3DVWA

Crystal structure of reduced dsba1 from neisseria meningitidis
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
191
structure length
191
Chain Sequence
b'PAGLVEGQNYTVLANPIPQQQAGKVEVLEFFGYFCPHCAHLEPVLSKHAKSFKDDMYLRTEHVVWQKEMLTLARLAAAVDMAAADSKDVANSHIFDAMVNQKIKLQNPEVLKKWLGEQTAFDGKKVLAAYESPESQARADKMQELTETFQIDGTPTVIVGGKYKVEFADWESGMNTIDLLADKVREEQKAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical and structural study of the homologues of the thiol-disulfide oxidoreductase DsbA in Neisseria meningitidis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein DsbA
source organism Neisseria meningitidis mc58
molecule tags Oxidoreductase
total genus 71
structure length 191
sequence length 191
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13462 Thioredoxin_4 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3dvwA00
3HZ4A 1F6MC 1JZRA 2H0HA 2VL2C 1G7OA 1GSYA 3HJPA 3TJKA 4XRAA 2L5OA 3K8NA 4J57E 1EOHA 4K1FA 1OE8A 1EGRA 1DSBA 10GSA 5DCGA 3GSSA 2NPBA 4I97A 2RUFA 1GL8A 1VRSD 3UBLA 1DBYA 1TTZA 3KZQA 2MZCA 3ZVJA 3TDGA 1EV9A 3TJJA 1MD4A 2FUG2 4BPYA 2P0GA 3IK9A 2PPTA 3EMPA 3CYNA 2LJKA 2YWIA 4HEA2 5CAXA 2OA7A 3TKPA 1Z6MA 2TRCP 2VCTA 1TI1A 2VUPA 2CAQA 2ZUPA 1K0DA 2LV3A 3QCPA 2GSSA 4I5QA 2JACA 2N5FA 2YWOA 5ENUA 5L71A 3ZITA 2J23A 4EDYA 4E8EA 2GDRA 5ELAA 2WB9A 2C0GA 1TK8B 2B5YA 2LTKA 2VAFA 4F9ZA 3M0FA 6GSXA 5G1KA 5HFIA 2GSTA 1B48A 2RM5A 1HD2A 2VCXA 4KDXA 1ZCPA 1B4PA 4GQCA 1A2LA 2K9FA 5F06A 2GVPA 1GWCA 4WF4A 1FVJA 1DUGA 4MJBA 5IMDA 1R26A 4L5OA 3IOSA 5G2ZA 1YY7A 3A2WA 1KEBA 4L8EA 4LA1A 1TKDB 2FWHA 3DXBA 3CMIA 2QC7A 4MF5A 2DJ2A 5C04A 1LU4A 2IWTA 4WBRD 4GSTA 5B6MA 4MLYA 3F6DA 1THOA 4XRDA 4G2EA 2XBIA 3FR9A 3PINA 3QD9A 4OO5A 3TKQA 1WJKA 1SYRA 2GQMA 1U3AA 1OAZA 4YH2A 5HR3A 3DVXA 3GURA 1U6TA 18GSA 2H8LA 2GZPA 1GTAA 1OVNA 2A2RA 1M0UA 3DRNA 1U3IA 2P5RA 4BL7A 1EGOA 3GSTA 4PX1A 1PGTA 3TJGA 1URMA 2JU5A 1GH2A 2OKAA 2VCWA 1GSDA 2G0FA 1X9SB 3QFBC 2JSYA 4WBJA 11GSA 3M9KA 1AQXA 5FT3A 3MDKA 3O3TA 3IAM2 4BWSA 1GUKA 5ECMB 1HNCA 1Z6NA 4I2TA 1N8JA 2H30A 3J7Yb 2KUCA 3QAGA 3TOTA 3KM6A 1GNWA 4EO3A 4HQZA 4GCIA 2MMNA 4KDYA 1GSSA 1U88A 4BVYA 1N2AA 3UEMA 4NXIA 2CZ3A 5EY6A 1J9BA 5ECSA 4TW5A 2KHPA 2DJ1A 3VI5A 2AJQB 3F4SA 4ZL7A 1KNGA 3CSHA 1TRWA 2TIRA 2MYGA 3C73A 4GSNA 2LJRA 3KMNA 1H75A 1ERVA 5GZZB 2J9HA 1A8LA 4Q5QA 1R4WA 3TGZA 1O73A 3UL3A 4IVFA 4AJ8A 4EUYA 1M9BA 1B9XC 3GFKA 1WE0A 2HYXA 2LRCA 1JHBA 1S3DA 2DIZA 3EVIA 3JCML 1GP1A 2EIQA 2EIRA 2R37A 4PUFC 1XW6A 3F3QA 1A2MA 1TOFA 3ZFLA 2FNOA 2NBSA 2H6XA 4DEJA 2E2GA 3HY2A 2XHFA 2H73A 4JEDA 4OWYA 1W89A 4ZXGA 3DWVA 1R7HA 2ON7A 3Q6OA 1JZWA 2WCIA 1XZOA 5HFGA 1U87A 2K6VA 5H5RA 3LFLA 3HD5A 2O85A 3QOUA 4XS4A 2L57A 5EL8A 1FG4A 3AY8A 4ULXA 2R6KA 1F3BA 2C3QA 3LSZA 2O7KA 2B1LA 1V9WA 1C72A 2GT6A 4ACSA 3BCIA 4QQ7A 2AUVA 2HXKA 2FWEA 3GKKA 13GSA 3IK7A 1AIUA 2X8GA 3FKFA 2H70A 4XHMA 3J7Yk 1J0FA 3TKRA 1K0OA 5KN0A 2R5GA 3KMOA 4TVEA 2VLVA 4JRRA 3ZIJA 5CRDA 5D8IA 2VLTA 4MZCA 1KBNA 3CSJA 3D5JA 2VL9A 4N0ZA 5AIVA 5KN1A 1X5CA 4GXZA 4F03A 2REMA 1ST9A 1YJ6A 1EZKA 4K0GA 2CV4A 2F8FA 1WWJA 4ZILA 2DIYA 3QMXA 1GRXA 4HUAA 5JCGA 3TRPA 2LNTA 3LORA 1T4YA 4TR1B 2IMEA 2R2JA 2CAIA 3D6IA 1BQ7A 1BX9A 4CDOA 3RAZA 1SK0A 3FZ4A 3ZYWA 4EC0A 3EURA 3TKSA 4TKYA 1O81A 5INYA 5GSSA 5D9XA 2JZTA 3DIEA 5DCHA 3ZIVA 3IDVA 1Q98A 1B9YC 1M2BA 1WMJA 4ECCA 2I4AA 3VPQA 3L78A 5DQYA 4HOJA 2IFQA 3GNJA 1PX7A 4V2NA 4TR4A 3WD6A 2DJ0A 1MDKA 1QMVA 5DQSA 2C8UA 2B5EA 3H93A 1ABAA 2C3NA 4EDZA 2OBKA 4LLRA 1GTUA 4FYBA 5CRGA 1AXDA 3GYKA 4LMVA 6GSVA 1AQWA 3GKMA 2GS3A 3TJFA 3TRXA 1YKCA 3TKSC 1SL1B 2H6YA 2VL2A 5ECLB 5J4UA 2H1BA 1AAZA 6GSYA 3TKSE 4IS0A 4MJAA 1XW9A 1AC1A 3ME7A 5IIZA 4ZB9A 5KEJA 1GSQA 2L59A 1PRXA 3EC3A 5DDLA 3D22A 3W8JA 2M46A 9GSSA 2X99A 2GZYA 2WZ9A 4F2IA 2H1AA 5LCZA 2HT9A 3V1WA 2AYTA 4HZ4A 2YJ7A 5H5SA 4HQSA 1VGLA 2HSHA 3EU3A 4GTUA 3ERWA 3S9FA 5EPFA 5JCUA 4L0UA 3EWLA 1F9MA 5CRWA 3TRQA 4MJEA 3WGXA 4KW6A 1AW9A 2B1KA 4JU5A 4QL9A 2I81A 3GX8A 1SK2A 4PNGA 5JCWA 1YZXA 3ZZXA 1JZDA 3FRCA 4O7HA 3P7XA 5J9CA 2RM6A 4RI6A 5IMZA 1OC8A 3P8WA 2PWJA 4JR6A 3GHAA 3HDCA 2JADA 2FHEA 4N11A 5D73A 3UVHA 5HR0A 1QQ2A 4I6XA 5DBQA 2H75A 2G2QA 1O8WA 1SKWB 2A4VA 1W4VA 4LMWA 2MBSA 2D2ZA 2XPDA 3QAWA 1XW5A 1GUMA 4CW9A 2OBIA 3FZ5A 5AIXA 2LSTA 2B7JA 4NMUA 4WXTA 3E9JB 1TJDA 1E2YA 2XPEA 2HFDA 1K3YA 3L0HA 3E0UA 3APOA 3H1NA 2H71A 1ZL9A 1Z7PA 5CNWA 4MP4A 3VWVA 4NHZA 1MTCA 1X5DA 1Z7RA 3VI7A 1VF4A 4K7NA 3VK9A 1XWCA 2C3TA 4X43A 4JR4A 2GGTA 2H1GA 1ZYEA 2CVDA 1TU7A 2LKUA 2E7PA 1A8YA 1QUWA 5D9WA 1SL2B 4FH8A 5CO3A 1Z5YE 3C1SA 3KP8A 2YZUA 1XVWA 2E2MA 4N0VA 1A23A 3ZTLA 2FLSA 3RBTA 3GX0A 4BWQA 1A0FA 1ZGNA 4TR3A 1FW1A 5AISA 3HJOA 1X5EA 1AQVA 4Q5NA 3IC4A 2PBJA 3EE2A 1WP0A 1M2AA 1G6YA 4Z7XA 1B8XA 3HVXA 2DJ3A 1EEMA 4GQFA 2LNSA 5ECHB 4KH7A 4MA9A 2LJAA 2PUKC 4F82A 3ZREA 3RHBA 2PVQA 3GV1A 4HJ2A 4POMA 1EEJA 3QR6A 5IM9A 4GWRA 4PUAA 2H1DA 1T1VA 1NHYA 1ZMAA 2VD0A 4EKZA 4Q5FA 2YWMA 2L5LA 4IBPA 4DSSA 4YQUA 4ML1A 4ZL9A 4LL4B 4HZ2A 2H72A 5B6NA 5F05A 3IHQA 22GSA 5D96A 3G7YA 1FO5A 1EOGA 5DALB 4J56E 3P90A 4X1UA 3BCKA 3VLNA 1GLQA 5DALA 1ZYQB 3ED3A 5ECPB 1XBSA 1XPVA 4DSRA 3ZFBA 5F0GA 2WJUA 2MMAA 1SL0B 3KJYA 20GSA 2MMZA 3NIVA 3ISOA 2H19A 1SJIA 1UN2A 4ZBDA 4OFTA 1S3AA 4IKHA 4O32A 3R2QA 2YJHA 2YWNA 1VF3A 2LQOA 5ECOB 4YQVA 3FYGA 2FWFA 3IRAA 4WR5A 3F63A 2DLXA 1B4QA 1FHEA 2IPAA 2KP1A 4E8HA 1QXHA 4FIWA 3VWWA 4JE1A 3APQA 1HNAA 1PL1A 2C0FA 4HU7A 5A4VA 3W6GA 3GH6A 3KIJA 2GZZA 4F0BA 5J41A 4ZBBA 4PURA 5KN2A 4ZBAA 2AAWA 1RW1A 2P5QA 5GSTA 4TR0A 3RPNA 5GAPD 1EP8A 2IMDA 1J08A 3HCZA 4NV5A 3DGQA 2MBTA 4KCAA 1V57A 4V1Ag 3A3TA 4POKA 3F3RA 3CXGA 3ZL5A 4BVXA 4MCUA 1BG5A 4EVMA 1TDIA 4HU9A 1RQMA 4G9HA 5EVOA 4X0XA 2V1MA 2H74A 2VIMA 1PA3A 4MPGA 2X8CA 3HZ8A 1XIYA 1NM3A 2B7KA 2RUEA 3WT1A 4XS4B 2EIOA 2K8VA 5IMCA 3D21A 4EF0A 3N5OA 4MPFA 1PX6A 1SD9A 3F0IA 4PGTA 2BMXA 3F9UA 2P31A 4KGIA 1I5GA 3GL3A 5F8BA 2QSIA 5G1LA 4XIHA 3FY7A 4YAVA 3DD3A 5HR1A 1PQNA 4HJMA 1XWBA 2YZHA 4EXJA 2VO4A 3WT2A 4KSOA 2VCZA 3QPMA 3NZNA 4NHWA 5DVBA 2E0QA 2YOIA 2VL3A 2VLUA 3FK8A 3PR8A 3E3EA 3G7IA 4NAXA 1K0AA 1GSEA 2CQ9A 4MABA 3W8SA 2DBCA 3D4TA 3EMXA 1MDJA 4ISDA 3F6FA 3HXSA 1M99A 1ML6A 3PH9A 4NV2A 2ES7A 4MZBA 4KAEA 2WRTA 2PVOC 1UC7A 2ZNMA 5ID2B 1K0BA 4ZL8A 3IA1A 4ZIJA 5ID2A 1TU8A 2YV9A 1XCCA 3A2XA 4RI7A 4IP1A 2Z9SA 5CYYA 2AB6A 1QK8A 1YEPA 3UIWA 1FVKA 3LXZA 3US3A 2HZFA 5ECRB 2OE0A 1OC3A 1PMTA 3QFAC 1T00A 5DJLA 3FR3A 3I43A 4P3YB 3C71A 1Z3EA 4KA0A 1ERUA 2TRXA 5KN3A 3BJ5A 2EC4A 3A2VA 5E59A 2O8VB 3LYPA 2JZSA 3UOMA 2VOCA 4MJCA 3L9UA 1S3CA 3BBYA 4MDCA 3M3MA 2V2GA 3WGEA 2IFQB 4DVCA 5A4UA 1SKRB 2DJKA 1YEXA 2LQQA 2LUSA 5ABRA 4KUNA 5IMVA 2RLIA 1O85A 2I9HA 4RUVA 2HZEB 3QDNA 1SK1A 1YQ1A 2HZEA 2IN3A 4K9ZA 2FCHA 2CT6A 2NTOA 2ALBA 3WYWA 1OYJA 5CRHA 2NVLA 2PERA 4RQXA 2YANA 1EV4A 2GQLA 3VWXA 4POLA 2GQKA 1GSFA 3KCMA 5IMAA 1M2DA 3SWLA 1K0CA 1X0RA 3ME8A 3GKNA 3UMAA 1K0NA 4IQAA 2VD1A 3M9JA 4IHUA 2X64A 4ID0A 3MWHA 3VWUA 2WULA 3FZAA 3Q18A 4OMVA 1G0TA 1EP7A 1F37A 2WFCA 3KH7A 4IJIA 2PN8A 2HRFA 2I1UA 4Q5RA 1YF0A 4OFMA 2V32A 4EL1A 2M80A 1BJXA 1A2JA 2LRTA 5ECIB 3IBHA 2WDUA 4KX4A 1UVZA 5CREA 4F0CA 1TK0B 3PGTA 1F2EA 4G19A 3EYTA 3DMLA 2B3SA 3GTUB 1VF1A 3IE3A 4WR4A 4PQIA 4XS1A 5LNKe 3H4KA 3GTUA 3N9JA 1XWKA 5JWRB 1ON4A 4KSMA 3APSA 1AUCA 1GSUA 3M1GA 4L0WA 1ZZYA 1YF1A 2DJJA 2HE3A 3LXTA 4BA7A 5G31A 4TRXA 4FO5A 1F3AA 4KE3A 4XCSA 3FHKA 5AGYA 4I2UA 3I69A 19GSA 2GLRA 4V2MA 1T8EB 5G5EA 4MF6A 1TXXA 4CHSA 1V40A 1HQOA 3DYRA 1YDKA 2K18A 2VM1A 4TOPA 1XOAA 2WGRA 1TW9A 1TP9A 3D0ZA 1BYEA 1SKSB 4AF2A 1SENA 5HR2A 4HI7A 1OKTA 2FWGA 4KDUA 4IN0A 3DVWA 4OCFA 5B8BA 1FAAA 1A24A 2HSYA 2HRNA 5ELGA 3KTLA 2O87A 2HNLA 2OE3A 1IYIA 2IMKA 3D4MA 2WS2A 1BAYA 4OFNA 3G9BA 4XTSA 16GSA 1WIKA 2O89A 3UBKA 5IO2A 4GF0A 3ZRDA 4AJ6A 1GNEA 5J9BA 1Q4JA 4DSQA 5IOXA 1O7UA 4MZWA 2GTUA 1JLVA 3L9SA 3L9VA 3O76A 2FD3A 2VCVA 2YN1A 3MSZA 4NWYA 4YQMA 5G5FA 2N5AA 3NOFA 1CQHA 1ZOFA 1K3OA 3MAKA 5COHA 4N30A 2V6KA 1T3BA 1FOVA 1BEDA 4TXVA 3Q74A 3WGDA 3DEXA 4ECJA 2XC2A 1HNBA 2GSRA 4V1Ap 2GT5A 3KGKA 2OE1A 3ZLPA 1XFLA 3QAVA 3ERGA 1OKDA 4KNDA 3CRUA 2C0EA 5JWOB 4MH2A 1T4ZA 2A2SA 4GLTA 4V2LA 1WOUA 3F4TA 2L4CA 3FR6A 5D93A 1I9DA 2C4JA 4FYCA 3G7JA 3CTFA 4DSSB 4KCEA 1TI3A 3MNGA 3VFIA 2R4VA 2GSQA 3KH9A 5E4WA 5J5NA 6GSUA 1OE7A 4QL7A 4K7IA 4K6XA 3C7MA 4G10A 4TXOB 5B7CA 2AV4A 5JWQB 3IV4A 12GSA 1XXUA 4TXOA 4IP6A 4K7OA 1WRYA 3GKXA 1IYHA 5IPGA 1OC9B 4OO4A 3ZMKA 2H6ZA 4OD7A 3TJBA 1OC9A 4L5LA 4PXOA 4WKWA 1V98A 1UA5A 1GLPA 1O6JA 1PKWA 4YAPA 2C80A 5IMFA 4MH3A 4J2FA 4KB3A 2H66A 1PL2A 2AHEA 2OADA 1PKZA 2IMIA 2OJLA 5IO0A 3SBCA 2IJYA 5HQPA 3U6VA 2JL4A 4ZB8A 5ECQB 1XWAA 1EWXA 2FA4A 2H0IA 3DKSA 3GA4A 4ZB6A 3GL5A 3LYKA 3I6AA 2YP6A 4MF7A 1R5PA 3F8UA 3RDWA 2B6MA 3LJRA 1O8XA 1XVQA 3KP9A 4POBA 1MDIA 2IIYA 3LGCA 4ML6A 2I3YA 3C1RA 3Q19A 4N10A 3VURA 2F51A 3LWAA 3UAPA 4O5RA 2XBQA 2C0DA 2BTOT 2L6DA 4EE0A 4WETA 2DC5A 5C00A 3ZMLA 1M7TA 7GSSA 3KTBA 3LQ7A 2IMFA 4PQHA 3KEBA 1XWGA 4FYUA 4JZQA 2YCDA 1GTBA 3GRXA 3CTGA 1GULA 4TN8A 1G6WA 1V58A 3IXRA 2L6CA 3H8QA 8GSSA 3GN3A 2QGVA 2L4QA 2YNXA 2V41A 5DJMA 1XOBA 2CX3A 5FHIA 3HHVA 3RHCA 4RQRA 1NW2A 1ERWA 2KLXA 1PN9A 1JFUA 3L4NA 2CVBA 1H4OA 3VPTA 2H76A 6GSWA 1SD8A 1M9AA 1SJZA 4WEYA 3CRTA 2RIIA 4ECIA 2YPMA 1V2AA 4HDEA 2R3XA 1TRVA 3RPPA 1R5AA 4MK3A 3BOAA 3HVVA 3GUSA 4PNFA 5CP1A 4XS6A 3IPZA 3C8EA 2ZCTA 1Y25A 5IQYA 1X9MB 1PSQA 1E6BA 2JSZA 4JBBA 3KXOA 3FZ9A 2F3MA 1Y6EA 1TK5B 2FA8A 1G7EA 2PGTA 1SJ6A 4ILFA 5B8AA 3UVTA 4K0NA 17GSA 3HA9A 5DAKB 2FGXA 2C1YA 4LL1B 3HJMA 1Z9HA 5IPHA 14GSA 1SYXA 5DAKA 2LEGA 5F07A 3TB2A 1K3LA 3UJ1A 3TOUA 5G30A 1GUHA 1T7PB 2CA8A 6GSSA 1NHOA 2LRNA 1X9WB 2KOKA 5HFKA 1DE2A 4HS1A 1TRSA 1MEKA 3GH9A 4TR1A 4IQ1A 2NDOA 1LJRA 1GTIA 2ON5A 3ERFA 5J3RA 2KP2A 1JZOA 4IGJA 1WPIA 2B5XA 2N5BA 1THXA 4NPBA 4AGSA 3OR5A 2BJXA 3HVSA 2JZRA 3EU4A 2CX4A 1FB0A 3F4RA 2DMMA 1ACVA 1MD3A 1NSWA 2V6OA 3I9V2 2MMOA 3LEFA 2M72A 1JLWA 3HYPA 4WF5A 2DSAA 4OCEA 2YV7A 4GRFA 3EINA 3TUEA 4GSSA 5D9VA 2HLSA 4K8MA 1PD21 2VCQA 2CVKA 4AJ7A 2CZ2A 1SU9A 2H01A 4H86A 3HKRA 2PMTA 1ERTA 3KD0A 5H5QA 4ECBA 5ECNB 2IL3A 4O92A 3A5WA 5FWGA 2F8AA 1QGVA 2VM2A 3UARA 2K8SA 2DMLA 1HYUA 2X8HA 4I8BA 5LD0A 4D73B 3GMFA 3M8NA 1RK4A 2FY6A 1LBKA 2HI7A 4D73A 1YKAA 3IR4A 3FW2A 1VF2A 2F9SA 1TRUA 1USBA 5A5KA 6GSTA 1K0MA 5AN1A 3BD2A 1ILOA 4IW9A 4IJ3A 1QFNA 3H79A 2H0GA 4PQ1A 3O6TA 5ECKB 4K2DA 3FEUA 1A0RP 3P2AA 3TCOA 1KTEA 2OACA 3IAS2 5A4WA 3CSIA 1FB6A 5GAND 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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