3E9OA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1836-2092
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9oA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9oA01
4JKEA 3ENBA 4ILJA 4JK8A 3E9OA 3SBTA 3E66A 4JKGB 4JK7A 4JKFA 3SBGA 4JKDA 4ILGB 4ILHA 4JKAA 4JKBA 3E9LA 3E9PA 4JKGA 4JK9A 4JKCA 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KB 5JS1A 4DWIA 4H5TA 2COPA 4ZHRA 1EWRA 2QI2A 2QKBA 3HK2A 3MN7A 4JLHA 4CZHA 1EO1A 4FL9A 3TTCA 3FFIA 3MCPA 3CERA 4H0VB 4CEAA 4DR1K 4BRFA 5SZTA 1I94K 3ALYA 3SQ2A 4CD3A 4CYEA 5KPRA 1KSPA 2NRHA 3CF5L 3UKUA 1M1KO 2RHKA 4F9OA 2KFNA 1RDWX 1QZ5A 1NKEA 4AHUA 2IOCA 3A2FA 3THWB 1YI2N 4EZ6A 3D2EA 3J7AP 4JI4K 4E1NA 5BPNA 1HYVA 3QIJA 3FZMA 3H3OB 5BR8K 5ADXH 4H5RA 3ZSWA 4CJEA 1LAWA 4JD2B 3UB5A 1VQ6N 2CH6A 4XIUA 3F2KA 5EOYA 2QKKA 1MK9B 4M7YA 3V9ZA 2JWLA 3OYKA 3VQ6A 2IVNA 3U6FA 3L4QA 4CZJA 3GG4A 1KVAA 4JN4A 5M1FA 4FWMA 1JLEA 4ZTFA 1W7AA 4FJNA 2I1KA 1JLGA 1NMDA 4HUEA 3C6HA 1WBBA 4CJ3A 4KB1A 2HBJA 3OYCA 4CEBA 2YI1A 1NK8A 1OVYA 1VQNN 5AQMA 2P9PA 4JHDA 4CJ4A 1RTDA 3T19A 1WSGA 3PO5A 2F8TA 1RT7A 3HPOA 3P83D 2YX6A 4CJTA 4W5OA 4CW7B 4ISFA 4KBOA 1VSJA 2KZMA 3J7YP 3V9SA 2ZGYA 4DQRA 3RRGA 4E7LA 3QETA 3WNHA 1G99A 1J6ZA 3R9PA 3M8RA 2CGLA 5J2PA 1TAUA 2GWJA 4QS7A 3ZT4A 3JS6A 2CB8A 1UA1A 5HL7L 1C1CA 1XI1A 3ZSYA 3WXIA 2HOEA 2F9WA 3KK3A 3AA5X 3DLRA 2E1ZA 2O8EA 3QEVA 1RDUA 4C8OA 4CJQA 3QINA 4Z4FA 5FLXO 5ADXA 1NK9A 4IOXA 3CCEN 3DRSA 4CECA 5M1PA 1X9SA 1QVGM 4O4GA 1P90A 5BN8A 1WN7A 4KHPK 3L3UA 3IAYA 2QWNA 2O8DB 5AQSA 3C7NA 1IKWA 4FK4A 1JLFA 2HHUA 3SMSA 3S9HA 4FJXA 1NJWA 2Y1JA 3FE1A 2NZTA 2WOMA 3NF9A 3PSFA 4OLAA 2QM1A 3F5TA 1GC7A 1CXUA 3SUOA 3N4QA 3H45C 3KD1E 1NK7A 3P1GA 2GEMA 1BG3A 4F3OA 1XNQK 3ID6A 3S41A 3LANA 3OA9A 4HDOA 2P9UB 4NB4A 4FVUA 3AVJA 3KHYA 4CGDA 1NJXA 3CM6A 3VTHA 1TUYA 4FLVA 3DAWA 4IOCL 3VOVA 4E7KA 5FPDA 1SAZA 1RT4A 5MLCQ 3M3ZA 2OZMA 3U4LA 2NRRA 3BY5A 2O8FB 1HR0K 5HP1A 3CCQN 4BE1A 3KLIA 5GADP 4LF8K 2P9SB 3MWPA 1W97L 2D11A 4O0IA 1T6CA 3RMCA 1JXEA 1NJZA 3MN5A 5C10A 3NAEA 4CGFA 4MQ3A 1QHTA 1RBRA 4CCHA 4BWJA 3ZSZA 3RVCA 1IBMK 4ZRKA 3B8AX 1T44A 3PX6A 4FLYA 1L3VA 5AQIA 4KH6A 4B9VA 1V4TA 2P9LB 4AF1A 1LOTB 2O8BB 1HUXA 3L0QA 2HHSA 3T7ZA 5I42A 1BIUA 1U4BA 4CHQA 1JLQA 3O4WA 3K57A 4M3ZA 3AU5A 3PIOL 3VERA 4PKHA 3CFRA 3HOTA 2X6NA 3AY9A 1Q18A 1J5OA 3KLFA 3HVTA 3MN6A 4FWOA 3OS0A 4DR3K 2DIKA 1N34K 4UY8O 4LF5K 3E9LA 4DQQA 2LSNA 1YHQN 3TSPA 5GAEP 3LM9A 3F9KA 2O4IA 1C0UA 3CCLN 1S1UA 4BRDA 4CFAA 2Z1HA 1D9DA 3AO3A 3OYJA 3FZKA 1BGXT 3KK2A 2W41A 3SZ2A 3AVIA 4B9NA 1GOBA 4H5WA 2P9KA 3R1XA 4F8RA 3VENA 3E9PA 4B1UB 1IKXA 5AJ3K 3NMUA 1C0GA 1BQNA 4ILJA 3QEIA 4FSVA 4DF4A 2BH1A 4ISEA 5TKYA 4JKGB 5KI6A 3JAMO 3TTDA 1RTIA 2HNZA 1VQ5N 1HLUA 1U2VA 4XH5A 1TV6A 4KPYA 4CFDA 4DQIA 2OPQA 4B1ZA 5GINA 3VQQA 2KKZA 2PYJA 2DPNA 4E7HA 3SI6A 5AQRA 2IIRA 4DG1A 4WFBL 1QS4A 4A59A 1R0AA 4JI7K 1MU2A 3HPHA 2FLOA 2KHOA 4Q5VA 3ISNC 4M3XA 1KD1O 5EX5A 3SPZA 2GBZA 3OJSA 3JSMA 3VF2A 4C1NK 1GGOA 1JCFA 1DLOA 2OTLN 4W5NA 4I2QA 2CGJA 4EP5A 3EE9A 1MDUB 4LSLA 3NVKA 3HL8A 4FJJA 5J2MA 3BZKA 2HMIA 4I9QA 1NGEA 2D5RA 1TYQB 3OBYA 2QXFA 1J54A 3IDHA 4DSIA 1UAXA 3EKUA 3C0BA 3ATVA 3LM2A 5AZJA 4J2BA 4M42A 2OPSA 4FZZA 3QEWA 1BQMA 4W5RA 5BRHA 1TGOA 4A5BA 5A2QO 4CHNA 4BG8A 3D2FB 2NRWA 4BRCA 3DXMB 2A40A 1VQMN 1U6ZA 1YIJN 5KGXA 3RR7A 4C23A 3FFKB 2D0AA 4DFMA 1IO2A 4CZEA 4K41A 1YAGA 2JLEA 3MEDA 5IJMA 3KK7A 3B6OA 2A6AA 3CMAN 3RMBA 2HHHK 1WSFA 3CM5A 1YT3A 3CJBA 2HB5A 4YL8A 1HKBA 2RPIA 4JI8K 4CZIA 4DTJA 4WQ5A 4R5PA 5HROA 4IJNA 1NGGA 4CF8A 2DTUA 2RE2A 4GVMA 3CQXA 2ITMA 4DXAB 4RW4A 4CBWA 4KKOA 2HHWA 1ZBLA 4BDYA 4BR7A 2HSTA 1GLFO 2WFBA 1VQ9N 3AO4A 1BISA 3OJUA 2GTDA 1K8KA 4AH9A 4FPAA 3HM9A 3M1FA 1WLJA 3W3DA 3DJCA 5CHIA 5FDLA 1KFSA 3CI5A 5IT9O 1ZC6A 2Q2RA 2RN2A 3C6AA 2HBLA 2V51B 4IO8A 4NO7A 1CZAN 4NCAA 3PLAA 3FP5A 5SWMA 4N56A 1RTJA 3OYBA 2I7PA 3HVRA 1NGAA 3OYFA 1NU0A 4FK0A 2R7YA 4FWLA 3QO9A 3OYDA 3LP2A 4C1NI 4M41A 3DOLA 1QHAA 4B3SK 3D2EB 1DTTA 1KVCA 4CJ7A 2FF3B 4KH5A 1NMNA 4E89A 2XY5A 3AO5A 1Z25A 2G8FA 4BDZA 1VAZA 3HT3A 2UUBK 4IO9L 3TU5A 3VEWA 4MFBA 2QA4N 1JL1A 3AVNA 3NHGA 2J0JA 4X66K 2FF6A 1RDCA 3OS2A 4DQPA 5GIOA 1KTQA 1MWMA 1YVNA 3ZSVA 4GKKK 3OYHA 3HBTA 1HBKA 2J0KA 1S6QA 5C25A 2HNDA 4CZKA 4FJ7A 3VQPA 4GXBA 3L3VA 2ZJQL 1RDAA 1SKWA 1ST7A 4OO1J 1NM1A 3L8BA 4EAHD 1TKZA 4E19A 3QESA 4DSKA 2HW3A 4ELUA 3WXLA 3K5LA 4JK8A 1I3AA 2VG6A 2UXCK 2KLAA 2ZGZA 3AAPA 3K5OA 3O08A 4YOWA 1WAJA 3KIOA 4C8LA 4ID1A 3TAGA 3T3FA 1ATSA 1U49A 2PAVA 4YOXA 4YOVA 2HHTA 1L3TA 2AL6A 3KD5E 1BOTO 4I7FA 3ZDTA 1U47A 1L5UA 4I6MB 1J5EK 3OTOK 2ZPYA 1ZBSA 4GV9A 2X78A 4WF9L 4JNEA 4FW2A 3BZCA 1BU6O 4F3TA 3AU4A 2HNYA 3O1BA 4NCBA 2ZD1A 4H0XB 3OYMA 2GWKA 3THYB 4DV2K 5AQGA 5LJVA 4YNQA 3PSIA 3O9RA 4KO0A 1HB6A 3AGKA 1VQON 4IOAL 2IVOA 4BACA 4JI0K 1M90O 3SMPA 5F1XA 1T05A 2NRVA 4W5TA 2YNFA 3M6GA 4BRAA 2W6KA 1HJRA 3MWTA 3VA0A 1N6QA 3H3NO 1SKSA 3E66A 3QERA 1QSYA 2BE2A 4BVOA 4K8XA 2HHVA 3SBGA 2GX9A 5TKWA 3GBTA 1RBSA 2V7ZA 3OY9A 4X65K 4H0OA 3DYAA 4BREA 1J19A 2OPRA 3CD6N 3MN9A 3ZLJA 3ZEUB 4CZLA 2UXDK 2KQ2A 1HJOA 3V9XA 3I33A 4GV3A 3EZ5A 3WNEA 5AQKA 3WA0A 3WUHA 1Z26A 2UUCK 4E7JA 3I56N 2FBYA 4CD1A 4LFAK 5AZJB 2E2OA 3LZJA 5AFUH 4JKAA 1ATNA 3SJJA 3SV4A 3TPQA 1L3SA 4IFYA 3CYMA 3CHWA 1BUPA 3RSEA 2GELA 4BGBA 3TAPA 1RCHA 3AVCA 3EN9A 1O13A 1HNIA 4O8UA 5KQ8A 4WFAL 4CHPA 1TKXA 4FOEA 4H0PA 4NLCA 1A5WA 2AP1A 1OH5A 3TAFA 2VGNA 4BRGA 1RILA 1XQSC 4YORA 3MXJA 3DXKB 1K73O 1B9DA 3ZSRA 3KKRA 4DR5K 4J2EA 1C1BA 2P9LA 1D4XA 1JLCA 3CQ8A 1MIXA 4IDKA 1QSLA 5E41A 1S9EA 4CK3A 3RMDA 5M1QA 4FOIA 1GC6A 3LDPA 2AEHA 2OYQA 5AQZA 4N76A 1GLJO 1EX4A 3DLKA 1D8YA 1B92A 3HPGA 2E8AA 3NH0A 4X62K 1IG9A 3LALA 2QK9A 1GOCA 3VGKA 3J8AA 2RQ1A 4NYFA 1QQOA 1KC7A 2OA8A 1N33K 4GY2B 3RSEB 4M3WA 4CJVA 4KHQA 2NRZA 4N47A 3O1WA 5AQFA 3D0PA 4WQ5C 1SGHA 5JMVA 3L6QA 4LD0A 3AVBA 2VQFK 1HNXK 3VEXA 5AQOA 5H1SQ 1TKDA 3IG1A 4CEOA 3TARA 4FJIA 4ZRJA 3NH2A 4BE0A 2I5JA 1KLMA 4HTUA 3CJ1A 3VTIA 2DFFA 4U7BA 3VN5A 2W40A 1TYQA 1SV5A 1Y64A 4CJWA 4CHYA 3CCJN 3A5LC 3B6PA 1Q7YO 1J9AA 4WQ4C 3ID8A 4EHTA 2HVHA 2VWJA 3THXB 1YTAA 4I2PA 1QVFM 4LF4K 3VQ4A 2PZSA 1DEJA 1VBHA 5E84A 3T1AA 2XO7A 3IKMA 3SPYA 3KWGA 1REVA 2D0BA 3OYLA 4A2BA 5KRTA 3DXKA 2KW4A 2WUSA 3CJAA 4I9LA 3I55N 2FBTA 2ASMA 2P9IA 4KAZA 4IJAA 4JI2K 4JKHA 5LL6Z 1QSSA 2UXBK 4XH4A 2FDQA 2D10A 3MMVA 4JAXA 4J2AA 4MO5A 2EWSA 3OYGA 1C0FA 1L3UA 4DR6K 3T69A 3NGIA 2IAJA 3CCSN 1DKGD 1ITGA 3QLHA 2YNHA 2D0CA 2E2NA 3ZCMA 3BDPA 2X6SA 2IDOA 3NGYA 4CZMA 5JVGL 3SV3A 3S3NA 2YCHA 3ASMA 3CC2N 2FC0A 3KK1A 4HVJA 1S1VA 1ACAA 3K2PA 3MX5A 3AARA 3O9QA 1NLVA 4FZXC 4OGCA 4DKWA 5KPTA 2HHQA 2Q36A 4A57A 3E01A 3AVLA 4FWKA 2F8SA 3OYIA 2O8DA 2YHAA 3AVMA 4G1QA 4FM2A 2UYTA 2WTUA 4FCYA 1HNWK 1NVLA 1BL3A 5C15A 1DIKA 4FLWA 1RTHA 4KTZA 4GVEA 1UWBA 3ZYYX 4KH4A 2O8CA 3TAEA 2G8UA 3JYTA 2QWLA 4DU4A 5JVLA 1HMVA 4FO0A 4A5AA 3DI6A 1SL1A 2W6LA 3O9UA 3EZWA 1NWKA 1HX1A 5CE3A 3WXMB 3CFPA 3KVGA 5FPMA 3WEEB 1UOCA 3A5MC 4PL8A 1IKYA 2ZJRL 2P9UA 3FLVA 4DUYK 1G15A 4FLTA 4PY5A 3HRGA 3VQ8A 3HXMA 5B8HA 5KTQA 3V4IA 4RW9A 2AA4A 3K9JA 4TKNA 1RBUA 3FGUA 4HDQA 2FSKA 2H3GX 3I0SA 5LMUK 4C8MA 3VQCA 3T1YK 1T8EA 3O6WA 4OVLA 4BRMA 4H03B 4DS5A 1KAZA 1H4RA 4BRNA 3KLGA 3AVHA 1VQPN 4JKFA 4YFUA 3RMAA 3SK3A 1NGDA 2VQEK 3U9DA 3ZT3A 2Z1GA 3CCVN 1QE1A 3CJ9A 1EP4A 2A1SA 4H8KA 4FM0A 4FJHA 3A5NC 1LWFA 3CFOA 3WQTA 5K14A 5CY4A 2BUPA 5AQWA 3NBPA 4FJKA 5CYMA 5GIPA 2NLXA 4IDHA 1IV0A 2ZJPL 1VQ8N 2HRJA 3NFAA 3G4SN 3TABA 2RF2A 4WE1A 1Q82O 4H5NA 1BA0A 5AQTA 2B4JA 1N32K 4WQ4A 3MXMA 4N41A 4NXNK 3ZX0A 3HP9A 4FK2A 3CC4N 3LPTA 2O8EB 3BEXA 1U04A 3BP8A 1BCOA 3CIPA 2LBBA 1TK5A 2KTQA 4CFCA 2QEXN 2E6MA 3CJCA 2OTJN 1NNEA 3UKRB 3VPZA 4QS8A 3KLHA 3LZIA 3JXUA 4DFJA 2NRXA 3VEYA 1SUQA 3K5MA 3FLCO 3HI0A 1JCGA 3PY8A 4OJRA 2AJQA 3FZLA 3DMJA 3CJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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