3DP8A

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (nickel butane-1,2,4-tricarboxylate form)
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 148
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3dp8A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3dp8A01
1URDA 4LQ2A 4H6DA 1FW0A 4EXKA 1QUKA 4MF3A 2KLFA 3Q25A 4GL8A 1PB8A 3VLVA 5L8DA 1FQBA 4MLQA 2DQVA 3CR9A 1UTHB 2H9BA 4AB6A 1IQ7A 2REJA 2O68A 3OMBA 1FCKA 2ZXTA 3VXCA 4H0WA 1O7TA 2DYXA 4IGRA 2OZZA 3K6WA 1USYH 4XXUA 3IX1A 3H3GA 3SEXA 3O6GA 4G77A 2XXXA 5I2NB 1LFGA 3F11A 4NF5B 5H8SA 3EQ1A 1KWHA 2WKYA 2RF1A 3FXQA 4BDLA 3TTRA 5KZTA 1SI1A 1GVCA 3IJXB 4M4GA 2A5TB 4U1ZA 2O84X 2QL3A 5TU0A 4JWOA 2QSXA 2XXQA 3PMVA 1DOTA 4WXJA 3CRBA 3M3FA 5IAIA 5B70A 2HAVA 3KN8A 3HN0A 4IO3A 2XXWA 5H8HB 1B5JA 2WOLA 4YKKA 3GXAA 4YMAA 3CVGA 2G93A 4DDDA 3IL1B 4XKRA 2Q9TA 4R9GA 3LSLA 3TODA 2REGA 4FEBA 3KJ7A 4ZE8A 4G8HA 1MM7A 3MZBA 1CE2A 4JXIA 1DTZA 3RUMA 3Q29A 2HQ0A 1L5TA 3IOTA 1VFDA 5I58A 4OESA 2G29A 3S4UA 1OLAA 4WEDA 3S9LC 1P1NA 2ANJA 1LAHE 1QUIA 1P99A 3E4RA 3HSTA 2DXRA 4GRKA 2DWAA 3IOVA 3BFUA 4X1BA 3TAJA 2R71A 3LSFB 1I6AA 4ELRA 1T0KA 3E9XA 1US4A 1IXIA 1NNKA 3CSBA 1JQFA 4YKPA 1RYXA 4ZEIA 2H4IA 3C31A 3TZAA 3MVYA 4KFQA 4O3BA 5FTIA 4RPOA 1II5A 3WAFA 2OWTA 2B65A 4N6PA 1XOCA 1GGGA 2E1SA 3C34A 1DPEA 2Z8DA 3PD9A 5H8NA 3TTLA 3FTOA 4ZZAA 2P1SA 3U94A 4FIMA 1H44A 2VP1A 1SW5A 1YPNA 3MW0A 2PX1A 1N04A 4F1UA 4POXA 4NMYA 3PV0E 3V5AA 4LUBA 2OWSA 2Q2CA 4KYEA 4RYAA 4C1UA 4KCDA 4BDOA 1CB6A 3TTKA 2PT1A 3CG3A 1PB7A 3VVEA 2HAUA 3FV1A 4AB5A 3USDA 3FJMA 2P2AA 3VDFA 1WDNA 4OEUA 3RLFE 1M5EA 1MXUA 1N7XA 4QRZA 1NNTA 3OENA 1OIBA 5ISUA 2ZMBA 5A5XA 4G68C 5CMMA 3ZKKA 1Z7ME 2P0SA 1SD3A 3G3HA 5CMCA 3HHFA 1R9LA 1PBPA 4OHNA 1FQDA 3O6HA 1N3WA 2I4BA 3OEKA 4LONB 3TCGA 3H4ZA 2QMWA 3DRFA 4OENA 3K1PA 1OQHA 4ZEKA 1M5DA 1JW5A 4I1DA 1MXZA 5I56A 2F35A 4TLMB 3RN8A 4YICA 3CG1A 4OXVA 3KSJA 1GR2A 3PPOA 2CMOA 3EPEA 2Y7KA 4LATA 3VVDA 1QUJA 3SERA 3KOSA 4RY1A 4JSOA 5JK4A 3RNNA 2M8CA 1Z7NE 3VLUA 4OVJA 1ZLQA 5KDTB 1S50A 3FVNA 3UGWA 2F7BA 2NXOA 1MQDA 4ZEDA 3RQTA 3FVOA 1SDXA 3K02A 3IORA 1B46A 1MQHA 2F8DA 1UIUA 3A3CA 3QXMA 1SW2A 2H98A 1HSEA 2V3QA 4PFYA 1ZTYA 4NWCA 1NNPA 3PUXE 3R6UA 4OMBA 2E0SA 4KHZE 4LZ5A 4X1DA 1AIVA 3KN3A 2D5WA 4R9FA 1HSJA 3SEVA 3CI8A 2F7CA 2O1MA 3P7IA 3G7WA 4GL0A 1POTA 5L9OA 4ZE9A 2CZLA 4R74A 1A7LA 5H8QA 3TQWA 2PBWA 3MP8A 3G3IA 4WKMA 3MP1A 3K00A 2HCAA 3DRIA 3G3FA 1BIYA 3GBBA 3T9XB 2ONKE 1IZ1A 4HS7A 3PD8A 3G3JA 1B4HA 2O51A 4RJZA 2QS2A 2F7AA 2V3TA 3EHSA 4U21A 2THIA 3IO4A 2DSFA 2QPQA 3G3KA 4Z7EA 3MPKA 2QRYA 4ELPA 1H76A 2R9JA 4R73A 3G3GA 4R75A 4H1XA 4F19A 2Y7RA 4YAHX 1I6BA 4JWYA 1AH5A 3UN6A 3T9VA 4I8CA 3RTWB 2OJTA 4IO2A 4OFLA 2Z22A 4KYDA 1AMFA 2DVZA 1J1NA 1RYOA 2F6GA 2PYYA 5I58B 3SEUA 3K2DA 3N26A 4QSDA 2RINA 1D9YA 4FJPA 1B32A 3PPPA 4DXUA 4NF6A 1FQFA 3TTMA 5DEXA 3OSQA 3ILTB 2Q89A 2UVJA 4C1TA 1QKBA 4HCYA 1IXCA 3T22A 3K4UA 1DTGA 4U23A 1VFEA 2DWJA 4YB7A 5CBRA 1N3XA 3H6VA 3SEWA 1PBQA 4MFIA 4FE8A 2HXWA 4XKPA 2RC8A 2O6AA 2ZYMA 2VD3A 2IEEA 2IA4A 3RTFB 2XX7A 1Q1KA 2GHBA 3KGCA 2I3VA 2YJPA 2PMSA 3PGFA 4NF4A 3MC2A 2B3FA 1P1WA 1SW4A 3N6TA 4F3SA 3MP6A 1XS5A 3UORA 1I6QA 5H8NB 2DVCA 2LAOA 1B51A 2ZYOA 3OO7A 3RY3A 3QAXA 3IAZA 4H5GA 4GF8A 2B4LA 3MZ9A 2QS1A 4XKNA 3TQLA 1FTKA 4PQJA 4GVOA 3TEPA 5I84A 4YB5A 1LB8A 4PETA 3PAMA 3O6IA 3CHGA 2ZYKA 3RT6B 3DELB 3IJOB 4U1OA 3SETA 4ONYA 2YLNA 4Q8RA 3I5OA 3IR1A 3FVKA 3TCHA 1F9BA 1UTBA 3ZSFA 4F1YA 2H99A 2Q88A 3ZKLA 4O3CA 3HHGA 3K01A 1B4ZA 3RYAA 3PUVE 2Q2AA 3FJGA 4KQPA 3PU5A 5J1DA 3OOAA 2ESNA 3VV5A 4ZEBA 2I48A 1B3GA 4OERA 5A5XB 1LCTA 4KYSA 2DWIA 3K1NA 3JZJA 5I59A 4L17A 1I69A 3KG2A 4QFOA 1O64A 1US5A 5CMKA 3V8XB 3HO7A 1IITA 1JNFA 5K2XA 3GBAA 3RT8A 4N13A 4OTEA 5KCJA 4F3GA 1JEUA 3I6VA 3PPNA 3OXNA 1B7HA 4DIGA 1FQCA 1ZU0A 2B3BA 4F39A 4F3PA 1ELJA 2XXHA 1NH8A 4M1VA 1ATGA 4HW8A 1Q35A 1SVXB 1IUDA 3RYBA 3VVFA 3M8UA 1XVXA 4GLIA 3D4CA 5B7DA 3L6HA 4DXCA 1M5BA 5I56B 2QS3A 3O6PA 4P0IA 4I9DA 1POY1 1SI0A 5DVFA 3KFMA 2Z8EA 2XXTA 3THIA 2Z23A 3QK6A 4IO6A 3IB2A 3S2VA 4U4XA 4ZS9A 1B7UA 2XXVA 1O63A 3FXRA 4ECFA 3HCQA 2HFBA 4R6KA 4FATA 1MY2A 5AA4A 3PPQA 3DLNA 3H6UA 4OEVA 4F18A 5LOMA 5AA3A 2RKMA 3UP9A 2D3IA 4OQOA 2F5XA 2O7IA 4JBZA 4H65A 4LZ8A 2AL4A 4EF1A 1EH3A 4EQ9A 4EF2A 1M5FA 3JV9A 2DS9A 1A99A 3B7DA 4F31B 3DRGA 4NF8A 2RC7A 3Q26A 5FHOA 4TQUQ 2NWJA 1M5CA 4G4PA 4HCWA 2OLBA 3B6WA 3N6UA 3H6TA 4QFKA 5H8QB 4QF9A 4EQ7A 5I57A 2PVUA 5FTHA 2Y7WA 4G8NA 1SW1A 1B3EA 5ICQA 3V89B 4KD5A 2ABHA 5EYFA 1XVYA 4MH5A 2WOPA 2UVIA 3KZGA 4QSEA 4K3FA 3L6GA 4IGTA 2F78A 2ZNUA 1LSTA 3C32A 4YU0A 3FV2A 4LQ5A 4LA9A 3PMXA 1TFDA 1QW0A 1N76A 3TPAA 4F1VA 2I0CA 4NE4A 3K6XA 1NKXA 1B1XA 3LR1A 3O97A 3Q27A 2GFEA 4GD5A 3H03A 4EUOA 1IXHA 1WODA 2O69A 1SQYA 3K1MA 4ND9A 1JEVA 2PT2A 1VE4A 4RA1A 1Y3PA 1D4NA 1BP5A 1MH4A 5M2VA 1ANFA 3MUQA 4EXLA 1MY0A 3WAEA 2Z8FA 1AL3A 2UVGA 4NF6B 1B52A 4PFUA 5DEXB 5CBSA 4PP0A 4ISUA 2XXIA 1B05A 3ZS6A 5CMBA 1N84A 3H6WA 1B5HA 4EDPA 3SESA 1R9QA 2ZNSA 1Y9UA 5ITPA 1WVJA 3FIRA 2I0BA 3DP8A 1H3DA 3PUWE 3M3LA 3SKPA 5CM6A 2I49A 4OZ9A 1TWYA 5CI5A 5CC2A 2FA7A 4QHQA 4THIA 1NMUA 4ZZEA 4QSCA 3FGSA 3FASA 4JB7A 4NF4B 2DE4A 3SEYA 4PE5B 5FHMA 3OO9A 3DP4A 4LP2B 1LFHA 2ZNTA 1MY4A 4G2ZA 1Y4CA 4JSDA 3TFLA 1IIWA 1FQAA 5AA2D 4XIGQ 2AYSA 5AA2A 3CSGA 5JTYA 4P0GA 1JW1A 5I2KA 1EU8A 3UIFA 5TP9A 4BDQA 3O29A 4U4SA 3MPLA 1TXFA 3S9EA 1JW4A 3A3UA 3EN3A 1S9TA 4YKIA 2Y84A 2RCAA 1JVYA 1PEBA 3ECRA 1FQEA 3E13X 3KBRA 2ONSA 3PUYE 4U22A 1B0LA 2DE2A 1A8FA 4Q5TA 3ILUB 3QYTA 4RNSA 3I3VA 1NH7A 3UA8A 1UTBB 2UVHA 4P11A 3T66A 2NOOA 4BLAA 3LSWA 2XHDA 3H7MA 2HEUA 3IO6A 5FHNA 1FTMA 3T96B 1XHYA 2QMXA 3N94A 4KCCA 1LAXA 4MLVA 4E0WA 1LAGE 4EQBA 1URGA 1B40A 5I59B 1B58A 1LCFA 4BDMA 1TT1A 4G8MA 1Y3QA 1AOVA 4KR5A 2H25A 5KCJB 3FVGA 1IXGA 4QFNA 3FATA 3KN7A 3R7XA 4OFJA 1NNFA 3O28A 4XTCQ 4I62A 4RK2A 1SYHA 2XD2A 2XXUA 3RGYA 3FJ7A 1OQGA 1Y1MA 1VSOA 3O2AA 2OCUA 5ELVA 2X7PA 3MBPA 3VLWA 1LB9A 4WEPA 3K0VA 3AXFA 2O1LA 2GRVA 1LBCA 1A8EA 2DWHA 3B6QA 1MQIA 5DT6A 4AQ4A 4GQOA 2I58A 4KI0E 4G68A 3MVZA 4PFWA 2GH9A 4N07A 3IB0A 1EZPA 3K6VA 2F6PA 2NVUB 2ONRA 2WOKA 3QUFA 1P1OA 1QJMA 5AA4B 4X48A 5DYHA 2RC9A 2I4CA 2Y7PA 3T9HB 4IY6A 3H06B 5DVJA 2D21A 4H5FA 4HTGA 3U8QA 4RPNA 5HM4B 1OVTA 4IO5A 5AE4A 3W9WA 3EHTA 4DE8A 4QFLA 3MZ1A 3U1OA 3U92A 1UQWA 3LSXA 4NF8B 1MXXA 1ZMGA 4NTLA 4E0XA 5EHSA 4OFOA 1YCJA 5DVIA 3GLBA 1JVXA 1MXWA 4OETA 2XXRA 3DP6A 3O66A 1A54A 1B5IA 2ZYNA 3S9MC 5I57B 4R6YA 1MPBA 3KJTA 1EZOA 4IO4A 5IKBA 3OEMA 1QVSA 2AIXA 2W7YA 1GTKA 5H8FA 3TMGA 1MPCA 1UIVA 1IEJA 3FXUA 1Y3NA 4GXSB 3DRJA 2UYEA 4ZECA 2XXYA 1Y1ZA 3QUJA 1LGBC 2HZLA 1EZ9A 4ELOA 3HV1A 1BLFA 5BWJA 2DXYA 3CFLA 4F2OA 2OBGA 3VXBA 3S9NC 1BKAA 2VHAA 3KEIA 4IO7A 1MY1A 3U72A 4Q0CA 3PPRA 1LLSA 2Y7IA 3UK4A 4YZZA 2V93A 5TPAA 1B1HA 2XXPA 4R6HA 3HPIA 4F2QA 4DZ1A 4RXLA 1NL5A 1DSNA 2X26A 1B7ZA 1H43A 2DE3A 2OK2A 2H5YA 4JWXA 2A5SA 1OLCA 1OVBA 1UTHA 3FZVA 3MQ9A 3TKDA 1MY3A 1URSA 1DPPA 3T9UA 5AA1A 4GXAA 1B9JA 1LFIA 4Q30B 1SBPA 3PUZE 1MH3A 2FYIA 1N7WA 3FD3A 4DLDA 4O3AA 4ZDMA 1A55A 3Q28A 5I2NA 3MAMA 4YB6A 4NF5A 4ZEFA 3C35A 2AL5A 3IOUA 3CFXA 3R26A 5EHMA 4ESXA 1D9VA 2DOJA 2XD3A 5DTBA 2A5TA 4TLLB 1S7YA 3C33A 4H67A 3OSRA 3TUSA 5L9MA 2Q8JA 5K2YA 4GIZA 3KSXA 1N0TA 5H8HA 2VOZA 5AA2B 5JTYB 2F97A 4MBPA 5I2KB 3IB1A 5TP9B 1A40A 3TTNA 1R6ZA 4F3BA 3GZGA 2V3UA 1MQGA 4H8IA 1TFAA 1B0HA 2O7UA 5BUUA 4NWDA 2F34A 2V84A 3LVUA 3MVXA 4C0RA 3E3KA 1B3HA 1PDAA 2QJEA 3V83A 3OD7A 4PFTA 1LAFE 3TYHA 3A09A 4LVQA 2FNCA 2RCBA 3VFJA 1P1UA 4ELQA 1B3FA 3DM0A 3IOWA 3TELA 3IK6B 2V25A 3BFTA 1BTJA 4DCXA 1SYIA 1ZJLA 1FTOA 3BBRA 4R72A 1MPDA 2BJJX 4DXBA 2DP8A 3B6TA 4IY5A 5HPQA 3C9HA 3N5LA 1MS7A 4FECA 4YKJA 3OO8A 1YAEA 4OYVA 3RPWA 4BDNA 3MWBA 1MDQA 1PB9A 1D3KA 4TOZA 3C36A 1XC1A 1MRPA 4LZ7A 2VGQA 3OO6A 1RKMA 4JDFA 4ESWA 1QKAA 5ITOA 1XT8A 3T93B 4Z0IA 1Y4TA 1YTVA 3ONMA 4G68B 1ZKBA 1MDP1 1QULA 2UXAA 2R6GE 3U93A 4FAJA 5L9SA 4UA8A 3W9VA 1ZIUA 4X9TA 4RK9A 3OELA 1HSLA 4KPTA 2XX9A 4YMBA 1JETA 5F1QA 1P1QA 4FORA 2YPNA 2NUVA 4POWA 3MVWA 1R1NA 3FUZA 1FTJA 5JEIA 3BKIB 4H8JA 3C4MA 5HBCA 1LBBA 2ALUA 3M3KA 4UACA 3EF7A 2X7QA 5ICTA 4XKQA 3ODBA 1MXVA 3D4GA 3O9PA 1B3LA 1FTLA 1MM6A 3LC8A 3CFZA 1MQJA 1MG1A 4GOTA 1H45A 3W15C 2I6EA 2I3WA 1NFTA 3QIMA 4R2BA 4NEDA 3TDJA 1Y20A 3QSLA 3VE1B 3LUYA 1ZBMA 2QS4A 5F7VA 3DRHA 5H8FB 5CRYA 3K6UA 2GHAA 4GFRA 3MJNA 3CIJA 3SDFA 1OMPA 1DMBA 4U2RA 4DCYA 3KOTA 3DRKA 1PC3A 2HZKA 3EHUA 1B2HA 2UYFA 2B4MA 4BDRA 1B6HA 4FEDA 4IB2A 3PMWA 4R2FA 3TCFA 1USYE 2XX8A 4QFPA 4GWOA 2VD2A 3JYRA 1MXYA 5TPAB 1VR5A 3LBSA 1GV8A 5KDTA 4OWDA 4F29A 2F36A 4F22A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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