3E9LA

Crystal structure of human prp8, residues 1755-2016
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
EPYLSSQNYGELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILADYGKKNNVNVASLTQSEIRDIILGMEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein, splicing
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9lA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9lA01
3E9LA 4JKDA 4ILHA 4JKBA 4JK8A 3E9OA 3SBGA 4JKAA 4ILJA 4JKGB 4JKEA 4ILGB 3E9PA 4JKHA 4JK7A 4JKGA 3E66A 3SBTA 3ENBA 4JK9A 4JKFA 4JKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RQ1A 1WSHA 4ILHA 1NKBA 1ITGA 1WAJA 4HUFA 3U6FA 3QERA 4DSJA 4BR7A 5GINA 5B8HA 1ATRA 5D3GA 1GLCG 2CB8A 2W6LA 3LM2A 5EY4A 2B5JA 2IVNA 4EZ9A 1IBKK 2VG7A 5TKYA 4C8OA 1KC7A 5GAHP 4KB0A 3FR0A 1SKWA 5C2DA 2G8HA 5I9EB 4KHUA 2QTDA 4BE1A 5AQKA 4NCAA 3NF8A 3KLGA 2HHTA 2JLEA 5FROA 5GAEP 1NGHA 4TSXA 4CF1A 4BWMA 2E6MA 3M5RA 4EFHA 3CCUN 3NF9A 1TK5A 5AQTA 4FK2A 3QEWA 2RHKA 4B1XB 2KZMA 2FDQA 4BRAA 2YKMA 2WFBA 1ATNA 3HL8A 4CZKA 2CH6A 3KK1A 1WSGA 3RMAA 2KFZA 3SCXA 1KCFA 1GC7A 1LW2A 4JS5A 4O5BA 4H5RA 4CERA 4KTQA 3HSTB 3V6DA 3MEGA 1RFQA 1L3SA 3HXMA 4M3YA 4CJRA 2EX3A 4ZRIA 1OH6A 4FWPA 3ZSVA 1DTTA 3MX5A 4BQZA 5BN8A 2I5JA 1MDUB 1J5OA 1TAUA 1HRHA 3DRSA 3RMDA 3O9SA 3LWMA 4DU4A 1YVUA 3NDKA 5JMVA 4JS4A 3OS2A 3DLKA 3DLGA 3SAFA 3L8BA 4JI3K 3HSCA 2QWQA 3KHYA 4AILC 3MXIA 3H08A 3TWHA 3K5MA 3VEYA 4X65K 1HMVA 3GG4A 4L8RB 5KRTA 4KAZA 3MN6A 3LZJA 2H3GX 3ID8A 3MCPA 1RTJA 2P9UA 2RF2A 2OPSA 3KJVA 1U2VA 2XY5A 4OLBA 1HYSA 2AL6A 1ST7A 3C94A 4BG9A 1RCHA 3CG7A 3ULEA 3O3GA 4W5NA 2X78A 4TKNA 1WB9A 2HHSA 3K5LA 2NZTA 1FJGK 3QEVA 5HLFA 3ZT1A 5BR9A 4CGDA 2UXBK 3EYZA 3CCSN 3DXKA 3OYDA 5C25A 4CJTA 3TABA 1VQ7N 3BEXA 3WNGA 3EPYA 4BR9A 1HNIA 4ILGB 3CFPA 4LSNA 4BC3A 4ZRKA 3R1XA 3LP1A 3DLLL 4MO5A 3L2WA 3VGMA 1S1TA 3DLHA 3G71N 3KVGA 3EO3A 5BRDA 1T3VA 2P9SA 2RE2A 1L3VA 4FWSA 2YHWA 4BGAA 5SZTA 3HP9A 4YOYA 3K59A 4IOCL 3ZDTA 1K6YA 3E9PA 3HK2A 3R3LA 2PY5A 3ZX3A 3VQ8A 4WCEL 2O4IA 4FCYA 4EP5A 4BRFA 4GVMA 1HB8A 4RW8A 3VEVA 3OYEA 3NF6A 3U4LA 3C95A 3HPOA 4GMJB 1NOZA 4AHSA 1UAXA 1HQUA 4H0YB 3HBTA 4OKKA 1NI2A 4PKGA 1VBGA 2P5GA 5DM6L 4KHQA 4FJ7A 4MDBA 3MEDA 2OZMA 5BN9A 4ID1A 3ZT2A 4N56A 3CFRA 4DSEA 4BR5A 4CHOA 2CGKA 3U9ZA 1RBRA 3VQ7A 3F2KA 5GIPA 3KLFA 1EETA 1TVRA 1NGAA 1GLJO 1Q9YA 1GLBG 2HBJA 1IKYA 3QIJA 1BIUA 2B6AA 4CESA 1K73O 1BISA 3OTOK 4BE2A 5FPEA 3BZKA 1EO1A 4H8KA 3GDQA 2P9LA 1SL0A 1QSLA 3IAYA 4QS7A 4J2BA 4C8LA 2VQFK 1TUUA 4DU3A 1OKJA 3OYMA 3WXLA 4ELVA 3THYA 1BA1A 1FKOA 5KGXA 2IVPA 3LDOA 5LL6Z 1RBUA 4CJPA 3TAGA 4H0VB 4JHDB 2ASPA 1DIKA 3ZYYX 2NRWA 1XWLA 3BF3A 3P39A 2R7YA 4CE9A 4Z94A 5AQJA 1ZYQA 2D4WA 2XRIA 3SI6A 4Y1CA 4H0PA 3KTQA 5FPDA 5C24A 1S3XA 4BRGA 3SZ2A 2A3ZA 1HNWK 4FLYA 3NGIA 3SQ0A 3WNEA 3S9HA 2YKNA 4AM6A 3RWUA 4K8XA 3OW2M 4FJXA 3O5BA 4KPYA 2G8WA 4KHNA 4FM2A 4DTRA 2W42A 1O1WA 3AVNA 4DLGA 4BDPA 4JK8A 1NGBA 1L3UA 3WXMB 4FLVA 1W7AA 2IDOA 3KLIA 4FO0A 1S1XA 3O9TA 4YDUC 4ELTA 3ZSWA 2NRVA 3JAMO 4WFNL 4JI2K 2HMIA 4C1NK 4JI8K 3OJUA 1T6CA 3K5NA 2ZGZA 3MAQA 3ZEUA 1QS4A 2FLOA 4Q5VA 2QKKA 3OS1A 5ELZA 1RT7A 1NWKA 3VTIA 1LAVA 1QTMA 4JK7A 5J2QA 3PY8A 3ID6A 5AQLA 1CXUA 1N5YA 4DF4A 4QS9A 1B9DA 5J2PA 3KLEA 4YFUA 2E88A 4GKJK 3K9KA 3ZT3A 4K41A 3AA3A 4CHQA 5EVZA 3IG1A 1XNRK 1U2VB 3E1YA 2FXUA 3ULEB 2D0PA 4Q0BA 4EKUA 3A5OC 3TAMA 2KQ2A 4AHRA 4Y0WA 1GLAG 3FE1A 1H4RA 1NOYA 4B9MA 1IH7A 1Y64A 1R0AA 4PY5A 1QZ5A 1S9EA 3DRPA 2I7PA 2D0BA 3NF7A 1Q86O 1B9FA 2F4VK 4LH4A 2A41A 3E01A 5I42A 3I55N 3IS9A 4W5QA 3K2PA 3DOLA 2CGJA 4O4GA 4I2PA 4B9UA 1VRUA 3LPTA 5JICA 3AVBA 1Q9XA 1BUPA 4QS8A 3U8XA 4U7BA 1TKDA 1JKHA 3VESA 2P51A 1JLBA 4HCBA 1Q81O 5CR4A 4PUOA 4FLTA 3HOSA 1BA0A 2V52B 3SK3A 1HYZA 2P9SB 4F8RA 1TL1A 1E4FT 3CJ1A 4DSKA 4JN4A 3CQ8A 2HVIA 3AO3A 3MK6A 5H1SQ 4I6MA 4NCGA 1JDEA 2BE2A 4I7FA 3DXMB 2DFHA 4H0TB 1RT4A 3AAPA 1S6QA 3AAQA 4AM7A 1DLOA 3I33A 4L3QA 3H6EA 1RDBA 4OKJA 1WAFA 3TSUA 3IDHA 3DLEA 2F8SA 4BR0A 4DTMA 3UB5A 3FZFA 1LV5A 4B9NA 2GTDA 3DLRA 1HJOA 1VQLN 2RPIA 4OGCA 4LH5A 1W2BM 3LDPA 4Z4HA 1W97L 4BG8A 3CQYA 3VQCA 2XY7A 3VA3A 1MWKA 3O1WA 3L6QA 3HVRA 4JI4K 3K9JA 2EHGA 3O08A 2ZJQL 2OTLN 4DSFA 4RWTA 3L3VA 1YXQA 3C6UA 1C1CA 1Z26A 3MN9A 4O5FA 1RNHA 3F9MA 3HTVA 3K5OA 4CVNE 4KHPK 3SBGA 2OTJN 2J0KA 1O13A 3HYFA 3QLHA 2P9LB 4LF4K 4W5TA 1ZBUA 4NLBA 5CYMA 2X6SA 2HHHK 3OYLA 5AQPA 4G9ZA 4H5NA 4Z4GA 3F73A 4LF8K 5ADXA 1HBKA 2XHBA 1S1UA 5KPTA 3CPWM 1QQMA 3LAKA 3IMXA 1LOTB 3THYB 4FXDA 1FK9A 4M45A 4DMNA 4DR3K 2F9WA 1X9MA 4X64K 3KK2A 1RT2A 4B9QA 3NMUA 4DQPA 4CI6A 1D5AA 1FW6A 3BGRA 2EWSA 3QIOA 1RT1A 3K58A 2WUSA 3AU4A 4BRIA 1QVGM 1GOBA 5KQ8A 1NK6A 1VSHA 5AZIA 1RDAA 3TSPA 4R5PA 4DS4A 1MIZB 3U3GA 4CIFA 4DFMA 1GOAA 4IOXA 1OVYA 2E2QA 5LJWA 1L3TA 2V7YA 4WF9L 4FJIA 4BRLA 3L2QA 5IWAK 1NK0A 4A59A 3NHGA 3CMAN 1T8EA 1OH8A 5IJMA 2DTUA 4BR4A 2DPNA 4DV0K 4CF9A 5CE3A 1QVFM 1VQ9N 3FZMA 3DOKA 4A5AA 3I56N 2VQEK 2CH5A 2WC9A 2HOEA 2HNDA 2KLAA 1HYVA 3TAEA 3G6EN 2P9NA 4CJKA 1VAZA 2JWLA 5CHIA 4EIAA 1TAQA 3KKRA 1KC8O 4RTFD 3CI5A 4BGBA 5KQDA 3NE6A 3UE5A 5C2FA 1YHQN 3LM9A 3A2FA 2IGIA 4A2BA 3NH0A 3FLCO 3GL1A 4CZEA 3PX0A 4DFJA 4RW6A 4GV9A 4B1VA 2VG6A 4FWQA 1WN7A 3TAQA 3UKUA 1OH7A 2YNIA 3BZCA 4FWKA 4M42A 3CF5L 3KD5E 3ZEUB 1RTHA 2E5LK 2GWJA 1ZBLA 4O0JA 2F8TA 3P31A 1WSJA 3V1QA 3VQBA 4NLCA 1JLQA 1YT3A 4CBUA 4OJRA 2AP1A 2E1YA 3VOVA 2ZJRL 2WOMA 5AFUH 3CETA 1JCGA 2LBBA 4BREA 4N41A 5HBMA 5KRSA 4DHYA 5C15A 1EXQA 3U3YA 1GLLO 5AZJA 1N6QA 3OVNA 1BI4A 3OHRA 3ZETA 1C0GA 5LMUK 2P9PA 4M3WA 4OGEA 4JKEA 4DR6K 4CF8A 4BRQA 1IO2A 3O80A 3VETA 4DF8A 4QOZB 4KH6A 4CEDA 2RKIA 3C7NB 2P9IB 3HM9A 1BQNA 2KW4A 1D9DA 1E4GT 3BUZB 1E5WA 2NRRA 4CZLA 3QFUA 1HNXK 3E9OA 3O8MA 1NGCA 5EOYA 4B3MK 2YHYA 5JS1A 3IUCA 1OVQA 4FJLA 3IKMA 4DTSA 4FOIA 2KFNA 4KV8A 3E66A 2OPQA 3K0SA 1RDUA 1GOCA 3HO1A 2GEMA 4RG8A 4CGIA 3M1FA 2P1JA 5KGWA 4B3OA 3MEEA 1EWQA 3QICA 1X1PA 2UXCK 4I6MB 5FDLA 1U4BA 3SJJA 2NRTA 3KKSA 3SAHA 4CZFA 1XHZA 3BINA 4JRPA 5ADXH 1VQ5N 2X74A 3AY9A 3SAGA 3SNNA 3HJFA 4AHUA 2HF3A 4ZHRA 4IDHA 2COPA 3DLBA 4AHTA 3M8PA 3O4WA 1IG8A 2YNHA 3CC4N 2ABDA 3O3HA 1ZXOA 1QQCA 3ZSRA 3AVJA 2OPPA 4IBNA 1VQON 5HP1A 3N4PA 1U48A 4B1UB 5DK5A 2Z1GA 4FVMA 3I8BA 1ASVA 4DV3K 3FFKB 3SMSA 4CZHA 2ZQBA 3K57A 5AQSA 4JI6K 4XIUA 2D2QA 4QAGA 4DQQA 4DLEA 1QQNA 4JKCA 3RMCA 4DTNA 2QA4N 3ZX2A 5AQFA 1NTIA 1WOQA 1NK8A 3CQXA 2W6KA 1CZ9A 4CJFA 4WQ4C 2NRHA 1JLAA 3WEEB 1T7PA 4OPJA 2Q31A 3TSQA 2HB5A 1NK4A 1R59O 4HWIA 2D11A 1XUPO 3B8AX 2D0CA 4NXNK 2A6AA 1TYQB 5J2MA 4CYEA 2PFUA 4B1ZA 1T03A 1EWRA 1RBSA 2HBLA 4DS5A 3RRGA 3OYAA 1JXEA 2ZWHA 1JLCA 4BR2A 1NK7A 5E41A 3OBWA 4B1WB 3OY9A 1CLQA 4IEIA 1MA9B 4B8AB 2PZSA 4FJKA 4KI4A 3CM6A 4F9OA 2O8FA 5DMRA 3AO4A 4K42A 1HKGA 2VWJA 3ZSZA 4P7IA 4BWJA 4PHTX 4JYAK 5AZIB 2CQUA 1NGJA 1NM1A 1LWCA 5HRRA 1X9WA 2NRZA 3P4IA 4CEEA 4NCBA 1HPZA 3DYAA 4BDZA 3MN7A 2QWRA 2I7NA 5AJ3K 3BDPA 5K14A 2HW3A 3WT0A 4CHYA 2HSTA 1NKCA 3L0QA 4F4KA 3MXMA 4DQSA 2ZGYA 4JAXA 1HUXA 3CCMN 1D8YA 4PL8A 4CIGA 4BQLA 2GWKA 2OCEA 2ZM6K 1YJWN 2O8DA 1NGIA 3LAMA 4CJQA 4C8NA 1LCUA 1IG9A 3RTVA 1RT3A 4YOWA 3NGZA 5HOOA 4CGJA 4M7YA 1JLFA 4XH1A 3ZCMA 4IEEA 4FSVA 1NGGA 1U49A 3SUOA 5AQQA 2Z1HA 3WNFA 1CZAN 2E2NA 5AQOA 5BRFA 3KK3A 3AVHA 4DTXA 1BQMA 4YOTA 3QBWA 4OX9K 5FRNA 3MCAB 3C65A 4DR4K 3QEXA 4DSIA 1TGOA 1T44A 3JYTA 3T1YK 2FBXA 1NBWA 3RVCA 4MQ3A 3OBYA 1BCMA 4E19A 2OA8A 5E26A 5BR8K 2R82A 3GE1A 2O8BA 3KWIA 3V9UA 1YAGA 5IT9O 1BU6O 1BI4B 1TKXA 2BH1A 3ZETB 3PO5A 2O8EA 2P9PB 4JLHA 3HVTA 1C1BA 4YY3K 4Z4EA 2Q97A 3VGLA 3O9UA 2XO7A 5BPLA 1GLFO 1Q7YO 3AVCA 3I8DA 4J2DA 4M7XA 3T3FA 4CFBA 1NGFA 4DR1K 1LWEA 4YOXA 5AQRA 4CJ5A 4YL8A 4F3TA 2KHOA 4AH9A 3L2UA 1EP4A 2IC3A 1J53A 4CEOA 4IWVA 4JNEA 2HHXA 3QINA 4CD3A 1S5JA 2QKBA 1KD1O 2NNWA 4DR7K 3QIPA 4JI1K 3PO4A 4M3XA 1DEJA 2VWBA 3O9RA 3QB0A 1X3MA 1NKEA 1HNZK 3LANA 4KO0A 5BRHA 3OS0A 1F21A 4CBWA 1VQMN 3PUFA 4ZTFA 1MIXA 3L2VA 2YHBA 3VF6A 3LALA 2HVHA 4KBOA 1LWFA 3MWPA 1C0MA 3PX4A 1ZBIA 1GGOA 4DKWA 1HX1A 4FLWA 3ISNC 2WTUA 4C8KA 5HRSA 1YIJN 3L4QA 4CFDA 2PBDA 3VQQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9L A;  4JKD A;  4ILH A;  4JKB A;  4JK8 A;  3E9O A;  3SBG A;  4JKA A;  4ILJ A;  4JKG B;  4JKE A;  4ILG B;  3E9P A;  4JKH A;  4JK7 A;  4JKG A;  3E66 A;  3SBT A;  3ENB A;  4JK9 A;  4JKF A;  4JKC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RQ1 A;  1WSH A;  4ILH A;  1NKB A;  1ITG A;  1WAJ A;  4HUF A;  3U6F A;  3QER A;  4DSJ A;  4BR7 A;  5GIN A;  5B8H A;  1ATR A;  5D3G A;  1GLC G;  2CB8 A;  2W6L A;  3LM2 A;  5EY4 A;  2B5J A;  2IVN A;  4EZ9 A;  1IBK K;  2VG7 A;  5TKY A;  4C8O A;  1KC7 A;  5GAH P;  4KB0 A;  3FR0 A;  1SKW A;  5C2D A;  2G8H A;  5I9E B;  4KHU A;  2QTD A;  4BE1 A;  5AQK A;  4NCA A;  3NF8 A;  3KLG A;  2HHT A;  2JLE A;  5FRO A;  5GAE P;  1NGH A;  4TSX A;  4CF1 A;  4BWM A;  2E6M A;  3M5R A;  4EFH A;  3CCU N;  3NF9 A;  1TK5 A;  5AQT A;  4FK2 A;  3QEW A;  2RHK A;  4B1X B;  2KZM A;  2FDQ A;  4BRA A;  2YKM A;  2WFB A;  1ATN A;  3HL8 A;  4CZK A;  2CH6 A;  3KK1 A;  1WSG A;  3RMA A;  2KFZ A;  3SCX A;  1KCF A;  1GC7 A;  1LW2 A;  4JS5 A;  4O5B A;  4H5R A;  4CER A;  4KTQ A;  3HST B;  3V6D A;  3MEG A;  1RFQ A;  1L3S A;  3HXM A;  4M3Y A;  4CJR A;  2EX3 A;  4ZRI A;  1OH6 A;  4FWP A;  3ZSV A;  1DTT A;  3MX5 A;  4BQZ A;  5BN8 A;  2I5J A;  1MDU B;  1J5O A;  1TAU A;  1HRH A;  3DRS A;  3RMD A;  3O9S A;  3LWM A;  4DU4 A;  1YVU A;  3NDK A;  5JMV A;  4JS4 A;  3OS2 A;  3DLK A;  3DLG A;  3SAF A;  3L8B A;  4JI3 K;  3HSC A;  2QWQ A;  3KHY A;  4AIL C;  3MXI A;  3H08 A;  3TWH A;  3K5M A;  3VEY A;  4X65 K;  1HMV A;  3GG4 A;  4L8R B;  5KRT A;  4KAZ A;  3MN6 A;  3LZJ A;  2H3G X;  3ID8 A;  3MCP A;  1RTJ A;  2P9U A;  2RF2 A;  2OPS A;  3KJV A;  1U2V A;  2XY5 A;  4OLB A;  1HYS A;  2AL6 A;  1ST7 A;  3C94 A;  4BG9 A;  1RCH A;  3CG7 A;  3ULE A;  3O3G A;  4W5N A;  2X78 A;  4TKN A;  1WB9 A;  2HHS A;  3K5L A;  2NZT A;  1FJG K;  3QEV A;  5HLF A;  3ZT1 A;  5BR9 A;  4CGD A;  2UXB K;  3EYZ A;  3CCS N;  3DXK A;  3OYD A;  5C25 A;  4CJT A;  3TAB A;  1VQ7 N;  3BEX A;  3WNG A;  3EPY A;  4BR9 A;  1HNI A;  4ILG B;  3CFP A;  4LSN A;  4BC3 A;  4ZRK A;  3R1X A;  3LP1 A;  3DLL L;  4MO5 A;  3L2W A;  3VGM A;  1S1T A;  3DLH A;  3G71 N;  3KVG A;  3EO3 A;  5BRD A;  1T3V A;  2P9S A;  2RE2 A;  1L3V A;  4FWS A;  2YHW A;  4BGA A;  5SZT A;  3HP9 A;  4YOY A;  3K59 A;  4IOC L;  3ZDT A;  1K6Y A;  3E9P A;  3HK2 A;  3R3L A;  2PY5 A;  3ZX3 A;  3VQ8 A;  4WCE L;  2O4I A;  4FCY A; 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