3EBZA

High resolution hiv-2 protease structure in complex with clinical drug darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ebzA00
1APTE 5P5AA 5P2JA 5P8CA 2QMGA 3LZVA 4L1AB 5P61A 3TOHA 1GVTA 4Y44A 2P8HA 2WHHA 1ZPKA 1G6LA 2I0AA 1FQ7A 3O9LA 6UPJA 2B8VA 4PEPA 4EJKA 4YD6A 2QAKA 3VV8A 1GVXA 3OGPA 2O4NA 5HDXA 5KQFA 2V12C 4Y51A 3NWQA 4ER1E 1HXBA 5HD0A 5OZ4A 4AA8A 4YDFA 1C70A 4ZPGA 3BUGA 1SGZA 2IGXA 1XDHA 4Y3NA 5P4NA 4OD9B 3T7PA 2ZJMA 2UPJA 4L7JA 3RU1A 2IRZA 3TPLA 3SKGA 2P4JA 4EXGA 5P22A 1K6PA 3TKWA 5P8DA 3NDWA 3PRSA 2IEOA 3U71A 2XYEA 2FXEA 3O99A 5P3SA 3R4BA 5P4QA 3CMSA 5ER2E 3PBZA 4YOAA 5P5DA 3HLOA 4LP9A 1HTGA 5P1SA 1W5VA 2QMPA 1PSOE 2AZBA 2PQZA 5AH8A 5OZPA 2OHLA 2AVVA 3UPJA 3SA8A 4YA8A 4K8SA 2IKOA 5P7WA 2I4WA 3A2OA 5P11A 3EKQA 4XX3A 5P42A 1LYAB 3LZUA 3HW1A 3QVCA 2BJUA 2Q54A 4R5NA 5P1GA 5P7TA 5OZNA 4QGIA 4YOBA 4Y3EA 2PWCA 3QIHA 5P01A 1Z1RA 3KM4A 4BELA 4QJ8A 2NNPA 4JP9A 3EL1A 5ISJA 1OHRA 3G70A 2PYNA 1EC1A 2FLEA 5P8JA 5P3IA 2QHYA 3VG1A 4XX4A 3OQKA 4Y38A 3PBDA 5OZ2A 4DVFA 4ZPEA 3PJ6A 3VF5A 1SBGA 3DK1A 4Y4EA 4QJ2A 1NPWA 3UDNA 1T7JA 5P1PA 2WKZA 1HRNA 4ZSPA 1HVCA 5P2QA 3L59A 3L5BA 1T6GA 4FSEA 4OC6B 4XKXA 1MUIA 3NU9A 5P7RA 4B1DA 5P73A 5P7BA 5P8OA 4J1FA 2V0ZC 1BAIA 5P5YA 4B72A 2ZHUA 5P6XA 4J55A 3LIZA 5P3FA 5P55A 5OZGA 1ER8E 5HCTA 5P16A 3DCKA 3KMXA 5P4AA 2I0DA 5OZFA 3O9FA 4CMSA 2B42A 5ISKA 5P38A 1MTBA 5P0WA 4EQ0A 1LEEA 5OZDA 4HDBA 2AZ8A 2NR6A 1D4LA 3TH9A 5P02A 2IENA 2AVQA 3ZKNA 4NKKA 2WF3A 4LXAA 3K5GA 5HDVA 1F34A 5P65A 4DQHA 3K5FA 5P1RA 4Y56A 5P03A 1XN2A 1EC3A 4FRSA 4I11A 2QU3A 2WF2A 4Y4XA 3EKWA 4NJTA 2O4PA 3LITA 2VJ7A 1IDBA 1FMXA 4H3FA 3DV1A 2SAMA 5P5TA 2VKMA 5P80A 3URIA 3UDQA 5P2ZA 1HSIA 2AIDA 4U7QA 2ZYEA 3QS1A 5OZZA 5P3WA 5DGUA 6FIVA 3FNSA 5P0LA 4H3IA 1AJVA 5EZXA 4J0ZA 2PMAA 5P4ZA 1HIIA 5OZBA 3L5FA 4FGXA 3TPJA 1HVSA 3U6AA 4Q1YA 1B6KA 3TTPA 3NDTA 4Y4TA 5KOQA 4Y5PA 5P5NA 4NPUA 1LYBB 5P62A 5P79A 1FG8C 1WBKA 1XL5A 4J54A 3PVKA 2IDWA 4J0YA 5P3EA 1DIFA 3OADA 4OBFA 4YCKA 5P76A 5P8SA 3IN3A 5P7UA 5E5JA 4YBIA 5P1VA 3KT5A 3S43B 5P6ZA 1W6IA 5JG1A 4EJ8A 1DMPA 4XXSA 5P7GA 2HPFA 4E43A 4J1HA 4Y3SA 4ACXA 3NLSA 4GJ5A 3C9XA 3RTMA 4F74A 4J0TA 3FKTA 3CYXA 2XFKA 3FX5A 4Y5MA 1KJGA 2B7FA 2JYSA 2AOFA 4DJPA 3VEUA 2Q3KA 4Q1WA 3OQAA 2NTRA 5SZ9A 4CPQA 5P5RA 5P2SA 3VFAA 1LZQA 4GYEA 1W51A 2OHUA 2G1SA 5P2AA 5P2XA 4J1EA 2R3WA 3NSHA 4L7HA 4ER4E 5P1YA 1HWRA 5KQYA 3UDMA 5C9FA 3KT2A 4WY6A 2PSVA 3DCRA 1QRPE 3IAWA 4TRYA 4K4QA 1IZIA 4Y3FA 4YD7A 3RSVA 3BVAA 1T3RA 2QZXA 2XFJA 4L1AA 5P77A 4J0PA 1FF0C 3OXVA 4Y4UA 5AHAA 5OZ9A 2ER0E 3SAAA 1ZLFA 4M8YA 3D1YA 1BVGA 1B5FB 1YM2A 4RCDA 5P1IA 2BBBA 2OF0A 1PSAA 1FFIC 1TW7A 2R38A 1B6LA 3PSUA 2QZWA 4J1KA 4BFBA 5P54A 1MSNA 2V13A 3IXJA 2WECA 1YTGA 5P0DA 3T11A 5OYSA 2QNPA 4ZSQA 5P0MA 4TVHA 2ZGAA 5P28A 2B7ZA 5P18A 5P34A 1B6MA 4OD9A 5P86A 4EP3A 3GGVA 5P3JA 3PWMA 1D4HA 1HSHA 5HE7A 2G1RA 3O9IA 1FG6C 3G72A 4BFDA 3ZPUA 2BPYA 1N49A 5P6EA 4KB9A 4I0IA 1FQ5A 3GGUA 3LPIA 2QD8A 3UFLA 4ZIPA 3B80A 5P2YA 4M8XA 1G35A 2AODA 2I4XA 4CPSA 3KFPA 1PPLE 5P2UA 4Y4ZA 2OHTA 1ODYA 1D4KA 4NJVA 4D83A 3TNEA 3BUFA 1M4HA 4Y57A 3TL9A 3R0WA 2EWYA 4DJUA 2ZJNA 1Z1HA 5PEPA 5P0YA 2VNNA 1C6ZA 4FE6A 4AA9A 1QDMA 5OZXA 4D89A 2PYMA 1LYAA 2FGVA 3APRE 3OUBA 5P1BA 5KOSA 3R1GB 1UH9A 3ZKSA 1OD1A 3CKTA 2FS4A 2R9BA 3INHA 2P3DA 1EPLE 1MEUA 2FGUA 3FV3A 4YD4A 5P0NA 2ZJHA 3S54A 3LHGA 4APEA 4D85A 5P1LA 2BB9A 2R8NA 1XL2A 2XFIA 5P29A 5P0PA 1IZDA 5P8AA 5P1OA 5P2VA 2BKTA 4OBDA 5P5LA 4CPXA 1RV7A 3T7XA 3OU4B 3OHHA 4Y9WA 2R5PA 3PMUA 4OC6A 2XYFA 4FLGA 1MTRA 5P7IA 2AVOA 2HAHA 5P6DA 4B1CA 4X2LA 4HLAA 3EXOA 1NPVA 4DJWA 2OHPA 2R3TA 5P51A 3VFBA 3HD8A 4Y5BA 1ZAPA 1HPSA 2HB2A 5KQXA 3UDPA 3OUDA 1EC2A 1YG9A 5JFUA 5P04A 1EBWA 1WKRA 3RTHA 5P1AA 2PK5A 1KJ4A 5OZ3A 3MSJA 3TOFA 5P3AA 5OZAA 5DR7A 2O4KA 5P5HA 4EHCA 4R91A 3HBOA 2G20A 4GJDA 4I0GA 3QBFA 5P23A 3KFNA 3MWSA 5P8BA 3WZ6A 5P27A 4FM8A 5P49A 1W5YA 2G69A 3Q4BA 5P12A 4FCOA 5P3NA 1HIHA 7UPJA 2AOJA 4A4QA 1HTEA 3DUYA 1GNMA 1HPVA 3VV7A 5P4MA 3INFA 1B11A 5P70A 4Q1XA 2QI4A 3NU4A 5P0OA 3OWNA 4WY1A 2G27A 5P0RA 2Q5KA 5P69A 5OZ0A 4DUSA 4B0QA 4K4PA 5P2DA 4B1EA 5HE4A 5P3RA 4RGHA 4COEA 3NUJA 3S53A 1EPOE 3BGBA 1D4IA 4IVTA 5P4VA 1HIVA 5P7OA 5P0BA 2V00A 4AMTA 2HB3A 3ZKQA 3NU3A 5DR0A 2F3EA 1HTRB 1FMUA 5AHCA 3PI5A 4AZYA 4D8CA 1FFFC 1UH7A 4MC6A 1D4JA 1LYBA 2WJOA 4CP7A 2RKFA 3TLHA 4HDPA 3OUCA 4GIDA 5P14A 1A8GA 5I3VA 2G1OA 3PLLA 5P7XA 2ANLA 3VV6A 3S43A 3BHEA 1UH8A 1ZJ7A 1MT7A 1XN3A 4Y3WA 3S7LA 3SA9A 1F7AA 4APRE 2Q55A 5P2RA 1FQXA 3I6OA 5P3QA 5P57A 5P4WA 1T7IA 3LZYA 1GKTA 8HVPA 5AHBA 5OZOA 2G22A 5P8NA 3TKGA 5OYRA 3OK9A 5P8RA 3PLDA 2I4UA 5P78A 5P0GA 3GGXA 5P7QA 2J9KA 3BRAA 3UQXA 2IL2A 4I0DA 4Y5LA 4MC2A 1JLDA 1SGUA 2VIEA 5P3YA 2QCIA 4Y5GA 4FS4A 5I3XA 5P8LA 5P26A 4OBHA 1HPXA 4YD3A 2H6TA 2G1YA 1BXQA 3OXXA 2ASIA 1Z8CA 3UQWA 4D88A 2APRA 3ZLQA 4ZE6A 3VYDA 3N3IA 3EKPA 3TPRA 5P36A 2WEBA 4TRZA 3RSXA 2I1AA 5P1KA 5P3PA 2VIZA 3UDHA 1GNNA 1HVRA 5P4SA 5P3LA 5P7ZA 1B5FA 2ER9E 3OHFA 4QJAA 1K2CA 5IE1A 4LL3A 3I7EA 5P6RA 2QK5A 4DFGA 3LZSA 3UDJA 2OHKA 1TSUA 4DPIA 2P3CA 2G21A 5OZJA 1APUE 5P5JA 5SY2A 1EPQE 5P4PA 2RMPA 3ZOVA 1LF3A 5P2FA 3LIQA 2BKSA 3OUDB 3O9CA 2WEZA 3ECGA 1MT9A 5P6CA 3KA2A 1TCWA 5P2HA 2A1EA 1ZP8A 3VYEA 5P8KA 4KUPA 3PM4A 5P09A 4RRSA 1K2BA 2Q11A 2ZJIA 3LNKA 1K1TA 3Q3TA 5P4YA 2BQVA 3D1XA 5P48A 4CKUA 5P2OA 5P2GA 5OZUA 2FIVA 4DQBA 4OBJA 3FNTA 3JVWA 3H0BA 3G6ZA 5P6JA 2HS2A 4Y6MA 2QI3A 2QNNA 3BXSA 2Z54A 3M9FA 4J1IA 3DOXA 5P8QA 5P6UA 1PPKE 3KYRA 2VS2A 4Y37A 4GJ9A 5P3TA 2AZCA 5P50A 2ER6E 4I0JA 1BV9A 2VIYA 2F80A 1Q9PA 2ZE1A 1FLHA 3DM6A 1EBKC 1AZ5A 1RPIA 2VA5A 4ZSRA 3K5DA 5P5WA 3VCMA 5OZKA 1D4SA 2QU2A 4RCFA 1G0VA 2FXDA 1XE6A 3VYFA 5JFPA 1ZSRA 4RVJA 5P46A 5OZ7A 5HDUA 3BGCA 5COOA 3RTNA 5P2BA 5P3GA 1FQ4A 3QP0A 3HAUA 5P7FA 4Y5NA 4B05A 4Y39A 2JJJA 2FMBA 4DPFA 3H5BA 1QS8A 3O9AA 2WF0A 4Y3DA 3NUOA 5COPA 2BPZA 5OZHA 1IDAA 1FIVA 4I0HA 4YE3A 4JOOA 1SDUA 3IGBA 5P85A 5P06A 5P8FA 1EPPE 3OU4A 4DQCA 5OYWA 4Y3HA 5P75A 4EYRA 4PYVA 5P60A 2QHZA 3IA9A 5P6FA 1HPOA 2WL0A 4GJ6A 4LC7A 5APRE 3SA5A 3OGQA 5P7YA 2OHSA 4YCYA 4H3JA 1MT8A 4B70A 1HOSA 3JW2A 5DQ1A 4Y4AA 2ZJJA 3OUAA 5P6TA 3HDKA 2IS0A 1QBRA 2BPWA 3KDDA 2QMFA 2PC0A 3GI6A 4UPJA 3I8WA 1AM5A 5P0QA 1MIQA 5P53A 4HZTA 5P4LA 2R5QA 4DJRA 3S85A 2QNQA 3EKTA 4LXKA 5P52A 3BVBA 5P5ZA 5P0JA 3SACA 4RVIA 1D4YA 5P5EA 1NH0A 2WF1A 3APPA 1NPAA 3PB5A 1BDRA 1IIQA 4Z22A 4K9HA 4QJ6A 1PFZA 5P7JA 1EPME 3ZKXA 4Y48A 1K6CA 5P7KA 3BC4A 2O4SA 5P5OA 2MIPA 5P8GA 3QRMA 4DJVA 3PI0A 1U8GA 3FNUA 5P1ZA 3OY4A 5P74A 3R2FA 4LAPA 2AOEA 1SP5A 2I4QA 5P6YA 4OBZB 5P0KA 5P0FA 5DQ2A 5C9DA 1BDLA 1BV7A 5DR3A 1CPIA 3Q6YA 6APRE 3N4LA 5P39A 3ZKMA 2QI1A 3D20A 4CPWA 5P3HA 1ZTZA 4Y3XA 3L5DA 2ZJKA 3T3CA 4DV9A 5P0XA 1LF2A 1KJFA 5P8PA 3O9GA 1PPME 3CKPA 2AOIA 3BUHA 5P4FA 1EPNE 3LINA 3EM4A 3PMYA 1YX9A 4L7GA 3GI5A 5P6HA 4FRIA 1HBVA 5P7HA 2PK6A 4MC9A 4EWOA 3MXEA 3FIVA 3OTSA 3CYWA 1BIMA 5P1TA 5P5BA 4FRJA 3K5CA 4FM7A 3D91A 1ZSFA 5P2WA 2F8GA 4Y4GA 4U8WA 1GVUA 2OHMA 5DR4A 4FSLA 4Y41A 3NWXA 5P72A 3QVIA 4EPJA 5P1DA 3FSMA 3WZ8A 4ZPFA 5P3CA 3K1WA 4S1GA 4JECA 3GI4A 2I4VA 3UF3A 5ER1E 5P5UA 2J9JA 5P3VA 3O9HA 4U7VA 4PHVA 5P5XA 3IN4A 4FRKA 1SDVA 4FIVA 5HU0A 1LS5A 2QI6A 2AVMA 3L5EA 5P41A 5OYTA 3QI1A 1XS7D 1A94A 2HPEA 4KE1A 1NSOA 3O9BA 2IKUA 3IVIA 3KDBA 4DJOA 3L5CA 5OZMA 5ENMA 3SPKA 5SXNA 1YM4A 3O9DA 4RYGA 5P4CA 5P7PA 2G24A 2G26A 3BXRA 5BWYA 5P5KA 2O40A 4NJUA 3URJA 4Y3YA 3PCZA 4Y3MA 5P07A 5P5QA 1AIDA 5P0CA 4Y3ZA 4Y50A 5P5FA 5P1FA 4EJLA 3HVGA 2P3BB 2B60A 3KMYA 3KDCA 5P3UA 2PH6A 4F75A 4TVGA 4HVPA 5P1HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APT E;  5P5A A;  5P2J A;  5P8C A;  2QMG A;  3LZV A;  4L1A B;  5P61 A;  3TOH A;  1GVT A;  4Y44 A;  2P8H A;  2WHH A;  1ZPK A;  1G6L A;  2I0A A;  1FQ7 A;  3O9L A;  6UPJ A;  2B8V A;  4PEP A;  4EJK A;  4YD6 A;  2QAK A;  3VV8 A;  1GVX A;  3OGP A;  2O4N A;  5HDX A;  5KQF A;  2V12 C;  4Y51 A;  3NWQ A;  4ER1 E;  1HXB A;  5HD0 A;  5OZ4 A;  4AA8 A;  4YDF A;  1C70 A;  4ZPG A;  3BUG A;  1SGZ A;  2IGX A;  1XDH A;  4Y3N A;  5P4N A;  4OD9 B;  3T7P A;  2ZJM A;  2UPJ A;  4L7J A;  3RU1 A;  2IRZ A;  3TPL A;  3SKG A;  2P4J A;  4EXG A;  5P22 A;  1K6P A;  3TKW A;  5P8D A;  3NDW A;  3PRS A;  2IEO A;  3U71 A;  2XYE A;  2FXE A;  3O99 A;  5P3S A;  3R4B A;  5P4Q A;  3CMS A;  5ER2 E;  3PBZ A;  4YOA A;  5P5D A;  3HLO A;  4LP9 A;  1HTG A;  5P1S A;  1W5V A;  2QMP A;  1PSO E;  2AZB A;  2PQZ A;  5AH8 A;  5OZP A;  2OHL A;  2AVV A;  3UPJ A;  3SA8 A;  4YA8 A;  4K8S A;  2IKO A;  5P7W A;  2I4W A;  3A2O A;  5P11 A;  3EKQ A;  4XX3 A;  5P42 A;  1LYA B;  3LZU A;  3HW1 A;  3QVC A;  2BJU A;  2Q54 A;  4R5N A;  5P1G A;  5P7T A;  5OZN A;  4QGI A;  4YOB A;  4Y3E A;  2PWC A;  3QIH A;  5P01 A;  1Z1R A;  3KM4 A;  4BEL A;  4QJ8 A;  2NNP A;  4JP9 A;  3EL1 A;  5ISJ A;  1OHR A;  3G70 A;  2PYN A;  1EC1 A;  2FLE A;  5P8J A;  5P3I A;  2QHY A;  3VG1 A;  4XX4 A;  3OQK A;  4Y38 A;  3PBD A;  5OZ2 A;  4DVF A;  4ZPE A;  3PJ6 A;  3VF5 A;  1SBG A;  3DK1 A;  4Y4E A;  4QJ2 A;  1NPW A;  3UDN A;  1T7J A;  5P1P A;  2WKZ A;  1HRN A;  4ZSP A;  1HVC A;  5P2Q A;  3L59 A;  3L5B A;  1T6G A;  4FSE A;  4OC6 B;  4XKX A;  1MUI A;  3NU9 A;  5P7R A;  4B1D A;  5P73 A;  5P7B A;  5P8O A;  4J1F A;  2V0Z C;  1BAI A;  5P5Y A;  4B72 A;  2ZHU A;  5P6X A;  4J55 A;  3LIZ A;  5P3F A;  5P55 A;  5OZG A;  1ER8 E;  5HCT A;  5P16 A;  3DCK A;  3KMX A;  5P4A A;  2I0D A;  5OZF A;  3O9F A;  4CMS A;  2B42 A;  5ISK A;  5P38 A;  1MTB A;  5P0W A;  4EQ0 A;  1LEE A;  5OZD A;  4HDB A;  2AZ8 A;  2NR6 A;  1D4L A;  3TH9 A;  5P02 A;  2IEN A;  2AVQ A;  3ZKN A;  4NKK A;  2WF3 A;  4LXA A;  3K5G A;  5HDV A;  1F34 A;  5P65 A;  4DQH A;  3K5F A;  5P1R A;  4Y56 A;  5P03 A;  1XN2 A;  1EC3 A;  4FRS A; 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 5P5R A;  5P2S A;  3VFA A;  1LZQ A;  4GYE A;  1W51 A;  2OHU A;  2G1S A;  5P2A A;  5P2X A;  4J1E A;  2R3W A;  3NSH A;  4L7H A;  4ER4 E;  5P1Y A;  1HWR A;  5KQY A;  3UDM A;  5C9F A;  3KT2 A;  4WY6 A;  2PSV A;  3DCR A;  1QRP E;  3IAW A;  4TRY A;  4K4Q A;  1IZI A;  4Y3F A;  4YD7 A;  3RSV A;  3BVA A;  1T3R A;  2QZX A;  2XFJ A;  4L1A A;  5P77 A;  4J0P A;  1FF0 C;  3OXV A;  4Y4U A;  5AHA A;  5OZ9 A;  2ER0 E;  3SAA A;  1ZLF A;  4M8Y A;  3D1Y A;  1BVG A;  1B5F B;  1YM2 A;  4RCD A;  5P1I A;  2BBB A;  2OF0 A;  1PSA A;  1FFI C;  1TW7 A;  2R38 A;  1B6L A;  3PSU A;  2QZW A;  4J1K A;  4BFB A;  5P54 A;  1MSN A;  2V13 A;  3IXJ A;  2WEC A;  1YTG A;  5P0D A;  3T11 A;  5OYS A;  2QNP A;  4ZSQ A;  5P0M A;  4TVH A;  2ZGA A;  5P28 A;  2B7Z A;  5P18 A;  5P34 A;  1B6M A;  4OD9 A;  5P86 A;  4EP3 A;  3GGV A;  5P3J A;  3PWM A;  1D4H A;  1HSH A;  5HE7 A;  2G1R A;  3O9I A;  1FG6 C;  3G72 A;  4BFD A;  3ZPU A;  2BPY A;  1N49 A;  5P6E A;  4KB9 A;  4I0I A;  1FQ5 A;  3GGU A;  3LPI A;  2QD8 A;  3UFL A;  4ZIP A;  3B80 A;  5P2Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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