3EC0A

High resolution hiv-2 protease structure in complex with antiviral inhibitor grl-06579a
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural evidence for effectiveness of darunavir and two related antiviral inhibitors against HIV-2 protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 2 (isolate rod)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ec0A00
3BVAA 1EBKC 1XE6A 3I8WA 4Y3NA 5P85A 5P5LA 1FGCC 5P5VA 4DJPA 1OEXA 2ZDZA 5P0TA 4COEA 4YHQA 3UFLA 1MUIA 3PBDA 3ZKNA 2ZJLA 5P5YA 2RKGA 4J1IA 4DJWA 5OZFA 5ISKA 2IKOA 3NU5A 3O9BA 5OZ6A 5P1NA 4ZEAA 5P7GA 1GNMA 5BWYA 1XE5A 3QVIA 2G1RA 3NDUA 3TPRA 3CKPA 1SMEA 5P0EA 2QI5A 1ZSRA 2FS4A 4Y5NA 2F8GA 2QP8A 5P03A 3TLHA 1ENTE 5P8AA 5P7AA 1EBWA 4GJ9A 3QS1A 5P55A 5OZ3A 2R3WA 4DQHA 5P5SA 4J0PA 5P5RA 2R5QA 1EPOE 5P1ZA 5KOQA 4EYRA 3PHVA 2VIEA 4J0YA 5DGWA 1ER8E 5P48A 4APRE 2HS1A 1D4IA 1WBKA 2I4UA 3AUPA 4GJ5A 5P4YA 5OZGA 1RPIA 6APRE 4I0DA 2QD7A 4Y41A 3PSUA 4GJAA 5P0GA 3SA5A 3UPJA 4RCFA 4GJ6A 2FDEA 3APRE 4CPRA 1KZKA 3QBFA 5OZLA 3QVCA 4Y4EA 3ER3E 5P0SA 3JVWA 2PYNA 5P4IA 3WZ7A 1XN2A 4EHCA 3K4VC 3QIHA 3UDMA 4FAEA 3ZKSA 5P3JA 5P42A 2ZJHA 5P60A 1YM2A 4BFBA 4B1EA 5KQXA 3B7VA 3FNUA 5TOLA 2P83A 3S56A 4ZPFA 5OZ5A 1FQXA 2AOCA 3OADB 3RVIA 1YM4A 5P0IA 3HBOA 3KM4A 4MC1A 1FMXA 1ZJ7A 1APWE 3PBZA 2FMBA 3O9DA 1MRWA 1HRNA 1ODYA 4PZWA 4CPSA 1C6XA 3L5DA 1MVPA 4DJOA 4Y3HA 3EL5A 2QI0A 2VJ6A 3SM1A 2NR6A 5P43A 5P7BA 3OXWA 3OAGA 3OOZA 2OHRA 4AMTA 4FCOA 3R4BA 3UDYA 4FRSA 1BXOA 4U7VA 4B78A 3KFNA 4H3IA 5P3HA 1F34A 4R92A 3MSLA 5P4HA 5DR7A 5P4MA 5P09A 2OHUA 5P46A 2Q63A 1C70A 1M43A 3URIA 5P1VA 4WY1A 4NKKA 2O4SA 2J9KA 2ZJKA 3GGAA 2B42A 2VIJA 1XS7D 3SFCA 5P4PA 4YCTA 2AODA 3Q4BA 5E5KA 2WF0A 3T7PA 1HPVA 4OD9A 5HVPA 1D4KA 4EJLA 3NLSA 5P0YA 2SAMA 4Y6MA 4Y38A 5DQ2A 4I0JA 5EZZA 3EC0A 4Y4JA 3UDHA 5JFPA 3TOGA 2QK5A 3IGBA 4RGHA 4OBJA 3PLLA 1K6PA 3S53A 1MTRA 3DOXA 2OF0A 4J0ZA 5OYZA 4DQBA 1ZAPA 3LITA 1G0VA 4FSEA 5OYXA 5P5DA 4K4QA 3OHFA 1LS5A 3IAWA 5ISJA 5ENMA 5OZDA 5P7VA 4HVPA 4DJRA 1EC2A 3UQUA 2VKMA 1SDUA 3UDJA 3SA4A 2WJOA 5P1GA 3URLA 4J0TA 1FIVA 4DQFA 3VSXA 2QI4A 3VF3A 3VF5A 1BXQA 2MIPA 3EMYA 1EPNE 3EXOA 2QI6A 5P7FA 4FSLA 4RRNA 5OZPA 3VV7A 5P1IA 3LZUA 5P3NA 5P7KA 5OZTA 5P64A 4FIVA 3IVHA 5P3SA 3BUGA 3KYRA 3RTHA 4YD3A 2QZKA 5P7XA 4Z4XA 1FFFC 5OZ2A 3PCWA 4R95A 1CZIE 3INDA 5SY2A 2V00A 4CMSA 2QMFA 3IXKA 4XXSA 5P47A 4ZSMA 4OC6B 3OU1B 1PPLE 5P5IA 2AVMA 2WF1A 1FMUA 2WEAA 3VYDA 3MWSA 4MC6A 5P8EA 4U7QA 4OBFA 7UPJA 1QBTA 2NNPA 2NXDA 4Y43A 5OZ4A 4CKUA 5P65A 5P5MA 5P8MA 2IL2A 1DP5A 4QJ6A 5P6GA 3BVBA 2P8HA 1W5XA 4Y48A 1K6TA 3ECGA 5P83A 3R0WA 2V13A 3URJA 3S54A 1AJXA 1GVVA 1DW6C 3HW1A 3O99A 4LXKA 4NPTA 2QNPA 5P08A 3K4VA 4R8YA 2PH8A 4ER1E 3QBHA 2FDPA 1FLHA 5P7YA 5AHAA 5P0KA 5DR3A 4YE3A 1B6KA 3LPIA 5P5KA 3CMSA 3K5CA 5SY3A 3OGPA 5P4XA 3SKFA 2V11C 2B8VA 2BKSA 5P7CA 5P5JA 2AOEA 1K2BA 5P6XA 1KJ7A 3UDNA 4K4PA 3CIBA 5P3WA 4DJXA 5P2FA 5P18A 2VJ7A 3TH9A 3NU9A 2WHHA 1G6LA 4LXMA 1LYWB 3VYEA 2FLEA 5P1DA 1BVEA 5CONA 4Y51A 4X7IA 5P31A 3WZ6A 3OUCA 4Y5PA 1K1UA 1HBVA 5P0AA 4PZXA 3CKRA 1HXWA 2P3BB 3T6IA 5P68A 4Y37A 1HIHA 4M8YA 5P0UA 5DR0A 5P1EA 4ER2E 5SXNA 5P5HA 1YX9A 2I4VA 3TPPA 3KDCA 3GI6A 5P1FA 3WB5A 4TRZA 5P0PA 4R5NA 4BEKA 1CPIA 1B5FA 3O9AA 4J55A 1SMRA 2PSUA 5KQZA 2BPZA 4Y5KA 1LYAA 3S2OA 1OHRA 5P5WA 2APRA 1HVJA 2PK5A 2QI3A 4Y3GA 1HIIA 5P6QA 4DQCA 4Q5MA 2QD8A 5P6YA 2J9JA 4Q1WA 1SDVA 4HA5A 5P6PA 5P6JA 2AVQA 4FS4A 3VCMA 1Z1RA 2AZCA 5P06A 3APPA 2QHYA 5P14A 5KR2A 5P8BA 2RMPA 5P89A 3L3AA 5OZ0A 1FQ4A 5P6MA 3L58A 4EJ8A 4Y5BA 1BVGA 4H3GA 1NH0A 1IZHA 5P71A 1FG6C 1HTFA 5P7TA 5P8VA 5P4VA 2JJIA 2G21A 2QHCA 4K9HA 2G20A 1A94A 4ZPGA 3L5BA 1AJVA 4Y4DA 3EKWA 5P8SA 5P45A 5OZBA 3SA8A 5P2DA 1QS8A 3LIZA 2F3FA 4I0ZA 4Y3LA 3AIDA 3FSMA 2ER7E 4L1AB 3NWXA 5OZVA 3BXSA 5P3IA 4D88A 2IEOA 4PPHA 5P6LA 3BXRA 3JW2A 4Q1XA 5P1MA 1YTIA 5B18A 5P25A 3LZYA 5P02A 1WKRA 2AVVA 4YCKA 4TVHA 5IS4A 1XDHA 1TCXA 3M9FA 4Y4TA 2QU2A 3VFAA 2QAKA 2ZE1A 3SA7A 2QNQA 3T11A 1FQ8A 2R8NA 3DM6A 4J1FA 4TVGA 3PVKA 3I25A 4DVFA 5I3XA 3DK1A 5P8KA 4H1EA 2ER0E 1CMSA 4A4QA 3UQPA 4YD5A 1BAIA 3EKPA 5OZNA 1ZTZA 4ZE6A 5P0CA 5AH8A 5BRYA 3EL1A 2I4XA 3TKWA 5P69A 4IVTA 3HVGA 3BGBA 4GMIA 4Y3EA 1FFIC 1HTGA 3LZSA 1EAGA 2BPWA 3SM2A 2OHQA 2AVSA 5P12A 5P7OA 3FV3A 2PK6A 2Q3KA 1MESA 5OYRA 5KOSA 2HPFA 1AAQA 4OBDA 5P16A 4UPJA 2QU3A 3PB5A 3UHLA 4D8CA 2Z54A 4F73A 2JE4A 5P72A 5P0QA 2FXEA 2B8LA 4LC7A 1FMBA 2ZJJA 2BKTA 2Z4OA 4HDBA 1F7AA 5P6WA 4GJBA 5P01A 3HAUA 1JLDA 4FRJA 2QZLA 5KR1A 2G1NA 3QRMA 3TKGA 3KF0A 3LNKA 4J1KA 5P8CA 1PFZA 5AGZA 4GZFA 3D1YA 5P4JA 4Y3JA 1G2KA 3PLDA 5APRE 3TNEA 1EBYA 3PEPA 4Y3PA 4KUPA 5P1TA 5P11A 1T7IA 5P4RA 3UDRA 4N00A 5P2TA 4CPWA 5P3RA 5P52A 3GI5A 5P10A 5P2AA 4ZSPA 1Z8CA 5P1BA 5COOA 1IVQA 1FQ7A 3GGXA 2R9BA 4YD7A 5IE1A 1FB7A 1HSIA 1A8GA 5C9BA 3K5DA 2VA6A 3O9IA 1W50A 4XX4A 2R5PA 5OZIA 2G1YA 2P3BA 5P0BA 5OYTA 2I0AA 2HM1A 1MERA 5ENKA 4I8WA 4Y3SA 5P6HA 3RU1A 5P2VA 2G22A 5P1XA 5P61A 1RNEA 5KR8A 3PWWA 2IENA 5OZ9A 5P59A 5P0FA 5P6EA 2CENA 1YTHA 4I1CA 3G72A 3T7QA 5P6IA 5P4BA 3EKYA 2NNKA 1FF0C 1EC3A 4Z2ZA 2AOJA 1N49A 2IRZA 3CKTA 1XL5A 4PYVA 4J54A 2O4KA 4ZLSA 5P8JA 5P0MA 3S43A 4NJVA 4NJTA 1HWRA 1MT7A 2ZYEA 4YCYA 2FGUA 2FDDA 4DPIA 5F01A 5OZYA 3TOFA 4Y50A 1MPPA 2F81A 2UPJA 3NUOA 2BQVA 4LBTA 1TZSA 2I0DA 4RLDA 1C6YA 3NDWA 1QDMA 3G6ZA 3LPJA 1J71A 3S7MA 5P7JA 3MXEA 2G94A 4DQEA 5P19A 4L7JA 3IN3A 2BB9A 4OBZA 4QJ9A 1D4LA 5P5PA 5P3OA 3UFNA 4B1CA 3DCRA 1ZPKA 2AOGA 1GVWA 5IVSA 4RCEA 5P1JA 4EXHA 3UQXA 4GJ8A 3NWQA 2OHSA 5P7SA 5P23A 2Q54A 2WEDA 5P6AA 5P58A 5P3FA 5JG1A 3OUDB 1APTE 4Z50A 2F80A 1LZQA 2FGVA 3UQRA 1TSQA 4RYCA 1EC0A 5P2BA 5P0WA 5KQFA 4I11A 3PM4A 2VA5A 1HSGA 4B72A 1XL2A 3O9GA 5P27A 2NMYA 5P1CA 3VEUA 6UPJA 5P2KA 1NPAA 2G24A 2OHLA 3N3IA 3HD8A 3R0YA 5P54A 3LINA 2UY0A 5P2HA 5J25A 1IBQA 1ME6A 2FNTA 2FNSA 3OQKA 3Q5HA 3ZKXA 4JPEA 4HZTA 4FLGA 4KB9A 1AIDA 1G35A 1EC1A 4QLHA 1K1TA 1HVIA 1NPVA 4K8SA 5P6DA 1A30A 4YBFA 3EL9A 5P82A 2QZXA 1DPJA 2UXZA 4JPCA 5JODA 1WBMA 1LYBB 3L5FA 3NYGA 3NU6A 5P13A 4D83A 3PWMA 5P8UA 4ACXA 5HDVA 5P6UA 2AOHA 3KT5A 4QJ7A 2ZJIA 3ZL7A 4NJSA 1T7KA 4Y3WA 2JJJA 5P7LA 1KJ4A 3EL4A 5P8QA 5P50A 3ZPSA 2AOIA 4QJ8A 3IXJA 1IZEA 4DJYA 5P6TA 3UDKA 3UCBA 4F75A 3GI4A 5P04A 2P3CA 1K2CA 1BDLA 3O9LB 4JOOA 3N4LA 1Q9PA 2CEMA 3CICA 2HAHA 2HB4A 4EWOA 5P1QA 5P8LA 5P0JA 3OU4B 2G1SA 7HVPA 4Y3DA 5P5EA 4Y4BA 1TCWA 4Y3RA 5P07A 5P40A 1MT9A 3INFA 3H5BA 5P7NA 3VFBA 3LHGA 3QP0A 1KJGA 2H6TA 4DJUA 1SH9A 3TOHA 4YBIA 2XFKA 3QROA 3PI5A 5P86A 1PPKE 3IXOA 5P7WA 3OXVA 2I1AA 5P6VA 3KMYA 4YDFA 5P3CA 3UDPA 2I4QA 2OHKA 1BV9A 2FIVA 1W6IA 2VNNA 5P8IA 5P7UA 2OAHA 1KJFA 2IDWA 5OZEA 5P4KA 5P2UA 4D89A 3SPKA 1NPWA 2IQGA 2R3TA 4OBGA 4Y39A 3FX5A 3VV6A 5BS4A 3I6OA 4OBKA 2WEZA 5P2LA 1EPPE 3DV5A 5P79A 2OHNA 4GYEA 5E5JA 3OQFA 4ACUA 2WF4A 5P84A 2I4DA 2WKZA 5P7IA 3VSWA 2JXRA 5P49A 1HPOA 3VUCA 4J5JA 1W5WA 2QI7A 1FQ6A 3OADA 5ER1E 3RSXA 3GI0A 4Y5GA 4FRIA 5P3VA 5P5NA 5P3UA 1K6CA 2ZHRA 5P44A 5P7ZA 4B77A 1UPJA 4YOAA 1IZDA 3T7XA 4FGXA 5DQ1A 1DMPA 3ZKMA 4Y47A 1ZSFA 1A8KA 3I7EA 4FE6A 1EBZA 5OZ7A 2BJUA 4AA9A 3QN8A 2AZ8A 1GVXA 4FM6A 4Y58A 2H6SA 4U8WA 5P73A 3ZOVA 5P6CA 4YDGA 1ZBGA 2V12C 4GJCA 2QI1A 2P4JA 3TPJA 2QNNA 5JFUA 1MEUA 4LHHA 3DJKA 5OYYA 1IDBA 3O9FA 5P56A 3MXDA 4A6BA 1VIJA 4DV9A 4AA8A 5P0OA 1SP5A 4I0GA 2ER6E 1NSOA 1MRXA 1T6EX 5DPZA 1MTBA 4BELA 2G69A 3FNSA 4FM8A 4RYGA 2V0ZC 2RENA 5P81A 3GGVA 1EPLE 3S45A 5P4UA 3ZKIA 2JYSA 5HCTA 5OYSA 5P51A 1GNNA 2RKFA 3KA2A 5P0NA 1BDQA 1HEGE 4RROA 5P6ZA 3WZ8A 1B6LA 3NR6A 1GVTA 3OTYA 5OZUA 2B60A 4B0QA 4FL8A 5P0HA 4LXAA 3UQWA 4L6BA 5OYWA 2B7ZA 5P2JA 3QI1A 3R2FA 3VF7A 4D85A 4QJAA 4GJ7A 3OAGB 1BIMA 5P22A 5P4SA 2QMGA 3IA9A 4J1HA 1HVLA 2PWRA 5IVRA 4ZSRA 2PYMA 1HTEA 4FRKA 4MC2A 3PJ6A 5OZ8A 3SACA 3IN4A 4NJUA 1LEEA 5P0XA 3R1GB 2AZBA 3L5CA 2WEBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BVA A;  1EBK C;  1XE6 A;  3I8W A;  4Y3N A;  5P85 A;  5P5L A;  1FGC C;  5P5V A;  4DJP A;  1OEX A;  2ZDZ A;  5P0T A;  4COE A;  4YHQ A;  3UFL A;  1MUI A;  3PBD A;  3ZKN A;  2ZJL A;  5P5Y A;  2RKG A;  4J1I A;  4DJW A;  5OZF A;  5ISK A;  2IKO A;  3NU5 A;  3O9B A;  5OZ6 A;  5P1N A;  4ZEA A;  5P7G A;  1GNM A;  5BWY A;  1XE5 A;  3QVI A;  2G1R A;  3NDU A;  3TPR A;  3CKP A;  1SME A;  5P0E A;  2QI5 A;  1ZSR A;  2FS4 A;  4Y5N A;  2F8G A;  2QP8 A;  5P03 A;  3TLH A;  1ENT E;  5P8A A;  5P7A A;  1EBW A;  4GJ9 A;  3QS1 A;  5P55 A;  5OZ3 A;  2R3W A;  4DQH A;  5P5S A;  4J0P A;  5P5R A;  2R5Q A;  1EPO E;  5P1Z A;  5KOQ A;  4EYR A;  3PHV A;  2VIE A;  4J0Y A;  5DGW A;  1ER8 E;  5P48 A;  4APR E;  2HS1 A;  1D4I A;  1WBK A;  2I4U A;  3AUP A;  4GJ5 A;  5P4Y A;  5OZG A;  1RPI A;  6APR E;  4I0D A;  2QD7 A;  4Y41 A;  3PSU A;  4GJA A;  5P0G A;  3SA5 A;  3UPJ A;  4RCF A;  4GJ6 A;  2FDE A;  3APR E;  4CPR A;  1KZK A;  3QBF A;  5OZL A;  3QVC A;  4Y4E A;  3ER3 E;  5P0S A;  3JVW A;  2PYN A;  5P4I A;  3WZ7 A;  1XN2 A;  4EHC A;  3K4V C;  3QIH A;  3UDM A;  4FAE A;  3ZKS A;  5P3J A;  5P42 A;  2ZJH A;  5P60 A;  1YM2 A;  4BFB A;  4B1E A;  5KQX A;  3B7V A;  3FNU A;  5TOL A;  2P83 A;  3S56 A;  4ZPF A;  5OZ5 A;  1FQX A;  2AOC A;  3OAD B;  3RVI A;  1YM4 A;  5P0I A;  3HBO A;  3KM4 A;  4MC1 A;  1FMX A;  1ZJ7 A;  1APW E;  3PBZ A;  2FMB A;  3O9D A;  1MRW A;  1HRN A;  1ODY A;  4PZW A;  4CPS A;  1C6X A;  3L5D A;  1MVP A;  4DJO A;  4Y3H A;  3EL5 A;  2QI0 A;  2VJ6 A;  3SM1 A;  2NR6 A;  5P43 A;  5P7B A;  3OXW A;  3OAG A;  3OOZ A;  2OHR A;  4AMT A;  4FCO A;  3R4B A;  3UDY A;  4FRS A;  1BXO A;  4U7V A;  4B78 A;  3KFN A;  4H3I A;  5P3H A;  1F34 A;  4R92 A;  3MSL A;  5P4H A;  5DR7 A;  5P4M A;  5P09 A;  2OHU A;  5P46 A;  2Q63 A;  1C70 A;  1M43 A;  3URI A;  5P1V A;  4WY1 A;  4NKK A;  2O4S A;  2J9K A;  2ZJK A;  3GGA A;  2B42 A;  2VIJ A;  1XS7 D;  3SFC A;  5P4P A;  4YCT A;  2AOD A;  3Q4B A;  5E5K A;  2WF0 A;  3T7P A;  1HPV A;  4OD9 A;  5HVP A;  1D4K A;  4EJL A;  3NLS A;  5P0Y A;  2SAM A;  4Y6M A;  4Y38 A;  5DQ2 A;  4I0J A;  5EZZ A;  3EC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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