3E9OA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1836-2092
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9oA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9oA01
4JKFA 4JKHA 3E66A 4JKAA 4JK9A 4ILJA 4JK8A 3SBGA 3E9PA 4ILGB 4JKDA 4JKGA 4JKGB 4JKBA 3ENBA 4JKCA 3SBTA 3E9OA 4JKEA 3E9LA 4ILHA 4JK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K43A 5AQNA 4DFJA 3QB0A 5I42A 4G9ZA 3VQ4A 1ATRA 3HPHA 3LM9A 1UA1A 4OX9K 4UY8O 5C12A 5KQDA 5M1KA 3EE8A 1R0AA 1JLCA 4DR4K 1HPZA 1WNSA 3VOVA 3TTFA 1HQEA 5ADXH 1YUWA 3VEWA 5AQKA 2NRRA 3D6RA 2RQ1A 3A8YA 2HHTA 2UUAK 3OYAA 1B9DA 4H4MA 2PY5A 1GOBA 4CGDA 1YF5L 2XHBA 2XY6A 3I33A 3IG1A 5KGXA 2YVCA 3ZT4A 1SKWA 3NBPA 5B8HA 1KLNA 3Q7CA 3KLFA 1V4SA 3AVFA 3C94A 4LF8K 4N47A 3NVKA 1DT9A 1ESVA 1C1AA 3LM2A 1WBBA 3QNOA 1ASWA 3KD5E 4H5TA 3NF6A 5C10A 4RG8A 1HKCA 2ZGZA 2W40A 2KFNA 4CK2A 1IKXA 2QWRA 1VQ7N 1O1WA 3O9QA 3CCMN 3ZSVA 2A1RA 2ZPYA 1RDDA 5BREA 4W5OA 1W2BM 1NLVA 4DR3K 4DQSA 3CJ9A 5I9EB 4B1UB 4C23A 4DS5A 2A1SA 2B6AA 5F1XA 2HBMA 3PO5A 3MN9A 4F7GA 1RTJA 3MECA 4FWRA 3CCUN 3LZJA 3SMSA 4FM1A 2YNGA 3VTHA 3ITHA 4CGHA 4IWVA 2UU9K 4XIUA 4DWIA 1WSGA 1RTHA 3VF6A 2BTFA 3ZT2A 4B9TA 3G0ZA 1QVGM 2E2OA 4B3RK 1NBWA 1NGFA 3CCLN 1QQMA 3WXJA 3J80O 1VSMA 3O08A 1FXXA 3UKRA 2HRJA 4CI6A 1J5EK 4H0VB 4CFDA 1BUPA 2ZE2A 3EZWA 3ASMA 2EHGA 3CFPA 1TAUA 2GELA 1HMVA 1KAZA 2HNDA 2HMIA 3MXJA 4CEBA 1J54A 5CR4A 1X9WA 1S1XA 2IAJA 3LWMA 3SYZA 3CQ8A 3V9SA 3QEPA 4ZTFA 3FZFA 3WUHA 4IEEA 4JI3K 5SWMA 3ENOA 4FJ7A 3P5JA 4FM2A 4NCAA 3G25A 4NYFA 4CJKA 4MLHA 3RR7A 5HBMA 5HP1A 4CZFA 2AL6A 1D4XA 3NF7A 3OA9A 3BF1A 2YV0X 4LFCK 3CD6N 4CGIA 3ZEUA 3O4WA 4DTPA 1WSHA 2FXUA 5KTQA 4BDZA 1VSEA 4KHSA 1QVFM 2A6AA 2V7ZA 3BINA 3RMBA 4DTUA 4LF7K 2G8KA 2QWOA 4QS8A 3EY1A 3DOLA 4CGGA 1ATSA 4RW7A 4A2AA 4DSIA 4BQZA 3OYGA 3E66A 3AARA 3GL1A 2NLXA 1TUYA 3T1YK 3CJ7A 2QA4N 4JI8K 4FK0A 1M90O 1ZBUA 4GV3A 1YIJN 1XNRK 1EQYA 4QS7A 3DLBA 4NLBA 3OYEA 1VSLA 4J2DA 1BQMA 1YAGA 5J2NA 5J2PA 4GV9A 2A42A 3KK7A 3DLRA 4BC2A 1ASUA 2P9IA 4JKFA 3DAWA 3THYB 1NK6A 2D0PA 2I1KA 1MWMA 4CYEA 2GBZA 2F8SA 3K9JA 3HPGA 3T3FA 2KW4A 4BGAA 1VQ5N 5AJ3K 4CZKA 1T05A 3E9PA 3M8SA 3ZYYX 4QOZB 3S41A 2R7YA 5AQVA 3O8MA 2KZMA 3SMPA 3WXKA 4F3OA 3DMJA 3WEEB 3JYTA 4KAZA 3D0PA 3TANA 4FPBA 3VEVA 2B4JA 1NJXA 1RDBA 3SK3A 3THYA 1NK7A 4RW6A 4FLVA 3THXB 1F21A 2FBXA 4XH4A 3HP9A 4BRFA 4H5VA 4CBXA 4CEQA 1RBTA 2P1JA 4CIEA 1VSJA 4CIFA 4KHNA 4HUGA 1LV5A 3PIPL 3EO3A 4X64K 2VGNA 1XC9A 3GG4A 3WEEA 4JKCA 4Q5VA 3FE1A 2FC0A 4DU1A 4FWLA 1WSEA 3C95A 1JLAA 1T44A 2D11A 3T19A 3M3ZA 1N5YA 4IDKA 2AA4A 5JS2A 3KHYA 5H1SQ 2CB8A 4JK8A 2WBNA 3A5OC 3SQ1A 2HNYA 4CZHA 3CF5L 3KWGA 4CFBA 1L3SA 1KD1O 3CYMA 1RT1A 3DLGA 2E2NA 4ISEA 4B3MK 4JKEA 3JXUA 4MO5A 4I6MB 4OPAA 4CVNE 3T1HK 4ICLA 3VEXA 3O9UA 3P38A 3MEEA 3OYLA 4IO8A 4ZRIA 2VQEK 2F9TA 5J1EA 4H0TB 1GC6A 3NGIA 3S3NA 4B9QA 3PV8A 3ZSXA 3QDKA 2D2QA 3LP1A 3ZX3A 4BE0A 3AVKA 4KO0A 2ZJQL 5AQIA 4IO9L 3SNNA 4I6MA 1M1KO 3MN5A 2COPA 4KBOA 4BE2A 2UXBK 5C2DA 1HPMA 3RMDA 4PUOA 4N5SA 1WAFA 1XC3A 4AHSA 3P39A 3H46O 4GMJB 4CHZA 1X9JA 1NWKA 4H03B 5KPTA 4CBUA 1VSKA 3TSPA 4KTQA 3CCQN 2KFZA 3H3OB 3UKUA 3OBYA 2X6SA 4JK7A 5AQTA 4ZHRA 1NJWA 3E1YA 1VSFA 2XY7A 3OYKA 4B9UA 4JS4A 1KAYA 4KV8A 2W6LA 4B1ZA 3IKMA 4IOXA 2W6KA 2BANA 3K9KA 3K5MA 1JLQA 4ILGB 3PVLA 3RRGA 1T3VA 3LDQA 3M8RA 4YDUA 3TWHA 1YJWN 1CXUA 4KFBA 1XWLA 5DM6L 1TYQA 2E2QA 4AHVA 1NI2A 1B9FA 4KHWA 3AVCA 1BG3A 1SGHA 5T7BA 5AZIB 1U49A 2HVHA 1D8YA 5AQWA 4KHUA 1SZ2A 5AQGA 3VTIA 4DF8A 3I56N 1J19A 4FWOA 1L3UA 2CH6A 3ZDTA 1B92A 3KIOA 4HDOA 3DRSA 1JJ2M 3VQ9A 3PUFA 3AVIA 1RDAA 3CERA 5AZIA 5AQSA 2IVNA 4CESA 4FJ8A 4CZGA 3RTVA 3FR0A 4Z4GA 4Z4CA 3O5BA 3WNGA 2O8BB 4CEDA 5HRPA 4DQ8A 3VA3A 1U04A 1OVQA 3TTCA 1IBLK 1Z05A 3IMXA 3LPUA 3CJCA 1VHXA 4YNQA 1HKGA 3V1OA 4IOAL 3UE5A 4B08A 4PQUA 3HVTA 3HP6A 3AU4A 4CJWA 1WSFA 1Q86O 4CF0A 1VSHA 3CHWA 4Z4IA 1RTDA 1NKEA 4JN4A 3KLEA 4J2EA 1ZBFA 3OS1A 2O8BA 3MN7A 1ZBSA 3SBGA 4WFBL 3MCPA 1VQ4N 1SQKA 1BCMA 3W3DA 1BIUA 3ZX2A 2XY8A 2HF3A 4IDHA 1OH7A 3ZT0A 1NGHA 2P9UB 1VQLN 4A61A 1VK0A 5EVZA 3FLVA 2F96A 2OYQA 3AGKA 1IG8A 5FRNA 5CZ1A 3VQQA 4BRAA 4DV6K 1JCFA 3ULDA 4A57A 2E2PA 5M1FA 1T7PA 1GLCG 1C1BA 3QIJA 1SV5A 5AQRA 4EIAA 4HTLA 3ZSWA 3TABA 3LDPA 1J5OA 1RDCA 4CD3A 5LL6Z 1LCUA 3U6FA 4I9LA 2P9UA 3QIOA 3AVGA 1IBKK 2UXDK 2DFHA 1KC8O 2J0MA 5K14A 1UA0A 4LC9B 4PL8A 3CC7N 5GADP 1TK8A 1LWEA 4M3YA 1KSPA 4M3ZA 3SQ4A 3K58A 1MK9B 4O5FA 1EF1A 5LMUK 1S9EA 4FL9A 2Q3SA 5CYQA 3VQ8A 3L2UA 4KKOA 4JI1K 4CCHA 3DM2A 4FJ5A 1KFDA 1NGAA 3LDLA 3L2QA 3ZCMA 2HSTA 4ID5A 4BRKA 4CJFA 5BRDA 4FJXA 1T6CA 1NGGA 1JCGA 1NU0A 3C6HA 5FROA 4JRQA 3RSEA 4DV0K 3P83D 3B6PA 4IFEA 1P90A 1S22A 4JRPA 4E7HA 2P9KB 4FWQA 5AQXA 5LY3A 5AZJA 1GLBG 4W5QA 3S9HA 1VBGA 4NY0A 1VQ8N 2HOEA 3BZKA 3IVFA 3EKUA 4B8CA 4CFCA 2E5LK 3NF8A 3KK1A 1ATNA 4PA1A 4DR1K 2RHKA 3OVNA 4F8RA 2RF2A 2LSNA 3QETA 2KHOA 2P9KA 1WSIA 3CCSN 3QNNA 1K8KB 4BROA 4IXCA 3FLCO 4FWNA 4B8AB 1S1UA 2B5JA 1NK9A 2Q36A 4BRNA 1MDUB 3I8BA 2YNHA 3PX0A 1NGEA 1HQUA 2QKKA 4KTZA 3BUZB 3A2FA 5F0XA 2FBYA 1VSDA 4X65K 3I0SA 5BN8A 3TAFA 2P9SA 1BA0A 2QI2A 4YOYA 2E1ZA 2Z1HA 3L6QA 4BR2A 3K57A 2JGUA 4FWPA 2HHHK 3WXMB 3HM8A 2HB5A 1WN7A 3O3HA 3PLAA 5AQPA 2VG5A 2UUCK 3LZIA 2OPSA 4WQ5C 4FPAA 2HHXA 1QZ6A 4UQGA 4DQPA 2Y1IA 4X66K 2OPPA 3NMUA 4DLEA 3HO1A 1A5VA 4Z94A 5EU7A 3T1AA 4EP4A 4JKGA 3HM9A 2YX6A 4NXMK 4KI4A 4ELUA 2YKNA 4A2BA 3QMLA 4NYNA 1BIZA 1KCFA 1EWQA 4KPYA 4C1NK 4CHQA 4CEZA 5HRSA 4LH4A 3TU5A 3NH0A 3HVRA 3KWIA 2ASOA 3AA2A 4QCLA 4JAXA 3J7ZO 3HOSA 3V9ZA 1HNZK 3M8QA 1X9SA 5TKWA 2I5JA 4KTWA 4RCHA 2WC9A 3CMEN 1Q18A 5FRMA 2O4IA 2CGLA 5EY4A 2RKIA 4B9SA 2HBKA 3LDOA 2OTJN 1WAJA 3SCXA 2QEXN 2E4LA 3WQTA 1RBSA 3VMFB 4BC3A 3CMAN 3FFKB 4CJRA 3VGMA 4O55A 2HE7A 3VQBA 4KHPK 2HVIA 3UKRB 4CHYA 1GGOA 3OS2A 4BQLA 4IZ9A 1NKCA 2PAVA 3I8DA 3DYAA 2J4RA 1BISA 3G6EN 3SPYA 3AVHA 4BR7A 2HMPA 4TSXA 2VG6A 1LW0A 4DSKA 1RDUA 4DQQA 2AJQA 1OVYA 4JI5K 3HZ6A 1D9FA 4FJGA 3LPTA 4JHDB 4W5RA 2Q31A 1ACAA 1C0TA 1HKBA 4BRLA 5DMRA 1S6PA 1S6QA 2D0CA 1GLFO 3TPQA 3OYIA 1JLBA 1IH7A 5AQJA 5C2FA 3DWLA 4DV4K 2A41A 2OCEA 1BI4B 4DSEA 3PSIA 1J9AA 1BA1A 4BREA 3RRHA 1VBHA 3ZEUB 3WT0A 1E4GT 2UXCK 1GLJO 4JHDA 1SUQA 4CJ7A 1KBLA 3L0QA 3H1VX 1BCOA 3NGZA 4OKEA 4FJLA 1JDEA 3VA0A 1BI4A 2ITMA 1X9MA 2UUBK 4E7IA 1HNXK 4B3SK 4HWIA 1U45A 1WB9A 2QKBA 2PZSA 3AGRA 4R79A 3UIQA 2D10A 4CJQA 4K0KK 5JICA 1N32K 1WSJA 3E01A 4IFVA 4J8FA 3K0SA 4OO1J 3VGLA 4Y0WA 3SV3A 1RNHA 4NCGA 1VQMN 3SAGA 1NJYA 4JV5K 3GBTA 2JWKA 1WLJA 5A2QO 5TKYA 5SZTA 3CPWM 3IFRA 2QXLA 2NZTA 4GKKK 1GLEG 2H3GX 4FJHA 4FJNA 4YFUA 4AHRA 2P9IB 2FSKA 4H0XB 3HPOA 2Z1JA 1NOZA 4MO4A 2ASPA 4O8UA 4IG3A 2PYLA 3PIOL 2YHBA 4MQ3A 1OKJA 2W41A 4B3TK 3U3GA 1Q82O 5C24A 5I3UA 5EXWA 5M1QA 4BR4A 4HUEA 4J2AA 1BU6O 3AA4A 2QWNA 2DTUA 4OPHA 3WNFA 4JI2K 1I3AA 3LDNA 1Q9YA 4FYDA 1RDWX 3EE9A 5HOOA 5AFUA 1N34K 1W0HA 2YHYA 1U2VB 3EPYA 3U8XA 2CGKA 4NLCA 3V9XA 3VENA 4GVMA 1ASVA 3BGRA 4FK2A 2VWJA 1KAXA 5AQLA 1ZXOA 4E7LA 2ZJRL 2YCHA 4LSNA 1HX1A 5LMNK 4CGJA 5JS1A 4CJ5A 1C0FA 1N36K 1U2VA 1HJOA 1VQKN 1NGDA 3CCVN 4BE1A 1ZBLA 2VWBA 4DCHA 1QE1A 4OGEA 3FZLA 2WOMA 4DSJA 1KVBA 4RWTA 4BVOA 4U67L 4HTUA 5GINA 4YOTA 1GLDG 1V4TA 4CHNA 4KHQA 1RGIA 1YVUA 1D9DA 3ZSQA 3F9MA 2HHWA 3HJFA 4FVMA 4N41A 2G8HA 2G8WA 3HK2A 3RVCA 5MLCQ 1IKWA 5EOYA 3HI0A 3OJUA 4K41A 5D3GA 2EX3A 1XHZA 1ZYQA 5M1OA 1HB6A 2A40A 1JXEA 1G15A 1BOTO 1QHTA 3J7YP 2XRIA 4BRPA 4B3OA 4BG9A 4Z4EA 4GV6A 5C15A 4YORA 3NVMA 4CEAA 2D0OA 5E41A 3UKUB 2HF4A 2KQ2A 2DPNA 4H0OA 4DR7K 3V9WA 4DMNA 2WUSA 4DR5K 4KH4A 4FZZA 3SLCA 4B9VA 1RFQA 4CW7B 3SJJA 3R8EA 5HRNA 3JSMA 2E20A 4RTFD 2QWQA 2RN2A 1HRHA 4IJNA 4CJEA 2P9LA 4KH6A 1TYQB 3L3VA 3PO4A 4PWDA 4CF9A 4CGFA 3I55N 3QBXA 4H5NA 3LAMA 3PSFA 3OHRA 3VQCA 4B1VA 1O13A 4EHTA 3O9TA 1XMQK 2QWMA 1Q9XA 4YOUA 3QERA 2HBLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKF A;  4JKH A;  3E66 A;  4JKA A;  4JK9 A;  4ILJ A;  4JK8 A;  3SBG A;  3E9P A;  4ILG B;  4JKD A;  4JKG A;  4JKG B;  4JKB A;  3ENB A;  4JKC A;  3SBT A;  3E9O A;  4JKE A;  3E9L A;  4ILH A;  4JK7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4K43 A;  5AQN A;  4DFJ A;  3QB0 A;  5I42 A;  4G9Z A;  3VQ4 A;  1ATR A;  3HPH A;  3LM9 A;  1UA1 A;  4OX9 K;  4UY8 O;  5C12 A;  5KQD A;  5M1K A;  3EE8 A;  1R0A A;  1JLC A;  4DR4 K;  1HPZ A;  1WNS A;  3VOV A;  3TTF A;  1HQE A;  5ADX H;  1YUW A;  3VEW A;  5AQK A;  2NRR A;  3D6R A;  2RQ1 A;  3A8Y A;  2HHT A;  2UUA K;  3OYA A;  1B9D A;  4H4M A;  2PY5 A;  1GOB A;  4CGD A;  1YF5 L;  2XHB A;  2XY6 A;  3I33 A;  3IG1 A;  5KGX A;  2YVC A;  3ZT4 A;  1SKW A;  3NBP A;  5B8H A;  1KLN A;  3Q7C A;  3KLF A;  1V4S A;  3AVF A;  3C94 A;  4LF8 K;  4N47 A;  3NVK A;  1DT9 A;  1ESV A;  1C1A A;  3LM2 A;  1WBB A;  3QNO A;  1ASW A;  3KD5 E;  4H5T A;  3NF6 A;  5C10 A;  4RG8 A;  1HKC A;  2ZGZ A;  2W40 A;  2KFN A;  4CK2 A;  1IKX A;  2QWR A;  1VQ7 N;  1O1W A;  3O9Q A;  3CCM N;  3ZSV A;  2A1R A;  2ZPY A;  1RDD A;  5BRE A;  4W5O A;  1W2B M;  1NLV A;  4DR3 K;  4DQS A;  3CJ9 A;  5I9E B;  4B1U B;  4C23 A;  4DS5 A;  2A1S A;  2B6A A;  5F1X A;  2HBM A;  3PO5 A;  3MN9 A;  4F7G A;  1RTJ A;  3MEC A;  4FWR A;  3CCU N;  3LZJ A;  3SMS A; 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