3E9OA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1836-2092
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein, splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9oA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9oA01
4JK9A 4JKBA 3E9LA 4JKHA 3SBGA 4ILGB 4JK8A 4JKAA 3SBTA 4JK7A 4ILHA 3E9PA 4JKCA 4ILJA 4JKGB 4JKDA 4JKFA 4JKEA 3E66A 3ENBA 4JKGA 3E9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J80O 3M8QA 1B9DA 4NB4A 3L6QA 3MEEA 3VERA 2DY4A 1NM1A 2X6NA 3H1VX 2HMPA 4ILGB 4EZ6A 4DTNA 3WNEA 4OGEA 2P9LA 1NGBA 2D4WA 3SLCA 1ACAA 3T19A 2FF3B 3SNNA 4BR7A 4ZTFA 3VESA 3CQ8A 2ETJA 1XUPO 3ZEUA 3HO1A 3RTVA 4E7HA 4KHNA 1YXQA 2B6AA 5AZJB 4HDQA 1ATRA 1HPZA 1Z05A 3VMFB 5HP1A 3O3GA 4RW9A 3ENOA 3U9ZA 4BRIA 4JD2B 2HRJA 2Q0RA 3U8XA 1E4FT 3VA3A 4KHYA 1YAGA 1JLEA 1LW2A 5J2QA 3L0QA 3DJCA 4K8ZA 5HOOA 5IT9O 3G6EN 1S3XA 4E3SA 3T1HK 4WFAL 4FWRA 1JCFA 4IFEA 3QERA 3QICA 2NRVA 4W5QA 4FJJA 3ASMA 3AARA 4BVPA 3OY9A 4DUYK 4FJLA 2GWKA 1VSFA 1TKTA 3DMJA 5AQQA 4YL8A 3SPZA 4J8FA 2P51A 2ASOA 3U6FA 1IKXA 1W2BM 2Q2RA 5KGXA 4A2BA 4FVUA 4FJNA 4DTMA 1QQNA 3ISNC 3PV8A 2OTLN 1NTIA 4BQZA 3VGMA 3J7ZO 1GLLO 4XH4A 4F3OA 5M1QA 3DYAA 2XHBA 1KAYA 3PO5A 4W5TA 1XHXA 2V51B 1J5EK 3ID6A 1D9DA 1VQ4N 3AA4A 1XI1A 3SUNA 4KTQA 4N47A 1V4SA 3PX4A 4DU4A 2F8TA 4ELVA 2WH5A 4PL7A 4CGFA 1S22A 4KV8A 5C0YA 3DLGA 2UYTA 3QNNA 1TUUA 2DFFA 3LWMA 2LBBA 4JS4A 4OPJA 2O8BA 3ZT2A 3NE6A 3AO1A 1ASVA 1KVCA 3WNFA 4OPHA 2NNWA 1OVQA 3HP6A 4FLTA 4ZHRA 3IRXA 3O9RA 4CJPA 3LZIA 4DR3K 2ZM6K 1YHQN 3D2EA 4GW6A 3HRGA 5C24A 3KK3A 3CCRN 2E5LK 2OA8A 1HX1A 1UA0A 4DV5K 1NKBA 3DLBA 1BHLA 3M8RA 2CGJA 3ZSWA 4J2DA 4H5TA 4HTLA 2OPRA 1XMOK 4CEDA 4JKCA 3QFUA 1TVRA 2QW9A 1HBKA 5C12A 1YJWN 4KB1A 4RW6A 2ZE2A 2YNFA 1JCEA 2VG7A 1BQMA 4I9LA 2O8CB 4OVLA 1WAFA 3VEWA 1RT1A 3M5RA 2IDOA 3K59A 2YKNA 4DQQA 3GG4A 3SQ1A 3D6RA 4B1UB 4IWVA 5AZJA 3M3ZA 2QWQA 5SWMA 4JI2K 3CCJN 4FZXC 2J0MA 4BACA 1YJ9N 4CJ7A 1WLJA 4FJHA 1B9FA 3G71N 1T44A 3AVKA 4P7IA 3IKMA 3BGRA 3IFRA 4BRQA 2WUSA 5AJ3K 4FJMA 1G99A 5DM7L 3HPOA 4LF6K 1SKRA 3I0SA 3THVA 4J2EA 3AO4A 2FBTA 1DT9A 1KAZA 3AVLA 4AHRA 2R7YA 1R59O 1WN7A 4DU1A 1TL1A 3TAQA 2O8DA 5CE3A 4BR5A 2HOEA 2P5GA 4UQGA 1W7AA 3D45A 5HROA 1VAZA 4JKFA 2GTDA 3ZYYX 5DK5A 1GG3A 4BR2A 3UIQA 3VF6A 2OTJN 2NRTA 1J54A 3VQ6A 4E7IA 5LMUK 3U4LA 5BR9A 4FJ8A 3D0PA 1SL1A 1KC8O 1OH5A 4HTUA 3M1FA 4JNEA 1VQ7N 1XMQK 4PQUA 3HZ6A 4Z4GA 1M1KO 2RPIA 1Q18A 5F2RA 3FZHA 3WQUA 4HHTA 1OVYA 4DXAB 4Z94A 4CBXA 5AZIB 4E1NA 5ADXA 1W9HA 2W6LA 5EVZA 4XIUA 2HF3A 2XY8A 4FM2A 4FK4A 4NYFA 3VF4A 4JKBA 3CMAN 2D0AA 3ZSYA 3EZ5A 4ZRIA 1TAUA 1FK9A 1GOBA 4CJ3A 2DTUA 4EKUA 3QIOA 1JL2A 1RDCA 3B6PA 4C8NA 1H1VA 4DB3A 5CYQA 1X3NA 1L3VA 3H46O 1NGAA 1QZ6A 1U2VB 2E2NA 3CM6A 5KGWA 4CJSA 4JI0K 1QS4A 1SS6A 3HVTA 4QOZB 5AR0A 3J7AP 3LAMA 1VSEA 3WXJA 3KLHA 1NGCA 5KTQA 3CCSN 5KQ8A 4YOTA 1EWQA 3KD1E 4FZZA 5AQKA 4Z4CA 4KI4A 1WSGA 2ZJQL 2IOCA 2JWKA 4FJ5A 4DU3A 3O80A 4GV9A 4FJ7A 3MCPA 1NU0A 4WYBA 3KK1A 3ZT1A 4DG1A 3F9MA 1NGIA 2KKZA 1TKZA 2HHSA 4CF2A 4LF5K 5FRMA 4DFKA 2VGNA 3TI0A 2Q31A 2X0SA 5EX5A 2UUBK 1K8KB 4FOEA 3M8SA 2P9NB 4CHQA 3WT0A 4YHHK 4DQPA 3KKSA 4JHDB 1BI4B 3CJAA 1VSMA 4CK3A 1RT2A 4EP4A 4I2PA 4G9ZA 4KTZA 1NNEA 1NGEA 2KZZA 4DSJA 5EY4A 4N41A 4K41A 3S3OA 3DI6A 3QEPA 4IO9L 1K9MO 4FWNA 1XNRK 1HQUA 3MN9A 3H6EA 5LL6Z 3JAMO 5A2QO 4CGDA 4DV0K 2PYLA 4FPAA 3I8BA 3TR8A 3P83D 3V1OA 3OS2A 3WQTA 3L8BA 1P90A 3MXIA 4CEBA 2D0OA 4MLHA 4ZTJA 4DV7K 2VYPA 4M41A 3DRSA 4JI1K 4CZMA 3LAKA 1HR0K 2ATQA 1T05A 4L8RB 3QNOA 2FSJA 5D3GA 1HNVA 4OJRA 4E7LA 4DTJA 3V9XA 5AQZA 1TV6A 3PIPL 4DF8A 1Q86O 2KFZA 4DSIA 4B8CA 3KD5E 4KHSA 1RBTA 4BRGA 5AZIA 1T3VA 1UAXA 1S6QA 4NXNK 3A8YA 1BDGA 4YDUA 2OANA 4MDAA 3MK6A 4AH9A 1KQSM 3MXMA 2XO7A 5GAHP 5E84A 2QWPA 4DFPA 2BH1A 3CJBA 2G8FA 2AJQA 4MLEA 4NYNA 4AHTA 2H3GX 3P1GA 1YITN 3C65A 4CZLA 4H4MA 3AA2A 5AQOA 4AF1A 4DTPA 1TKXA 4KH6A 5BREA 3ZETB 2P9PB 1YF5L 2D10A 3EE8A 1ILYA 1Q9XA 3ZSOA 3AVJA 1LAVA 3AVHA 2XRIA 4JKEA 2P9IB 4NCBA 1JKHA 4NCGA 2ZJRL 3A0IX 3T3FA 3R1XA 1Q8IA 1FXXA 1RTIA 2E1YA 1RTHA 3SZ2A 3OJUA 2HHUA 1IJJA 3CFPA 1QHAA 3CCQN 1ST7A 3NHGA 1BG3A 5B8HA 3ENHA 1ZBLA 2UU9K 1VSKA 1X3MA 1DGKN 5GIOA 3HM9A 1NK7A 2IVNA 2KLAA 4EP5A 3G10A 1K8KA 3L2VA 2P9NA 4OO1J 5AQIA 2GWJA 1KLMA 4BR0A 3GOIA 3O8MA 3SAGA 4JHDA 3WXLA 3P5JA 1SV5A 1RDDA 2D11A 2FC0A 4FW2A 1RCHA 1S1TA 1OKJA 1GLFO 3ZX3A 4M7XA 4CD1A 1ZBUA 4OPKA 1N6QA 2G8IA 1BOTO 1EX4A 3DWLA 4BWJA 2F4VK 1VSIA 4RW8A 4CCHA 1XC3A 4FJKA 2HHXA 3DLKA 1A5XA 3HM8A 2G8HA 4JI5K 2E2OA 2CGLA 3L3VA 5H1SQ 4RW7A 3H08A 1C0MA 3JYTA 3HSCA 1C0TA 2VWKA 3SYZA 1S1UA 1HKCA 3OYGA 4DV3K 3ZSXA 5BPNA 4AHCA 4CE9A 3BP8A 3BZCA 2ZWHA 1HNXK 3CG7A 3WXMB 1KLNA 4BG9A 1GLEG 4FLUA 4BDZA 4DR6K 4HVJA 1D4XA 4CEEA 1A5VA 1NVLA 1SKSA 3BY5A 1NGDA 2IAJA 4JI8K 1BIUA 4KKOA 3WEEB 5AQNA 4BC4A 3OJSA 3I56N 2FSNA 2HF4A 1IG9A 1RTJA 4I7FA 1ITGA 1MK7B 3B8AX 3FZKA 4B3RK 3LDQA 4H0YB 4LSNA 3SAFA 1MWMA 3QETA 4BWMA 4FXDA 3OYNA 5JVGL 2HBKA 4MO5A 3CPWM 3EKUA 2QTDA 5AQVA 1LW0A 3H45C 4JI6K 1DEJA 4DQRA 2E20A 1VQNN 3KIOA 4GXBA 2FBXA 4CK1A 3D2FB 4A59A 3C0BA 1HYVA 4MDBA 4FVMA 4LC9B 3ZDTA 4H5RA 3RWUA 1QQMA 4GY2B 3L2QA 3MN7A 3CD6N 3L2UA 1E3MA 1BA0A 4OX9K 3ZETA 2P9PA 5E26A 3QESA 2P9SB 2I1KA 3NAEA 3KLGA 5GINA 4KAZA 4CBWA 4CJKA 3AY9A 2G8VA 4DTRA 2P9IA 2KFNA 4U67L 4FW1A 5AQXA 3DLEA 4OGCA 1L5UA 3IMXA 2OZMA 4DV6K 3TTCA 2FDQA 2LSNA 2YHYA 5EXWA 1HB8A 3MECA 4BR4A 4O44A 4CZHA 4GV6A 5KQDA 3HTVA 3P31A 2WTUA 3FE1A 1OH8A 4FM1A 1EWRA 4BC3A 3A2FA 4CEAA 1Z26A 2Y1JA 2NRWA 2A1SA 3RR8A 4B9UA 3TSUA 3P39A 2O8FB 3N4PA 2W6KA 4HWIA 1EP4A 4H0VB 4F7GA 3EEQA 4B1WB 4B1VA 3DLHA 3J7YP 3KVGA 1QE1A 4FWPA 4B1ZA 4ZRJA 5E41A 1QSSA 4GV3A 3U3GA 3PO4A 2FLOA 3RMBA 4OPAA 2PYJA 3U3YA 3L4QA 2QA4N 2V52B 1KFDA 4CF9A 1YJNN 4AHSA 3TAFA 1BWFO 3FLVA 4JRPA 1GOAA 4H8KA 4DHYA 2ZGZA 3OYCA 4CF0A 3SBTA 4DCHA 3P4IA 4IBNA 1WUAA 4QS9A 3KJVA 4LF7K 4QCLA 4JKGB 5F0XA 1C6VA 1S1WA 1JXEA 4ID5A 2ZD1A 4FO0A 3KLIA 2F8SA 4TSXA 1HKGA 1U6ZA 3FLCO 3V6DA 3NMUA 1DLOA 4YOVA 3CI5A 2Z1GA 3FZLA 2G8UA 4YORA 3ATUA 3PX0A 1LWCA 3THXA 3CC7N 4KHQA 1KCFA 4C8OA 1L3TA 1YI2N 3PIOL 4IFYA 2P9UB 4JS5A 3Q7BA 2NLXA 2CH6A 4CBUA 5IJMA 2VQFK 1NLVA 1UWBA 3PX6A 1TKDA 1DTQA 1D9FA 3R6MA 5AQJA 5AFUA 4DQIA 3CF5L 3O3HA 3IUCA 3SUQA 2ZF5O 1IH7A 2QWMA 3NVMA 5DMRA 2HBLA 1C0GA 3LPUA 3DLRA 4DMNA 2I5JA 3K5OA 3E66A 5LJWA 3OYFA 4IG3A 3OS0A 1U49A 4FWSA 1HKBA 1Q9YA 4FZYA 2Q0UA 3PLAA 1YIJN 2P9KA 3NH0A 1TK5A 4X65K 2P9SA 3QEIA 3OHRA 4C1NK 1YVNA 3N4QA 4A62A 5KRSA 3IVFA 3KZBA 4PKGA 3RRGA 1T03A 1S9GA 4CF8A 3UKUB 2W40A 4N5SA 4DKWA 4V19S 3K5NA 3R3LA 1NI2A 1ATNA 4H03B 4IOXA 3QO9A 5HBMA 2UXBK 3AVAA 4M3WA 4LFBK 4CZJA 1C1BA 3VA0A 4FSVA 3KWGA 4XEIA 3OYIA 2CB8A 3NVKA 5JVLA 1GLBG 5C25A 2ZPYA 4ISEA 1CXQA 4I9QA 2YKMA 5AQPA 3AVBA 1SKWA 1SUQA 1IKVA 2YJFA 4CJFA 2E2QA 4JRQA 3C6AA 1ASWA 1VRTA 4IFVA 2PY5A 1BO5O 2V7YA 5FPMA 5GIPA 1BIZA 1S1XA 4JD2A 3K2PA 2OCEA 4O55A 5BRFA 4DTSA 4CECA 3TU5A 3VTHA 1IO2A 5JMVA 1I3AA 3C7NB 2O8EB 3NFAA 3CQXA 5FPEA 4R5PA 4DSKA 3SJJA 4WQ5A 1X9MA 3QMLA 4A2AA 2O4IA 1J9AA 2WC9A 3D7EO 1RGIA 4KRFA 3HT3A 4E7JA 2GUPA 5LMNK 1W0HA 3O1WA 5DM6L 3W0LA 5JLFA 2HNDA 3HK2A 4H0TB 3BEXA 1XHZA 3SAHA 4DTXA 3G9WA 4TKNA 3TAMA 2HMIA 3HJFA 4JKGA 3OYEA 4I2QA 2OZSA 5LJVA 2HE7A 1SAZA 4HUFA 1TUYA 3KLEA 2QEXN 3HI0A 4AM7A 2D0CA 1VQ8N 4HCCA 2QWOA 4CESA 3NGZA 4CW7B 2R82A 5J2MA 2P9UA 3TSQA 4CYEA 3MEDA 4Z4HA 3NCIA 5C42A 1ZBHA 3EE9A 4OLAA 3EZWA 4PKHA 4FLXA 1VHXA 4W5OA 5HLFA 1VQON 3DM2A 3OTOK 3ZT3A 3SCXA 1QTMA 4M3XA 1TYQB 3CIPA 4EHUA 4O0JA 5CZ1A 4BRFA 1JLGA 4IJNA 3ID8A 4LF4K 2HHVA 5BRDA 1C0FA 3DLLL 2F9WA 2HBMA 2YNIA 2P1JA 1NK5A 2HNYA 3VQ8A 3LDOA 1KRPA 2IGIA 1C1AA 1C1CA 4CK2A 4C23A 4KHPK 1XQSC 4YDUC 5C15A 4JV5K 1NK0A 4C8MA 2HB5A 3TARA 3EY1A 3PSFA 4RTFD 1KVAA 2COPA 4NO7A 1V4TA 3MMVA 2RHKA 4CHYA 2A5XA 1BGXT 3IAYA 1LOTB 2BANA 1E5WA 2QWNA 4F3TA 4X66K 3VOVA 1FJGK 3CJ1A 2Z1HA 1S5JA 2O8CA 1HUXA 2UXDK 4JK8A 1ZYQA 2ABDA 5FPDA 3L2WA 2KHOA 4OKJA 3OA9A 3PY8A 3U7DA 4CEQA 1G15A 2JGUA 1SQKA 2UXCK 4H0OA 4W5NA 2J0KA 4CEZA 1JLAA 4QS7A 4BY9C 1JL1A 4DS5A 2Q36A 3K5LA 4LFCK 3K57A 2D0PA 4C1NI 1KBLA 2J4RA 1DIKA 1WSJA 3C7NA 1TL3A 3ZSZA 4M42A 5BN8A 1ZBFA 1HJRA 3VQDA 3LDNA 3RVCA 4M3RA 4DQ8A 3F2KA 2AP1A 3VEYA 4LD0A 3J81O 1LWFA 1NOZA 3HYFA 3MXJA 3WXKA 3V9UA 4ELTA 4BG8A 3V1RA 2OPPA 2HVIA 4CEFA 4K8XA 2ASPA 4KREA 3SQ4A 4XH1A 4JI4K 3OYBA 1NGHA 3E9LA 4BRKA 1QQCA 1Y64A 5HL7L 4A5BA 4H0XB 4CZEA 4FM0A 3CPEA 3TAGA 1SL2A 2WOMA 3V9SA 4EHTA 1RDWX 2NRZA 3TAPA 1JLQA 4NLBA 4JN4A 3H3NO 3GDQA 4KI6A 2RF2A 4AQYK 5AQMA 4KH5A 3PUFA 3T7ZA 3TANA 4DSLA 3QINA 2Z1JA 2GX9A 3R9PA 1NWKA 2F7TA 3DRPA 2HHWA 1IBKK 4FWLA 3F5TA 3VGKA 1RBRA 5AQRA 2X6SA 4PA1A 3BF1A 3VF2A 5KPZA 4BDPA 5JS1A 4BRNA 2NRHA 3O9UA 3O9TA 1WBBA 2KQ2A 4BR9A 5I9EB 2ZJPL 3G25A 1N32K 1U2VA 4B9SA 2HVHA 3AU4A 1S72N 1QVFM 4FYDA 1NMNA 4J2BA 4CVNE 4CEOA 2AA4A 4DSEA 4BROA 3GL1A 4DV4K 3DOLA 3P38A 1K6YA 1W97L 4O0IA 4CGGA 5GADP 3R8EA 2Q3SA 3JS6A 1BQNA 4X64K 3AVFA 4ID1A 1JLFA 5CZ2A 4KHWA 1JCGA 3CETA 3O4QA 4CERA 3PZDA 3I33A 1NK6A 5AQGA 2NRXA 3ZSQA 3AVIA 5FROA 4JI3K 1MWKA 1KFSA 4B9VA 3KK7A 3THYB 1MK9B 2HHQA 5KI6A 4ILJA 3M8PA 1N34K 1IG8A 1LWEA 3QFPA 3K5MA 4LFAK 3MDQA 3V9ZA 5M1OA 4LSLA 2YHXA 1EQYA 1EETA 4CF1A 4Q5VA 3LP2A 5BPMA 4Z4IA 1REVA 1HYZA 4H5WA 1S6PA 3LP3A 1BI4A 1U45A 4LH4A 3L3UA 1EXQA 3ITHA 5AQUA 2YHAA 4WF9L 4CJ4A 4Z4EA 1Z25A 1RBVA 3HOSA 4K43A 2P5OA 1HNIA 2HBJA 3ZEUB 4YOYA 5IWAK 3A5NC 5LY3A 1DKGD 3DRRA 1HB6A 4B3OA 1KD1O 3LPTA 5I42A 3FZMA 3ZX2A 2FF6A 5BRHA 3TPQA 1X9WA 3CERA 3ATVA 1ASUA 2J0JA 2E8AA 1KVBA 1CXUA 3EN9A 3AV9A 2A6AA 2X78A 4MQ3A 4F8RA 4E89A 2D1KA 2A41A 2HW3A 5AQLA 4IEIA 3VQQA 4BC5A 1Q7YO 1I94K 4M3YA 3THWB 1D5AA 3JXUA 3LM2A 1NJWA 4CIGA 3O4WA 3C94A 1VQ6N 2F9TA 4JK9A 1VQLN 1N33K 4FPBA 1GOCA 3AVMA 4W5RA 2Z1IA 1VQPN 3VETA 2CH5A 2E1ZA 1QSLA 4BE2A 3M6GA 1HNZK 3OYLA 2UUCK 1SGHA 3E9PA 2FBYA 3HBTA 5I3UA 2DIKA 3OYJA 1N8RO 4F9OA 1DTTA 5JVHL 4FLWA 3C95A 3NF9A 4KB0A 1E4GT 5KPRA 1JXBA 5KRTA 5FPNA 4CIEA 2HSTA 3TAEA 1KC7A 4HCBA 1TK8A 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 4JK9 A;  4JKB A;  3E9L A;  4JKH A;  3SBG A;  4ILG B;  4JK8 A;  4JKA A;  3SBT A;  4JK7 A;  4ILH A;  3E9P A;  4JKC A;  4ILJ A;  4JKG B;  4JKD A;  4JKF A;  4JKE A;  3E66 A;  3ENB A;  4JKG A;  3E9O A; 
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