3DN8A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant (seleno version)
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn8A00
247LA 157LA 1QTBA 2RBOA 1L18A 2RB0X 1CUQA 1L33A 4DAJA 2B70A 3SBAA 120LA 2B6YA 2QARC 2B6ZA 3CDOA 181LA 1L03A 233LA 1L22A 1PQOA 1L98A 1LW9A 1L83A 122LA 1L71A 1P6YA 3HH5A 1LYJA 2A4TA 113LA 1L82A 3C82A 4I7TA 2OU0X 2RBNA 1K28A 4W53A 2IGCA 1CV6A 1L05A 1L88A 145LA 1NHBA 1QSBA 1L85A 2B74A 2OTZX 1OV7A 1L55A 4EXMA 1LWGA 1L80A 191LA 1SX7A 1L23A 1CU5A 3HTBA 1LWKA 174LA 245LA 2B72A 3VW7A 3GUIA 3NYAA 4S0WA 4LDOA 4LDEA 1CX7A 3HDFA 146LA 1L61A 1QTHA 2LZMA 1L69A 2CUUA 210LA 1L75A 2RB1X 2LCBA 1L63A 1L15A 147LA 1L28A 238LA 3CDRA 1KNIA 246LA 1D3JA 126LA 182LA 1L34A 3CDQA 1QUGA 3RUNA 1T97A 3C8SA 4DKLA 1QUHA 1G0QA 170LA 2RBQA 2HULA 223LA 3C8QA 1L70A 141LA 1P37A 2OE4X 4EPIA 3OE6A 217LA 112LA 1D3FA 1L12A 161LA 1L92A 7LZMA 175LA 1L51A 1G0JA 151LA 1C6CA 1L97A 4ARQA 1CV1A 4ARLA 1L01A 1L20A 148LE 200LA 2O79A 240LA 3DN0A 4EKRA 143LA 1P5CA 4I7LA 3G3XA 2B73A 1LI3A 3HUKA 1LYIA 1C6QA 1QTDA 3FADA 4ARMA 109LA 104LA 4W52A 1G1VA 1OWYA 213LA 1KY0A 3GUOA 3SBBC 150LA 1EPYA 1L21A 1L94A 4I7KA 252LA 1L56A 2B6XA 3C80A 4W58A 1D9WA 1L81A 192LA 188LA 4EKQA 1OYUA 1L48A 1C6TA 1C6JA 3OE0A 1L09A 1B6IA 1CV3A 4GRVA 234LA 260LA 1P2RA 236LA 1CU3A 3OE8A 3PBLA 1DYCA 152LA 2F32A 2NTHA 3DN8A 2Q9EA 3F9LA 184LA 3DN1A 195LA 1QTVA 1C6FA 1L89A 1LYHA 1L13A 197LA 1L76A 1C6HA 1L45A 140LA 1OVKA 232LA 1C6DA 2O4WA 1L54A 3DN2A 3GUKA 155LA 1ZWNA 4DJHA 2B7XA 2ANVA 3OE9A 4I7MA 1L46A 2L78A 2Z6BA 1LI2A 3GUMA 3QAKA 3LZMA 4W57A 242LA 1L72A 229LA 1DYFA 216LA 1C6NA 1LGUA 1P46A 1P64A 220LA 3G3WA 4ZPUA 248LA 4I7QA 1L0JA 1T8GA 3HH4A 180LA 3HT7A 4LZMA 4W55A 1OV5A 186LA 3ODUA 3SB5A 1L16A 177LA 3GUPA 4EKPA 225LA 183LA 1QT6A 190LA 2OTYX 1G0MA 1JTNA 3SB7A 3UONA 1C65A 3C81A 4ARJA 235LA 3RZEA 3DMXA 1L10A 1L17A 243LA 2OE7X 1L64A 4I7OA 173LA 1L87A 115LA 1JQUA 1L42A 3HTGA 1XJTA 1L26A 1XEPA 1P56A 218LA 231LA 102LA 1L66A 1L99A 1L41A 1QUOA 1SX2A 2RBRA 1QT5A 1L11A 1CU0A 1KW7A 3HU8A 1QTZA 1P3NA 2OEAX 1XJUA 1QT7A 3C8RA 1L08A 3DNAA 1LLHA 3HT8A 253LA 3HUAA 160LA 166LA 1C6GA 118LA 1L59A 1LYGA 3HUQA 103LA 187LA 1L86A 1PQKA 1DYAA 2QB0B 1T6HA 4PK0A 1JTMA 212LA 1G0GA 111LA 1QS9A 224LA 1CVKA 129LA 128LA 3DKEX 3FI5A 1C62A 6LZMA 4YX7C 1L06A 4YXCA 165LA 1SSWA 4I7NA 2RB2X 1L60A 1L79A 214LA 168LA 237LA 107LA 1C6BA 1C68A 1L38A 3HTFA 1WTHA 1C61A 4W54A 4I7SA 261LA 1QTCA 4K5YA 108LA 1D2YA 3G3VA 185LA 3EMLA 1P7SA 1PQMA 1LYFA 1G0LA 3NY8A 4AQNA 158LA 1D3NA 2B75A 1LPYA 3C7YA 2F47A 4ARMB 1QUDA 1L04A 1PQIA 4GBRB 257LA 2HUKA 1CTWA 1L57A 1KY1A 2RH1A 1DYEA 1L77A 3SB6A 123LA 2NTGA 1D3MA 176LA 2RAZX 114LA 219LA 1P2LA 1L29A 222LA 3D4SA 1G07A 196LA 244LA 1C64A 1I6SA 4I7JA 2B6WA 3DN3A 1L93A 1L65A 226LA 137LA 3K2RA 1T8FA 1L40A 239LA 1L19A 1DYBA 1C69A 259LA 3DMVA 1C63A 258LA 1C6IA 3L64A 1L68A 206LA 3C7ZA 1DYDA 1L31A 2ANXA 1QS5A 1L52A 4LDLA 178LA 3HT9A 199LA 1L62A 1PQDA 227LA 4YXAC 171LA 1L73A 1L91A 1CV5A 1L25A 230LA 1CV0A 3DN6A 1QT4A 3CDVA 4EJ4A 3CDTA 1CU6A 172LA 1L43A 139LA 2O7AA 1L58A 1LGWA 1CUPA 3JR6A 1KS3A 1L02A 1SSYA 1CU2A 1OVJA 169LA 164LA 1L30A 1L27A 1P36A 215LA 131LA 1D2WA 1LYDA 1PQJA 3GUJA 3F8VA 1DYGA 1G1WA 1L0KA 1L74A 1L50A 1LI6A 1T8AA 241LA 3HWLA 1C6LA 1C66A 1TLAA 3HT6A 3NY9A 127LA 1L00A 3GULA 159LA 250LA 3HTDA 4EPFA 2Q9DA 2F2QA 2RAYX 1LGXA 1L90A 2OE9X 4PJZA 1ZURA 256LA 142LA 4W56A 1SWYA 167LA 1L14A 1C6PA 1C6MA 2LC9A 3FA0A 1CV4A 4I7RA 255LA 1L44A 1L49A 1L36A 2OU8A 125LA 3SN6R 4W59A 1CX6A 1OVHA 3SB9A 1L96A 119LA 1SWZA 2RBPA 4I7PA 2OU9A 1G06A 1L67A 5LZMA 209LA 1G0PA 1QT3A 1QSQA 1L07A 221LA 1OWZA 3DMZA 3PDSA 1C67A 2RBSA 262LA 228LA 1KW5A 4ARQB 3SB8A 4ARPA 110LA 1L24A 254LA 162LA 1L37A 251LA 144LA 1C6AA 3HH3A 1L84A 205LA 1C6EA 3V2WA 1L35A 156LA 138LA 5I14A 3L2XA 1L32A 211LA 3HU9A 4IAPA 1L53A 1L95A 249LA 2HUMA 1L39A 2B6TA 201LA 198LA 1L47A 4E97A 4OO9A 3C83A 149LA 4W51A 1C6KA 1G0KA 3V2YA 3HH6A 130LA 3C7WA 163LA 1QT8A 3DN4A 4EKSA 3HDEA 189LA 1ZYTA 3GUNA 1LYEA 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZRA 1CJ8A 1LMNA 1QTEA 1C46A 1QTBA 2BQBA 153LA 4NSJA 2RB0X 1CUQA 3AZ5A 4MSTA 5LXWA 3M3UA 3CDOA 181LA 1LPIA 4O34A 4WL6A 1GFUA 113LA 1YROA 3LYMA 4I7TA 4UWVA 3TMUA 4BADA 4W53A 1REZA 2IGCA 1L88A 4NGKA 2B74A 4RW2A 208LA 1L80A 5FSTA 4M6DA 1SX7A 1L23A 3W6DA 174LA 5LVKA 2FBDA 4J0LA 3GUIA 4HJVA 1HEPA 4LDEA 1LZ4A 1GFEA 1IP1A 1YKXX 4H9FA 1QTHA 1GFTA 1IP3A 1UCOA 2ZWBA 5I4WA 2LCBA 3B0IA 1LMTA 1P2CC 4GCFA 1D9UA 1GPQC 1IR7A 1L34A 1IC5Y 6LYZA 1QUGA 3C8SA 1QUHA 2A7FA 4ZEEA 2HULA 4W94A 1P37A 4R0FA 112LA 1JSEA 3TXKA 161LA 2HEFA 1XEKA 1IP2A 1B2KA 1B7QA 3CSQA 4H8ZA 2Z12A 4A7DA 1CV1A 1L20A 2O79A 3A95A 1DXJA 1I20A 1LJGA 3G3XA 1FKVA 2HEDA 3TXHA 3HBHA 1F6SA 2A7DA 3SBBC 1WVUA 3ZVQA 3C80A 188LA 1D6PA 1CJ9A 1L48A 4Z46A 4GRVA 4NWEA 1LZ1A 1FLQA 2BQEA 3OE8A 1DYCA 2NTHA 1CKFA 4H9EA 1C08C 4LT3A 4PJ2C 2G4QA 1GF5A 1L89A 1LHHA 5KXTA 197LA 1L76A 3RU5A 1OVKA 4WO6A 4H1PA 2O4WA 1B7SA 3DN2A 1ZWNA 2ANVA 3OE9A 1L46A 3LZMA 4ETEA 5L9JA 1LHKA 1DYFA 1SQ2L 248LA 4Z3MA 1NDGC 5KXLA 2YBMA 3M18B 186LA 4C3WA 1L16A 3CQLA 4WOAA 1OUGA 1HEWA 1CKDA 190LA 1B5WA 1LTMA 3SB7A 3B72A 4ARJA 4HV1A 1XGQC 2W1XA 1JSFA 1VDSA 4U3XB 1IP4A 115LA 1C43A 2EKSC 2YDGA 1L26A 1LJIA 1L99A 1BQLY 4Z41A 1L41A 1LZGA 1GEVA 1L11A 1LZCA 2FBBA 2MEBA 1CU0A 3P65A 4NGYA 3DNAA 5C6IA 1IOCA 3HUAA 3CSRA 4XJFA 4NGIA 9LYZA 4ANRA 1L59A 3HUQA 3WPLA 3RT5X 103LA 2DBTA 1KIQC 1PQKA 2F30A 1DYAA 4XJHA 3AB6A 1QS9A 224LA 1CVKA 1LSDA 2EIZC 1IO5A 1FN5A 3DKEX 4NGZA 1UICA 5LVHA 3EMSA 2C8PA 107LA 1C6BA 3HTFA 3TXIA 1B7MA 1WTHA 1CNSA 2HU1A 3G3VA 1JWRA 185LA 2I25L 4DWXA 2HEAA 3LYZA 1LSZA 3A3RX 3AJNA 1LHIA 1PQIA 1CJ6A 1CTWA 5I54A 4B4JA 2NTGA 1D3MA 2RAZX 2BQMA 4DDCA 1L29A 3G3AB 1G07A 2YBLA 2B6WA 3DN3A 1L93A 1L65A 4H9AA 226LA 1IOSA 5KXZA 137LA 3K2RA 3CT0A 4L41A 1LSFA 1YAOA 5DLAA 1DYBA 2MEAA 4WO9A 1C63A 3AZ6A 1B5ZA 1DPWA 4W96A 3C7ZA 1NMMA 1DYDA 3CT1A 1HFYA 4RDSA 1LSAA 1HELA 1BB7A 1L73A 1CV0A 1QT4A 3AGIA 3CDVA 4EJ4A 3CDTA 5F9XA 1FBIX 5K7OA 1KS3A 4PHIA 1GWDA 1WQNA 164LA 1P36A 2IFFY 215LA 4BAFA 131LA 4LYBA 3WU8A 4LT2A 1GFHA 1LI6A 1L0KA 1WQPA 4HJYA 1C6LA 5KJ9A 1CKCA 2BQHA 4NSIA 2ZQ4A 1F0WA 2Z19A 4XJIA 2OE9X 2YBNA 142LA 3A93A 4II8A 1LJFA 4WG1A 255LA 3P4ZA 4PPOA 2OU8A 2XTHA 4LYCA 1YL0X 3SN6R 4P2EA 2BQOA 2RBPA 1BVXA 4I8SA 1LKRA 3BKVA 1L07A 1IX0A 4WM1A 3DMZA 3PDSA 1O23A 5APCA 3HFMY 228LA 110LA 1LZTA 144LA 1C6AA 3HH3A 205LA 3V2WA 1GFVA 1GHLA 1GBZA 1EQ5A 1UACY 211LA 3G3BB 4IATA 1OUAA 2DQAA 201LA 3B0KA 3V2YA 2N5ZA 4BS7A 5ILFA 1LHJA 3GUNA 4DQJA 1C60A 3AYQA 1OUBA 247LA 1IWTA 4WLXA 1L18A 1GFAA 1LOZA 1AM7A 2QARC 1QDTA 1L03A 2BQCA 1L22A 1PQOA 5IDDA 1RE2A 1VDPA 122LA 1P6YA 2H9KA 2A4TA 1L82A 4XENA 5LA8A 1G7MC 1CKHA 1LYZA 145LA 1L85A 4EXMA 1J1XY 1LWGA 4GN3A 2W1YA 1XFPL 1CU5A 3HTBA 1LWKA 1GAZA 245LA 4B49A 1HFZA 3QNGA 3VW7A 3NYAA 4LDOA 3A92A 4IJ4A 4DQ5A 3HDFA 1B7LA 2FYDA 5HNLA 1HFXA 2CUUA 1L75A 1AZFA 5F16A 1L28A 238LA 3ATNA 3CDRA 1KNIA 5E4PA 246LA 3WU7A 2BLYA 2WARA 126LA 1B7NA 3CDQA 1B0DA 1G0QA 2RBQA 1L70A 1UC0A 2OE4X 1LZ8A 4EPIA 3OE6A 4B1AA 3WYHA 3LZ2A 1YL1X 1L92A 1L51A 1G0JA 1L97A 4ARQA 1L01A 1G7LC 200LA 2RSCA 4EKRA 4I7LA 1P5CA 1H6MA 1GB2A 2B73A 3HUKA 193LA 5APDA 1QTDA 4ARMA 3A94A 109LA 1C7PA 1OWYA 1L21A 1L94A 4I7KA 1GBXA 3J6KA 4H9BA 3WMKA 1JIYA 2W1LA 4W58A 1L81A 1OYUA 4GN5C 1CV3A 4OWBA 5F9UA 1GF7A 1P2RA 1CU3A 1LYOA 3PBLA 3DN8A 2Q9EA 4HTNA 184LA 1QTVA 1L13A 5HMJA 1PZYA 1LSEA 3EBAB 1C6DA 3GUKA 4DJHA 4I7MA 2Z6BA 1LI2A 4CHXA 4CGEA 1GB9A 1L72A 4XN6A 4KL7A 216LA 1C6NA 5KXRA 1DI4A 2DKVA 2FYCA 3MGWA 1T8GA 4DD3A 180LA 4W55A 2ZYPA 3SB5A 1JTTL 1VDTA 177LA 1DZBX 2YBJA 1ZMYL 1UIDA 3AZ7A 183LA 1QT6A 1TEWA 2CWIA 5LYTA 5F14A 1GF9A 2F4AA 4G4HA 1L42A 1JQUA 1XJTA 1JKDA 1P56A 1MELL 3D3DA 102LA 2BQIA 1QUOA 1SX2A 3LN2A 1QT5A 4WL7A 3LZTA 1NQIA 2F2NA 1KW7A 3WUNA 1LJHA 4H91A 2OEAX 4N8ZA 2BLXA 1I56A 1JJ1A 1LLHA 2XQOA 160LA 6LYTA 2I26L 2ZNWY 1C45A 1LYGA 3SP3A 3WXTA 1JTMA 212LA 111LA 1GFGA 8LYZA 129LA 1GF3A 4NEBA 1LZYA 4RLNA 4MR1A 1L60A 5HQ1A 237LA 3BKHA 1YAMA 1WQRA 261LA 1OUEA 5JENB 1QTCA 4K5YA 1D2YA 4GCDA 1IP7A 1LYFA 2Z2FA 4ETBA 2B75A 2F47A 4J7VA 1L04A 4PGJB 4GBRB 5APEA 257LA 5F81A 1GBSA 1L57A 5KXNA 1QUTA 1DYEA 1LMOA 1Z55A 3SB6A 4WM2A 3ZVQB 5LYMA 176LA 3A3QA 2I6ZA 4DYGA 244LA 1OUCA 2D4JA 2BQJA 1J1OY 4DD2A 4ET9A 5ILCA 4DD7A 4X3BA 1IWWA 5C6LA 1T8FA 239LA 1IP6A 3AW6A 259LA 1NBZC 2YBHA 4E3UA 1OUHA 1LZ6A 1L31A 2ANXA 5B07A 4AGAA 1LSGA 178LA 1B7PA 4YXAC 4QGZA 3P66A 1L91A 1IWXA 1CV5A 1GBWA 2G4PA 5DN4A 1NF5A 1LSCA 1W08A 1CU6A 4B0DA 4OW1A 1LZEA 2O7AA 1L58A 3B0OA 1CU2A 1D0LA 1L30A 1VFBC 1RFPA 5E9RA 3N9EA 1V7SA 3A8ZA 3GUJA 5I53A 1EQ4A 1G1WA 1L74A 1GAYA 241LA 1L50A 1T8AA 3HWLA 1JITA 5D5FA 4XJDA 4N0JA 3QE8A 127LA 1L00A 3GULA 1REXA 4EPFA 2Q9DA 4UWNA 4LYMA 1L90A 1XGUC 3TXEA 1HERA 1SWYA 4NWHA 167LA 1L14A 1HHLA 2BQAA 1CV4A 1L49A 3W3EA 125LA 4WG7A 4WMGA 4OWHA 5LZMA 1L67A 2DQHY 1G0PA 1QT3A 1QSQA 4FJRA 221LA 4AXTA 1VAUA 1OWZA 1C67A 5FCPA 5DL9A 1KW5A 3SB8A 1UBZA 1KXYA 254LA 162LA 1BB3A 251LA 4QY9A 1L35A 2MEFA 4EOFA 5I14A 2VB1A 3L2XA 5L3HA 3WUAA 5KXXA 249LA 4NSGA 3OJPA 1C6KA 1WVVA 4H8YA 4I0CA 3HH6A 3T36A 1LZDA 4N5RA 3DN4A 2W1MA 3HDEA 1C10A 4DKLA 196LA 1F6RA 207LA 1L33A 1B9OA 3SBAA 1QTKA 3TXDA 3P68A 2B6ZA 1GFKA 1OUDA 1XGRC 3N9CA 1BHZA 4NHTA 5FEKA 1LW9A 3W6CA 1GD6A 1LZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZR A;  1CJ8 A;  1LMN A;  1QTE A;  1C46 A;  1QTB A;  2BQB A;  153L A;  4NSJ A;  2RB0 X;  1CUQ A;  3AZ5 A;  4MST A;  5LXW A;  3M3U A;  3CDO A;  181L A;  1LPI A;  4O34 A;  4WL6 A;  1GFU A;  113L A;  1YRO A;  3LYM A;  4I7T A;  4UWV A;  3TMU A;  4BAD A;  4W53 A;  1REZ A;  2IGC A;  1L88 A;  4NGK A;  2B74 A;  4RW2 A;  208L A;  1L80 A;  5FST A;  4M6D A;  1SX7 A;  1L23 A;  3W6D A;  174L A;  5LVK A;  2FBD A;  4J0L A;  3GUI A;  4HJV A;  1HEP A;  4LDE A;  1LZ4 A;  1GFE A;  1IP1 A;  1YKX X;  4H9F A;  1QTH A;  1GFT A;  1IP3 A;  1UCO A;  2ZWB A;  5I4W A;  2LCB A;  3B0I A;  1LMT A;  1P2C C;  4GCF A;  1D9U A;  1GPQ C;  1IR7 A;  1L34 A;  1IC5 Y;  6LYZ A;  1QUG A;  3C8S A;  1QUH A;  2A7F A;  4ZEE A;  2HUL A;  4W94 A;  1P37 A;  4R0F A;  112L A;  1JSE A;  3TXK A;  161L A;  2HEF A;  1XEK A;  1IP2 A;  1B2K A;  1B7Q A;  3CSQ A;  4H8Z A;  2Z12 A;  4A7D A;  1CV1 A;  1L20 A;  2O79 A;  3A95 A;  1DXJ A;  1I20 A;  1LJG A;  3G3X A;  1FKV A;  2HED A;  3TXH A;  3HBH A;  1F6S A;  2A7D A;  3SBB C;  1WVU A;  3ZVQ A;  3C80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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