3DP8A

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (nickel butane-1,2,4-tricarboxylate form)
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 148
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3dp8A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3dp8A01
4DIGA 1VSOA 2QL3A 5JTYA 1I6AA 3BKIB 3T22A 4YB6A 2HQ0A 3D4CA 1ZTYA 1JQFA 4O3BA 1POTA 1B05A 3PPPA 2GFEA 2Q8JA 1PBQA 4ELQA 3MW0A 4IGRA 4IY5A 3TTRA 2DYXA 1Y4TA 1SW1A 2F7CA 4OESA 1LAHE 3OENA 3IOWA 3V5AA 1JW1A 3DM0A 1IIWA 4ZEFA 2F7AA 2DQVA 3WAEA 4WEPA 3SKPA 4F19A 3QUJA 4OQOA 3IB2A 3KN7A 1QKBA 1JNFA 1B40A 5DT6A 4F1VA 1N0TA 1FCKA 1S9TA 1WVJA 5I2NA 5F1QA 2P0SA 1USYH 4R75A 2R9JA 3Q25A 1OQGA 4G77A 1NNTA 5L9MA 2I58A 1UTHA 3MZ1A 3FXQA 5I2KA 1ZLQA 4ESXA 2UVIA 2X26A 1S7YA 4BDMA 1JW4A 3IJXB 4JWOA 3KEIA 2Q88A 3RGYA 3USDA 1USYE 2ZNUA 3CG1A 3TAJA 2O1MA 3TCHA 1PDAA 3T9UA 3TKDA 1MXXA 4RXLA 3C4MA 4KHZE 1IZ1A 3S2VA 2I6EA 1PC3A 2G29A 5I56B 2ZYMA 4KCCA 1FTKA 1URSA 5JTYB 1H76A 3DRIA 3LR1A 3LVUA 1BIYA 1PBPA 4MFIA 1NH7A 3VXCA 3TCFA 3TEPA 5CC2A 4Z7EA 2F8DA 5HPQA 1XT8A 1B3FA 3IK6B 4JB7A 3MVWA 4ZEDA 3DRFA 4QFKA 2DE4A 4LZ5A 3IOUA 2B4MA 3G7WA 4DLDA 2NWJA 3THIA 1LAGE 3HSTA 3RT6B 5I57B 1YAEA 1FTOA 4IO7A 1FQDA 3U94A 4U4XA 3PUZE 1IXHA 4AB6A 1XC1A 2A5TB 1N3XA 3SEUA 3OO7A 3HHGA 3W9VA 4OEUA 3TDJA 3M3LA 4HTGA 4F1UA 1XVXA 3O29A 2XXIA 4H0WA 3L6HA 1FQFA 1MDQA 4PFTA 1D9YA 2ZMBA 1Q35A 3E3KA 3EN3A 2DWIA 3IOVA 3O6IA 4H5FA 3VLVA 1NKXA 4DCXA 3TUSA 2HXWA 1MPDA 4F2OA 3R6UA 4ZEBA 4MLVA 4R9GA 1LAFE 5FHMA 2H99A 5KZTA 4IO6A 1D4NA 4OEVA 2F6GA 1PB8A 4PQJA 2QJEA 1YTVA 4NF8A 4NF4A 3ILTB 4R74A 2DE3A 3K0VA 4QRZA 2I49A 1MH3A 2DXRA 5A5XB 1B7UA 4OWDA 4EF1A 1B1HA 3MP6A 1AH5A 4TLMB 3B6WA 3V83A 4Z0IA 3E4RA 3KFMA 2HZKA 3MVYA 1ZU0A 3GBBA 1H45A 4OTEA 4JBZA 4FE8A 2ALUA 3Q27A 4EF2A 1HSJA 4KD5A 4YKIA 4RY1A 4GQOA 3HV1A 4U22A 2Y7PA 5H8SA 1M5CA 4C1UA 2O7IA 5H8HA 2Z23A 3V89B 1WDNA 1TFDA 2VP1A 4THIA 4QFLA 2ZXTA 4QHQA 1NNFA 4OMBA 4PETA 5CBRA 2OLBA 3RUMA 3MPKA 4OZ9A 3SEWA 3IO4A 1EZ9A 1B3EA 2UYFA 1PB9A 3PD9A 3O6HA 3K2DA 3RN8A 3G3JA 3AXFA 4POXA 3SERA 4PFUA 1IXIA 1OMPA 4ECFA 3ECRA 2WOKA 3FXUA 1IUDA 2XXQA 4LZ8A 3MVZA 3S9LC 3TTLA 3DRGA 3UGWA 1AOVA 1Y3PA 2V3UA 1YCJA 4Q8RA 3IX1A 4YB7A 4KQPA 4G68B 4P0IA 3UIFA 3CI8A 4BDQA 2FYIA 4X1BA 3I5OA 2HCAA 3FXRA 2V84A 3RNNA 3T9HB 4ZECA 1R9QA 2PT2A 2QS2A 1MDP1 3VDFA 3H7MA 3FVNA 4RPNA 1M5FA 3FV1A 3PV0E 3PU5A 3TZAA 4P11A 2E0SA 2BJJX 3ONMA 3FD3A 3MUQA 1O63A 5KDTB 4TLLB 3PMVA 3ZKLA 4DCYA 2NOOA 3FATA 2PMSA 5ICTA 1B7ZA 1B0LA 4YMBA 4LONB 4GF8A 4JWXA 4GL0A 5J1DA 4WXJA 4X48A 1RKMA 2F34A 4H8IA 1URGA 5TP9B 4F3SA 1PEBA 1O7TA 3WAFA 2PT1A 3PUVE 4BDOA 4UA8A 4KPTA 2XXPA 3KN3A 4FEDA 1SI1A 4Q0CA 4ELRA 1NNKA 1S50A 2OCUA 2UXAA 5ELVA 4PP0A 4C0RA 3O6GA 4G8MA 4XTCQ 1BKAA 2B3FA 3A09A 3BFUA 4NE4A 2O84X 2OJTA 2PBWA 3C31A 4ISUA 4BDLA 4R6YA 1VR5A 3FVGA 4R9FA 4KFQA 2H4IA 3U92A 4DZ1A 1A55A 1R6ZA 3OEMA 3I6VA 3PPQA 5I56A 1B58A 3C34A 4JSOA 4GXSB 3PMXA 1SW2A 4U4SA 5CI5A 4QSEA 1MM6A 5DVFA 2GRVA 4KYSA 3DP8A 1MRPA 4XXUA 1FQAA 3FV2A 4ESWA 4ND9A 2QMXA 5DTBA 3QSLA 4NTLA 3K1MA 1P1WA 4GD5A 5I57A 2XXRA 1A8FA 1TFAA 1SYHA 1MG1A 3GBAA 4H67A 2I3WA 3CG3A 2CMOA 4F31B 3OXNA 3W15C 2A5TA 3LSLA 3DRHA 3VVDA 5JK4A 3LSFB 2Y84A 3MVXA 1EZOA 3K6VA 1B3LA 4TOZA 1B9JA 2ESNA 2REGA 4QFOA 1URDA 2HZLA 2XD3A 3G3IA 3ODBA 3M8UA 2OK2A 3FTOA 3IB0A 2O69A 4ZEIA 4EQ9A 3I3VA 1QUJA 1BP5A 4I9DA 2OZZA 4DDDA 4U2RA 3H6WA 3K02A 3RQTA 2FA7A 4LP2B 5CM6A 1MQHA 2VOZA 4F2QA 4GVOA 3FVKA 1SBPA 2I4CA 3KOTA 2H25A 1PB7A 3VFJA 1LSTA 4TQUQ 3PUXE 4GXAA 1OVBA 3UK4A 2UYEA 5A5XA 1FQBA 3IL1B 2ANJA 2AL5A 1ZBMA 3EHTA 1P99A 3MQ9A 4IO5A 4RJZA 1DMBA 3VLWA 1D3KA 4O3CA 2ONRA 3FJ7A 4R6KA 4NMYA 1OLCA 3HN0A 1LBBA 4KYDA 1M5EA 2I3VA 2UVHA 4F3PA 4NWCA 3OSRA 3QAXA 3TQLA 1QVSA 3H6VA 3KG2A 4KYEA 4YAHX 2DWHA 2ONSA 2DWJA 1A99A 1TT1A 3P7IA 4FEBA 1GTKA 1L5TA 1B7HA 4G68C 4FATA 4G8HA 1NL5A 1B46A 1B1XA 2RF1A 4G2ZA 1UTBB 2Q89A 3RT8A 4N6PA 1SDXA 2ZYNA 1ATGA 4WEDA 3C9HA 3Q28A 4U23A 5KCJB 4L17A 1CB6A 3TCGA 1US5A 5CRYA 3HHFA 5K2XA 1XOCA 3U1OA 2O68A 3K4UA 2WOLA 3CRBA 2AL4A 3RTWB 3O97A 2ZNSA 4O3AA 4YKPA 3H4ZA 4G4PA 3H6TA 2Y7RA 1Q1KA 3O28A 2XXUA 1H44A 5AA3A 3FJMA 2E1SA 1NNPA 3QUFA 4G68A 3R26A 4I1DA 2OBGA 4QFNA 2R71A 3CFZA 2ZNTA 3O9PA 5H8NB 2I48A 1WODA 1RYXA 3DLNA 5B7DA 2Q9TA 4UACA 2P1SA 4HS7A 3OEKA 2DVZA 4LZ7A 1B6HA 2QS1A 4ZE9A 2V3QA 3TTMA 2F78A 3OO6A 4YICA 3B6QA 5L9OA 3V8XB 5CMMA 3L6GA 4IO2A 3CR9A 4N07A 1TWYA 5KDTA 1LCTA 3S4UA 4GIZA 3T9XB 4Q30B 4ZS9A 1LLSA 1GR2A 5I59B 1Z7NE 5HBCA 2F36A 1FW0A 2XHDA 1GVCA 3CFXA 1EZPA 4YKKA 2I0CA 3O6PA 5TP9A 2M8CA 1OVTA 5K2YA 4ZE8A 1Y20A 1A7LA 1LBCA 3IOTA 3MPLA 3FUZA 5F7VA 3OELA 4HCYA 3T96B 1JW5A 3FZVA 4F18A 4Q5TA 4H1XA 3S9MC 2XX8A 2Y7WA 1DSNA 4QSDA 1FQEA 4I8CA 2QRYA 3PPRA 4I62A 3TFLA 4JWYA 1KWHA 1I6QA 5CMCA 3U93A 3TYHA 3UP9A 2X7PA 5ITOA 3VVFA 3MZ9A 1DTZA 4RK2A 3G3KA 4EQBA 2H9BA 1ELJA 1FTJA 3SETA 1UIVA 3ZS6A 4E0XA 2G93A 4G8NA 1UQWA 1MQDA 1MXYA 1GGGA 1B4HA 2H5YA 3IR1A 3O66A 3RLFE 1N7WA 2THIA 3KOSA 3K6WA 1NFTA 5CMBA 3TTKA 3TMGA 3SEXA 3FVOA 2PX1A 4XKPA 2YLNA 4ELPA 2IA4A 1N76A 4K3FA 2VHAA 3VE1B 3K6UA 1MS7A 5B70A 4E0WA 4HW8A 5H8FA 2D3IA 1LB8A 2Y7KA 1ZJLA 5BWJA 3SEYA 1M5BA 1MH4A 5H8QB 2Q2AA 3KSXA 1II5A 3W9WA 4FJPA 3TQWA 1Y3NA 3VXBA 3UA8A 3QK6A 1FQCA 4NF6B 3C32A 4R6HA 4N13A 5EYFA 2B4LA 5AE4A 2DE2A 3LUYA 2RCBA 1P1UA 2NUVA 4DXBA 1XVYA 5TPAB 2XD2A 1D9VA 4RNSA 3N6UA 4H8JA 5BUUA 2RINA 4WKMA 1IEJA 1SYIA 3MAMA 3TODA 5ISUA 4QFPA 2QMWA 4BDRA 3BFTA 1AIVA 2XX7A 1B2HA 1AL3A 1H3DA 1B5IA 1JEVA 1QUIA 5FHOA 4OERA 4DE8A 2V93A 2R6GE 3RY3A 4OFLA 3HO7A 3CVGA 2XXHA 4POWA 3SESA 5IAIA 4F29A 1B52A 3FJGA 2P2AA 3IJOB 2O1LA 2VGQA 5I58B 3IO6A 5AA4B 2UVGA 3DP6A 1HSLA 2F5XA 1POY1 4F1YA 4U1OA 2AYSA 2DWAA 3MWBA 5H8FB 3EHSA 3PMWA 4OETA 4MBPA 3N26A 1GV8A 3PUWE 4F22A 2CZLA 2V3TA 5M2VA 4MLQA 2O7UA 4XKQA 3HPIA 3IB1A 3G3HA 4U1ZA 3LSXA 2A5SA 1EU8A 1JVXA 4QF9A 2HEUA 5DEXB 1NH8A 3KSJA 2DOJA 1UTBA 1SQYA 4DXUA 4C1TA 2YPNA 1I6BA 3KBRA 3EHUA 1B3GA 3N5LA 2Z8FA 1MXZA 2FNCA 5CMKA 3QYTA 3SDFA 1B51A 5KCJA 3K1PA 3MC2A 2XXYA 4MH5A 4H65A 2X7QA 3IAZA 4P0GA 4PE5B 3E9XA 1A40A 3VLUA 3DELB 3RTFB 5EHMA 1MPBA 1QKAA 4IY6A 4NF5B 1Y9UA 4OXVA 1DPPA 1RYOA 4M1VA 1R1NA 4AQ4A 4FAJA 1N3WA 2F6PA 5H8NA 1FTLA 3KZGA 5DVIA 4OVJA 3S9EA 1QW0A 4RK9A 1UIUA 3PD8A 2F35A 3TELA 3OMBA 2I4BA 1QULA 3FGSA 3RYBA 1B5HA 1EH3A 3MJNA 3D4GA 2O51A 1ZMGA 4FIMA 1J1NA 3H3GA 3PPOA 3QIMA 3A3UA 1B3HA 2DP8A 1LAXA 5DYHA 3CFLA 4LUBA 1JVYA 1XHYA 4EXLA 5I84A 3T66A 4DXCA 1BLFA 1P1QA 5I59A 4KCDA 3C33A 1MY2A 3CSBA 3LSWA 3RPWA 5JEIA 4R2BA 1HSEA 4LQ5A 2DXYA 4PFYA 4JDFA 3VVEA 3OO9A 1Y3QA 4IO3A 5FTHA 1LCFA 1IXGA 4LVQA 2XXWA 4YKJA 2ONKE 1QUKA 1B4ZA 1H43A 2B3BA 3B7DA 3Q26A 2RCAA 1N7XA 1MQGA 1LGBC 3H6UA 1MQIA 3C36A 1QJMA 5L9SA 2OWTA 1MY1A 3RYAA 2F97A 3IORA 2XX9A 4X1DA 3LC8A 3K1NA 4FORA 4H5GA 5I2NB 4EDPA 2Y7IA 1A54A 2Z8EA 4NWDA 2UVJA 2ABHA 3SEVA 1UTHB 3KGCA 4H6DA 3T9VA 2RC8A 5I2KB 3N6TA 2KLFA 1IQ7A 1Y1MA 1N04A 2VD2A 3GLBA 3B6TA 1OLAA 3GZGA 2YJPA 4BLAA 4BDNA 1DOTA 1SW5A 5IKBA 1SW4A 3OSQA 2F7BA 3H06B 1R9LA 1O64A 1MM7A 4JXIA 4FECA 4QSCA 1ANFA 2QPQA 2HAUA 3ZSFA 1SI0A 4X9TA 2GHAA 1MY3A 5FHNA 1I69A 4ZEKA 2XXVA 2NXOA 3VV5A 1CE2A 3GXAA 2QSXA 3ZKKA 2PVUA 5DVJA 4JSDA 3EF7A 4YB5A 4ZZAA 4PFWA 1YPNA 1MQJA 3JZJA 1N84A 4M4GA 2D5WA 1MPCA 5H8QA 1OQHA 3M3FA 1A8EA 4LATA 2HAVA 2NVUB 4YZZA 1LB9A 3LBSA 2RC7A 1IXCA 2O6AA 4NF6A 1MXUA 3KN8A 4IB2A 5AA2A 1MY4A 3K00A 3KJ7A 5FTIA 1B0HA 2REJA 4GRKA 2Q2CA 5TPAA 2WKYA 2PYYA 4U21A 3K01A 3C35A 4XIGQ 2AIXA 1B5JA 3R7XA 2ZYKA 5LOMA 4YU0A 4GWOA 3F11A 3DRKA 2ZYOA 3U8QA 2Z8DA 3EQ1A 5CBSA 3DRJA 2WOPA 1XS5A 3G3FA 4ONYA 3A3CA 3FASA 2D21A 3S9NC 1LFGA 2V25A 3OO8A 1VE4A 4F3BA 5L8DA 2HFBA 1DTGA 2QS4A 2DSFA 4OHNA 1SVXB 3G3GA 3EPEA 4OYVA 4EQ7A 5I58A 5AA4A 4LQ2A 4IGTA 4R2FA 4NF4B 4NF8B 1NMUA 1AMFA 3H03A 4R73A 4ZDMA 1FTMA 1P1OA 2H98A 2W7YA 4F39A 1B32A 3Q29A 3CIJA 1P1NA 3PAMA 4RPOA 1OIBA 3ILUB 5AA2D 3TTNA 1MXVA 1SD3A 1TXFA 3N94A 1BTJA 2I0BA 2DS9A 1ZKBA 4RA1A 1T0KA 5HM4B 2GH9A 4GL8A 1VFEA 1IITA 3OOAA 2B65A 4HCWA 5DEXA 2IEEA 3M3KA 5AA2B 4GLIA 3T93B 2QS3A 5H8HB 4YMAA 3PPNA 3CHGA 2RKMA 1Y4CA 3JV9A 5AA1A 1LFIA 4GFRA 3QXMA 3MBPA 4RYAA 3KJTA 4GOTA 4MF3A 3FIRA 3PGFA 1JETA 1M5DA 1US4A 4R72A 4EUOA 1JEUA 5EHSA 3BBRA 2DVCA 3OD7A 4IO4A 2RC9A 1MY0A 4EXKA 3UORA 3PUYE 4NF5A 4XKNA 4ELOA 1LFHA 4F3GA 1VFDA 5ICQA 3HCQA 4LA9A 1F9BA 3CSGA 4OFJA 2Z22A 4ZZEA 4NEDA 2XXXA 3UN6A 5ITPA 2GHBA 3E13X 3MZBA 3O2AA 3U72A 5TU0A 4OFOA 2VD3A 4KI0E 4AB5A 1DPEA 2LAOA 4OENA 4XKRA 1Y1ZA 4KR5A 1MXWA 2XXTA 1ZIUA 3K6XA 3MP8A 3DP4A 3MP1A 1Z7ME 3TPAA 3JYRA 2OWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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