3E9OA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1836-2092
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9oA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9oA01
3E9OA 4JKDA 3E9LA 4JK9A 3SBTA 4JKFA 4JKCA 4JKAA 4ILJA 3E9PA 4JKGB 4JKHA 3SBGA 4ILHA 3ENBA 4JK8A 4JKEA 4JKGA 4ILGB 3E66A 4JKBA 4JK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVFA 4GMJB 3L4QA 3M8PA 5ADXA 2O8BB 3NDKA 3AVGA 2ATQA 4DU1A 3QETA 3P83D 4E1NA 2RPIA 4O44A 3Q7CA 1C0TA 3SZ2A 4FWRA 3VQBA 1CZBA 4N56A 3CFOA 1WNSA 3R9PA 4B1VA 3OYAA 1RILA 1QQOA 1JXBA 3EKUA 4Z4EA 4MFBA 2O4IA 2H3GX 5FLXO 4IKFA 1D5AA 4CJKA 3EL2A 5CHIA 1F21A 5I9EB 3M8RA 4HDQA 5GINA 2FSKA 5BR9A 2DTUA 2FJ9A 3SAFA 1WB9A 4NXNK 1QSLA 1RT6A 3OYKA 4KRFA 3GL1A 4Q0BA 2NRVA 4JHDB 4OGEA 3LPUA 2I7NA 3F9MA 2P9SB 4CFDA 4F3TA 4B1YB 1EX4A 2X6SA 4ELVA 4XH1A 2F9WA 1U45A 5GIPA 3AO4A 3FZFA 1W7AA 4FWQA 5E84A 3TTFA 3KJVA 4JKEA 1EETA 2X0SA 3H3NO 4W5RA 2A40A 4DUZK 1SQKA 2WONA 3QIJA 5AQPA 3LWMA 2HNDA 4YOUA 2J0KA 4C8LA 1NMDA 4B8AB 1WBBA 2VG5A 3HI0A 3JXUA 3OYHA 4B08A 2KFNA 1LW2A 5JICA 4CEFA 3GDQA 5BRDA 1KCFA 3FR0A 3O1BA 3CM5A 3M6GA 3EZ5A 2E88A 1U47A 3MN6A 1JLAA 2HBLA 4QAGA 5FPMA 1RTJA 4FJIA 4WFNL 3RSEB 4M3TA 3CPEA 5AQIA 1GLDG 3ZT4A 1H4RA 4IFVA 3DLKA 1VBGA 1MDUB 3I33A 5HLFA 1RBSA 1WAFA 2ZD1A 1N33K 3D2EB 1SAZA 3T1AA 4V19S 3T3FA 3NGIA 2Z1JA 3OS0A 3WXIA 3CJAA 1U49A 5AQQA 3E9OA 2HB5A 2IGIA 2NRWA 4ZHRA 1SS6A 2XHBA 3ZSZA 2A41A 4J2AA 4DSKA 4CJPA 3OYCA 5C2DA 4C8KA 1RT4A 2PZSA 3QEPA 1JCEA 4A2BA 1VSDA 4NY0A 1RBRA 3KKRA 5AQJA 5D3GA 2GTDA 3S3NA 1K8KA 4DR7K 1NVLA 2OZSA 4GKKK 3D2FB 4DF4A 3HOTA 4ISGA 3KKSA 5HRRA 3K5LA 2HHXA 5AFUA 3O3GA 3M3ZA 4DS4A 3K0SA 3IKMA 3CC2N 4B3SK 5AQUA 2P9LA 3TSPA 4CJEA 4BGBA 2E5LK 2QW9A 4DTOA 1TK5A 3K5MA 3ULEA 3QBWA 3KLHA 2GWKA 1T6CA 4EZ6A 5GAHP 1HNZK 2OCEA 4RW4A 4GV6A 2O8CB 3CQXA 4BRQA 1MA9B 4BC5A 2XO7A 3O1WA 1C0FA 3HSCA 2HHSA 2WBNA 3TAEA 1Q9YA 3K57A 1BIUA 3J80O 3IAYA 1K9MO 3AVBA 3BGRA 1YJ9N 3RRHA 3B6PA 1S1UA 1WSIA 3C95A 4CCHA 4TSXA 2NRZA 4PKIA 2D0OA 1QSYA 3AVNA 4B1WB 3OYLA 2O8FB 2HOEA 4DTMA 4O5FA 3SV3A 3S9HA 3MMVA 3THWA 1TGOA 3AA5X 1S9GA 4CZKA 2OTLN 3C7NB 3V9WA 1VK0A 2A1SA 4BE1A 3M8SA 4NCBA 4CHQA 4LSLA 3OS1A 3NF7A 4QS7A 3MCAB 5ADXH 3X23A 4M63C 4FO0A 4HDOA 5AQYA 5M1OA 3M5RA 2E20A 5KGWA 3HJFA 4L8RB 5E26A 3LAMA 3AO2A 4IDKA 4AHCA 1EXQA 4QS9A 1OH7A 4IOAL 4WFBL 4FVMA 3ATUA 1JL1A 3L2WA 4EFHA 3AVJA 4CHOA 1BG3A 1HUXA 1KFDA 1RT1A 2VGMA 3SAHA 3CCRN 1Z26A 5BPLA 4LFAK 3NH2A 4BVOA 2YNFA 2HHVA 1KVAA 3A0IX 4B3MK 5HBMA 3V9XA 3SYZA 3T7ZA 4DV0K 1HLUA 5AQSA 2W41A 1WOQA 3QIPA 4H03B 3THYA 1L3VA 4DV6K 1ZBHA 4B9QA 3KTQA 1OVYA 1D9DA 2QI2A 2O8BA 3NBPA 4JKDA 1WSJA 3PX4A 1GLAG 4RW9A 4W5TA 1LWCA 3WXKA 3EN9A 4CEBA 3G10A 2RE2A 1Q7YO 2HHWA 1HNIA 3OYMA 3O9RA 5GADP 4E7JA 4BROA 4NLCA 4BRMA 1ZC6A 4FK0A 1G99A 1QZ5A 1NJWA 4ELTA 3TPQA 4JV5K 1S6PA 3ID8A 1DGKN 3CYMA 5CZ2A 1YJNN 1W0HA 4DLEA 2D11A 3HK2A 1VQKN 1BL3A 3BP8A 1K73O 2B5JA 1M90O 1IO2A 2D0CA 4UY8O 3DJCA 4DR2K 1Q9XA 1KLMA 2QTDA 4JNEA 1VSFA 2J0JA 4WQ5C 1WAJA 2ZGZA 3ZSVA 3MEDA 3U4LA 4KB1A 3VF4A 5C15A 1NK8A 2FBXA 4L3QA 4FWKA 4BACA 2UUCK 3WEEB 3PVLA 1TL1A 4Y1DA 4RG8A 1RBTA 1GOAA 4JKAA 5AQGA 1VQ4N 3HVRA 1S1VA 1S1XA 3QLHA 1NGFA 3WXMB 1NLVA 4GVMA 2R82A 3TARA 3CJ9A 3NGYA 3CQYA 3LDOA 3DLGA 1ATSA 2VWJA 4IWVA 4CE9A 2P9PA 3JAMO 4F4KA 3AARA 1GLEG 2Y1IA 4CI6A 3EZWA 2WC9A 3VQDA 1Y19B 2ITMA 4WE1A 4FW2A 3D0PA 4ZRIA 3SK3A 5KRSA 3CPWM 3TAMA 1VSLA 1FJGK 4HCCA 2IVPA 4E7KA 3RMCA 2QA4N 4C1NI 2E6LA 4RW8A 1HKCA 1NGEA 1ZXOA 3MWPA 4ID5A 4BR0A 1U04A 2UU9K 4IJAA 5B8HA 3CCEN 3MX2A 4GKJK 4CF1A 5GAGP 4YOYA 3L2QA 2F8TA 4YDUC 1NK9A 4PKGA 2BH1A 1N36K 3J7AP 1Z25A 2EHGA 3CG7A 3PSFA 4ILJA 4BRNA 4BRFA 2FF3B 3QIOA 3PV8A 2GEMA 1FKPA 1JCFA 1DKGD 3D2EA 4H5NA 4CFCA 1BISA 4AM7A 2G8KA 3ENBA 5C12A 3SLCA 2E2PA 2G8HA 1S9EA 4OO1J 4W5QA 3LP2A 3ZDTA 2KHOA 1NK0A 3SI6A 4KH6A 4FJ8A 4QOZB 4JI7K 4DSLA 2A42A 3O4NA 5FPDA 5AJ3K 3DAWA 4DSIA 3BUZB 3MEEA 3CF5L 3HT3A 3VQ8A 4BWJA 5JMVA 4HUFA 1BA0A 3HTVA 4H8KA 1QVFM 3TTCA 3WT0A 4DKWA 3L3VA 4JYAK 3NVMA 2Q1NA 1J53A 3D2FA 3DWLA 2QEXN 3ZX3A 4M41A 3EKSA 4A5AA 3OJUA 3U9ZA 5AQHA 3G9WA 1TL3A 4A62A 4CJQA 4KI4A 3IVFA 2OPSA 2ASMA 3OJSA 3E9LA 1I94K 2Q36A 1RDDA 5BN9A 1VQMN 4M7XA 2G8VA 1KTQA 3CC7N 1HB6A 2CH5A 3ENOA 4KHQA 4FLZA 5EOYA 2GELA 4HVJA 2P9UA 1EO1A 2IDOA 1M1KO 3OYDA 3KHYA 3MX5A 4LH5A 4MQ3A 4JI3K 5HP1A 3P1GA 4M3WA 5F1XA 3FZLA 3OYIA 3KVGA 3FP5A 3CM6A 1TKTA 3ASMA 4W5NA 1C1BA 2RKIA 4DTRA 1RT3A 1R0AA 3HPOA 5C2FA 3WNFA 3AGKA 2BGGA 1YXQA 3V4IA 1J9AA 4LF5K 4KKOA 2QK9A 4CEEA 4J8FA 1YTAA 4MLHA 3LDPA 1CZ9A 2IOCA 4BE2A 1D9FA 2BTFA 3GOIA 3UKRA 1UA0A 2HMPA 4BRDA 3O3HA 4DU4A 1K8KB 3LM2A 4LH4A 2FSJA 4CF2A 4BG8A 4CHZA 1XNQK 1SL2A 4UQGA 1VSEA 5M1FA 2PFUA 4JKGB 5BPMA 1EWRA 2E2QA 3O5BA 3VEWA 4CIFA 3TTDA 2UXDK 1HYZA 3S3MA 4DV1K 1FW6A 1X3MA 1RT7A 2E6MA 2RF2A 4LF7K 4FL9A 4FYDA 3LP0A 3H1VX 1TAUA 2DPNA 3GE1A 3LDSA 3VEOA 1HKGA 4BRHA 4JI2K 3ENHA 4CHNA 3PUFA 4YL8A 1VAZA 2Z1IA 2V7ZA 2CGKA 4Z4GA 1RTHA 4KHYA 1VSMA 1NBWA 4CHYA 1OH8A 2IAJA 1NJYA 1XMOK 4H0TB 2HHUA 4LFBK 1EWQA 1VHXA 2YX6A 3V9ZA 3AO1A 4YY3K 3KWGA 4PWDA 1XUPO 2QWLA 3E1YA 1W9HA 2DFEA 4CGDA 4XH4A 3THXB 2O8FA 3WA0A 4DS5A 1GOCA 2UXBK 3KK3A 2Q97A 3AY9A 3QESA 4C8OA 1JLQA 3LALA 5E41A 2HBJA 1HR0K 4GV9A 3S41A 4K8XA 4OPAA 2Q0RA 2IIRA 3L4IA 2B6AA 5JLFA 2P9LB 2X74A 3U6FA 3LANA 4JKCA 4FJ5A 5C10A 3K5NA 3FZMA 4B9SA 3SPYA 4C1NK 1NK4A 5DMRA 4E7HA 2WFBA 1VQ5N 3C6AA 2NLXA 4CJ3A 3WQTA 3KD5E 2O8EB 1XWLA 3AU4A 4Z4HA 1T44A 4H5WA 3Q7BA 3DLBA 4ZRJA 3PX0A 1ASVA 2A1RA 2O8CA 4M7YA 4JKBA 3AV9A 3A8YA 4BC3A 2WH5A 4AH9A 5AR0A 1C1CA 4A57A 1Q8IA 5DK5A 1BWFO 2D1KA 5KRTA 4YOTA 3R1XA 1HNXK 4BQLA 4H4OA 1E5WA 3HL8A 2KZMA 4CJ4A 2PYLA 2J4RA 4CZGA 2F4VK 4OVLA 4FZZA 1JLFA 2YNGA 1SGHA 2IVNA 3FFKB 1ZBIA 4FK2A 5CYQA 5JLHA 1LCUA 3RRGA 2A3ZA 4DUYK 4DQQA 4G1QA 2HNYA 1TK8A 2F9TA 2ZJRL 4IBNA 3D6RA 4RCHA 3NGZA 1EF1A 2YKMA 2V52B 1HQUA 4DTSA 5J2PA 1LOTB 4J2EA 5EVZA 2RN2A 1YT3A 1VRTA 4RTFD 5I3UA 1N32K 2HVIA 3QO9A 4M3RA 4IOXA 2P5GA 2QWOA 3R6MA 3FZHA 4FWMA 4LY7A 4CZJA 4FJHA 2KFZA 1NGDA 2OZMA 2P9NA 3PZDA 2NZTA 1BA1A 3WNHA 3LL3A 1S22A 4OPHA 4CGIA 4BR7A 1WUAA 1RCHA 2F96A 3RVCA 1NKEA 3JS6A 1KD1O 3O08A 3PY8A 4CBXA 3CQ8A 3BINA 1HPMA 2YI1A 1T03A 3DLHA 2D0PA 1TKDA 4Z4FA 1ZBUA 3EYZA 1E4FT 3CD6N 2Z1GA 2R7YA 4TKNA 3EE8A 3AAPA 1ACAA 3O9UA 3LDQA 4JK9A 1JCGA 3SMSA 2IC3A 4C8MA 4MLEA 4NCGA 4FLWA 5SWMA 4JAXA 4FW1A 2P9IA 3I55N 4I9LA 4JI4K 3AGRA 3H08A 1TKXA 2XY5A 1C0UA 1ITGA 5AQFA 4YOVA 1KSPA 4CYEA 3H1QA 1WSFA 4IJNA 4IO9L 5KGXA 4BR2A 3IMXA 2VQFK 2QKBA 1IKWA 4AF1A 2HNZA 2P5OA 1HKBA 3SJHA 4FLUA 3U3YA 3RSEA 3H6EA 1HNWK 4KHPK 2GUIA 3VEZA 3DMJA 3UKUA 3KLFA 3SQ2A 4DQSA 3CMEN 5AQRA 4HHTA 4GW6A 1REVA 3NFAA 1YTUA 1BDGA 1RT5A 3ZT0A 4DQRA 2XRIA 2ZGYA 2YNIA 3OYBA 4NCAA 3VEYA 2FXUA 1YHQN 4HWIA 4NXMK 4MDBA 3PIOL 2FC0A 1S5JA 3IDHA 3HP6A 1HMVA 5FROA 2ZQBA 2GV9A 3TANA 5M1QA 2AP1A 4IFEA 1KVCA 1TYQA 5KPZA 3FFIA 4YOWA 4XIUA 3J7ZO 4FWSA 4EP4A 1FKOA 3CERA 1BU6O 2Q2RA 1RTDA 3AAQA 3HOSA 3OTOK 3AVKA 3LPTA 1C0GA 5C24A 3EY1A 4OGCA 4HTLA 3FLCO 3BDPA 3CFRA 3ITHA 4FXDA 1U6ZA 4LC9B 2G8IA 1VQ7N 4DG1A 5J2MA 1XHXA 3QMLA 4B9NA 3I0SA 1BO5O 2V7YA 4X62K 4B8CA 4F7GA 3V9SA 4FWNA 3GBTA 2GBZA 4E3SA 3F5TA 2IVOA 5EX5A 3HM8A 4F3OA 2VYPA 3B6OA 3AA4A 1WBDA 3I56N 1S6QA 3VPZA 4GV3A 4ICLA 4BR4A 4EHUA 4KPYA 3V6DA 1XMQK 1NMNA 4CEAA 4IDHA 4DFKA 4K25A 3CCMN 3OYGA 4CF9A 3ULEB 1NGIA 4WQ4C 4BRPA 3U9DA 3W0LA 3O80A 3R8EA 4FM2A 3P4IA 3ZSRA 1XQSC 4EIAA 4EAHD 2QKKA 4CHPA 3ID6A 2GUPA 4ZRKA 2JWKA 3VTHA 4DV2K 5BREA 2CQUA 3D45A 3ISNC 4WYBA 4AQYK 3WXJA 3TU5A 3K9KA 4BRGA 3CC4N 4JKGA 1Z05A 3OBYA 3ZLJA 5EU7A 3O4WA 3ZEUB 1ESVA 2J0MA 4I6MA 4EP5A 5DM6L 3VGKA 1SKSA 2JWLA 2VG6A 1VBHA 4N76A 4DV4K 4JI0K 4FJNA 3THVA 1X1PA 4J2BA 4LD0A 4FOIA 1V4SA 3MN9A 3O4QA 4DR1K 1TV6A 3SNNA 1XC3A 3AVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9O A;  4JKD A;  3E9L A;  4JK9 A;  3SBT A;  4JKF A;  4JKC A;  4JKA A;  4ILJ A;  3E9P A;  4JKG B;  4JKH A;  3SBG A;  4ILH A;  3ENB A;  4JK8 A;  4JKE A;  4JKG A;  4ILG B;  3E66 A;  4JKB A;  4JK7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVF A;  4GMJ B;  3L4Q A;  3M8P A;  5ADX A;  2O8B B;  3NDK A;  3AVG A;  2ATQ A;  4DU1 A;  3QET A;  3P83 D;  4E1N A;  2RPI A;  4O44 A;  3Q7C A;  1C0T A;  3SZ2 A;  4FWR A;  3VQB A;  1CZB A;  4N56 A;  3CFO A;  1WNS A;  3R9P A;  4B1V A;  3OYA A;  1RIL A;  1QQO A;  1JXB A;  3EKU A;  4Z4E A;  4MFB A;  2O4I A;  2H3G X;  5FLX O;  4IKF A;  1D5A A;  4CJK A;  3EL2 A;  5CHI A;  1F21 A;  5I9E B;  3M8R A;  4HDQ A;  5GIN A;  2FSK A;  5BR9 A;  2DTU A;  2FJ9 A;  3SAF A;  1WB9 A;  4NXN K;  1QSL A;  1RT6 A;  3OYK A;  4KRF A;  3GL1 A;  4Q0B A;  2NRV A;  4JHD B;  4OGE A;  3LPU A;  2I7N A;  3F9M A;  2P9S B;  4CFD A;  4F3T A;  4B1Y B;  1EX4 A;  2X6S A;  4ELV A;  4XH1 A;  2F9W A;  1U45 A;  5GIP A;  3AO4 A;  3FZF A;  1W7A A;  4FWQ A;  5E84 A;  3TTF A;  3KJV A;  4JKE A;  1EET A;  2X0S A;  3H3N O;  4W5R A;  2A40 A;  4DUZ K;  1SQK A;  2WON A;  3QIJ A;  5AQP A;  3LWM A;  2HND A;  4YOU A;  2J0K A;  4C8L A;  1NMD A;  4B8A B;  1WBB A;  2VG5 A;  3HI0 A;  3JXU A;  3OYH A;  4B08 A;  2KFN A;  1LW2 A;  5JIC A;  4CEF A;  3GDQ A;  5BRD A;  1KCF A;  3FR0 A;  3O1B A;  3CM5 A;  3M6G A;  3EZ5 A;  2E88 A;  1U47 A;  3MN6 A;  1JLA A;  2HBL A;  4QAG A;  5FPM A;  1RTJ A;  4FJI A;  4WFN L;  3RSE B;  4M3T A;  3CPE A;  5AQI A;  1GLD G;  3ZT4 A;  1H4R A;  4IFV A;  3DLK A;  1VBG A;  1MDU B;  3I33 A;  5HLF A;  1RBS A;  1WAF A;  2ZD1 A;  1N33 K;  3D2E B;  1SAZ A;  3T1A A;  4V19 S;  3T3F A;  3NGI A;  2Z1J A;  3OS0 A;  3WXI A;  3CJA A;  1U49 A;  5AQQ A;  3E9O A;  2HB5 A;  2IGI A;  2NRW A;  4ZHR A;  1SS6 A;  2XHB A;  3ZSZ A;  2A41 A;  4J2A A;  4DSK A;  4CJP A;  3OYC A;  5C2D A;  4C8K A;  1RT4 A;  2PZS A;  3QEP A;  1JCE A;  4A2B A;  1VSD A;  4NY0 A;  1RBR A;  3KKR A;  5AQJ A;  5D3G A;  2GTD A;  3S3N A;  1K8K A;  4DR7 K;  1NVL A;  2OZS A;  4GKK K;  3D2F B;  4DF4 A;  3HOT A;  4ISG A;  3KKS A;  5HRR A;  3K5L A;  2HHX A;  5AFU A;  3O3G A;  3M3Z A;  4DS4 A;  3K0S A;  3IKM A;  3CC2 N;  4B3S K;  5AQU A;  2P9L A;  3TSP A;  4CJE A;  4BGB A;  2E5L K;  2QW9 A;  4DTO A;  1TK5 A;  3K5M A;  3ULE A;  3QBW A;  3KLH A;  2GWK A;  1T6C A;  4EZ6 A;  5GAH P; 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