The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
130
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structure length |
130
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Chain Sequence |
NELVQKFQVYYLGNVPVAKPVGVDVINGALESVLSSSSREQWTPSHVSVAPATLTILHQQTEAVLGECRVRFLSFLAVGRDVHTFAFIMAAGPASFCCHMFWCEPNAASLSEAVQAACMLRYQKCLDARS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the intracellular domain of the amyloid precursor protein in complex with Fe65-PTB2.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
39
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| structure length |
130
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| sequence length |
130
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00640 | PID | Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PSC A; 1NTV A; 3P6A A; 4PNK A; 1U5G A; 2Z0P A; 3PEG A; 2D9Z A; 1LW3 A; 1DRO A; 3F0W A; 4DX8 A; 3TW1 A; 2UZR A; 1V61 A; 1UNP A; 2GS0 A; 3PVL A; 3ULC A; 1OQN A; 1XOD A; 3QWM A; 1Z87 A; 1X05 A; 1BWN A; 1XX0 A; 1ZVR A; 4NY0 A; 4IOY X; 5JHH A; 1ZC4 B; 3ML4 A; 2R0D A; 4TYZ A; 3GYO A; 2COC A; 1PFJ A; 2ELB A; 4HAY B; 2MDX A; 1QQG A; 2P0D A; 2ZPY A; 2GJY A; 1KZG A; 3ULB A; 1BTN A; 5D27 A; 5C16 A; 4KVG B; 3M1I B; 2Z0Q A; 1Y5O A; 4WSF A; 3X23 A; 5D3Y A; 4HAV B; 1EVH A; 1XCG A; 2DFK A; 3ZDT A; 2UVM A; 1UNR A; 1SHC A; 2M38 A; 1XKE A; 4DX9 0; 4A6F B; 1K5G B; 5DHF B; 2D9Y A; 4WVF B; 2MFQ A; 2CAY A; 2RNR B; 1U29 A; 2W2X C; 2EMT A; 3T06 A; 4NSW A; 3NSU A; 1KI1 B; 3QBV B; 5EFX A; 2D4Q A; 4DBB A; 3VOQ A; 2JP2 A; 1NU2 A; 3G9W A; 3A98 B; 2K00 A; 3FEH A; 1RJ2 A; 2LUL A; 1MAI A; 3CXB B; 1OMW A; 1BAK A; 4CYE A; 2EJ8 A; 3DXC A; 4K2P A; 5DIF B; 1PLS A; 4KHO A; 1XR0 B; 1UPQ A; 2PZ1 A; 5LON B; 4HAU B; 3N7C A; 5HE3 A; 1M7R A; 3UZT A; 4MK0 A; 5GOW B; 5J3Y A; 2DYQ A; 2XQN M; 2CY4 A; 1X1F A; 2CRF A; 4Z2N A; 2COD A; 3KRW A; 1GC6 A; 2K2J A; 4GZU A; 3TO1 A; 1H10 A; 1MIZ B; 2D11 A; 5DH9 B; 2G35 A; 3DXE A; 4GN1 A; 3PVW A; 5C5B B; 3WYF B; 4BBK A; 3KSY A; 1UEF A; 4DXA B; 2X18 A; 2VKI A; 2YSZ A; 1FAO A; 1ZSQ A; 2DKP A; 2I5C A; 4F7U P; 2P0H A; 4Z2M B; 1J0W A; 4CHM A; 1DDM A; 1M7E A; 5FI0 A; 4P7I A; 1DDW A; 2AEH A; 3A8Q A; 2Z0O A; 4A5K A; 5D3W A; 3PP2 A; 2LOX A; 4ZRI A; 5JHG A; 2YVC A; 1OY2 A; 2QKL A; 2DKQ A; 2M14 A; 3MPX A; 2H7D A; 1I7A A; 2DX5 A; 2DHI A; 2LG1 A; 2ADZ A; 2Y7B A; 3SO6 A; 4B6H A; 1ISN A; 2Y8G A; 2YF0 A; 5HE0 A; 2RGN B; 2RLO A; 4F7G A; 2D10 A; 3D8D A; 1QC6 A; 1V88 A; 1I2H A; 2RSG A; 4HHV A; 1P3R A; 2J0M A; 4YL8 A; 5KQ1 A; 5CLL B; 2OTX A; 5JP4 A; 4GMX B; 2LKO A; 1DYN A; 1UNQ A; 1V5U A; 5KCV A; 3PVU A; 1V5M A; 3CIK A; 1MK9 B; 1B55 A; 2IYB A; 2VRW B; 5D3V A; 3MDB C; 3DXD A; 3ODW A; 3U8Z A; 1P5T A; 4K2O A; 1PMS A; 4KHA A; 5DI9 B; 2V76 A; 2DN6 A; 1FHO A; 1WG7 A; 2I5F A; 1BTK A; 1UPR A; 2KUP A; 1AWE A; 5KQ4 A; 2ROZ B; 3ODX A; 2W2W A; 4K17 A; 1FB8 A; 1TQZ A; 1LB1 A; 2LYD A; 1FHW A; 1MIX A; 1SGH A; 2YRY A; 1U5E A; 2I1J A; 3FM8 C; 2YS3 A; 5HE2 A; 2D9W A; 1GC7 A; 4C0A A; 1K5D B; 2Y8F A; 2YT0 A; 4HDQ A; 4HB0 B; 4XWX A; 5DHA B; 2ROV A; 2N23 A; 3OAN A; 1FGY A; 2YT1 A; 5CLQ B; 4HAX B; 1KZ7 A; 3TFM A; 1XD4 A; 4A6F A; 2MWN B; 2HTH B; 3HK0 A; 2MKR A; 2YS1 A; 1EAZ A; 2J0K A; 1W1H A; 5JLJ B; 2YS5 A; 4IFS A; 2L2I A; 2L1C A; 4GXB A; 5J3Q A; 1GG3 A; 4WJ7 A; 3KY9 A; 2GCL A; 2D2Q A; 1MKE A; 2DA0 A; 1WGQ A; 4HDO A; 1Q67 A; 1NTY A; 3QIJ A; 3SUZ A; 3KZ1 A; 3TCA A; 2H7E A; 1W1G A; 2DHJ A; 2KCJ A; 4KAX B; 2IFS A; 5D3X A; 3SNH A; 1H4R A; 2HE7 A; 2R09 A; 2BCJ A; 1X1G A; 1U2B A; 1MPH A; 3FSS A; 1NI2 A; 3A8P A; 4GMV A; 2VSZ A; 2DHK A; 1FOE A; 5L81 A; 4CHJ A; 2Q13 A; 4ZRK A; 3PZD A; 2UZS A; 2CY5 A; 3GYP A; 1TJ6 A; 5C5B A; 3HW2 B; 1EGX A; 2FJL A; 3HQC A; 1U27 A; 2E2X A; 1ZM0 A; 2ELA A; 1WJ1 A; 2DLW A; 4H8S A; 1Y19 B; 4TKN A; 3BJI A; 4HAW B; 2J59 M; 5C79 A; 1X86 A; 2K2U A; 4PQ0 A; 2P8V A; 2N0Y A; 2RUK B; 4A6H A; 4KHB B; 4HAT B; 4L6E A; 4EKU A; 2W2X D; 1P6S A; 2EC1 A; 1W1D A; 1WI1 A; 3AJ4 A; 4K81 A; 4D0N B; 2COA A; 1MK7 B; 2OQB A; 4EMO A; 2LOZ A; 3TVV A; 5J3T A; 3U7D A; 4YON A; 1ZC3 B; 2DYN A; 1AQC A; 4HB3 B; 3VIA A; 1WVH A; 2COF A; 5LOP B; 1IRS A; 3D8F A; 1V89 A; 2DTC A; 2D9X A; 2J0J A; 3D8E A; 4MY6 A; 1WGU A; 2AL6 A; 4GPT B; 4IAP A; 3AU4 A; 4MT7 A; 2P0F A; 1N3H A; 2GCJ A; 2D9V A; 2NMB A; 3F5R A; 4F7H A; 1DBH A; 3IVF A; 5FI1 A; 2RVB B; 1X11 A; 1J19 A; 1DDV A; 2NZ8 B; 3WA0 A; 1U5D A; 1FHX A; 3O96 A; 1WJM A; 3SV1 A; 3ODO A; 3ZVR A; 3PG7 A; 4HAZ B; 3LJU X; 3P7Z A; 4A6K A; 1E5W A; 2DX1 A; 4EJN A; 1EF1 A; 4HB4 B; 1V5P A; 1RRP B; 2KGX B; 1FGZ A; 3V5W A; 4Y94 A; 3KRX A; 4HB2 B; 1TXD A; 3RCP A; 5C6R A; 2EMS A; 4ZRJ A; 3SYX A; 5HE1 A; 2QKM A; 1U5F A; 3BIN A; 3AU5 A; 2I1K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PSC A; 1NTV A; 3P6A A; 4PNK A; 1U5G A; 2Z0P A; 3PEG A; 2D9Z A; 1LW3 A; 1DRO A; 3F0W A; 3B77 A; 4DX8 A; 3TW1 A; 2UZR A; 1V61 A; 1UNP A; 2GS0 A; 3PVL A; 3ULC A; 1OQN A; 1XOD A; 3QWM A; 1Z87 A; 1X05 A; 1BWN A; 1XX0 A; 1ZVR A; 4NY0 A; 2FJU B; 4IOY X; 5JHH A; 1ZC4 B; 3ML4 A; 2R0D A; 4TYZ A; 2KIG A; 3GYO A; 2COC A; 1PFJ A; 2ELB A; 4HAY B; 2MDX A; 4CSQ A; 1QQG A; 2P0D A; 2ZPY A; 2GJY A; 1KZG A; 3ULB A; 1BTN A; 4D6W A; 5IRS A; 5D27 A; 5C16 A; 4KVG B; 3M1I B; 2Z0Q A; 1Y5O A; 4WSF A; 3X23 A; 5D3Y A; 4HAV B; 4QJ5 B; 2Z59 A; 4QXA B; 1EVH A; 1XCG A; 2DFK A; 3ZDT A; 2UVM A; 1UNR A; 1SHC A; 2M38 A; 1XKE A; 4DX9 0; 4A6F B; 1K5G B; 5DHF B; 2D9Y A; 4WVF B; 2MFQ A; 2CAY A; 2RNR B; 1U29 A; 2W2X C; 2EMT A; 3T06 A; 4NSW A; 3NSU A; 1KI1 B; 3QBV B; 5EFX A; 2D4Q A; 4DBB A; 3VOQ A; 2JP2 A; 1NU2 A; 3G9W A; 3A98 B; 2K00 A; 3FEH A; 1RJ2 A; 2LUL A; 1MAI A; 3CXB B; 1OMW A; 1BAK A; 4CYE A; 2EJ8 A; 3DXC A; 4K2P A; 5DIF B; 1PLS A; 4KHO A; 1XR0 B; 1UPQ A; 2PZ1 A; 5LON B; 4HAU B; 3N7C A; 5HE3 A; 1M7R A; 4KHB A; 3UZT A; 4MK0 A; 3U12 A; 5GOW B; 5J3Y A; 2DYQ A; 2XQN M; 2CY4 A; 1X1F A; 2CRF A; 4Z2N A; 2COD A; 3KRW A; 1GC6 A; 4QJ4 B; 2K2J A; 4GZU A; 3TO1 A; 1H10 A; 1MIZ B; 2D11 A; 5DH9 B; 2G35 A; 3DXE A; 4GN1 A; 3PVW A; 5C5B B; 3WYF B; 4BBK A; 3KSY A; 1UEF A; 4DXA B; 2X18 A; 2VKI A; 2YSZ A; 1FAO A; 1ZSQ A; 2DKP A; 2I5C A; 4F7U P; 2P0H A; 4Z2M B; 1J0W A; 4CHM A; 1DDM A; 1M7E A; 5FI0 A; 4P7I A; 1DDW A; 2AEH A; 3A8Q A; 3NW8 A; 2Z0O A; 4A5K A; 5D3W A; 3PP2 A; 2LOX A; 4ZRI A; 5JHG A; 2YVC A; 1OY2 A; 2QKL A; 2DKQ A; 5LG4 B; 2M14 A; 3MPX A; 2KUQ A; 2H7D A; 1I7A A; 2DX5 A; 2DHI A; 2LG1 A; 2ADZ A; 1T77 A; 2Y7B A; 3SO6 A; 4B6H A; 1ISN A; 2Y8G A; 2YF0 A; 5HE0 A; 2RGN B; 2RLO A; 4F7G A; 2D10 A; 3D8D A; 1QC6 A; 1V88 A; 1I2H A; 2RSG A; 4HHV A; 1P3R A; 2J0M A; 4YL8 A; 5KQ1 A; 5CLL B; 2OTX A; 5JP4 A; 4GMX B; 2LKO A; 1DYN A; 1UNQ A; 4DIX A; 1V5U A; 5KCV A; 3PVU A; 1V5M A; 3CIK A; 1MK9 B; 2RRF A; 1B55 A; 2IYB A; 2VRW B; 5D3V A; 3MDB C; 3DXD A; 3ODW A; 3U8Z A; 1P5T A; 5I2S A; 4K2O A; 1PMS A; 4KHA A; 5DI9 B; 2R2Y A; 2V76 A; 2DN6 A; 1FHO A; 4QJ3 B; 2Z14 A; 1WG7 A; 2I5F A; 1BTK A; 1UPR A; 2KUP A; 1AWE A; 5KQ4 A; 2ROZ B; 3ODX A; 2W2W A; 4K17 A; 1FB8 A; 1TQZ A; 1LB1 A; 2LYD A; 2ZKM X; 1FHW A; 1MIX A; 2NBV A; 1SGH A; 2YRY A; 1U5E A; 3OHM B; 2I1J A; 3FM8 C; 2YS3 A; 5HE2 A; 2D9W A; 1GC7 A; 4C0A A; 3HIE A; 1K5D B; 2Y8F A; 2YT0 A; 2Z4D A; 4HDQ A; 4HB0 B; 4XWX A; 5DHA B; 2ROV A; 2N23 A; 3OAN A; 1FGY A; 2YT1 A; 5CLQ B; 4HAX B; 1KZ7 A; 3TFM A; 1XD4 A; 2K49 A; 3NWF A; 4A6F A; 2MWN B; 2HTH B; 3HK0 A; 2MKR A; 2YS1 A; 1EAZ A; 2J0K A; 1W1H A; 5JLJ B; 2YS5 A; 4IFS A; 2L2I A; 2L1C A; 4GXB A; 5J3Q A; 1GG3 A; 4WJ7 A; 4GNK B; 3KY9 A; 2GCL A; 2D2Q A; 1MKE A; 2DA0 A; 1WGQ A; 4HDO A; 1Q67 A; 1NTY A; 3QIJ A; 3SUZ A; 5M4Y B; 3KZ1 A; 3TCA A; 2H7E A; 1W1G A; 2DHJ A; 2KCJ A; 2KR0 A; 1ZYI A; 4KAX B; 3DCX A; 3NWA A; 2IFS A; 5D3X A; 3SNH A; 1H4R A; 2HE7 A; 2R09 A; 2Z13 A; 2BCJ A; 1X1G A; 1U2B A; 2YT2 A; 1MPH A; 3FSS A; 1NI2 A; 3A8P A; 4GMV A; 2VSZ A; 2DHK A; 1FOE A; 5L81 A; 4OSN A; 4CHJ A; 2Q13 A; 4ZRK A; 3PZD A; 2UZS A; 2CY5 A; 3GYP A; 1TJ6 A; 5C5B A; 3HW2 B; 1EGX A; 2FJL A; 3HQC A; 1U27 A; 2E2X A; 1ZM0 A; 2ELA A; 1WJ1 A; 1MI1 A; 2DLW A; 4H8S A; 1Y19 B; 4TKN A; 3BJI A; 4HAW B; 2J59 M; 5C79 A; 1X86 A; 2K2U A; 4PQ0 A; 2P8V A; 3A58 A; 2N0Y A; 2RUK B; 4A6H A; 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