3DN8A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant (seleno version)
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn8A00
3NY8A 111LA 1CUPA 1D9WA 1L88A 4ARQB 210LA 1L30A 1C66A 1L63A 113LA 4I7PA 1L04A 1L53A 3G3WA 2RAYX 1C60A 3C83A 3GULA 205LA 3CDRA 1L83A 2OEAX 1QUDA 1C6HA 4YXAC 188LA 1L03A 1QTVA 4I7QA 114LA 1L57A 1L76A 3C8SA 1C6IA 1KS3A 1L24A 238LA 2RB1X 130LA 1C6PA 1L75A 1CV0A 4E97A 2OTYX 1L34A 2RBOA 3DN8A 1L33A 1PQJA 230LA 212LA 3GUNA 3HDFA 1CV3A 1QUOA 1L0KA 1CTWA 197LA 227LA 1L51A 1QTZA 3HT9A 118LA 4DKLA 229LA 173LA 3SBAA 160LA 3SN6R 221LA 1LWKA 4ARMB 1C68A 3HUAA 1LYHA 3DMZA 1C6TA 252LA 236LA 3HU9A 2CUUA 1L58A 4I7NA 1T8AA 166LA 1C6EA 217LA 4LDLA 2LCBA 1SWYA 213LA 220LA 4W59A 1L26A 1L29A 247LA 4I7JA 1L66A 1QSQA 1L25A 1QS9A 1NHBA 1L07A 2B75A 1C6MA 251LA 4AQNA 1L31A 3GUPA 1XJUA 1CV1A 4EXMA 1LYJA 1LPYA 1LI2A 6LZMA 4I7OA 225LA 4EJ4A 147LA 164LA 1OVKA 1PQIA 102LA 1T8GA 4W54A 1QTBA 3VW7A 196LA 1C6AA 1G0PA 3EMLA 3DNAA 1L18A 1QSBA 3G3XA 1L14A 1KW5A 125LA 2OU9A 2QARC 1OV7A 1G0QA 1L54A 1C6KA 1L23A 2B73A 103LA 4GBRB 137LA 2NTGA 151LA 5I14A 2B6XA 131LA 1L40A 209LA 141LA 3GUKA 1D2WA 199LA 195LA 1LI3A 1C6BA 3HT7A 3V2WA 2RB2X 171LA 3PDSA 184LA 169LA 1OV5A 3HDEA 1L92A 3RZEA 1L69A 206LA 2LC9A 223LA 3HTBA 4I7SA 1L08A 161LA 1L10A 4W58A 2HUMA 224LA 1L47A 1B6IA 3C7WA 3HTFA 201LA 1G0KA 108LA 242LA 1L81A 1PQDA 231LA 4PJZA 4I7KA 261LA 1D3FA 2O79A 119LA 3HTDA 3GUIA 1LYIA 4I7LA 4PK0A 1L45A 1L87A 1QT7A 3G3VA 3SBBC 3FA0A 3FADA 1CUQA 190LA 1L68A 3HH5A 3F8VA 4ARLA 1L94A 1JTNA 226LA 222LA 1LWGA 3HUKA 146LA 3SB9A 139LA 1WTHA 1L41A 1L44A 2RBQA 1L56A 1OYUA 120LA 256LA 2OU8A 3DMXA 177LA 122LA 3HH6A 254LA 4EKRA 1L61A 3NY9A 2B6YA 1QTCA 1D2YA 2RBSA 4W57A 4YX7C 1K28A 1L97A 4S0WA 168LA 1G1WA 1L84A 3C8QA 4K5YA 1L11A 1OVJA 1P3NA 1P5CA 1TLAA 2OU0X 2B70A 176LA 215LA 4W51A 1L27A 244LA 170LA 2RAZX 1L65A 246LA 2OTZX 1L62A 1QS5A 219LA 143LA 3NYAA 1DYCA 3SB5A 2RBPA 2B7XA 1L72A 156LA 4OO9A 3SB8A 4LDEA 1L12A 1SX2A 1DYEA 2RBRA 4EPFA 1L06A 4W52A 1C6JA 3UONA 2F2QA 3C80A 159LA 150LA 172LA 1LYGA 178LA 4EKQA 174LA 2O4WA 1P6YA 1L60A 158LA 2F32A 2Q9DA 1L42A 1LGUA 1L36A 3QAKA 112LA 1L21A 175LA 1L93A 1L05A 200LA 1T6HA 1L64A 4I7MA 1L55A 3DN2A 1L09A 1ZURA 2IGCA 1C6GA 241LA 3V2YA 1KW7A 4EKPA 104LA 191LA 1L95A 3OE6A 1C63A 1G06A 3GUJA 3HT6A 3JR6A 1OVHA 4EPIA 1L90A 3FI5A 3C7YA 1SWZA 3CDQA 1PQKA 255LA 1L89A 1P36A 1LGXA 3RUNA 1CU3A 1KNIA 3C7ZA 1PQOA 3SB6A 1KY1A 1QT3A 253LA 3HT8A 181LA 3SB7A 1L59A 3PBLA 3DKEX 4DJHA 240LA 1L37A 232LA 2HULA 2B6WA 165LA 148LE 1C61A 1OWYA 1QT6A 1L00A 1OWZA 1L82A 183LA 1L22A 1C6CA 185LA 3L64A 1L99A 1DYFA 127LA 218LA 1C6QA 1QT4A 1L46A 1C64A 249LA 2L78A 1CV5A 1G07A 1P56A 1DYAA 4ARJA 4ARQA 1CU5A 1L32A 1KY0A 1L96A 1JQUA 115LA 186LA 1XJTA 1DYGA 1L38A 258LA 3HTGA 1L16A 250LA 2B6ZA 4W56A 1C6FA 2OE4X 1LYFA 3ODUA 1L50A 1ZYTA 1P2LA 1L73A 109LA 1QTDA 2OE7X 4IAPA 1L20A 260LA 3CDOA 4DAJA 4ZPUA 2RBNA 182LA 2QB0B 1L71A 262LA 4LZMA 128LA 145LA 3DN0A 3OE0A 5LZMA 1P7SA 1CU6A 126LA 3C8RA 4ARMA 1L52A 228LA 1CX7A 3K2RA 1G0GA 2F47A 187LA 3CDVA 4ARPA 1XEPA 216LA 1SSWA 1C65A 2O7AA 3HWLA 2A4TA 3OE8A 233LA 1P37A 2Q9EA 7LZMA 239LA 3DMVA 1LI6A 1PQMA 167LA 1QUHA 1QT5A 1D3MA 3CDTA 1CV6A 149LA 3F9LA 3L2XA 110LA 1L17A 1L28A 2ANVA 198LA 3DN4A 4YXCA 1EPYA 1L70A 157LA 4GRVA 1QTHA 1C6DA 1JTMA 1I6SA 1CV4A 257LA 1C6NA 1L80A 1LW9A 1QUGA 1C69A 1CX6A 1L15A 248LA 4I7RA 1L35A 259LA 1CU0A 2HUKA 211LA 3HH4A 1C67A 3OE9A 3D4SA 1CVKA 1L85A 1L77A 189LA 138LA 1P64A 1G0MA 1L43A 1G0JA 144LA 1L86A 3DN6A 2Z6BA 2NTHA 2OE9X 1L19A 1DYBA 1LYEA 1ZWNA 1LGWA 1LLHA 1L48A 3HUQA 1L49A 3C82A 1C6LA 1G1VA 1L39A 235LA 192LA 107LA 2B6TA 4I7TA 1T97A 4LDOA 4W55A 1T8FA 155LA 1L67A 1D3NA 1QT8A 163LA 2B74A 1P46A 2LZMA 3HU8A 2ANXA 162LA 1G0LA 1L91A 3HH3A 1D3JA 140LA 4EKSA 243LA 142LA 1L02A 1L13A 1L98A 1C62A 237LA 3DN1A 3GUOA 123LA 1L74A 2B72A 4W53A 1SX7A 2RH1A 234LA 1P2RA 2RB0X 1CU2A 1SSYA 1LYDA 129LA 1DYDA 214LA 245LA 3GUMA 180LA 1L0JA 1L79A 3C81A 152LA 3LZMA 1L01A 3DN3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NY8A 1D9WA 4ARQB 1L88A 1GFGA 1AT6A 1IOSA 1GF9A 2MECA 3G3WA 1C60A 3GULA 2CDSA 4KT3A 2BQLA 1C6HA 1GE2A 4YXAC 188LA 3C8SA 5B05A 1FLQA 1L75A 3AZ5A 212LA 1L0KA 4NHPA 1CTWA 4ETCA 3HT9A 1QTZA 4GLAA 5IDDA 2LZ2A 160LA 3SN6R 1LWKA 1C68A 3DMZA 4DD2A 1L58A 3WXUA 3TXHA 217LA 5T3FA 1DQJC 1HFZA 1YILA 1L26A 4I7JA 1L66A 2XTHA 1NHEA 3W6BA 1JJ1A 1QS9A 2B75A 1C6MA 4AQNA 2YVBA 4H90A 4BAPA 1LHHA 1XJUA 4H8ZA 2ZNXY 1DKJA 2Z39A 1T8GA 1YAMA 1QTBA 3VW7A 2DBTA 3QNGA 1G7HC 153LA 7LYZA 1IR7A 3DNAA 4ZIXA 4J1AA 1D0LA 1G0QA 1GBOA 4GBRB 131LA 1L40A 3WULA 1GWDA 1GF8A 1OUFA 1WTMA 1LI3A 4CFPA 1C6BA 3HT7A 3AZ6A 3V2WA 2BQFA 3MGWA 3HDEA 5F16A 2YBMA 2X0AA 3W6AA 4I7SA 3EBAB 4E3UA 224LA 1AKIA 5KJ9A 1OUIA 5KXXA 3WU9A 1G0KA 1L81A 1LMCA 2BQAA 4OWHA 1JJ3A 261LA 1D3FA 4NGWA 1Z55A 2I26L 1L87A 1GFHA 3ZVQA 4NG1A 1REXA 1LZ8A 1LTMA 4ZFPA 4H9EA 5DLAA 222LA 1GB7A 1LWGA 5LAFA 139LA 4XJIA 2OU8A 3DMXA 4PGJB 1QIOA 4EKRA 4Z98A 4YX7C 4W57A 3WPKA 3C8QA 3T6UA 1L11A 1P3NA 1QDTA 1GEVA 2B70A 1UA6Y 176LA 1JKCA 1L27A 244LA 5HQ1A 3TXDA 3RW8A 1GB2A 5ILFA 1JJ0A 4TX7A 4WM2A 4YEOA 4NSIA 1GBYA 3NYAA 3AZ4A 1GDXA 4NIJA 1IP2A 1LZ9A 4LT2A 1B5UA 4LYCA 1LZGA 1DYEA 3LYMA 4DT3A 4EPFA 4HV2A 1YKXX 3GXKA 172LA 1IWXA 1XGQC 1WVVA 5APDA 1WQMA 1GB3A 174LA 4HTKA 1GF7A 2RSCA 1P6YA 3P68A 4NGJA 5M1YA 2F32A 2Q9DA 4LT3A 1GFUA 2DQDY 3LN2A 3QAKA 3E3DA 1XFPL 1OUEA 4I7MA 4N1EI 5KKJA 1LKRA 4KXIA 4B4IA 4PJ2C 2IGCA 3TMXA 2D4JA 104LA 3OE6A 5LVHA 4EPIA 4WLTA 2G4NA 3G3AB 1L90A 3FI5A 1LSYA 5HLLA 5HNCA 5LVKA 1LGXA 1LKSA 3RUNA 1CU3A 4AXTA 1PQOA 4LFPA 3SB6A 1J1OY 1QT3A 3VWOA 1MLCE 1L59A 3PBLA 3DKEX 1IC7Y 4DJHA 240LA 232LA 2HULA 3HBDA 148LE 1REZA 2BQHA 1OWZA 183LA 1JITA 5B59A 1OUAA 1ALCA 2L78A 4P2EA 1CV5A 1P56A 3CSRA 1BB5A 4ARQA 3EMSA 1D0MA 1LJEA 4IATA 115LA 3AYQA 1XJTA 4ML7A 3CT1A 250LA 4U3XB 2B6ZA 1DI5A 1YKYX 2YBLA 3N9CA 5KXYA 1P2LA 4IAPA 260LA 4DAJA 134LA 1GFAA 2QB0B 1I56A 145LA 3TMWA 2G4PA 3D3DA 1CU6A 1XGUC 3K2RA 1GAYA 3CDVA 133LA 1LSZA 1YANA 7LZMA 1LI6A 1UIBA 1PQMA 1D3MA 1GFRA 3F9LA 1EQEA 5DN5A 4IJ4A 1UUZC 1EPYA 3F6ZA 1C6DA 1GB8A 1CV4A 1B7OA 1E8LA 4FDYA 2DQEY 1B5YA 4GCBA 4I7RA 259LA 1FKVA 5KXLA 3OE9A 1WQQA 2Z2EA 4YENA 1L85A 138LA 4WL6A 2W1LA 1IP5A 4NGYA 4TWSA 1DYBA 4G4HA 3HUQA 3WYHA 2BQCA 1IP1A 1IY4A 1T6VL 1J1PY 5F14A 4H9FA 1YAOA 4DD7A 3WMKA 155LA 3AGIA 4QDNA 4G4BA 1P46A 5F9UA 3WVXA 1RFPA 3HH3A 4EKSA 2YBNA 1ZV5L 5APFA 1L02A 3GXRA 2Z19A 3DN1A 4RW1A 1IOTA 123LA 1JUGA 4B49A 1ZVHL 1DPWA 1YIKA 1SX7A 1P2RA 1DI4A 1A4VA 1NDMC 1LYDA 1XGRC 4CJ2A 214LA 245LA 180LA 2D4KA 2C8PA 1T3PA 111LA 3ZVQB 1CUPA 1IX0A 1D6PA 1L30A 4ETBA 3FE0A 4I7PA 3G3BB 1NKHA 3IJUA 3C83A 205LA 1IWTA 1GF6A 4QGZA 1L76A 1LSEA 1L24A 238LA 2RB1X 5LA5A 4II8A 1JKDA 1IC4Y 1PQJA 1EQ5A 1QUOA 2EQLA 5E9RA 227LA 3CB7A 4CGEA 2CUUA 1LJ3A 3A92A 166LA 4LDLA 4M4OA 2LCBA 1HEMA 3CT5A 1LSAA 1QSQA 1L25A 1GBWA 4BAFA 2DQCY 1L31A 1LZSA 1SLYA 2HTXA 4EXMA 1LPYA 3WPLA 1LSPA 2N5ZA 132LA 225LA 4EJ4A 3EO5A 2BPUA 3W6FA 5LXWA 1PQIA 4W54A 1GPQC 4ZEEA 2Z37A 3EMLA 1GFEA 1L18A 1QSBA 4QEQA 3A6CY 5HMVA 125LA 1VAUA 3WU7A 1QQYA 1L54A 1C6KA 4OWBA 1L23A 4ET8A 3WW5A 1JKAA 154LA 137LA 3CSQA 4DDCA 1LYYA 3WU8A 3QE8A 5LYTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NY8 A;  1D9W A;  4ARQ B;  1L88 A;  1GFG A;  1AT6 A;  1IOS A;  1GF9 A;  2MEC A;  3G3W A;  1C60 A;  3GUL A;  2CDS A;  4KT3 A;  2BQL A;  1C6H A;  1GE2 A;  4YXA C;  188L A;  3C8S A;  5B05 A;  1FLQ A;  1L75 A;  3AZ5 A;  212L A;  1L0K A;  4NHP A;  1CTW A;  4ETC A;  3HT9 A;  1QTZ A;  4GLA A;  5IDD A;  2LZ2 A;  160L A;  3SN6 R;  1LWK A;  1C68 A;  3DMZ A;  4DD2 A;  1L58 A;  3WXU A;  3TXH A;  217L A;  5T3F A;  1DQJ C;  1HFZ A;  1YIL A;  1L26 A;  4I7J A;  1L66 A;  2XTH A;  1NHE A;  3W6B A;  1JJ1 A;  1QS9 A;  2B75 A;  1C6M A;  4AQN A;  2YVB A;  4H90 A;  4BAP A;  1LHH A;  1XJU A;  4H8Z A;  2ZNX Y;  1DKJ A;  2Z39 A;  1T8G A;  1YAM A;  1QTB A;  3VW7 A;  2DBT A;  3QNG A;  1G7H C;  153L A;  7LYZ A;  1IR7 A;  3DNA A;  4ZIX A;  4J1A A;  1D0L A;  1G0Q A;  1GBO A;  4GBR B;  131L A;  1L40 A;  3WUL A;  1GWD A;  1GF8 A;  1OUF A;  1WTM A;  1LI3 A;  4CFP A;  1C6B A;  3HT7 A;  3AZ6 A;  3V2W A;  2BQF A;  3MGW A;  3HDE A;  5F16 A;  2YBM A;  2X0A A;  3W6A A;  4I7S A;  3EBA B;  4E3U A;  224L A;  1AKI A;  5KJ9 A;  1OUI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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