3E9PA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1827-2092
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein, splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9pA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9pA01
4JKGA 4JKGB 4JKBA 3E9OA 4ILJA 3E9PA 3E9LA 4JKHA 4JKCA 4JK7A 4JKEA 4ILHA 4JKAA 3E66A 3ENBA 3SBGA 4ILGB 4JKDA 4JKFA 4JK9A 3SBTA 4JK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSYA 1KBLA 3AY9A 1BL3A 3E9PA 3VGKA 3JAMO 3THXA 3SQ1A 5HROA 3VESA 3LWMA 4BG9A 4DF8A 2XY7A 1FK9A 4QS7A 5KPZA 1QVFM 4JYAK 1HNIA 1HQUA 2QWOA 3LDPA 4DLGA 1SUQA 3LP0A 3VF6A 1BQNA 4KV8A 3RRGA 3BDPA 5C12A 4DR1K 5GINA 3WNHA 3H3NO 4KHPK 4H0TB 4Y0WA 1VSIA 1N33K 2XRIA 2YNHA 2ZM6K 1Q81O 4CZKA 1JLGA 2P9LB 3P31A 4DV2K 5FRMA 1RT6A 3OTOK 2FBYA 1W97L 1NK5A 2Z1HA 4C8KA 3ISNC 3NE6A 1VBGA 4CJFA 4NYNA 4DU4A 4A61A 1S6PA 4HHTA 3E9OA 1FW6A 1OH7A 3P39A 2E2NA 3DXMA 1SKSA 2O8DB 1ZBLA 4JI4K 4IFVA 3QFUA 1C1CA 3I0SA 3SK3A 3ZX2A 4CJKA 2CGJA 1MA9B 1M90O 1KRPA 2ZGZA 4DSIA 1E4GT 1WUAA 4GMJB 1U2VA 1XI1A 4BVPA 1BA1A 3PSIA 4DQQA 4I9QA 5KQDA 3R3LA 4YDUC 3E01A 3SZ2A 4AHTA 1G15A 1RBUA 3LP3A 1P90A 4I2QA 1JCEA 5C15A 1ZBSA 1QQMA 2JWLA 4KRFA 3FFIA 3ASMA 2G8FA 3DJCA 4G9ZA 1IO2A 1S3XA 4FPBA 2GTDA 1VQ5N 1LWFA 4CK2A 3F2KA 4KREA 4AM7A 3KLGA 2FF6A 4CIEA 3V6DA 1CXUA 4DHYA 4JI7K 3BP8A 1IBKK 5AQHA 2QXLA 4EAHD 4ILGB 3H1VX 1S9GA 4CZLA 5C0YA 4DTSA 1NTIA 4CIGA 4JHDB 4OPAA 1TKDA 4DSKA 1DGKN 5H1SQ 3O9UA 1GLJO 4BRLA 1EX4A 2COPA 4IOXA 4KH4A 3ZCMA 1REVA 4N41A 4CD3A 2NRVA 4GKJK 5HP1A 4JI6K 3L4QA 4CJLA 1FXXA 1NGEA 3VQ4A 4FK2A 4CF8A 1BIZA 5CY4A 4CF0A 3DLKA 3MXJA 2OTLN 4CIFA 3TSUA 4DV4K 2YVCA 4ZRIA 4PY5A 3QBWA 1T7PA 2W42A 4U7BA 4O4GA 2E6MA 1WSFA 2P9IB 2PYJA 2LBBA 1ISNA 2PY5A 4QOZB 4JI1K 4CZEA 1U04A 1TUUA 1UWBA 1SL0A 4DV3K 3ZX3A 1P8ZA 4BR9A 1LWEA 2OCEA 3NH1A 3RTVA 4LFBK 1Z6RA 1HQEA 1UAXA 3N4QA 3EO3A 4DUYK 3CETA 3DRRA 2HMPA 1I39A 1OH6A 4WYBA 3O9QA 1IKXA 2J4RA 4XIUA 1X3MA 1TAQA 2EWSA 4F8RA 4YOXA 1JLEA 1Q9XA 1HPZA 2HNZA 2UUCK 3CCQN 1NJXA 3AVJA 2DPNA 2Z1GA 3DXKA 4CEZA 3C6UA 4ISGA 2RF2A 4DTRA 3SBGA 1C0FA 4W5NA 5J2QA 4CJ3A 3LZIA 3MXIA 1TUYA 3ZETB 1K8AO 1RT4A 4H5NA 4WFNL 4OLAA 5AQNA 4PKHA 2OZMA 3OS1A 2ZJQL 1ACAA 3BZKA 4YOUA 4JI8K 4KHQA 2HVIA 3KLFA 4FJMA 4WQ5A 4FVUA 1IV0A 1Q9YA 5JVHL 4E19A 1EP4A 5LJVA 2D10A 3MEDA 4LF6K 4CHNA 5E41A 4ZRJA 1BDGA 3H1QA 4Z4CA 4KTZA 3KK7A 5AQZA 4X65K 4BROA 3BGRA 5AQQA 1N36K 5HL7L 4CESA 2QM1A 1KFDA 1ZBHA 1KTQA 3CM6A 3IKMA 2P5GA 4DXAB 2XHBA 3CCJN 3OYGA 3LPUA 4H4MA 1IKWA 5AZIA 2IS3A 3OW2M 5SZTA 4CGJA 4CGIA 3O4QA 4J2AA 4GXBA 1LAVA 3UE5A 5SWMA 3TARA 4K43A 1VSLA 5KPTA 4ZTJA 4C23A 3NMUA 3PO5A 4CEFA 2E5LK 4FXDA 2AEHA 1SV5A 3QMLA 3AO5A 3F5TA 3OYNA 3DLBA 2QK9A 3L0QA 4GY2B 4DV5K 3AVKA 3CCMN 3R1XA 4PL7A 1Q86O 1GC7A 2O8FA 2HW3A 1N5YA 5HRSA 4JK7A 2YCHA 2W40A 4LY7A 1HKGA 1B9FA 1W9HA 4HUFA 2QWNA 3CJ7A 3TTCA 4AILC 3NF9A 3NGYA 1NGJA 2O8BA 4FWMA 2HHTA 4IOAL 3ZT4A 1SAZA 1K8KA 4FOEA 3NVKA 3NF7A 5AQPA 4EP5A 4MDBA 1BO5O 2X0SA 1MWKA 1JKHA 3MDQA 4YHHK 4E7KA 1E3MA 1VSDA 1TYQB 4NXNK 1TK5A 4H5RA 3G71N 1LW0A 1NGFA 4N5SA 4JV5K 4FJNA 4DTMA 1NOZA 2KZMA 3K0SA 3QLHA 5AFUA 1NM1A 1RDBA 4FZYA 1ASWA 4KI6A 1XC3A 4J2DA 4CBWA 1WAFA 1WN7A 3MN9A 4JKFA 3FZKA 1KAXA 2W41A 2NRTA 4FJKA 2QXFA 1BOTO 2IGIA 4AH9A 4BR4A 3D45A 3TI0A 1SGHA 1S1UA 2X78A 3HSCA 1R59O 1S1TA 3AVIA 4WFAL 1BCOA 4BE0A 1JLCA 3PY8A 3KTQA 4KHNA 4FWSA 3FZMA 2P9KA 3D7EO 3P38A 3LDQA 2Q0UA 4IDKA 4BRDA 3M8PA 3HK2A 4RW9A 5AQSA 2HNDA 3PX0A 1HBKA 2DFFA 2Y1JA 1QSYA 2P5OA 2DFHA 4DTNA 1L5UA 1ZBUA 3BF1A 1VQ9N 2KKZA 3SUPA 1U49A 3CIPA 4RW7A 3AVMA 3I55N 3D0PA 1TGOA 3KZBA 3A5NC 4FZZA 1S6QA 2VWKA 5HOOA 5GADP 1TAUA 2ZD1A 3QESA 3H3OB 2ASMA 2KZZA 3FGUA 3CJBA 1NOYA 4ILJA 2E1ZA 3R8EA 3DLLL 3VQ6A 3THXB 2NNWA 2OPQA 4DV1K 5J2NA 2HE7A 3AVLA 3QIPA 3I56N 4CGDA 3AVNA 3OYAA 1HB6A 4DR3K 2UXDK 1IG8A 2E4LA 4Z4GA 3LPTA 3QBXA 1GOAA 1S5JA 3M3ZA 4WE1A 2D4WA 4XH1A 5TKWA 4PKGA 4H8KA 3LDSA 4MO4A 4ICLA 4JI3K 3KKSA 1QQCA 3S41A 5I42A 1TV6A 4FJ8A 4CEDA 3LDLA 1XNQK 1D5AA 4LF4K 3O8MA 1ZXOA 3K5NA 3O9RA 1SKWA 3I8BA 3VGMA 4FOIA 2X6SA 4RTFD 2NRZA 1VSJA 1KCFA 3CCSN 3L2QA 4FJJA 3T19A 2WOMA 1ZBFA 3M5RA 4LF7K 5AQFA 4IWVA 2IVOA 4CJPA 3RRHA 3J80O 4V19S 3OYEA 1A5WA 1T8EA 3DXMB 2ZGYA 4KB1A 3UB5A 3SUNA 4H5VA 4Z4HA 1Z26A 4NCAA 3IAYA 2AL6A 1U2VB 2Q97A 1IKVA 3U9ZA 3HM9A 4CF9A 4DTJA 4BRKA 4I9LA 5AQRA 3U6FA 3IUCA 5ADXA 2ZF5O 5JS1A 1ITGA 3K9JA 3GG4A 4L3QA 2F9WA 2H3GX 3EEQA 4IBNA 1J54A 3CJAA 4CBXA 3PLAA 4ILHA 5KI6A 1TL1A 2F8TA 4FJ5A 4X64K 2VQFK 3VF2A 4KHWA 2FXUA 4M3ZA 5KTQA 1RGIA 2VCPA 4CJVA 2FBVA 2FDQA 1KVCA 3HPGA 5LMNK 1T6DA 4KPYA 1GLAG 3AA3A 4NYFA 1C0UA 1NI2A 2UUBK 2ITMA 1C0MA 5D3GA 2VQEK 3T7ZA 1TVRA 1SQKA 4F7GA 3E66A 3SJJA 1RT1A 4O5FA 1V4TA 4F3TA 5BPLA 1MK9B 2YNFA 2F8SA 1VHXA 3SMSA 3L8BA 4WQ4A 3WXKA 4WFBL 3BUZB 4Z4EA 2XY8A 1ILYA 3OBYA 4HDOA 4A57A 3CXCM 4ISEA 1HMVA 1N8RO 2YHYA 1XHXA 1NGIA 3HOTA 2PBDA 1EWQA 3O08A 4B3TK 1NG9A 3H46O 4CCHA 5CR4A 3ALYA 1WAJA 1DTTA 3CHWA 5A2QO 1RNHA 5DMRA 3NBPA 1Q8IA 3J7AP 3C65A 1CZAN 2QA4N 4DFMA 4CD1A 2D0OA 4CHYA 1DLOA 1NGBA 3HZ6A 3CCEN 1HYZA 1NK6A 3CFRA 1RDCA 1WSIA 5ELZA 4CZJA 4HWIA 5GAGP 1RDWX 4BRAA 4BRGA 4HTUA 3MN5A 1EF1A 1KAZA 1Z05A 3W3DA 1KFSA 3L3UA 3KK1A 3MX5A 1NKCA 3SV4A 1WSHA 1DEJA 4WCEL 3DXKB 1GLFO 2P9UA 4LSLA 5TKYA 2HF3A 1WBDA 3UKRB 4BC2A 1IG9A 4DFJA 5DM7L 1U47A 4DTUA 3AO4A 3AU4A 4JNEA 5KGXA 3C0BA 3WNFA 4ID5A 1JL2A 2G8WA 2RN2A 1UA0A 2V7YA 3P83D 3MAQA 3D2FA 3V1RA 3ZSOA 2YJEA 5EY4A 1SZ2A 1Z25A 3NGZA 4DU1A 2GELA 3CI5A 2Q31A 4JI5K 2QWRA 1WSJA 2UYTA 4DU3A 4CFAA 4HCBA 3NVMA 5AQIA 2HBJA 2QKKA 3J8AA 5AZIB 1NGGA 3THWB 2LSNA 2OYQA 1F21A 3S9HA 4EKUA 4ISFA 5LL6Z 4M42A 3KK3A 1YTAA 2Q36A 1Q7YO 1GLBG 5IJMA 3LANA 1X3NA 3VN5A 1KSPA 4X66K 4O0IA 3MCAB 2NRXA 4RCHA 2A3ZA 5DK5A 3V81A 3O5BA 2FC0A 1DKGD 4O8UA 1TKXA 3OYMA 1BI4A 3ATVA 5LJWA 3FR0A 4FO0A 4FLZA 1RFQA 2YHWA 1ASUA 1K73O 2O8FB 3A5LC 2KHOA 2F4VK 4CZFA 2D0BA 3BZCA 4L8RB 3A5MC 3TAFA 1VAZA 3WNEA 3VQCA 3TPQA 1XMOK 3Q7BA 4OLBA 3MK6A 2QTDA 3M6GA 3HOSA 2O8BB 3L3VA 5EOYA 2BE2A 1QZ6A 1RBSA 1K8KB 4AHUA 3A8YA 1WB9A 5ADXH 5M1FA 5FDLA 3T3FA 3CC2N 4AHCA 4YY3K 2PAVA 3THYA 4DUZK 3CPWM 2ASOA 1IBMK 3ZSVA 4CHOA 1X1PA 1S22A 3V9SA 2VGMA 4IEIA 1JDEA 3HPOA 3FZLA 2A5XA 4CJ4A 4GNIA 5I9EB 4E7LA 4CZGA 2EMSA 4M63C 4BDZA 5JLHA 3TSQA 1VSKA 3VOVA 1T03A 3FE1A 5F0XA 2J0KA 5FRNA 4FSVA 3NF6A 2V51B 2BDPA 3VQ7A 4JKCA 1VQON 3X23A 4IG0A 3H45C 1JLAA 1RT2A 2VWBA 4H4OA 3OYJA 3I33A 1WLJA 3VQPA 3VQDA 3RR8A 3ZDTA 2P9KB 5AQWA 3VTIA 2YNIA 1U4BA 3ZT3A 4TKNA 4QS9A 2HB5A 2HMIA 5AQUA 5BRDA 2EX3A 2VG5A 1N32K 2O8EA 3C94A 3CJCA 3QINA 3E1YA 3GL1A 4YOTA 3ULEA 5GIPA 3ENHA 2HHQA 3AVCA 1VSEA 3OYFA 4CEQA 3SQ2A 4RW6A 2J0JA 5T7BA 2P1JA 3IRXA 4ELTA 1HRHA 2E8AA 1EETA 3RVCA 1NK4A 3CQYA 5CYMA 3OBWA 5J2MA 3IMXA 1FKPA 5LY3A 3OA9A 4HUEA 1OH8A 2EMTA 3M8QA 4C8OA 4B1YB 5BN9A 3HSTB 3AO3A 1G99A 3O9SA 4MLEA 3EE9A 1RT7A 1HB8A 1B9DA 4DKWA 5GIOA 3TAGA 1W0HA 3RWUA 3L2VA 2I1JA 1A5XA 1LAWA 2BTFA 3U8ZA 5JMVA 2WC9A 4CGHA 4KTWA 2Z1JA 4B8AB 3V9WA 4K8ZA 3DWLA 4K41A 4GW6A 1TKZA 3ZT1A 4JKDA 2E2OA 2ASPA 3ZEUA 4F4KA 3TANA 4CZMA 4CJUA 3EE8A 4BR2A 4JAXA 3HJFA 4U67L 3DI6A 2F7TA 2WH5A 2WFBA 3R6MA 1Y97A 3A2FA 1YTUA 4NO7A 3VQAA 4FJLA 3SMPA 3WXIA 1QE1A 4DTOA 4RW4A 3VQBA 4FW2A 3T1AA 3RMBA 4DV6K 3B6PA 4E7JA 4BR5A 3CCUN 4BRFA 3SBTA 3ZSQA 5AQGA 1UOCA 2W6KA 4BDPA 1ZYQA 4IG3A 3K5OA 1E4FT 2NRRA 4BWMA 3SQ0A 4Y1DA 4W5QA 4JKEA 5BRFA 2P9PA 3U9DA 1FKOA 2FSJA 4Q5VA 1RTIA 3NH2A 3U4LA 1GOCA 4EFHA 4BE1A 2HHUA 2IDOA 4CF1A 3SLCA 4CK3A 3GDQA 2W6LA 5MLCQ 1M1KO 4C8MA 3FP5A 2XO7A 1YIJN 3LM9A 3VEVA 2BH1A 4EZ6A 1L3UA 4YOYA 4BQZA 1KD1O 3KWGA 1OKJA 4BE2A 3K59A 5FPNA 4FK4A 4KH5A 5BPNA 3KJVA 5KQ8A 1L3VA 1T44A 3LP1A 4DG1A 2P9NA 4OGCA 3VTHA 4N76A 4O0JA 2YKNA 3EZ5A 1ESVA 3SI6A 4LC9B 5AQJA 1JXBA 4AM6A 3I0RA 4AF1A 3KD1E 4LH4A 4BRCA 2KW4A 3OJSA 3CG7A 3VQ9A 3LM2A 5IWAK 4BGBA 2G8HA 1HJRA 1YVUA 3CC7N 1ST7A 2CGKA 2E2PA 2HSTA 3VETA 2GUIA 3EZWA 1QHAA 3J7ZO 4AHVA 4B1WB 3L6QA 4LH5A 2G8IA 3F9KA 3C7NB 3SPZA 4JKHA 4FWRA 1VQ4N 4DQRA 5CHIA 2I7NA 1Q18A 1S9EA 4FM0A 4FWOA 1HNWK 3VMFB 4GV3A 3SCXA 1GLDG 4K8XA 4KI4A 2D0AA 2RQ1A 3FZFA 2YHAA 3L2RA 1S72N 2QWPA 2FF3B 3DLHA 1WSGA 3ZSRA 4OPHA 1VK0A 2HNYA 3O4NA 3IS9A 2FSKA 4Z0UA 4H0PA 5M1PA 2ETJA 4DR6K 4LSNA 3K57A 1RCHA 2A1RA 2HBMA 4DV7K 5DM6L 3KD5E 4C1NI 3ULDA 2P9UB 5AQOA 4M3XA 1VSMA 1YITN 3DLGA 4F9OA 1JL1A 4F3OA 1XC9A 4HDQA 4FLXA 3CQXA 4BRHA 4CHQA 1J5OA 3LDNA 3QETA 3G9WA 4FLVA 2NLXA 1KVAA 1UA1A 3D2FB 1J9AA 1KLMA 1YUWA 3MX2A 1NU0A 4QS8A 3WNGA 4RWTA 3KLEA 3HT3A 2HHHK 5JVLA 4H03B 4JHDA 3HTVA 4IEEA 1Y19B 2HF4A 5JLFA 2FLOA 2WTUA 4C1NK 4CI6A 4FWLA 3DRSA 4B9VA 5AZJA 3WEEA 3PX6A 2E2QA 2FSNA 3VA0A 2P9SA 3J7YP 3GOIA 3V9UA 3WXMB 3AAQA 4ZTFA 4FLYA 3ZYYX 4Z4FA 2FJ9A 4YOWA 4DR5K 1NBWA 4IJAA 3L4IA 3QO9A 2YX6A 4DQSA 4JKGA 2QWQA 3OYKA 2KFZA 1TK0A 2RPIA 3U8XA 4G1QA 2HRJA 4FJHA 1J6ZA 3NAEA 4FW1A 4NCBA 4ELUA 1C1AA 2X6NA 1W2BM 2CGLA 3LAMA 3A5OC 2GV9A 1GLCG 5HRRA 4KHSA 3HM8A 1HKCA 2ZWHA 1GOBA 5EVZA 1NJWA 4CEOA 4KHYA 2BANA 3THYB 2G8VA 5B8HA 1TKTA 1KQSM 2QWMA 4LFCK 4FK0A 4FLTA 3FFKB 4E7HA 1ATRA 3D2EA 3NF8A 4K42A 2HHSA 2ZE2A 4FJIA 1LOTB 1RBVA 2A40A 1HR0K 4OJRA 4CGFA 4FVMA 4B3MK 1BCMA 4IFEA 4O44A 5BREA 1N6QA 2CH5A 3PSFA 4FYDA 2D1KA 4JD2A 4HVJA 3MXMA 4KFBA 1NKBA 3C95A 4N56A 3KK2A 1HKBA 5FROA 5F1XA 4R5PA 4Z94A 4FCYA 4GV6A 2GUPA 3FZHA 4PHTX 1RBRA 3VEXA 3DOLA 1MU2A 1D8YA 1YT3A 1IKYA 1BIUA 2Z1IA 1KXPA 3BF3A 2O8EB 3DOKA 4B9NA 2XY6A 4UY8O 2FBXA 4NCGA 4EHTA 2QWLA 3ULEB 1BWFO 4FWKA 3SUQA 4IO8A 4J2BA 1GG3A 4H0XB 3AO2A 4CHPA 3AA2A 2PZSA 4PA1A 4XH4A 2KFNA 1S1XA 3HRGA 3IDHA 2D11A 1NK0A 4I7FA 5EX5A 4W5TA 4CZHA 4DS4A 4B9MA 3QICA 4P7IA 4J8FA 1YJWN 3FLCO 4EP4A 4DLEA 4H0YB 2AP1A 4BG8A 4JLHA 3T1HK 1RDAA 1RTHA 3QERA 3HVTA 4AHSA 4CZIA 1NKEA 3C6HA 1HLUA 1EWRA 4C8LA 4CEBA 1MWMA 3MWTA 3P4IA 3SV3A 1KAYA 3PIPL 3DMJA 3AVGA 4CE9A 5HRNA 5KRSA 5AQYA 5AQVA 4QAGA 1RBTA 4J2EA 3K5MA 1VQLN 4NXMK 5CE3A 1RTJA 3T69A 3SQ4A 2IIRA 2CB8A 1SL1A 4N47A 1WSEA 3AVHA 2B5JA 1XWLA 4YDUA 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