3E9PA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1827-2092
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9pA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9pA01
4JKCA 4ILJA 3E9PA 4JKHA 4JK7A 4JKFA 3ENBA 4ILGB 4JKGA 4JKGB 4JKDA 4JK9A 4JK8A 4ILHA 3E9LA 3SBGA 3SBTA 3E66A 4JKAA 4JKBA 4JKEA 3E9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAYA 1TKTA 3HXMA 4CECA 1JXEA 1FXXA 4PKHA 5AQKA 2V7ZA 3TWHA 4FJ7A 1KLMA 5I9EB 3NGZA 3LDOA 1JLFA 2P5OA 2RQ1A 1WN7A 4B1ZA 4B1WB 5BN8A 3SQ2A 4KBOA 3PVLA 2WBNA 4A5BA 4HHTA 4FOIA 3HVRA 1KVAA 1L3TA 3I33A 4HTLA 3CC7N 3P38A 4KKOA 2OPRA 1ZBFA 5BRFA 3VGLA 5BRDA 1YJ9N 1WBDA 4YOVA 2HVHA 5F0XA 1WB9A 1RDAA 3CHWA 1CZAN 4CFBA 4RTFD 3NGYA 3ZYYX 3K58A 3QETA 1FJGK 3VEXA 3SV4A 4OKJA 1XUPO 2A3ZA 4CF9A 5AQPA 4CEQA 2V7YA 5GAGP 5KI6A 4LFAK 1SL0A 1EWQA 1NJXA 3I55N 2QK9A 4OVLA 1WOQA 3BEXA 3EKSA 4FLXA 3T1HK 2PFUA 1D9FA 5CYQA 3EZWA 3M8QA 2DFEA 5AQTA 2ASPA 2VWBA 4IFYA 1JXBA 4G1QA 4BACA 3LDPA 3VOVA 3J7AP 1HNVA 2UYTA 1EKEA 1YXQA 3EE9A 3NF8A 3MK6A 3ASMA 5IJMA 4KTWA 3U3GA 3ID8A 1U48A 2YHAA 4X66K 1WSEA 3C6TA 3PUFA 1Z26A 5FPDA 1VSKA 1Q18A 4RW7A 3R6MA 3CI5A 1OH8A 4IOCL 3DLGA 4ISFA 3N4PA 5F1XA 2LSNA 4XIUA 3SPYA 2IVOA 3DXMB 4EAHD 2AJQA 4WCEL 3ZETA 4JKBA 4BRKA 5M1OA 2QI2A 3LP1A 2HW3A 2QWOA 4FK0A 1N36K 3CG7A 4FPBA 4KH5A 3VEWA 3QIJA 2ASOA 2LBBA 1C6VA 3QIOA 5M1PA 4FPAA 2CGJA 4JI6K 2HNZA 2YJEA 3HRGA 5JMVA 1JLCA 4BG9A 3AARA 1Q82O 1X9JA 1VQ4N 3VTIA 4IO9L 5BR9A 3U9DA 2OZMA 4OPKA 5KPRA 5H1SQ 1YAGA 4OGEA 1B9FA 2BDPA 4LH4A 3UB5A 1EO1A 1Q7YO 3KK1A 5HROA 4E1NA 4K0KK 3M8PA 5LJWA 4ELVA 4KHNA 2O4IA 4NLCA 2P9LB 3TPQA 4B3MK 1ZXOA 4JKDA 1XQSC 3ZX2A 3T7ZA 3WNGA 2GV9A 3VTHA 4W5NA 1KBLA 1KAZA 2F8SA 3OJUA 3U3YA 4ZHRA 3NH2A 4IBNA 1LOTB 3TI0A 1T7PA 1TKZA 3L6QA 1QTMA 1RDCA 4QCLA 1XHXA 1KC7A 3OYNA 4DFJA 3KKSA 4NB4A 1X9WA 1KXPA 4CJLA 1LV5A 1BA0A 1DTTA 4FXDA 4BGBA 3TABA 1QZ6A 4DTUA 4AQYK 1U45A 1MU2A 4W5TA 5LY3A 1IBMK 4IOAL 1K6YA 3EEQA 1HQUA 1K8KB 2QWQA 3OYFA 1BOTO 2YVCA 4FJKA 4W5RA 3L0QA 3ISNC 1VSFA 3WNHA 1DEJA 5J2MA 2NRWA 4B1UB 3CERA 4C1NK 1HLUA 3H3NO 4Y0WA 1EWRA 1Y97A 1QSYA 1JLQA 3MN7A 2FF6A 3MN6A 3ZDTA 3ZSZA 1VRUA 1WAFA 4M3RA 1S1TA 3FP5A 4DF4A 3S41A 4Q5VA 4ILHA 4N76A 1YVUA 3HVTA 4JRPA 4FWLA 1BGXT 5FDLA 1J5OA 3O1BA 2YNFA 4BRMA 2AA4A 4BVPA 3C7NB 2O8CB 3ENHA 4JNEA 4JRQA 2IGIA 2FBTA 3CCRN 4M3YA 3V4IA 3THYB 1E4FT 1A5WA 2D5RA 2OZSA 1L3UA 3TTDA 4LF7K 1FK9A 3IUCA 4F3OA 4RW9A 2OCEA 3CCQN 3G25A 4F2RA 2FJ9A 1RBVA 4DTRA 1RT7A 5FROA 1IKYA 4JKCA 3TSUA 2A1SA 1IBLK 3PX6A 4JN4A 4AHRA 4FM2A 3HPHA 4LY7A 4CIGA 5JLHA 4CGHA 1ZBUA 3D45A 1N6QA 4ICLA 4AHUA 5HP1A 4M3ZA 5CY4A 3DLKA 3OS1A 1S3XA 1K8AO 4BRFA 3ZSWA 4ZRIA 4FZXC 4BC5A 4KI6A 1MWMA 3C6UA 4OLBA 2HF3A 5LL6Z 4M41A 4CZJA 3C95A 5KGWA 2HHTA 3E9OA 1J6ZA 2PZSA 2FC0A 5CHIA 3O6WA 4WQ5A 2QXLA 1HKBA 4DCHA 2IOCA 1BQNA 4CJKA 1U49A 1SL1A 4LF8K 3IRXA 1RT1A 3OYMA 4IG3A 3VF2A 2GX9A 2V52B 1Q9XA 3IS9A 4NYNA 2D0AA 1X1PA 3TTFA 4DR1K 4H4MA 1Y64A 4IJAA 3MXJA 3ZX0A 3QINA 3HYFA 4QOZB 3OY9A 4BC3A 3IDHA 3RR8A 1REVA 3LALA 3MX2A 2PY5A 4JD2A 4FSVA 3MCPA 1RTIA 5AQJA 3D0PA 3DLBA 2KFZA 4DU4A 1HPMA 3NBPA 1MK9B 4EKUA 1XC9A 1LW0A 3UKUA 2E2NA 5C10A 4ZRKA 5DK5A 2BH1A 4BRDA 5M1NA 3MXMA 2BUPA 4CIFA 5HRNA 4DQIA 3KZBA 1NK9A 3DI6A 2HMPA 3EN9A 1GLCG 4WQ4C 1BL3A 1T03A 4K8XA 4RG8A 2IIRA 4FLYA 4JKGB 3N4QA 3O9SA 2GWJA 4JI1K 3WEEA 3NDKA 1SZ2A 2PBDA 1LWEA 2O8FA 1RTJA 3I0SA 1HPZA 2W6KA 2HBMA 3RTVA 4CJWA 3TARA 1YVNA 3NCIA 2D0PA 3BF3A 4CEAA 2HBJA 4OGCA 4EFHA 3THWB 5LJVA 5B8HA 2GBZA 4IDHA 3O4QA 3TAGA 1RILA 4CF1A 3FLVA 5M1FA 2ZPYA 5DM6L 3VESA 4KI4A 3VQPA 1IG9A 1S22A 5EU7A 1JLGA 1N33K 5EX5A 4A62A 1NI2A 3GBTA 2E6MA 2E2OA 4CCHA 3L2QA 5GIOA 1KRPA 4E7HA 4H5WA 3BP8A 5KTQA 4CFCA 1HNIA 4CHQA 3G9WA 4CEEA 4TKNA 3ZSVA 5AQSA 2RF2A 1VHXA 1QHAA 2NNWA 4N5SA 3AO3A 4B8AB 1JL2A 4DTXA 1HYSA 2NRZA 1VQNN 3BDPA 3FFKB 4C23A 5HLFA 4X65K 5J2QA 3CJBA 2VWKA 1ZBSA 4LD0A 1E5WA 3CCMN 1SKRA 3HOTA 4H4OA 3MN9A 3NVKA 1IJJA 3DRPA 5EXWA 4FWMA 1ISNA 3CFRA 3QEPA 2RPIA 1S6PA 4JI2K 3E1YA 4BRAA 4E3SA 4CGJA 3KKRA 4CF2A 1RBUA 4B3SK 2ASMA 3ZT1A 4FWRA 1QE1A 2R7YA 1Z05A 4OO1J 3NF9A 2B5JA 1VQMN 1NK8A 4OLAA 4BRNA 4BRPA 1WAJA 4DKWA 4DXAB 2EHGA 3ZEUA 1JJ2M 3K5NA 1GLFO 5CYMA 3OYIA 4Q0BA 4CBWA 2D2QA 3T1YK 2XY8A 3AVBA 2P9SA 4NCBA 4KH6A 4PUOA 3U8ZA 1NM1A 2OANA 2P51A 1NJWA 3MAQA 5HRRA 3KVGA 2VG5A 1SGHA 3K5OA 2P9NA 3O9TA 2HVIA 4A2AA 5F2RA 3DLEA 4CGFA 4M42A 4J8FA 4FJHA 4XH5A 1KFSA 1J5EK 4KHYA 1VSEA 1GLLO 5AQFA 3WXJA 1IKXA 1SQKA 4NY0A 3X23A 1IO2A 1NGDA 2HNYA 4DTOA 4F7GA 2NRVA 4FJ5A 4FLTA 1WSGA 4CJVA 4AHVA 2WFBA 3J8AA 2PYJA 3VQ5A 2NZTA 1U47A 1UA0A 3D2FA 2QWPA 3AVJA 4F2SA 4CZIA 4DFKA 1OH5A 1TGOA 1JL1A 1ASWA 3ZT0A 3KHYA 4NCGA 2ETJA 3AVAA 3S9HA 1T8EA 5AZIA 4MFBA 1S1UA 2P5GA 3SK3A 4IFEA 3K57A 2YKNA 1UAXA 2QWMA 2AP1A 2X6NA 3SJHA 4I2PA 3MWTA 4H5VA 1H4RA 3CC2N 4CBUA 3SJJA 1VQ9N 1EF1A 5JICA 2KQ2A 2KHOA 4BWMA 3MEEA 3L3VA 3CCVN 4YORA 2F4VK 4CJQA 2I7PA 3RSEA 3QEXA 1BQMA 1XHZA 3H6EA 3C65A 1YJWN 1RDBA 4C8MA 4CJFA 1ITGA 1YT3A 4NXNK 3D6RA 1RTHA 4BE0A 3W3DA 1LW2A 3O3FA 1GOAA 3VQAA 4ID5A 3CJAA 3OVNA 2G8WA 3E66A 3VPZA 4CJ5A 1QQOA 3AVLA 1QVFM 1GC7A 3B6PA 3G0ZA 1MDUB 5JS2A 2Q0UA 3V9SA 5GAEP 1L5UA 3AVHA 4Z4GA 3HSCA 2P9PB 1VRTA 3DJCA 3UKRA 3ZT2A 2J0KA 1ACAA 4F9OA 1LAWA 5KPZA 3SUPA 1QZ5A 2COPA 3KIOA 4HCCA 4PY5A 2OPQA 3CJCA 5AQIA 4N47A 4Z4CA 1IV0A 1VQLN 4GV6A 2FBXA 3P83D 2UUCK 4JI0K 2ABDA 2W40A 3SI6A 4PHTX 4FLUA 3SZ2A 4FVUA 2E1YA 4J2DA 4J2EA 4FJNA 3IMXA 3GOIA 1WSJA 1WBBA 4CW7B 4M3TA 4KPYA 3O08A 1NOYA 2P9KA 2A5XA 5HRSA 4KHPK 4HCBA 3SMSA 4HDQA 1KAXA 1NGEA 4DLEA 4YDUC 3TU5A 2DFHA 2KZZA 2YNGA 4BRCA 2UXCK 1NK0A 1I94K 2Z1GA 3LM9A 4YOXA 2QWLA 4G9ZA 4BR9A 5AZJA 4DV5K 3FZMA 3FGUA 4I6MB 3KK7A 2E88A 1JLBA 3NVMA 4KH4A 1JDEA 1WNSA 4H0PA 2UUBK 4GV3A 2RN2A 2NRRA 4E7JA 3BY5A 4DTJA 1K9MO 3L2WA 3A5MC 3ZX3A 4BC4A 4BDPA 2VG7A 3QLHA 4FWQA 3L3UA 3WXMB 4BRLA 4DR2K 1TYQA 1W0HA 3TSQA 1KVBA 4FL9A 4DHYA 3SCXA 5LMNK 1RGIA 4MO4A 1CZ9A 5BPLA 3NHGA 1VBGA 2O8BB 3PV8A 3V1OA 2HHVA 3NF6A 2F8TA 4B3RK 4WQ4A 1DGKN 4BRQA 1BWFO 1HMVA 3TAFA 2QWNA 1QQMA 3ZSYA 1LWFA 3BINA 3VQ6A 3RRGA 5IT9O 2Q97A 5HBMA 3L4IA 4H8KA 1HR0K 3GG4A 1RT4A 3O8MA 1WUAA 3DYAA 3PSFA 5FPMA 1NK5A 5JVHL 1DT9A 4CGGA 1VQ6N 4B9VA 4XH1A 2G8FA 4FJIA 1VSMA 3FZFA 3HT3A 1R59O 2YHYA 2ITGA 3D2EB 4DTSA 2G8KA 5A2QO 2WOMA 3RVCA 2I1KA 4KHUA 2EX3A 1NWKA 3M8SA 1YJNN 4W5OA 5C2FA 3OJSA 3SV3A 1T6CA 3RWUA 1BU6O 3WNEA 1OVQA 3THXB 2W41A 4E89A 5BR8K 3ZT3A 4DS4A 2YI1A 1S1WA 4DFPA 1XNRK 4J2BA 1HNXK 3A5NC 3AVKA 2V51B 1E3MA 4IKFA 4OPJA 1U2VB 4JHDA 2YHBA 2HBKA 4DU1A 4B8CA 2ZJQL 4MQ3A 1YIJN 1UOCA 5SWMA 1C1CA 5AR0A 1WLJA 2P1JA 2Q0RA 4DQPA 4LFBK 1NBWA 1JKHA 3HBTA 3CQ8A 3WA0A 3M8RA 1YITN 3LANA 3OYAA 4PA1A 4FWOA 1L3SA 1DKGD 1DIKA 3K9JA 3LAKA 2KLAA 4JYAK 2X0SA 1X3MA 4I9LA 4O4GA 4EZ6A 1NJYA 2D10A 3QIPA 1OVYA 4X62K 1DLOA 3KK3A 2W6LA 4CJ7A 4ISGA 2UXDK 2E5LK 1C0UA 4YY3K 1VSLA 1HRHA 2ATQA 2NLXA 2RE2A 1EXQA 3AGRA 3IFRA 4NLBA 1LCUA 1WSHA 4CJEA 3S3MA 4BWJA 4FLWA 3F2KA 4JLHA 4E0DA 3EL2A 4RW8A 3DXKA 3KLGA 4CFAA 4RW6A 3ZSRA 3G71N 1HUXA 4FLZA 3WXLA 4JAXA 1O1WA 4CJRA 1W2BM 3E9LA 2D4WA 4K41A 1D5AA 1XMOK 4RW4A 3CM6A 1P8ZA 4H0TB 4BC2A 5TKYA 3B8AX 1N32K 2HHSA 3E01A 5KGXA 3QERA 1HQEA 3OYEA 4Z4HA 2DY4A 3T3FA 4CZEA 4ILGB 5AQWA 3A0IX 4CEBA 3ZLJA 5AQLA 4B9UA 4FZYA 5HRPA 1KLNA 4XH4A 3KLEA 2I5JA 2QA4N 3A5LC 5FPEA 2E4LA 3J7ZO 1S9GA 4DWIA 2OA8A 3HL8A 3EKUA 4GV9A 3KK2A 3RR7A 1BIZA 3U8XA 4B08A 1FW6A 4BY9C 2X74A 3EPYA 1NVLA 4N41A 1YTUA 4C8LA 3O1WA 1RDUA 1NU0A 1M1KO 3WUHA 3ZSQA 2ZJPL 4Z4EA 1U04A 1ASVA 1C1AA 3UE5A 4DR6K 4GNIA 4C8NA 3DLRA 3T69A 1SL2A 4FM1A 3VEYA 3ZETB 1UA1A 1M90O 1ZYQA 4DTMA 2OTJN 1VQ8N 5JS1A 4EP4A 3HPOA 4FZZA 1TK0A 1QQNA 2HB5A 3VN5A 3CCLN 4PKIA 1BUPA 4O0JA 4MDAA 4NCAA 2VCPA 3G4SN 4NO7A 1BI4A 4I2QA 3ATUA 1BISA 1IKVA 1Q86O 4KV8A 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1HNZK 1BCOA 1EP4A 1XMQK 3TTCA 4GY2B 1SAZA 3DM2A 3QFPA 5FLXO 3HP6A 3THVA 3OA9A 3AO5A 5DM7L 2O8EA 2QM1A 2VYPA 4FO0A 4IOXA 3AO4A 4MLEA 3LWMA 4R5PA 3ID6A 4JKAA 2O4GA 2Z1IA 4FK4A 2O8DA 4O55A 4CZMA 4DQ8A 4BROA 1EQYA 4JI4K 1EX4A 1RBSA 2GTDA 5E84A 2Z1HA 3OYJA 3DRRA 3O9UA 3SNNA 4OKKA 1HYZA 2UUAK 3P4IA 5EY4A 1IBKK 1HKCA 3AVMA 3LP0A 3F9MA 2YHWA 4CJTA 1TVRA 1NKCA 3AVGA 4A59A 3L4QA 3HM8A 3R8EA 4O8KA 4CD1A 2R82A 5GAHP 3RMBA 2G8VA 4FJJA 4WYBA 4JD2B 1JLAA 3P39A 4YOTA 1A5XA 2DPNA 4CE9A 2XRIA 5C2DA 1QS4A 3F9KA 1RCHA 3UKUB 2KZMA 4ZRJA 5AQHA 1YF5L 3LDQA 3WXKA 4CIEA 5KPTA 2A1RA 4CK2A 1G99A 2D1KA 1O13A 3LZIA 4C8OA 1NGGA 3AVNA 3I56N 1GOBA 5SZTA 2CB8A 4YHHK 1LAVA 2QW9A 2HHHK 1ZBHA 1TV6A 3C6HA 4V19S 3WEEB 1JCEA 1A5VA 2G8HA 4LC9B 1QSSA 2Q36A 5E41A 2O8FB 3CPEA 4FWPA 3PIOL 3DOKA 4DSEA 1NOZA 3CD6N 1XWLA 1VSIA 4QAGA 3VENA 4JKFA 2GUPA 4CK1A 1S1VA 4BDZA 1D4XA 4BRIA 3OYDA 3QEVA 3R1XA 4DUZK 4CHOA 2Q1NA 5C15A 3L8BA 1HX1A 1NKBA 4DF8A 3DXMA 3NAEA 4JI5K 5FRNA 4GXBA 1YUWA 1RDWX 1VBHA 5J2NA 1V4SA 3LP2A 4CZGA 3K9KA 3BGRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKC A;  4ILJ A;  3E9P A;  4JKH A;  4JK7 A;  4JKF A;  3ENB A;  4ILG B;  4JKG A;  4JKG B;  4JKD A;  4JK9 A;  4JK8 A;  4ILH A;  3E9L A;  3SBG A;  3SBT A;  3E66 A;  4JKA A;  4JKB A;  4JKE A;  3E9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KAY A;  1TKT A;  3HXM A;  4CEC A;  1JXE A;  1FXX A;  4PKH A;  5AQK A;  2V7Z A;  3TWH A;  4FJ7 A;  1KLM A;  5I9E B;  3NGZ A;  3LDO A;  1JLF A;  2P5O A;  2RQ1 A;  1WN7 A;  4B1Z A;  4B1W B;  5BN8 A;  3SQ2 A;  4KBO A;  3PVL A;  2WBN A;  4A5B A;  4HHT A;  4FOI A;  3HVR A;  1KVA A;  1L3T A;  3I33 A;  4HTL A;  3CC7 N;  3P38 A;  4KKO A;  2OPR A;  1ZBF A;  5BRF A;  3VGL A;  5BRD A;  1YJ9 N;  1WBD A;  4YOV A;  2HVH A;  5F0X A;  1WB9 A;  1RDA A;  3CHW A;  1CZA N;  4CFB A;  4RTF D;  3NGY A;  3ZYY X;  3K58 A;  3QET A;  1FJG K;  3VEX A;  3SV4 A;  4OKJ A;  1XUP O;  2A3Z A;  4CF9 A;  5AQP A;  4CEQ A;  2V7Y A;  5GAG P;  5KI6 A;  4LFA K;  1SL0 A;  1EWQ A;  1NJX A;  3I55 N;  2QK9 A;  4OVL A;  1WOQ A;  3BEX A;  3EKS A;  4FLX A;  3T1H K;  2PFU A;  1D9F A;  5CYQ A;  3EZW A;  3M8Q A;  2DFE A;  5AQT A;  2ASP A;  2VWB A;  4IFY A;  1JXB A;  4G1Q A;  4BAC A;  3LDP A;  3VOV A;  3J7A P;  1HNV A;  2UYT A;  1EKE A;  1YXQ A;  3EE9 A;  3NF8 A;  3MK6 A;  3ASM A;  5IJM A;  4KTW A;  3U3G A;  3ID8 A;  1U48 A;  2YHA A;  4X66 K; 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