3E9PA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1827-2092
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Rna binding protein, splicing
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9pA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9pA01
3E9LA 4JK9A 4JK7A 4JKFA 3E9OA 3E9PA 4ILGB 4JKGA 4JKBA 4JKHA 4JKDA 4ILHA 4ILJA 4JKEA 4JK8A 3E66A 3SBTA 3ENBA 4JKAA 4JKCA 4JKGB 3SBGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THYA 1SL2A 4XIUA 3L8BA 4E1NA 4GMJB 1P90A 4BDPA 1LW0A 1D5AA 3LAMA 1ZBFA 4BRDA 3CJ9A 2PBDA 5SZTA 4DTSA 1NGAA 3TSUA 3VPZA 2P9KA 2QWMA 4FWOA 4BE0A 3IMXA 4CIFA 3G6EN 3L3VA 4IWVA 4X64K 3SUOA 3RVCA 3WXKA 4QCLA 1NJZA 2P9NB 2HHUA 1LAVA 3HK2A 4J2BA 4FLTA 3KD5E 4E3SA 4FJ7A 4B1ZA 1YHQN 3WNEA 4F3OA 1NK8A 1XHZA 4M41A 4DTPA 3C6AA 4LF8K 4OVLA 2FJ9A 3EZWA 1NOYA 3THVA 3FZHA 5AQSA 2QA4N 1RT5A 3SUQA 4L3QA 4CGIA 3CPWM 1MK9B 2XY7A 2KFZA 5FPDA 3A5LC 1EX4A 3KLIA 2YHWA 2IC3A 1TL3A 4CEFA 3VQ5A 3QLHA 3ALYA 3LM2A 4JKHA 5I9EB 2A3ZA 1RBRA 5BREA 3DRSA 4MFBA 4C8KA 2OZSA 4YOWA 2NLXA 4WYBA 2WUSA 3M6GA 2ITMA 4ELTA 5AZJA 4CIEA 1RGIA 3CQYA 3SLCA 3MWTA 3VQQA 1NM1A 2O4GA 2HE7A 5BPLA 1JLBA 4L8RB 3T7ZA 1SUQA 1K9MO 2FBTA 4B1YB 1IG9A 1TAUA 3OY9A 3SCXA 4BRAA 2E1ZA 3DOLA 2F8TA 1TVRA 2OA8A 3RMBA 3KLEA 5BN8A 1DT9A 1WBDA 3LWLA 2D4WA 3X23A 4CZGA 4FM2A 4FJKA 1HNIA 2WOMA 3CCQN 1HQEA 1S9EA 4AHVA 3QICA 3THXA 1KC8O 2G8VA 4DR7K 4FJJA 4EHUA 1SL1A 5GAHP 3GE1A 2Z1HA 3TAEA 1U48A 4H0PA 3I8DA 5LMNK 5J2MA 4DR1K 4OX9K 3MN7A 3AO2A 3AARA 4FWMA 3PIPL 4JS4A 5KRSA 5HRNA 3N4QA 3O80A 4DTJA 4KI4A 3QBXA 4WF9L 1CLQA 1NK7A 2E1YA 2UUBK 3CETA 4O5BA 3IUCA 4KTZA 3OS0A 3TANA 2AJQA 3LP0A 4C8MA 5FLXO 3B6PA 1T05A 2HVHA 3SK3A 3O5BA 1EWRA 1GG3A 3A2FA 2P9UB 2OPSA 4CIGA 3EE8A 1EP4A 4GXBA 2VQFK 4XH4A 1MA9B 3AVBA 1E3MA 4FLVA 4CJSA 4H4OA 3O3FA 1WB9A 1KRPA 5LMUK 5KGWA 1EXQA 1ZBUA 4KTWA 1NNEA 2X6SA 3L6QA 3KK7A 5I42A 3DRRA 4YHHK 3TAFA 2KFNA 4BR2A 3OTOK 2XY6A 4DR6K 4YOXA 2YHXA 3CC2N 1T7PA 1VBGA 4Y0WA 4I6MB 3VQEA 3ZT3A 4JD2B 1ATRA 4HDOA 1X9JA 2D0BA 2KTQA 4DV4K 2HNYA 4O8KA 2YNGA 3IG1A 2QK9A 1UWBA 1UOCA 3C7NB 1GOCA 1RT1A 3MDQA 3K58A 1VBHA 4DCHA 3S3OA 1NOZA 4CK2A 2WH5A 1S6QA 4CEDA 3CCUN 4JI8K 1KBLA 5IT9O 3LP3A 1GLAG 5GIOA 1C6VA 4IOXA 4FOEA 3ZDTA 1ZBSA 2FSNA 3LDPA 5DMRA 2P5GA 4JKGB 1JCGA 1Q9YA 4BDZA 2P5OA 4NYFA 1OKJA 4YDUC 1JXBA 4JK9A 4KHNA 1QZ5A 3PSFA 5EVZA 2JWLA 3IFRA 4N76A 2IAJA 4YDUA 4LFCK 2NRRA 5LJVA 4IG3A 3MCPA 4ICLA 1SQKA 3HJFA 1UAXA 1WLJA 1VQPN 2UU9K 4CF8A 5BRHA 2ASPA 4JHDB 5AZIA 5J2QA 1BG3A 4BE1A 5AQPA 3TABA 4H5VA 1B9FA 2I7PA 3PY8A 3DWLA 2P9IA 1BCMA 2UXCK 3R3LA 1EKEA 4NCAA 2VGMA 1NJWA 3A8YA 3VQBA 3E9PA 5HRPA 4M7XA 1EQYA 3V9WA 3MK6A 2J0JA 3D0PA 1L3TA 3FR0A 5I3UA 4QS8A 1Q82O 5EX5A 4CJKA 3BZKA 1LCUA 1CZAN 5FPNA 4CD3A 1DLOA 2W42A 4BVPA 1VSFA 1YJ9N 4BR9A 3DXKB 1Q7YO 3U8ZA 2EWSA 1T03A 5EU7A 1U4BA 1WSJA 4DR2K 3VQ4A 5BRDA 4DSIA 4RWTA 4ELVA 1EO1A 1OH5A 1S1WA 3CCSN 4DSJA 4J2EA 1RT3A 3ZX3A 4CVNE 2HSTA 1SKRA 4RCHA 1GLLO 2QI2A 4BACA 1ACAA 4IFYA 4JAXA 4JK8A 4PL7A 5ADXH 5FRNA 3QIPA 3E1YA 3SPYA 1S1TA 2NRHA 4CGGA 4LF6K 3QMLA 4FJ5A 3PSIA 4A59A 1V4SA 4IJNA 2A40A 5JVHL 2NRWA 3VMFB 3H46O 4BQLA 4HCBA 2HHTA 4I7FA 1VQLN 2O8BB 1DTTA 2IVPA 2FF3B 3TAGA 1HKGA 3I0SA 4HUEA 1H4RA 3VEYA 4LFBK 3NGZA 1RTHA 2VYPA 5JVGL 3N4PA 3SNNA 3CCJN 3SUPA 2KKZA 4KBOA 2D11A 3QEPA 5AQNA 3K9KA 1LOTB 3MEDA 3TAQA 3BZCA 1S6PA 3H45C 3PV8A 4NY0A 1TUYA 2YNHA 2J0KA 4F4KA 4WFNL 2I5JA 5AQWA 3ZSWA 3QDKA 1HYZA 3V9UA 3P1GA 2CQUA 4JKEA 2D2QA 4GV9A 1QSYA 3BUZB 4WE1A 1VQ9N 1HKCA 4DR3K 2YI1A 4JI6K 5K14A 4LF9K 3IVFA 3OYFA 2E8AA 1N5YA 5AQTA 3L2RA 4DF8A 4CF0A 2QEXN 3AVMA 5AFUH 1TK8A 1TK5A 4CFBA 3AV9A 3ENOA 2PFUA 2Y1IA 2I7NA 3NBPA 4H5NA 3EZ5A 3DMJA 3I0RA 3SYZA 2BTFA 5AQVA 2FXUA 4DR4K 3OYCA 1HNWK 3JXUA 3ATVA 2YX6A 4W5OA 5FPEA 3WXLA 4CBWA 2Q36A 3D2EA 1LAWA 2P9PB 2A6AA 1NU0A 1H1VA 2YKNA 2E2OA 3ZEUA 1IBLK 4W5NA 5F2RA 4ILGB 2CGLA 3LDQA 1J5EK 2HNZA 2V52B 4KHYA 2FBXA 4K25A 3VGMA 4AHUA 3EPYA 1X3NA 3UKUB 4E0DA 4JI0K 3V9XA 4BGAA 3THYB 4FPBA 2GUPA 3S41A 3HT3A 5AQFA 5ADXA 4I6MA 2FC0A 1L3SA 5AQXA 3AO3A 4J2AA 1EETA 4XH1A 3J80O 4DQSA 4Y1CA 3WEEB 4CESA 3F73A 3T1YK 4FJ9A 3PVLA 1A5VA 2QWLA 1TKDA 4QOZB 3L2UA 3G10A 1RBTA 4AH9A 1QSSA 3C7NA 2P9NA 4K8ZA 3NDKA 1QSLA 2UUAK 3QEWA 1NKBA 5DM7L 1B92A 5AQJA 4KV8A 4EAHD 4N56A 3THWB 1VQMN 1XMOK 4WQ4C 1BQNA 1BOTO 1BL3A 1ST7A 4C1NI 1YT3A 3CC4N 4PHTX 4CHPA 1RNHA 3KWGA 3NF7A 3WXJA 4CFDA 3EY1A 3TWHA 4JI4K 3ZETA 3TU5A 3Q7BA 4J8FA 1T6DA 4CZJA 1WUAA 2ZF5O 1N8RO 3DJCA 3I55N 3RMDA 3E9LA 4RW6A 3BINA 3OHRA 3E9OA 1L5UA 2Q0RA 4EIAA 5AZJB 3OYDA 4FM0A 1NGFA 4FSVA 3TPQA 3SV4A 3H08A 4DTRA 4KRFA 4LC9B 3KK3A 2PY5A 4DUYK 1BA1A 2F7TA 3P4IA 4RG8A 3SAGA 1GOBA 4AM7A 5KI6A 4DMNA 1RDAA 3QEVA 3CJAA 3ZYYX 1OVYA 3KK2A 4NLBA 2HMPA 4IOAL 4BREA 3F5TA 3OBWA 5A2QO 1HJOA 2ZGZA 2PYLA 4LD0A 2KZMA 4DTXA 2GWKA 1BUPA 2O8EB 2ASMA 3J81O 3ITHA 3CF5L 3OS2A 3NF8A 3NF9A 3ZEUB 4B9TA 4DSLA 1GC6A 3FLVA 3L4QA 2A42A 4NO7A 4NXMK 3J7AP 1RTDA 3ISNC 1VRTA 4FZYA 5CYQA 5J2NA 1MWKA 3ASMA 3WT0A 4CF9A 1FJGK 5FDLA 1KFSA 2ETJA 5CY4A 2G8IA 3HBTA 4FJNA 5CR4A 4BGBA 3M8QA 4FWRA 1BO5O 4H5RA 5BR9A 5HROA 3AU5A 1W0HA 1KD1O 3AVKA 3WEEA 4I9QA 3U8XA 1VQ5N 2HB5A 3LP2A 3DI6A 3DLEA 3O4WA 4GKJK 3M8PA 4O8UA 3VGKA 4CI6A 3CMEN 4RW8A 3VEXA 1K8AO 2DFHA 3DRPA 1RDUA 2ASOA 3M1FA 3C6UA 3NHGA 1ASVA 4FPAA 1BGXT 1RT2A 3RSEA 4JNEA 3MAQA 5AQGA 1FKPA 5EY4A 2ZWHA 1G99A 2DFEA 4FK0A 3VGLA 4ISFA 4OLBA 3ZSOA 3C95A 1RDWX 3PX4A 2COPA 4KH4A 5M1FA 3MX2A 3HL8A 4FW1A 1XMQK 3S3NA 4JD2A 3PIOL 5GAEP 5BPNA 4CEOA 4YFUA 5KGXA 4IG0A 1YF5L 2QWOA 4KO0A 5AFUA 4KH6A 4NB4A 4B1UB 3CJ7A 1NGEA 4M42A 1GOAA 3AVHA 3CM5A 1HB8A 3G25A 2YHBA 1V4TA 3IKMA 4FLYA 1TAQA 3OVNA 2ZQBA 4K43A 3SJHA 2F9WA 3ZT0A 3TARA 1IO2A 2OTJN 4DKWA 4A5AA 3AGKA 3OYJA 3LDOA 5CHIA 3RTVA 1S3XA 5C10A 2WFBA 4ELUA 4JKGA 3BY5A 4PL8A 1RTIA 4IO9L 4KAZA 4XEIA 2RN2A 1BISA 3UE5A 4AHCA 2XY5A 1VRUA 3HTVA 1HYSA 5F0XA 5HRRA 2D0OA 1YJNN 3ZX0A 2HVIA 2V7YA 4EZ9A 5LJWA 5C25A 4EZ6A 1K8KB 3ZT1A 4DV7K 4JKCA 1QHAA 3RMCA 2QKKA 4MO4A 5LL6Z 1NGJA 3SMPA 3OBYA 5EXWA 3H1VX 3QO9A 4ISEA 1MU2A 3AA2A 1U2VA 1DIKA 1T6CA 3OJUA 3LWMA 4CZLA 5KTQA 1JLEA 1DGKN 3F9KA 5IWAK 3CCLN 2VCPA 3AVJA 3RR7A 4YL8A 3MXJA 4ILHA 4H5WA 1SKWA 2QWRA 1VK0A 3TTDA 5AQRA 3DXMB 4CGFA 1WSFA 4CJRA 1VSHA 1JCEA 2NRXA 2FBVA 3VQ7A 3V6DA 4ZTJA 4B9MA 2HMIA 2O8CA 2F4VK 1K8KA 3CJ1A 3LDNA 1KQSM 4H5TA 1J54A 3BF1A 3FZMA 5BR8K 2I1JA 3ZX2A 2QTDA 3VF2A 3B6OA 4BRMA 2HOEA 2H3GX 4DTNA 1NGIA 4PKHA 4CEZA 1SL0A 1Q18A 4BR4A 4CJUA 1YITN 2FDQA 1J19A 3L0QA 2XO7A 3FZLA 3G4SN 4KI6A 1VSLA 4B9QA 1BHLA 2YCHA 1GLFO 5FPMA 1VAZA 2GX9A 1NKCA 1Z05A 1ZC6A 4CHQA 4EP4A 1XNQK 3AVGA 4KB0A 2RKIA 3NF6A 4Z94A 1SZ2A 2IS3A 1OH7A 3JSMA 3O9UA 4NCGA 2OYQA 1QQOA 3FFKB 5KQDA 2GELA 4CZHA 3M3ZA 4X66K 1X1PA 1EWQA 2CB8A 4M3ZA 1E4GT 4IFEA 4QS7A 4F2RA 3ZSYA 4MLHA 3OYNA 3HYFA 3U6FA 3HXMA 3D2FA 2HF3A 3FP5A 3SAFA 3KHYA 3HPGA 1JDEA 1D9FA 3LPUA 4CECA 3ZLJA 3KWIA 3OYMA 3ID8A 4A57A 5C0YA 2FF6A 1MIZB 1KLMA 3MN9A 1WBBA 2G8UA 1JLGA 3ZSZA 3AVNA 1VQNN 3MX5A 3CCVN 4JI3K 1S1VA 3MECA 3V81A 1Y19B 3SPZA 4BE2A 1D9DA 2HBJA 1KVCA 3OYIA 1Y97A 4DU4A 5TKWA 5KPZA 4IDHA 4C8NA 5BPMA 1RDCA 1W97L 3A0IX 1NGGA 1KAZA 4GV3A 3SJJA 4CCHA 1ESVA 1S22A 4DV1K 1JL1A 4DV6K 3F2KA 4DUZK 2HRJA 4B9SA 2XHBA 3THXB 2W40A 1BQMA 1KSPA 4DWIA 1HRHA 2BGGA 1TKZA 1RILA 2UXBK 3RSEB 5KRTA 4FLZA 4E7IA 3R6MA 3AVCA 3AAQA 1HX1A 2E2PA 3HI0A 3T69A 1NK9A 5AQQA 1CXQA 1JL2A 1TYQB 2CH6A 3V1RA 3VQPA 5BN9A 2X78A 5C2DA 3AY9A 4LH5A 5M1OA 1JLCA 3DOKA 3ENHA 1WSHA 3DLRA 2HBLA 3K9JA 3NH2A 4B8CA 4A5BA 4Z4IA 4H0YB 3TR8A 2VGNA 4E19A 4OPKA 1W7AA 4AM6A 2D0CA 2CGKA 4LF5K 4DTUA 4OO1J 3TAPA 3UKRA 3CFPA 1N6QA 3TI0A 3E01A 4MQ3A 3T1AA 4FJXA 4DTMA 1JLFA 4Q0BA 2HHSA 3DLGA 3TSQA 3FGUA 3SMSA 2E6LA 1U04A 1NJYA 3ULEB 3HPOA 1KFDA 5J2PA 4I2QA 3D7EO 1NLVA 1U49A 4DF4A 4B3TK 1HUXA 1GLCG 4I2PA 4FJHA 2P9KB 3U9DA 1HNZK 1G15A 4MDBA 3AGRA 4BR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9L A;  4JK9 A;  4JK7 A;  4JKF A;  3E9O A;  3E9P A;  4ILG B;  4JKG A;  4JKB A;  4JKH A;  4JKD A;  4ILH A;  4ILJ A;  4JKE A;  4JK8 A;  3E66 A;  3SBT A;  3ENB A;  4JKA A;  4JKC A;  4JKG B;  3SBG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3THY A;  1SL2 A;  4XIU A;  3L8B A;  4E1N A;  4GMJ B;  1P90 A;  4BDP A;  1LW0 A;  1D5A A;  3LAM A;  1ZBF A;  4BRD A;  3CJ9 A;  2PBD A;  5SZT A;  4DTS A;  1NGA A;  3TSU A;  3VPZ A;  2P9K A;  2QWM A;  4FWO A;  4BE0 A;  3IMX A;  4CIF A;  3G6E N;  3L3V A;  4IWV A;  4X64 K;  3SUO A;  3RVC A;  3WXK A;  4QCL A;  1NJZ A;  2P9N B;  2HHU A;  1LAV A;  3HK2 A;  4J2B A;  4FLT A;  3KD5 E;  4E3S A;  4FJ7 A;  4B1Z A;  1YHQ N;  3WNE A;  4F3O A;  1NK8 A;  1XHZ A;  4M41 A;  4DTP A;  3C6A A;  4LF8 K;  4OVL A;  2FJ9 A;  3EZW A;  1NOY A;  3THV A;  3FZH A;  5AQS A;  2QA4 N;  1RT5 A;  3SUQ A;  4L3Q A;  4CGI A;  3CPW M;  1MK9 B;  2XY7 A;  2KFZ A;  5FPD A;  3A5L C;  1EX4 A;  3KLI A;  2YHW A;  2IC3 A;  1TL3 A;  4CEF A;  3VQ5 A;  3QLH A;  3ALY A;  3LM2 A;  4JKH A;  5I9E B;  2A3Z A;  1RBR A;  5BRE A;  3DRS A;  4MFB A;  4C8K A;  2OZS A;  4YOW A;  2NLX A;  4WYB A;  2WUS A;  3M6G A;  2ITM A;  4ELT A;  5AZJ A;  4CIE A;  1RGI A;  3CQY A;  3SLC A;  3MWT A;  3VQQ A;  1NM1 A;  2O4G A;  2HE7 A;  5BPL A;  1JLB A;  4L8R B;  3T7Z A; 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