3DWV | Genus

Total Genus 44

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	163
structure length	162
Chain Sequence	MSAASSIFDFEVLDADHKPYNLVQHKGSPLLIYNVASKCGYTKGGYETATTLYNKYKSQGFTVLAFPSNQFGGQEPGNEEEIKEFVCTKFKAEFPIMAKINVNGEAHPLYEYMKKTKPGILATKAIKWNFTSFLIDRDGVPVERFSPGASVKDIEEKLIPLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis for a distinct catalytic mechanism in Trypanosoma brucei tryparedoxin peroxidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Glutathione peroxidase-like protein
source organism	Trypanosoma brucei
molecule tags	Oxidoreductase
total genus	44
structure length	162
sequence length	163
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.11.1.9: Glutathione peroxidase.
pdb deposition date	2008-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00255	GSHPx	Glutathione peroxidase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	3dwvA00

5CAXA 4NV5A 20GSA 5CP1A 2NTOA 5GSTA 4PNGA 2PGTA 3GN3A 2IWTA 3IA1A 2JSYA 1M2AA 1BQ7A 2LRNA 5ECSA 5A4VA 3F4TA 3WGXA 4HOJA 4PUFC 3ZREA 1ACVA 1T00A 5ECNB 3KH9A 1KBNA 2YPMA 3LEFA 2NDOA 2ZNMA 1QK8A 3LYPA 4O32A 4LA1A 1SJIA 2AUVA 2E2GA 4KGIA 1GSYA 4N0ZA 2PVOC 3UVTA 3DD3A 1PL1A 3HJPA 3QAWA 2L57A 2IMEA 4YQVA 1M0UA 2XBQA 4IW9A 5J9BA 5IMVA 4RI6A 1SL0B 5F0GA 3EVIA 4MF7A 2R2JA 2H01A 4ZBDA 1M9AA 1G6YA 1A23A 1T3BA 3GTUA 3L0HA 4DSRA 4K7OA 5IM9A 1FB0A 5D93A 2NBSA 1EGRA 6GSUA 2B7JA 1W4VA 2C80A 3D22A 2GDRA 4WKWA 3ME7A 3TJKA 2CVDA 5HFKA 2MMNA 3L78A 2V6OA 4PURA 2M46A 4YH2A 4I2TA 2C3TA 2YANA 5DCHA 4WF5A 4ECIA 1Q4JA 2VCZA 5CO3A 2RM6A 1OAZA 5LD0A 2JZTA 4LL4B 3A5WA 3L9UA 2FA8A 1JZWA 3D21A 1A2JA 3FEUA 3HD5A 1PSQA 4KB3A 2H6ZA 3TOTA 3LORA 2C0GA 3HZ8A 1TW9A 1K0DA 2I3YA 3GA4A 3O6TA 2WRTA 1XCCA 1YF1A 3D4TA 3FYGA 2VL3A 2HSHA 1X5EA 3EWLA 4N0VA 6GSTA 1QQ2A 4PGTA 3L9VA 4KDXA 4FO5A 2OBKA 2D2ZA 5CRGA 3UARA 1XWKA 2R6KA 6GSWA 3KD0A 2YN1A 5ECRB 3F8UA 4CW9A 3KXOA 2FHEA 1M2BA 5JWOB 3EU3A 2ALBA 3C1SA 2YWMA 2B6MA 3M8NA 4IGJA 2X8HA 3ERFA 1G7EA 4IKHA 2XPDA 2FGXA 3CYNA 3LFLA 1TU7A 4J57E 2YWOA 3VLNA 4E8EA 2H70A 1GRXA 1V40A 2FWFA 4X1UA 2L6DA 4OWYA 2N5AA 1OKDA 4GCIA 4ZIJA 4TXOB 4YQUA 4BWQA 5G5EA 2LKUA 1FG4A 2PPTA 1VF3A 1XW9A 1TTZA 3DVWA 3Q6OA 1DBYA 3RDWA 4ACSA 2NVLA 2K8SA 4JEDA 1FB6A 4XRAA 2VCQA 3TKQA 2GZPA 3RPPA 3HKRA 2A4VA 3KTLA 4EUYA 1EV9A 4PX1A 5EVOA 9GSSA 4MA9A 3TKPA 8GSSA 4IQ1A 3TJJA 3VI7A 3QCPA 4OD7A 5EY6A 5J9CA 1GULA 2E0QA 3V1WA 2L4CA 3LSZA 5EPFA 2J9HA 2HI7A 1H75A 3UBLA 4ZL7A 1XWGA 1EOGA 2CVBA 1K0AA 4MH3A 1Z9HA 1AAZA 2LSTA 4IELA 2L5LA 3KGKA 1YF0A 3HY2A 4FYUA 2DSAA 5JWRB 3IDVA 3WD6A 4KSMA 3GMFA 1ZCPA 1GTAA 2VL2A 4HZ4A 2K6VA 3E9JB 2JACA 2V41A 2B7KA 5H5QA 2HE3A 2MZCA 5GZZB 3W8SA 3EURA 3A3TA 2P5RA 3A2XA 3Q18A 4GWRA 4ZL8A 3SWLA 2K8VA 3MAKA 2YNXA 4JR6A 1MDIA 3G7YA 3QAGA 5IOXA 5JCUA 3LQ7A 3FW2A 2LTKA 4MPGA 2OACA 4MF5A 4IHUA 5AGYA 1BYEA 3FK8A 2H1AA 4I97A 4K1FA 1ST9A 4OFMA 3TKRA 1QXHA 4N10A 1GTBA 1O8XA 2HRFA 4WXTA 3N9JA 1SKWB 5DALB 1KTEA 4BVYA 2DIYA 4D73B 4ILFA 4Q5NA 2B5EA 5KN1A 1X5CA 2L4QA 1Z6NA 1XVWA 3P7XA 3M0FA 4J2FA 22GSA 5IPGA 2NPBA 2VD0A 4WR5A 2B5XA 1GTIA 2LJRA 5LNKe 5B6NA 4F82A 3LG6A 5DQYA 1PX6A 5CRDA 3KZQA 1XWBA 1SJZA 3KCMA 1EZKA 3FKFA 2H8LA 2DIZA 3GKKA 2L5OA 2PN8A 1J0FA 1SYXA 4O92A 1G7OA 3PH9A 2P5QA 1M99A 2HYXA 2TRXA 1TU8A 4MJCA 3E0UA 1A8LA 4JR4A 1H4OA 4KDUA 4FIWA 1F37A 3I69A 4KX4A 1FOVA 1BAYA 1RK4A 1DSBA 1ML6A 2WGRA 3BCIA 1TI3A 1HNAA 2FA4A 2K18A 1ZL9A 3HA9A 5ECLB 4IP1A 1XIYA 2KHPA 5F05A 1J9BA 1YEXA 3GFKA 5D96A 4P3YB 2I9HA 4POLA 2PBJA 3ED3A 1WWJA 4HJMA 1BG5A 2FD3A 2H74A 3KP9A 1GUHA 1G0TA 4L5LA 5A4UA 1WMJA 1GSUA 2H73A 4HEA2 3G7JA 5ID2B 4BA7A 5J4UA 2IFQA 5IMCA 1LJRA 4JE1A 1XPVA 4KSOA 2LQOA 4ZILA 1YDKA 1XW6A 3EE2A 2OE3A 5DVBA 3DMLA 4NXIA 2YJ7A 4MZBA 1K0CA 2MYGA 3HYPA 5C04A 5E4WA 1GNWA 4MLYA 2N5BA 4L8EA 1EGOA 2I1UA 5G1KA 2V2GA 4Q5QA 1T8EB 3GRXA 3S9FA 1K3OA 2O7KA 2RUEA 2YJHA 4KDYA 4KAEA 1PL2A 4Q5RA 2VL2C 2CAIA 3TJGA 3M9JA 1HYUA 2LQQA 1R4WA 3H4KA 11GSA 5JCWA 4XS6A 3PINA 1OYJA 5C00A 5J5NA 2YWNA 1K3LA 3AY8A 5LCZA 2AB6A 4L5OA 4KH7A 4IQAA 4AF2A 2WB9A 1V57A 3PR8A 4GXZA 4I6XA 3ZRDA 1A2LA 2IIYA 2L6CA 1SKRB 2EIOA 3WYWA 4RUVA 4GF0A 4OO4A 1T4YA 2LS5A 5HR2A 1GL8A 3LXZA 1PA3A 2GVPA 3NIVA 1K3YA 5DBQA 4Z7XA 2MMAA 3CXGA 2GZYA 4ZBBA 2HXKA 1R5PA 2YV9A 5D9TA 1WP0A 4GTUA 3EC3A 3ZITA 2CAQA 4TR1B 3VPQA 1BJXA 1JHBA 2JL4A 14GSA 2LJKA 2QSIA 3BJ5A 3HVSA 4F0CA 1V98A 2LUSA 2VM1A 1SD8A 3I9V2 5COHA 1FO5A 3GKXA 4EF0A 3ZMLA 3CRTA 3HDCA 1SK1A 4OFNA 1A24A 2JZSA 2YWIA 4G19A 1TOFA 3ZIVA 4ML6A 1O73A 2H19A 2VCXA 3M3MA 4MJEA 4CDOA 2LV3A 1USBA 1UA5A 6GSSA 2VLVA 3APSA 1TK8B 3FR9A 2GTUA 2H1GA 3RPNA 3KJYA 4MZCA 3FZAA 2DBCA 4NV2A 2PUKC 4GSTA 3WGDA 3DVXA 3ZVJA 2VIMA 3HVXA 5ECOB 2B5YA 4K6XA 2G0FA 3P90A 3M9KA 3TKSE 5AN1A 3IV4A 1YJ6A 2AAWA 3TUEA 5L71A 3LYKA 4XHMA 1SK2A 1SU9A 2FNOA 3FRCA 2GSTA 3F0IA 4ZBAA 4K7NA 4OCEA 1GSFA 4IP6A 1JZDA 1V2AA 3ZZXA 3VWXA 3MWHA 4Q5FA 2K9FA 1AXDA 1UC7A 1A0RP 2X64A 2KUCA 5EL8A 3QFBC 2P31A 5J3RA 1VGLA 1QMVA 2HSYA 4KA0A 1DE1A 5DJMA 4XS1A 3KP8A 4AJ6A 2E7PA 2WDUA 4HS1A 1S3AA 3RHBA 3EMXA 2GGTA 2M80A 3HJOA 3O76A 1XOAA 3F9UA 4GQFA 3BBYA 4MF6A 4NHWA 1KNGA 2GZZA 1A8YA 1FW1A 4EO3A 1TRWA 3UMAA 4DSQA 4QL9A 4MDCA 2RIIA 1O85A 2HRNA 3IBHA 1U3AA 3WT2A 5GAND 3H93A 2AYTA 1ERTA 4YAVA 3IPZA 3L9SA 5AISA 4MMMA 1ERVA 1Y25A 1N2AA 2RM5A 3TRQA 5A4WA 3KIJA 2AJQB 3G7IA 3TKSC 2REMA 5ECPB 5E59A 1F3AA 2YOIA 2GSRA 2I81A 4HQZA 2GT5A 1MDKA 3UIWA 5D9XA 4EC0A 3K8NA 3IK7A 5GAPD 2EIQA 4IJIA 1S3CA 5B8AA 1XBSA 2WZ9A 4GLTA 4KE3A 5A5KA 2YV7A 5CNWA 2GQLA 4G10A 1AC1A 1S3DA 3MNGA 4TVEA 2YCDA 1FAAA 4GQCA 4YQMA 3ZL5A 2H30A 4EKZA 4POBA 4PQHA 1G6WA 4ZB6A 3RBTA 1T7PB 3QAVA 3P8WA 4TR3A 3EINA 4BL7A 3TOUA 5H5RA 2ON7A 3ZFLA 3ZFBA 2CZ2A 1K0BA 3IXRA 5CRHA 1E6BA 3C1RA 2CV4A 1PQNA 3M1GA 1SKSB 1Z7RA 3G9BA 5G1LA 1WPIA 5IMAA 1TDIA 2EC4A 2KP1A 3GL5A 4N30A 1GTUA 1JLVA 5G31A 1B8XA 4LL1B 2CVKA 3APOA 4HQSA 1X5DA 3ZVJD 3ME8A 4ULXA 4FYBA 18GSA 4XCSA 3J7Yb 1F9MA 1XVQA 1TXXA 4TR1A 1SJ6A 1AQXA 5KN2A 5J41A 4H86A 5IO0A 3DGQA 4O5RA 4FH8A 4KCAA 1AW9A 1Z3EA 1UVZA 1TJDA 2WCIA 3IRAA 2QKEA 2JSZA 3H79A 3TGZA 4K7IA 3IC4A 2OE1A 4WETA 2IMKA 4X0XA 3RAZA 1ZZYA 5IOWA 2F8FA 3ERWA 2JU5A 1YQ1A 3FHKA 4KUNA 3TJBA 3DEXA 2L59A 5IMFA 4IBPA 1K0NA 5FHIA 1R7HA 1V58A 1B4QA 4OMVA 1TRVA 1AIUA 2FUG2 2VD1A 1DUGA 4XTSA 4I8BA 3DXBA 4TR4A 2B3SA 5DAKB 1VF2A 1C72A 3I43A 2TRCP 2DJJA 4ECBA 1EOHA 4PUAA 4TR0A 3C73A 5CYYA 4V1Ap 1B4PA 1U87A 2I4AA 2GSQA 2TIRA 2CZ3A 5AIVA 19GSA 2HZEB 2N5FA 4POMA 6GSXA 3W6GA 2CX4A 2VAFA 3ZIJA 4XIHA 1YKCA 3GH6A 4OFTA 1T1VA 3IE3A 2PWJA 5JWQB 2H6YA 4G9HA 4K9ZA 2XHFA 1Y6EA 5ECQB 2MBTA 4E8HA 3Q74A 2LJAA 2A2SA 3D5JA 2GQKA 3DWVA 1TRSA 2O89A 4NWYA 5ECHB 4MH2A 4RQRA 1ZGNA 5ECIB 1E2YA 2CA8A 3GKNA 3LGCA 5D8IA 4JU5A 4XRDA 1OC3A 1NM3A 4V2LA 1WJKA 5KEJA 1EP7A 2DLXA 2ON5A 3UAPA 3MDKA 2IMIA 1ILOA 2LEGA 4TXOA 2M72A 7GSSA 1F3BA 3ZLPA 1M7TA 3IOSA 4I5QA 4MJBA 4PQ1A 5DQSA 1XW5A 2RLIA 4AJ7A 2VLTA 1QGVA 4ECJA 1LU4A 2Z9SA 1HD2A 4V2NA 5D73A 1SENA 4JBBA 4ML1A 1SYRA 4HUAA 3FZ9A 1FVKA 3DIEA 2H75A 1PX7A 3QR6A 1QUWA 4BVXA 4LMWA 4MP4A 1O81A 5CREA 4WR4A 4NPBA 2HFDA 3VWUA 5F06A 2GS3A 3TDGA 2FWGA 4DSSB 3OR5A 1XWCA 3KEBA 3UOMA 1U6TA 2R37A 1WOUA 2GLRA 3TJFA 2H0HA 1GUMA 3GSSA 5F07A 2OKAA 2IMFA 3CBUA 3UEMA 4WF4A 3C71A 1WRYA 6GSVA 2VO4A 4K0GA 3QFAC 4POKA 1WIKA 1K0OA 4TRXA 1GSSA 1CQGA 1MTCA 5DJLA 2DJ2A 1BEDA 2MMOA 2LRCA 2OJLA 3GUSA 4XS4B 1Q98A 4OO5A 3GV1A 3VK9A 3GKMA 2OA7A 3IK9A 1GP1A 4HDEA 3F3RA 1XZOA 1R5AA 2HT9A 4GSSA 5F8BA 1IYIA 3NOFA 1YEPA 3KH7A 3QOUA 4MPFA 2F9SA 3GX8A 1TK5B 2X99A 3BD2A 3C8EA 4L0UA 2VCWA 5DALA 4EE0A 4EXJA 1NSWA 4D73A 3HCZA 4GSNA 3ISOA 1T4ZA 1EV4A 1JLWA 2R4VA 4CHSA 2KLXA 1NHYA 3VURA 3GL3A 1GSQA 3US3A 1U3IA 2V32A 4TOPA 2YZHA 1WE0A 4HI7A 1THXA 2VUPA 1PKZA 4TKYA 4K0NA 1HQOA 1KEBA 5DAKA 4PQIA 3FR6A 1Z5YE 5H5SA 1X9SB 4YAPA 3IAM2 2IL3A 1GH2A 1SK0A 1QFNA 4HJ2A 2CQ9A 12GSA 3GYKA 1M9BA 5IQYA 1OC9B 3APQA 3H1NA 2GQMA 1UN2A 1YY7A 2VCTA 2C1YA 2HZEA 1EWXA 3UBKA 3U6VA 3A2WA 5KN0A 1SL1B 3P2AA 3CTGA 1GSEA 4JRRA 1PMTA 3DYRA 3CTFA 2XC2A 1SD9A 3DKSA 4HU7A 3F63A 1NW2A 4IVFA 4OCFA 1R26A 3CRUA 2O87A 1O6JA 5CRWA 2H1BA 4F9ZA 2FWHA 1ZYEA 3W8JA 2BJXA 3GX0A 3VI5A 5FT3A 1JZRA 5HFIA 1PN9A 2WFCA 2PVQA 1K0MA 4KNDA 2HLSA 3J7Yk 3HXSA 3TRPA 2C3NA 4JZQA 2GSSA 4N11A 5ECMB 5ID2A 2R5GA 2H6XA 5B6MA 1SL2B 1PD21 3UL3A 1TKDB 2VOCA 3QDNA 4KCEA 3Q19A 5IPHA 2CT6A 3CSHA 1GLQA 4MK3A 4V1Ag 5IIZA 1U88A 1VF4A 3D0ZA 3F6FA 4AGSA 2F51A 2ZUPA 4X43A 2H1DA 3N5OA 5B8BA 2CX3A 5D9WA 3HJMA 5HR3A 2BTOT 3LWAA 10GSA 1PRXA 1GSDA 2FWEA 1ERUA 2VLUA 1XFLA 4IS0A 2DC5A 2C4JA 1RW1A 1GUKA 5ENUA 2O85A 3L4NA 2R3XA 1MEKA 2F3MA 2OBIA 3F3QA 3TB2A 3KMOA 2IFQB 4MCUA 4DSSA 2H72A 4NMUA 4EDZA 1B9XC 2MBSA 1GLPA 4EL1A 2VM2A 2H0IA 4WBRD 1ERWA 1A0FA 1ZMAA 2VL9A 3HHVA 4O7HA 3DRNA 1O8WA 1OVNA 1TRUA 2O8VB 2HNLA 3U5RE 1MD3A 2P0GA 4RI7A 1ZOFA 2H66A 2YZUA 2C0DA 4BWSA 1HNBA 3GHAA 4ZXGA 1MD4A 1OE7A 2YP6A 4XS4A 2J23A 1Z6MA 2X8CA 4PXOA 1X9MB 3FY7A 4I2UA 6GSYA 4ZB9A 2QC7A 5B7CA 2FY6A 4IN0A 3R2QA 3EYTA 1ZYQB 2C0FA 3GSTA 3QD9A 2VCVA 3F4RA 1GNEA 13GSA 1JZOA 3IAS2 2FCHA 4IJ3A 3WT1A 4KW6A 1AQWA 2IJYA 4V2MA 5G2ZA 3GH9A 1VRSD 3UJ1A 3A2VA 2LNSA 4J56E 1J08A 4EVMA 2JZRA 3D4MA 3GIXA 3HZ4A 3BCKA 3MSZA 5GSSA 1JFUA 4MJAA 2DMMA 5ELGA 2PMTA 3TRXA 2LRTA 5HR1A 2V1MA 5HQPA 1N8JA 2KP2A 5HFGA 2PU9C 4ISDA 1TP9A 2GT6A 16GSA 5FWGA 4HU9A 2BMXA 1YZXA 4QQ7A 3H8QA 4ECCA 1X9WB 1TI1A 2QGVA 3SBCA 1V9WA 4WEYA 3TCOA 3E3EA 1O7UA 3GNJA 3HVVA 1OC9A 3CSIA 2H76A 3LJRA 3KMNA 2WJUA 1X0RA 3WGEA 4RQXA 3VPTA 5IMDA 3D6IA 1MDJA 4LMVA 2G2QA 2E2MA 3GURA 3FZ4A 2A2RA 3LXTA 1F2EA 3KTBA 1M2DA 1XOBA 1ON4A 5IO2A 1VF1A 3GTUB 1Z7PA 5INYA 3ERGA 1THOA 2H71A 1F6MC 5G30A 3QMXA 3EU4A 1BX9A 3F4SA 2XBIA 3RHCA 4TXVA 1AQVA 2H0GA 2C0EA 2DJ3A 2ES7A 2DJ0A 2MMZA 5G5FA 4ZL9A 4ID0A 3ZYWA 2EIRA 1ABAA 1PKWA 2OE0A 4GRFA 3VWVA 1RQMA 2HZFA 1CQHA 3FZ5A 3C7MA 1IYHA 3ZTLA 5AIXA 3CMIA 4MZWA 2IMDA 3NZNA 1URMA 4EDYA 4NAXA 4BPYA 1W89A 1FHEA 1EEMA 3IR4A 3FR3A 1DE2A 5JCGA 1YKAA 5ABRA 3BOAA 2JADA 4LLRA 4QL7A 3EMPA 1EEJA 3UVHA 3F6DA 1PGTA 2WS2A 4F2IA 2B1LA 2DMLA 1OKTA 4TN8A 3I6AA 1TK0B 4ZB8A 2DJKA 3O3TA 4F03A 3PGTA 2C3QA 2V6KA 17GSA 2ZCTA 4NHZA 1HNCA 3VWWA 2IPAA 3KM6A 2AV4A 2KOKA 1FVJA 5KN3A 4K8MA 4DVCA 2FLSA 2OADA 4K2DA 1XWAA 5IMZA 1OE8A 3JCML 1LBKA 2XPEA 4F0BA 5DCGA 3VFIA 5HR0A 2WULA 4AJ8A 2B1KA 2PERA 4TW5A 4WBJA 2AHEA 4HZ2A 4MABA 1AUCA 4G2EA 3ZMKA 2LNTA 3IHQA 3TKSA 1B9YC 4L0WA 2X8GA 2DJ1A 2IN3A 1I5GA 1EP8A 4PNFA 1GWCA 1A2MA 1OC8A 2F8AA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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Chord Diagram

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