3E9PA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1827-2092
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9pA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9pA01
4ILGB 4ILHA 4JKFA 4JKDA 4JK9A 4JKGB 4JKCA 4ILJA 3ENBA 4JKEA 4JK8A 3E9LA 4JKGA 4JKAA 3E9PA 3SBGA 3SBTA 4JKHA 3E66A 3E9OA 4JK7A 4JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WLJA 4BDZA 3CCRN 4JHDB 3R8EA 4J2AA 1GLAG 2XY5A 1NGIA 2XY6A 4DQPA 3SUQA 4RW7A 4CGIA 5AQVA 3J80O 2OZMA 2B6AA 1K9MO 5AFUA 1NGBA 1EXQA 2ASPA 1XNQK 2IAJA 1IH7A 1B9FA 2R82A 2Z1GA 1J53A 4H0VB 3KWIA 4HVJA 2KZMA 5M1KA 3G71N 4QAGA 3ZSOA 1Q86O 3O80A 1T8EA 1Y19B 3DM2A 4OPHA 3OYKA 1Q82O 1NI2A 3AVBA 5DM7L 3PY8A 1CZ9A 3KIOA 1NGGA 3ZT2A 2IC3A 3LP3A 3UE5A 1S9GA 2O8DB 1ASVA 4PA1A 3EZWA 3OS1A 3TAMA 4JS4A 3LM9A 1V4SA 2VWKA 2IVNA 1Q7YO 1OH5A 2KLAA 3PX4A 4YNQA 3ENBA 5K14A 4HCCA 4CFAA 2FJ9A 4JAXA 4M45A 2HHUA 3AARA 4IWVA 4OKEA 3OJUA 4C8MA 2E2OA 3MN7A 1VRUA 1RTIA 3QFUA 2ZWHA 4IEEA 2W6LA 2E6LA 2X6SA 3NGZA 3O9QA 4F2RA 2DFHA 1XWLA 4B3OA 1H1VA 1BQNA 4CZMA 5AQKA 4WE1A 3R6MA 3OYHA 2YHYA 3RWUA 3WQTA 4DWIA 3FGUA 4CZIA 3D45A 3NAEA 1VQON 4HTUA 4KH4A 3AAQA 3TTFA 4RTFD 3TTCA 5BR9A 3EYZA 3TAEA 5CZ2A 3OYBA 1IKWA 3BP8A 4DS4A 1GOBA 2E1YA 3VQ9A 3HSCA 4CIGA 1T05A 1M90O 3SUPA 5ADXH 1EF1A 5CYMA 4JEPA 2Q1NA 4N76A 4Z4GA 5CR4A 4CEAA 3O9TA 4CHOA 4CEQA 2NUBA 5I9EB 3F2KA 4KRFA 3DOKA 3KLEA 4E7KA 4CF9A 4GXBA 1EETA 3BZKA 4DQSA 4DTPA 4IO9L 4YOTA 3Q7CA 4RWTA 2HE7A 3PO4A 1EWRA 1QZ5A 3NF6A 4IG3A 1T6CA 3KLFA 3L2RA 3PV8A 5H1SQ 3LALA 2ASOA 4O5FA 4BC3A 1KD1O 1X1PA 4UY8O 4JRQA 2E2PA 4H5NA 4PKGA 4BRKA 1RBUA 3HJFA 1YUWA 4CJTA 1VQNN 3BINA 4A5BA 4DTRA 4B9VA 2QXLA 4H0YB 3NCIA 1LWEA 2DFEA 2LBBA 1K6YA 4IOAL 2ZE2A 4K42A 2X78A 1JLEA 1HYSA 3P39A 1WNSA 1NK7A 1QSLA 1SL1A 4C8OA 2Q0RA 1RT7A 3AVGA 2YNHA 4RW6A 4CIFA 4KHNA 4DR7K 3S3MA 1HJRA 2P9LB 3DJCA 4ID1A 3LL3A 1HNIA 5JS2A 1RGIA 1RT2A 3HP9A 2CH5A 1TK8A 4KV8A 5AFUH 4FOEA 1IG8A 5GIOA 4DV3K 4DTJA 3AO1A 2VQEK 1S6QA 1VQPN 1VSFA 4OLBA 4Y1DA 4CHPA 2FLOA 1U49A 3CF5L 3QEIA 2VQFK 1VAZA 4ELTA 4CFDA 5KQDA 3SAGA 4W5TA 1HMVA 3C0BA 3AO4A 4CHQA 3QB0A 4JN4A 2HHXA 5AZIA 3THWB 4M7XA 3SCXA 3SNNA 1W7AA 1QSSA 1G15A 1S1VA 1S3XA 3RMBA 1Q9YA 1CLQA 1NJXA 3VF2A 3H46O 3P38A 4ISFA 2WOMA 3U8XA 4WFAL 3AVLA 4OVLA 4B3RK 5F2RA 1XMOK 3VEOA 1BDGA 4BROA 4DV6K 4DR6K 2D2QA 3PIOL 2VWBA 3RTVA 3RMCA 4NLCA 3DLRA 3CC2N 1RCHA 3HVTA 4DU1A 4ZRJA 2FBVA 1VSLA 1ACAA 1VQMN 2V51B 3K2PA 3PO5A 1C0TA 1XNRK 4K25A 4GMJB 1GC7A 4FWSA 4JKGA 2QM1A 4ICLA 3MDQA 3ZEUB 4YY3K 1YTUA 3AVNA 1FW6A 3AO3A 3LANA 4A2BA 1S6PA 3LP2A 4Z4CA 1RBVA 3ZSRA 5BPLA 2FC0A 1HUXA 5BPMA 3IFRA 5JVGL 3AU4A 3NF8A 3V9WA 4BY9C 3CC4N 1KCFA 4LF4K 1TL1A 3I8DA 3VOVA 2YV0X 5AQXA 1NGJA 5AQYA 3QNNA 4M63C 3WEEA 4K0KK 5AQPA 5IJMA 3RRGA 1TAQA 2IGIA 3G0ZA 3IUCA 4OPJA 4KTWA 3DLHA 4ID5A 1ST7A 4CGHA 5J2NA 5EXWA 2WH5A 3MAQA 3EKSA 3VERA 4FM0A 1JXBA 3SJHA 3NH2A 3OYMA 4B9UA 3I0RA 4FLTA 1E5WA 4NY0A 3CJBA 4JHDA 4DQ8A 2HW3A 5GAEP 4KI6A 1HKBA 1UOCA 2HF3A 2Z1JA 4H5RA 1NJWA 2OANA 2H3GX 2YCHA 2VG6A 1VSEA 3AVJA 4E19A 3WXMB 3C7NB 4EHTA 4AQYK 1J9AA 5B8HA 1RT4A 4QS7A 1SL0A 5GIPA 4BR7A 3K58A 5BRHA 3B8AX 4I7FA 4FW2A 1D5AA 4CJEA 4RCHA 3U8ZA 3CPWM 4B3TK 3NMUA 5JICA 1M1KO 1ATNA 4NB4A 1D9FA 4FM2A 4ZTFA 2O8CA 2O8DA 3H45C 3N4PA 3D2EA 5BPNA 4DLGA 4I9QA 4DU3A 4DFKA 4CGGA 2XY7A 3ZLJA 3CCQN 3KVGA 5KPRA 5CE3A 3T3FA 3LPUA 3E9LA 3KK7A 1EP4A 3VETA 2VYPA 5C42A 3I55N 3WXIA 1YIJN 3KK3A 3HT3A 3HPOA 2YKMA 1D8YA 2EMSA 4NCAA 4CEDA 2O8EB 1GLEG 5KRSA 4DR3K 2RE2A 3U4LA 2E88A 1W9HA 3EE9A 3HPGA 3VEXA 3M3ZA 5LY3A 1VQ7N 3CCEN 1VK0A 2PAVA 5EX5A 3H08A 3ITHA 3P5JA 1RDCA 4FWOA 5J2QA 4DV1K 3SMPA 1NGHA 3AVMA 4CJPA 4M3ZA 4WYBA 1RBRA 1HQUA 4DSIA 3OYCA 3S3NA 2AA4A 1BCMA 4JD2B 3CFPA 2D0AA 2GELA 2NLXA 4CE9A 2FXUA 3GE1A 1GLBG 5AQIA 3V1RA 1RILA 2G8WA 3SQ4A 3FLVA 3JAMO 2J4RA 3ULDA 1OH7A 3OS2A 2QI2A 1HYVA 5AQQA 4FJXA 4B9NA 1JLGA 5HP1A 2OPRA 2ZF5O 4FVMA 2D11A 5E41A 3F73A 4NLBA 2QWPA 3CJ9A 2HMPA 5TKYA 4OPKA 3JS6A 4CJ5A 3GDQA 3ENHA 3ZCMA 5M1NA 5HRSA 5FLXO 4C8LA 3VGKA 1IV0A 4FW1A 1BA0A 3MCAB 2P9PB 3OTOK 4DV5K 4FK0A 5FRNA 2X0SA 4IBNA 1DTQA 1VSJA 5JS1A 3VESA 3CI5A 5A2QO 2ZPYA 2A1SA 2I1KA 2HHQA 5JVLA 4JNEA 4BGAA 2A5XA 2NRTA 1GLFO 1N33K 2B4JA 3O5BA 4CJUA 2EX3A 3VQQA 4B8CA 3DOLA 3MN6A 5FRMA 2P9UB 4AH9A 4FZYA 5CZ1A 4IDHA 1QHAA 3FZLA 2GV9A 4AHUA 2A41A 1NGCA 4MO4A 3CCUN 4PUOA 4KHSA 3K57A 1WOQA 4GVEA 3RSEA 4B1VA 3CMEN 3LP0A 3EKUA 4CZHA 4GV6A 1ZBSA 1NJZA 2G8IA 1LWCA 2AL6A 2D1KA 5JLFA 4JKFA 3SQ0A 1IO2A 4I2QA 3DWLA 4CEOA 3ZSWA 2QXFA 3CIPA 4LF7K 3OJSA 1JCFA 2VCPA 1XUPO 4EP5A 3HRGA 1MA9B 3CC7N 4CJ4A 2KZZA 3TSQA 2UU9K 3JSMA 4L3QA 3FZFA 1J5EK 4B3MK 3ZSQA 1EQYA 2VGNA 3HTVA 4IJAA 4CHNA 1HR0K 4B9SA 4TSXA 1Z26A 3O08A 1QHTA 1HNVA 2Z1HA 4Q0BA 4WCEL 3VA0A 3CQ8A 4I6MB 2NZTA 4FK2A 3T7ZA 3C6HA 3I8BA 3THWA 3AO2A 3VEVA 4DLEA 4CZGA 3QESA 1WSEA 2NRRA 3L2WA 3HK2A 1WSGA 4DTNA 3O6WA 1NMDA 5CY4A 3EO3A 2IIRA 5AQSA 2Q97A 4YL8A 3SUOA 2W6KA 2D0BA 2OPQA 3BF3A 1ILYA 2DFFA 4XH5A 1TYQB 4YDUC 2CGKA 2QWMA 2KTQA 3V9ZA 3AO5A 2QK9A 4O0IA 1GGOA 1NWKA 4J2EA 1SUQA 2A1RA 5HRPA 2HBLA 4FWKA 1XQSC 1VSDA 3WNEA 2WTUA 3VQAA 1C0GA 4BWJA 1EWQA 4EFHA 3VQ7A 4JKHA 3C94A 3LWLA 3VEZA 3J81O 3R1XA 3L2UA 4LF8K 1YHQN 3SJJA 3K5LA 1ASWA 4FLVA 3VQ6A 5MLCQ 4KPYA 1KXPA 2NRXA 4W5NA 1LAVA 3VQ4A 3CFRA 4BRPA 4BE2A 4PY5A 4CK2A 3QETA 3H6EA 3LAKA 5C10A 5CYQA 3EE8A 3SZ2A 5HOOA 2R7YA 5EVZA 5E84A 4A57A 4AHCA 2HF4A 4DR1K 3TABA 1BUPA 1I3AA 4YDUA 5BRFA 1BGXT 1ZBHA 2PYLA 3KKSA 3PIPL 2P9SB 3UB5A 3V1QA 2I7PA 3DLLL 2AJQA 3KKRA 4FJLA 4FZXC 2BE2A 4EP4A 1JCEA 1ZBLA 4DTSA 4FPBA 3CQXA 1J19A 2QWQA 1TVRA 3BF1A 3E66A 1NK9A 5DM6L 2E8AA 4DU4A 3DLGA 2NRWA 3OYAA 3G6EN 3QBXA 3VGLA 3D0PA 1MWKA 2RHKA 5HROA 4CESA 3TI0A 3QICA 4FVUA 3T69A 1NK6A 3QINA 2J0JA 3HOSA 2OYQA 3M8SA 2D0OA 3G25A 2W41A 3C7NA 5AR0A 3SMSA 5AQTA 4BC5A 3ULEB 2ZJRL 2PFUA 4KH6A 3NDKA 2DY4A 1OVYA 3UKRA 4BREA 1B9DA 5EOYA 4C8KA 2F96A 1YJNN 3A5LC 2NRZA 3D2FB 4MLEA 5F1XA 3ZSVA 2FBTA 4F7GA 3HYFA 4CF0A 3AVIA 4JI0K 1RDUA 1QTMA 5I3UA 4BRNA 2P5GA 4DSJA 4CHZA 3TWHA 2WBNA 3HI0A 1G99A 1QQNA 3I33A 4DB3A 4P7IA 3LDSA 1DTTA 3ZETB 1CZAN 2O8EA 3UIQA 1R0AA 4EZ9A 2WFBA 1SAZA 3CJAA 2AP1A 4N47A 2BH1A 4LSLA 3PX0A 4CJQA 4GV3A 4EAHD 1S1WA 3IVFA 3KWGA 2RKIA 4CGDA 3TSUA 3AY9A 5SZTA 1HLUA 3N4QA 4BQLA 3CQYA 4KHQA 1KFDA 4KO0A 2E1ZA 3LDOA 3FZMA 3BEXA 4KHYA 1K8KB 4R5PA 4Y1CA 4E7JA 3G9WA 4YOWA 1HKGA 4JS5A 4OPAA 1GLDG 2HMIA 4JI5K 3LWMA 4JD2A 2ATQA 3DLKA 4BDYA 1GLJO 1EO1A 3TR8A 4CZEA 4E0DA 3HP6A 1X9JA 3LDPA 1FK9A 3LPTA 3MN9A 3MWTA 4AHRA 4B1YB 3IKMA 4CF2A 4KREA 2D10A 1A5XA 1GLCG 1LW2A 4IEIA 2KKZA 4CCHA 3O3HA 3CM5A 1BU6O 2HOEA 3HM9A 2HVHA 3VEWA 3U9DA 3CERA 1NK8A 2V7ZA 4FJGA 1NVLA 4H0PA 4H4OA 1RT1A 4R79A 4HHTA 5M1OA 4XEIA 1C0MA 3ZT4A 1SKRA 1U2VA 4JV5K 3FZHA 2G8VA 3KD1E 1ZXOA 4N41A 3DXKB 1BI4B 4CD1A 5FPNA 1SS6A 1OKJA 5GADP 3NE6A 3CJCA 4OO1J 4I2PA 4F3TA 4CW7B 1SZ2A 4A61A 4GW6A 3L2QA 4JI3K 1IBKK 4W5RA 4CEEA 1S22A 4CZJA 1QVGM 2HBKA 2OCEA 3SI6A 5BN8A 1JLCA 4JI8K 1L3SA 3QEVA 3NH1A 4DMNA 1S1UA 2P9UA 5KTQA 1IBLK 4DV2K 5KQ8A 4BR4A 3AA5X 1NBWA 1HB8A 1XHZA 2P9NB 1X9WA 4CJRA 5D3GA 1O1WA 2ITGA 2F9WA 3GBTA 3K5MA 3C6AA 5HBMA 3LAMA 3THYB 1BOTO 1P8ZA 1MU2A 5KRTA 3AVFA 3I0SA 4FWRA 2P9IB 4CJ3A 4YOXA 4BRHA 4IZ9A 2GUPA 3ZX3A 1IG9A 1NU0A 4OGCA 1HQEA 3AVKA 3AVAA 4OJRA 4H5VA 2YHBA 3DAWA 1F21A 1J54A 1NOZA 3NGYA 1Y97A 1OH8A 1T03A 3M8PA 1DEJA 2DTUA 1WBDA 4M7YA 3ZSYA 4GV9A 3U9ZA 2QW9A 3MXIA 5KPTA 1YJ9N 1P90A 3O9RA 5AZJB 3OHRA 3THXB 4I6MA 4DFMA 1D9DA 4CYEA 3OS0A 1BWFO 1RDDA 3ATVA 3L3VA 4E7IA 3A0IX 4CEFA 1QE1A 4CGFA 1U48A 3M6GA 4DR4K 1KVCA 4C1NK 4BRAA 3CCLN 4LFBK 2HBMA 3R3LA 4ZRIA 1NG9A 3C6TA 4UQGA 4JI2K 1NOYA 3WT0A 3JYTA 3PZDA 2E2NA 4PKHA 4JI1K 3VN5A 3DXMB 4DSEA 4WQ4A 2FSKA 4DV0K 4Z4HA 4W5OA 2DIKA 3VQ5A 2W40A 1RTHA 1WBBA 1LCUA 3PVLA 1X3NA 3BDPA 1JLFA 3QIJA 2CGJA 4BGBA 1IBMK 3MX2A 3U7DA 3AA2A 4BRLA 3FP5A 3HO1A 4DXAB 4FJMA 2G8FA 3M8RA 4H5WA 3H3NO 3O9UA 4LF6K 5IT9O 4IFVA 1FKOA 4KHPK 3SV4A 3QO9A 4CD3A 1QVFM 4M3RA 2IVOA 1RNHA 1S72N 2WONA 3IG1A 2VWJA 4B1UB 1XMQK 3CG7A 5AQHA 5AQFA 1NJYA 4FJ5A 4QS9A 1MIXA 1K8AO 2FSJA 4DG1A 1WAJA 3MMVA 1V4TA 1VQKN 1RDAA 1SKSA 1LW0A 5SWMA 1HPMA 2P9SA 1TK0A 5LMUK 2GWKA 3KJVA 5T7BA 3E9OA 4KAZA 1N32K 3MECA 3RVCA 3BY5A 1YT3A 4WQ5A 3L2VA 3SPYA 3V4IA 2BUPA 3ASMA 3GOIA 3S9HA 1EKEA 4E89A 4FJIA 2QA4N 2E2QA 1NGEA 2FBXA 1Z05A 2QWNA 1N8RO 5HLFA 1SQKA 3SBGA 1WSFA 3HOTA 1RT6A 3CD6N 4C23A 4JK7A 5C0YA 3TAGA 5KGXA 5DK5A 1KC7A 3TPQA 3ULEA 3T19A 1I94K 1I39A 1DKGD 4BRCA 4J2DA 2EHGA 1RFQA 2GX9A 3IMXA 1JLAA 4JKEA 1C6VA 3C65A 4MDBA 3V9XA 1OVQA 2YJFA 4BG9A 1BCOA 1DT9A 3A5NC 3PLAA 4DSFA 3VQ8A 1HX1A 3SLCA 4LH5A 3D2FA 5M1FA 4DF4A 2F8TA 1VSIA 4LD0A 1TKDA 4PWDA 4FWLA 4CEBA 2E5LK 3D6RA 1REVA 4C8NA 2E6MA 2I5JA 2OZSA 3ZETA 2QEXN 1O13A 5F0XA 3E9PA 1DLOA 3CCJN 3CHWA 1H4RA 2Z1IA 3PSFA 3LM2A 1C1BA 4CFBA 3P4IA 3MEEA 1WSJA 1BQMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ILG B;  4ILH A;  4JKF A;  4JKD A;  4JK9 A;  4JKG B;  4JKC A;  4ILJ A;  3ENB A;  4JKE A;  4JK8 A;  3E9L A;  4JKG A;  4JKA A;  3E9P A;  3SBG A;  3SBT A;  4JKH A;  3E66 A;  3E9O A;  4JK7 A;  4JKB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WLJ A;  4BDZ A;  3CCR N;  4JHD B;  3R8E A;  4J2A A;  1GLA G;  2XY5 A;  1NGI A;  2XY6 A;  4DQP A;  3SUQ A;  4RW7 A;  4CGI A;  5AQV A;  3J80 O;  2OZM A;  2B6A A;  1K9M O;  5AFU A;  1NGB A;  1EXQ A;  2ASP A;  1XNQ K;  2IAJ A;  1IH7 A;  1B9F A;  2R82 A;  2Z1G A;  1J53 A;  4H0V B;  3KWI A;  4HVJ A;  2KZM A;  5M1K A;  3G71 N;  4QAG A;  3ZSO A;  1Q86 O;  3O80 A;  1T8E A;  1Y19 B;  3DM2 A;  4OPH A;  3OYK A;  1Q82 O;  1NI2 A;  3AVB A;  5DM7 L;  3PY8 A;  1CZ9 A;  3KIO A;  1NGG A;  3ZT2 A;  2IC3 A;  3LP3 A;  3UE5 A;  1S9G A;  2O8D B;  1ASV A;  4PA1 A;  3EZW A;  3OS1 A;  3TAM A;  4JS4 A;  3LM9 A;  1V4S A;  2VWK A;  2IVN A;  1Q7Y O;  1OH5 A;  2KLA A;  3PX4 A;  4YNQ A;  3ENB A;  5K14 A;  4HCC A;  4CFA A;  2FJ9 A;  4JAX A;  4M45 A;  2HHU A;  3AAR A;  4IWV A;  4OKE A;  3OJU A;  4C8M A;  2E2O A;  3MN7 A;  1VRU A;  1RTI A;  3QFU A;  2ZWH A;  4IEE A;  2W6L A;  2E6L A;  2X6S A;  3NGZ A;  3O9Q A;  4F2R A;  2DFH A;  1XWL A;  4B3O A;  1H1V A;  1BQN A;  4CZM A;  5AQK A;  4WE1 A;  3R6M A;  3OYH A;  2YHY A;  3RWU A; 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