3E9LA

Crystal structure of human prp8, residues 1755-2016
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
b'EPYLSSQNYGELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILADYGKKNNVNVASLTQSEIRDIILGMEI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna binding protein, splicing
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9lA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9lA01
3SBTA 4JK8A 4ILHA 4JKGA 3E9LA 4ILGB 3E9PA 3SBGA 4JKAA 3E66A 3ENBA 4JKGB 4JKFA 4ILJA 4JK7A 4JK9A 4JKHA 4JKDA 4JKBA 4JKCA 4JKEA 3E9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS4A 1GLLO 1MWMA 1Q7YO 2ZGZA 2P9NB 3ZX3A 1VSDA 3LDPA 4O0JA 3VQBA 3G10A 1YT3A 1YXQA 1TGOA 3OA9A 4BR0A 3Q7CA 1DLOA 2Q0UA 3AA5X 1K8AO 4FW1A 3THXA 1GC6A 1KLMA 3SQ2A 1TK5A 3KK7A 3ZEUB 2FBVA 4CK1A 3TARA 4CJQA 3ZSRA 4FJ7A 2E2PA 3VQ7A 2I1JA 4FWPA 2YNHA 4GW6A 1C0TA 3V9XA 1RDBA 4H0YB 4CHOA 4A61A 4CW7B 5T7BA 1C0MA 3CCQN 4K0KK 5DMRA 2UXBK 1HMVA 4B1WB 3GBTA 3I0RA 4ID5A 3LPTA 1VBHA 1X1PA 3AA4A 4BE1A 4XIUA 1OH5A 2HBLA 4ELUA 3FFKB 4BRHA 3BINA 3CM6A 4FJIA 4DMNA 2Q3SA 4F2SA 3F9KA 4ILGB 3VESA 4K41A 5CR4A 3QNOA 3AAQA 3IUCA 5E26A 2HNZA 1JLBA 1C6VA 4PKGA 3DLLL 1TKZA 1QSLA 1EKEA 3ZSQA 1A5WA 3WEEA 4JI8K 4RTFD 3SV3A 3RWUA 1JKHA 3K5OA 1CXQA 1CZAN 1FJGK 2PBDA 5KQ8A 4JI5K 1Q8IA 1C0GA 2J4RA 3UKRB 3KIOA 4KHSA 1RNHA 1U49A 1K9MO 2IDOA 1C0UA 4CHNA 3PIOL 1KD1O 4A57A 3S9HA 2P9NA 2X78A 4BE0A 1LW2A 4A62A 1SGHA 4K8ZA 1U6ZA 3IRXA 4BQZA 2QXLA 3ATVA 2JWKA 4B8AB 3AVIA 5KQDA 2ITMA 3ENHA 1HB6A 2UUAK 5LMUK 3DRPA 1HJRA 1WB9A 4CJ5A 3ULDA 3K9JA 3RMDA 1VBGA 1UAXA 3H3OB 4JI7K 4FWOA 5HRSA 1X9JA 3FZFA 1VHXA 4NXMK 4I2QA 1GOAA 5KPZA 3C6HA 3NHGA 4JKAA 3U6FA 4BRAA 1U48A 2E2NA 3VQ5A 1SZ2A 1NWKA 1LCUA 2UUCK 4JHDB 3DXMB 5AZJB 3C65A 1RDAA 4CZGA 2D0OA 4B3RK 2V52B 5CYQA 2ASMA 1T7PA 3RRGA 4HUFA 3OYLA 1BI4B 4CEZA 3MXMA 2FF3B 1VQLN 1KFSA 3D2EB 3KJVA 1VQNN 1HJOA 2E6LA 4FJNA 2I1KA 1NGAA 3L8BA 4ICLA 4YOYA 4CYEA 2QWLA 4OKJA 1N5YA 4CZLA 1NGHA 3AO2A 5BPNA 2NRHA 4BRIA 3LP1A 3ZYYX 3QIOA 3R3LA 4XH5A 3CQXA 4GV9A 1YJ9N 3GOIA 3O9RA 1HLUA 3VPZA 3NVMA 2ABDA 4X66K 3ZT2A 1O13A 2ZQBA 4N47A 3N4PA 4IJAA 4DSLA 4CCHA 3PLAA 3NE6A 3AARA 3HP9A 1QZ5A 4DLGA 3PUFA 1HR0K 1TAUA 2GUIA 3VQ9A 2RE2A 3IS9A 4NCGA 3HJFA 3KVGA 2ZJQL 3K9KA 2AEHA 1XUPO 2XY5A 4DKWA 1M90O 4B9UA 3ZSVA 5AQQA 2D0CA 4DSIA 4H0VB 4JKBA 4JKEA 4Y0WA 2NLXA 2P9IB 5AQSA 3ZX2A 4BGBA 5J2MA 3MN6A 1VQPN 4KAZA 2RF2A 5AQTA 3PVLA 3QETA 2X6NA 4PKIA 3SI6A 3CJAA 3J80O 4DQ8A 4CGHA 2Q97A 2P9SA 4HDOA 4YL8A 4K43A 4BROA 4BDYA 5CZ2A 2A1SA 1S9GA 3WA0A 4JEPA 4LF7K 3HSTB 3D6RA 4CF1A 5C2DA 1QZ6A 4LSNA 2YKMA 4H03B 3LZIA 5EU7A 4B9NA 3W3DA 4E7KA 4E3SA 5TKWA 2VQFK 1IKWA 1BHLA 1NKEA 4B3SK 3LDOA 3T69A 3AO5A 1RT2A 5FRMA 4CJSA 4WFNL 1TAQA 4Y1DA 4E7IA 3KTQA 5AQHA 1JXBA 3SCXA 5BREA 3C6UA 4C23A 1ZYQA 3HBTA 4F3TA 3CCMN 3CI5A 5D3GA 2WOMA 3SNNA 4FLTA 3AVJA 2WUSA 2KHOA 2XO7A 1HYZA 3AVLA 1V4TA 4Z94A 3UB5A 3V9ZA 2O8FA 4CF8A 3I8DA 4JI0K 2XHBA 3B6PA 4FPBA 1T8EA 2ZPYA 1UA1A 4WCEL 2YNGA 4DV7K 4LF9K 4J2EA 2HNDA 3DI6A 3SQ0A 1Z26A 3LP0A 4KH6A 4N5SA 1WBDA 2VG7A 3D0PA 4MDBA 4KRFA 1GLCG 1NK4A 4FJLA 2P9IA 2X0SA 1VSLA 1S72N 2AJQA 3RSEB 1CZ9A 1EP4A 3L2UA 1Q9XA 1S6QA 2OPQA 1RT7A 5GAHP 3LWLA 3TI0A 3PO4A 4E1JA 1ITGA 2RN2A 4BRQA 1VRTA 2FXUA 2P9PB 3K57A 5C2FA 1M1KO 1NK9A 4J2DA 3G25A 5EOYA 2BDPA 5AZIB 2HHVA 4JLHA 4H4OA 1BO5O 1WSJA 3A5MC 4FW2A 4CGIA 5J2NA 4IO9L 3FZKA 3VQ6A 1NGIA 3CC2N 1EO1A 2X74A 4OGEA 5AQFA 2I5JA 3V9WA 1VQMN 3CF5L 5AQNA 5EY4A 2NRXA 3M8QA 1I39A 1RTHA 1QVGM 3Q7BA 5CHIA 4DV4K 1NK5A 3EO3A 4BGAA 3DLRA 5AQWA 2P9LB 4BRGA 1R59O 3HT3A 3P39A 5GAGP 1JLCA 1JLAA 1NMDA 1VRUA 1UOCA 3THYB 1TK0A 4J8FA 1J6ZA 3K0SA 4ZTJA 4DTUA 3CD6N 1KC8O 1JLFA 4KV8A 2HVIA 4QS9A 3WQUA 3M8PA 2B4JA 1T6CA 2RHKA 5DK5A 1E4FT 3AA2A 4OPJA 4L3QA 1LAVA 1V4SA 2PZSA 4CZIA 5M1FA 4CJLA 1U4BA 4IG0A 1QSSA 4BACA 1Y19B 1DKGD 3FFIA 1VSEA 2UUBK 1D4XA 3MWPA 3G0ZA 4RW7A 4M42A 4CHYA 1DT9A 3R1XA 4BE2A 1S5JA 2QWQA 1WSHA 3ULEB 1BL3A 4IJNA 4M7XA 4NB4A 1IBKK 4JRPA 1HKGA 3L2VA 2P9PA 2G8KA 3O1WA 4CZJA 3KWGA 1R0AA 4PQUA 1YTAA 1N32K 3RTVA 4ELTA 2IGIA 1X9WA 3SJHA 3IKMA 3C6AA 3SUNA 3TAFA 4GVMA 4CFCA 4DHYA 5CY4A 3GDQA 4Z4FA 3DWLA 2AP1A 4YOUA 5KGWA 4JD2B 1IKYA 2E5LK 3MXJA 3QLHA 5AQVA 4B08A 2ATQA 5JS1A 4KREA 1WNSA 4MFBA 1GGOA 2G8FA 1N8RO 1REVA 1I94K 3AO1A 4I9LA 1TKDA 1TYQB 2HMPA 4B1ZA 1JDEA 3ZSXA 2UXCK 1QSYA 2P9LA 4ZRKA 4KHPK 1J54A 3TTFA 2LBBA 3QBXA 5HROA 1OH7A 2ZGYA 4DLEA 1Q18A 5JVHL 2O8DA 3O4NA 2KTQA 3H6EA 2BANA 3QMLA 1NGJA 5JS2A 5KRTA 3KK2A 3MMVA 1X3NA 2YKNA 3VGLA 3SQ1A 4NY0A 2ZWHA 4GVEA 3PZDA 1RT3A 4OVLA 1VQ7N 1YVNA 1D8YA 4FWLA 5JVGL 3THXB 4TKNA 3GL1A 1U04A 3EE9A 4JYAK 3ZCMA 4DR7K 4HTUA 4CF9A 3FE1A 2IIRA 2OZMA 1EETA 1JLEA 2AL6A 5HRPA 3LAMA 1VQON 3ULEA 1GOBA 2FBXA 3TANA 3SAHA 4FM0A 1ZBSA 3ID8A 4ISEA 1IJJA 1BG3A 4YY3K 4CE9A 3OYBA 4FL9A 3S3OA 3AVCA 1C1AA 3FZLA 4CHQA 1MIXA 2NRRA 2YHWA 2VG6A 4FXDA 3K5LA 4GV6A 4WFBL 3HM8A 3MWTA 1HBKA 3T1YK 2F7TA 5JMVA 3ZX0A 3IVFA 4NYFA 4AHUA 4QS7A 5SWMA 1SKRA 3R8EA 1FXXA 2KZMA 3P83D 2DFHA 3UKUB 3V81A 4JV5K 3O4WA 1BA1A 2CGLA 4M45A 4EIAA 4ILHA 5BRDA 1TYQA 4BY9C 3VEXA 1KCFA 1NLVA 2VGNA 1ATNA 1B92A 1BIUA 3HO1A 1RTIA 4JAXA 2F4VK 3WEEB 4FLXA 4KHQA 2ZJRL 3I8BA 3VQPA 4PA1A 2QWMA 5AQUA 1S6PA 3N4QA 3NF8A 5M1OA 2ZJPL 3OJSA 1RILA 2QM1A 2QKBA 4F7GA 3SBTA 5HL7L 3L4IA 3BF3A 1BGXT 3QBWA 3U8ZA 1C1BA 1MDUB 2D11A 5J1EA 1VSKA 2E6MA 3K5MA 3QDKA 1K6YA 2GUPA 3J7YP 4CJKA 1U2VA 3AU5A 2OZSA 4FZXC 1RBVA 2CQUA 3H1QA 3H45C 3MEGA 2D1KA 4KH4A 4OKKA 3A5OC 2BUPA 4HWIA 1TL3A 4BVPA 1MIZB 3V1OA 3LM2A 4DS4A 3NF9A 2FSNA 2ITGA 4XH1A 3VGMA 2QA4N 4H5TA 4CEFA 2E4LA 5KPTA 4IO8A 1RDUA 4G9ZA 3WNEA 5I3UA 1IBMK 3JAMO 4WQ4A 4JI1K 3P5JA 3NMUA 5KPRA 4FJ5A 3EKUA 3OYJA 2P1JA 3CJBA 1ATSA 3CYMA 4JS5A 4JKCA 1KAXA 3O6WA 1NG9A 4B3MK 3AVNA 4W5TA 4CJEA 1YF5L 3O9QA 2Q1NA 2XY6A 3TTCA 4BWJA 3OYDA 2V7YA 4WQ5C 5C24A 3T19A 2WFBA 3EPYA 1DGKN 2Q36A 2EX3A 5DM6L 2GV9A 3VEOA 1L3UA 4IWVA 5A2QO 4J2BA 2YHXA 3UKUA 1GLFO 5C10A 2HHWA 1YUWA 3PY8A 4AHVA 1T44A 4JKHA 2QTDA 4R79A 1ZBFA 1L3TA 1HQUA 1LWFA 3CJ7A 4BRDA 3CETA 3SMPA 3WXKA 4JRQA 3CFPA 1EWRA 3PV8A 4JNEA 5AQYA 3HM9A 3CIPA 4KBOA 1C0FA 1XNQK 2NRVA 2HBMA 1LOTB 3AVKA 3QERA 4GMJB 3HI0A 1VSIA 3TR8A 3FP5A 4FOEA 3OYAA 3V4IA 4H5RA 1FW6A 1WAFA 3E9OA 3BUZB 3SLCA 1RT4A 1RBTA 3MK6A 2IVNA 4CZKA 4HUGA 4CZMA 2HOEA 3SMSA 1CXUA 4CF0A 5LJWA 4LFCK 3NGIA 5ADXH 5CE3A 3VEZA 1NM1A 3LALA 3MX5A 3CQYA 4GY2B 3MXIA 3EL2A 1RDDA 4CI6A 4DFPA 3V6DA 4H5NA 2P9SB 1E5WA 1HNVA 4B3TK 4JN4A 5GAEP 3VENA 2YNFA 1GG3A 2Z1IA 4FZZA 3O3GA 2HNYA 3TAGA 1BIZA 4CJ4A 3WNGA 2I7PA 3QEIA 1GC7A 1XNRK 3KHYA 3MN5A 5KTQA 3AAPA 3NGYA 1Z25A 5HRRA 3QFPA 1KLNA 2FSKA 3TAEA 4EFHA 4IFYA 4K42A 3I55N 4DR6K 3LAKA 1NNEA 4ELVA 1WAJA 4GXBA 1S1WA 4DUZK 3KLEA 3BZCA 1J19A 1HYVA 2FC0A 4C8LA 3NAEA 2GELA 3QEPA 5J2QA 2RQ1A 4FWKA 3AY9A 3OS1A 4DS5A 2EMSA 1JL2A 4X64K 5LMNK 3BZKA 2G8WA 5M1KA 2R7YA 3V9SA 4GKKK 1IBLK 1W2BM 4R5PA 4BRKA 3MECA 4FLYA 4YFUA 4PWDA 2V51B 1WLJA 1MU2A 2E2OA 2O8FB 2ZD1A 2O8EA 3WXJA 1NMNA 3OYMA 3CMAN 3PX0A 3WXIA 4X65K 2I7NA 4YDUA 2W42A 4M3ZA 3JS6A 4DR1K 3OTOK 4HVJA 4MLEA 3ZT1A 1VQKN 4BR5A 2YHBA 4LFAK 4XEIA 3QB0A 4Q0BA 2YJFA 4LFBK 2FBYA 2KFNA 3L2QA 4FWRA 3V1RA 3CCRN 1NGDA 2FBTA 3THWB 3TABA 4ZRIA 1NTIA 1KQSM 2VWJA 3LDQA 5I42A 1E3MA 2COPA 3TTDA 1ISNA 2VGMA 4B9QA 2VWKA 4FJ8A 1YITN 3I33A 1P90A 4CERA 5ADXA 1WOQA 3E66A 4IFEA 3O5BA 1NJYA 3ID6A 2HHUA 2YNIA 3E01A 1S1XA 1BWFO 5GIPA 3D45A 2Z1HA 4FCYA 4FVUA 2HF3A 3EKSA 5BN9A 2G8HA 5AQXA 3C0BA 1Q82O 3O3FA 3H08A 5C25A 2XY7A 5F2RA 1SL2A 2NRZA 3SPZA 2VCPA 1W97L 2D0PA 1NGEA 3EZ5A 3A5NC 3IMXA 4V19S 3C95A 4FJ9A 3LDNA 4KKOA 2IVOA 3TAQA 1MK7B 4N41A 1QS4A 3OW2M 4CECA 4CJUA 4FK0A 1S9EA 4M3UA 4AH9A 4DSFA 2UYTA 4OPAA 3LANA 1XHZA 2E88A 5FPEA 1B9FA 1HX1A 1VSHA 5BPMA 3RMCA 1RFQA 3NDKA 1ZBHA 3O80A 1J5EK 4DV2K 1XI1A 4MLHA 3KKRA 4CBWA 4E7HA 3TAPA 1C1CA 2O4IA 1HYSA 4ZRJA 3CJCA 2IS3A 1DTTA 3LL3A 1KRPA 2W41A 4JKGB 3A2FA 2KLAA 4FLWA 4WFAL 3AA3A 5SZTA 5FRNA 3ITHA 3SUOA 4KFBA 4DU1A 4EP5A 1Q81O 4A5BA 1HRHA 4BWMA 5HLFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SBT A;  4JK8 A;  4ILH A;  4JKG A;  3E9L A;  4ILG B;  3E9P A;  3SBG A;  4JKA A;  3E66 A;  3ENB A;  4JKG B;  4JKF A;  4ILJ A;  4JK7 A;  4JK9 A;  4JKH A;  4JKD A;  4JKB A;  4JKC A;  4JKE A;  3E9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JS4 A;  1GLL O;  1MWM A;  1Q7Y O;  2ZGZ A;  2P9N B;  3ZX3 A;  1VSD A;  3LDP A;  4O0J A;  3VQB A;  3G10 A;  1YT3 A;  1YXQ A;  1TGO A;  3OA9 A;  4BR0 A;  3Q7C A;  1DLO A;  2Q0U A;  3AA5 X;  1K8A O;  4FW1 A;  3THX A;  1GC6 A;  1KLM A;  3SQ2 A;  1TK5 A;  3KK7 A;  3ZEU B;  2FBV A;  4CK1 A;  3TAR A;  4CJQ A;  3ZSR A;  4FJ7 A;  2E2P A;  3VQ7 A;  2I1J A;  4FWP A;  2YNH A;  4GW6 A;  1C0T A;  3V9X A;  1RDB A;  4H0Y B;  4CHO A;  4A61 A;  4CW7 B;  5T7B A;  1C0M A;  3CCQ N;  4K0K K;  5DMR A;  2UXB K;  1HMV A;  4B1W B;  3GBT A;  3I0R A;  4ID5 A;  3LPT A;  1VBH A;  1X1P A;  3AA4 A;  4BE1 A;  4XIU A;  1OH5 A;  2HBL A;  4ELU A;  3FFK B;  4BRH A;  3BIN A;  3CM6 A;  4FJI A;  4DMN A;  2Q3S A;  4F2S A;  3F9K A;  4ILG B;  3VES A;  4K41 A;  5CR4 A;  3QNO A;  3AAQ A;  3IUC A;  5E26 A;  2HNZ A;  1JLB A;  1C6V A;  4PKG A;  3DLL L;  1TKZ A;  1QSL A;  1EKE A;  3ZSQ A;  1A5W A;  3WEE A;  4JI8 K;  4RTF D;  3SV3 A;  3RWU A;  1JKH A;  3K5O A;  1CXQ A;  1CZA N;  1FJG K;  2PBD A;  5KQ8 A;  4JI5 K;  1Q8I A;  1C0G A;  2J4R A; 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