;  1LWK A;  2BQE A;  4NSG A;  4W51 A;  1OVK A;  3C8Q A;  5LIN A;  1LHJ A;  3AW7 A;  4ML7 A;  4B0D A;  1XGU C;  1KY0 A;  1WQR A;  4CFO A;  2B6X A;  1RFP A;  1YAP A;  3NY9 A;  3CQL A;  3WYH A;  3HT8 A;  1L94 A;  1L77 A;  1GE1 A;  3WUM A;  3K2R A;  3W6B A;  2D4I A;  4DQ5 A;  4I7T A;  3HTB A;  224L A;  1QT3 A;  3EXD A;  1B7Q A;  3NY8 A;  2BQD A;  3HBD A;  1WTM A;  1L54 A;  2A7D A;  1GB9 A;  1IOR A;  1L89 A;  1AKI A;  1L26 A;  1LI3 A;  1LZ1 A;  3FE0 A;  1DPW A;  3HT6 A;  1LYO A;  3ZVQ A;  5B59 A;  4WLD A;  255L A;  169L A;  1LJJ A;  162L A;  1QDR A;  2DQA A;  4NHQ A;  4NFV A;  2YBL A;  4LYB A;  2G4P A;  1FLY A;  222L A;  5L3I A;  1VDT A;  2FYD A;  4MST A;  2I25 L;  1D0K A;  1FLW A;  3A67 Y;  236L A;  1L07 A;  1LWG A;  4KXI A;  201L A;  1G1V A;  2ZIJ A;  4H92 A;  4J1A A;  1LHK A;  5LVI A;  5LVH A;  3L2X A;  2W1L A;  1W6Z A;  1CV1 A;  3A95 A;  3CDR A;  1CU3 A;  4EMN A;  1PQD A;  3C7Z A;  1L48 A;  4YM8 A;  4DT3 A;  1GF5 A;  4ARL A;  3W6A A;  1CV3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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