3E9LA

Crystal structure of human prp8, residues 1755-2016
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
EPYLSSQNYGELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILADYGKKNNVNVASLTQSEIRDIILGMEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein, splicing
source organism Homo sapiens
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9lA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9lA01
4JKCA 4JK7A 3SBGA 3E9PA 4JKBA 3SBTA 3E9OA 4JKHA 4JKGA 3E9LA 3E66A 4JKEA 4ILHA 4ILJA 4JKDA 4JKFA 4JKGB 4JK8A 4JKAA 3ENBA 4JK9A 4ILGB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X6NA 3SAGA 1HYSA 4BVOA 4BE1A 2J4RA 4BRMA 2D0PA 2ETJA 4FLYA 4V19S 1OH7A 2YNHA 2O8CA 3O80A 3IUCA 3G0ZA 3BY5A 1N34K 4F2SA 3VGLA 1HPZA 2BDPA 4K8XA 4J8FA 3D7EO 3KIOA 3C6UA 2PYLA 4QS7A 4KTZA 5HOOA 3TAGA 1VSIA 1ASWA 3AVHA 1WLJA 3K5LA 4CHYA 5KPRA 1YXQA 1NKCA 3PO4A 1QVFM 5A2QO 3A5NC 3H46O 1HX1A 2YVCA 5HRSA 1SKSA 3J7AP 1NI2A 4JKDA 4A5AA 3CQXA 3CFRA 1VRTA 2ZPYA 2P9KA 5D3GA 1IKYA 4LFBK 1GLLO 4CZMA 3OYLA 3OS2A 1OH8A 2GWJA 4JRPA 4OLAA 1BIZA 3HM8A 3VEXA 4PKGA 5LY3A 3TTCA 1WAFA 4AH9A 3SMSA 1SL0A 1VSDA 3ZYYX 2VQEK 3WNGA 3AU4A 1RT4A 2FLOA 3NGYA 2E5LK 4YL8A 1C0FA 3AVFA 1HJOA 4CZKA 2OTLN 4CZLA 2HE7A 2OPQA 1TGOA 3L2UA 1NK7A 2Q97A 4CK1A 3SAHA 4DFPA 4LFAK 3L3VA 3SCXA 2Y1JA 1S1VA 3FFIA 3BF3A 3OYMA 3K57A 4CHPA 2ASPA 4BR4A 2UU9K 1QQNA 1GLBG 4LH5A 2D0CA 4DSKA 1OH5A 4CZEA 4BRGA 3NAEA 4KHQA 4CJVA 2DFEA 1VK0A 1RBVA 1YTAA 4F2RA 4DTRA 3G4SN 1YITN 1T6CA 3M8PA 3CXCM 4FJ9A 4WFNL 2I1KA 3OJSA 3ISNC 3FLCO 4FJ5A 4K0KK 4OJRA 4RCHA 1EETA 4FW2A 3ZEUA 1BL3A 3ZSXA 4E3SA 1VQ6N 3DRRA 2X78A 4FM0A 3AAPA 1HBKA 1MU2A 1S6QA 3H3NO 4I2QA 5EVZA 3ULEB 4JV5K 1KD1O 3ITHA 4MQ3A 2O8DB 1W9HA 1DTTA 1DGKN 4CEFA 4P7IA 5EOYA 5I9EB 1JCFA 4N5SA 2Q0UA 4YFUA 3O9RA 5AQVA 4E1JA 1W2BM 3LDLA 4CK3A 3R1XA 4O0IA 4JI0K 4NY0A 4JHDA 3DMJA 3MN5A 4R5PA 1LCUA 1Q18A 4DQIA 1BG3A 4PWDA 4FOEA 3O08A 5BRHA 4CJPA 4GXBA 2NRRA 2OANA 4PUOA 3RTVA 3AVGA 3CC7N 4CHOA 3FGUA 5M1OA 4CZGA 2FXUA 3NH1A 4CGJA 1ZBFA 3K5NA 3GE1A 4IEIA 2QXFA 3WQUA 1WAJA 3RRGA 3JS6A 3M8RA 4YNQA 4JYAK 2QXLA 5J2PA 2BH1A 3EKUA 5CE3A 3OHRA 1ILYA 1SAZA 3MK6A 4DV2K 3PX4A 3VEYA 4CK2A 2Z1HA 3SI6A 5CZ1A 2FC0A 1X9JA 2ATQA 1U45A 3DXKB 2O4IA 4PHTX 3A5LC 1RT7A 3TWHA 4F3OA 4O5BA 3UKUB 1XHXA 4FM1A 2HBKA 3CMAN 4JD2A 4M45A 4UY8O 4M3XA 3WA0A 1LW2A 4BC2A 1KAXA 3LAMA 2BANA 3ATUA 2AA4A 2P1JA 4DMNA 1HB6A 2P9NB 4MLEA 3SUNA 4JKAA 2A1SA 2YX6A 4NXMK 2VQFK 3MN9A 2P5OA 3MWPA 2DFHA 4B1WB 3QNOA 2CGJA 1ZC6A 3S41A 3V1QA 3VQPA 5IWAK 3CERA 2XO7A 3IS9A 4DR2K 1TAUA 1JLGA 4KRFA 4FZYA 3CFOA 3OYAA 2KW4A 1Y64A 5C24A 3VOVA 3O1WA 2GWKA 3AVMA 2EMSA 3WT0A 3U3YA 4GY2B 5HRNA 3BUZB 3WEEB 5I42A 2UXDK 3B6OA 3NH0A 2P9LA 1SL2A 5AQFA 3BF1A 3TANA 3I55N 5HRPA 2D0OA 3A8YA 4EZ9A 3MX5A 3J81O 3THVA 1EX4A 3LP2A 4FLTA 3O1BA 4C1NI 3JAMO 2GUPA 2VGMA 3SYZA 1BUPA 3C65A 4CI6A 5AJ3K 4FVMA 3AA4A 2F96A 1M1KO 3LPUA 5BN8A 2BE2A 2IIRA 3QETA 1BA1A 4GVEA 2OZMA 1N33K 4JRQA 4IOAL 2ZJRL 3D2FB 3ENOA 1RTIA 3WUHA 4CJSA 2HBLA 1EXQA 5CY4A 2AJQA 4DFMA 4DS4A 4AQYK 4EIAA 1NGEA 3ZSOA 4L3QA 2ABDA 4EZ6A 1NGDA 4FK4A 4O44A 3DLRA 2X0SA 3OS0A 3VEWA 1NGCA 1NK5A 3BGRA 3NH2A 1TKTA 4J2EA 2UUCK 1SKRA 1F21A 2QWPA 1D5AA 4FZZA 2AP1A 4PL7A 3H6EA 4LD0A 1HMVA 3KD1E 2NUBA 1J6ZA 4DB3A 2XHBA 1NU0A 1HNVA 4BQLA 3MEEA 4RTFD 4CZIA 3FZLA 3E1YA 3QFPA 3SBGA 4OKEA 2X74A 2PYJA 3VQCA 3OYNA 1QQCA 5FRMA 3QB0A 1ZXOA 1NMNA 3AVLA 1JLAA 4BRCA 3CF5L 2J0KA 4BC3A 3QLHA 5KQ8A 1VBGA 4DF4A 3CMEN 5JS2A 4RW4A 1SUQA 2W41A 3SUOA 3KHYA 2QEXN 1RDBA 3I0SA 4UQGA 3ULDA 2O8EA 4N76A 2PFUA 1K9MO 4ZTFA 1I3AA 1XWLA 4H8KA 1WSJA 4NCBA 4M3TA 4M3RA 3HRGA 3R8EA 3RWUA 4ILJA 3VGKA 2G8FA 2HSTA 3T1YK 3THYA 2HVIA 3VENA 4Y1DA 1EO1A 3DOLA 4BRLA 3MDQA 1ATNA 4CGFA 4IG3A 1RILA 4JK7A 2OPRA 4IFEA 4A2BA 5JVLA 4B9UA 2QKBA 3P38A 2ZF5O 3SK3A 1VQPN 2CB8A 3GG4A 2I7NA 5C42A 2KLAA 4MDBA 2YHYA 4GMJB 4FWLA 3P5JA 3LZJA 2D4WA 3AO3A 2G8VA 4DQSA 5FRNA 2HMPA 4J2DA 2D0AA 2WH5A 2P9KB 4B1ZA 3HYFA 3E01A 3EKSA 3NF6A 1IKVA 4AM7A 4H4MA 4BGBA 3JSMA 3EEQA 2A5XA 3WXMB 3AO1A 4WYBA 1X1PA 2YI1A 4DU4A 4FM2A 4EKUA 1Z26A 3SQ1A 1Q8IA 3SQ2A 1GLJO 3F2KA 4KHSA 3LL3A 5AFUH 2OA8A 4J2AA 3VQ5A 1BQMA 3KKSA 4OPAA 1MWMA 1IH7A 2NRXA 1TUUA 4E19A 2EHGA 3EE8A 1ATSA 5DK5A 3AO5A 1YAGA 4XIUA 4H5RA 3VQDA 4MFBA 1DTQA 1BCMA 3QIJA 1UWBA 4DUZK 5HLFA 3D2EB 4KHYA 3CCQN 4LF7K 1L3SA 2W42A 3FFKB 4FWNA 1TYQA 4XH4A 4IO9L 4JN4A 4CZFA 5H1SQ 1J5EK 5DMRA 2WC9A 4MDAA 4BRIA 4RW8A 3DM2A 5M1NA 2W40A 2CGLA 4FJLA 4FYDA 1CXQA 4IXCA 4LY7A 3HJFA 3ZEUB 1S1WA 2YHWA 4XH5A 3UIQA 3QEWA 3QMLA 2HF3A 5ADXA 3HP6A 4E0DA 2R82A 3U9DA 4FLWA 1KC8O 3AO2A 3H1VX 3MCPA 4DR4K 1WBBA 2HHTA 4BRDA 3P39A 3C6HA 1TAQA 4CJ7A 5AZIA 4AHUA 3OYJA 1MA9B 4OPKA 1BU6O 4BWJA 4KKOA 4C1NK 1NGIA 1D9FA 2B4JA 1HUXA 1JDEA 3VGMA 3LDPA 5TKYA 1NK4A 5LMUK 3M8QA 2IVNA 1XNQK 4I9QA 1YHQN 4DLEA 1U49A 4NLCA 1VSJA 5KI6A 3AGKA 4N41A 3FZKA 1A5WA 1DKGD 1WUAA 4JKHA 1BOTO 4ID5A 3RSEA 5BPLA 2FBVA 4I6MA 2P9PA 2NRHA 3ZETA 4CE9A 4ISGA 3B8AX 1HQUA 4CJWA 3BDPA 2QK9A 3QO9A 3L4IA 4DR5K 1OVYA 3M3ZA 4CJRA 4FLZA 4CHNA 3I8BA 3O4NA 2V51B 3MX2A 1JXBA 5C25A 2HNYA 4Y0WA 1WNSA 3TPQA 3PLAA 1BQNA 4CEDA 3R9PA 4FLVA 1W97L 2P5GA 4RWTA 3KLGA 4CF9A 1NJIO 3M5RA 4M63C 1S22A 1BI4A 4AHVA 3P1GA 2QW9A 4H0PA 3C0BA 4CHQA 4IKFA 2PAVA 1ATRA 5AQZA 1NK0A 1N5YA 4FJJA 5AQIA 3O9TA 3UKRA 5DM7L 3NF7A 3K9KA 3CCJN 4PL8A 3HP9A 3GL1A 5AQWA 3OYFA 4W5OA 1SS6A 4LC9B 5HBMA 4CGIA 4DCHA 3R3LA 1LAVA 1TL1A 5JICA 3KLEA 2XRIA 3HT3A 3OYHA 4IJAA 4NYNA 4IDHA 1O1WA 3EPYA 3ZSYA 4FJ8A 3TAQA 4FWQA 2D10A 3I0RA 3MEGA 3KD5E 1NGJA 1IKWA 4YOWA 2VG6A 3I56N 3CJ9A 5AQHA 2HNDA 5M1QA 5F2RA 4DTPA 1DIKA 4FO0A 5GIPA 3U7DA 3N4QA 1NGGA 3TAFA 4YOYA 1FKOA 2YCHA 5BRFA 1QSSA 3LWMA 4JI2K 5C10A 3I8DA 2COPA 1RT2A 4I7FA 1LV5A 4G9ZA 4DQRA 1VSKA 4M3WA 2HHXA 1JLEA 5B8HA 2P9IA 1TUYA 2XY8A 4E7IA 3LDNA 2F9WA 4IG0A 4Z94A 4BDPA 2O8FB 3OA9A 1QHTA 4DV0K 1NJXA 4DQQA 3PO5A 5I3UA 4DU1A 2ZJQL 1TL3A 3DRSA 1Q9XA 1SV5A 2GUIA 4BQZA 4A5BA 4CERA 3QBWA 1JL1A 3ZT3A 4YDUC 4ISFA 3HOTA 1NOZA 2V52B 3TAMA 2PBDA 4CJ4A 1Q82O 4HCBA 1IBLK 4CCHA 3KLIA 1KLMA 3CJ7A 1RBTA 4IEEA 4FOIA 5CHIA 4YOUA 5JLHA 1CZBA 3FLVA 3HL8A 5TKWA 5AZJA 4JI8K 4OVLA 1NGFA 2Q31A 4KHUA 2F4VK 2W6KA 4BG9A 3CC4N 3VQ9A 5LJVA 3PIOL 4OO1J 3CHWA 1VSHA 5T7BA 2Q0RA 1GOAA 1Q86O 1HYZA 4HVJA 3JXUA 2E1YA 5IJMA 1QE1A 1ASUA 4DTOA 5GAEP 4BRKA 5JMVA 3TAEA 4ELUA 2RF2A 3GOIA 4CHZA 4B9NA 3HK2A 3IVFA 2OZSA 4DXAB 5HROA 2H3GX 1QQMA 1XMQK 4IBNA 1QSYA 4FW1A 3THWA 4F4KA 3ZSZA 3SV3A 4DSJA 2A6AA 3SUQA 3HM9A 4IZ9A 1VQLN 1HNIA 4Z4EA 5KRSA 4BE0A 3AA5X 1Q7YO 4KB1A 1CZAN 4AHTA 3O8MA 4DFJA 2NZTA 2G8KA 2D11A 3FE1A 5FPMA 5KGWA 4C8NA 1KSPA 4FJGA 3MN6A 4WQ4C 3BINA 1ISNA 4FWKA 3GDQA 3S3NA 1FW6A 3P4IA 3T3FA 3ID6A 3W3DA 1L5UA 1YTUA 3IRXA 1N6QA 3HSCA 5ELZA 1XC9A 4LF4K 3S9HA 3LZIA 3WNFA 1MWKA 3MCAB 4BACA 4I9LA 4KH4A 5JVGL 4LF5K 4JI5K 4NXNK 3PX6A 2HBMA 3CG7A 2XY6A 4HTLA 4M41A 3SQ0A 1NJZA 1GLFO 4CVNE 3D0PA 1KQSM 4LSNA 1FJGK 4CEQA 4CGGA 3TR8A 4DV1K 4HUFA 5E84A 3RR8A 3LALA 4Y1CA 5J2MA 1XI1A 4NLBA 1E5WA 3LP3A 4FWPA 1KTQA 4GV3A 3SBTA 3DLGA 2JLEA 3QNNA 2CQUA 4DHYA 1N32K 2UYTA 3RMAA 3WQTA 4BR5A 3ZX3A 4BE2A 1RFQA 2E2QA 3ASMA 1KFSA 3Q7BA 3V9XA 2ZM6K 4H03B 4BRAA 1NGBA 4HDQA 3DOKA 4AF1A 4B08A 1TYQB 4CJKA 3ZT1A 1VQ9N 2WONA 4FWSA 4FZXC 3OYGA 1M90O 2NRVA 1RT1A 2KHOA 5FDLA 1UOCA 3ZSQA 1EWRA 3CCEN 4ZTJA 4BRHA 1MIXA 3EL2A 2BUPA 4CJUA 3OBWA 5AQOA 4C8KA 1RBSA 3ZX2A 3VA3A 3SPYA 2Q1NA 3F5TA 3OYEA 4FJ7A 1G99A 5DM6L 3L6QA 3UE5A 2QWNA 2XY5A 3NGIA 3GBTA 4HTUA 1U48A 1VQ5N 2D1KA 1L3VA 2HRJA 4W5NA 4BG8A 4JI6K 4EP5A 4B9LA 3U4LA 3VN5A 4CEZA 1KVBA 2YNFA 4CFAA 5AZIB 1T05A 1H1VA 4KAZA 5AQLA 1YI2N 4EP4A 5AQUA 3EYZA 3AA2A 2NLXA 4K25A 2A3ZA 5AFUA 4Q0BA 3PZDA 3W0LA 3AVIA 4DV5K 4DLGA 1BA0A 1V4SA 1XHZA 3J7ZO 1KXPA 2EMTA 5GADP 5KGXA 5C15A 3AO4A 1VSLA 1IJJA 1YVNA 4FLUA 3J7YP 1BCOA 2UXBK 1NG9A 1A5VA 1JKHA 5AQNA 2FJ9A 1J19A 3VQ8A 4I6MB 3T1AA 2P9PB 3ZETB 4BDYA 5BPNA 2FF3B 3SMPA 4HWIA 3CC2N 3V1RA 3PX0A 1SGHA 4DQPA 3O9QA 4K43A 3VEZA 3QDKA 1ST7A 1SZ2A 2ITMA 4LFCK 4DQ8A 3ZT0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4JKC A;  4JK7 A;  3SBG A;  3E9P A;  4JKB A;  3SBT A;  3E9O A;  4JKH A;  4JKG A;  3E9L A;  3E66 A;  4JKE A;  4ILH A;  4ILJ A;  4JKD A;  4JKF A;  4JKG B;  4JK8 A;  4JKA A;  3ENB A;  4JK9 A;  4ILG B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X6N A;  3SAG A;  1HYS A;  4BVO A;  4BE1 A;  2J4R A;  4BRM A;  2D0P A;  2ETJ A;  4FLY A;  4V19 S;  1OH7 A;  2YNH A;  2O8C A;  3O80 A;  3IUC A;  3G0Z A;  3BY5 A;  1N34 K;  4F2S A;  3VGL A;  1HPZ A;  2BDP A;  4K8X A;  4J8F A;  3D7E O;  3KIO A;  3C6U A;  2PYL A;  4QS7 A;  4KTZ A;  5HOO A;  3TAG A;  1VSI A;  1ASW A;  3AVH A;  1WLJ A;  3K5L A;  4CHY A;  5KPR A;  1YXQ A;  1NKC A;  3PO4 A;  1QVF M;  5A2Q O;  3A5N C;  3H46 O;  1HX1 A;  2YVC A;  5HRS A;  1SKS A;  3J7A P;  1NI2 A;  4JKD A;  4A5A A;  3CQX A;  3CFR A;  1VRT A;  2ZPY A;  2P9K A;  5D3G A;  1IKY A;  4LFB K;  1GLL O;  4CZM A;  3OYL A;  3OS2 A;  1OH8 A;  2GWJ A;  4JRP A;  4OLA A;  1BIZ A;  3HM8 A;  3VEX A;  4PKG A;  5LY3 A;  3TTC A;  1WAF A;  4AH9 A;  3SMS A;  1SL0 A;  1VSD A;  3ZYY X;  2VQE K;  3WNG A;  3AU4 A;  1RT4 A;  2FLO A;  3NGY A;  2E5L K;  4YL8 A;  1C0F A;  3AVF A;  1HJO A;  4CZK A;  2OTL N;  4CZL A;  2HE7 A;  2OPQ A;  1TGO A;  3L2U A;  1NK7 A;  2Q97 A;  4CK1 A;  3SAH A;  4DFP A;  4LFA K;  3L3V A;  3SCX A;  2Y1J A;  1S1V A;  3FFI A; 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