3DV5A

Crystal structure of human beta-secretase in complex with nvp-bav544
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors with activity in vivo.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv5A02
5P1PA 2AIDA 2OHKA 5P3SA 4Y4AA 4LBTA 3INFA 3S53A 5P4NA 2QMDA 5P3QA 2PQZA 2OF0A 1LZQA 3O9BA 1QDMA 2QD7A 3UQPA 1LYWB 4J1EA 4QJ2A 5P6VA 5P0XA 3FNUA 5P7LA 5COKA 5OYZA 5P44A 1EBYA 2F3KA 4HLAA 4B00A 1PSNA 2CENA 2IQGA 5P3LA 2Q5KA 3NDWA 4I0HA 5P8HA 6UPJA 5P19A 1UH9A 3QAAA 2WF4A 3EKYA 4Y5BA 2JJIA 2XYFA 2O40A 3ZPUA 5P74A 5P43A 2XFKA 5COOA 5P5KA 3WB4A 1META 1A8KA 5P30A 5OZWA 2I0DA 5P7VA 1B5FA 3B80A 2P3DA 1EPQE 1K6VA 3SA3A 3GGUA 2FXEA 1BXOA 3KMXA 3OU1A 5P7CA 3KFPA 1HRNA 3O9GA 4ZSMA 2QZXA 5HU1A 1TSQA 3O9CA 5P7KA 3QROA 3BUGA 5P2QA 4CPWA 2ZJIA 4I0IA 2FDEA 3GI0A 5OZRA 4Y47A 5P66A 4J0TA 3HVPA 2VIJA 3O9EA 3OGPA 5P8MA 4CMSA 4RZ1A 4I10A 4CPQA 4RCDA 4YBFA 1JLDA 5P87A 5P4SA 2PH8A 3UDJA 4YCKA 2BPYA 1OD1A 4J54A 2Q11A 3TH9A 5P29A 5KQFA 2R3TA 5P3IA 5P7JA 4OBHA 2ER7E 5JFPA 2QU2A 3FSMA 5I70A 1IDBA 5P83A 4Y3NA 1APWE 4XKXA 5P4OA 3RTNA 4HA5A 5OZ1A 5P00A 2R5QA 5P1BA 3TKWA 5OZPA 3VLBA 2PSUA 2IEOA 4FM7A 3M9FA 3NYGA 3GW5A 4Q1NA 5P64A 4ACXA 4I11A 4B1DA 2HIZA 4A4QA 4OBGA 2IKUA 2O4PA 4Y5CA 3UPJA 1NPAA 3NWXA 3SFCA 5OZLA 1PROA 5P3WA 3URJA 5HDUA 1LV1A 5AHBA 2OHPA 3LPJA 4Y3GA 3BUHA 2CEJA 3LIVA 2BJUA 3UCBA 2WEAA 2ZHVA 2IRZA 5P5FA 2QI1A 4TRWA 4TVHA 4PEPA 3CKTA 2V00A 5P3JA 5HE4A 1XN3A 1HEGE 2VJ7A 3QIHA 5P0EA 1B6MA 2AZ9A 3PBZA 5P56A 3I25A 5EZZA 3PSGA 1DW6C 2QZWA 3SABA 1W6IA 3I6OA 2R8NA 2QCIA 3BXSA 2V10C 1HVLA 4K4QA 3TPJA 3KYRA 5P15A 2HAHA 9HVPA 4EJKA 2B7FA 4XX3A 3EMYA 2VA6A 3HAWA 5P5QA 4RLDA 2R3WA 3SA6A 4EXHA 1UH7A 5OYRA 5P3NA 1FGCC 5KOQA 3LINA 1MTBA 4FGXA 3MXDA 3ZMGA 3T11A 1EC1A 1C70A 1XS7D 2HC0A 1M43A 2WECA 5P72A 4EP3A 3SM2A 1LF4A 2IDWA 5P80A 1YG9A 4OBDA 3A2OA 5P6WA 1HOSA 1KJFA 2PSGA 3VF3A 1T3RA 4J5JA 4EQJA 5P2UA 4ZPEA 3D1ZA 3Q5HA 3FNSA 4F76A 1HVJA 1J71A 5P7GA 1AXAA 1FQ7A 5P17A 4DVFA 2ER0E 2QNPA 4Y36A 1ODWA 3EC0A 5P5JA 1MRXA 5P7UA 2B7ZA 5P77A 4Y3AA 3OU4B 1DP5A 1G2KA 4FM8A 3BHEA 3DUYA 3VG1A 5P6IA 2QK5A 1GNNA 3OTYA 2Q63A 3ZPTA 4Y4WA 2B8VA 3ZKGA 2P3AA 1MT8A 4EPJA 4Y56A 3PMYA 3BC4A 2OHMA 5P47A 5I3VA 3EKVA 4H3FA 1EEDP 3S43B 5OZTA 2B8LA 2ZHRA 4Y3FA 4FS4A 3VCMA 2F80A 3OOZA 3UFNA 5P4QA 4K8SA 3PSUA 1K6TA 1EAGA 3CMSA 2BPZA 3D1XA 1EBZA 2ZJHA 2IKOA 1SMRA 5P8AA 3SLZA 2G94A 4JP9A 4YA8A 4H1EA 5P0RA 4CKUA 5P5VA 5P2HA 4ZIPA 4DQGA 3NWQA 3NSHA 5P7YA 2G21A 5P02A 1C6ZA 4DJWA 5ISKA 2J9JB 1ME6A 3OOTA 4U7QA 4M8XA 5P61A 1MT9A 4Y41A 5P8JA 5P22A 1EPPE 3ZOVA 4RYGA 5E5KA 5P6AA 5OYYA 4NJTA 1IVQA 5P7TA 5P8IA 5P0FA 2VIZA 2ZGAA 5OZ4A 4ER4E 3ER3E 5AH7A 5C9FA 4Y37A 2AOHA 1ZPAA 3BXRA 3PWMA 5IVRA 5P3YA 4PZXA 4Y3TA 3UHLA 3SM1A 3EM4A 3HZCA 3RTHA 1QBUA 3QPJA 4GJ6A 5DR7A 5P3UA 1XL5A 4Y3EA 2FGUA 5P5NA 1CZIE 4OBZB 2CEMA 3S8IA 4RRSA 5OZVA 1GNOA 1VIKA 1XE5A 2F81A 4RROA 1EBKC 1FQ8A 4Q1YA 5P1WA 3DCRA 4HZTA 5HVPA 1HVKA 1SH9A 4QJAA 1YT9A 2JJJA 1IZIA 5P50A 5P1CA 5P62A 5P3XA 5DR3A 3HAUA 5P82A 5P7WA 4YD5A 1K1UA 4BELA 3NDUA 1AZ5A 4GJBA 1ER8E 5P60A 3OQAA 5OZXA 5HDXA 1T7IA 4HDPA 2ZE1A 2NMYA 1HHPA 4DQBA 1PPKE 3O9FA 3ST5A 4Y53A 2BKTA 5P2TA 5P5YA 2PK5A 5P7PA 1EC0A 1HSIA 3IVHA 3ZPSA 3O9HA 4L6BA 4Q1XA 5OZFA 4L7JA 1E5OE 4ZEAA 1KJ7A 2PK6A 4CP7A 2I0AA 2NTRA 3L5EA 4Q1WA 3LIZA 3OXCA 1ZLFA 2QZKA 4DJXA 1FIVA 5UPJA 2FLEA 3QVIA 5P23A 5P3ZA 5P2JA 2V13A 4DJRA 5P68A 2AVVA 5KAOA 4XXSA 1UH8A 3U71A 1K6CA 5P6DA 2G1NA 1RNEA 3JVWA 5P4KA 1KJGA 5T4SA 2AVMA 4B1EA 4ER2E 2UXZA 5ER2E 4Y9WA 5P2LA 1TCWA 4QLHA 4B77A 2APRA 3ZKQA 5I3YA 3UDHA 4WTUA 3SPKA 3OUDB 3PMUA 5P7EA 4I0EA 4Y3XA 4L7GA 3I2LA 4JOOA 1FLHA 3LIQA 3EKWA 3INEA 5P5SA 4J17A 3OU3A 3I8WA 1GVUA 3OAGA 4FAEA 3EL9A 2FNSA 4N00A 3PGIA 4L1AA 5P8VA 3K4VA 5HCOA 3QN8A 2AOEA 4Y3DA 4EJDA 2I4QA 3JW2A 4Y5NA 2ZJNA 5P3PA 5P6BA 3FV3A 4Y5PA 1T6EX 5P6OA 5BWYA 4LHHA 4Z50A 5P2VA 3LIYA 4B1CA 1W50A 1SP5A 5HD0A 4HDFA 5P2AA 5KQXA 3ZKSA 1UPJA 4Y35A 2P3CA 5KR1A 5HDZA 1FB7A 2NXDA 4DQEA 4FM6A 3CYWA 4Y4XA 1LYBB 4GJCA 1HSHA 3NU6A 5BS4A 5P5BA 1GNMA 3TTPA 2G27A 4DUSA 3TLHA 4DJPA 3O9DA 3TPRA 3S7LA 4J1IA 5P6LA 3RSXA 1QS8A 3S54A 5P1AA 3Q4BA 4Y3RA 5P0YA 3S2OA 4CPUA 1HXWA 3OK9A 5P8GA 3DV1A 4NJVA 1T7JA 1LYWA 4HDBA 3WZ6A 5P03A 2I4VA 1GKTA 5F01A 1YTIA 4EJLA 4GJDA 3TOFA 2F3EA 2I1AA 5AGZA 4ZLSA 5P1OA 2XYEA 5P86A 5OYXA 4GJ8A 5JFUA 3LIXA 2VJ6A 1K2CA 1RPIA 5P8BA 3CIBA 3OQDA 5P58A 3UDNA 2ZJJA 5P1NA 5ENKA 3RU1A 5P3BA 5HE7A 2BQVA 1G0VA 2G1SA 2G22A 3UQWA 1ZTZA 4FL8A 2AQUA 1FQXA 4QJ8A 5P8TA 3OTSA 5P5GA 2NXLA 1B5FB 2P83A 4JECA 2OHUA 4OBJA 1DIFA 3DCKA 4AUCA 3KFRA 4I0ZA 3OU1B 2RENA 5P4GA 4Y4BA 3LNKA 3LZUA 4R93A 3LITA 3VUCA 4Y58A 4MC1A 1HIIA 3QS1A 5P0DA 4OD9B 5OZ2A 3G72A 2F8GA 4PYVA 1FQ5A 3EKQA 1MTRA 5OYUA 3HW1A 3KN0A 5P5WA 3OQ7A 3N3IA 3EL0A 2R38A 5OZEA 5EZXA 4RCFA 5P6GA 4ZPGA 5P38A 1FQ6A 2AZCA 2P4JA 2WF2A 3Q3TA 2I4DA 3GI4A 5P0OA 5COPA 4ER1E 1B6JA 1MSMA 2V11C 5HDVA 3L58A 1ODXA 4Y57A 5P35A 3T7XA 3KMYA 3TOHA 4LL3A 2BBBA 1IIQA 3VV8A 1AAQA 3VFBA 2AOFA 1MUIA 5TOLA 3L5FA 1D4SA 5P4TA 1ZSFA 2HB4A 1MRWA 4M8YA 5P6TA 1MESA 3PHVA 5P2MA 1HPXA 4DQCA 2ER6E 6APRE 1AM5A 2A4FA 4RVIA 2AZBA 2MIPA 5OZ9A 5P11A 5P81A 5P09A 4NJUA 4YDGA 4DJOA 4B78A 1BBSA 1Q9PA 1T6GA 3S56A 3OWNA 3T7QA 4Y4GA 3O9AA 1B6PA 5OZDA 5P65A 5OZHA 2I4UA 5P1QA 5P7IA 2AVOA 4J1CA 2ZJLA 3VFAA 4I0GA 5P0LA 4OC6A 3IXJA 5P2DA 3INDA 1M0BA 5ER1E 3MXEA 5P3VA 2HPEA 1FMXA 3HDKA 5P0GA 3B7VA 2QI0A 4YBIA 5P89A 5OZAA 2IL2A 5OZUA 1OEWA 5P2OA 2FMBA 4J1HA 3I7EA 3O9LB 3UTLA 5P6SA 4IVTA 2FNTA 5P70A 2QHYA 4Y3ZA 4Y4EA 5P8SA 4PPHA 3SACA 1OEXA 4X7IA 3EL4A 5P5RA 1TSUA 1PSOE 1PPLE 3SA9A 4XX4A 5I3WA 5P1FA 1K6PA 4ZE6A 3QRVA 3PLDA 3NDTA 4LXAA 5P04A 4LXKA 5P8OA 5P5UA 1RV7A 2JE4A 4COEA 5KQZA 1YM2A 3MSJA 5P2GA 3VV6A 1HWRA 4KB9A 5P7XA 5P37A 3SKFA 1EC2A 1N49A 5P51A 1FG8C 2QAKA 2IGYA 3OU4A 1D4JA 3DJKA 4MC2A 4Y5AA 4APRE 3K5CA 5P18A 5P3DA 4EYRA 2VA7A 3BUFA 2PSVA 3OXWA 3SA8A 4DJYA 5P55A 5P2NA 5DQ5A 5P4PA 1D4LA 1EPME 2R9BA 1GVVA 5P67A 1HPOA 3UDRA 2QMGA 1HVHA 2JYSA 4L7HA 1BV7A 3S43A 4FRSA 5P34A 5P6HA 2A1EA 4U7VA 5OZGA 5DQ2A 3IN3A 2OAHA 5P7RA 4B70A 5P0BA 3UFLA 1C6YA 2O4KA 2VIEA 4Y38A 2PYNA 5P4XA 5P0SA 5P2BA 7UPJA 5OZBA 3DM6A 2OHRA 2QNNA 5P6KA 3SKGA 4J0PA 5P73A 2WJOA 5P57A 3UQXA 2QU3A 1LYAA 5OZIA 4DQHA 4NPTA 5P2IA 3NU9A 4RVXA 2WKZA 4FSEA 4YD7A 4DPIA 1NPVA 2JXRA 1ZPKA 5OZSA 4QJ9A 3L5BA 3NXEA 4LAPA 4AMTA 3ECGA 5P0HA 3R2FA 4CPTA 3TNEA 4GMIA 3OY4A 3FNTA 3MSKA 4GIDA 1FG6C 3PWRA 5OZ0A 3VYFA 2Z4OA 3EKXA 3QVCA 5P10A 1EC3A 2ZJMA 3OGQA 1ZP8A 3GGVA 4Y4ZA 5CLMA 5P1EA 4Y44A 2HM1A 2OHTA 1E81E 5P1GA 3PCWA 5P69A 3KA2A 1A9MA 4ZSPA 5P2XA 1F7AA 4GJ9A 5P0QA 4YD3A 1ZJ7A 3VF7A 1MIQA 5P27A 4EXGA 5KR0A 3SQFA 4K4RA 3T3CA 1SGZA 5P6JA 1A94A 4LP9A 3NXNA 1XDHA 5P6UA 2G26A 1LF3A 2Q54A 1RL8A 5DR0A 4Y5GA 1NPWA 2NR6A 2RKFA 2IGXA 5F00A 4B72A 4Y5LA 3T7PA 4JPCA 1W5XA 4YDFA 5P5AA 5DGWA 4KUPA 4QJ7A 5AH6A 1FQ4A 7HVPA 5P3KA 3S7MA 3VV7A 2EWYA 4YD6A 3GI5A 5P5XA 1Z1HA 3EXOA 3IGBA 1M4HA 1EBWA 5P5IA 3QRSA 1TZSA 3OADA 3PWWA 2NPHA 5AH8A 5P7SA 5OZZA 3TOGA 5P3HA 5OZNA 1GVWA 4R92A 5P41A 5SZ9A 5IVSA 4Y50A 4MC9A 4FLGA 4WY1A 5OYWA 2QI7A 5FIVA 1LF2A 5P4UA 1D4KA 1HPVA 4APEA 3KM4A 3C9XA 5P0UA 5P4RA 3CKRA 4EP2A 5P5CA 2QZLA 4Y4TA 2BPXA 1E80E 1MVPA 5PEPA 1YTGA 5P1MA 3H5BA 4TVGA 3NDXA 2AOIA 2NXMA 5P1YA 3G6ZA 4H3IA 2R43A 2VJ9A 2P3BA 2Q15A 3NLSA 1C6XA 5P1XA 4RVJA 4Y4DA 5P40A 2QI4A 4LXMA 3TPPA 1SBGA 4Y45A 3KDDA 5BRYA 5P3OA 4U8WA 1HTGA 5C9BA 3FX5A 4RRNA 3VEUA 4DH6A 4Y43A 5P4ZA 2QI5A 3KT5A 3VLAA 3NUOA 2G20A 1DMPA 5P0JA 5P3MA 5P4FA 2H6SA 3EM3A 2VKMA 3LZVA 5OYQA 4YCYA 4R5NA 1W5WA 4I0JA 5P3CA 2G1YA 3NU3A 1XN2A 4DQFA 2BPVA 1SDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1P A;  2AID A;  2OHK A;  5P3S A;  4Y4A A;  4LBT A;  3INF A;  3S53 A;  5P4N A;  2QMD A;  5P3Q A;  2PQZ A;  2OF0 A;  1LZQ A;  3O9B A;  1QDM A;  2QD7 A;  3UQP A;  1LYW B;  4J1E A;  4QJ2 A;  5P6V A;  5P0X A;  3FNU A;  5P7L A;  5COK A;  5OYZ A;  5P44 A;  1EBY A;  2F3K A;  4HLA A;  4B00 A;  1PSN A;  2CEN A;  2IQG A;  5P3L A;  2Q5K A;  3NDW A;  4I0H A;  5P8H A;  6UPJ A;  5P19 A;  1UH9 A;  3QAA A;  2WF4 A;  3EKY A;  4Y5B A;  2JJI A;  2XYF A;  2O40 A;  3ZPU A;  5P74 A;  5P43 A;  2XFK A;  5COO A;  5P5K A;  3WB4 A;  1MET A;  1A8K A;  5P30 A;  5OZW A;  2I0D A;  5P7V A;  1B5F A;  3B80 A;  2P3D A;  1EPQ E;  1K6V A;  3SA3 A;  3GGU A;  2FXE A;  1BXO A;  3KMX A;  3OU1 A;  5P7C A;  3KFP A;  1HRN A;  3O9G A;  4ZSM A;  2QZX A;  5HU1 A;  1TSQ A;  3O9C A;  5P7K A;  3QRO A;  3BUG A;  5P2Q A;  4CPW A;  2ZJI A;  4I0I A;  2FDE A;  3GI0 A;  5OZR A;  4Y47 A;  5P66 A;  4J0T A;  3HVP A;  2VIJ A;  3O9E A;  3OGP A;  5P8M A;  4CMS A;  4RZ1 A;  4I10 A;  4CPQ A;  4RCD A;  4YBF A;  1JLD A;  5P87 A;  5P4S A;  2PH8 A;  3UDJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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