The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
71
|
structure length |
71
|
Chain Sequence |
LRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Structure-function relationship of CAP-Gly domains
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dynactin subunit 1
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| total genus |
15
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| structure length |
71
|
| sequence length |
71
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TQ7 P; 1TOV A; 2E4H A; 2M02 A; 2MPX C; 2CP6 A; 2COZ A; 2CP2 A; 3RDV A; 1WHL A; 2COY A; 2Z0W A; 2COW A; 2HL3 A; 3E2U A; 2E3I A; 1WHM A; 1IXD A; 1LPL A; 1TXQ A; 2QK0 A; 2CP0 A; 1WHH A; 2E3H A; 2CP7 A; 2CP5 A; 1WHJ A; 4B6M A; 2HKQ B; 1WHG A; 2HKN A; 2HL5 C; 2CP3 A; 2HQH A; 1WHK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PNI A; 3RDV A; 1QW1 A; 1K73 U; 1B07 A; 3X28 B; 2ZZD A; 1AD5 A; 5CIU A; 1I8F A; 2CZ0 B; 3UA6 A; 2FZC B; 2PQW A; 2DTO A; 3LWI A; 1VIF A; 2ZPE B; 2X4W A; 4PJL A; 2P4T A; 3DLM A; 1K9M R; 1WJR A; 2HMA A; 1TSF A; 3PTA A; 1FXX A; 4BI8 B; 3CCJ T; 1VQ4 Q; 2FZG B; 1UEB A; 2DZ9 A; 1KG1 A; 4J9H A; 2EYW A; 2RNA A; 3J80 E; 1ZA2 B; 2X4X A; 3MET A; 3MEU A; 1LNX A; 1UE9 A; 3FJ5 A; 2YRV A; 5HCK A; 1ZSZ B; 2DD4 A; 5GAM f; 4FSX A; 5GAO q; 2HQH A; 1B34 B; 1PD0 A; 2EBP A; 2O4X B; 2RHU A; 3HFO A; 2VAS A; 1K76 A; 2D8J A; 1KQS A; 4M77 D; 1M3B A; 3FJP A; 3JB9 D; 1QVG S; 1K9M U; 4FYY B; 2P0P A; 1VUB A; 1VQM A; 4M77 C; 1N27 A; 1ZUY A; 5GAO r; 4TVR A; 2MCN A; 5LJ3 j; 1UJY A; 4JUV A; 4C5I A; 1BI2 A; 5GAO m; 2LJ1 A; 3P8H A; 1VQK Q; 1QVP A; 4KH0 B; 3UPU A; 1M1K C; 4C92 D; 1QVF S; 4EMK C; 3M0S A; 2HDA A; 2EYZ A; 2LRQ A; 1T0H A; 2IIM A; 3L2R A; 2JN0 A; 3R6N A; 4F7U E; 2NUT A; 3BW1 A; 4M7D D; 2AHJ B; 3CCS A; 4FYW B; 8AT1 B; 1QLY A; 1WJQ A; 3C0C A; 1T3L A; 2L89 A; 4PFP A; 2EJF A; 3HRT A; 4D8K A; 1WZO A; 2LMJ A; 1IHW A; 1TS9 A; 3V7S A; 4QQD A; 2KSS A; 1M2V B; 1TG0 A; 3G71 Q; 2GF7 A; 2BKD N; 3HSB A; 2HSP A; 5LJ3 d; 3JCM W; 2FG0 A; 1YWO A; 4CC7 A; 3C12 A; 3G1J A; 4IUU A; 3EGD A; 5I2S A; 2Z0W A; 3KFV A; 1YN8 A; 1ZSZ A; 2OI3 A; 1MV3 A; 3RR6 A; 1GL5 A; 3PVL A; 4OF1 A; 4F7U F; 1M1F A; 2LP5 A; 1K9A A; 3JCM V; 3RIR A; 2V8J A; 2EQU A; 2LQW A; 3L42 A; 3FRN A; 1VQ7 Q; 4FW2 A; 3E9G A; 5GAN 8; 2E3I A; 1AOJ A; 1HJD A; 3PFS A; 4E7J A; 1AEY A; 2PZ1 A; 2QA4 T; 3JB9 H; 4BD3 A; 1RAA B; 2ED0 A; 2XK0 A; 2BE7 D; 4ZN1 A; 2L8D A; 4RTT A; 3OYN A; 1YIT Q; 2OTJ A; 2KT8 A; 1WNL A; 1BK2 A; 4LD6 A; 3TRE A; 3M5A A; 1QMC A; 4M78 E; 1WX6 A; 4HVU A; 2K6D A; 5IXB A; 4J6X A; 2F1L A; 1VYT A; 5GAN h; 2DL7 A; 1JXM A; 2KRS A; 3SFM A; 4DBH A; 3OYB A; 3OYI A; 2RO0 A; 3I56 A; 1UHF A; 4HVW A; 4ME7 A; 4YTL A; 4BY6 B; 2QDY B; 2V1Q A; 2ECZ A; 2OTL Q; 4IUV A; 1M3C A; 2DXC A; 1M8M A; 3VS3 A; 2C0O A; 3JB9 G; 4LDU A; 1BBZ A; 4J9G A; 1HD3 A; 5FU6 B; 1GCQ C; 3OBW A; 4OP0 A; 1Q86 R; 5GJW B; 1K8A C; 2A28 A; 3HL8 A; 4EPC A; 1JXO A; 2DKG A; 2DTI A; 4JLG A; 1YWP A; 3CCV A; 1I0C A; 2R58 A; 2A36 A; 1RAG B; 2ENM A; 2K57 A; 2JXB A; 5GAN 2; 1QQJ A; 2RI3 A; 4M78 B; 2NWM A; 4B9W A; 2K3B A; 3MEW A; 3QUI A; 1VQN A; 3BDU A; 2MIO A; 4PJJ A; 4PJO A; 2L3S A; 3DKM A; 1M2O A; 2JMC A; 2HAX A; 1WHG A; 5GMK i; 1VQ5 T; 1Q86 U; 2PTK A; 2FB7 A; 3L2Q A; 2DIQ A; 3UWN A; 1YJ9 Q; 1YCS B; 3JCM P; 3LGF A; 3S3N A; 2GTJ A; 1PC0 A; 5GAM h; 4OB2 B; 4PNO A; 3FC3 A; 4M75 E; 5D7U A; 3OYY A; 3G6E Q; 1VQ8 T; 4OMO A; 4XU1 A; 3CC7 Q; 1G3T A; 4FCY A; 2L5Q A; 3EH1 A; 3MP6 A; 3QHS A; 2D0Q B; 1I1J A; 2RQR A; 3VS1 A; 4A53 A; 2ATC B; 5KCO A; 5FWB A; 1C0M A; 3UF4 A; 4C8Q G; 4E7H A; 2FHD A; 1C6V X; 2NUZ A; 1M90 R; 3G4S Q; 3JV3 A; 3CMA T; 2JOY A; 5LJ5 h; 4DBR A; 2H3E B; 3MO8 A; 2DF6 A; 2H8H A; 4F14 A; 3UDC A; 1OU8 A; 2JTM A; 2E1H A; 4R55 A; 2BTT A; 3GIB A; 2A37 A; 4BAC A; 1WJS A; 3NMZ C; 1JJ2 S; 2A08 A; 5CKE A; 2K5L A; 4QKU A; 2VC8 A; 3QJ6 A; 4RTU A; 6AT1 B; 2AZV A; 4M75 F; 1ZLM A; 2GTO A; 3QJY A; 1E7O A; 2D0N A; 3PIO A; 4JZ4 A; 1SPK A; 2QGG A; 2QQ9 A; 1BIB A; 1M90 U; 5CVI A; 4X1V A; 2AK5 A; 1VQK A; 2EQJ A; 2Y4X A; 4PJN A; 4LE9 A; 4LUE A; 4HT8 A; 3MEV A; 4BY6 C; 3JCM e; 2LX9 A; 1M5Q 1; 1XJW B; 2VKN A; 5DY9 A; 4XTX A; 4XU2 A; 3A8O B; 3EFO A; 2RQU A; 4A4G A; 5EG2 A; 4N4G A; 2KYB A; 3AT1 B; 1TWB A; 3BY7 A; 5CKD A; 2VYT A; 3JCM J; 4BUG A; 1PWT A; 2LJ0 A; 1BI3 A; 1VQO Q; 3RER A; 5LJ5 e; 2EJG A; 4RTZ A; 5KYW B; 4ZNX A; 1UTI A; 5GAO n; 5IH2 A; 2M0Y A; 2ABL A; 1BI1 A; 2JNG A; 2EGC A; 2WSF E; 1ZBX A; 4M78 D; 3A8G B; 3G71 A; 2RA2 A; 4OGC A; 3MPU B; 4M78 C; 3VS0 A; 3MP1 A; 1K0S A; 4NOY A; 2M51 A; 3OMG A; 1VQP T; 3X26 B; 2XKO C; 3CQT A; 2KXD A; 1VQL Q; 2JTF A; 1D0Z A; 3TU4 K; 2DX1 A; 1V76 A; 2JW4 A; 1A0N B; 1AWW A; 3CCM T; 3M58 A; 4XTW A; 1UGS B; 3VRZ A; 4JZ3 A; 3RMQ A; 4E2F B; 1VQ7 A; 3PE0 A; 2BE9 B; 1X2Q A; 3CXC S; 1Y07 A; 1JEG A; 1YJN Q; 3KXT A; 3OYE A; 2D6F A; 1D3B A; 3QWX X; 2HSE B; 1JU5 C; 1R77 A; 1V1C A; 1UJ0 A; 3RBB B; 2RMO A; 1KFZ A; 2L0A A; 1AVZ C; 4B9X A; 1YIT A; 2GNC A; 5FWC A; 3OBY A; 1Q81 C; 2ZCF B; 2YDL A; 3OYH A; 4F7U G; 3CBM A; 3CCS T; 2DEQ A; 2RD1 A; 4QQ6 A; 3SWN A; 1WHL A; 4DQ2 A; 1LJO A; 1QWE A; 1VQ6 Q; 1LPL A; 2K2M A; 2HD0 A; 2K79 A; 2YUQ A; 3V8J A; 1FMW A; 2H3J A; 2OTL A; 3CCL Q; 4M75 D; 3OYD A; 2QQB A; 2G3R A; 3ZFJ A; 4M75 C; 3KUF A; 1PSE A; 3PNW C; 1OZ2 A; 2KXC A; 3HKS A; 4JS4 A; 2BZY A; 2JJ9 A; 2M9U A; 2O9S A; 1OU9 A; 2DE0 X; 2EKO A; 2HNI A; 1B7T A; 3OS5 A; 3E2U A; 1BYM A; 3PGG A; 1RAE B; 1VQ8 A; 3S6W A; 4JRQ A; 5L23 A; 1NPP A; 2K3Y A; 5IN1 A; 2EQM A; 3HPW A; 4M7A A; 2EAY A; 2P84 A; 3GNF B; 4L6V 5; 1I07 A; 2HKN A; 1VYU A; 3EGX B; 1WIE A; 3HP9 A; 3E19 A; 1PCX A; 4KGX B; 4C8Q E; 2XID A; 5IHI A; 4RTY A; 1U06 A; 2V1R A; 3E9F A; 2QG9 B; 3WVE B; 4EMH A; 5IXF A; 3PMT A; 2A0F B; 3QSU A; 4NL2 A; 3CMA A; 1YHQ Q; 3CME A; 3LX7 A; 2ZGW A; 1IHV A; 2HZY A; 2YHT A; 5FU7 B; 2QQR A; 2XHC A; 1WXU A; 1YJ9 A; 3EG9 B; 2QYZ A; 4ZTF A; 2OTJ T; 1AHJ B; 3SHW A; 3OYG A; 2KDS A; 2EQI A; 2KT1 A; 3OW2 S; 2CP2 A; 2I0N A; 4LNP A; 3G6E A; 2QEX Q; 2LCC A; 3CC7 A; 2MOX A; 1S72 T; 2HCK A; 5D6Y A; 4CI0 C; 3P8D A; 5KYU B; 4OMQ A; 2NUP B; 4PFO A; 3CC2 Q; 1D1C A; 4AG2 C; 5GAN 3; 3I56 T; 2FYK A; 1U5S A; 3URG A; 2XU8 A; 3HFN A; 4AFS C; 1TUD A; 1KK7 A; 1NE8 A; 3RMS A; 1XNI A; 4RUG A; 2KQW A; 3CCU A; 4C8Q B; 3CCR A; 1UEC A; 2X3W D; 1N9S A; 3CCQ T; 3EGU A; 1N8R C; 2DRM A; 1LCK A; 1ZSG A; 4BE2 A; 1RLP C; 2J6K A; 1PG5 B; 3D7S B; 3MP8 A; 4M77 A; 5GMK h; 3CCV T; 2DYI A; 1RI9 A; 4ZN3 A; 4OVA A; 2RQT A; 1QKX A; 1WLP B; 3JCM c; 5IAY A; 3CD6 Q; 3GPL A; 5LJ3 f; 5GAN j; 1VQN T; 4EMK A; 4NS5 A; 2X3X D; 2DA9 A; 4HCZ A; 4C92 A; 2R57 A; 1VQP A; 2RJC A; 2FVU A; 3HTR A; 4XK8 E; 2JT4 A; 3FB9 A; 2DTH A; 2PVD B; 4DOW A; 1VA7 A; 4J9B A; 2KYM A; 1GBR A; 4RG8 A; 1X2K A; 4Y91 A; 1CKB A; 1HYO A; 2ZPH B; 4M7D A; 4CRI A; 2E10 A; 5FRM A; 4J9C A; 3CCM A; 4OB0 B; 5C0M A; 4KUL A; 3RUX A; 2GBQ A; 4A4F A; 4M75 G; 4E6R A; 3A8L B; 3EAE A; 2DLP A; 1NPR A; 4X9D A; 5GAN 5; 1NLO C; 4EIK A; 3THK A; 1YFN A; 1G2B A; 3LWH A; 3VV0 A; 2I2L A; 2ZAE A; 1VQ4 T; 2LNV A; 3ULR B; 2COW A; 4QT7 A; 2XD0 A; 1JRI A; 2HQE A; 4IUR A; 1H3H A; 1NJI C; 4OB1 B; 1ZUK A; 4QQG A; 1KD1 R; 1VQL A; 1KC8 C; 2RM4 A; 1U8R A; 1KHI A; 4C0Z A; 5FU7 C; 4A4H A; 3CPW A; 3O5Z A; 4AFQ C; 2LNH B; 3OYJ A; 1PHT A; 4IIM A; 2J06 A; 4AG1 C; 5GAM j; 2WAC A; 3V8K A; 4D8D A; 3M55 A; 1EZZ B; 4DEX A; 1M4Z A; 4PJO E; 2MYS A; 3UA7 A; 1M8V A; 1EIF A; 3QYG B; 1E6H A; 4MMK A; 1RLQ C; 1VQK T; 1SF9 A; 1NYG A; 1ZA1 B; 5CKF A; 2LC4 A; 2XMF A; 2DYB A; 1KD1 U; 4HCB A; 2QQA A; 3I55 Q; 4C8Q D; 5LJ5 j; 2WSE E; 4OMF B; 2CP0 A; 2P0Q A; 1W2B S; 2RB6 A; 4C8Q C; 1UB4 A; 1QVF A; 5J39 A; 4ZGD B; 1M3A A; 1YBY A; 1B34 A; 2O4X A; 4FW1 A; 2DJQ A; 5KH6 A; 1KJW A; 3QZ5 B; 1ZUU A; 4F7U B; 2FZK B; 4AFU C; 1KQS P; 4QVD A; 3QPH A; 1MMD A; 1PKT A; 1VQ6 A; 3JCM X; 5FRO A; 2DO3 A; 2KMT A; 3G71 T; 4QW2 A; 1SHF A; 4XU3 A; 2CUD A; 4PJO F; 1TUC A; 3GOX A; 1BIA A; 2LT4 A; 1Q7Y R; 3JCM d; 1ZQ1 A; 2KNB B; 4XTZ A; 1M30 A; 1K9M C; 2QGF B; 1U3O A; 4KH1 B; 8ATC B; 3ZL7 C; 2DXB A; 3CBP A; 4A63 B; 3PIP A; 1WGS A; 3REB B; 4ELY C; 2O88 A; 1S72 A; 1DJ7 B; 3NTH A; 1TTH B; 4ESR A; 3EHR A; 4C0G A; 5GMK m; 5LJ5 d; 5IT9 E; 4BE1 A; 3CPW P; 1YI2 A; 1RAH B; 1WQ7 A; 5I22 A; 4Z88 A; 4JRK A; 4XTY A; 4J7I A; 1VQ7 T; 2MAM A; 1YIJ A; 3A1P A; 4N0A C; 2MK5 A; 1NEG A; 1K0X A; 3M0U A; 1UDL A; 5CK9 A; 1Q7Y U; 2COY A; 1Q82 R; 2K2V A; 4ZGE B; 1M2V A; 5GAO p; 3CCQ A; 3M0P A; 3UT1 A; 1NEB A; 1Y96 B; 1WHH A; 3ZEH A; 2DBK A; 4F16 A; 1YIT T; 2MMP A; 3OS2 A; 1QWF A; 3RNJ A; 2QI2 A; 1ZBJ A; 1VQ5 Q; 1J3T A; 4OML A; 2HEQ A; 2QEX A; 2JS0 A; 3OYK A; 4F04 B; 1KIK A; 1OEB A; 2CYZ B; 2KEA A; 1QCF A; 3QYH B; 3CC2 A; 3VS7 A; 1QVF P; 2QAS A; 2QK0 A; 4FYV B; 2AT1 B; 3EHQ A; 1WHJ A; 2DM1 A; 3CC4 A; 2E70 A; 1OQK A; 5GAN 6; 1Q82 U; 2OTL T; 2YSQ A; 1G3S A; 3S3O A; 2PVO B; 3NTI A; 5GAN e; 3OSV A; 2V8I A; 1Y71 A; 1LVK A; 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2EIF A; 1UFF A; 3GNG A; 3UAT A; 1JBM A; 2LDM A; 2WSC E; 5GAN 4; 2JMA A; 1WFW A; 2BIV A; 1AWX A; 1Q86 C; 4E7I A; 1RAI B; 5ECA A; 1VQM Q; 1NG2 A; 1W4S A; 2IVW A; 2KI7 A; 4JJC A; 1RI0 A; 1X27 A; 3N5B B; 4DBQ A; 2VVK A; 3I55 A; 3PVQ A; 4Y92 A; 2D9T A; 1ZX6 A; 1GXI E; 1I81 A; 2FRW A; 5GAO l; 1X01 A; 2X4J A; 4R56 A; 2DXT A; 2V26 A; 3A8H B; 4AFZ C; 2DFU A; 4FT4 A; 4M7A F; 3JB9 I; 5AYF A; 5KYX B; 2YUP A; 2W0Z A; 2MF2 A; 3REA B; 2EJ9 A; 5GMK j; 1Z9Q A; 3JRZ A; 4NL3 A; 5IHK A; 3CCS Q; 2CKK A; 1Y7X A; 3GF5 A; 3DB4 A; 4N4I A; 4XAX B; 4C5G A; 4X9C A; 3GBQ A; 1CKA A; 4C0D C; 2KR3 A; 1I5O B; 1OI1 A; 2AKK A; 3L1A A; 3RKY A; 2BZ8 A; 3VYG A; 1HSQ A; 4HKE A; 4M77 E; 2O31 A; 2O9V A; 2ESW A; 1VQL T; 2P4R A; 4GBQ A; 1H64 1; 5KCH A; 1YJW Q; 4C5E A; 4PL6 A; 3VRY A; 3L2V A; 1VQ9 Q; 1HXD A; 4HVV A; 2K9G A; 1M90 C; 3H8Z A; 4XTU A; 5CAI A; 2W10 A; 2LT1 A; 3H0F A; 3I5R A; 4C5H A; 2YRC A; 3M53 A; 3OS0 A; 1D1A A; 2IG0 A; 3CEY A; 4N4H A; 4OMP A; 1H8K A; 4J9I A; 4C92 E; 4PJO G; 5KYW A; 2KE9 A; 4J6Y A; 4DA4 A; 1TU0 B; 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